185LA

Specificity of ligand binding in a buried non-polar cavity of t4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity
Total Genus 59
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-123)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH7 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH6 (126-134)AH8 (143-155)AH4 (83-90)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Specificity of ligand binding in a buried nonpolar cavity of T4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 185lA00
3CDVA 3C8RA 1D3MA 209LA 1L12A 2LZMA 1QT6A 1L72A 1LYEA 161LA 187LA 1C6CA 1L03A 1LGXA 1P6YA 3DMZA 1SSWA 4AQNA 1L96A 185LA 1L62A 156LA 1CTWA 4I7KA 4W51A 1L18A 1L99A 242LA 4I7SA 3V2WA 3C82A 1C6EA 1QT4A 2B6XA 1T8GA 1NHBA 2OEAX 200LA 1KS3A 1C6NA 2LC9A 1P3NA 131LA 3HUQA 4EXMA 3SN6R 199LA 1C63A 1P64A 3NYAA 1QUDA 1CU6A 2LCBA 258LA 120LA 1L08A 1L91A 218LA 4I7NA 1C6GA 3CDRA 3F8VA 1ZURA 152LA 2HUMA 2OU9A 2RBSA 1QUGA 240LA 1G0PA 1C6LA 1SX2A 4EKPA 1C6IA 3HH4A 1T6HA 151LA 1L84A 1PQOA 2HUKA 1CVKA 1L09A 2QB0B 1L75A 4W59A 167LA 3CDOA 3OE8A 1QS9A 1L05A 1C6PA 1P2LA 216LA 3C7WA 2B6TA 4PJZA 159LA 2RB0X 4PK0A 233LA 144LA 2RAZX 104LA 3LZMA 229LA 3DMXA 4ARJA 1LW9A 3G3WA 1L69A 3C7YA 157LA 178LA 234LA 160LA 3HDFA 1CV5A 197LA 1T8AA 1L95A 143LA 1L00A 3V2YA 3C8SA 4W57A 1CV4A 221LA 129LA 113LA 214LA 125LA 5I14A 1JTNA 3HUKA 1C6DA 3DN3A 119LA 1DYCA 1XEPA 3RUNA 166LA 4W58A 1L13A 1QTBA 3OE6A 173LA 1P7SA 231LA 261LA 3OE0A 1JQUA 1L77A 1LWGA 198LA 1C61A 1P46A 146LA 2ANXA 1CV6A 1L55A 149LA 4E97A 4ARLA 1L38A 1CU3A 2F32A 3HU8A 4W55A 2ANVA 1L47A 1C69A 1L68A 1G0GA 2RBPA 1OWZA 4ARQB 1L22A 1L59A 123LA 4ARMB 1DYAA 223LA 3C83A 219LA 1EPYA 1OYUA 2L78A 1SWZA 1B6IA 1L06A 3GUIA 3SBAA 186LA 1C65A 4LDOA 1L76A 1XJUA 1L64A 4DJHA 1OVKA 1L04A 4I7RA 249LA 3C8QA 1C62A 4LDLA 1CX6A 220LA 2CUUA 1C64A 4I7OA 2B6YA 1D3JA 1QT7A 3PDSA 1L42A 1PQIA 1L90A 1T8FA 1G0QA 1DYBA 1L50A 112LA 1CV0A 109LA 128LA 150LA 3CDTA 1L79A 1QT5A 3OE9A 196LA 1LLHA 260LA 114LA 3DMVA 169LA 1L33A 1OVJA 2Z6BA 244LA 2F47A 1DYFA 250LA 4GBRB 6LZMA 232LA 180LA 211LA 3SB7A 1KW5A 4IAPA 2OU0X 2RBRA 3ODUA 3SB9A 122LA 3HWLA 1DYDA 4EPIA 2RH1A 1L30A 5LZMA 1L63A 4ARQA 1QTHA 255LA 4ARMA 3SB8A 1KW7A 1QSQA 2Q9EA 247LA 259LA 1L87A 1L07A 4ARPA 137LA 236LA 1L97A 1D3NA 1L11A 3HH3A 7LZMA 1CU0A 1CX7A 3SB5A 1L40A 1L34A 1P56A 4I7QA 103LA 1PQKA 4I7JA 1LGUA 189LA 1L48A 1CUPA 1PQDA 1PQJA 224LA 182LA 1C66A 4I7LA 1LI6A 4I7MA 1L71A 3SBBC 243LA 1L15A 4YXCA 1L16A 1LI2A 1L44A 1G0JA 1L57A 217LA 3DN8A 175LA 2B6ZA 165LA 1LPYA 254LA 3EMLA 3C7ZA 2B72A 2O4WA 1L81A 4YX7C 191LA 4LZMA 1QT3A 2Q9DA 3GUKA 1SSYA 3VW7A 2RB1X 3GUNA 174LA 1L37A 3HTDA 241LA 3G3XA 3UONA 3L64A 1LI3A 1L89A 140LA 1I6SA 3HTFA 3GUOA 115LA 177LA 3GUMA 4I7PA 3NY9A 145LA 2B74A 3DN6A 1L35A 102LA 2HULA 3HH6A 213LA 1D2YA 1L83A 1L39A 2A4TA 141LA 1G0MA 1C6QA 2NTHA 181LA 3RZEA 1C6TA 1L61A 2RBQA 1LYDA 1L31A 246LA 4OO9A 3HU9A 1L02A 2RAYX 4K5YA 4EJ4A 3FA0A 1OV5A 2OU8A 3D4SA 1C6KA 215LA 176LA 1D9WA 1SX7A 2OE4X 4EKSA 4ZPUA 3GUPA 230LA 195LA 1L49A 1L52A 1LGWA 1DYGA 3HUAA 108LA 1L88A 1LWKA 1QUOA 3DNAA 1L17A 2B6WA 1C68A 1L46A 1QTZA 1L01A 4I7TA 222LA 2QARC 1C6AA 172LA 3C80A 4DAJA 1LYGA 163LA 1CV3A 1L43A 4W53A 1C67A 235LA 1JTMA 1L82A 1QSBA 1L19A 1QTVA 2IGCA 1G0LA 1G0KA 1L56A 3FI5A 3SB6A 1L27A 3HTBA 1OV7A 2B75A 188LA 3HH5A 1KY1A 4W56A 1C6BA 1LYFA 3HT9A 1L29A 3HDEA 138LA 1L80A 1LYIA 2RBOA 1L36A 2O7AA 1L28A 1L32A 1L0KA 226LA 1D2WA 1L21A 1K28A 1C60A 1L98A 1QTDA 239LA 2OTYX 148LE 3HT6A 1QTCA 1L26A 1G1VA 4EKRA 3K2RA 171LA 3JR6A 1G07A 1L93A 3F9LA 107LA 256LA 1C6FA 3HT7A 2RB2X 2B70A 3DN1A 1P2RA 1DYEA 1P36A 130LA 2F2QA 4EKQA 1L45A 1QT8A 257LA 184LA 3HT8A 3C81A 1L23A 1L10A 1OVHA 248LA 1T97A 210LA 212LA 1L20A 2NTGA 1CU5A 1D3FA 1ZWNA 4LDEA 127LA 155LA 1L73A 1TLAA 1CUQA 170LA 1L58A 3NY8A 158LA 1C6HA 1L60A 183LA 1L94A 2OE9X 1L0JA 225LA 1L24A 2B7XA 245LA 1QUHA 1PQMA 142LA 1L86A 1WTHA 1P5CA 3DN0A 3DKEX 4S0WA 228LA 1L70A 3GUJA 162LA 205LA 4YXAC 1CU2A 110LA 253LA 2RBNA 3FADA 3PBLA 111LA 1XJTA 3L2XA 4DKLA 1L51A 126LA 118LA 1L67A 164LA 1SWYA 1L41A 1LYJA 147LA 2OTZX 2OE7X 1L65A 201LA 190LA 252LA 1L92A 139LA 262LA 3DN2A 1L54A 3CDQA 2B73A 3GULA 3DN4A 237LA 1QS5A 2O79A 4W54A 1KNIA 1L85A 168LA 1L25A 4EPFA 1P37A 4W52A 3G3VA 1G06A 1KY0A 1LYHA 1L74A 4GRVA 227LA 1C6MA 206LA 1G1WA 1CV1A 192LA 3QAKA 1L66A 1C6JA 251LA 1L53A 1OWYA 238LA 3HTGA 1ZYTA 1L14A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D3MA 1QT6A 4Z46A 161LA 187LA 4PJ2C 3BKHA 1DZBX 4WM5A 3DMZA 185LA 1RJCB 156LA 4W51A 4WM6A 1LZAA 4I7SA 2BQJA 3V2WA 1C6EA 4NG8A 5I4YA 1T8GA 2C8PA 2OEAX 1LJGA 1BHZA 1C6NA 2WARA 1UIGA 131LA 4EXMA 3SN6R 1LHIA 1P64A 2CJLA 1TCYA 1GB5A 218LA 4I7NA 3F8VA 5I4XA 1QUGA 240LA 1G0PA 1C6LA 4EKPA 4FDYA 4DD0A 3HH4A 1L84A 1CVKA 2BLXA 2QB0B 167LA 1UUZC 1QS9A 5DL9A 1P2LA 4HTQA 4QEQA 3T6UA 159LA 2BQDA 1TEWA 1EQ4A 2RAZX 104LA 1LYYA 4I8SA 4GCFA 1LYSA 1LZNA 5DLAA 3A3RX 3C7YA 3WXUA 4N0JA 157LA 178LA 234LA 1GF0A 4LZTA 3LYMA 4G9SA 3CT0A 2HUBA 2RSCA 1LSDA 3C8SA 3QY4A 4XJBA 1CV4A 113LA 214LA 125LA 3HUKA 1DPWA 4HJZA 4H1PA 207LA 3RUNA 166LA 4W58A 1WQQA 1GE2A 1L77A 198LA 1C61A 1GBYA 1B5XA 2DQEY 1YAMA 1LJFA 1OUDA 149LA 1GB6A 2F32A 2I26L 1XGUC 1LKRA 5IDDA 3ATNA 1E8LA 4ARQB 123LA 1KIRC 1LTMA 3C83A 4LFXA 2D4JA 3LHMA 1SWZA 1TDYA 4W96A 4LDOA 1SLYA 4H92A 1HEWA 5LAFA 1B7RA 4QY9A 1C64A 1FBIX 1QT7A 1C10A 4KXIA 3VWOA 1T8FA 1UIAA 1DYBA 1L50A 1O23A 109LA 1GDWA 1IR7A 3CDTA 5KXYA 2BQNA 3OE9A 196LA 260LA 1KIQC 169LA 2Z6BA 2F47A 1HF4A 5F9UA 232LA 3SB7A 1KW5A 4IAPA 5LAGA 3ODUA 1YIKA 3E3DA 4WL6A 4LT2A 4NHPA 2Z39A 3HWLA 4G49A 3WW6A 4WMGA 5LZMA 1QTHA 255LA 4RW1A 4ARMA 2Q9EA 247LA 1B5YA 4DD7A 2I6ZA 3WU8A 4ARPA 4AXTA 1L11A 3HH3A 7LZMA 1CX7A 1UICA 3CSZA 4DD1A 4I7JA 2BQKA 4TSBA 2I25L 1C45A 2DQCY 5LYMA 4I7MA 1L71A 3QE8A 4BADA 5APCA 1CJ6A 1L15A 1LI2A 1L57A 217LA 1HELA 2B6ZA 2W1XA 165LA 1BVKC 3TMVA 2O4WA 1INUA 3WVYA 3AZ4A 1IWUA 1QT3A 4DWXA 3D9AC 3VW7A 3GUNA 5HMJA 4TWSA 1OUHA 1L37A 2HEAA 3HTDA 3TXDA 1UIDA 1IO5A 2D6BA 4NHIA 140LA 4G4HA 2ZIJA 4WLXA 4UWVA 1IP7A 1GBOA 1B0DA 153LA 1T6VL 1IC7Y 5KXZA 3AW6A 1D2YA 1JKCA 1L83A 3ZEKA 1F0WA 1C6QA 208LA 2DQFC 1L31A 3TXIA 2RAYX 3W6EA 3FA0A 1OV5A 1WVUA 4EKSA 1D9WA 1HMKA 5F16A 195LA 3P65A 4M4OA 1QUSA 4IATA 1DYGA 108LA 1LSEA 3DNAA 2F4AA 3LN2A 1IEEA 4HJVA 1L01A 5HNLA 1LJNA 2BQGA 1IR8A 172LA 1GBSA 1L82A 1QSBA 1JJ3A 5LXWA 1QTVA 5DN5A 4BS7A 1GAYA 1J1OY 4XJIA 2BQFA 1L56A 2FYDA 1OV7A 188LA 1IOQA 1KY1A 1DKKA 4RLNA 5B59A 2CGIA 3HT9A 4LYMA 3WYHA 4DDCA 4WLDA 1QTDA 1C60A 148LE 1REZA 1D9UA 4H90A 1XEKA 3K2RA 3ZVQB 3KAMA 4OWHA 1C43A 3DN1A 1P36A 2ZWBA 257LA 2H9JA 4XJHA 1L23A 1T97A 2N5ZA 3B6LA 5LVHA 1CU5A 155LA 1TLAA 1L58A 3TXBA 3NY8A 1WQNA 183LA 1HHLA 1GF6A 1L0JA 1L24A 3AGHA 135LA 4A7DA 1GB3A 4S0WA 1LPIA 162LA 4XENA 3WW5A 4OWAA 2ZIKA 1XJTA 3L2XA 4DKLA 3G3BB 3AYQA 1GXXA 2BQEA 1GE4A 1QTKA 1JTTL 4U3XB 1IWZA 4WLYA 4AGAA 1GFGA 1CNSA 139LA 4ETEA 3DN2A 1GD6A 4MCKA 3GULA 3DN4A 1BB4A 1VDSA 1QS5A 4W54A 2VB1A 5HNCA 1KIPC 1LZ9A 1P37A 4W52A 4PRQA 1CKCA 4DDAA 227LA 5KXLA 4P2EA 3CSRA 5C6IA 1L66A 1G7HC 3B0KA 1L53A 2XJWA 1NMMA 3W6FA 4NGKA 209LA 1AT6A 1HC0A 1LJKA 1LYZA 1QSAA 5L9JA 1C6CA 4CFOA 2W1MA 1L03A 5LYZA 4NWEA 1UC0A 3CQLA 4C5FA 3P64A 1SSWA 4AQNA 1L96A 1UIBA 3EMSA 4I7KA 1L99A 242LA 2B6XA 1NHBA 3J6KA 1LJ3A 1KS3A 1QQYA 2LC9A 3HUQA 1XFPL 4N9RA 1GFHA 3A8ZA 4J7VA 1L08A 1QSWA 4HPEA 1FKVA 151LA 2BQLA 2HUKA 1IVMA 3EXDA 4W59A 5FHWA 1L05A 5LVKA 2DQGY 216LA 1IY3A 1GB8A 2YVBA 1GF5A 144LA 1I56A 4B1AA 1LSCA 1YAQA 3DMXA 3G3WA 2DQAA 1WQRA 4H9AA 2BPUA 5HMVA 4DDBA 1LZ6A 1GFKA 1L00A 1GBXA 1OUEA 4W57A 5LVGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1D3M A;  1QT6 A;  4Z46 A;  161L A;  187L A;  4PJ2 C;  3BKH A;  1DZB X;  4WM5 A;  3DMZ A;  185L A;  1RJC B;  156L A;  4W51 A;  4WM6 A;  1LZA A;  4I7S A;  2BQJ A;  3V2W A;  1C6E A;  4NG8 A;  5I4Y A;  1T8G A;  2C8P A;  2OEA X;  1LJG A;  1BHZ A;  1C6N A;  2WAR A;  1UIG A;  131L A;  4EXM A;  3SN6 R;  1LHI A;  1P64 A;  2CJL A;  1TCY A;  1GB5 A;  218L A;  4I7N A;  3F8V A;  5I4X A;  1QUG A;  240L A;  1G0P A;  1C6L A;  4EKP A;  4FDY A;  4DD0 A;  3HH4 A;  1L84 A;  1CVK A;  2BLX A;  2QB0 B;  167L A;  1UUZ C;  1QS9 A;  5DL9 A;  1P2L A;  4HTQ A;  4QEQ A;  3T6U A;  159L A;  2BQD A;  1TEW A;  1EQ4 A;  2RAZ X;  104L A;  1LYY A;  4I8S A;  4GCF A;  1LYS A;  1LZN A;  5DLA A;  3A3R X;  3C7Y A;  3WXU A;  4N0J A;  157L A;  178L A;  234L A;  1GF0 A;  4LZT A;  3LYM A;  4G9S A;  3CT0 A;  2HUB A;  2RSC A;  1LSD A;  3C8S A;  3QY4 A;  4XJB A;  1CV4 A;  113L A;  214L A;  125L A;  3HUK A;  1DPW A;  4HJZ A;  4H1P A;  207L A;  3RUN A;  166L A;  4W58 A;  1WQQ A;  1GE2 A;  1L77 A;  198L A;  1C61 A;  1GBY A;  1B5X A;  2DQE Y; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1D3M A;  1QT6 A;  4Z46 A;  161L A;  187L A;  4PJ2 C;  3BKH A;  1DZB X;  4WM5 A;  3DMZ A;  185L A;  1RJC B;  156L A;  4W51 A;  4WM6 A;  1LZA A;  4I7S A;  2BQJ A;  3V2W A;  1C6E A;  4NG8 A;  5I4Y A;  1T8G A;  2C8P A;  2OEA X;  1LJG A;  1BHZ A;  1C6N A;  2WAR A;  1UIG A;  131L A;  4EXM A;  3SN6 R;  1LHI A;  1P64 A;  2CJL A;  1TCY A;  1GB5 A;  218L A;  4I7N A;  3F8V A;  5I4X A;  1QUG A;  240L A;  1G0P A;  1C6L A;  4EKP A;  4FDY A;  4DD0 A;  3HH4 A;  1L84 A;  1CVK A;  2BLX A;  2QB0 B;  167L A;  1UUZ C;  1QS9 A;  5DL9 A;  1P2L A;  4HTQ A;  4QEQ A;  3T6U A;  159L A;  2BQD A;  1TEW A;  1EQ4 A;  2RAZ X;  104L A;  1LYY A;  4I8S A;  4GCF A;  1LYS A;  1LZN A;  5DLA A;  3A3R X;  3C7Y A;  3WXU A;  4N0J A;  157L A;  178L A;  234L A;  1GF0 A;  4LZT A;  3LYM A;  4G9S A;  3CT0 A;  2HUB A;  2RSC A;  1LSD A;  3C8S A;  3QY4 A;  4XJB A;  1CV4 A;  113L A;  214L A;  125L A;  3HUK A;  1DPW A;  4HJZ A;  4H1P A;  207L A;  3RUN A;  166L A;  4W58 A;  1WQQ A;  1GE2 A;  1L77 A;  198L A;  1C61 A;  1GBY A;  1B5X A;  2DQE Y; 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