183LA

Specificity of ligand binding in a buried non-polar cavity of t4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Specificity of ligand binding in a buried nonpolar cavity of T4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 183lA00
1LGUA 1C65A 257LA 232LA 1L23A 150LA 253LA 1L26A 3HUAA 1L94A 145LA 3C8RA 3CDQA 1L44A 1L42A 3C7ZA 1QS5A 1L33A 1CUQA 1L88A 1SWZA 1C6IA 191LA 1C6HA 1G1WA 4IAPA 1P37A 166LA 258LA 1L02A 3G3WA 3RZEA 1G0MA 4EPFA 2B7XA 2LCBA 1DYFA 1C6AA 4EKSA 3ODUA 130LA 221LA 1L45A 1L14A 3CDTA 3DKEX 2Q9EA 3HTBA 3HUQA 2OE7X 2RB2X 3CDRA 1C6PA 1TLAA 1L51A 245LA 262LA 1DYGA 4I7PA 1LYJA 1L19A 1I6SA 3HT9A 174LA 2OTZX 142LA 1D2YA 1QUHA 1CUPA 1LPYA 108LA 4DJHA 180LA 4W51A 198LA 1LGXA 234LA 1L06A 1QT7A 4LDOA 1CX7A 1L63A 2L78A 1DYAA 205LA 143LA 4DKLA 128LA 3SB8A 1PQKA 3HUKA 3NYAA 2B6YA 3C82A 1C6GA 200LA 197LA 235LA 3GUPA 6LZMA 1KY0A 1C60A 1L62A 1G0LA 1CV4A 168LA 146LA 1G0PA 1L98A 1D9WA 1LYEA 138LA 151LA 3GUMA 3DN0A 1LI6A 3HH5A 1L89A 1OVKA 1OV7A 211LA 3HTGA 241LA 2ANVA 2OEAX 3HDFA 2OU8A 1P46A 1JQUA 114LA 3K2RA 1XEPA 1C6QA 2HULA 1QUDA 162LA 2A4TA 185LA 4EKQA 2ANXA 1L18A 220LA 1L46A 1T8GA 1KS3A 213LA 2RB0X 3C7YA 4W58A 1L11A 1PQMA 2RAYX 3C8QA 1L20A 2LZMA 163LA 259LA 3DN1A 3FI5A 1QT6A 183LA 1ZWNA 2Z6BA 2NTGA 2HUKA 1L96A 214LA 3UONA 237LA 3FADA 3HH4A 1G07A 1C69A 3HU8A 1L67A 3GUNA 4I7TA 1L49A 248LA 226LA 4ARJA 1P2LA 184LA 115LA 1KW5A 1C6BA 2RH1A 137LA 1L69A 2CUUA 1XJUA 2O4WA 1PQJA 1P56A 1C6NA 1OVJA 1L00A 4K5YA 4W53A 4I7MA 1P64A 3OE0A 188LA 1K28A 3RUNA 3HT6A 1L13A 4I7JA 4ZPUA 1P3NA 225LA 1PQOA 1OVHA 1QS9A 2B74A 2IGCA 1L07A 1EPYA 1L57A 1LI2A 1L75A 3C81A 4YXCA 2QARC 1L35A 1P6YA 1L48A 2HUMA 1L34A 243LA 1JTNA 1L77A 3G3XA 3D4SA 4ARMB 3HWLA 4W52A 1NHBA 1P7SA 1L95A 4I7RA 3HH3A 3OE9A 2O79A 1L0KA 112LA 1L10A 120LA 119LA 1C64A 3CDVA 160LA 1L83A 4W54A 1PQDA 1G0GA 1ZURA 113LA 1WTHA 3HTFA 4LDEA 4I7SA 2O7AA 1L29A 1L12A 1L43A 219LA 1CU3A 4GBRB 1L50A 1L66A 1L58A 149LA 1L81A 1C61A 1QTCA 246LA 1QTHA 164LA 176LA 2OE4X 4E97A 2OTYX 1L79A 224LA 107LA 2B6ZA 3DMVA 167LA 4DAJA 1C6CA 4I7NA 1KY1A 111LA 2LC9A 1LI3A 1QT5A 212LA 140LA 1C62A 3G3VA 4GRVA 1G0QA 1L76A 1OWZA 1L17A 125LA 1C68A 182LA 1PQIA 1T8AA 126LA 4W57A 104LA 1L40A 4LDLA 1CV3A 1L59A 3SB9A 1L99A 4ARPA 1C63A 3OE8A 3SBAA 244LA 4PJZA 1QTZA 3L2XA 2Q9DA 1CU6A 4ARQA 1L65A 1QTVA 3PDSA 4S0WA 3FA0A 1LWKA 1L86A 227LA 1L01A 2B6WA 127LA 3LZMA 238LA 3DN8A 4YXAC 1L21A 1L0JA 2B75A 1L85A 1C6KA 251LA 186LA 175LA 1QTBA 1C6TA 2RBNA 3DN3A 109LA 255LA 1CU0A 181LA 172LA 1L80A 1OWYA 3SBBC 1SSWA 4LZMA 165LA 1C6DA 171LA 1LW9A 1XJTA 1D3JA 1G0KA 231LA 195LA 190LA 1L37A 250LA 1DYCA 1L08A 178LA 4EKRA 1L04A 1CV6A 3C8SA 1L87A 1QTDA 2B72A 4ARQB 3HTDA 131LA 1L27A 3C7WA 1CTWA 1L53A 3SN6R 1ZYTA 2OU0X 1L30A 3SB6A 161LA 4W56A 1L71A 1CV5A 1SX7A 216LA 3HH6A 4ARMA 1L93A 3C83A 2NTHA 1DYDA 3V2WA 1P36A 215LA 3HT7A 3DN4A 1C66A 189LA 4I7LA 1C6LA 192LA 129LA 1L56A 1T8FA 4I7KA 3GUJA 1OV5A 103LA 152LA 110LA 3SB5A 1T6HA 1L54A 3HU9A 2RBRA 147LA 1QSQA 1G06A 1CV1A 1LYDA 1D3MA 1L64A 2RBSA 1DYEA 5I14A 228LA 3GUKA 1L72A 4I7OA 249LA 1C6EA 1CVKA 218LA 1CU5A 3VW7A 242LA 1L03A 233LA 3GULA 156LA 1DYBA 1L22A 1LYFA 3OE6A 157LA 1L32A 1T97A 118LA 1L38A 1L36A 217LA 1QT4A 2OU9A 3GUIA 1QUOA 223LA 1L28A 1SSYA 4EPIA 1CU2A 3CDOA 1D2WA 1L16A 3F8VA 1P5CA 2RBQA 1SWYA 158LA 2RAZX 3HT8A 2F47A 3QAKA 187LA 1L60A 1L82A 1KNIA 2QB0B 1L25A 1C67A 1LGWA 1G0JA 2RBOA 169LA 1G1VA 240LA 1D3FA 2F32A 2RB1X 1CX6A 3GUOA 1L09A 1LYHA 2OE9X 3V2YA 1C6FA 1L70A 3NY8A 1L74A 210LA 4I7QA 1L92A 2B70A 1L97A 3JR6A 1L91A 201LA 4W59A 1LLHA 3SB7A 1KW7A 3DN2A 230LA 222LA 2RBPA 123LA 3C80A 139LA 3DN6A 1L68A 1L90A 256LA 254LA 3L64A 1SX2A 1LYGA 1B6IA 1L41A 4EXMA 199LA 236LA 1D3NA 4OO9A 1LWGA 1OYUA 1QSBA 3HDEA 2B73A 4PK0A 1QUGA 3PBLA 177LA 1L24A 1L31A 1JTMA 5LZMA 1QT8A 206LA 3EMLA 3NY9A 1L47A 1L55A 102LA 252LA 1P2RA 1QT3A 4ARLA 239LA 3DNAA 1L61A 122LA 4YX7C 3F9LA 196LA 2F2QA 1L05A 170LA 1C6MA 141LA 4EKPA 3DMZA 229LA 1L39A 144LA 4W55A 159LA 260LA 7LZMA 1L52A 1CV0A 247LA 173LA 1L84A 1L15A 1L73A 261LA 155LA 4AQNA 2B6XA 4EJ4A 1C6JA 1LYIA 148LE 3DMXA 209LA 2B6TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AZ6A 1C65A 1HSWA 2DQAA 1L94A 3IJUA 4B4EA 2MEFA 3AGGG 4G4HA 1L88A 1C6IA 4EPFA 3RZEA 1G0MA 1GE2A 1LKSA 3D3DA 1GFJA 5KXOA 1RJCB 1L14A 3ULRA 5LYTA 3CDTA 4FDYA 1GB2A 4J1BA 2MEIA 1C6PA 4ETDA 3WU7A 1UIBA 4U3XB 3WUNA 5LAGA 4WLDA 5LAFA 4WM1A 3P65A 1LYJA 1LZ8A 5KXZA 108LA 4DJHA 3IJVA 4J0LA 198LA 1QT7A 1BVKC 1OUHA 143LA 1HSXA 2B6YA 3HBHA 1LZ5A 3BKHA 1G0LA 3N9CA 3WL2A 146LA 1L98A 1WVUA 3AZ5A 5D5FA 1LI6A 3HH5A 4CFOA 2ZQ4A 3HTGA 4NGWA 2ANVA 4MR1A 1LJFA 2D6BA 4WLYA 3K2RA 4XADA 4DDBA 1C6QA 1LSEA 4LT3A 4EKQA 2ANXA 1G7IC 3T36A 4TSBA 1T8GA 2RB0X 4W58A 1IC4Y 3CT0A 2RAYX 3C8QA 4E3UA 1JJ1A 259LA 3TXJA 1B7QA 2HUKA 4Z98A 214LA 4DQJA 1QIOA 5A3EA 1L49A 3G3AB 2MECA 4ARJA 5T3FA 184LA 115LA 2CUUA 3ATOA 5LA5A 1XJUA 2F30A 1OVJA 4I7MA 3OE0A 3A96A 4ZPUA 1GBOA 225LA 1OVHA 2B74A 2DQIY 1LI2A 2YBIA 4DWXA 1P6YA 2HUMA 3WULA 243LA 1HELA 5I5QA 3TMXA 1LYYA 4W52A 4WL6A 1L95A 1YAMA 3OE9A 112LA 1L10A 1L83A 1WTMA 1GBSA 113LA 1WTHA 1RFPA 1L29A 1RCMA 1L43A 219LA 1IP4A 4NGZA 1L66A 1LJ3A 2BQHA 4KL7A 1B7MA 149LA 1L81A 2HECA 246LA 3W3EA 164LA 1IP5A 2OTYX 1D0LA 1DKJA 3OK0A 4I7NA 1MLCE 1IP6A 1KY1A 111LA 1LHLA 1NDMC 1L76A 1OWZA 1L17A 1PQIA 1UIHA 2YBHA 4W57A 3RNXA 1L59A 1UBZA 5FHWA 1L99A 4ARPA 1B5YA 1QTZA 3L2XA 4S0WA 1HMLA 127LA 3LZMA 2BQMA 1V7SA 4C5FA 3DN8A 5KXLA 1L21A 1GEVA 1BB4A 1C6KA 1C6TA 1L80A 4YENA 4LZMA 1C6DA 1XJTA 171LA 1XEKA 195LA 4ET9A 1L37A 1G7HC 1DYCA 1L08A 4EKRA 1NHEA 1L87A 1G7LC 2B72A 4WO6A 1L30A 3SB6A 1C46A 1KXWA 4IASA 4W56A 1CV5A 4BS7A 1FN5A 2ZILA 1P36A 3HT7A 4LZTA 4OWAA 4I7LA 4QDNA 3WPLA 1KIRC 4ETAA 1L56A 4DT3A 3VWOA 1DI5A 152LA 4GN4A 4KT3A 1L54A 2BQAA 1D0MA 1QSQA 1G06A 4G4BA 1B5UA 1CV1A 2RBSA 3TMWA 1VEDA 1DQJC 1B7LA 1LHJA 3W6EA 5L3HA 1H87A 3VW7A 2Z2EA 3GULA 4H92A 3TXIA 1T97A 4W96A 118LA 3LYOA 1REZA 4ZFPA 1KIQC 1GXV2 4NGYA 2OU9A 1JISA 1LPIA 5FDJA 1QUOA 4CFPA 1D2WA 1L16A 3TXKA 2RBQA 1GHLA 5F81A 4H9IA 2QB0B 4XJBA 1FKVA 1OUAA 2RBOA 1GE1A 2F32A 1JKBA 5IHGA 1J1XY 1L09A 1LYHA 1IORA 1C6FA 4NHSA 3QNGA 1W08A 4B1AA 2HEEA 4I0CA 4I7QA 1L97A 1KW7A 3DN2A 1TEWA 222LA 2RBPA 3DN6A 4M6DA 2FYCA 4H9AA 4N5RA 2RSCA 2I26L 2CGIA 4OO9A 2W1XA 1IP2A 1IWZA 4A7DA 4MCKA 1OYUA 4HTKA 1GBZA 1KXXA 4RLMA 177LA 1GB8A 4YOPA 1L31A 1IC5Y 3TMUA 4WM4A 1HEOA 3NY9A 193LA 1LTMA 1GBYA 1C7PA 3A67Y 102LA 1P2RA 3K3TA 4XJIA 2BQCA 2BQGA 5DL9A 1L61A 1JKDA 4NY5A 1HC0A 196LA 1GB3A 3W6BA 3CB7A 2MEBA 4TTDA 1HEPA 159LA 260LA 7LZMA 4GCEA 1H6MA 4QEQA 1DZBX 173LA 261LA 155LA 5F14A 2I25L 1GBXA 4XJGA 4EJ4A 3CSRA 4ETEA 2B6TA 257LA 1L23A 150LA 1LOZA 1L26A 1BWJA 4N1EI 145LA 5E4PA 3C8RA 3CDQA 1L44A 1LJ4A 1QS5A 3WXUA 1IC7Y 166LA 1NKHA 4XENA 1SQ2L 4ZIXA 5AMYA 1UA6Y 2LCBA 4EKSA 3ODUA 1QSAA 4DQ7A 221LA 4II8A 4NWEA 5F9UA 1D0KA 1VATA 5I4WA 2FBBA 1TLAA 3B0IA 1LSFA 5APEA 4I7PA 3B72A 134LA 1I6SA 142LA 1D2YA 2BQDA 1QUHA 1JIYA 1LSAA 1E8LA 1F0WA 3EO5A 4DD1A 4TWSA 1HEMA 1LGXA 234LA 4LDOA 1L63A 2L78A 4NHQA 1DYAA 205LA 5FCPA 128LA 4IATA 3NYAA 1GF3A 3GUPA 1OUGA 4UWVA 3FI7A 1C60A 1IP3A 1CV4A 3F6ZA 2C8OA 3WW6A 168LA 1IWYA 4NSGA 1LZNA 1HMKA 3AZ4A 3W6FA 1NQIA 1CNSA 3GUMA 2Z39A 1OV7A 4HTNA 4FJRA 4N9RA 4N8ZA 2OEAX 4H8XA 1P46A 1LZ4A 114LA 1GFVA 1LZEA 162LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3AZ6 A;  1C65 A;  1HSW A;  2DQA A;  1L94 A;  3IJU A;  4B4E A;  2MEF A;  3AGG G;  4G4H A;  1L88 A;  1C6I A;  4EPF A;  3RZE A;  1G0M A;  1GE2 A;  1LKS A;  3D3D A;  1GFJ A;  5KXO A;  1RJC B;  1L14 A;  3ULR A;  5LYT A;  3CDT A;  4FDY A;  1GB2 A;  4J1B A;  2MEI A;  1C6P A;  4ETD A;  3WU7 A;  1UIB A;  4U3X B;  3WUN A;  5LAG A;  4WLD A;  5LAF A;  4WM1 A;  3P65 A;  1LYJ A;  1LZ8 A;  5KXZ A;  108L A;  4DJH A;  3IJV A;  4J0L A;  198L A;  1QT7 A;  1BVK C;  1OUH A;  143L A;  1HSX A;  2B6Y A;  3HBH A;  1LZ5 A;  3BKH A;  1G0L A;  3N9C A;  3WL2 A;  146L A;  1L98 A;  1WVU A;  3AZ5 A;  5D5F A;  1LI6 A;  3HH5 A;  4CFO A;  2ZQ4 A;  3HTG A;  4NGW A;  2ANV A;  4MR1 A;  1LJF A;  2D6B A;  4WLY A;  3K2R A;  4XAD A;  4DDB A;  1C6Q A;  1LSE A;  4LT3 A;  4EKQ A;  2ANX A;  1G7I C;  3T36 A;  4TSB A;  1T8G A;  2RB0 X;  4W58 A;  1IC4 Y;  3CT0 A;  2RAY X;  3C8Q A;  4E3U A;  1JJ1 A;  259L A;  3TXJ A;  1B7Q A;  2HUK A;  4Z98 A;  214L A;  4DQJ A;  1QIO A;  5A3E A;  1L49 A;  3G3A B;  2MEC A;  4ARJ A;  5T3F A;  184L A;  115L A; 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