188LA

Specificity of ligand binding in a buried non-polar cavity of t4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Specificity of ligand binding in a buried nonpolar cavity of T4 lysozyme: linkage of dynamics and structural plasticity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 188lA00
166LA 225LA 1L76A 1L28A 1C6BA 1QSQA 3GULA 259LA 3VW7A 1OV5A 1CU3A 1L58A 1P7SA 3C7YA 7LZMA 1CUQA 1KY0A 1DYFA 1P36A 1JTMA 1KY1A 1CU5A 1G0PA 2RB2X 1SWZA 1L61A 3NYAA 1SX2A 1QTHA 161LA 3SN6R 1G1WA 182LA 1LWKA 3GUJA 4I7NA 2O4WA 1L06A 3FADA 4EKPA 3G3VA 107LA 172LA 1L20A 4I7TA 130LA 1LYFA 215LA 255LA 3DMXA 1L04A 211LA 213LA 1LW9A 123LA 1L23A 1L43A 114LA 4EXMA 1C6HA 129LA 1L71A 2OE9X 1L77A 1T97A 229LA 4LZMA 2B6YA 1L62A 178LA 240LA 1CV4A 1CX7A 3RZEA 1C60A 3C81A 1L66A 1L67A 1C6GA 1LI2A 1OWYA 1L0KA 1QT5A 232LA 1C6CA 1DYCA 1QTVA 220LA 2QARC 3GUIA 3CDVA 1QT4A 260LA 1L97A 181LA 221LA 3HU8A 3SB7A 128LA 1OVHA 3K2RA 4EKQA 1JQUA 1QT6A 1L25A 210LA 175LA 246LA 2B74A 2RBOA 1LGXA 2OE7X 233LA 1C69A 1XJTA 1LI6A 3DN6A 180LA 4LDEA 1D3JA 1LYGA 4YX7C 1D3MA 4W55A 126LA 1L82A 1ZURA 139LA 4GRVA 1L10A 3OE8A 3C80A 2RB0X 3UONA 1L75A 138LA 3HTBA 1DYDA 237LA 162LA 140LA 1P2LA 1L51A 155LA 2LZMA 2IGCA 3PDSA 1QUOA 1C6PA 1QT3A 1L89A 3HH4A 1L88A 1C6FA 201LA 217LA 235LA 3C7ZA 4S0WA 3F9LA 4I7MA 1T8AA 262LA 2RH1A 3ODUA 1L69A 186LA 4PJZA 252LA 1L56A 3CDRA 1G0KA 226LA 2B7XA 4IAPA 3C8SA 4OO9A 3HH3A 1CUPA 1OYUA 1L27A 1C6DA 3NY9A 1L15A 2F2QA 4GBRB 3HWLA 4W57A 3NY8A 1C6JA 1P6YA 1PQJA 4E97A 4EPIA 1L31A 192LA 3GUOA 1I6SA 1QSBA 191LA 3DN4A 185LA 1L90A 110LA 1C6NA 2B70A 169LA 119LA 183LA 1L65A 2CUUA 3HDEA 3DN8A 4YXCA 241LA 1L44A 145LA 4W58A 1CTWA 1L80A 1PQDA 244LA 1L19A 1PQKA 1P37A 218LA 141LA 3JR6A 3HDFA 2O79A 1KW5A 1LI3A 3C82A 1L36A 1L26A 212LA 168LA 149LA 144LA 1T8FA 1QS9A 1L98A 1P3NA 3GUMA 1LYDA 1C6TA 142LA 3LZMA 1CV0A 3DN0A 4W53A 3SB9A 1LGUA 1L37A 4W59A 1OVJA 3OE6A 1L0JA 4I7PA 3OE9A 1L00A 1CV3A 170LA 214LA 184LA 253LA 3SB8A 227LA 3QAKA 1L34A 1D2YA 2OU9A 205LA 113LA 1L70A 4EKRA 1D2WA 1NHBA 156LA 196LA 1L07A 223LA 1L86A 3F8VA 4ZPUA 1SWYA 1L24A 1L39A 1PQIA 1L42A 3FI5A 1OVKA 1L09A 2B6TA 1T8GA 3DN3A 1WTHA 6LZMA 197LA 3HTDA 1G0MA 3FA0A 1ZYTA 1L30A 4K5YA 1KW7A 171LA 1L38A 3SBBC 108LA 157LA 1T6HA 1G07A 1G0JA 1C6KA 209LA 1L11A 1LWGA 2B6ZA 1L73A 1L72A 1C68A 5LZMA 150LA 231LA 4I7SA 1C6MA 3L64A 4PK0A 1L99A 1JTNA 1CU2A 1C6LA 2NTHA 1L12A 1LYEA 2A4TA 3C7WA 176LA 4ARMB 1LGWA 109LA 1DYBA 256LA 2RBNA 4LDLA 1P2RA 1LYHA 3CDQA 163LA 1L94A 103LA 1QT7A 238LA 2LCBA 1SX7A 3SB5A 1P5CA 2HULA 1QUGA 188LA 250LA 2B73A 3V2YA 1L18A 125LA 2B75A 131LA 111LA 1QT8A 3G3WA 1C6EA 1L33A 1XEPA 1QUDA 245LA 2HUMA 3DMVA 1C67A 1QTBA 1QTZA 2RBPA 3HUAA 2QB0B 2ANXA 1L55A 3RUNA 3HH5A 1TLAA 1KNIA 1L91A 1C63A 1DYEA 1G1VA 4DJHA 1L02A 151LA 1L53A 1L03A 4EKSA 1D3NA 1CU6A 120LA 3D4SA 257LA 4W56A 3DN1A 3HTGA 1L14A 216LA 1L57A 1L49A 1L63A 3GUKA 2NTGA 2RBSA 3L2XA 1L68A 230LA 243LA 127LA 1L96A 1QTDA 1K28A 3GUNA 1QUHA 1CVKA 3C8RA 2RAZX 2OTYX 1EPYA 261LA 177LA 174LA 115LA 4ARLA 167LA 1PQMA 2RB1X 2OU0X 1CV1A 1L93A 1P64A 4I7KA 2B6WA 239LA 1L22A 3SB6A 1XJUA 146LA 143LA 1L47A 189LA 3HT9A 1B6IA 1L64A 206LA 4EPFA 219LA 2OE4X 3SBAA 3EMLA 4W54A 2Q9DA 2OTZX 1L95A 165LA 1L85A 4DKLA 1D3FA 2OEAX 4YXAC 1OWZA 3HUQA 4I7LA 1C62A 1ZWNA 1L13A 2RAYX 1L84A 147LA 2LC9A 1P46A 247LA 3V2WA 5I14A 1L21A 3C83A 1L35A 2ANVA 3DN2A 1L52A 3HUKA 1DYAA 159LA 1L79A 2RBQA 1CU0A 1DYGA 148LE 1L32A 1L60A 1L50A 2RBRA 4W51A 236LA 4ARQB 1L54A 3OE0A 118LA 137LA 4AQNA 1L17A 3HTFA 1L08A 1L83A 4EJ4A 249LA 112LA 1KS3A 1C65A 1C6IA 3DNAA 200LA 1L40A 3CDOA 4I7OA 1LYIA 1SSWA 3HT8A 1L01A 1G0QA 1LYJA 2B6XA 2Z6BA 1L29A 2Q9EA 160LA 2L78A 1C64A 1L74A 1L05A 4ARQA 258LA 195LA 3GUPA 1L92A 4I7RA 4ARJA 2B72A 1G0LA 1L41A 190LA 3CDTA 1L48A 4DAJA 1QS5A 1C6AA 1P56A 3C8QA 1G06A 2F32A 4W52A 3HU9A 2HUKA 3HH6A 3DKEX 1L59A 4LDOA 228LA 1LLHA 164LA 3DMZA 248LA 1C6QA 1L87A 234LA 1OV7A 122LA 3HT7A 198LA 1G0GA 1CV6A 242LA 1C61A 1L46A 104LA 1PQOA 254LA 4ARMA 1SSYA 152LA 1CV5A 3PBLA 199LA 2F47A 187LA 4I7QA 2O7AA 4I7JA 3G3XA 1CX6A 4ARPA 1LPYA 2OU8A 222LA 251LA 1D9WA 173LA 1L16A 1L45A 3HT6A 158LA 224LA 102LA 1C66A 1QTCA 1L81A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1E8LA 1EL1A 4YOPA 1LMNA 5KXYA 1CUQA 1DYFA 2BLXA 1GB5A 1L61A 3NYAA 1SX2A 1HEOA 1QTHA 4HJYA 1GF4A 1LWKA 4H8YA 1L06A 4EKPA 3B6LA 4WM1A 3G3VA 2YDGA 130LA 3W6FA 2NWDX 2H9KA 5LINA 1L04A 1DI5A 1QSWA 4DDAA 123LA 2IFFY 1L23A 1JISA 1JUGA 2OE9X 4NHIA 1L77A 1T97A 229LA 1UACY 3TMXA 1CX7A 5LVGA 3C81A 1KXYA 3LYZA 3N9AA 1C6CA 3EXDA 1WQNA 3CT0A 1IOTA 5KXZA 3WXTA 1HFZA 1B2KA 1J1XY 5L3IA 3AZ5A 1LGXA 5I4XA 2OE7X 1JSFA 233LA 1JKBA 1XJTA 4NIJA 1CJ6A 1LYGA 1LZYA 1D3MA 1FLUA 4G4BA 2Q0MX 1L82A 139LA 4PGJB 1LKRA 1IC4Y 1L75A 138LA 1FBIX 1CNSA 1BQLY 5KJ9A 2LZMA 3PDSA 1QUOA 4FJRA 4TWSA 4J1BA 1LSNA 1UIFA 235LA 1JSEA 4I7MA 1DI3A 1DI4A 186LA 2BQLA 4PJZA 1XGRC 1B9OA 2MEAA 1XEJA 1GAYA 4NGKA 5B59A 1JJ3A 1XGTC 4MSTA 1IP5A 1UIDA 3NY8A 1P6YA 192LA 1REXA 4H9HA 4QGZA 4TSBA 1YKYX 3AZ6A 1KXXA 3IJUA 1L65A 4W96A 4H93A 2CUUA 3HDEA 2YBHA 2DBTA 1LHJA 1L44A 2EQLA 5KXMA 4W58A 1CTWA 1LHKA 1FKQA 1L36A 1REZA 3HBDA 1QS9A 1LMAA 4RW1A 5F9UA 2W1XA 2MEDA 142LA 1CV0A 2BQHA 5F81A 4LYMA 2ZNWY 1LZBA 1LPIA 4W59A 1OVJA 3A34A 3EO5A 1IWYA 4NHSA 1LZTA 3OE9A 1L00A 1LZAA 3A91A 253LA 3SB8A 2OU9A 113LA 1L70A 1DPXA 1D2WA 1G7JC 1L07A 1LHLA 223LA 4ZPUA 1L24A 5ILCA 4WLDA 2Z19A 2B6TA 1T8GA 5I4YA 1WTHA 6LZMA 197LA 1G0MA 3FA0A 3WU7A 4K5YA 4C3WA 1LSPA 1T6HA 5KKJA 4DC4A 1G0JA 209LA 4N5RA 1B7PA 3M18B 1HSWA 3FE0A 5LZMA 3LHMA 1BB7A 4WO6A 1UCOA 3L64A 1CU2A 5HMJA 4MR1A 1VFBC 1LJFA 3VWOA 2A4TA 3C7WA 1LZ8A 1P2CC 3TXGA 1DYBA 1LMPA 4LDLA 1P2RA 1VAUA 3W6BA 103LA 1QT7A 1SX7A 3QE8A 2HULA 4NGIA 1AT5A 2RSCA 2B73A 1LAAA 2F2NA 125LA 2B75A 1C6EA 1XEPA 3WYHA 3A8ZA 245LA 2HUMA 2W1MA 1C67A 1IY3A 3LYOA 2QB0B 3RUNA 1IEEA 3HH5A 1LSCA 4CFOA 1IIZA 1KNIA 2ZQ3A 1L91A 5LA5A 4H9BA 1DYEA 1CKCA 1L02A 1YANA 1L03A 1SQ2L 2HU3A 257LA 2YBNA 3DN1A 1AM7A 1L14A 3GXKA 1B7MA 1D0LA 2NTGA 2Z37A 4E3UA 4DD0A 1FDLY 1LYOA 1L68A 230LA 243LA 3AW6A 2MEEA 2RAZX 1DZBX 1JKCA 4EOFA 177LA 174LA 167LA 2OU0X 1LSYA 1CV1A 1BWJA 1TBYA 4XENA 2B6WA 1L22A 4DD2A 3OJPA 3HT9A 1BB3A 2OE4X 2Q9DA 2OTZX 1L85A 5KXWA 1OWZA 3HUQA 5J7CA 3ATNA 1B5UA 1GBSA 2H5ZA 2ZYCA 3IJVA 4B4IA 1L21A 3CT5A 5F14A 3C83A 1BB4A 2ANVA 1VDPA 3DN2A 2ZWBA 1TCYA 1HELA 4GN3A 1LSFA 4LYZA 4UWUA 2FBDA 2C8OA 1L79A 2RBQA 1DYGA 1L32A 2RBRA 4W51A 4XJHA 236LA 4ARQB 1NKHA 1LJGA 4XN6A 1I20A 118LA 137LA 3EMSA 1AZFA 1OP9B 4LZTA 1WQMA 1QQYA 249LA 4ET9A 1C65A 3DNAA 1IC7Y 1PS5A 2HTXA 4X3BA 1IR7A 1LSDA 1GE4A 3IWRA 4XJBA 1L01A 4N8ZA 1GF3A 2DQAA 2Z6BA 4NGYA 3TXJA 5I5QA 4PRUA 1QSAA 4G4HA 4ARQA 2MEIA 3CDTA 4XJIA 1C6AA 5APCA 1P56A 3C8QA 3HU9A 2HUKA 3HH6A 3DKEX 1GE0A 2A7FA 228LA 3G3BB 1LLHA 3J6KA 164LA 1HERA 1KIPC 3P65A 1IWUA 1CJ8A 234LA 4NWEA 2ZIKA 3HT7A 198LA 104LA 1PQOA 2BAAA 1LJIA 5E4PA 1YKZX 4U3XB 4WLTA 2G4NA 3CSQA 1LSBA 2O7AA 3FI7A 4LT0A 3WPKA 4QDNA 1W6ZA 1B7OA 1HMKA 5APFA 1GBXA 4LT3A 4UWVA 5KY1A 1C66A 2D4IA 1QTCA 1L28A 1F6RA 3GULA 1LHMA 259LA 3VW7A 4TUNA 3A90A 2BLYA 1L58A 7LZMA 1JHLA 1OUGA 2ZIJA 1G0PA 1SWZA 4OWBA 2CJLA 1XGPC 4NWHA 3QY4A 4IATA 182LA 2MEHA 4I7NA 2O4WA 3FADA 5IHGA 107LA 4HSFA 255LA 4CJ2A 4WL6A 4DYGA 3DMXA 2BQIA 4GN4A 211LA 2Z2EA 1L43A 3RU5A 3AGHA 5L3HA 4EXMA 4OWAA 2B6YA 178LA 1LJEA 3SP3A 1LI2A 1OWYA 1QT5A 1GBZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1E8L A;  1EL1 A;  4YOP A;  1LMN A;  5KXY A;  1CUQ A;  1DYF A;  2BLX A;  1GB5 A;  1L61 A;  3NYA A;  1SX2 A;  1HEO A;  1QTH A;  4HJY A;  1GF4 A;  1LWK A;  4H8Y A;  1L06 A;  4EKP A;  3B6L A;  4WM1 A;  3G3V A;  2YDG A;  130L A;  3W6F A;  2NWD X;  2H9K A;  5LIN A;  1L04 A;  1DI5 A;  1QSW A;  4DDA A;  123L A;  2IFF Y;  1L23 A;  1JIS A;  1JUG A;  2OE9 X;  4NHI A;  1L77 A;  1T97 A;  229L A;  1UAC Y;  3TMX A;  1CX7 A;  5LVG A;  3C81 A;  1KXY A;  3LYZ A;  3N9A A;  1C6C A;  3EXD A;  1WQN A;  3CT0 A;  1IOT A;  5KXZ A;  3WXT A;  1HFZ A;  1B2K A;  1J1X Y;  5L3I A;  3AZ5 A;  1LGX A;  5I4X A;  2OE7 X;  1JSF A;  233L A;  1JKB A;  1XJT A;  4NIJ A;  1CJ6 A;  1LYG A;  1LZY A;  1D3M A;  1FLU A;  4G4B A;  2Q0M X;  1L82 A;  139L A;  4PGJ B;  1LKR A;  1IC4 Y;  1L75 A;  138L A;  1FBI X;  1CNS A;  1BQL Y;  5KJ9 A;  2LZM A;  3PDS A;  1QUO A;  4FJR A;  4TWS A;  4J1B A;  1LSN A;  1UIF A;  235L A;  1JSE A;  4I7M A;  1DI3 A;  1DI4 A;  186L A;  2BQL A;  4PJZ A;  1XGR C;  1B9O A;  2MEA A;  1XEJ A;  1GAY A;  4NGK A;  5B59 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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