187LA

Specificity of ligand binding in a buried non-polar cavity of t4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Specificity of ligand binding in a buried nonpolar cavity of T4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 187lA00
232LA 1KS3A 4LZMA 128LA 1QT3A 3DN3A 3HU8A 2RBQA 2RBSA 3HT8A 152LA 1G0LA 1JTMA 1LW9A 1I6SA 1QT7A 3G3VA 1LYEA 196LA 1L83A 1L79A 1OYUA 1L43A 3C8SA 4EKRA 238LA 148LE 1L67A 1L97A 1P3NA 3GULA 2O4WA 3CDVA 4AQNA 1QT4A 3C80A 3NYAA 1L93A 1L52A 3HDFA 1L50A 142LA 1P6YA 1KW5A 175LA 1L19A 1L71A 1L85A 1C63A 1L21A 1T8GA 1T97A 178LA 247LA 114LA 1L0KA 6LZMA 1P37A 1L40A 1T8AA 1C6EA 262LA 1L46A 210LA 1DYGA 228LA 3OE6A 4DAJA 1L76A 1L07A 1L27A 161LA 1D3JA 174LA 1C66A 1LYJA 1C60A 1CU2A 1XJTA 2B6WA 3C7WA 229LA 250LA 109LA 137LA 1CV4A 1D2WA 1L03A 4ARMB 1LGXA 195LA 1P2LA 3D4SA 1L02A 211LA 212LA 2HUMA 108LA 182LA 125LA 1L42A 2B75A 1XJUA 163LA 190LA 4I7RA 2OTZX 1L94A 1L63A 1L73A 221LA 2A4TA 4ARMA 1L91A 219LA 1QUGA 102LA 118LA 150LA 1L75A 2RBNA 1KNIA 3SB6A 1DYAA 4PJZA 167LA 1T6HA 1C6AA 231LA 1P64A 3HH6A 2RB2X 1DYDA 1OV5A 1L0JA 1C64A 1L37A 4GRVA 1QTZA 236LA 1L49A 140LA 1L34A 241LA 1L30A 4W53A 1SSYA 3GUIA 1L25A 1G06A 1CVKA 3ODUA 1G0MA 1L95A 1QUDA 4I7QA 107LA 1L98A 187LA 242LA 1L82A 2LZMA 4LDOA 2LCBA 4I7JA 1L56A 2OU0X 1L64A 1L55A 1D3NA 1T8FA 1DYEA 122LA 1KY1A 1QT5A 3VW7A 4W56A 1L20A 1L39A 4GBRB 3CDTA 1L96A 172LA 149LA 3L2XA 1CV1A 257LA 2RAZX 1L33A 111LA 1L10A 1ZWNA 3HUQA 1L77A 1QSBA 1WTHA 2ANVA 1L80A 1XEPA 1OWYA 1QUHA 2F2QA 1PQKA 1TLAA 1L74A 1L45A 1SWYA 2RH1A 115LA 1KY0A 3HT6A 4IAPA 1ZURA 1L18A 253LA 1C6GA 1CU3A 3HUKA 1P56A 4W58A 256LA 4S0WA 1L32A 227LA 258LA 3HU9A 1L36A 4I7MA 1OVJA 3C8QA 159LA 130LA 259LA 3RZEA 3FADA 3SB8A 157LA 1QT6A 1L14A 1CV0A 1L89A 3DN4A 1L54A 1L12A 3PDSA 1L26A 2RBRA 1C6LA 1L24A 1G1VA 3DMVA 3SB7A 3G3WA 3HT9A 3GUMA 139LA 104LA 1P7SA 1L08A 1C6CA 1L61A 112LA 145LA 1C6FA 1C6KA 1D9WA 1L01A 3NY9A 3HWLA 3OE0A 2B6XA 1G0QA 2HUKA 180LA 1PQMA 2OE9X 1LWKA 223LA 4W51A 200LA 1G0PA 1OWZA 127LA 1LI2A 4DKLA 197LA 214LA 3FA0A 3V2YA 4ARJA 169LA 1CV6A 1LYHA 1QTCA 1L59A 1C6TA 1L53A 131LA 1OVHA 1G0JA 1LYIA 2RB0X 1C67A 3F8VA 201LA 4EXMA 220LA 213LA 1QSQA 119LA 3HTBA 181LA 1L69A 254LA 162LA 3SN6R 189LA 3FI5A 199LA 3GUOA 1C6BA 3C8RA 1LI6A 3DN8A 1P5CA 3DN0A 4ARPA 4EKPA 1QUOA 2RAYX 4W55A 230LA 1L66A 164LA 237LA 3NY8A 198LA 1PQIA 1C6MA 155LA 1P2RA 3DNAA 246LA 1L38A 2OEAX 1LI3A 2NTHA 2ANXA 234LA 1KW7A 1L87A 1C6JA 1C62A 2B74A 1EPYA 3EMLA 209LA 1L51A 1SX2A 1PQJA 188LA 2CUUA 129LA 2O7AA 3HT7A 1SWZA 5I14A 239LA 4W57A 251LA 1P36A 4YXAC 1CUQA 1D3FA 176LA 216LA 4LDEA 1L84A 3L64A 226LA 205LA 1B6IA 245LA 1L15A 2Z6BA 1C6QA 218LA 1SX7A 4PK0A 2OU8A 222LA 1DYCA 2B70A 186LA 4I7LA 2B6TA 3HDEA 177LA 3GUJA 2Q9DA 1OVKA 3DN6A 3SB5A 1L90A 1L09A 184LA 1D2YA 138LA 3GUPA 170LA 3CDRA 1P46A 2F47A 3GUNA 260LA 4YX7C 113LA 2RB1X 3HH3A 3SB9A 1CU6A 168LA 1QTDA 4E97A 240LA 144LA 1K28A 2IGCA 3C7ZA 3HH4A 261LA 3DMZA 4EKQA 146LA 2OU9A 3SBBC 3DKEX 233LA 1QTVA 4ARQB 1L47A 2QARC 1C6HA 1LYFA 1PQOA 3UONA 1L11A 1G0KA 1CV5A 1LWGA 1C61A 1CX7A 1L17A 1L00A 248LA 3DMXA 1C65A 1QTHA 1CUPA 1CU0A 166LA 1G0GA 1LYDA 1L65A 3OE8A 110LA 156LA 255LA 215LA 2RBOA 4ARQA 1L48A 185LA 1LLHA 1ZYTA 1CV3A 1LYGA 3OE9A 3QAKA 1C6DA 2HULA 3F9LA 3C81A 3HTGA 235LA 1L88A 192LA 3HUAA 4I7SA 217LA 1PQDA 1L06A 1C6NA 1QT8A 4EPIA 1LGWA 2B7XA 4LDLA 2LC9A 225LA 126LA 1CX6A 2OTYX 120LA 1OV7A 4W52A 243LA 1D3MA 123LA 183LA 1QS5A 244LA 3C7YA 1QTBA 1L70A 2B72A 3JR6A 4W54A 2B6YA 1L86A 1L23A 3CDQA 4ZPUA 3HTDA 3K2RA 1L31A 1L13A 1L05A 1G1WA 4W59A 2Q9EA 3PBLA 1L58A 249LA 2QB0B 252LA 103LA 2F32A 7LZMA 4EJ4A 1JTNA 4EPFA 3GUKA 3SBAA 3C83A 2OE7X 171LA 1L62A 191LA 4I7KA 1G07A 3CDOA 173LA 4I7OA 1C69A 3G3XA 1L41A 141LA 1L22A 224LA 2L78A 5LZMA 1L28A 4EKSA 3RUNA 3C82A 1L57A 3HTFA 1C6PA 4OO9A 1L16A 2B73A 4K5YA 1JQUA 1LPYA 1CU5A 2OE4X 3LZMA 4I7PA 1L81A 1L92A 206LA 2RBPA 147LA 3DN2A 1NHBA 1L04A 1L29A 1C68A 2O79A 1L44A 158LA 2NTGA 1L60A 1CTWA 1LGUA 3DN1A 1SSWA 165LA 4I7TA 3V2WA 3HH5A 4YXCA 4I7NA 151LA 1L99A 1L35A 4ARLA 160LA 1DYFA 1QS9A 1C6IA 4DJHA 1L68A 2B6ZA 143LA 1L72A 1DYBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XJHA 2RBQA 1AM7A 3ATNA 1JTMA 1HEMA 1LW9A 5LIOA 3G3VA 1LYEA 5C6IA 1LZYA 1L43A 2MEEA 2HUBA 3GULA 2O4WA 3CDVA 4YF2A 5D5CA 142LA 175LA 1L19A 1MLCE 4LT0A 1GB3A 4RW1A 4YOPA 247LA 1B5VA 4HJVA 1LSGA 1GE3A 1L40A 4OOTA 1C6EA 2BQCA 2ZIJA 1T3PA 1JITA 1IX0A 5D5FA 4MR1A 3TXBA 3LHMA 4NY5A 4XJGA 1KIQC 1C60A 1CU2A 3A34A 1B7RA 1XGPC 5LYMA 4RLMA 229LA 3BKVA 4AXTA 1D2WA 1LGXA 2D6BA 3WW5A 1HELA 3W6BA 125LA 1DXJA 1N4FA 2LYZA 163LA 4HJZA 190LA 1JIYA 1L94A 1LZTA 4NGLA 4M6DA 3W6DA 2DQIY 1GBZA 1L73A 1IWTA 4WLTA 1NBZC 219LA 2CDSA 4XADA 2RBNA 4TUNA 5I4YA 4QDNA 1KNIA 1DYAA 1IC5Y 167LA 1IP2A 1IOCA 1C6AA 5KXSA 2EPEA 1ZVHL 1DYDA 3QY4A 1IO5A 4ET9A 4W53A 3J4GA 1A4VA 5F14A 3TXKA 2BLXA 1QUDA 4IASA 1UIBA 1L82A 2ZWBA 3D3DA 4LDOA 1HNLA 1DYEA 3RU5A 2YBMA 2DQAA 4QGZA 3CDTA 1HHLA 4NFVA 1CV1A 2C8PA 2RAZX 111LA 1PS5A 1L77A 3A90A 3T6UA 3CSQA 1QSBA 1XEPA 1GPQC 2D91A 1L45A 2YBJA 1LZ9A 115LA 4WG7A 3W6FA 4H93A 253LA 3G3BB 1P56A 256LA 1JTOL 2DQCY 1LSYA 258LA 2NWDX 4Z98A 130LA 3RZEA 3DN4A 1L54A 3PDSA 3CSZA 1L24A 1LAAA 3IWRA 1V7TA 1LZGA 1L08A 112LA 3LYZA 1VDQA 3WYHA 180LA 2YBLA 1LWKA 223LA 4W51A 200LA 1LZNA 1G0PA 1WQMA 3FA0A 1AZFA 1LYYA 3OK0A 2W1XA 6LYZA 1L53A 5KKJA 3EXDA 2DQHY 1G0JA 1XGTC 3HBDA 4O34A 4NGOA 4EXMA 1UCOA 1LJIA 1UA6Y 3SN6R 199LA 2RAYX 1CKGA 237LA 198LA 4AGAA 1IVMA 1C6MA 5KY1A 1RI8B 1T6VL 1TEWA 246LA 3RZ4A 1LI3A 5I5QA 5B1GA 2B74A 4G4CA 1L51A 4XENA 188LA 2O7AA 5I14A 3AB6A 3RW8A 1LMAA 1L84A 3L64A 226LA 1B6IA 1IY3A 1QSAA 218LA 1GD6A 5B59A 4I7LA 1H87A 2Q9DA 1LSFA 3SB5A 1L09A 2LYOA 1VFBC 4UWUA 1LZSA 3GUPA 170LA 4ETDA 4OWAA 2F47A 260LA 2BQAA 4YX7C 1WQQA 1XGUC 3SB9A 4B0DA 168LA 1CJ7A 3J6KA 3A3RX 4A7DA 1RCMA 1JSFA 4N5RA 2OU9A 2I25L 233LA 1D0LA 5ILFA 2QARC 3LYMA 3UONA 1LHMA 4WLDA 1CV5A 2G4QA 1L17A 1C65A 1CU0A 5KXTA 1E8LA 1G0GA 1UIHA 2F4AA 1UC0A 1IR8A 5KXKA 215LA 5L3HA 1L48A 1JHLA 2XBSA 2BQLA 1LYGA 3OE9A 1KIPC 1C45A 1B7PA 1LKRA 5FHWA 4OWEA 1BWHA 1PQDA 2Z2FA 1L06A 1YAMA 1C6NA 1QT8A 1LGWA 1PZYA 4CFOA 1F0WA 1BB5A 1RJCB 3BKHA 4W52A 3WVYA 3WVXA 4NG8A 3AZ5A 1QS5A 1GXXA 4RDSA 1L70A 2B72A 3FI7A 3JR6A 4W54A 3WPLA 4GN4A 1YROA 4QEQA 3ZVQA 3HTDA 2YBHA 1JSEA 4W59A 1L58A 5L3IA 249LA 1LSZA 103LA 2F32A 7LZMA 4EJ4A 4EPFA 1LJFA 2LYMA 1QSWA 4DDBA 1LZDA 4NHQA 1B5YA 3CDOA 1GFVA 2A7DA 1GFTA 1I56A 3FE0A 1MELL 4NSJA 224LA 1L28A 4EKSA 1YKXX 3C82A 1HEPA 4LYCA 1GF9A 1G7IC 1L16A 1LZCA 2B73A 4WO9A 1JQUA 1GFGA 206LA 4HPEA 1GF3A 3LN2A 1L04A 3B72A 4ANRA 1L44A 2YVBA 4I7TA 4LFPA 1XGQC 1L35A 4ARLA 160LA 1DYFA 4BS7A 3EMSA 3P66A 1AT6A 1C6IA 2BPUA 4BAFA 4H9IA 1DYBA 1LJNA 3HBHA 4H9CA 1UIAA 2XTHA 1QT7A 4GCBA 1ZMYL 3B6LA 1VDSA 1OYUA 3C8SA 1YAOA 4LYTA 148LE 1NKHA 1L97A 1CKCA 1DI4A 1JUGA 1LKSA 4AQNA 4EMNA 1P6YA 1KW5A 1B5ZA 1UIGA 4KXIA 1L85A 1HSWA 1GAZA 1NDGC 1C63A 4N8ZA 1KXYA 1L21A 5APDA 114LA 1L0KA 5F16A 1P37A 3LYTA 1T8AA 1UACY 262LA 2Z38A 1IP6A 1L46A 1LZBA 2HU3A 2I6ZA 5FDJA 1JKAA 1W08A 5FCPA 4I8SA 1D3JA 1LYJA 3W3EA 4N0JA 4H92A 2LZ2A 1GB9A 1GFEA 1LYOA 3W6AA 137LA 3WPJA 3WPKA 1F6RA 2XBRA 1P2LA 2FYCA 2I26L 1B7QA 182LA 1LZEA 2B75A 1XJUA 1B5XA 2DQJY 2OTZX 1L63A 2Z37A 3WH1A 4ARMA 5A3ZA 1L91A 3AZ4A 4WM6A 102LA 4WM2A 2W1LA 4PJZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4XJH A;  2RBQ A;  1AM7 A;  3ATN A;  1JTM A;  1HEM A;  1LW9 A;  5LIO A;  3G3V A;  1LYE A;  5C6I A;  1LZY A;  1L43 A;  2MEE A;  2HUB A;  3GUL A;  2O4W A;  3CDV A;  4YF2 A;  5D5C A;  142L A;  175L A;  1L19 A;  1MLC E;  4LT0 A;  1GB3 A;  4RW1 A;  4YOP A;  247L A;  1B5V A;  4HJV A;  1LSG A;  1GE3 A;  1L40 A;  4OOT A;  1C6E A;  2BQC A;  2ZIJ A;  1T3P A;  1JIT A;  1IX0 A;  5D5F A;  4MR1 A;  3TXB A;  3LHM A;  4NY5 A;  4XJG A;  1KIQ C;  1C60 A;  1CU2 A;  3A34 A;  1B7R A;  1XGP C;  5LYM A;  4RLM A;  229L A;  3BKV A;  4AXT A;  1D2W A;  1LGX A;  2D6B A;  3WW5 A;  1HEL A;  3W6B A;  125L A;  1DXJ A;  1N4F A;  2LYZ A;  163L A;  4HJZ A;  190L A;  1JIY A;  1L94 A;  1LZT A;  4NGL A;  4M6D A;  3W6D A;  2DQI Y;  1GBZ A;  1L73 A;  1IWT A;  4WLT A;  1NBZ C;  219L A;  2CDS A;  4XAD A;  2RBN A;  4TUN A;  5I4Y A;  4QDN A;  1KNI A;  1DYA A;  1IC5 Y;  167L A;  1IP2 A;  1IOC A;  1C6A A;  5KXS A;  2EPE A;  1ZVH L;  1DYD A;  3QY4 A;  1IO5 A;  4ET9 A;  4W53 A;  3J4G A;  1A4V A;  5F14 A;  3TXK A;  2BLX A;  1QUD A;  4IAS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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