186LA

Specificity of ligand binding in a buried non-polar cavity of t4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Specificity of ligand binding in a buried nonpolar cavity of T4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 186lA00
1DYFA 1T6HA 1QTVA 4IAPA 1G1WA 1L62A 1L76A 2B6WA 1LGWA 1G0GA 3EMLA 3F9LA 1P2RA 1C6FA 239LA 3C80A 1PQIA 4W52A 1T8AA 4E97A 164LA 3FADA 5LZMA 1L91A 242LA 1QTBA 200LA 144LA 188LA 126LA 1T8FA 3F8VA 3HT6A 3HUQA 1L25A 243LA 4W57A 1D3FA 190LA 1QT5A 4I7PA 2HULA 122LA 1C6HA 1L66A 185LA 205LA 143LA 1L97A 1QT7A 3GUOA 2RBQA 235LA 213LA 3SB7A 3CDOA 1C68A 1CV3A 1JTMA 4I7RA 4DKLA 2NTGA 1QSBA 221LA 103LA 4ARPA 163LA 1G0KA 2RB0X 245LA 1G0MA 247LA 3HTBA 1L36A 250LA 4PK0A 1LI3A 3HDFA 3HTFA 2ANVA 1DYBA 4W56A 232LA 3DN4A 4LZMA 1JTNA 160LA 1OWZA 3G3XA 4EXMA 1L41A 1L27A 3HT7A 2HUKA 2O7AA 4ARLA 3GUIA 2Z6BA 1L60A 3HH6A 3CDTA 1C6MA 1PQKA 1P46A 3OE6A 1OV5A 1L16A 157LA 1OVJA 1CX7A 162LA 3C8SA 230LA 3HT8A 1L14A 3DN3A 1LWGA 3DMVA 1CTWA 3NYAA 1C6BA 1LGXA 1NHBA 1B6IA 147LA 1L86A 3HDEA 1D9WA 1DYGA 1L26A 1QS9A 3OE9A 1L52A 1QT8A 4W51A 1QUHA 2QB0B 2A4TA 1L69A 4GRVA 137LA 3DKEX 1L47A 107LA 2O4WA 3GUJA 150LA 1G1VA 1L57A 4I7OA 1L50A 1C61A 1C6GA 1L58A 231LA 1L06A 1L70A 1L17A 1L90A 1OWYA 1L03A 4ARMB 168LA 1SX2A 1KW7A 4EKSA 1D2WA 2B6ZA 1QUOA 3SN6R 3GUPA 3CDVA 182LA 141LA 3DNAA 1L94A 2Q9EA 1C65A 227LA 4I7TA 1LI2A 1L63A 1LYIA 170LA 1P2LA 1P6YA 3SB6A 258LA 4EPFA 1ZWNA 1C63A 1L18A 3HH4A 3UONA 1C62A 2B6XA 148LE 1C6EA 129LA 1L42A 2B72A 3DN8A 212LA 191LA 251LA 259LA 1KNIA 237LA 1L10A 241LA 2OU9A 1L59A 1P5CA 175LA 238LA 1KY1A 3NY9A 155LA 1LYEA 4EJ4A 1LWKA 1D3JA 1ZURA 240LA 2B73A 1P56A 3G3WA 3L2XA 1L24A 118LA 1L45A 1T8GA 3QAKA 1L79A 1L22A 1D3NA 246LA 3GULA 3C8QA 1L93A 220LA 1L0KA 1LYDA 4DAJA 1CX6A 123LA 3SB8A 3CDQA 3C7YA 1L96A 4S0WA 159LA 1L0JA 1C66A 4ARMA 1CV6A 211LA 1PQJA 1L21A 1KY0A 3D4SA 2OE4X 1QSQA 110LA 1DYEA 172LA 229LA 1L55A 1L65A 3HU8A 1EPYA 3GUMA 222LA 186LA 2B7XA 1L20A 4ARQB 2LCBA 1L89A 127LA 1L00A 249LA 1P37A 1D3MA 1DYCA 1G06A 1L82A 1G0LA 195LA 1P36A 1LYHA 1L23A 1L12A 1C6PA 254LA 174LA 196LA 113LA 1K28A 4I7NA 3DN6A 3HH3A 4ZPUA 1L33A 151LA 2OU0X 1C6TA 4YX7C 1L08A 1C6KA 2B6TA 2F32A 1C6DA 1L15A 261LA 189LA 3FA0A 3V2WA 1OYUA 3HH5A 1L34A 262LA 244LA 2QARC 1CUPA 198LA 3CDRA 206LA 1PQDA 257LA 2OEAX 2OTYX 219LA 1L92A 4EKQA 1L07A 3HTDA 1KW5A 1L51A 253LA 2NTHA 3GUNA 1LPYA 3C83A 1QT4A 2B70A 2RB2X 128LA 161LA 177LA 1T97A 2F47A 218LA 2RB1X 1SSWA 1LGUA 5I14A 112LA 2Q9DA 3JR6A 214LA 3HU9A 1G0JA 140LA 115LA 210LA 1L01A 1CV0A 2LZMA 131LA 252LA 1LYJA 125LA 1P64A 2OTZX 228LA 1L56A 1L19A 1L38A 4ARQA 1C67A 173LA 1PQMA 1CU2A 1C69A 1C6LA 223LA 3V2YA 1CV5A 1L61A 1WTHA 3SBBC 139LA 1PQOA 1L35A 3C7ZA 171LA 180LA 1LI6A 4YXCA 4I7KA 1L84A 1OVKA 1L74A 1XJUA 236LA 1CU5A 1C64A 255LA 1L28A 3DMXA 1QT6A 1QTDA 1CU6A 1OV7A 120LA 3DN0A 3RUNA 1L85A 187LA 3DMZA 1SSYA 2HUMA 1L44A 3C82A 1L37A 3HUAA 119LA 2F2QA 1CU3A 3DN1A 1CUQA 3LZMA 4EPIA 130LA 1C60A 1CVKA 1L43A 1L95A 209LA 145LA 1L53A 1CV4A 4GBRB 1L64A 4I7LA 1XJTA 1L30A 1QUDA 4OO9A 1L13A 166LA 2ANXA 215LA 1L81A 1L98A 4W53A 1QTZA 1C6CA 1C6QA 199LA 1G0PA 1L54A 1L09A 248LA 104LA 184LA 142LA 1L39A 1L71A 4DJHA 1CU0A 2O79A 1QTCA 1L31A 165LA 2OE7X 1L48A 192LA 2CUUA 2RAZX 3HUKA 1I6SA 1L68A 1SX7A 256LA 1QS5A 7LZMA 1L05A 3G3VA 152LA 114LA 1KS3A 3ODUA 1C6JA 3SB9A 1L67A 4LDOA 1L72A 108LA 4EKPA 3HTGA 1L04A 167LA 1L32A 169LA 6LZMA 146LA 2RH1A 217LA 2B75A 3PDSA 1CV1A 1L80A 4YXAC 1L75A 2RBOA 1LW9A 178LA 3K2RA 176LA 138LA 3C7WA 3NY8A 2OU8A 3HT9A 3HWLA 1L29A 1QTHA 3RZEA 1L99A 2RBRA 109LA 4K5YA 4LDEA 201LA 1C6NA 1LLHA 1SWYA 4W54A 4I7MA 156LA 216LA 3C8RA 4EKRA 4W59A 226LA 1G0QA 4ARJA 1L73A 2RBSA 2RBPA 2IGCA 3SB5A 3FI5A 3L64A 4W55A 3OE8A 183LA 1G07A 1QT3A 224LA 4I7SA 1LYGA 4I7JA 2B6YA 2L78A 2LC9A 233LA 3GUKA 4PJZA 1XEPA 1L02A 4W58A 1JQUA 1L11A 1C6IA 111LA 4I7QA 3OE0A 3DN2A 1DYAA 1L46A 149LA 2RBNA 4LDLA 1C6AA 3SBAA 1L49A 1SWZA 1LYFA 102LA 158LA 1L88A 2B74A 1OVHA 2OE9X 1L83A 234LA 1D2YA 1QUGA 4AQNA 260LA 181LA 225LA 1P7SA 1L87A 1L77A 1P3NA 1ZYTA 1TLAA 3PBLA 2RAYX 1DYDA 197LA 3C81A 3VW7A 1L40A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IAPA 1FKQA 1L76A 1C6FA 1T6VL 188LA 126LA 4RLMA 2ZILA 5B59A 4NSJA 2HULA 1C6HA 1L66A 1TCYA 4KXIA 4KT3A 4H8XA 2MEIA 5LA5A 1L97A 1QT7A 3GUOA 1IWXA 1GE2A 3CDOA 5E4PA 4XJBA 1QSBA 4ARPA 1OUBA 1XFPL 3HTBA 4NY5A 4PK0A 1LI3A 3HDFA 1YAPA 1LSNA 2YVBA 1GDWA 4W56A 1XEIA 3WL2A 160LA 1UBZA 5D5FA 5I4WA 3G3XA 1KIQC 1LJJA 2HUKA 4H8ZA 3GUIA 4ETAA 2Z6BA 1LSFA 3HH6A 1PQKA 3LZTA 4B4IA 1QQYA 157LA 1CX7A 162LA 1F6SA 1RI8B 1B5YA 1BQLY 3HT8A 2BLYA 1G7JC 1GF9A 1DYGA 1FKVA 1N4FA 1L52A 1KXXA 2A4TA 4GRVA 4IATA 4MCKA 1L57A 1IEEA 1OP9B 1L50A 1C6GA 8LYZA 4H9HA 4OWCA 1L90A 3T6UA 1YAQA 1IY3A 3RW8A 3A94A 3A67Y 3P66A 4LYCA 4ETDA 1D2WA 1GFJA 3CT0A 1QUOA 1JISA 1WTNA 4B49A 182LA 141LA 4KL7A 1VAUA 3DNAA 1L94A 2Q9EA 4MR1A 4B4EA 4I7TA 2DQJY 4NGIA 1P6YA 1RFPA 4LYBA 258LA 4OWBA 3W3EA 3W6FA 1C63A 1L18A 1HSXA 1KNIA 1DPXA 3HBDA 1P5CA 5I4YA 3NY9A 4EJ4A 1BB4A 1LWKA 1D3JA 4B4JA 2W1YA 4WLXA 2B73A 1P56A 3G3WA 2W1MA 1L24A 2W1XA 3T36A 1T8GA 1NWGA 3GULA 1IWWA 1L93A 1FN5A 1YROA 4DAJA 1HSWA 4GCFA 3C7YA 1L96A 4S0WA 4NFVA 133LA 3P4ZA 5DL9A 4GN4A 2FYDA 3A6CY 3LHMA 2G4NA 1FLUA 3AGHA 1LZ8A 2I26L 186LA 2B7XA 1IR9A 2LCBA 3TMUA 1JSEA 1D3MA 1G06A 4DC4A 1P36A 1CKDA 3M18B 2WARA 1L12A 113LA 3IWRA 1L33A 2OU0X 5DLAA 1LKRA 2B6TA 5KXTA 189LA 1OYUA 2XTHA 2GV0A 1L34A 3CB7A 4NHSA 1G7MC 206LA 3QY4A 2IFFY 1NDMC 1YKZX 4DT3A 1KXWA 1L07A 4R0FA 5HMVA 3GUNA 1LPYA 3AZ5A 1B2KA 1IX0A 1WVUA 1IP1A 1XGPC 4YEOA 3WVYA 1NQIA 1SSWA 2CDSA 1LZ1A 214LA 3WH1A 5HNCA 3W6EA 140LA 4NGJA 115LA 5HLLA 1JKCA 131LA 1IP6A 252LA 1LYJA 4WG7A 1P64A 1IOQA 1P2CC 1IC5Y 1HEPA 1CU2A 1F10A 1C69A 1XGQC 1L61A 3SBBC 2BQNA 1LJNA 1GF5A 2BQIA 1L84A 1OVKA 3A96A 3EBAB 1C64A 1HNLA 4CJ2A 3VWOA 1JTPL 1BB5A 120LA 3TXJA 3N9AA 187LA 1IWTA 3HBHA 3DMZA 1C45A 2HUMA 1L44A 3W6DA 1L37A 1QUSA 2YBMA 1EQEA 2ZNWY 4NSIA 1CU3A 1D0MA 4M4OA 1HFYA 1YAOA 4EPIA 2DQAA 1D6PA 5C6JA 1C7PA 1F0WA 1GF7A 1L64A 1GPQC 3J6KA 1HC0A 4OO9A 1C6CA 2MEHA 199LA 4H93A 1GWDA 1CKCA 2LHMA 1B5WA 5APFA 1WVVA 184LA 3TXBA 4DDCA 1CU0A 3WU8A 2HEAA 4HSFA 4XN6A 4PJ2C 1I6SA 5F9UA 1L68A 1LZGA 4HTQA 5DN5A 3G3VA 1KS3A 4NG1A 1QTEA 1J1PY 3HTGA 2DQFC 4LFXA 2YSSC 169LA 5IELA 1L80A 2MEDA 2Z18A 2BQEA 4NGOA 1I20A 4HPEA 138LA 1D6QA 1DI3A 3C7WA 4E3UA 4FJRA 1LHLA 3HT9A 2F4GA 2ZQ4A 3HWLA 1WQRA 5LVKA 2YDGA 4LDEA 1LLHA 1VDTA 1GFAA 4HV1A 4I7MA 4EKRA 3B0OA 4ARJA 1LYOA 3A90A 3TXHA 2RBPA 3L64A 183LA 1GF8A 1GB0A 2HU1A 4QEQA 3WUMA 2LC9A 1XEPA 1OQMA 1GFTA 1OUEA 1VFBC 4NGVA 1D0KA 3OE0A 3DN2A 1DYAA 4OW1A 1SWZA 1TDYA 2CWIA 1IVMA 2YBLA 2OE9X 2BQJA 181LA 1JITA 4PRQA 1P3NA 4WM5A 2HEBA 1ZYTA 4DD0A 1LHMA 2RAYX 4GLAA 4CFPA 1BWJA 1YKYX 1CKGA 1B5UA 3K3TA 1G1WA 1L62A 2B6WA 1G0GA 1P2RA 3LN2A 3C80A 3RU5A 1T8AA 2VB1A 3FADA 1YIKA 5I54A 4A7DA 1T8FA 4TWSA 4GCBA 4I7PA 1LTMA 2ZQ3A 2XBSA 3A95A 1FLQA 2ZYCA 3SB7A 4GCCA 1LJHA 4DKLA 1GFUA 103LA 4G49A 163LA 4NGZA 1G0MA 247LA 1CJ9A 1L36A 250LA 3HTFA 4DD7A 2ANVA 5KXMA 232LA 3DN4A 4LZMA 3TXGA 3HT7A 4XYYA 2A7DA 4BAPA 1GE3A 2O7AA 4NSGA 1IP7A 3MGWA 3CDTA 1DZBX 4LYOA 1OV5A 4TSBA 1L16A 4AGAA 1DKKA 3M3UA 1LHHA 2AUBA 3SP3A 1GDXA 1C6BA 1LGXA 2G4PA 3HDEA 1D9WA 3WPJA 1QS9A 2D91A 1IC4Y 135LA 1L69A 137LA 1LPIA 3DKEX 2A7FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4IAP A;  1FKQ A;  1L76 A;  1C6F A;  1T6V L;  188L A;  126L A;  4RLM A;  2ZIL A;  5B59 A;  4NSJ A;  2HUL A;  1C6H A;  1L66 A;  1TCY A;  4KXI A;  4KT3 A;  4H8X A;  2MEI A;  5LA5 A;  1L97 A;  1QT7 A;  3GUO A;  1IWX A;  1GE2 A;  3CDO A;  5E4P A;  4XJB A;  1QSB A;  4ARP A;  1OUB A;  1XFP L;  3HTB A;  4NY5 A;  4PK0 A;  1LI3 A;  3HDF A;  1YAP A;  1LSN A;  2YVB A;  1GDW A;  4W56 A;  1XEI A;  3WL2 A;  160L A;  1UBZ A;  5D5F A;  5I4W A;  3G3X A;  1KIQ C;  1LJJ A;  2HUK A;  4H8Z A;  3GUI A;  4ETA A;  2Z6B A;  1LSF A;  3HH6 A;  1PQK A;  3LZT A;  4B4I A;  1QQY A;  157L A;  1CX7 A;  162L A;  1F6S A;  1RI8 B;  1B5Y A;  1BQL Y;  3HT8 A;  2BLY A;  1G7J C;  1GF9 A;  1DYG A;  1FKV A;  1N4F A;  1L52 A;  1KXX A;  2A4T A;  4GRV A;  4IAT A;  4MCK A;  1L57 A;  1IEE A;  1OP9 B;  1L50 A;  1C6G A;  8LYZ A;  4H9H A;  4OWC A;  1L90 A;  3T6U A;  1YAQ A;  1IY3 A;  3RW8 A;  3A94 A;  3A67 Y;  3P66 A;  4LYC A;  4ETD A;  1D2W A;  1GFJ A;  3CT0 A;  1QUO A;  1JIS A;  1WTN A;  4B49 A;  182L A;  141L A;  4KL7 A;  1VAU A;  3DNA A; 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