180LA

Protein flexibility and adaptability seen in 25 crystal forms of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYEIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein flexibility and adaptability seen in 25 crystal forms of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Complex (hydrolase/cell wall)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 180lA00
206LA 1L44A 1QTHA 1B6IA 5LZMA 1L27A 3FA0A 1L13A 1DYDA 1L81A 1L89A 1L92A 1L36A 201LA 113LA 1C6QA 3HT9A 1C64A 216LA 115LA 4I7SA 1L37A 4LZMA 256LA 4I7JA 4EXMA 3EMLA 148LE 3DMVA 1QUGA 2Q9EA 3FADA 4EKRA 1L07A 1KNIA 1L0KA 4LDEA 155LA 232LA 1L54A 2B75A 239LA 2RBNA 1C60A 1LLHA 4ARMB 1OWYA 1LYDA 1C6PA 4EPIA 1C6EA 248LA 1SSWA 1I6SA 3CDTA 1L43A 2Z6BA 3SBAA 4DKLA 1P6YA 177LA 1L21A 228LA 2OE7X 2RAYX 187LA 2B6ZA 156LA 1L55A 1P2LA 211LA 1PQMA 104LA 167LA 2ANVA 185LA 1L72A 4AQNA 1L23A 1L79A 137LA 2RBOA 1L04A 1LYJA 1QT6A 1KS3A 4I7RA 1D3MA 149LA 140LA 1CX6A 3SN6R 112LA 243LA 1G0GA 118LA 4YX7C 3C8RA 3DMXA 4I7QA 1QT4A 4ARQA 1CV4A 1L18A 1QUOA 3PBLA 3HWLA 1L65A 3OE0A 1P37A 152LA 198LA 2OE9X 1QSBA 2OTZX 1XEPA 3JR6A 4I7TA 1G06A 180LA 1L80A 1L73A 3C83A 122LA 1G0MA 1L64A 1CVKA 1OVHA 1L02A 1P56A 2B6YA 1L22A 186LA 3PDSA 1L90A 150LA 225LA 1D3JA 3L2XA 200LA 1L77A 172LA 159LA 1L71A 2RB1X 4I7KA 131LA 1C63A 1D2YA 1L19A 1QT5A 169LA 227LA 1CU0A 3GULA 1L46A 235LA 1L15A 2A4TA 1T6HA 130LA 125LA 1QT3A 1LYIA 1KY0A 1LI2A 4W59A 224LA 1C6KA 4DJHA 3HT6A 1L32A 4EKSA 108LA 1JTMA 1L53A 4I7NA 1L08A 1P2RA 1C6LA 246LA 1L26A 1L29A 1CU3A 1CV5A 1KW5A 4IAPA 1PQDA 222LA 1C61A 3OE8A 123LA 1C6JA 1C68A 1L93A 1CU5A 3DN6A 1C6FA 138LA 181LA 1L40A 1WTHA 4ZPUA 223LA 1G07A 4ARQB 1L75A 3GUPA 3ODUA 1L62A 259LA 192LA 2O4WA 2RB0X 3UONA 1L95A 3HU9A 2RH1A 1L25A 218LA 1L12A 1L60A 3K2RA 2L78A 3DNAA 1L10A 1PQKA 1L01A 1T8AA 3G3XA 1SX7A 151LA 1CV0A 238LA 1L51A 1KY1A 2QARC 2O7AA 4I7OA 252LA 1P36A 188LA 1L88A 3DN4A 213LA 1C6TA 3HTGA 4ARPA 4DAJA 1L17A 126LA 1DYCA 1KW7A 1T97A 1L58A 129LA 1K28A 3DKEX 107LA 3VW7A 2HUMA 4EJ4A 247LA 210LA 1SWZA 176LA 2OU0X 162LA 3C7ZA 1QS9A 4LDLA 3DN8A 3OE6A 165LA 1C66A 196LA 3HTFA 3NY9A 1C6HA 3SB7A 1QTBA 175LA 1L11A 3DN1A 2OTYX 1G0PA 3RUNA 3C82A 1DYAA 2OU9A 1L00A 2NTHA 2F2QA 1L45A 2OU8A 3HDFA 3LZMA 2IGCA 234LA 1L61A 1G1VA 1CU2A 161LA 2ANXA 2F32A 7LZMA 2B70A 128LA 1LI6A 102LA 1L74A 1G0QA 254LA 4ARLA 237LA 1L38A 1L31A 3D4SA 214LA 226LA 4ARJA 3CDQA 2B72A 2OE4X 1C6MA 3HH5A 1D3NA 2RBSA 217LA 1L48A 4W57A 1QS5A 4GBRB 1LW9A 1CV3A 1L63A 1L03A 4EPFA 2O79A 189LA 1L91A 1SX2A 1L05A 1L35A 1P64A 1QUDA 3HU8A 1OVJA 244LA 1L69A 1G0JA 4PJZA 1QTDA 2LC9A 139LA 1CV6A 3CDRA 2F47A 249LA 1L49A 1L99A 1XJUA 190LA 3F9LA 4K5YA 261LA 1ZWNA 2B6XA 1QTZA 4OO9A 2OEAX 184LA 231LA 4W52A 4E97A 103LA 1T8FA 3QAKA 1LWKA 3V2WA 4W53A 1L52A 1OVKA 230LA 3GUNA 236LA 3C8QA 205LA 1C6CA 119LA 1CTWA 260LA 4I7PA 143LA 1LYGA 164LA 1L98A 1P3NA 2B74A 191LA 144LA 1C6BA 1L68A 1CUQA 1L85A 1L87A 163LA 2B6WA 262LA 1TLAA 3DN3A 3HUKA 3L64A 2RBRA 3HH4A 1D3FA 3HUAA 253LA 1P7SA 5I14A 2LCBA 1NHBA 145LA 2CUUA 182LA 158LA 1C65A 1L70A 1L96A 3HDEA 233LA 4W55A 1L09A 173LA 1L34A 120LA 1L42A 146LA 2B6TA 1QT8A 1DYGA 4EKPA 1L06A 141LA 2B7XA 3SB5A 1G0LA 1L76A 1SSYA 127LA 1QTVA 1L14A 1L97A 1DYFA 209LA 1QTCA 3HUQA 3DN2A 4S0WA 1OV5A 4EKQA 1C69A 2QB0B 1L56A 1LWGA 3RZEA 183LA 1L83A 2RBQA 1OV7A 1L82A 3HT7A 197LA 1T8GA 3NY8A 1LI3A 1LPYA 1G0KA 250LA 1C6DA 157LA 2HULA 1L86A 1QUHA 4I7LA 242LA 212LA 3C81A 1LYEA 241LA 1DYBA 1QT7A 229LA 221LA 1P5CA 199LA 1C6AA 1LGWA 1L57A 1CU6A 114LA 166LA 1OYUA 110LA 3GUIA 1L47A 3OE9A 3GUKA 3HH6A 171LA 168LA 219LA 3CDVA 1PQIA 1L16A 1L84A 1OWZA 1XJTA 1ZURA 3DN0A 3FI5A 1EPYA 1C6NA 1CV1A 1C62A 1L24A 4W58A 1D2WA 1QSQA 4YXAC 1CX7A 3C80A 1DYEA 1L33A 255LA 3CDOA 3GUMA 160LA 220LA 2HUKA 3V2YA 3SBBC 1LGUA 257LA 1LGXA 245LA 2B73A 174LA 1JQUA 3C7WA 1CUPA 3SB6A 3SB8A 4W54A 2NTGA 1L28A 4W56A 195LA 3HTBA 109LA 1SWYA 1L94A 3NYAA 1G1WA 111LA 1PQJA 6LZMA 240LA 1L66A 4ARMA 1L41A 1PQOA 1C6GA 4LDOA 3GUJA 147LA 3SB9A 1C6IA 1L39A 1ZYTA 1JTNA 215LA 178LA 2Q9DA 1LYHA 4PK0A 3C8SA 3DMZA 3G3VA 4YXCA 1L0JA 3G3WA 3C7YA 3HTDA 1LYFA 1C67A 2RBPA 4I7MA 3HH3A 3GUOA 142LA 1L59A 4W51A 1P46A 258LA 170LA 3F8VA 1L20A 1D9WA 251LA 1L30A 2LZMA 2RB2X 1L50A 2RAZX 3HT8A 4GRVA 1L67A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RW8A 2CWIA 1L44A 1B6IA 5KXRA 1QUTA 3ZVQA 2ZWBA 201LA 1C6QA 1KXXA 1C64A 1NF5A 115LA 3CQLA 3TMUA 1LHMA 2MEDA 3A96A 4LZMA 1XGUC 4CFOA 1IY4A 1LZ6A 4NSHA 3EMLA 1B7NA 3DMVA 2DQEY 1QUGA 1HFZA 2LYOA 4WMGA 1RE2A 1C60A 1LLHA 5KXMA 1OWYA 3FI7A 8LYZA 1C6PA 1LYYA 4EPIA 3WVXA 1C10A 2BPUA 3SBAA 177LA 1GFEA 2BLXA 2RAYX 187LA 1LMQA 156LA 211LA 1IOCA 4GCDA 2ANVA 3TMVA 1J1OY 4NG8A 1CKDA 1OUCA 1L72A 4AQNA 1L79A 4NGJA 1KXYA 2F4GA 4GN3A 4ETCA 1B7RA 149LA 1CX6A 243LA 1G0GA 3A90A 4YX7C 1LSMA 4I7QA 4N1CC 1ZV5L 1B5XA 3HWLA 4WOAA 4C3WA 3RNXA 1L64A 1C45A 4H9IA 5HMJA 4MSTA 150LA 3B6LA 3L2XA 2RB1X 1CKCA 1L19A 1QT5A 4OOTA 1CU0A 1YAQA 1L15A 1T6HA 5I4WA 3TMWA 4W59A 1JJ0A 1JJ1A 2ZYPA 1LSFA 3HT6A 1L32A 4I7NA 5DM9A 4W94A 246LA 1L26A 4H9FA 1PQDA 123LA 1C6JA 1LKRA 1HMKA 1GBOA 4HPEA 4H9HA 2RB0X 4O34A 4LZTA 1L95A 1BB5A 1L25A 208LA 3WUNA 1F6RA 2DQHY 1B2KA 1L10A 4GCEA 4Z98A 4M6DA 3WU7A 238LA 2YBHA 4QEQA 3W6BA 2O7AA 4I7OA 1T3PA 1GF7A 1P36A 188LA 1L88A 4ANRA 3DN4A 213LA 1JKDA 2DQGY 1GFGA 4TUNA 3DKEX 4LYCA 3VW7A 1AT6A 3HBHA 1OUFA 4J1BA 1IWZA 2BQBA 4WLYA 3F6ZA 2HEFA 3M3UA 1UIBA 3G3AB 3W6FA 196LA 1IX0A 4BAFA 3SB7A 4H91A 4KXIA 1FKVA 4QDNA 175LA 4M4OA 2OU9A 1GBXA 1L00A 2F2QA 1GEVA 1LZDA 1B5ZA 3HDFA 4DD1A 1L61A 1V7TA 1G1VA 1CU2A 1B0DA 153LA 1G0QA 1LJ3A 3CDQA 2B72A 2OE4X 1C6MA 4H9EA 1UICA 4G49A 2BQMA 4NHSA 5AMYA 2O79A 1L91A 1L35A 4EOFA 3HU8A 1AZFA 1LZEA 4HV2A 4PJZA 1QTDA 139LA 1CV6A 1NHEA 3CDRA 1L49A 1XJUA 4LT0A 5APDA 3F9LA 2CJLA 1WVUA 2B6XA 1QTZA 6LYZA 4W52A 103LA 1D0MA 4R6CA 1XFPL 1IR7A 2BQDA 2RSCA 2D4KA 1CKGA 1OVKA 1SQ2L 4I0CA 1LCNA 1LOZA 5A3ZA 3AW6A 4XADA 1WTNA 2A7DA 1L98A 4U3XB 144LA 1CUQA 163LA 2HEAA 3WPJA 2RBRA 1D3FA 253LA 4NGVA 145LA 1VDPA 182LA 158LA 4J0LA 1LHKA 4KL7A 3K3TA 4ZEEA 1L42A 1YILA 4OWEA 4EKPA 1UIDA 1DYGA 4YF2A 3RZ4A 2B7XA 1BHZA 5IHGA 1UIFA 1LSPA 4N5RA 3A91A 1NBZC 209LA 1E8LA 1GFTA 5FSTA 4H1PA 4EKQA 1C69A 183LA 1L83A 5KXKA 1L82A 3HT7A 4WL7A 1IWYA 2A7FA 1LI3A 2XQOA 2DQIY 1LPYA 1G0KA 250LA 157LA 1JSEA 1C43A 5B07A 1HERA 4YENA 2XTHA 1LYEA 1LSZA 4YEOA 2Q0MX 1DYBA 229LA 1P5CA 1B7SA 2NWDX 1L57A 4B49A 4RLMA 4DD7A 166LA 4IASA 1IP7A 3OE9A 3GUKA 1PQIA 1LKSA 1YL1X 1ZURA 3EO5A 2D4JA 3A3QA 3FI5A 2I26L 1D2WA 4YXAC 1CX7A 1L33A 4PJ2C 3HBEX 2HUKA 1B7PA 257LA 3G3BB 1GFAA 2EPEA 245LA 1OQMA 4XENA 5B05A 3C7WA 4H8ZA 4XN6A 4H9AA 4RLNA 2MEEA 1IOSA 5LIOA 109LA 1L94A 1G1WA 1YKZX 1PQJA 4OW1A 4ARMA 1L41A 5LAFA 1BVKC 1GB8A 1C6IA 1JITA 3OJPA 5II3A 1TBYA 4WM2A 1QTEA 3C7YA 1YAMA 1GF6A 1YANA 3HH3A 3GUOA 1CJ9A 2Z2EA 258LA 3OK0A 2BQOA 1B7MA 2RAZX 1LSYA 1L13A 3ULRA 1B9OA 1DYDA 1L81A 4ML7A 4NSJA 113LA 1H87A 3HT9A 1LZAA 5C6LA 4IJ4A 1OUGA 4XJIA 3P68A 1L37A 4I7SA 1NKHA 1GBWA 4I7JA 4OWHA 3GXRA 148LE 5L3HA 1QQYA 4DD9A 2Q9EA 3FADA 4EKRA 3LZ2A 1L0KA 2BQIA 4HSFA 232LA 3WXUA 3CSRA 1I56A 1YKYX 1LYDA 1LMAA 4NWEA 248LA 1I6SA 1JPOA 3A6BY 1P6YA 1WQNA 1GF4A 1L21A 1HEWA 3CSQA 1BWHA 1IO5A 1L55A 1P2LA 1PQMA 4KPMA 104LA 3RT5X 2RBOA 137LA 3A8ZA 1QT6A 4HJZA 1KS3A 4NHPA 4I7RA 140LA 1NQIA 3SN6R 3C8RA 1GXV2 1TDYA 1Z55A 1C7PA 1L65A 2OE9X 4LYMA 2OTZX 1HFXA 1CJ7A 1L73A 3C83A 122LA 5KXWA 5KXPA 1P56A 1OVHA 2B6YA 4HJYA 1L22A 3PDSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3RW8 A;  2CWI A;  1L44 A;  1B6I A;  5KXR A;  1QUT A;  3ZVQ A;  2ZWB A;  201L A;  1C6Q A;  1KXX A;  1C64 A;  1NF5 A;  115L A;  3CQL A;  3TMU A;  1LHM A;  2MED A;  3A96 A;  4LZM A;  1XGU C;  4CFO A;  1IY4 A;  1LZ6 A;  4NSH A;  3EML A;  1B7N A;  3DMV A;  2DQE Y;  1QUG A;  1HFZ A;  2LYO A;  4WMG A;  1RE2 A;  1C60 A;  1LLH A;  5KXM A;  1OWY A;  3FI7 A;  8LYZ A;  1C6P A;  1LYY A;  4EPI A;  3WVX A;  1C10 A;  2BPU A;  3SBA A;  177L A;  1GFE A;  2BLX A;  2RAY X;  187L A;  1LMQ A;  156L A;  211L A;  1IOC A;  4GCD A;  2ANV A;  3TMV A;  1J1O Y;  4NG8 A;  1CKD A;  1OUC A;  1L72 A;  4AQN A;  1L79 A;  4NGJ A;  1KXY A;  2F4G A;  4GN3 A;  4ETC A;  1B7R A;  149L A;  1CX6 A;  243L A;  1G0G A;  3A90 A;  4YX7 C;  1LSM A;  4I7Q A;  4N1C C;  1ZV5 L;  1B5X A;  3HWL A;  4WOA A;  4C3W A;  3RNX A;  1L64 A;  1C45 A;  4H9I A;  5HMJ A;  4MST A;  150L A;  3B6L A;  3L2X A;  2RB1 X;  1CKC A;  1L19 A;  1QT5 A;  4OOT A;  1CU0 A;  1YAQ A;  1L15 A;  1T6H A;  5I4W A;  3TMW A;  4W59 A;  1JJ0 A;  1JJ1 A;  2ZYP A;  1LSF A;  3HT6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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