184LA

Specificity of ligand binding in a buried non-polar cavity of t4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Specificity of ligand binding in a buried nonpolar cavity of T4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 184lA00
4ARMA 113LA 162LA 1L37A 4ARMB 210LA 1L34A 169LA 1CV4A 159LA 3SB9A 2Z6BA 4EKRA 1L04A 190LA 4DJHA 4I7SA 219LA 3HT9A 1L11A 1ZYTA 4I7JA 3CDRA 253LA 3SB8A 1P36A 1C6PA 1T8AA 3GULA 4DKLA 1JTNA 3F9LA 1OVJA 2B6TA 1K28A 1L89A 139LA 1G07A 261LA 209LA 1L01A 4W59A 3OE8A 131LA 1C6FA 174LA 1L95A 1ZURA 1C63A 3OE0A 249LA 2B6ZA 1L69A 4I7PA 1OV7A 1QT6A 1QT3A 1C6TA 1C6MA 1D2WA 1SWYA 1L57A 1CUPA 3FI5A 3HTDA 1CU0A 1KW7A 1G06A 161LA 1L88A 2RB2X 4I7MA 4I7RA 2Q9EA 1KNIA 241LA 1L85A 115LA 146LA 237LA 259LA 110LA 248LA 4E97A 119LA 3EMLA 240LA 2OU9A 1C6QA 1L64A 178LA 1L33A 127LA 216LA 1OV5A 1QUHA 3DN0A 1DYAA 3SBAA 1CTWA 1L67A 206LA 3OE6A 1G0JA 151LA 128LA 1L17A 1WTHA 238LA 251LA 1SX2A 260LA 4I7QA 2RAYX 234LA 1L55A 198LA 1P5CA 1D2YA 3HU9A 4I7LA 1KW5A 1C64A 3DMZA 1QT7A 1D3FA 1PQOA 262LA 1L25A 4W53A 1LI6A 214LA 1L62A 1QS5A 1D3MA 1C60A 3G3XA 170LA 229LA 195LA 3RUNA 3UONA 3HH5A 180LA 129LA 2OU0X 1DYDA 3GUNA 1D9WA 4I7NA 1PQJA 1P37A 1L94A 1LGXA 1CU3A 1L0JA 1L18A 4EXMA 2B72A 4YXCA 103LA 1G0MA 1C6HA 3SN6R 1KY1A 2RB1X 1L0KA 1L77A 1L27A 111LA 4EPFA 242LA 4DAJA 1QTBA 4IAPA 1L65A 1L03A 4AQNA 1L42A 1CV1A 1QTZA 2F32A 182LA 3GUPA 126LA 1L93A 3C7WA 1L45A 3K2RA 156LA 3HT8A 236LA 1L20A 1QT8A 145LA 2HUKA 3QAKA 1P64A 1ZWNA 3NYAA 4GRVA 245LA 205LA 1XEPA 3GUJA 3DKEX 1DYCA 1L56A 1G1WA 1P3NA 1QSBA 2RAZX 1L79A 223LA 1G0LA 1T8FA 218LA 1QSQA 1L02A 1L35A 3GUOA 1L15A 168LA 1DYGA 1L97A 3CDQA 3C8SA 1C68A 143LA 1L68A 4YXAC 1DYBA 3L64A 3HH3A 1LYFA 3DN8A 3RZEA 3V2YA 3D4SA 167LA 1L19A 1L28A 2IGCA 4ZPUA 220LA 187LA 217LA 2OE9X 1L43A 1L49A 257LA 1G0PA 1L73A 1L53A 184LA 1CX7A 1CU5A 171LA 1C6LA 1L31A 3HUAA 1L51A 3C8QA 1NHBA 1L48A 1C6KA 1LYEA 211LA 1TLAA 4W52A 1B6IA 2RH1A 3PBLA 1PQDA 1QTVA 114LA 4LZMA 2B70A 1L47A 3HT7A 4EPIA 108LA 1L81A 2LCBA 1G1VA 3HTFA 155LA 235LA 255LA 1L00A 1L66A 4S0WA 1L32A 1L22A 232LA 2NTGA 1L14A 3GUMA 1L36A 1QT4A 1SSYA 185LA 4ARJA 258LA 1SSWA 4W54A 112LA 1L82A 4W56A 3SB6A 1L91A 1SX7A 1L50A 2O4WA 165LA 1CVKA 4OO9A 1LGWA 152LA 1C6BA 201LA 2F47A 2O79A 1CV0A 3HTGA 2B75A 158LA 1LYIA 1LW9A 1OVKA 1C69A 2B73A 4W51A 192LA 1JQUA 1LYGA 1OYUA 226LA 1QTHA 189LA 1L98A 1XJUA 1L41A 141LA 142LA 1LPYA 2OE7X 1LWKA 2QARC 4LDLA 140LA 2B6YA 1DYFA 3HUKA 1L12A 3HUQA 1LYHA 3HU8A 3F8VA 247LA 1CUQA 3GUIA 3HH6A 256LA 3DN4A 2OTZX 5LZMA 1LLHA 1KS3A 1CV5A 1L75A 1L52A 164LA 1L46A 4ARQA 188LA 4ARQB 5I14A 199LA 2LZMA 2RBSA 104LA 1QTDA 4EKPA 1OWZA 4I7TA 1QS9A 3JR6A 148LE 2OEAX 2B74A 176LA 1L44A 157LA 163LA 3FADA 1L92A 1C61A 1LGUA 7LZMA 1P6YA 166LA 1DYEA 3DN2A 2RBNA 1L08A 1L74A 233LA 1G0GA 3LZMA 3CDVA 3FA0A 1L87A 250LA 224LA 213LA 196LA 1L80A 4W58A 3C7ZA 1JTMA 1L84A 3C80A 1LWGA 125LA 1D3JA 1P46A 1QTCA 230LA 1L63A 1C65A 3DN1A 215LA 2OU8A 3DN3A 1CV3A 1D3NA 3PDSA 243LA 173LA 138LA 2B7XA 222LA 1L90A 2RBOA 191LA 1C62A 1L07A 107LA 1L59A 1XJTA 3CDTA 2ANXA 2Q9DA 1CV6A 1L38A 3C82A 2LC9A 1C6EA 3CDOA 2B6XA 4ARPA 1QUDA 2B6WA 149LA 1L40A 1OVHA 160LA 177LA 3GUKA 3HTBA 1L58A 246LA 3NY9A 2RB0X 3SB5A 3SB7A 1L24A 172LA 1PQMA 4LDEA 228LA 212LA 197LA 3HDFA 1LYDA 1L05A 1L21A 1P7SA 2HULA 1L54A 4I7KA 1I6SA 1L70A 3DNAA 244LA 2A4TA 2L78A 3HWLA 4GBRB 1C66A 1CU6A 3C7YA 4YX7C 200LA 225LA 3V2WA 4EJ4A 3DMXA 109LA 1L96A 1KY0A 2HUMA 1EPYA 1L09A 3SBBC 1L23A 137LA 183LA 1L13A 122LA 1C6IA 2OE4X 1L60A 6LZMA 1L06A 3DMVA 1L76A 3DN6A 3HT6A 3HH4A 3NY8A 2CUUA 118LA 1L39A 1C6NA 1C6JA 3OE9A 120LA 3C8RA 231LA 4PK0A 1L99A 227LA 1T97A 1L61A 1T6HA 221LA 1PQKA 144LA 1C6GA 130LA 4ARLA 175LA 4W57A 1L30A 1QUOA 181LA 1L29A 254LA 3L2XA 186LA 147LA 1L16A 1QT5A 123LA 1G0KA 1QUGA 1G0QA 4EKQA 2O7AA 2ANVA 2F2QA 1LI2A 1LI3A 2QB0B 1C6AA 239LA 3ODUA 1LYJA 2OTYX 252LA 1L72A 1P2RA 1L83A 3C81A 4EKSA 4I7OA 1P2LA 3G3WA 1L10A 4K5YA 1L26A 1CU2A 1PQIA 1C6DA 150LA 3C83A 1C67A 3HDEA 1L86A 102LA 2NTHA 4PJZA 2RBRA 3VW7A 1CX6A 1T8GA 1L71A 2RBPA 2RBQA 3G3VA 4LDOA 1C6CA 1OWYA 1P56A 4W55A 1SWZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ARMA 3QY4A 113LA 4ARMB 1L37A 1L34A 1LSMA 1H6MA 3WVXA 1LCNA 1AM7A 1GF9A 3EMSA 4YEMA 190LA 1REMA 4DJHA 1L11A 1GFJA 5LA5A 4RW2A 4HPEA 2HEDA 253LA 1C6PA 1B7RA 1JTNA 4PRUA 3B72A 1CKGA 209LA 4YENA 3WU8A 1C6FA 1OUGA 1O23A 3AB6A 1L95A 4G4HA 5B1GA 1OV7A 1PS5A 3G3AB 1XFPL 3P4ZA 3EBAB 1RCMA 1HEQA 4B0DA 1SWYA 1L57A 1CU0A 3WW5A 1G7MC 2Q9EA 2D4JA 1DI4A 1OQMA 2YBNA 5B1FA 248LA 1XGRC 119LA 4GN3A 1CJ7A 5LVGA 5IELA 1UIDA 1YANA 1HSWA 3G3BB 1IP6A 2FYDA 4ET9A 193LA 5EBHA 3M3UA 3CSZA 1SX2A 1LJIA 2D91A 234LA 198LA 4WOAA 2W1XA 1C64A 5ILCA 1QT7A 1PQOA 1LI6A 214LA 1QS5A 2I25L 5KXYA 3UONA 180LA 1F6RA 1JTOL 5FEKA 3A67Y 4I7NA 1PQJA 1W08A 1L94A 1CU3A 4EXMA 1OUDA 103LA 1GFRA 1L77A 2PC2A 1IIZA 1QTBA 2C8PA 2FYCA 1L42A 1QTZA 2W1LA 3GUPA 3K2RA 4DDBA 3HT8A 1QT8A 1YAPA 1ZWNA 1WTNA 5LVJA 2LZTA 1DYCA 1L56A 4NGIA 4DWXA 1QSQA 1V7TA 1L35A 168LA 1DYGA 2NWDX 4DD2A 2BQKA 1RE2A 1DYBA 5II3A 3HH3A 1DKJA 3A34A 1L19A 1YL1X 2LHMA 4ZPUA 1L49A 1WQQA 1IP2A 257LA 1L73A 5L3IA 1CJ8A 171LA 1C6LA 1WTMA 4WM5A 1L51A 3W6CA 1DI5A 2F30A 4W52A 4D9ZA 1B6IA 3N9CA 1QTVA 3B6LA 114LA 1LJGA 4DD9A 1L47A 1ZMYL 1JKAA 2I26L 1L81A 5I4XA 1OUEA 5HLLA 232LA 4RW1A 5T3FA 1L14A 1RFPA 1VEDA 2CWIA 2G4QA 3SB6A 4NHPA 165LA 1CVKA 1GF8A 1LGWA 152LA 1B9OA 1HFZA 2O79A 4C3WA 2B75A 4ETCA 1LW9A 1OVKA 1HENA 4W51A 2D4IA 1JKCA 1YILA 3TMWA 1OYUA 226LA 3LYTA 1L98A 1XJUA 4H8XA 4PPOA 5C6JA 4U3XB 4G4BA 1L12A 3HUQA 4H9EA 3RW8A 3HU8A 1REYA 134LA 1CUQA 1TCYA 3DN4A 2OTZX 1GFEA 5LZMA 2MEFA 5ILFA 2Z38A 1IP1A 1L46A 2ZNWY 2LZMA 1OUFA 1GBXA 1KIQC 1QS9A 5KY1A 2BQCA 163LA 3FADA 1ZVHL 1L92A 2H9KA 1DYEA 1L08A 1L74A 5FCPA 1NDGC 3W6FA 4H9FA 3WUAA 3FA0A 1L87A 2CGIA 4J7VA 3ZVQA 4W58A 3ZVQB 1JKBA 4LFXA 1B5ZA 5LAFA 3OK0A 4HJYA 1QTCA 5I5QA 4HSFA 1LKSA 5L3HA 1D0LA 1UCOA 215LA 1OUHA 3PDSA 243LA 191LA 4WLYA 1L07A 1L59A 1ALCA 3CDTA 1MELL 3C82A 1LZ1A 1C6EA 2XBSA 1EQEA 3CDOA 1LSFA 4B4EA 2B6WA 149LA 5APEA 1L40A 3GUKA 4H9IA 246LA 2A7FA 3SB5A 3GXKA 5FDJA 3SB7A 172LA 2EIZC 4H93A 1L21A 2HULA 3DNAA 1GF4A 4GBRB 1JJ1A 1QSAA 2Z18A 5APDA 1DI3A 1JSEA 1LSAA 3CT5A 4DDCA 4OWAA 1L09A 1GFTA 4AXTA 4OOTA 3WULA 4J1BA 2OE4X 4GCDA 5B05A 2DQIY 2ZILA 1LHHA 1L76A 3DN6A 2BPUA 4B1AA 1C6JA 4XJDA 2BQDA 1IC4Y 3C8RA 231LA 1L99A 1JHLA 227LA 1T97A 2Z19A 1N4FA 1J1XY 1VATA 4NHSA 4ARLA 1LJKA 1F10A 1L30A 4TSBA 4UWUA 2XJWA 1QUOA 4WL6A 254LA 5F81A 1D0KA 5HNLA 186LA 2BQAA 4XJGA 1IOTA 1LYYA 1AT5A 1TEWA 1GB3A 1B2KA 1LI2A 1GBOA 1B5WA 1C6AA 4ETEA 3CSRA 3ODUA 1LYJA 1L72A 4TTDA 3IJUA 3W6EA 2YDGA 2W1MA 4NSGA 1XGPC 1JJ0A 150LA 1L86A 102LA 5C6LA 1GDWA 2NTHA 1IORA 2AUBA 2RBPA 2RBQA 3G3VA 1GB5A 1C6CA 3WU7A 2DQHY 162LA 1B0DA 2BQLA 1G7LC 1P2CC 169LA 159LA 1UIAA 4H9AA 1GBWA 4Z41A 5I4YA 3QE8A 5HQ1A 4EOFA 4I7SA 1DKKA 219LA 3HT9A 4DD7A 1NKHA 3HBEX 5B07A 3TMUA 3CDRA 4YF2A 5LXWA 5F14A 2Y8PA 1QSWA 1P36A 1T8AA 3GULA 1UIGA 4WL7A 1LZ9A 1L89A 4CFOA 1SQ2L 139LA 1G07A 261LA 3B0IA 4N1CC 1FLUA 1LJEA 135LA 1ZURA 2ZNXY 3OE0A 4DT3A 1CJ9A 3HTDA 3GXRA 3RNXA 5KKIA 5KXPA 1KW7A 2DKVA 3A6CY 4QGZA 1G06A 3AGGG 4NHQA 4PHIA 1NBZC 4I7MA 1YKZX 1LYSA 241LA 5LVKA 7LYZA 2HEBA 1BGIA 2OU9A 1GF7A 178LA 127LA 216LA 5LINA 1GAYA 4LT2A 2BQBA 3DN0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ARM A;  3QY4 A;  113L A;  4ARM B;  1L37 A;  1L34 A;  1LSM A;  1H6M A;  3WVX A;  1LCN A;  1AM7 A;  1GF9 A;  3EMS A;  4YEM A;  190L A;  1REM A;  4DJH A;  1L11 A;  1GFJ A;  5LA5 A;  4RW2 A;  4HPE A;  2HED A;  253L A;  1C6P A;  1B7R A;  1JTN A;  4PRU A;  3B72 A;  1CKG A;  209L A;  4YEN A;  3WU8 A;  1C6F A;  1OUG A;  1O23 A;  3AB6 A;  1L95 A;  4G4H A;  5B1G A;  1OV7 A;  1PS5 A;  3G3A B;  1XFP L;  3P4Z A;  3EBA B;  1RCM A;  1HEQ A;  4B0D A;  1SWY A;  1L57 A;  1CU0 A;  3WW5 A;  1G7M C;  2Q9E A;  2D4J A;  1DI4 A;  1OQM A;  2YBN A;  5B1F A;  248L A;  1XGR C;  119L A;  4GN3 A;  1CJ7 A;  5LVG A;  5IEL A;  1UID A;  1YAN A;  1HSW A;  3G3B B;  1IP6 A;  2FYD A;  4ET9 A;  193L A;  5EBH A;  3M3U A;  3CSZ A;  1SX2 A;  1LJI A;  2D91 A;  234L A;  198L A;  4WOA A;  2W1X A;  1C64 A;  5ILC A;  1QT7 A;  1PQO A;  1LI6 A;  214L A;  1QS5 A;  2I25 L;  5KXY A;  3UON A;  180L A;  1F6R A;  1JTO L;  5FEK A;  3A67 Y;  4I7N A;  1PQJ A;  1W08 A;  1L94 A;  1CU3 A;  4EXM A;  1OUD A;  103L A;  1GFR A;  1L77 A;  2PC2 A;  1IIZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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