197LA

Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core-repacking variants of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEMAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTARTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core repacking variants of bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 197lA00
1L07A 187LA 225LA 1SWYA 164LA 1QS5A 1L74A 4LDEA 163LA 1L84A 4GBRB 1JTNA 2RAZX 2F32A 3GUNA 1L27A 4ARJA 1QUHA 4EKSA 3HTDA 4I7NA 260LA 4W56A 1L39A 1T8AA 3RZEA 123LA 248LA 219LA 185LA 3HTGA 2OTYX 1QT6A 1L20A 2QB0B 2Z6BA 3SB9A 155LA 1QTHA 1L64A 4ARMB 4I7SA 1JQUA 149LA 1L21A 1C6KA 169LA 4LDOA 4OO9A 4I7MA 3C83A 1QT8A 240LA 3DMXA 3HDFA 2B6TA 1L68A 107LA 1C64A 1L73A 1C6BA 128LA 2IGCA 1L11A 1LPYA 2O79A 1L72A 4YX7C 146LA 1DYEA 1C63A 1L46A 1C6PA 2HUMA 205LA 3OE9A 1QTDA 235LA 2OU9A 167LA 1L81A 253LA 1P56A 1C60A 1L67A 1C6JA 1DYBA 223LA 1T8FA 3NY9A 108LA 3HUAA 196LA 1PQOA 233LA 1G0JA 3SBBC 122LA 226LA 1C6DA 3F8VA 1CX7A 3DNAA 1KW5A 1SSYA 1L02A 1QUOA 2RB0X 102LA 1QT3A 4DJHA 1D3JA 1PQJA 1PQIA 1XJUA 3VW7A 1D9WA 131LA 5LZMA 2LC9A 1CX6A 2HULA 1G06A 2RBQA 4DAJA 6LZMA 1I6SA 1C6EA 1CUPA 2L78A 1L92A 1C6QA 1L23A 2RBSA 181LA 1L19A 2B72A 3DN1A 3OE6A 3SB5A 1L75A 1C65A 231LA 1DYGA 1SX7A 4W52A 1G0PA 1G0QA 4PJZA 2OTZX 3FADA 210LA 4ARMA 1P5CA 241LA 1OV7A 1KNIA 4LDLA 3GULA 173LA 252LA 4GRVA 251LA 4EKRA 4EKQA 1C67A 3QAKA 255LA 1L95A 1QS9A 1QT5A 2NTGA 1L59A 2O7AA 3DN8A 3GUOA 1KY0A 1L49A 4I7PA 250LA 2Q9DA 2Q9EA 1DYAA 1LYEA 3V2YA 160LA 1DYFA 3HUQA 2RAYX 216LA 189LA 1C68A 1OVKA 1L29A 237LA 180LA 1L82A 1L56A 2B6YA 3HWLA 4I7JA 1LYIA 172LA 3GUMA 201LA 3G3XA 1QT4A 1P3NA 3PBLA 3CDTA 2RB2X 139LA 1L26A 1OYUA 244LA 1OVJA 4EJ4A 1L52A 1L63A 1L99A 220LA 4I7OA 1SX2A 221LA 3GUKA 1L86A 1QTBA 1L32A 3HTBA 3OE8A 174LA 1D3FA 2RBOA 1DYCA 199LA 227LA 1CUQA 1L60A 1L85A 3FA0A 239LA 2LCBA 2B6ZA 3DKEX 209LA 141LA 1G0KA 1LGXA 2B70A 1L87A 3NYAA 4W58A 192LA 1OV5A 3PDSA 1D2WA 1L38A 1XEPA 257LA 3RUNA 137LA 3L64A 1L57A 2RBRA 1L31A 1G1WA 1P64A 1TLAA 1OVHA 2OEAX 229LA 1P37A 2OU8A 217LA 2B75A 4I7LA 1QUGA 4ZPUA 129LA 1G1VA 3SN6R 4S0WA 1L22A 130LA 191LA 3HUKA 151LA 171LA 3CDVA 1L93A 184LA 218LA 2A4TA 5I14A 142LA 3HTFA 3HH3A 103LA 3C8RA 3LZMA 1L24A 143LA 1L28A 3OE0A 104LA 1C62A 197LA 1D3NA 3HT8A 148LE 3HDEA 112LA 212LA 1C6GA 127LA 165LA 213LA 3C8QA 3ODUA 258LA 3SBAA 200LA 110LA 4W59A 1QUDA 1ZWNA 4ARQB 1L90A 1KS3A 4ARPA 4PK0A 1LI2A 1L06A 1L54A 3C82A 119LA 4YXCA 1L79A 1C66A 1SWZA 1L00A 178LA 3DN3A 3GUPA 3HU8A 3HT7A 159LA 3G3VA 3FI5A 1CU6A 1L42A 1L47A 2NTHA 1L62A 2OE7X 1L12A 1L97A 234LA 2QARC 1C6FA 1DYDA 1L16A 3K2RA 140LA 1C6CA 1LI3A 1P46A 1LI6A 245LA 168LA 1ZURA 1P2RA 4W54A 188LA 1KW7A 1L50A 1L14A 1L58A 1L83A 1K28A 182LA 1L43A 1C6LA 138LA 1CV1A 1C61A 3HH4A 1L69A 4I7RA 4W55A 1D2YA 1QSQA 214LA 3L2XA 1L15A 1L51A 3HT9A 4I7KA 3DN2A 1L41A 3DN0A 1L80A 3CDQA 1CTWA 246LA 228LA 1L33A 1XJTA 3C7ZA 158LA 3DN4A 1L66A 3SB8A 1EPYA 4EPIA 1P36A 1L17A 1L96A 4K5YA 1OWZA 4ARQA 1C69A 1D3MA 1ZYTA 1L10A 256LA 4DKLA 115LA 3CDRA 3SB6A 1L71A 262LA 1G0MA 2ANVA 206LA 1T6HA 2F2QA 259LA 1LYDA 3C8SA 4ARLA 1L76A 1LGUA 1P7SA 1CU5A 2RBPA 2B6WA 1L37A 222LA 1L01A 183LA 4E97A 3HT6A 3EMLA 109LA 150LA 1C6HA 2RB1X 1L0KA 177LA 1P6YA 1LYJA 2OE9X 1L09A 4EKPA 1OWYA 215LA 1KY1A 2F47A 3UONA 2ANXA 1L36A 1CU3A 1L48A 1P2LA 2OU0X 1G0LA 1WTHA 114LA 4EPFA 1L70A 4IAPA 7LZMA 3D4SA 1QTVA 186LA 1CV0A 242LA 2RBNA 238LA 120LA 1C6AA 1L89A 243LA 144LA 195LA 1PQKA 2OE4X 1L30A 261LA 145LA 3HH5A 1PQDA 1L45A 170LA 2B7XA 157LA 4W57A 3DN6A 3GUIA 3NY8A 1CVKA 1L44A 3C81A 1LYHA 1L65A 125LA 1QT7A 1L13A 3C7YA 2B74A 1L53A 249LA 3C80A 2B73A 1C6IA 230LA 1L03A 2RH1A 1L94A 4LZMA 3HH6A 1L91A 1C6MA 1L08A 3DMZA 176LA 1CV5A 1LW9A 1QTCA 3JR6A 4I7TA 2HUKA 3HU9A 4AQNA 162LA 1CV4A 1LGWA 1QSBA 1NHBA 156LA 1C6TA 1CV6A 1LWGA 224LA 4I7QA 1SSWA 190LA 3GUJA 152LA 1T97A 2B6XA 166LA 1L34A 118LA 1G07A 4W53A 1PQMA 1QTZA 1L88A 147LA 247LA 1JTMA 1G0GA 254LA 1L04A 3C7WA 113LA 3CDOA 1L77A 236LA 1C6NA 2LZMA 126LA 1L25A 1L18A 111LA 4W51A 1LWKA 1LLHA 2CUUA 1L40A 198LA 175LA 3F9LA 4YXAC 1CU0A 232LA 1L35A 1LYGA 211LA 1L98A 1L05A 1L0JA 1L55A 161LA 1T8GA 3DMVA 1CV3A 3V2WA 3G3WA 3SB7A 4EXMA 1CU2A 2O4WA 1LYFA 1B6IA 1L61A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QS5A 1L74A 1L84A 2RAZX 4J1BA 2BQDA 2F32A 4WO6A 3ZVQA 4YENA 3HTDA 4DDAA 1JITA 3WVYA 1L39A 1REXA 1GBXA 248LA 4B0DA 4H93A 1WTNA 1EQ5A 3AZ7A 1MLCE 1LMNA 4I7SA 1NMMA 1B5WA 1L21A 1B7RA 2DBTA 3C83A 1QT8A 1BB3A 1L73A 5KXXA 1C6BA 3CSQA 128LA 1C46A 2F2NA 1LPYA 1YQVY 4LYOA 4YX7C 1DYEA 1JIYA 1DI3A 3OE9A 4DQ5A 3A94A 1L81A 3HUAA 1FDLY 1J1OY 1UCOA 1L02A 1QTKA 1QUOA 2RB0X 1QT3A 1WTMA 4N0JA 4DJHA 1F6RA 1IP5A 2MEDA 1LKRA 1GXV2 1C43A 4DAJA 3W6BA 3LZTA 5E4PA 1AM7A 2BQGA 4RW1A 1L92A 1L19A 1UIBA 5I54A 194LA 4W52A 1G0PA 1KXWA 2OTZX 3P65A 3WW5A 173LA 252LA 4GRVA 5KXTA 2YBLA 2BQJA 3QAKA 1L95A 1QS9A 4HPIA 5J7CA 1IP3A 1L59A 1KY0A 1L49A 4WLXA 1JTOL 1LOZA 1B5ZA 250LA 3FE0A 3AYQA 4NGWA 4NGZA 2YBMA 1DYFA 189LA 3D3DA 4WO9A 1B7PA 2B6YA 3HWLA 2DQIY 3GUMA 4G4CA 4NHQA 1QT4A 2CJLA 1L26A 4DD2A 3D9AC 4HTQA 4EJ4A 1L63A 220LA 4H8XA 3B72A 4PPOA 3HTBA 2XQOA 1D3FA 199LA 4HJVA 4TTDA 1GE3A 4W58A 2W1YA 3ZEKA 5ILCA 1D2WA 2XBRA 2WARA 1BB6A 1UA6Y 257LA 3L64A 1L57A 1G7IC 5D5FA 4NG8A 1HC0A 2DKVA 1G1WA 1P64A 1TLAA 5LAFA 229LA 4XADA 1P37A 4H9HA 2B75A 1IC7Y 1XEIA 4LT0A 1EQ4A 130LA 3AGGG 151LA 4R0FA 1CKDA 1IEEA 218LA 2A4TA 1TCYA 3HH3A 2EQLA 4ETDA 103LA 1IP2A 2HU3A 4HSFA 4KPMA 143LA 2MEFA 4WMGA 104LA 1F6SA 3HT8A 4GN4A 3TMWA 1G7LC 1BWJA 3P68A 1C6GA 4WM3A 2Z18A 1XGPC 3C8QA 1JKBA 3ODUA 200LA 1HELA 4H9IA 4W59A 2YBHA 1LPIA 1SQ2L 4TUNA 4ARQB 5IDDA 3TMVA 1OP9B 2MEEA 1AKIA 1HHLA 1JUGA 1LZ5A 1L06A 4ETCA 2LZ2A 1C66A 3GUPA 178LA 159LA 1LJFA 1L47A 2FYDA 4NG1A 1L12A 1L97A 4UWNA 4NFVA 5HQ1A 8LYZA 1HF4A 168LA 1P2RA 1LSPA 2MEBA 1GAYA 1KW7A 4W94A 4OWAA 2F4GA 132LA 1MELL 3HH4A 4IJ4A 1L69A 1D2YA 1LAAA 1NBZC 5KXRA 4PHIA 1L41A 1L80A 5FELA 4NGJA 5F16A 1LHKA 3TXFA 2Z2FA 1A2YC 4EPIA 1UBZA 4QY9A 5KXKA 1I1ZA 4ARQA 1C69A 1ZYTA 256LA 5ILFA 4DKLA 3M3UA 5FCPA 206LA 3CT5A 4J0LA 3C8SA 4ARLA 1LGUA 2B6WA 1G7HC 1L0KA 1YAOA 3P4ZA 1P6YA 2OE9X 1OWYA 2F47A 3A3QA 1GF7A 2ANXA 1L48A 1IWUA 1FKQA 2Y8PA 4LT1A 3LHMA 1GFTA 1HEPA 4GN3A 7LYZA 7LZMA 3LYMA 5LVKA 1GFGA 1YIKA 242LA 1L89A 243LA 1PQKA 3VWOA 3HH5A 1EQEA 3DN6A 1JJ3A 1CVKA 3C81A 1L65A 125LA 3C7YA 2B74A 249LA 2DQFC 1GE2A 3LN2A 5FEKA 1L03A 5M1YA 1DI5A 4LGKA 1QSWA 1L08A 4NHIA 176LA 1WQQA 1QTCA 5KKIA 2BQNA 4I7TA 2HUKA 2W1LA 3AGIA 4AQNA 3A90A 1C08C 4BAPA 156LA 1RJCB 2G4QA 1PS5A 1LZNA 224LA 3A6BY 1GFVA 5DLAA 4KL7A 1O23A 118LA 1GHLA 2H9KA 3W6DA 5JENB 147LA 1IX0A 113LA 1GBSA 1LMPA 3CDOA 3HBHA 1IC5Y 111LA 3WULA 1L40A 3RNXA 4YXAC 1L98A 3MGWA 1L05A 1L0JA 3EMSA 3TXDA 5A3EA 5EBHA 3DMVA 1LHMA 3V2WA 1CU2A 1TDYA 4LDEA 3WXTA 4GBRB 1JTNA 1YROA 1IWYA 3FI7A 4DDCA 2YSSC 4QEQA 4ARJA 4GCCA 4NY5A 2G4NA 3W6EA 260LA 4W56A 1T8AA 3RZEA 3HTGA 4WLTA 4BAFA 1QTHA 2ZIJA 1L64A 5F9XA 1OUCA 2YVBA 3N9EA 4XJIA 1YAMA 149LA 169LA 4OO9A 5I4YA 1VFBC 1LSAA 3HDFA 2B6TA 107LA 3LYZA 1B7MA 208LA 1VDQA 1VAUA 1GE1A 2Z38A 1L11A 5HNCA 3TMXA 4OWCA 1L46A 1C6PA 2HUMA 205LA 235LA 4HP0A 5KY1A 4LYTA 3CB7A 1P56A 1LMTA 3KAMA 1DYBA 3G3AB 1AT5A 3RT5X 1LJKA 1LJGA 108LA 2HUBA 3NY9A 196LA 1G0JA 3SBBC 122LA 4H9AA 1LZ8A 4EOFA 1LZ1A 1IP6A 1BWHA 1CX7A 4R6CA 1SSYA 102LA 2MECA 4H8ZA 1LMOA 2BQBA 1PQJA 1PQIA 1D9WA 5DN5A 4LZTA 2CGIA 2HULA 3ULRA 1G06A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QS5 A;  1L74 A;  1L84 A;  2RAZ X;  4J1B A;  2BQD A;  2F32 A;  4WO6 A;  3ZVQ A;  4YEN A;  3HTD A;  4DDA A;  1JIT A;  3WVY A;  1L39 A;  1REX A;  1GBX A;  248L A;  4B0D A;  4H93 A;  1WTN A;  1EQ5 A;  3AZ7 A;  1MLC E;  1LMN A;  4I7S A;  1NMM A;  1B5W A;  1L21 A;  1B7R A;  2DBT A;  3C83 A;  1QT8 A;  1BB3 A;  1L73 A;  5KXX A;  1C6B A;  3CSQ A;  128L A;  1C46 A;  2F2N A;  1LPY A;  1YQV Y;  4LYO A;  4YX7 C;  1DYE A;  1JIY A;  1DI3 A;  3OE9 A;  4DQ5 A;  3A94 A;  1L81 A;  3HUA A;  1FDL Y;  1J1O Y;  1UCO A;  1L02 A;  1QTK A;  1QUO A;  2RB0 X;  1QT3 A;  1WTM A;  4N0J A;  4DJH A;  1F6R A;  1IP5 A;  2MED A;  1LKR A;  1GXV 2;  1C43 A;  4DAJ A;  3W6B A;  3LZT A;  5E4P A;  1AM7 A;  2BQG A;  4RW1 A;  1L92 A;  1L19 A;  1UIB A;  5I54 A;  194L A;  4W52 A;  1G0P A;  1KXW A;  2OTZ X;  3P65 A;  3WW5 A;  173L A;  252L A;  4GRV A;  5KXT A;  2YBL A;  2BQJ A;  3QAK A;  1L95 A;  1QS9 A;  4HPI A;  5J7C A;  1IP3 A;  1L59 A;  1KY0 A;  1L49 A;  4WLX A;  1JTO L;  1LOZ A;  1B5Z A;  250L A;  3FE0 A;  3AYQ A;  4NGW A;  4NGZ A; 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