180LA

Protein flexibility and adaptability seen in 25 crystal forms of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYEIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein flexibility and adaptability seen in 25 crystal forms of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Complex (hydrolase/cell wall)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 180lA00
4I7OA 1L01A 2O7AA 236LA 4E97A 190LA 1ZWNA 1L61A 1L93A 1L43A 4W54A 2B6TA 7LZMA 2HULA 3GUIA 1C6TA 3DMVA 224LA 3HT9A 3V2WA 1L20A 217LA 3CDQA 177LA 1OWZA 1L17A 4I7MA 3D4SA 1OYUA 1PQIA 1L84A 2OE4X 3V2YA 1G07A 3F8VA 1L48A 3CDTA 3UONA 1L40A 4AQNA 162LA 221LA 114LA 215LA 4I7PA 1C68A 1SX7A 1C6JA 1LGXA 138LA 119LA 4EKRA 1OVJA 4ARPA 1C66A 1LW9A 127LA 1XJTA 4W58A 2ANVA 1L46A 3SB6A 2B6YA 1OVKA 1QTVA 1L39A 4ARMA 5LZMA 254LA 1T8FA 3C82A 1OWYA 1SWYA 1L52A 178LA 259LA 1T8GA 1QT5A 1L74A 111LA 4ARLA 1OVHA 1KW7A 3C7WA 3LZMA 158LA 1PQOA 1L16A 110LA 1L28A 1L89A 2RB2X 262LA 3SBAA 1XJUA 1C6EA 130LA 4I7QA 2F47A 3JR6A 2B74A 4W55A 108LA 3FA0A 1L07A 257LA 3DKEX 1P3NA 2A4TA 164LA 2QARC 220LA 1L15A 1QS9A 3HTBA 1C60A 1L82A 223LA 4I7LA 3C8RA 3DN3A 3PDSA 102LA 3GUPA 3HWLA 3EMLA 261LA 4LDLA 1LYEA 1L77A 1XEPA 176LA 4GRVA 147LA 256LA 125LA 4ARQA 192LA 205LA 150LA 1G0JA 1CV4A 1G0MA 1OV5A 1L27A 1C65A 171LA 210LA 2B73A 1L59A 2RBRA 4I7SA 174LA 1LYGA 2CUUA 228LA 168LA 1L53A 3DN0A 1L13A 2HUKA 1G0PA 1G1WA 140LA 3G3XA 3DN4A 4EXMA 2F32A 1P2LA 2OTYX 234LA 1EPYA 3C81A 1C61A 1LI2A 1L31A 2RAZX 1DYCA 1KS3A 1L97A 1L62A 1QT3A 122LA 1L54A 4LDEA 1P46A 3DN1A 1PQJA 2L78A 3L2XA 1L50A 1L80A 211LA 3HTGA 1C6IA 155LA 1L23A 1G06A 1CV3A 184LA 3GUKA 249LA 1L49A 1CV6A 1L86A 1CTWA 187LA 2HUMA 2IGCA 1L64A 1P56A 1L14A 137LA 1KNIA 1L55A 1C6FA 3RUNA 4W56A 1QS5A 103LA 3VW7A 1L58A 2Q9EA 2B70A 2RBSA 2RBNA 1CU5A 2Z6BA 2O79A 242LA 3OE0A 2B6WA 2B6XA 4EPIA 3HT8A 247LA 3HT6A 1DYAA 4S0WA 1C64A 1D2YA 1L72A 1DYFA 2B75A 2LCBA 3CDOA 214LA 1L36A 232LA 2QB0B 160LA 195LA 237LA 3GUMA 1NHBA 3DN8A 1SWZA 3HH3A 3RZEA 216LA 3DN2A 1C6AA 4W59A 1L0JA 1G0LA 149LA 169LA 222LA 1C6MA 1P5CA 1LWGA 1L24A 1QUOA 123LA 1C6NA 1L42A 128LA 1I6SA 1L41A 4IAPA 1L68A 1L95A 3SB7A 120LA 2F2QA 1L63A 1B6IA 1L25A 142LA 191LA 1C6DA 1DYBA 4W53A 1P7SA 212LA 112LA 3CDVA 126LA 1CU6A 1L30A 3C83A 1L94A 200LA 2RB0X 4LDOA 4LZMA 3HDEA 1L09A 3HU8A 2NTHA 1L33A 1LPYA 4EJ4A 1L73A 4EPFA 1CV5A 245LA 4W52A 3G3WA 1QUGA 3CDRA 1P37A 4YXAC 238LA 1D3FA 1QTBA 1QT6A 1QUDA 1TLAA 1D3MA 166LA 1L06A 1QSQA 1L79A 3DMXA 1C6BA 3PBLA 157LA 1JTMA 227LA 1CV1A 1L0KA 1L32A 1L05A 4I7TA 199LA 1D3JA 1CUPA 4K5YA 1L90A 235LA 1L60A 4ARJA 1CU2A 1D3NA 198LA 113LA 3SB9A 3GUOA 1L83A 3SBBC 3K2RA 2B72A 4I7NA 1KY1A 229LA 2B7XA 4OO9A 3HDFA 3HUAA 3C7ZA 1LYFA 1CUQA 4DKLA 1L19A 201LA 1C6QA 1L47A 1CU3A 1L08A 143LA 3HUKA 3HH6A 2RAYX 1C6GA 206LA 1L87A 250LA 3HH5A 1LYHA 219LA 3C80A 1G0KA 3HT7A 1LI3A 115LA 3L64A 163LA 1C67A 1DYEA 3C8SA 1LGWA 3NY9A 3SN6R 4PJZA 1L38A 3G3VA 1L65A 159LA 1DYGA 165LA 225LA 1LWKA 1G1VA 1L10A 3OE9A 2B6ZA 2LC9A 1QUHA 4EKSA 1L66A 1P36A 146LA 186LA 1L26A 258LA 1ZYTA 4I7KA 1L00A 1C69A 2OE7X 252LA 167LA 1LLHA 2OU8A 152LA 4YXCA 1QT7A 1SSWA 2RBQA 3ODUA 1QTZA 145LA 185LA 118LA 172LA 4EKQA 1L12A 1P2RA 161LA 246LA 1L67A 5I14A 1L34A 213LA 255LA 1LGUA 1T8AA 4ZPUA 1WTHA 1LYDA 1QSBA 3HH4A 4DJHA 1P64A 2OU9A 4YX7C 3QAKA 170LA 3OE8A 141LA 1PQKA 1ZURA 240LA 1D2WA 1L44A 1C63A 1CVKA 1KW5A 2RH1A 181LA 1CU0A 1L69A 1G0QA 1KY0A 209LA 2ANXA 3DMZA 1QT4A 1L71A 196LA 1LYJA 3GULA 4ARMB 3OE6A 2RBOA 3C8QA 129LA 107LA 218LA 1G0GA 1T6HA 248LA 182LA 4I7RA 6LZMA 1PQDA 131LA 1CX7A 183LA 1JQUA 1OV7A 2OTZX 1LI6A 1L92A 3DNAA 189LA 1L56A 3GUNA 1C62A 144LA 233LA 1T97A 1L51A 4PK0A 1JTNA 173LA 1L98A 1L88A 1C6CA 2O4WA 1L37A 188LA 148LE 109LA 2OE9X 1C6LA 226LA 2OEAX 2RBPA 1L35A 1CV0A 3FADA 1L29A 243LA 180LA 1CX6A 1L75A 3HTFA 1L96A 241LA 3HTDA 1DYDA 4ARQB 2Q9DA 2NTGA 3DN6A 1QTCA 197LA 231LA 1C6HA 1L04A 251LA 4GBRB 139LA 4DAJA 3NY8A 1QTDA 1L76A 1QT8A 2LZMA 1SX2A 4I7JA 1L02A 1C6KA 1K28A 2OU0X 4W57A 1L70A 3F9LA 1C6PA 3NYAA 1D9WA 3SB8A 239LA 175LA 3FI5A 1L18A 1L22A 2RB1X 1QTHA 4EKPA 230LA 1P6YA 3C7YA 3SB5A 3GUJA 1LYIA 244LA 1L11A 3HU9A 1L03A 1L21A 1L91A 1L99A 4W51A 104LA 1PQMA 1L81A 151LA 260LA 1SSYA 1L85A 1L57A 1L45A 3HUQA 253LA 156LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XJDA 4I7OA 1L01A 2O7AA 4E97A 3ATNA 1LMQA 3QY4A 3AYQA 1IWYA 4TUNA 3GUIA 3P64A 135LA 3V2WA 1L17A 4CHXA 1JJ3A 1TAYA 1OUCA 1XFPL 2OE4X 4BAFA 4UWUA 2HUBA 3F8VA 3UONA 5LIOA 4AQNA 221LA 2A7FA 4XENA 5LAGA 1LHLA 1LCNA 1UIBA 1LZ8A 1LSFA 4EKRA 1OVJA 5B59A 3ZEKA 132LA 4B49A 2B6YA 1L39A 1UIGA 254LA 1T8FA 3C82A 1HHLA 208LA 1LSYA 1SWYA 1LSCA 259LA 1B0DA 1GFUA 1JPOA 1OUAA 1T8GA 1L74A 1IR8A 3W6FA 3C7WA 3A6BY 1L28A 262LA 1XJUA 1V7TA 1C6EA 3CQLA 130LA 2WARA 4I7QA 4WM4A 5LVHA 1CKCA 257LA 2LHMA 3DKEX 1P3NA 4LZTA 2LYMA 1L82A 4I7LA 4HJYA 4RLNA 1IP7A 2BQGA 1LKRA 4LFXA 4H94A 256LA 192LA 1B7OA 1VAUA 4DQJA 1G0MA 5KXSA 171LA 210LA 1JKDA 3LYZA 4I7SA 2XBSA 2CDSA 1DI4A 228LA 2CUUA 3G3BB 1L13A 2HUKA 4GN4A 1G1WA 140LA 4ETAA 1BWIA 5KKIA 4HTKA 1IOCA 1L31A 2RAZX 1DYCA 4B4IA 1QT3A 3W6BA 122LA 1Z55A 5APDA 4L41A 3DN1A 4PRQA 2L78A 1L80A 4DD2A 1L23A 1G06A 154LA 1CV3A 2DKVA 4DD7A 4QDNA 249LA 3A34A 4GCBA 1RFPA 5II3A 1CV6A 2YBLA 1CTWA 2IGCA 1C08C 2DQFC 1OUFA 1GBWA 4D9ZA 2EPEA 1GEZA 2Q9EA 193LA 1DI5A 1OUEA 2BQLA 2O79A 4TX7A 1PZYA 1LSGA 1DYAA 3HT6A 1D2YA 2LZTA 2GV0A 2QB0B 195LA 1T6VL 1NHBA 3DN8A 1EQEA 2BQJA 3RZEA 4DDAA 2I26L 4NY5A 3WUMA 4ETBA 2BQIA 1GHLA 1IWXA 1L41A 3WU8A 4DWXA 3CSQA 1L68A 2BLXA 2CJLA 1CU6A 1IX0A 4LYBA 1AZFA 1SLYA 4I0CA 3HDEA 1L09A 1XEKA 2NTHA 2Z39A 1CV5A 3CSZA 3CDRA 1GFKA 1P37A 4BAPA 5LYMA 4PJ2C 238LA 3TXBA 166LA 2DQHY 2BQOA 1L06A 1HNLA 4HPIA 4ML7A 1LZBA 1CV1A 1GB9A 1YILA 4DQ5A 199LA 5HMJA 3WUAA 1L90A 4ARJA 5FDJA 1CU2A 198LA 5LAFA 4GCCA 1F0WA 4WLTA 4I7NA 229LA 4H9HA 5A3EA 4GLAA 1CU3A 3EMSA 1GF0A 1B9OA 250LA 1L87A 1O23A 2LYZA 3RU5A 219LA 5B05A 4B1AA 115LA 4H8XA 3AZ5A 4NHSA 4PJZA 1L38A 3WXTA 159LA 1DYGA 4UWNA 1NBYC 1L10A 1LZ6A 2YBHA 3OE9A 4EOFA 1LHKA 146LA 1LMNA 1YAPA 1LJ3A 4XJGA 1GXV2 258LA 1ZYTA 1FKVA 1LJHA 4II8A 252LA 4H8ZA 167LA 1HEOA 4QY9A 2RBQA 4LYCA 5I53A 1B7QA 118LA 2W1LA 3W6DA 1P2RA 1JIYA 1GE1A 1UIEA 213LA 1LYYA 4ZPUA 3GXKA 4CFPA 1YL0X 4LYTA 4NFVA 1OP9B 1QSBA 3EXDA 4YX7C 3CT5A 1PQKA 1D2WA 1L44A 1C63A 1F6RA 1TCYA 1KW5A 181LA 1LZ5A 209LA 2ANXA 1JISA 1L71A 3AZ4A 3GULA 1LYJA 3OE6A 4N5RA 129LA 107LA 1T6HA 3M3UA 182LA 1IWVA 2IFFY 1NBZC 131LA 2YBMA 2YBNA 1LI6A 1L92A 2XJWA 5IHGA 4NG1A 2G4PA 1UCOA 2BLYA 1B5YA 3IJUA 1UA6Y 1L88A 3CT1A 2O4WA 3FI7A 148LE 109LA 1LYSA 3TXGA 1L75A 5LVJA 4OOOA 2Q9DA 3WPJA 3DN6A 1T3PA 231LA 5APEA 4DAJA 5M1YA 2Z19A 4H9AA 5KJ9A 1K28A 2OU0X 1L70A 3F9LA 1AT6A 3A94A 1JKAA 1QTHA 3B0KA 3W6CA 4DDCA 5J7CA 1WQMA 4FJRA 1GFJA 4H90A 3HU9A 1IC4Y 4W51A 3RT5X 1IY3A 2MEDA 1JTOL 2VB1A 2W1MA 1BB3A 156LA 2DBTA 4CJ2A 236LA 2MEFA 1CKGA 4ET9A 5ILCA 1B5WA 1IORA 4UWVA 4ETEA 4NSJA 1IWWA 2B6TA 2FYDA 2Z2EA 2ZNWY 7LZMA 2AUBA 1C6TA 3DMVA 224LA 1L20A 217LA 2IHLA 3CDQA 1HC0A 177LA 1OWZA 1UBZA 1DXJA 1LSPA 1ZMYL 2MECA 3D4SA 1L84A 4P2EA 3CDTA 5C6IA 1XGUC 2BQBA 5HLLA 1LSZA 1GXXA 215LA 4I7PA 3T6UA 1GBYA 1LSEA 4XN6A 9LYZA 1SX7A 4J0LA 3P4ZA 1LGXA 4WL6A 4WMGA 1CNSA 4YEMA 1FLQA 5L3IA 1C66A 1LW9A 1XJTA 1C45A 4ANRA 4H9BA 178LA 1LSBA 111LA 2I6ZA 1IOSA 4ARLA 1KW7A 1AKIA 5T3FA 158LA 110LA 1YKYX 1L89A 2RB2X 2ZIJA 3LZ2A 1TEWA 1WVUA 4W55A 2C8PA 1BB6A 1L07A 2A4TA 5I54A 164LA 4KPMA 1GFHA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4XJD A;  4I7O A;  1L01 A;  2O7A A;  4E97 A;  3ATN A;  1LMQ A;  3QY4 A;  3AYQ A;  1IWY A;  4TUN A;  3GUI A;  3P64 A;  135L A;  3V2W A;  1L17 A;  4CHX A;  1JJ3 A;  1TAY A;  1OUC A;  1XFP L;  2OE4 X;  4BAF A;  4UWU A;  2HUB A;  3F8V A;  3UON A;  5LIO A;  4AQN A;  221L A;  2A7F A;  4XEN A;  5LAG A;  1LHL A;  1LCN A;  1UIB A;  1LZ8 A;  1LSF A;  4EKR A;  1OVJ A;  5B59 A;  3ZEK A;  132L A;  4B49 A;  2B6Y A;  1L39 A;  1UIG A;  254L A;  1T8F A;  3C82 A;  1HHL A;  208L A;  1LSY A;  1SWY A;  1LSC A;  259L A;  1B0D A;  1GFU A;  1JPO A;  1OUA A;  1T8G A;  1L74 A;  1IR8 A;  3W6F A;  3C7W A;  3A6B Y;  1L28 A;  262L A;  1XJU A;  1V7T A;  1C6E A;  3CQL A;  130L A;  2WAR A;  4I7Q A;  4WM4 A;  5LVH A;  1CKC A;  257L A;  2LHM A;  3DKE X;  1P3N A;  4LZT A;  2LYM A;  1L82 A;  4I7L A;  4HJY A;  4RLN A;  1IP7 A;  2BQG A;  1LKR A;  4LFX A;  4H94 A;  256L A;  192L A;  1B7O A;  1VAU A;  4DQJ A;  1G0M A;  5KXS A;  171L A;  210L A;  1JKD A;  3LYZ A;  4I7S A;  2XBS A;  2CDS A;  1DI4 A;  228L A;  2CUU A;  3G3B B;  1L13 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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