184LA

Specificity of ligand binding in a buried non-polar cavity of t4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Specificity of ligand binding in a buried nonpolar cavity of T4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 184lA00
1L12A 2RAYX 1LYFA 1L81A 1L05A 4I7SA 1C61A 3OE9A 3C80A 1L57A 1JTNA 138LA 1I6SA 3DN1A 1SSWA 250LA 3HH3A 234LA 3HDEA 3HUKA 4EKSA 3GUKA 3F9LA 1L02A 1L77A 240LA 200LA 2QARC 1LYIA 113LA 192LA 246LA 249LA 3HTDA 3C83A 220LA 1L04A 1LLHA 157LA 1CV0A 3HU9A 3NY9A 2NTHA 217LA 1LWGA 4EKQA 1D3FA 1G0PA 3QAKA 137LA 155LA 1L69A 1PQDA 2B74A 4PJZA 144LA 158LA 112LA 3OE6A 3HWLA 1ZURA 1L50A 1L61A 114LA 4GBRB 2OTZX 1L0KA 1NHBA 1L97A 1ZWNA 1C62A 1G06A 3GULA 1C68A 1C69A 3HTBA 222LA 3CDRA 195LA 221LA 3RZEA 3SB7A 1OVHA 2HUKA 1CU0A 1C6DA 2ANXA 1L96A 1P64A 212LA 259LA 2RBSA 6LZMA 3C81A 191LA 2RBRA 3GUNA 4EXMA 3NY8A 111LA 1L93A 1L35A 3V2WA 2RBOA 1CX7A 1L41A 1L91A 1C6TA 1OVKA 244LA 1TLAA 3VW7A 161LA 2QB0B 211LA 3D4SA 3C7WA 2O7AA 241LA 3SBAA 1L68A 130LA 172LA 1G0MA 252LA 3HTGA 227LA 3DN4A 1L07A 2B6YA 2LC9A 4ZPUA 1L13A 1LPYA 1L48A 128LA 2HULA 178LA 1G1WA 2RBPA 1LYDA 104LA 4AQNA 146LA 1G0GA 159LA 1DYDA 3GUMA 4W57A 1KW7A 2LCBA 175LA 248LA 1KW5A 1XJUA 4S0WA 1XEPA 1L51A 3CDOA 4E97A 1CV5A 1C64A 3HH6A 163LA 3GUIA 1L73A 4K5YA 1LYGA 1QT8A 1L10A 1CU2A 1L74A 251LA 3DMXA 198LA 2RH1A 1QT4A 1OWZA 3DN2A 171LA 1C6FA 1XJTA 218LA 1P6YA 2RB1X 3C8QA 1C6IA 1L17A 1LGUA 3V2YA 1D3NA 1L67A 129LA 152LA 166LA 2B7XA 170LA 236LA 1QT5A 4W58A 3C8RA 1C6QA 2F2QA 3HUAA 1QTZA 1C67A 1L55A 1P2LA 2B6ZA 4ARQB 224LA 205LA 4W59A 229LA 3FA0A 238LA 1T8GA 3F8VA 1CU5A 1D9WA 4I7PA 4OO9A 1C63A 119LA 162LA 2NTGA 210LA 1L66A 1P3NA 257LA 4I7JA 253LA 242LA 3HH5A 140LA 1C6AA 1L26A 1C60A 3PDSA 1CU3A 4EPFA 1L38A 1L85A 182LA 185LA 3DN0A 4IAPA 4ARPA 139LA 4DKLA 103LA 219LA 1L20A 209LA 1C6JA 3SBBC 206LA 1P2RA 1L44A 3C8SA 3DMVA 1L46A 2B73A 1L79A 262LA 2OU0X 3HT7A 2OU8A 1D3MA 1L27A 1SX7A 2OE9X 7LZMA 3K2RA 3C7ZA 1C6PA 4I7OA 1KS3A 3G3WA 3OE0A 3GUJA 1L09A 1G0JA 4EJ4A 255LA 1L98A 3CDQA 2O79A 3L64A 150LA 4EKRA 2L78A 1L39A 131LA 142LA 1C6MA 196LA 4W53A 1G1VA 1CUPA 1L90A 3SB5A 1L76A 1C6GA 1OV7A 1QTBA 4I7LA 4ARMA 3SN6R 1L33A 1L24A 1L31A 1DYCA 181LA 3G3XA 1QT3A 1L0JA 4I7KA 1L32A 1CVKA 1DYEA 1SWZA 245LA 1L08A 1L00A 2F47A 215LA 254LA 1LYHA 1B6IA 3HDFA 247LA 1L28A 4I7NA 141LA 2A4TA 1L70A 1L84A 2B6TA 4LZMA 1D2YA 3RUNA 2B70A 1OYUA 4W52A 4W56A 1L54A 3SB9A 3SB6A 1CX6A 3HT9A 1L43A 3GUOA 160LA 1PQIA 1C6NA 225LA 216LA 3DNAA 235LA 1P37A 148LE 125LA 1C6BA 4EPIA 237LA 2RB2X 1OV5A 107LA 4GRVA 2O4WA 187LA 1JQUA 1DYBA 1L49A 3FADA 231LA 4W54A 1L80A 4LDLA 4DAJA 1JTMA 1PQJA 126LA 197LA 1LGWA 165LA 1L53A 4LDEA 1QTVA 1QUOA 3PBLA 1L16A 3HUQA 1L01A 1L65A 1L14A 5I14A 4EKPA 1L34A 1L22A 1L25A 1CU6A 149LA 1PQKA 1QSBA 230LA 2Q9DA 188LA 3SB8A 1QS9A 2IGCA 2OU9A 1L88A 180LA 3DMZA 186LA 164LA 1QUGA 189LA 1LGXA 1PQMA 1QT7A 3HTFA 4W51A 1D2WA 1QTDA 3EMLA 1L18A 243LA 4ARMB 1L60A 2RBNA 1L83A 1P36A 1L64A 183LA 1C6KA 120LA 3OE8A 1QSQA 1L52A 1L99A 2F32A 2RAZX 1L36A 1L42A 1L86A 1LWKA 1D3JA 3ODUA 1K28A 3DN8A 1L15A 102LA 127LA 1OVJA 145LA 1T97A 1QTCA 1CV1A 3HH4A 123LA 2OTYX 228LA 1SSYA 1C65A 1LI2A 3C82A 184LA 122LA 233LA 232LA 147LA 3DN6A 1L23A 1P46A 1ZYTA 1DYAA 1T8FA 1L29A 4ARQA 1L72A 1L94A 1LI6A 1P56A 201LA 1CV4A 2CUUA 1L89A 115LA 1QUDA 4ARJA 1OWYA 4YXAC 3CDVA 1L63A 1G0QA 199LA 177LA 173LA 1L75A 1QTHA 214LA 239LA 1L62A 1KNIA 1L40A 261LA 3NYAA 4I7TA 1CTWA 3HT8A 1C66A 1CUQA 2Z6BA 1P5CA 1QUHA 2B75A 2RBQA 169LA 143LA 1EPYA 4I7MA 258LA 4YXCA 1L95A 1L19A 3C7YA 4I7QA 1WTHA 2Q9EA 1L03A 1L56A 1G0KA 1G0LA 2B72A 1L82A 2B6WA 3DN3A 1L30A 1L47A 3FI5A 3UONA 1LW9A 1LI3A 1QS5A 4YX7C 1DYGA 1L37A 223LA 1L11A 5LZMA 1L06A 1L87A 1L59A 2B6XA 3DKEX 3HU8A 256LA 1C6HA 3LZMA 1SX2A 3L2XA 3JR6A 4PK0A 2HUMA 109LA 3HT6A 1C6LA 108LA 2RB0X 4LDOA 167LA 168LA 1DYFA 3GUPA 1T8AA 4I7RA 110LA 1CV6A 1T6HA 1G07A 176LA 1PQOA 1L92A 1L58A 2OE7X 1C6CA 3CDTA 2LZMA 213LA 1LYJA 174LA 118LA 151LA 156LA 1L21A 1P7SA 2ANVA 4ARLA 260LA 1KY0A 1CV3A 2OE4X 190LA 4W55A 1QT6A 226LA 1LYEA 1C6EA 4DJHA 2OEAX 1L71A 1L45A 1SWYA 1KY1A 3G3VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NMMA 2RAYX 1DZBX 1L05A 1OUDA 3C80A 1LHLA 2Z38A 4EOFA 1C08C 208LA 1SSWA 2MEAA 3LHMA 4GN5C 4G49A 4EKSA 1AT5A 1LMCA 2N5ZA 4H94A 113LA 246LA 1CV0A 2NTHA 217LA 1LAAA 4QY9A 1D3FA 1MLCE 4PJZA 4X3BA 4IATA 1IEEA 1LZ5A 1DXJA 4MCKA 3BKVA 3GULA 4XJIA 1C69A 4B4EA 1GEVA 3CDRA 1GFHA 195LA 221LA 2BQMA 2ANXA 1P64A 1H87A 4NGWA 5FHWA 3C81A 5KJ9A 4XN6A 3NY8A 4NWEA 3WULA 3A90A 3TMWA 2XBSA 1OVKA 244LA 4RW1A 4NGOA 4C5FA 3C7WA 4KXIA 4XJDA 1GFKA 5FSTA 4NEBA 3G3AB 1IY3A 227LA 5LVIA 4LYZA 1G7IC 1LPYA 178LA 4AQNA 1IWUA 4N8ZA 2MEGA 4II8A 2LCBA 248LA 1KW5A 4WL6A 2DBTA 4S0WA 1LJHA 3CSQA 3ZVQA 1LYGA 3WPJA 1L74A 5LYTA 4YM8A 1FLUA 3DN2A 1IR8A 2DQDY 2RB1X 1C6IA 3WH1A 1BWIA 2PC2A 236LA 1B7QA 4QGZA 3C8RA 4ANRA 1L55A 4ARQB 2BQAA 3FA0A 5B05A 1GE0A 5F14A 119LA 162LA 1KXXA 1P3NA 4I7JA 4NGVA 3IWRA 3RZ4A 4DC4A 3PDSA 1CU3A 1XGUC 2Q0MX 4NHIA 2G4PA 3P68A 2MEIA 1GF9A 4IAPA 2MEEA 219LA 1XGQC 4H9CA 1L20A 4XENA 3P64A 206LA 4CFPA 5KXZA 2ZNXY 3J6KA 2B73A 1QDTA 1GE3A 2ZIKA 2OU0X 3TMXA 2OE9X 1LZ6A 3A34A 3G3WA 3GUJA 1OUFA 1G0JA 4WL7A 3L64A 4HV1A 131LA 1TDYA 1IP3A 1UIEA 1QTBA 5FCPA 3HFMY 4J1BA 3RNXA 2F2NA 1IY4A 4I7KA 4YENA 1YANA 1LCNA 1L32A 3EMSA 1UC0A 1L00A 4NSHA 254LA 5ILFA 2BLXA 1L28A 3TXKA 4I7NA 3W6BA 141LA 4WM3A 5HLLA 4TX7A 4P2EA 4W52A 2DQHY 2EKSC 3SB6A 3HT9A 1PQIA 1C6NA 1IOQA 5F9XA 1P37A 3W6EA 1LSYA 1OV5A 4GRVA 3AZ5A 1CJ8A 187LA 4LT2A 1HEWA 4W54A 4DAJA 2HU1A 126LA 1I20A 197LA 1LGWA 5LVGA 2BQCA 5KXWA 3PBLA 1QUOA 1GF4A 1EQEA 1UIBA 1UICA 5DN5A 2IFFY 4EKPA 1WQNA 1L25A 1UBZA 1B7MA 2Q9DA 2BQGA 188LA 1HEOA 4GLAA 1QS9A 2BQOA 1LSAA 180LA 6LYTA 164LA 1TBYA 3HBEX 3AZ4A 1QUGA 5I5QA 1DKKA 1HEMA 5DN4A 1YAMA 3J4GA 1IORA 1LGXA 1PQMA 6LYZA 3B0IA 243LA 3M3UA 1JTOL 4ARMB 3GXRA 2LZTA 3W6AA 1P36A 1L64A 1QTEA 4WO6A 1XEJA 5L9JA 1IX0A 1JSEA 5D5FA 1D3JA 1GB2A 2BPUA 1LMAA 2YBLA 1K28A 1L15A 127LA 2F4AA 1IWWA 3WU9A 4BAFA 3WW5A 1EQ5A 4R0FA 1LI2A 233LA 1XEKA 4ARQA 3M18B 5DM9A 1P56A 2EQLA 1QUDA 4ARJA 173LA 1L75A 4A7DA 4WLXA 1INUA 1L40A 1YL1X 1LJNA 1YAPA 4NGYA 4HJVA 4NGLA 5KXYA 1CUQA 1P5CA 1QUHA 3LYMA 169LA 2HEAA 4B4IA 1GBWA 4I7MA 258LA 1SLYA 4DQ7A 4LYOA 4H93A 1G0LA 1GF7A 4XADA 3DN3A 1L47A 1LZRA 1QS5A 4YX7C 223LA 4OWHA 1L87A 1L59A 5F16A 1UIGA 3W6CA 5LYMA 1QSAA 4H9BA 3WXUA 4LDOA 168LA 1GBXA 4NHTA 1YKYX 1GF0A 1CKDA 1T6HA 1G07A 4TTDA 4BADA 3A91A 1TAYA 1C6CA 213LA 151LA 1LSZA 1JJ0A 8LYZA 260LA 1KY0A 4PJ2C 2C8PA 2XJWA 2OE4X 4ZEEA 1C6EA 5C6LA 2OEAX 1GDWA 1HMLA 1L71A 4G9SA 5HMJA 1DI3A 2HEEA 4KPMA 1L57A 1JTNA 1LZNA 1CJ7A 3WU8A 1JJ3A 5LAFA 250LA 3HH3A 4PRQA 234LA 2YBIA 1LYSA 1GXXA 240LA 3A67Y 249LA 1L04A 2DQGY 3HU9A 5DL9A 4HTQA 1BB6A 1L69A 1PQDA 2B74A 3CT1A 3OE6A 4H1PA 1NBZC 1L61A 4HP0A 4GBRB 3TXIA 1NHBA 1L97A 2A7FA 1ZWNA 1G06A 1T6VL 1C68A 1JISA 1BWJA 3AW7A 3SB7A 1GFRA 2HUKA 1L96A 2YBNA 2RBSA 1IC7Y 4GN3A 1G7HC 4EXMA 2LYMA 111LA 2ZWBA 4OWBA 3WVYA 1NKHA 5M1YA 1CX7A 1L41A 1GWDA 1VDTA 4DWXA 5FELA 3VW7A 1LYZA 2W1LA 2H5ZA 1WQQA 4DD2A 252LA 1LHMA 1T3PA 1XEIA 3DN4A 2B6YA 1GE1A 2BQKA 1L48A 128LA 1IP2A 1G1WA 1LSNA 1GE2A 1HHLA 1HSXA 194LA 3TXEA 153LA 4OW1A 1LZSA 4WM2A 2RSCA 2NWDX 4YOPA 1XJUA 1GPQC 4GLVA 3CDOA 1C64A 3HH6A 1QDRA 2FYDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NMM A;  2RAY X;  1DZB X;  1L05 A;  1OUD A;  3C80 A;  1LHL A;  2Z38 A;  4EOF A;  1C08 C;  208L A;  1SSW A;  2MEA A;  3LHM A;  4GN5 C;  4G49 A;  4EKS A;  1AT5 A;  1LMC A;  2N5Z A;  4H94 A;  113L A;  246L A;  1CV0 A;  2NTH A;  217L A;  1LAA A;  4QY9 A;  1D3F A;  1MLC E;  4PJZ A;  4X3B A;  4IAT A;  1IEE A;  1LZ5 A;  1DXJ A;  4MCK A;  3BKV A;  3GUL A;  4XJI A;  1C69 A;  4B4E A;  1GEV A;  3CDR A;  1GFH A;  195L A;  221L A;  2BQM A;  2ANX A;  1P64 A;  1H87 A;  4NGW A;  5FHW A;  3C81 A;  5KJ9 A;  4XN6 A;  3NY8 A;  4NWE A;  3WUL A;  3A90 A;  3TMW A;  2XBS A;  1OVK A;  244L A;  4RW1 A;  4NGO A;  4C5F A;  3C7W A;  4KXI A;  4XJD A;  1GFK A;  5FST A;  4NEB A;  3G3A B;  1IY3 A;  227L A;  5LVI A;  4LYZ A;  1G7I C;  1LPY A;  178L A;  4AQN A;  1IWU A;  4N8Z A;  2MEG A;  4II8 A;  2LCB A;  248L A;  1KW5 A;  4WL6 A;  2DBT A;  4S0W A;  1LJH A;  3CSQ A;  3ZVQ A;  1LYG A;  3WPJ A;  1L74 A;  5LYT A;  4YM8 A;  1FLU A;  3DN2 A;  1IR8 A;  2DQD Y;  2RB1 X;  1C6I A;  3WH1 A;  1BWI A;  2PC2 A;  236L A;  1B7Q A;  4QGZ A; 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