195LA

Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core-repacking variants of t4 lysozyme
Total Genus 60
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDELAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH6 (108-113)O1 (113-115)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core repacking variants of bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 195lA00
3DKEX 1L46A 3DN4A 3OE8A 2LCBA 1XEPA 1LPYA 240LA 1LYJA 1P64A 118LA 1L07A 258LA 1L75A 2RBNA 1L98A 1CV6A 122LA 1CV1A 173LA 4W56A 1KW7A 4EKQA 1CV3A 5LZMA 260LA 4I7NA 2B70A 138LA 1CUPA 1LW9A 238LA 3DN6A 3HWLA 183LA 150LA 2L78A 248LA 1QT6A 210LA 111LA 1T6HA 3HUQA 1C6JA 1OV7A 3DN8A 177LA 3SB6A 2HULA 151LA 198LA 209LA 3FI5A 5I14A 3HH3A 1G1WA 1L01A 112LA 3GULA 2LC9A 1XJUA 1P6YA 2Z6BA 4EXMA 1QUHA 3RUNA 4AQNA 245LA 249LA 3DMZA 1G0JA 228LA 1DYFA 1L84A 4W55A 3SB5A 1L28A 1SWZA 1L11A 1T8FA 3C7ZA 109LA 2RB2X 3HTFA 1L38A 3HTDA 1L09A 1ZYTA 1L72A 1C66A 1QTDA 3DNAA 1L81A 239LA 4E97A 1LYIA 251LA 1OV5A 3D4SA 4ARLA 1L16A 4PK0A 4ARPA 1L93A 178LA 125LA 1DYDA 3C8RA 1L26A 1P56A 1QTHA 256LA 1C6HA 1L25A 1L45A 1T8GA 3GUJA 1LGXA 162LA 1L13A 1ZURA 3HH5A 2RBOA 222LA 1L04A 1L67A 1L43A 1L48A 2RBPA 1L27A 1G0KA 1I6SA 1L08A 1D3MA 206LA 4W57A 4I7KA 2B74A 2Q9EA 1C69A 1C6GA 4I7SA 3FA0A 4W54A 1QSQA 1CU3A 1L74A 1CU0A 3L64A 4EPIA 1C64A 1XJTA 4W53A 2B6XA 1QS9A 1P2LA 1G0QA 166LA 1QSBA 3JR6A 4I7RA 4ARJA 1L0JA 1KY0A 1L51A 3G3WA 119LA 4IAPA 4ARMA 2B73A 1P36A 1L59A 1PQJA 211LA 3G3VA 1T8AA 176LA 2LZMA 3RZEA 2B72A 1LI2A 1QTBA 1L80A 165LA 4EKPA 1L06A 1L34A 1PQKA 2B7XA 2O7AA 3PBLA 1L60A 3VW7A 1L02A 1OWYA 113LA 126LA 235LA 185LA 3CDRA 244LA 250LA 172LA 1L62A 1SWYA 2RBQA 147LA 1SX7A 1D2WA 4PJZA 1QTZA 144LA 3DN2A 1T97A 3OE9A 217LA 1CX6A 7LZMA 1PQOA 1OVKA 1LYDA 187LA 1L90A 2CUUA 158LA 1QT3A 2QB0B 141LA 1C6PA 1L18A 2NTHA 189LA 129LA 1C6IA 2HUKA 1C6EA 164LA 3HT7A 1C65A 169LA 1LGWA 1QT4A 262LA 4W51A 4YXAC 3DN1A 1PQMA 1CV5A 243LA 1SSWA 1EPYA 1QUGA 1LYHA 3SB7A 1CV0A 216LA 2RB0X 4GBRB 1QUDA 1G0PA 1C6AA 2Q9DA 3SB8A 2OTZX 1L33A 1SSYA 1C6CA 2OE4X 2ANVA 3FADA 120LA 1CUQA 4LDLA 1LYEA 1KS3A 4EKSA 1L05A 1PQIA 1L35A 1L77A 3SBAA 1QS5A 3HH4A 2HUMA 253LA 1L21A 4OO9A 1QT5A 1QTCA 1SX2A 1L70A 155LA 3K2RA 212LA 1L47A 1QTVA 3DMXA 3G3XA 1KW5A 1OYUA 1G1VA 4S0WA 3CDOA 2A4TA 1C6DA 242LA 1L96A 227LA 1JTNA 214LA 1CX7A 1L76A 236LA 140LA 3UONA 142LA 2F32A 3C83A 4ARQB 107LA 2F47A 104LA 1G0MA 226LA 3DN3A 108LA 1B6IA 1L03A 247LA 1WTHA 3C8SA 3CDVA 1LYFA 1DYAA 3NY8A 4I7QA 1PQDA 110LA 192LA 2OU9A 2RB1X 1DYGA 1LWKA 1CVKA 1C6TA 1L73A 1C6BA 1L61A 171LA 1CV4A 2OU0X 1L97A 161LA 3GUIA 4EJ4A 4I7OA 1DYCA 2OU8A 1L30A 103LA 1L40A 3HDFA 3LZMA 3PDSA 1L91A 223LA 3CDTA 102LA 2OTYX 1L95A 4I7PA 2IGCA 2O4WA 2QARC 3OE0A 2ANXA 1QT7A 3C7WA 1OVHA 1C6LA 1CU6A 2OE7X 1L66A 3F8VA 175LA 3HUAA 1L85A 4EKRA 128LA 3HTBA 3L2XA 3NYAA 170LA 1L15A 1D9WA 2F2QA 1L55A 219LA 163LA 3C81A 115LA 1JQUA 160LA 257LA 2RBRA 1L92A 3NY9A 1C60A 3ODUA 1C6KA 230LA 1L50A 1G0GA 3C8QA 1L64A 1L42A 2O79A 143LA 137LA 1G07A 114LA 1C68A 1L79A 1C67A 4I7LA 224LA 127LA 215LA 3GUOA 1L12A 1L71A 168LA 231LA 1LGUA 1D2YA 1L23A 1KY1A 1LYGA 1P3NA 1L56A 229LA 2OEAX 4ZPUA 254LA 3HT9A 3CDQA 2NTGA 3SBBC 1L36A 205LA 1C6QA 6LZMA 195LA 1OVJA 218LA 1L17A 3QAKA 1P7SA 1LI3A 197LA 1L94A 4LDOA 1L39A 4YX7C 1C62A 1L65A 148LE 191LA 1CU2A 4DJHA 1JTMA 1NHBA 1L22A 1L32A 3HTGA 3HDEA 1QT8A 1D3FA 1G06A 1L63A 1L31A 152LA 4K5YA 2RH1A 3HH6A 220LA 1L69A 1L82A 1KNIA 261LA 2RAZX 3EMLA 4I7JA 3OE6A 1L10A 3DMVA 4GRVA 1L88A 2B75A 1L20A 3C80A 1P5CA 1L89A 159LA 1D3NA 1L53A 4W58A 1TLAA 2B6WA 3HT6A 2RBSA 4ARMB 4W52A 1L83A 1L44A 2RAYX 1L41A 3C82A 259LA 174LA 131LA 184LA 1L49A 130LA 3HU9A 1P37A 3GUMA 3SB9A 3HUKA 1ZWNA 3SN6R 146LA 3GUKA 3V2WA 4W59A 241LA 190LA 2B6TA 156LA 1LLHA 1C61A 186LA 1LWGA 1CTWA 237LA 123LA 234LA 3HT8A 1L24A 221LA 149LA 4I7TA 1P2RA 196LA 1L0KA 1L58A 1L68A 246LA 233LA 181LA 2OE9X 1QUOA 1L52A 1L19A 201LA 200LA 1D3JA 2B6YA 255LA 225LA 4DAJA 3GUPA 1P46A 4LDEA 180LA 1C63A 3GUNA 1DYEA 145LA 1CU5A 3DN0A 1C6MA 1LI6A 4DKLA 1K28A 2B6ZA 1C6FA 3C7YA 252LA 4YXCA 232LA 1C6NA 188LA 157LA 199LA 1L00A 3F9LA 3V2YA 4I7MA 4EPFA 1L54A 1L29A 1L57A 1L37A 1L86A 4LZMA 3HU8A 1L87A 1L99A 4ARQA 1G0LA 213LA 139LA 1DYBA 1L14A 167LA 1OWZA 182LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DN4A 2LCBA 1XEPA 1LPYA 2DBTA 4WO6A 118LA 4HV2A 1CV6A 1CKFA 173LA 5LZMA 138LA 1GFHA 1EQ4A 4WM2A 3DN6A 2L78A 4N9RA 111LA 1OV7A 1F6SA 198LA 4QEQA 1G1WA 3GULA 2B5ZA 2LC9A 1XJUA 1LMQA 4EXMA 1ZVHL 1CKGA 3HBDA 1GE3A 245LA 1G0JA 1ZMYL 2BQNA 1L11A 109LA 3ZEKA 1L38A 4YF2A 1L09A 1L72A 1LZRA 1B2KA 1NDGC 4NEBA 3AGHA 5AMYA 4YM8A 3WPJA 2D91A 4NWHA 1B7RA 1P56A 256LA 2YSSC 4WG1A 2ZYCA 162LA 1ZURA 2EKSC 1B0DA 3HH5A 4EMNA 1L04A 1OUHA 3IJUA 2BQLA 5FDJA 2MEAA 3WXTA 2RBPA 1L27A 4C5FA 1BB4A 1IIZA 4DDCA 1FLWA 1I6SA 3N9AA 206LA 4PGJB 4ZFPA 3FA0A 3E3DA 1INUA 4EPIA 4H9FA 1C64A 1NKHA 1REYA 1FBIX 1KIRC 3QY4A 1GBOA 3JR6A 3TXIA 3WMKA 1YAMA 3WULA 1UIAA 1L51A 2BQAA 119LA 4ARMA 2B73A 5A3ZA 1HNLA 1T8AA 2VB1A 3GXRA 3TXFA 1QTBA 1IVMA 4EKPA 1WQRA 1L34A 1PQKA 2B7XA 2O7AA 3PBLA 1L02A 1OWYA 4DDBA 2MEGA 3TMXA 1DZBX 1SWYA 147LA 1IC4Y 4WLTA 3WVYA 3DN2A 4QY9A 3LYTA 2BQKA 1WVVA 1CX6A 3P65A 4AXTA 1PQOA 2ZIKA 2DQAA 1YROA 4H8XA 4DQ5A 158LA 1QT3A 1GXXA 3FE0A 4NG1A 4QDNA 4GCBA 1LZTA 2PC2A 2LZTA 129LA 2HUKA 1C6EA 3ULRA 5KKJA 4PRQA 9LYZA 262LA 1PQMA 1CV5A 243LA 3EMSA 1EPYA 3SB7A 4NFVA 4IATA 1WTNA 2WARA 1C6AA 1CKHA 1SSYA 4B4EA 2OE4X 120LA 1IWWA 1B7NA 2FYCA 4LDLA 1LYEA 1KS3A 2FBDA 1PQIA 2DQFC 3WL2A 4J7VA 4H92A 1QT5A 1SX2A 1QTVA 3W6CA 1YILA 4WLXA 1KW5A 1G1VA 1IP2A 4S0WA 1C6DA 1LMOA 4HPEA 227LA 1H6MA 1L76A 236LA 4DD3A 4W94A 1IX0A 1QUTA 1PZYA 247LA 3C8SA 3CDVA 3NY8A 4BS7A 1PQDA 1LHJA 1LSEA 3AGGG 1DYGA 1C6TA 1PS5A 4HJZA 4KPMA 1RCMA 161LA 1NDMC 4EJ4A 1DYCA 1YL1X 4ETCA 1L30A 1EQEA 1JKDA 1L40A 5LVKA 193LA 1TBYA 4RDSA 4I7PA 2IGCA 2QARC 2ANXA 4Z98A 4XJDA 2DKVA 1IOSA 1EL1A 1OVHA 4M6DA 1CU6A 175LA 1IORA 3L2XA 170LA 3LHMA 1LJ3A 1L55A 4XADA 5JENB 160LA 1W6ZA 2RBRA 1WQPA 1L92A 1C60A 1LZCA 1G0GA 1HSWA 1F6RA 4LFXA 1LZ8A 3A3QA 224LA 215LA 4ETBA 3GUOA 1KXWA 1L12A 1L71A 4N0JA 5F9UA 1D2YA 2G4NA 208LA 1LYGA 4NHPA 1LJKA 4TWSA 5IHGA 3QE8A 4DD7A 1GBXA 3HT9A 3SBBC 1I20A 4PPOA 1B7PA 1LHKA 1C08C 1J1XY 218LA 1LZGA 1LKSA 3BKVA 3QAKA 1LI3A 1GPQC 3EBAB 1L65A 1TCYA 4B1AA 2BQFA 5II3A 1F10A 1G06A 2RH1A 5KXSA 5IELA 1GF4A 1C43A 1KIQC 3CT5A 4NGKA 1GWDA 4WMGA 4KXIA 1LMTA 1A2YC 5FELA 1TLAA 5E9RA 1T3PA 1L83A 5C6JA 1GHLA 4WM4A 1L44A 2ZQ3A 2RAYX 5HNLA 3C82A 131LA 1L49A 5LAFA 1CJ7A 2BPUA 2YBHA 3SB9A 2BQMA 2W1MA 1ZWNA 1NQIA 1QDRA 3B0OA 1XGQC 3ATOA 1JUGA 2ZYPA 4LT1A 3V2WA 4ET9A 190LA 4NSJA 2BLXA 156LA 2LHMA 186LA 1LWGA 237LA 4TTDA 4LZTA 3T36A 1OUFA 1VDPA 2C8OA 1C46A 149LA 3CQLA 1L0KA 4NGYA 5B59A 4NWEA 181LA 1CJ9A 1QUOA 1ZVYB 1GE0A 5LAGA 5ILCA 1IR8A 1D3JA 1JSEA 1LTMA 225LA 4DAJA 3GUPA 2LYOA 4WL6A 1DYEA 3D3DA 1CU5A 4NGIA 1C6MA 1K28A 2B6ZA 2XBRA 4YXCA 4TX7A 4R6CA 157LA 199LA 1REXA 4PJ2C 1E8LA 1L57A 1L86A 3RW8A 3B6LA 2HEFA 1IO5A 1FN5A 5F14A 3TXKA 5KXLA 1L14A 207LA 4PRUA 194LA 3A91A 1OWZA 3A8ZA 1LYJA 1VDSA 1YAQA 3LYMA 3N9EA 4W56A 4C3WA 1KW7A 4ZIXA 2B70A 1HF4A 3HWLA 1DI3A 1TEWA 1REZA 1IWYA 4PHIA 1NBYC 1HEPA 1GD6A 1LJNA 3FI5A 1LYSA 5I14A 1L01A 112LA 1P6YA 5FSTA 2Z6BA 4D9ZA 1JKBA 2FYDA 4OWHA 2H9KA 1L84A 2D4KA 1QSAA 1T8FA 4HTQA 2RB2X 3HTFA 3HTDA 1ZYTA 153LA 1C66A 1VEDA 1L81A 4E97A 3RZ4A 5FCPA 3D4SA 1O23A 1OUCA 5LYZA 4N8ZA 3B0IA 2LYMA 3OK0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DN4 A;  2LCB A;  1XEP A;  1LPY A;  2DBT A;  4WO6 A;  118L A;  4HV2 A;  1CV6 A;  1CKF A;  173L A;  5LZM A;  138L A;  1GFH A;  1EQ4 A;  4WM2 A;  3DN6 A;  2L78 A;  4N9R A;  111L A;  1OV7 A;  1F6S A;  198L A;  4QEQ A;  1G1W A;  3GUL A;  2B5Z A;  2LC9 A;  1XJU A;  1LMQ A;  4EXM A;  1ZVH L;  1CKG A;  3HBD A;  1GE3 A;  245L A;  1G0J A;  1ZMY L;  2BQN A;  1L11 A;  109L A;  3ZEK A;  1L38 A;  4YF2 A;  1L09 A;  1L72 A;  1LZR A;  1B2K A;  1NDG C;  4NEB A;  3AGH A;  5AMY A;  4YM8 A;  3WPJ A;  2D91 A;  4NWH A;  1B7R A;  1P56 A;  256L A;  2YSS C;  4WG1 A;  2ZYC A;  162L A;  1ZUR A;  2EKS C;  1B0D A;  3HH5 A;  4EMN A;  1L04 A;  1OUH A;  3IJU A;  2BQL A;  5FDJ A;  2MEA A;  3WXT A;  2RBP A;  1L27 A;  4C5F A;  1BB4 A;  1IIZ A;  4DDC A;  1FLW A;  1I6S A;  3N9A A;  206L A;  4PGJ B;  4ZFP A;  3FA0 A;  3E3D A;  1INU A;  4EPI A;  4H9F A;  1C64 A;  1NKH A;  1REY A;  1FBI X;  1KIR C;  3QY4 A;  1GBO A;  3JR6 A;  3TXI A;  3WMK A;  1YAM A;  3WUL A;  1UIA A;  1L51 A;  2BQA A;  119L A;  4ARM A;  2B73 A;  5A3Z A;  1HNL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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