184LA

Specificity of ligand binding in a buried non-polar cavity of t4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Specificity of ligand binding in a buried nonpolar cavity of T4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 184lA00
1SWZA 1L75A 237LA 3C81A 3DN0A 1CV5A 1I6SA 1G1WA 139LA 1G06A 4DKLA 213LA 226LA 249LA 1L29A 1L32A 200LA 2B6YA 4E97A 1L61A 1C60A 1L43A 4I7PA 115LA 2OU0X 1P6YA 1QTBA 192LA 4K5YA 2RBPA 1L28A 3DN8A 1QS5A 1LGXA 1QTVA 3HH5A 165LA 3SN6R 1P46A 123LA 1L89A 1L72A 1L87A 4ARPA 191LA 1OWZA 1L59A 169LA 2L78A 1C61A 1LGWA 1KY0A 1CU6A 236LA 2RBSA 3V2WA 1QT6A 1P36A 3LZMA 2NTGA 173LA 4EXMA 3DN6A 1LYDA 1QSQA 1SSYA 1L48A 1C6CA 3HUKA 195LA 219LA 210LA 240LA 2B6XA 1P64A 3HT9A 3C80A 3C8RA 3UONA 4DJHA 1L17A 3HT8A 251LA 1L00A 3C82A 1L24A 2B7XA 1C66A 1L40A 1XEPA 1L19A 143LA 1L86A 242LA 2RB2X 3OE6A 171LA 1QTDA 2HUKA 1QT7A 229LA 3NY9A 3K2RA 1L96A 127LA 1L80A 3CDVA 4GBRB 183LA 4ARQA 1G0LA 1CU3A 1L65A 155LA 1L91A 2B74A 1C6AA 3SB7A 187LA 2F47A 3PBLA 3NYAA 1L47A 3DN2A 4ARMA 2Q9DA 1L0JA 216LA 1CV4A 1L08A 1QUGA 3V2YA 3SB5A 3GUMA 4EKSA 1OV5A 1QTZA 1WTHA 3C8QA 102LA 215LA 4W59A 2ANVA 1L46A 1L36A 1L90A 4I7OA 3F8VA 113LA 1D9WA 1D2WA 4GRVA 209LA 1L64A 1C6GA 231LA 234LA 107LA 222LA 218LA 243LA 3SB9A 2LCBA 103LA 1L93A 1D3MA 4LDOA 1KNIA 2B73A 220LA 2O79A 182LA 109LA 2LZMA 225LA 1LI3A 205LA 245LA 253LA 261LA 3HDEA 7LZMA 1SX7A 3L64A 2ANXA 1L31A 2B6TA 1JTNA 1L25A 3HT6A 1D2YA 3CDRA 2RBRA 4W51A 4YXAC 4I7MA 3NY8A 4OO9A 2HUMA 1TLAA 1EPYA 1L95A 168LA 3FI5A 2OTZX 1L18A 4ARJA 1L63A 3C8SA 184LA 4LZMA 1OVHA 244LA 1L06A 2QARC 2HULA 1L26A 1L53A 1L68A 1P7SA 3HTBA 227LA 148LE 1L50A 1QS9A 1C6QA 2OE4X 4ARLA 1QTHA 1C68A 1SWYA 3SBAA 211LA 1C6DA 1T97A 3EMLA 1DYGA 158LA 1OYUA 239LA 2OTYX 1L51A 4W54A 1LWKA 1LYFA 1CX7A 4DAJA 1QT5A 1LYJA 4ARQB 111LA 3HU9A 1L44A 3DN1A 3FA0A 259LA 5I14A 114LA 1C6IA 2OU9A 137LA 1L39A 1CV6A 131LA 1G0PA 178LA 1C67A 4ARMB 120LA 1L30A 1QT4A 255LA 189LA 4PJZA 257LA 1D3NA 141LA 2OU8A 2Q9EA 1L11A 1KY1A 3GUJA 3D4SA 2OE9X 1C6PA 1QT8A 3SB8A 1C6JA 4ZPUA 4EPFA 1T8GA 1PQDA 2RBNA 198LA 3ODUA 4I7LA 3RZEA 238LA 247LA 180LA 2B70A 128LA 196LA 1CV0A 4EPIA 1CU0A 1C69A 1LGUA 1L12A 147LA 230LA 1G0QA 1KS3A 1LWGA 1CV1A 2O4WA 1P56A 3HTGA 1L66A 3VW7A 150LA 142LA 3SBBC 3RUNA 1C6NA 223LA 1L84A 3C7WA 4EKQA 1QTCA 4W57A 3HT7A 3DKEX 1L99A 176LA 152LA 2B72A 1D3FA 1L27A 1L60A 1KW7A 1SX2A 1K28A 4EKPA 1L14A 1T8FA 185LA 3HU8A 4W55A 1P3NA 3OE0A 3GULA 181LA 1L98A 250LA 1DYCA 3OE9A 1DYFA 4EJ4A 1LYEA 1ZWNA 214LA 108LA 1CX6A 1C64A 1L88A 1NHBA 3HH3A 3HUQA 2RH1A 1L21A 1G07A 1C65A 1CTWA 1CUPA 3JR6A 241LA 2OEAX 112LA 2F32A 4I7KA 1DYBA 1L74A 4EKRA 1C6LA 4I7QA 1L09A 160LA 151LA 199LA 164LA 1L10A 1L67A 1L71A 3HTFA 188LA 3QAKA 3GUPA 1QT3A 3OE8A 4S0WA 1G0KA 1L23A 4I7JA 4W53A 129LA 254LA 1C6FA 1P37A 4W58A 1OV7A 3FADA 1L57A 3PDSA 1L04A 4LDLA 1DYDA 1L79A 1L94A 233LA 167LA 177LA 2RB1X 2LC9A 3HDFA 1CV3A 1G0MA 1L62A 1L70A 3C7YA 206LA 228LA 1L54A 2CUUA 3G3XA 235LA 2B75A 3GUIA 252LA 1G0GA 190LA 2RB0X 1C6EA 1L69A 1OVJA 4LDEA 156LA 1L20A 130LA 2RBQA 157LA 1L41A 232LA 161LA 1CU5A 1LI6A 4W56A 1CU2A 1ZURA 1OWYA 1ZYTA 3G3VA 1L33A 2IGCA 1L97A 6LZMA 2RAYX 4I7NA 140LA 1L15A 1L35A 144LA 163LA 1L45A 1T8AA 3L2XA 1B6IA 1XJUA 246LA 172LA 217LA 2RAZX 197LA 3CDQA 1LYHA 1XJTA 159LA 122LA 1C63A 1OVKA 3DN4A 1L92A 1L55A 1PQKA 2Z6BA 1LW9A 126LA 258LA 3DMXA 4YXCA 1CVKA 4PK0A 1L56A 1C6KA 4I7RA 1SSWA 1PQIA 3HTDA 1LI2A 162LA 1C6HA 3GUKA 248LA 1T6HA 256LA 1L01A 1L83A 1L03A 3HUAA 118LA 1L22A 1PQMA 260LA 1L76A 1CUQA 1L05A 1JTMA 3HH4A 186LA 3DMZA 3HWLA 1L49A 1P2RA 2B6WA 1L38A 201LA 3GUNA 1KW5A 1PQJA 1G1VA 110LA 2O7AA 1LYIA 146LA 1L58A 1L52A 1L16A 2QB0B 1C6TA 3DMVA 1D3JA 4IAPA 170LA 104LA 2F2QA 3SB6A 1L07A 1LLHA 224LA 1LPYA 3HH6A 4YX7C 149LA 2B6ZA 1L13A 1L77A 1QUDA 3DNAA 174LA 1QSBA 4W52A 3CDOA 3GUOA 3F9LA 1L02A 1P5CA 1L81A 1QUOA 1L34A 138LA 1C62A 1P2LA 5LZMA 262LA 1QUHA 1L42A 145LA 2RBOA 175LA 119LA 3G3WA 4I7TA 1G0JA 166LA 1L82A 3C7ZA 4I7SA 2NTHA 2A4TA 212LA 1L85A 221LA 1PQOA 1C6BA 2OE7X 1C6MA 1LYGA 1DYEA 3C83A 1L37A 3CDTA 1JQUA 3DN3A 1L73A 125LA 4AQNA 1L0KA 1DYAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GWDA 3AZ4A 2RSCA 3DN0A 1I6SA 1RFPA 3HBHA 4HPEA 3LZTA 4BS7A 1WQPA 1GF3A 1NKHA 2OU0X 4K5YA 1UIFA 1L28A 3DN8A 3HH5A 165LA 1GB2A 1NBZC 5KXMA 1LSBA 3D3DA 1L87A 5KY1A 4ARPA 1OWZA 3WPKA 2Z2FA 1GD6A 1AKIA 1LGWA 5IHGA 2DQFC 1CU6A 236LA 3CSRA 4EXMA 2DQAA 3DN6A 4YF2A 1LYDA 1JKCA 1QSQA 1SSYA 1LCNA 1JJ0A 2BQHA 1C6CA 1PZYA 219LA 2B6XA 4WM6A 1L17A 4X3BA 2BPUA 2MEDA 2B7XA 1GBOA 1C66A 5KXNA 1GFRA 1B5ZA 1GE2A 1GEZA 1VEDA 1XEPA 3KAMA 4C5FA 1JWRA 3B0IA 5ILCA 242LA 2HEBA 3NY9A 1HMKA 229LA 1LZYA 4B49A 4ARQA 5APDA 4P2EA 1OUBA 1LMQA 1L65A 2HU1A 1L91A 1GAZA 1BGIA 1C6AA 3AW7A 187LA 1XEKA 2DQGY 2Q0MX 1XGRC 4ARMA 1OUHA 1LAAA 4MCKA 1CV4A 1L08A 3V2YA 3GUMA 1IORA 3C8QA 1UIDA 4D9ZA 4W59A 1DXJA 1CJ8A 1L46A 4Z3MA 2CJLA 1C08C 1D2WA 1IP3A 209LA 3TXHA 3LYOA 4N0JA 231LA 5ILFA 107LA 2ZQ3A 4OWCA 1REZA 4LDOA 3A93A 5LYMA 1OUGA 1GF4A 5KXOA 4LYCA 109LA 1LI3A 3W3EA 253LA 261LA 4EMNA 4TX7A 5A3ZA 4PRQA 2B6TA 3HT6A 1D2YA 3CDRA 4W51A 1BB5A 1TEWA 3NY8A 2HUMA 4TSCA 168LA 1DI5A 3FI5A 1I56A 1L63A 244LA 1L26A 2YBLA 5LAFA 227LA 2BQFA 1LSAA 2OE4X 5KXTA 1QTHA 1SWYA 3SBAA 1C6DA 2ZNWY 4J7VA 3J4GA 2MEFA 1CX7A 1YILA 3A67Y 1GBSA 111LA 3W6FA 3DN1A 259LA 5HMJA 1HEMA 1VFBC 1B7NA 4H9BA 1C6IA 131LA 178LA 4ET8A 4ANRA 1N4FA 1QT4A 3WPJA 2BAAA 257LA 3CT5A 2LYZA 1DI3A 5I4WA 1QT8A 1C6JA 1T8GA 1AZFA 1XGPC 4GCFA 4I7LA 247LA 1IX0A 1GFUA 3AW6A 2YDGA 1C69A 3RT5X 230LA 2FYDA 1LWGA 1CKGA 3HTGA 5KXLA 150LA 4WG1A 223LA 1LYSA 3C7WA 2LHMA 1G7IC 1BB7A 1L60A 1TCYA 3WVYA 1GE0A 4EKPA 1D9UA 4W55A 1HSWA 5HQ1A 3MGWA 3OE9A 1CKHA 1DYFA 4J1AA 1EQEA 1ZWNA 3AGGG 1CX6A 194LA 1JTPL 3RZ4A 2RH1A 1GXV2 9LYZA 4H9IA 1LSGA 3JR6A 4H8YA 241LA 4DT3A 2F32A 4AGAA 1UIHA 1DYBA 1L74A 3CSQA 3AB6A 151LA 1LZEA 1FKQA 1W6ZA 1L10A 1L67A 1BVKC 1CKCA 5IELA 4BAPA 3QAKA 4ET9A 1QT3A 3OE8A 4S0WA 1LZAA 1JSEA 3T6UA 1C6FA 2BQEA 4W58A 2HUBA 1JISA 5B1GA 4NSJA 4M4OA 1DYDA 1L94A 2YBJA 5F16A 3CT1A 1B5UA 1CV3A 1AT6A 1L62A 3C7YA 206LA 228LA 1OUJA 2CUUA 235LA 1LJEA 1IO5A 3A6CY 1I20A 2FBBA 3WPLA 1G0GA 1HFYA 1GFAA 4WG7A 4N5RA 4NSGA 1C6EA 4HP0A 5LVJA 4MSTA 1GDXA 2FYCA 157LA 1L41A 1YIKA 4WL7A 2EQLA 1LSFA 1CU2A 3G3VA 5KJ9A 1QTEA 1B7QA 4RW2A 1L15A 4AXTA 1BWHA 197LA 3CDQA 1IY4A 8LYZA 1AM7A 2MEIA 1XJTA 4H9CA 4QEQA 1C63A 2WARA 1OVKA 2EKSC 1EL1A 4XJDA 258LA 3IJUA 3T36A 5DLAA 1PQIA 1C6HA 1JKBA 1C10A 1L03A 1GXXA 3WW6A 1CUQA 2W1MA 4W94A 3HH4A 186LA 1P2RA 201LA 1TDYA 4H1PA 110LA 146LA 1OUDA 4IAPA 1D3JA 1GFHA 104LA 4B4JA 5FEKA 2ZYCA 1HSXA 1REXA 3EO5A 1L77A 174LA 1BVXA 4W52A 3F9LA 1IR8A 1IOTA 3TXJA 1JPOA 1TBYA 1L81A 1GB7A 1LZ6A 2HTXA 138LA 4CFOA 1XEJA 1QUHA 2I6ZA 145LA 1IR7A 2RBOA 4NG1A 1IP6A 4H9EA 1LMTA 4I7TA 3C7ZA 2MEAA 2VB1A 2OE7X 1LYGA 1ZVYB 3A8ZA 4DD3A 1L37A 1CJ7A 5KXZA 4R6CA 1VDQA 3RU5A 3CDTA 3DN3A 2H9JA 4HJVA 1L0KA 3WU9A 3ZEKA 237LA 4NHTA 1CV5A 2BQMA 2BQDA 226LA 1L32A 200LA 2B6YA 1OUEA 4E97A 1KXXA 1JTOL 4NGWA 2D4JA 1KIQC 1KIRC 2Z19A 1L59A 2BLYA 1C61A 2PC2A 2A7FA 2I25L 3CSZA 3V2WA 2NTGA 3LHMA 1CJ6A 2G4QA 3CT0A 4OW1A 2F30A 1L48A 1FLWA 5LYTA 2HEFA 1P64A 1BB3A 3C80A 3C8RA 4DJHA 4XJIA 2H9KA 2HU3A 1IWUA 3SP3A 3TXKA 3C82A 4B1AA 1YAMA 2FBDA 1L86A 2YBNA 4MR1A 1H6MA 4WLTA 3W6CA 1GF5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GWD A;  3AZ4 A;  2RSC A;  3DN0 A;  1I6S A;  1RFP A;  3HBH A;  4HPE A;  3LZT A;  4BS7 A;  1WQP A;  1GF3 A;  1NKH A;  2OU0 X;  4K5Y A;  1UIF A;  1L28 A;  3DN8 A;  3HH5 A;  165L A;  1GB2 A;  1NBZ C;  5KXM A;  1LSB A;  3D3D A;  1L87 A;  5KY1 A;  4ARP A;  1OWZ A;  3WPK A;  2Z2F A;  1GD6 A;  1AKI A;  1LGW A;  5IHG A;  2DQF C;  1CU6 A;  236L A;  3CSR A;  4EXM A;  2DQA A;  3DN6 A;  4YF2 A;  1LYD A;  1JKC A;  1QSQ A;  1SSY A;  1LCN A;  1JJ0 A;  2BQH A;  1C6C A;  1PZY A;  219L A;  2B6X A;  4WM6 A;  1L17 A;  4X3B A;  2BPU A;  2MED A;  2B7X A;  1GBO A;  1C66 A;  5KXN A;  1GFR A;  1B5Z A;  1GE2 A;  1GEZ A;  1VED A;  1XEP A;  3KAM A;  4C5F A;  1JWR A;  3B0I A;  5ILC A;  242L A;  2HEB A;  3NY9 A;  1HMK A;  229L A;  1LZY A;  4B49 A;  4ARQ A;  5APD A;  4P2E A;  1OUB A;  1LMQ A;  1L65 A;  2HU1 A;  1L91 A;  1GAZ A;  1BGI A;  1C6A A;  3AW7 A;  187L A;  1XEK A;  2DQG Y;  2Q0M X;  1XGR C;  4ARM A;  1OUH A;  1LAA A;  4MCK A;  1CV4 A;  1L08 A;  3V2Y A;  3GUM A;  1IOR A;  3C8Q A;  1UID A;  4D9Z A;  4W59 A;  1DXJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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