192LA

A helix initiation signal in t4 lysozyme identified by polyalanine mutagenesis
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLAAAKAALAAAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWAAAAAALAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A helix initiation signal in T4 lysozyme identified by polyalanine mutagenesis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 192lA00
1G0GA 182LA 1OYUA 1L82A 2ANXA 3HT7A 3HH4A 1LWGA 1K28A 126LA 1QTVA 2B74A 1QS9A 1QT5A 3HTDA 1SX7A 3DN0A 2RH1A 184LA 1CX6A 3HU9A 3LZMA 4W54A 3V2YA 168LA 142LA 248LA 228LA 1CUQA 3OE9A 1ZWNA 1CUPA 140LA 226LA 109LA 253LA 1L50A 245LA 112LA 2OE9X 159LA 3PDSA 1L44A 1L60A 4DJHA 199LA 173LA 1C6MA 2B72A 1L15A 2LZMA 2HULA 150LA 235LA 4I7LA 122LA 4PJZA 114LA 2QARC 3QAKA 1L33A 1P64A 1QTZA 3C7WA 1LYFA 1L06A 1LYJA 1L26A 3GUMA 1D3FA 3DN6A 1CV1A 1L97A 3HU8A 1L67A 7LZMA 1L66A 3OE8A 1C6CA 197LA 4DAJA 1C6LA 1L98A 2RB0X 4EKSA 143LA 1L48A 1L96A 1P6YA 111LA 1L00A 1L17A 1L39A 149LA 3K2RA 1L49A 1LGXA 1QSQA 3DN2A 3C7ZA 3GULA 211LA 1L19A 1L80A 200LA 1CV6A 4I7QA 1C63A 1DYBA 1L54A 155LA 2Q9DA 130LA 3DN4A 3HDFA 3NY8A 4W55A 1L89A 1L72A 3F9LA 2B6WA 4I7SA 1CU6A 1OVHA 1L75A 141LA 1LYHA 3SBBC 1L16A 1L0JA 166LA 198LA 4W51A 1L83A 1D3NA 1DYEA 1JTMA 1XEPA 2Z6BA 1L03A 1L43A 1L52A 157LA 1L63A 185LA 171LA 1P36A 1PQDA 262LA 3FA0A 3UONA 1P5CA 1C66A 148LE 2O79A 3GUKA 1QTBA 1DYCA 1LYGA 1LI3A 257LA 1I6SA 2B6XA 1CTWA 1SSWA 1XJTA 2OTYX 178LA 1C6EA 1G1WA 238LA 1DYAA 1QT7A 2LCBA 1L31A 220LA 163LA 1L29A 242LA 1C6AA 162LA 1L24A 1L14A 1PQOA 1OWZA 3HT9A 190LA 3SB5A 1QUHA 2B6TA 2HUKA 4E97A 1P7SA 170LA 1C6GA 1L84A 225LA 3EMLA 3JR6A 1CVKA 1QS5A 1L11A 210LA 258LA 243LA 4YXAC 4DKLA 2RBOA 175LA 1DYDA 1C6BA 3HDEA 1L86A 128LA 188LA 127LA 1KY1A 1LPYA 145LA 1L58A 1OV5A 3DMZA 110LA 2B6ZA 1L61A 2B6YA 2B70A 1L34A 1L07A 137LA 160LA 161LA 1C6TA 1EPYA 1L37A 2F2QA 237LA 2OEAX 234LA 2IGCA 174LA 1SSYA 1L76A 1L36A 213LA 1D3MA 3HT6A 2NTGA 217LA 195LA 131LA 1L18A 212LA 1L08A 1L99A 165LA 1L92A 1L22A 3HH6A 4EKQA 1L95A 120LA 1L65A 3DKEX 177LA 4W57A 2OE4X 1L35A 1SWZA 1QSBA 4W56A 2OE7X 2OU8A 1L64A 1C69A 1G07A 192LA 230LA 4I7JA 3SB8A 3DMVA 196LA 1L21A 1T8FA 1C68A 1JQUA 3HUQA 3NY9A 4ARJA 201LA 4ZPUA 1QTDA 1C6HA 3G3VA 1L47A 2RBNA 1XJUA 4I7RA 1C6DA 4ARMA 108LA 1QTCA 4I7MA 1CV3A 1LW9A 1P3NA 191LA 1SWYA 1G0MA 129LA 1L27A 1C6NA 3C7YA 1L13A 227LA 2A4TA 232LA 4I7PA 1G1VA 1T8AA 1L57A 1CU3A 3GUIA 1LI2A 3RUNA 3C83A 1L01A 1C6JA 219LA 1L10A 1L55A 1LYEA 215LA 1NHBA 250LA 1L69A 255LA 3HTFA 1C6QA 1G06A 1QT8A 4ARPA 1PQJA 1L40A 1L41A 4EPFA 2Q9EA 1L93A 147LA 3HUKA 1L88A 4W52A 239LA 4IAPA 4I7KA 3DN8A 4ARQB 1L81A 3CDVA 1C60A 1L32A 1C62A 4PK0A 1DYGA 181LA 3OE6A 1L45A 1L51A 3SB6A 4EKPA 1D2YA 216LA 167LA 1CU0A 1OV7A 3VW7A 1T8GA 1D3JA 1JTNA 1L62A 1C65A 206LA 1L09A 3DMXA 1L91A 233LA 2CUUA 1P2LA 1C6IA 3NYAA 1G0QA 1P56A 1L79A 1P46A 224LA 2B73A 1C6KA 2RAYX 3GUOA 4EJ4A 1PQKA 1L12A 2B75A 1C64A 1T97A 3SN6R 240LA 3C80A 1OWYA 1C61A 261LA 1L85A 107LA 1D9WA 251LA 1G0JA 4LDEA 1LGWA 1QUGA 3HUAA 144LA 3C82A 3GUJA 249LA 2LC9A 3ODUA 3GUPA 2RBRA 4GBRB 2OTZX 1L25A 2RB1X 3HTGA 4YX7C 1C67A 1L87A 1QTHA 2RBQA 3CDOA 4S0WA 1KS3A 1D2WA 1KNIA 1ZYTA 2OU0X 4W58A 189LA 3F8VA 1OVJA 1ZURA 3CDTA 1G0LA 236LA 164LA 1CU2A 4GRVA 169LA 113LA 205LA 5I14A 4ARQA 180LA 1PQIA 246LA 4LDLA 254LA 3FADA 1L59A 241LA 1G0KA 3L64A 1KW7A 1LWKA 4LDOA 221LA 3D4SA 256LA 244LA 260LA 1T6HA 3SBAA 2ANVA 1C6PA 3SB9A 3G3WA 103LA 3C8SA 4OO9A 2O4WA 209LA 1L73A 4W59A 1OVKA 183LA 1L77A 158LA 1P2RA 4EKRA 1L70A 222LA 1L28A 1L74A 1CV5A 187LA 1LGUA 3OE0A 2OU9A 3HWLA 1KY0A 1L42A 1CV4A 3GUNA 1C6FA 5LZMA 1L04A 3HH3A 151LA 3G3XA 1SX2A 4K5YA 4YXCA 2HUMA 139LA 1QUOA 3C8QA 1L02A 3CDRA 3DNAA 4I7OA 3HT8A 1L68A 3SB7A 2B7XA 1QT3A 231LA 4W53A 1WTHA 1L94A 4AQNA 176LA 104LA 1L90A 4LZMA 218LA 125LA 152LA 3C8RA 156LA 1B6IA 2RAZX 4I7NA 1L56A 4ARLA 1CV0A 118LA 115LA 247LA 4EPIA 2RBSA 146LA 1LYDA 119LA 1QT6A 102LA 3FI5A 1CU5A 1L71A 2RBPA 3L2XA 1QUDA 1CX7A 2QB0B 186LA 252LA 223LA 1L20A 3HH5A 2L78A 3HTBA 3CDQA 1LI6A 1P37A 3DN3A 3RZEA 1KW5A 214LA 2F32A 1LLHA 1L46A 1TLAA 1LYIA 229LA 4I7TA 1G0PA 259LA 1L53A 4EXMA 138LA 123LA 1L30A 2RB2X 3V2WA 2F47A 2NTHA 1PQMA 1DYFA 3DN1A 1L38A 1QT4A 3C81A 172LA 2O7AA 1L0KA 4ARMB 1L05A 6LZMA 3PBLA 1L23A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AYQA 1B7PA 1OUFA 1HC0A 5D5CA 4ETEA 5AMYA 1SLYA 4GLVA 3WUNA 5D5FA 3HH4A 1LWGA 3N9EA 1LSMA 1JKAA 184LA 2DQFC 2LZTA 3HU9A 1ALCA 3B72A 2N5ZA 142LA 1CUQA 3OE9A 4XYYA 1GEVA 2OE9X 112LA 3TXGA 1YAPA 3A3QA 173LA 3EXDA 1JUGA 1L15A 122LA 114LA 4B4IA 1JTOL 1BVXA 5J7CA 1CV1A 1GBSA 5I4XA 1VAUA 1GDWA 4GCEA 2YBNA 4RW1A 4KXIA 2BQGA 1YKXX 111LA 4OWCA 1QSQA 3P4ZA 2HU3A 4GN4A 1GE1A 4LT2A 5KKJA 1L80A 5I4WA 200LA 2HEBA 1L54A 1QTKA 130LA 1LHIA 1YAOA 1L89A 3W6FA 2FBDA 1CU6A 4NWEA 1OVHA 5DLAA 1BB4A 7LYZA 141LA 2C8PA 3A92A 1GFEA 1DYEA 4WL6A 1LZ5A 1XEPA 2BQDA 1L43A 1L63A 1PQDA 3WUAA 4WMGA 1C66A 1H87A 3GUKA 1I6SA 2D4JA 2BQKA 5C6IA 178LA 1G1WA 2C8OA 1RI8B 1LZAA 1DYAA 1D0LA 1IC4Y 1L14A 1GFVA 4TTDA 4LT1A 3B6LA 1PQOA 1LSYA 1HFYA 3SB5A 2B6TA 2HUKA 1DPWA 4E97A 4UWUA 3EMLA 2IFFY 4UWNA 3W6EA 5LVKA 4G49A 1REMA 1IC7Y 175LA 5APEA 1DYDA 1NDGC 1C6BA 3AZ7A 1IWYA 1YL1X 3CSZA 1L58A 2B6ZA 4OW1A 2B70A 2I26L 1L07A 1C6TA 3P65A 5KXYA 4H94A 5APFA 3CSRA 2CWIA 3HT6A 4YF2A 1LHMA 4PHIA 1L18A 1L99A 1L92A 1UACY 1NKHA 1NQIA 2EQLA 1LOZA 4W57A 2G4PA 1L35A 1QSBA 3OK0A 4OOTA 4WM5A 1HHLA 2HEAA 1J1PY 2FBBA 1D9UA 1L21A 4XENA 3QE8A 3HUQA 1IC5Y 201LA 1QTDA 1C6HA 1LZ9A 1LZYA 2BAAA 1UIDA 4I7RA 2F30A 3MGWA 4ARMA 1QTCA 3A67Y 1LW9A 1UIBA 1SWYA 1LSPA 1HEOA 1C6NA 3OJPA 3C7YA 4YM8A 227LA 2A4TA 4L41A 4J1BA 1C08C 1REYA 1LI2A 4PRQA 1JEFA 1IWWA 219LA 1PS5A 1L55A 1LYEA 3TXKA 250LA 255LA 4DQJA 1RCMA 1QT8A 1HF4A 2Q9EA 3LZ2A 2MEGA 5ILCA 1PZYA 2A7FA 1HELA 4I7KA 3DN8A 4NHIA 1IR8A 4ET8A 4II8A 4XJDA 3WVYA 1L32A 1C62A 5FELA 181LA 4CFPA 2DKVA 1L45A 3SB6A 2XBSA 2Z12A 1W6ZA 3VW7A 4HTKA 4LYZA 1C65A 3TXJA 1RFPA 1P56A 1YILA 1LJIA 1F6RA 3E3DA 4KT3A 224LA 4DT3A 5F81A 3B0KA 1GFJA 1GB9A 1DQJC 1LKRA 3KAMA 1ZVHL 2ZQ4A 107LA 1IEEA 1JIYA 1B5VA 1QUGA 5B1FA 1TDYA 1E8LA 144LA 2BQNA 3C82A 249LA 154LA 3GUPA 3AJNA 5F14A 1GD6A 3AB6A 134LA 3M3UA 1UICA 2RBQA 1KS3A 2BQAA 4NGYA 4DWXA 1GFGA 4BADA 1GF3A 4HV2A 164LA 1B5WA 1IY3A 2LYOA 2MEIA 5I14A 4KL7A 4GN3A 2Z19A 2BLXA 221LA 4G4CA 4E3UA 260LA 2Z38A 1F6SA 2BQBA 1FLQA 2BQEA 1LHKA 4B4EA 3QY4A 3CSQA 1L28A 4WM2A 1LGUA 187LA 2OU9A 5LIOA 1F10A 4FDYA 1YIKA 1O23A 2MECA 3GUNA 4FJRA 3AW7A 4NSJA 1OUAA 4WG1A 151LA 3G3XA 4YXCA 1GBZA 139LA 3C8QA 1UIFA 3HFMY 3LZTA 4WG7A 231LA 1L90A 1G7MC 125LA 1B6IA 1UIGA 4ARLA 1CV0A 115LA 4EPIA 2RBSA 3IWRA 2YDGA 1KIRC 1XSFA 1WQQA 1DI3A 2B5ZA 3WVXA 186LA 1NMMA 5KXWA 1L20A 1I56A 5E4PA 1CKGA 3T36A 3P64A 2DQJY 3HTBA 4W94A 3CDQA 1LI6A 3RZEA 1L46A 1HENA 1LYIA 229LA 138LA 2RB2X 1IWZA 4LT3A 2NTHA 1PQMA 1DYFA 3GXRA 1QT4A 2O7AA 1GFHA 4PRUA 1AKIA 3AZ4A 4OWEA 1QDTA 1L82A 3HT7A 4IASA 1GPQC 1CNSA 2BLYA 1XFPL 126LA 2B74A 1QS9A 1SX7A 4ZFPA 1J1OY 2RH1A 1TAYA 1OP9B 3V2YA 1LYSA 1EL1A 245LA 2CJLA 1GB5A 1L60A 4HTNA 1C6MA 2ZILA 2LZMA 4DD7A 5KXPA 150LA 235LA 1GXXA 4PJZA 2QARC 1DZBX 1L33A 1GBOA 3C7WA 5DN5A 4LFXA 1D6PA 1L26A 3GUMA 1D3FA 1OUGA 1L97A 4NGWA 3WMKA 3SP3A 3OE8A 4TUNA 1C6CA 1IOTA 1KXWA 1L98A 1BB7A 3TXHA 143LA 4YOPA 4Z3MA 3FE0A 1L00A 4R6CA 1L17A 1L39A 3M18B 5LYZA 1Z55A 1LSFA 1L49A 3C7ZA 3WW5A 5LA5A 3ZVQB 3EBAB 4I7QA 3WXTA 3WULA 155LA 2H9KA 1LJ3A 1L72A 1G7HC 1YL0X 2B6WA 3ULRA 5APCA 3A95A 4LGKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3AYQ A;  1B7P A;  1OUF A;  1HC0 A;  5D5C A;  4ETE A;  5AMY A;  1SLY A;  4GLV A;  3WUN A;  5D5F A;  3HH4 A;  1LWG A;  3N9E A;  1LSM A;  1JKA A;  184L A;  2DQF C;  2LZT A;  3HU9 A;  1ALC A;  3B72 A;  2N5Z A;  142L A;  1CUQ A;  3OE9 A;  4XYY A;  1GEV A;  2OE9 X;  112L A;  3TXG A;  1YAP A;  3A3Q A;  173L A;  3EXD A;  1JUG A;  1L15 A;  122L A;  114L A;  4B4I A;  1JTO L;  1BVX A;  5J7C A;  1CV1 A;  1GBS A;  5I4X A;  1VAU A;  1GDW A;  4GCE A;  2YBN A;  4RW1 A;  4KXI A;  2BQG A;  1YKX X;  111L A;  4OWC A;  1QSQ A;  3P4Z A;  2HU3 A;  4GN4 A;  1GE1 A;  4LT2 A;  5KKJ A;  1L80 A;  5I4W A;  200L A;  2HEB A;  1L54 A;  1QTK A;  130L A;  1LHI A;  1YAO A;  1L89 A;  3W6F A;  2FBD A;  1CU6 A;  4NWE A;  1OVH A;  5DLA A;  1BB4 A;  7LYZ A;  141L A;  2C8P A;  3A92 A;  1GFE A;  1DYE A;  4WL6 A;  1LZ5 A;  1XEP A;  2BQD A;  1L43 A;  1L63 A;  1PQD A;  3WUA A;  4WMG A;  1C66 A;  1H87 A;  3GUK A;  1I6S A;  2D4J A;  2BQK A;  5C6I A;  178L A;  1G1W A;  2C8O A;  1RI8 B;  1LZA A;  1DYA A;  1D0L A;  1IC4 Y;  1L14 A;  1GFV A; 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