190LA

A helix initiation signal in t4 lysozyme identified by polyalanine mutagenesis
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRACAGAITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A helix initiation signal in T4 lysozyme identified by polyalanine mutagenesis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (0-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 190lA00
1CUQA 1KS3A 114LA 1CU5A 2O7AA 1L82A 167LA 3HDFA 1LYDA 1T97A 4EJ4A 1L10A 231LA 4ARJA 222LA 1C6IA 1SWYA 1L57A 3GUKA 4W51A 1P36A 1G07A 1DYCA 1G0JA 2OU0X 1L86A 1D3FA 1L93A 1QSQA 3SB6A 223LA 2ANXA 3CDVA 1P64A 1L25A 1C69A 2LC9A 211LA 1PQKA 195LA 1L76A 259LA 1L77A 1L59A 4W55A 1L09A 1L18A 1L12A 3G3WA 1QT5A 1QUHA 1L30A 4EPFA 1D2YA 1L07A 175LA 1C61A 1KY1A 7LZMA 122LA 174LA 1L48A 1L04A 3NY9A 1CU2A 3HT7A 1L79A 2ANVA 4I7SA 1QSBA 3DN3A 1C6DA 1QTHA 1L24A 3GUPA 186LA 1L05A 2QARC 1PQDA 229LA 1C60A 3JR6A 3GUNA 234LA 1D3JA 4W52A 3SBAA 1B6IA 4PK0A 1L01A 1L54A 3DMXA 190LA 1L60A 127LA 227LA 2RBPA 4LDOA 1QT8A 3C81A 4I7OA 1QT3A 246LA 1L73A 1L56A 1DYGA 3RZEA 1L99A 3DN1A 1L88A 5LZMA 3CDQA 1L16A 1QS5A 2RB0X 1L94A 257LA 253LA 3C7YA 1P6YA 262LA 3HU9A 1L91A 239LA 249LA 4I7RA 3NYAA 178LA 1CTWA 1OWZA 1PQJA 210LA 1CV3A 256LA 4YXAC 1LYJA 1L45A 1C66A 3HTGA 1C6HA 243LA 119LA 1P46A 131LA 2Z6BA 3DN6A 120LA 161LA 248LA 3F9LA 1SX2A 260LA 1L33A 1L35A 191LA 1LI6A 221LA 247LA 1OVKA 2B6TA 3RUNA 4W53A 1XEPA 177LA 137LA 1CU6A 166LA 184LA 2RH1A 1L20A 189LA 1TLAA 1L0JA 1L71A 2RBRA 2B6WA 4GBRB 1L39A 4EXMA 1KW7A 3DN8A 4DJHA 4EKSA 152LA 1L66A 1L72A 1L06A 1L87A 1L17A 125LA 4I7TA 245LA 228LA 1D3NA 1L11A 3GUOA 1L02A 3C7ZA 187LA 180LA 1L31A 232LA 1LWGA 1L21A 1JTMA 4W56A 4S0WA 209LA 139LA 1L83A 2OTZX 4EKRA 233LA 118LA 1C6QA 2L78A 3F8VA 2OEAX 252LA 1QT6A 1L43A 3HH5A 141LA 1G0LA 1L90A 1LYFA 1L40A 3SBBC 1CU0A 200LA 1L41A 244LA 4ARLA 1CVKA 1L38A 1SSWA 3HT9A 2B74A 2LCBA 102LA 176LA 3GUIA 3SB7A 3FI5A 3HDEA 2RAYX 3LZMA 2LZMA 1LGXA 1KNIA 4PJZA 1L69A 226LA 1L80A 2HUKA 219LA 3HUAA 4EKPA 157LA 237LA 2OU8A 3D4SA 159LA 1CX6A 173LA 4I7PA 126LA 3OE6A 1SWZA 216LA 148LE 4OO9A 1CV5A 3CDOA 2OE4X 1XJUA 169LA 1L68A 3C82A 1L85A 138LA 1L95A 1L92A 1CV0A 2RB2X 4ARQA 1T6HA 225LA 3HTBA 145LA 2HULA 1L70A 4IAPA 130LA 2RAZX 1G06A 2B6YA 192LA 1L22A 1L58A 213LA 1L67A 1SSYA 155LA 1L13A 4W54A 6LZMA 1OYUA 235LA 1G1VA 3CDTA 168LA 201LA 2CUUA 1L64A 1L98A 1XJTA 113LA 1D3MA 4ZPUA 185LA 3C8RA 1L00A 1L50A 183LA 224LA 4EPIA 1DYFA 4ARMA 3DN2A 2RBSA 1L03A 1L0KA 230LA 162LA 3HH6A 1SX7A 123LA 2O4WA 4E97A 1L15A 218LA 1DYEA 1DYDA 1L42A 1C6AA 1QS9A 1CUPA 4DKLA 1QTDA 143LA 3ODUA 142LA 1LYGA 1L62A 2A4TA 1C6EA 1L51A 3C8SA 165LA 1C6GA 107LA 2NTGA 3HUQA 1L53A 4W57A 1L84A 3G3VA 3DKEX 1LWKA 1EPYA 128LA 196LA 2RBOA 115LA 1P7SA 1G0MA 1OV5A 4EKQA 1QUDA 251LA 2HUMA 3FA0A 1QT7A 1OVJA 1PQIA 1P3NA 205LA 2B70A 1P37A 2Q9DA 2QB0B 2RB1X 1C67A 1P2RA 1QTBA 3OE8A 206LA 1P5CA 3CDRA 3GUMA 2OE7X 1C6LA 149LA 158LA 1L27A 4LDEA 1L63A 4LDLA 1C6BA 3L2XA 3DMVA 1D2WA 3HU8A 1C64A 3K2RA 4I7KA 240LA 3DNAA 140LA 3OE0A 1OV7A 3C7WA 1CX7A 1LGWA 103LA 1C6JA 197LA 2B72A 2B6XA 5I14A 163LA 1L44A 1C6TA 2Q9EA 4I7MA 1L97A 2IGCA 3C8QA 215LA 217LA 3PBLA 1C63A 110LA 1OVHA 1LI3A 261LA 1K28A 1PQMA 4I7JA 1NHBA 1L96A 4I7NA 144LA 1QTVA 1L74A 2O79A 1C62A 1LW9A 1WTHA 258LA 1L19A 1L65A 1L75A 147LA 1CU3A 188LA 3SN6R 238LA 172LA 1CV1A 2NTHA 1CV6A 1L61A 1L29A 3NY8A 1ZURA 1QUGA 1C65A 3PDSA 250LA 1LYIA 1G0GA 1DYBA 1L81A 4ARPA 3HH3A 171LA 1L55A 3GULA 104LA 1C6MA 1G0PA 1JTNA 3HT6A 1I6SA 2RBQA 1L32A 242LA 4GRVA 1L23A 2B6ZA 3HTFA 1L49A 1CV4A 1P2LA 4ARQB 1T8FA 214LA 1L36A 1G1WA 1JQUA 4YXCA 1LI2A 1QTZA 2OTYX 199LA 1LPYA 164LA 1P56A 3QAKA 3SB5A 151LA 1L47A 2OU9A 1L26A 2B73A 1G0KA 2F32A 1KY0A 3G3XA 109LA 3HUKA 3SB8A 4K5YA 112LA 3GUJA 3SB9A 1L28A 3HTDA 1D9WA 1L14A 1L08A 3FADA 4LZMA 1T8AA 2OE9X 1DYAA 4I7LA 108LA 170LA 2F47A 146LA 212LA 129LA 1QT4A 4W59A 2F2QA 255LA 4I7QA 1ZYTA 150LA 1C6PA 1LYHA 181LA 4AQNA 220LA 1KW5A 4ARMB 4YX7C 4DAJA 1L52A 1G0QA 3DMZA 1L89A 1C6FA 3C83A 160LA 2B75A 3HWLA 198LA 1C6CA 1LLHA 3OE9A 1ZWNA 1OWYA 1L46A 1QUOA 1C6KA 3DN4A 3L64A 111LA 3UONA 3VW7A 3EMLA 1LYEA 1PQOA 156LA 1L34A 4W58A 3HH4A 1C68A 1L37A 2RBNA 1LGUA 3V2WA 3C80A 236LA 2B7XA 3HT8A 254LA 3V2YA 241LA 1T8GA 3DN0A 1C6NA 1QTCA 182LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WO6A 1T3PA 114LA 1L82A 1VAUA 2HUBA 2F2NA 1GDXA 4EJ4A 1L10A 222LA 1BB3A 1L57A 3WH1A 5LAFA 4Z41A 4G4BA 1L86A 1QSQA 4WLTA 3TXBA 4HTQA 4FJRA 2LC9A 4RLNA 1HMKA 1L18A 1L30A 1D6PA 4WG1A 175LA 1C61A 7LZMA 3FI7A 1CU2A 1J1OY 4H9IA 4LZTA 1HF4A 2ZNXY 2CWIA 1QSBA 2W1LA 5APCA 1XGPC 3GUPA 186LA 5L3HA 2HEEA 3A90A 1C60A 2EPEA 1L01A 1L54A 1LZ5A 1QT8A 2BQDA 4ET9A 1QT3A 2B5ZA 246LA 4BAFA 1LSPA 1DYGA 1IR9A 5B1FA 5LZMA 5KXYA 2PC2A 4NHIA 1L94A 1LMOA 5LYMA 1DKKA 3C7YA 262LA 3WPKA 3A91A 5HQ1A 3IJUA 154LA 3WUAA 1ZVHL 1LYJA 1P46A 131LA 3DN6A 3F9LA 3AW7A 1L35A 2B6TA 4N1EI 4J1BA 4C5FA 177LA 2IHLA 2Y8PA 189LA 5KXNA 1LMTA 4H9CA 1JKDA 4DJHA 4EKSA 1L66A 1L17A 4I7TA 1IY3A 1REXA 2FYCA 3C7ZA 187LA 3AGGG 180LA 3A34A 4CJ2A 1LWGA 1JTMA 4S0WA 4XJGA 3A93A 4LT3A 1IP4A 4Z46A 1L43A 7LYZA 1L90A 1HC0A 1LYFA 1L40A 4ARLA 200LA 2LZ2A 244LA 2Z39A 1IR8A 1CVKA 1IWYA 2MECA 1GF0A 1B5XA 2LCBA 2F4AA 3TXEA 176LA 3SB7A 3FI5A 3CT0A 3M18B 2LZMA 4ANRA 1GF7A 1L69A 1LZSA 2HEBA 2HUKA 4N5RA 219LA 2MEIA 3HUAA 4EKPA 1VDQA 157LA 237LA 1IY4A 173LA 4DDCA 1CV5A 2OE4X 1UUZC 1L85A 2LYOA 4NSJA 1CV0A 3HTBA 225LA 2HEAA 1DXJA 1L70A 4NGWA 155LA 4PGJB 1OYUA 3CDTA 201LA 3AJNA 4NGJA 1L98A 1LZ9A 3N9CA 1LSFA 1YANA 1DKJA 2DBTA 4G9SA 1OUIA 2I26L 183LA 4DD3A 4ARMA 1LYZA 3DN2A 1YL1X 3A6CY 162LA 4M6DA 123LA 2O4WA 4E97A 4DD9A 4GN5C 1L15A 5FDJA 1C46A 1L42A 1IWVA 3WXTA 1GXV2 3T36A 3ODUA 5LIOA 1YIKA 4ET8A 2BQHA 4LYBA 1L51A 1LJNA 2Z18A 1GBXA 4II8A 2NTGA 1L53A 2Z12A 4GN4A 4W57A 1OUFA 1GE1A 5B1GA 3DKEX 1LWKA 3WW6A 1E8LA 1B7RA 5IELA 1JPOA 4WLYA 1P7SA 2F4GA 4MCKA 4EKQA 1DPXA 3RW8A 2LHMA 205LA 4WL6A 1LMQA 5B05A 1C45A 206LA 1GB3A 4LDEA 1L27A 4PRQA 1DI3A 3QNGA 4HTNA 1QUTA 1GB6A 2Z19A 2ZIJA 1IC7Y 3OE0A 1LZYA 4HV1A 1NQIA 5ILFA 4TSCA 5I14A 4TSBA 4QY9A 1KIQC 2HU3A 2HTXA 4NY5A 5KXSA 1YAOA 3C8QA 1GFJA 5HMVA 3PBLA 110LA 1OVHA 1LI3A 261LA 3WMKA 5LVJA 1L96A 1FLYA 1CKHA 1OQMA 1LZ1A 1GE0A 188LA 1LSZA 4KXIA 4WM5A 3SN6R 1REYA 2BQBA 172LA 1LJIA 1W6ZA 1QUGA 1LZCA 1UIEA 5F9XA 171LA 1QSWA 5HNCA 1HSXA 104LA 2BQEA 1JTOL 1C6MA 1G0PA 1I56A 1PS5A 1B2KA 4KL7A 4D9ZA 4HTKA 3RZ4A 1L32A 4QDNA 1IOQA 4BADA 2B6ZA 3EMSA 1P2LA 1GFRA 4DDBA 1G1WA 1JQUA 4XN6A 3RU5A 2D91A 151LA 4WMGA 1QQYA 1LMPA 8LYZA 1C43A 2B73A 1JEFA 1F6SA 1G0KA 1LZDA 1UIFA 3SB8A 3HUKA 3CT1A 3SB9A 1L28A 1B7SA 4LZMA 1UC0A 1UIHA 1FN5A 1GE2A 1DZBX 1KXYA 4I7LA 108LA 2MEHA 1UIBA 1GEVA 212LA 1OUAA 1TBYA 1YL0X 4MR1A 5L3IA 1ZYTA 1T6VL 5F9UA 5IDDA 5KXWA 5KXPA 3A3RX 3RNXA 4NSIA 4OWCA 5LXWA 4NSGA 3TMVA 4DQ5A 160LA 1C6CA 4C3WA 3SP3A 4XJHA 1HFYA 1C6KA 2XQOA 1EL1A 111LA 2D4JA 3EMLA 3WU7A 1LYEA 1GAZA 3HH4A 3A95A 1GPQC 1WQQA 3QY4A 5DM9A 2D4IA 3V2YA 1CKDA 4DWXA 1B9OA 4G4CA 1KS3A 5FCPA 1LZRA 3B72A 167LA 1YILA 1LYDA 1GFKA 3GUKA 4W51A 4XADA 5AMYA 3D3DA 4NGOA 3AYQA 1QSAA 1G7MC 1G0JA 2OU0X 4NEBA 1D3FA 1L93A 3SB6A 1FLQA 3FE0A 2ANXA 1HNLA 4HPIA 1OUCA 1P64A 211LA 259LA 195LA 1L59A 3G3WA 1L12A 1D2YA 1B7LA 4UWUA 3WUNA 2CJLA 1INUA 2Q0MX 6LYZA 3B0IA 1QUSA 2DQFC 3DN3A 1QTHA 1L24A 1L05A 1LJ3A 1LSMA 2QARC 4ZIXA 4ETAA 229LA 3JR6A 3GUNA 4ML7A 234LA 2D4KA 1B6IA 3DMXA 2MEDA 2A7FA 5LAGA 5KKIA 4LGKA 2AUBA 1L56A 3ATOA 1L88A 4TX7A 1L16A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4WO6 A;  1T3P A;  114L A;  1L82 A;  1VAU A;  2HUB A;  2F2N A;  1GDX A;  4EJ4 A;  1L10 A;  222L A;  1BB3 A;  1L57 A;  3WH1 A;  5LAF A;  4Z41 A;  4G4B A;  1L86 A;  1QSQ A;  4WLT A;  3TXB A;  4HTQ A;  4FJR A;  2LC9 A;  4RLN A;  1HMK A;  1L18 A;  1L30 A;  1D6P A;  4WG1 A;  175L A;  1C61 A;  7LZM A;  3FI7 A;  1CU2 A;  1J1O Y;  4H9I A;  4LZT A;  1HF4 A;  2ZNX Y;  2CWI A;  1QSB A;  2W1L A;  5APC A;  1XGP C;  3GUP A;  186L A;  5L3H A;  2HEE A;  3A90 A;  1C60 A;  2EPE A;  1L01 A;  1L54 A;  1LZ5 A;  1QT8 A;  2BQD A;  4ET9 A;  1QT3 A;  2B5Z A;  246L A;  4BAF A;  1LSP A;  1DYG A;  1IR9 A;  5B1F A;  5LZM A;  5KXY A;  2PC2 A;  4NHI A;  1L94 A;  1LMO A;  5LYM A;  1DKK A;  3C7Y A;  262L A;  3WPK A;  3A91 A;  5HQ1 A;  3IJU A;  154L A;  3WUA A;  1ZVH L;  1LYJ A;  1P46 A;  131L A;  3DN6 A;  3F9L A;  3AW7 A;  1L35 A;  2B6T A;  4N1E I;  4J1B A;  4C5F A;  177L A;  2IHL A;  2Y8P A;  189L A;  5KXN A;  1LMT A;  4H9C A;  1JKD A;  4DJH A;  4EKS A;  1L66 A;  1L17 A;  4I7T A;  1IY3 A;  1REX A;  2FYC A;  3C7Z A;  187L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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