182LA

Specificity of ligand binding in a buried non-polar cavity of t4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Specificity of ligand binding in a buried nonpolar cavity of T4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 182lA00
226LA 1LYJA 1P2RA 234LA 4YX7C 3V2WA 1D2YA 4YXAC 4AQNA 3HH3A 1SWYA 1L77A 2OE9X 2NTGA 1L24A 1L89A 1LI6A 1OV7A 2B7XA 3DN2A 3DKEX 3NYAA 3GUOA 5LZMA 188LA 3LZMA 1LGUA 3HT7A 1L08A 4EXMA 1L15A 195LA 4ARMB 1L54A 4W51A 150LA 2OU0X 4LDLA 1CV3A 1LW9A 1PQOA 1L74A 1CUPA 126LA 4I7RA 145LA 1L0KA 1C6MA 1G0GA 112LA 3GUPA 127LA 1G0KA 1L33A 3HTFA 1LLHA 222LA 3FADA 1P5CA 1L86A 3GUMA 177LA 3HWLA 1ZYTA 151LA 3SB5A 1P6YA 1L91A 3HU9A 4I7MA 1JTMA 1ZWNA 3G3XA 3NY9A 2RBRA 1C6AA 2B70A 214LA 3OE0A 152LA 1DYDA 4W54A 1C61A 1L93A 3DNAA 1LWKA 1L25A 1CU2A 230LA 3GUNA 1L00A 1L69A 122LA 120LA 3HUQA 3HDEA 3GUJA 4EKQA 1QUGA 211LA 3C7ZA 187LA 1L0JA 1L01A 242LA 4EKPA 4EPIA 1OWYA 2Z6BA 4W56A 1D3FA 3HUAA 155LA 3C8QA 2RAYX 205LA 3JR6A 1TLAA 3DMZA 2F2QA 1L63A 4ARPA 2LC9A 241LA 3CDTA 4DJHA 1P3NA 3F9LA 1C6DA 156LA 1L40A 4ARQB 3OE6A 1C6GA 2B6TA 2RAZX 196LA 1L30A 3DN4A 1DYCA 237LA 3RUNA 1L71A 1QTBA 4YXCA 3SB6A 1L47A 252LA 114LA 218LA 2Q9DA 2HUKA 167LA 216LA 1LI3A 1L07A 1L76A 1QS9A 251LA 3CDVA 200LA 1L92A 227LA 1L26A 1QT7A 123LA 191LA 4EKSA 137LA 3C7YA 1L29A 163LA 2OU9A 1KW5A 1L19A 3NY8A 4K5YA 2RBQA 146LA 1OVKA 258LA 180LA 1D9WA 3L2XA 1L84A 1EPYA 3GUIA 1L20A 238LA 2QARC 1JQUA 244LA 3HT8A 4EJ4A 215LA 1L12A 1SSYA 4LDEA 259LA 1QSQA 1WTHA 1SWZA 1LPYA 1OVHA 143LA 1L49A 1D3JA 1L18A 1LYFA 1QT8A 1L65A 4PK0A 1XEPA 1LGWA 1L53A 1T6HA 168LA 1OVJA 1XJUA 1C6LA 1L97A 1P36A 1XJTA 3GUKA 3L64A 4I7SA 3DN6A 172LA 140LA 206LA 1PQMA 2F47A 4DKLA 197LA 139LA 243LA 2B74A 1P7SA 1CV5A 3SBBC 3HH5A 1NHBA 2CUUA 1OV5A 257LA 1DYGA 158LA 142LA 3UONA 1PQKA 1LGXA 4W55A 1LYEA 175LA 1L06A 1L43A 185LA 1L95A 3FA0A 1L79A 2RB2X 1L51A 1T8GA 1L23A 1L88A 1P2LA 1ZURA 262LA 3SBAA 1C67A 3HH4A 1L48A 2B6ZA 253LA 2B6YA 1LYHA 254LA 1CU0A 1LYDA 3PDSA 110LA 3HTDA 166LA 1PQJA 2OTZX 1OWZA 261LA 1L34A 1L64A 1CTWA 2B73A 1L27A 186LA 1QTVA 1KNIA 1PQIA 198LA 212LA 1L83A 1CV4A 3C8SA 1L98A 4W52A 224LA 1CU6A 4I7KA 2B6WA 1C6QA 3OE8A 3ODUA 4I7PA 111LA 1L85A 1C6JA 247LA 1DYBA 3C8RA 1P37A 1L41A 1D3MA 1DYEA 1SX2A 3DN3A 1CV1A 2L78A 3HT9A 1D2WA 1L62A 1JTNA 1L16A 1C6IA 1DYFA 1L50A 1SX7A 160LA 1T8AA 1C6TA 157LA 4ARJA 1QTHA 2HULA 141LA 1DYAA 1L87A 4I7NA 2ANXA 2IGCA 3QAKA 3C80A 183LA 131LA 3GULA 1QUOA 229LA 1QTZA 260LA 1L59A 1G06A 4I7QA 1L45A 1L75A 221LA 1QSBA 4PJZA 2RH1A 3DN0A 3SN6R 2Q9EA 249LA 246LA 1C64A 1PQDA 1L02A 3CDQA 2A4TA 1I6SA 1G1WA 1KY1A 173LA 2O79A 1P56A 2OEAX 4I7TA 1L70A 4I7OA 2LCBA 1L38A 1L60A 256LA 149LA 3G3WA 1C6EA 3HH6A 1C6NA 1L73A 2RBSA 1C69A 1L32A 4W58A 4S0WA 1L68A 1KS3A 107LA 4E97A 1L03A 129LA 1QT5A 3EMLA 1L37A 1K28A 147LA 1L56A 1CV0A 3SB9A 176LA 1B6IA 4ARMA 1CX6A 115LA 1L11A 1L09A 255LA 1C6KA 1L04A 128LA 165LA 3C81A 1QTCA 1C60A 245LA 1L99A 1C6CA 1L81A 2LZMA 1G0QA 3PBLA 178LA 3V2YA 113LA 1LYIA 1L28A 4ARLA 148LE 240LA 118LA 1L67A 1G07A 1L36A 4DAJA 1CU3A 1QT4A 190LA 1L46A 192LA 2B75A 231LA 1G0JA 4W53A 130LA 1QTDA 1QUDA 103LA 189LA 2F32A 1L82A 2ANVA 1L94A 228LA 4LDOA 1KW7A 1L35A 4OO9A 3SB7A 1L96A 1OYUA 3HTBA 164LA 1CUQA 3C82A 1T97A 4ZPUA 108LA 2OTYX 5I14A 1G0MA 3CDOA 1G1VA 3VW7A 1L17A 2HUMA 3FI5A 1C6BA 2O7AA 2RBNA 250LA 1L61A 1CU5A 2RBOA 3DN1A 4W59A 236LA 4EKRA 2B72A 1CVKA 233LA 119LA 161LA 2O4WA 3C7WA 1L52A 1L05A 3DMXA 219LA 209LA 217LA 1L44A 201LA 3HDFA 181LA 4W57A 184LA 210LA 232LA 1L72A 1LYGA 3SB8A 1L14A 4LZMA 3OE9A 4ARQA 4EPFA 1L13A 2RB1X 3HUKA 3F8VA 3HTGA 248LA 6LZMA 1KY0A 1L66A 3DMVA 174LA 138LA 171LA 2NTHA 2RB0X 182LA 2B6XA 104LA 1C66A 1P46A 125LA 1LI2A 1CX7A 1L90A 220LA 1P64A 1L42A 239LA 3C83A 144LA 159LA 1L22A 2QB0B 4GRVA 1G0PA 1C63A 109LA 1L55A 2OE7X 1L21A 1QT6A 1G0LA 1T8FA 4GBRB 2OE4X 213LA 223LA 3RZEA 3HT6A 1L57A 102LA 1L80A 1C68A 1L58A 1C65A 3K2RA 3CDRA 162LA 1QT3A 7LZMA 3D4SA 169LA 3HU8A 1LWGA 2RBPA 1C62A 1C6HA 3DN8A 1L10A 4I7JA 1L31A 1D3NA 2OU8A 170LA 199LA 1QS5A 1C6PA 1C6FA 1L39A 1CV6A 235LA 4I7LA 4IAPA 225LA 1SSWA 3G3VA 1QUHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KJ9A 5FDJA 5D5CA 1YL1X 4YX7C 1YANA 1GF4A 2MEBA 2OE9X 1L89A 3N9CA 1LPIA 4RLMA 4C5FA 1NQIA 5LZMA 3LZMA 1LGUA 4EXMA 195LA 3AZ5A 5KKJA 1BVKC 3RT5X 2BQJA 4ARMB 4W51A 1CJ8A 4LDLA 2HEEA 1PQOA 4WL6A 2MEIA 4I7RA 3B0KA 5HQ1A 1G0GA 5F16A 4DT3A 4EOFA 5KXRA 1JTOL 2I26L 1LJ3A 2I6ZA 4WLDA 1GFTA 3GUMA 3HWLA 1ZYTA 151LA 1P6YA 4I7MA 1JTMA 3G3XA 3ATNA 2RBRA 1TEWA 1LJNA 4Z46A 1QUSA 4W54A 5T3FA 2MEDA 2MEAA 3D9AC 122LA 3GUJA 4EKQA 2X0AA 187LA 1L0JA 1L01A 242LA 1WQOA 2Z6BA 4W56A 1BWIA 3LYMA 1IOQA 1REYA 3C8QA 4NGOA 1TLAA 3WW5A 1ALCA 4NIJA 1D0LA 4B0DA 3RU5A 2LC9A 3QE8A 4DJHA 1B5XA 5IELA 1C6DA 1F0WA 1B5VA 1LSFA 3WU7A 4ARQB 3OE6A 1C6GA 5HMJA 1LMPA 4R6CA 196LA 1GWDA 1DYCA 4MSTA 1L71A 1QTBA 2H5ZA 4H8XA 2Q9DA 1LSNA 4GCDA 1QS9A 251LA 4FDYA 2F4GA 1EQEA 191LA 4DDCA 137LA 2ZIKA 3C7YA 2OU9A 1GAZA 1LZDA 1IWWA 4DQ5A 1LHHA 1OVKA 1A2YC 2CDSA 2BQFA 1NMMA 1L84A 3GUIA 1XEJA 1OUCA 244LA 1SSYA 1QSQA 1SWZA 4H1PA 1FN5A 1WQRA 1NBZC 2G4QA 1L49A 4QY9A 1LYSA 1QT8A 2BLYA 1T6HA 1OVJA 4B4IA 4WM3A 4HTQA 172LA 2F47A 5FELA 2B74A 2YBJA 1OP9B 4LYTA 3SBBC 4NHPA 2CUUA 4QEQA 4W55A 4OWBA 1OUAA 175LA 2RB2X 2Q0MX 1L51A 3A34A 1ZURA 1LJEA 5DN5A 2HU1A 1IC4Y 4PPOA 1FBIX 2FBDA 2B6ZA 2EIZC 4PRQA 1UIAA 5HNCA 4G4HA 3W6CA 3HTDA 1PQJA 1OWZA 5LA8A 1JKBA 4J1AA 1L64A 4H94A 186LA 4XJGA 2AUBA 3A90A 5FEKA 1MLCE 1CU6A 4I7KA 1C6QA 4ZIXA 3ODUA 4YM8A 1C6JA 1LJ4A 3C8RA 3N9EA 3W6FA 4RDSA 1HELA 2DQFC 5I4YA 4ETAA 3DN3A 1CV1A 2L78A 1L62A 2F2NA 1C6IA 1GF5A 1T8AA 160LA 1T6VL 2HULA 1LZ5A 2ANXA 1GB9A 2IGCA 4H8ZA 1KXYA 1DXJA 3OJPA 1G06A 1L45A 1C46A 1L75A 1DPXA 4WG1A 1G7HC 1VATA 1QSBA 1OUFA 3DN0A 5F81A 1XFPL 3CDQA 1T3PA 4QGZA 1H6MA 4TUNA 1GD6A 5B05A 1L60A 256LA 149LA 4DWXA 3D3DA 2RBSA 1L32A 4PHIA 107LA 4OWCA 1GF3A 1L37A 5LVHA 147LA 3WW6A 3SB9A 1B7SA 2IHLA 176LA 1B6IA 1GFJA 4OWHA 1HEOA 4AGAA 5C6IA 3VWOA 1L11A 4NGJA 1QDRA 1ZVHL 2HEDA 4XYYA 2Z2FA 1GF0A 1GDWA 4C3WA 1C6CA 5JENB 1L81A 1G0QA 1LJHA 1B5UA 113LA 2BQMA 1HMKA 4ARLA 1LZEA 240LA 1G07A 1LZ6A 4YEMA 1JUGA 1B7QA 2HTXA 103LA 189LA 5LAGA 2ANVA 1XGQC 3A3RX 3EMSA 3IJUA 1KW7A 1IEEA 1J1OY 164LA 1T97A 1GE4A 2CGIA 4H9IA 4NSHA 1OUJA 1GFRA 2BQBA 4WL7A 1SLYA 5DLAA 1GF8A 233LA 135LA 3C7WA 3WUMA 1LSPA 2BQOA 4DD3A 1HERA 2FYCA 2Y8PA 232LA 5I4XA 3SB8A 4DD1A 3CQLA 3OE9A 5A3ZA 2Z18A 1L13A 1GFGA 3HTGA 1L66A 3DMVA 1VDQA 3TMXA 3GXKA 4RLNA 1JSEA 1LMTA 1TBYA 1GB2A 182LA 4LT1A 2HEFA 125LA 1LI2A 1CX7A 1RFPA 1UIEA 4B4EA 2BAAA 5KXXA 5C6JA 1C63A 2BQCA 2OE7X 4NHIA 1YL0X 3RZEA 4TX7A 4GN4A 1L57A 102LA 4XN6A 1C68A 1RI8B 1L58A 4XENA 3B0OA 4B4JA 3HU8A 1GEVA 5B06A 2DQIY 3DN8A 153LA 1D3NA 170LA 4NHQA 4NHTA 4ZFPA 1CJ6A 1CKGA 2CJLA 3RNXA 1C6PA 2IFFY 4NHSA 1QUHA 5HNLA 3A95A 1JIYA 1IO5A 1LYJA 3A93A 1VDSA 3V2WA 4YXAC 1ZVYB 1LYYA 2NTGA 1L24A 2B7XA 3DN2A 3LZ2A 3HT7A 3WYHA 1VEDA 1LZ8A 8LYZA 1L54A 1QTKA 2OU0X 3ZVQA 1CV3A 4J7VA 1GAYA 1LW9A 1L74A 1IP1A 1XSFA 4BS7A 1L33A 1JJ3A 5HMVA 1LLHA 1D0MA 1IIZA 4H9HA 3TXHA 1L86A 1GB0A 1GF6A 4NGWA 3WU8A 1LZAA 1LCNA 1HEMA 3GXRA 3AGHA 5D5FA 2B70A 214LA 1DYDA 1C61A 1L93A 4NG1A 2BQLA 230LA 4P2EA 4N1CC 2LZ2A 3HUQA 3AB6A 2YSSC 1LTMA 3WUAA 1QUGA 211LA 1W6ZA 1LMAA 3C7ZA 1YIKA 3WU9A 4WO9A 1D3FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5KJ9 A;  5FDJ A;  5D5C A;  1YL1 X;  4YX7 C;  1YAN A;  1GF4 A;  2MEB A;  2OE9 X;  1L89 A;  3N9C A;  1LPI A;  4RLM A;  4C5F A;  1NQI A;  5LZM A;  3LZM A;  1LGU A;  4EXM A;  195L A;  3AZ5 A;  5KKJ A;  1BVK C;  3RT5 X;  2BQJ A;  4ARM B;  4W51 A;  1CJ8 A;  4LDL A;  2HEE A;  1PQO A;  4WL6 A;  2MEI A;  4I7R A;  3B0K A;  5HQ1 A;  1G0G A;  5F16 A;  4DT3 A;  4EOF A;  5KXR A;  1JTO L;  2I26 L;  1LJ3 A;  2I6Z A;  4WLD A;  1GFT A;  3GUM A;  3HWL A;  1ZYT A;  151L A;  1P6Y A;  4I7M A;  1JTM A;  3G3X A;  3ATN A;  2RBR A;  1TEW A;  1LJN A;  4Z46 A;  1QUS A;  4W54 A;  5T3F A;  2MED A;  2MEA A;  3D9A C;  122L A;  3GUJ A;  4EKQ A;  2X0A A;  187L A;  1L0J A;  1L01 A;  242L A;  1WQO A;  2Z6B A;  4W56 A;  1BWI A;  3LYM A;  1IOQ A;  1REY A;  3C8Q A;  4NGO A;  1TLA A;  3WW5 A;  1ALC A;  4NIJ A;  1D0L A;  4B0D A;  3RU5 A;  2LC9 A;  3QE8 A;  4DJH A;  1B5X A;  5IEL A;  1C6D A;  1F0W A;  1B5V A;  1LSF A;  3WU7 A;  4ARQ B;  3OE6 A;  1C6G A;  5HMJ A;  1LMP A;  4R6C A;  196L A;  1GWD A;  1DYC A;  4MST A;  1L71 A;  1QTB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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