197LA

Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core-repacking variants of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEMAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTARTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core repacking variants of bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 197lA00
3RUNA 2LC9A 1LGUA 4I7MA 1D3FA 1G0PA 3G3XA 4I7SA 163LA 4W51A 2ANVA 4EKQA 128LA 1C65A 1C6PA 140LA 2B72A 2O7AA 1L31A 1T97A 235LA 1P2RA 151LA 1KW7A 1L93A 107LA 245LA 1L00A 2QARC 3NYAA 109LA 259LA 4LDLA 3VW7A 1ZWNA 118LA 1P7SA 3DN0A 3HH5A 3OE8A 240LA 2OE7X 4EKSA 220LA 1L95A 120LA 1L32A 3HWLA 3CDVA 1OVHA 1P2LA 233LA 2LZMA 1QUGA 1D2WA 2B6YA 158LA 3OE9A 2IGCA 2HUMA 165LA 3HU8A 1PQOA 1L86A 1D9WA 2RBOA 3OE0A 1CUQA 142LA 1C64A 130LA 1D2YA 115LA 1G1VA 2LCBA 4GRVA 4DKLA 122LA 1CV1A 1QUDA 6LZMA 171LA 4EJ4A 1L29A 206LA 1QTCA 1L30A 145LA 189LA 1ZYTA 3C8RA 3GUJA 1LLHA 1P56A 209LA 3F8VA 2Q9DA 3C8SA 1L23A 3DMVA 161LA 1OV7A 4ARJA 1L08A 1CU2A 1L70A 169LA 1LYFA 1CU5A 1OV5A 1P3NA 147LA 1L87A 1L21A 2RB1X 185LA 217LA 3HT9A 3GUNA 2OTZX 4PK0A 1L61A 4W54A 1LGWA 1CV5A 198LA 1L71A 112LA 1L97A 110LA 226LA 164LA 1P5CA 2OE4X 4LZMA 1L13A 1C6QA 225LA 1LYHA 137LA 1L26A 3HH6A 172LA 123LA 1P6YA 1L33A 236LA 254LA 3FI5A 1L74A 1L0JA 4W53A 2B70A 143LA 237LA 1L10A 1G0MA 1LW9A 1L20A 230LA 7LZMA 2OU0X 2B6ZA 4EKRA 251LA 2F32A 3F9LA 152LA 252LA 1LGXA 1SX2A 166LA 1L57A 1L36A 3QAKA 4EPFA 222LA 261LA 1L98A 1C61A 1DYEA 3HDEA 195LA 1CU6A 1C6BA 247LA 211LA 3V2WA 141LA 1L56A 3DN6A 3L2XA 108LA 1C6HA 3K2RA 1C6DA 1LWKA 1L80A 1CX7A 1L43A 1L73A 1QSQA 2O79A 3NY8A 4EPIA 1LI3A 1D3NA 1JTMA 1ZURA 214LA 1KY0A 3GUIA 1L46A 213LA 215LA 1KNIA 3C7YA 175LA 1CV0A 162LA 221LA 182LA 1C6FA 2QB0B 119LA 1L38A 192LA 1L40A 127LA 1L85A 3DN2A 1L63A 255LA 3CDRA 4ARMA 131LA 139LA 1L96A 4I7PA 3C81A 1C67A 1L88A 3DNAA 111LA 3GUOA 1L67A 3LZMA 2A4TA 3HUKA 1L07A 1L81A 2RB2X 1LPYA 1G1WA 1XJTA 1L83A 1C66A 4I7NA 1DYAA 1G0KA 4EKPA 4LDEA 4W55A 129LA 1L09A 1LI2A 1SWZA 4DJHA 1L17A 1L55A 229LA 1L65A 3EMLA 4I7TA 1K28A 1CUPA 1KW5A 156LA 1LYIA 4DAJA 1L77A 1LYGA 1G07A 260LA 2OTYX 3GUKA 150LA 3FADA 248LA 216LA 3UONA 1QTHA 1L44A 1L84A 1L02A 1OYUA 1SSYA 3HTDA 3OE6A 238LA 177LA 3DKEX 227LA 3DN8A 1P37A 219LA 1CU0A 1L42A 1I6SA 3DN4A 149LA 1L05A 3SB8A 187LA 3C7ZA 186LA 148LE 3SN6R 3SB7A 3SB9A 249LA 1PQDA 1L54A 4GBRB 173LA 1L41A 1G0LA 176LA 1DYFA 1QUHA 1L90A 239LA 1DYGA 3DMZA 1QTDA 1KS3A 2F47A 191LA 1CV6A 3HUAA 3FA0A 3G3WA 2OU9A 1TLAA 167LA 183LA 1L68A 1L52A 1L49A 200LA 1T6HA 256LA 1CU3A 1L48A 224LA 258LA 232LA 4W59A 1QSBA 2RAZX 4ARLA 1PQMA 243LA 1CVKA 241LA 3ODUA 250LA 1L99A 1T8FA 1L64A 3DMXA 3HTGA 253LA 4YXCA 3CDTA 2F2QA 3D4SA 197LA 103LA 3GUMA 3SB5A 1L76A 205LA 2RBRA 1L14A 2B75A 102LA 4K5YA 3SBBC 1L16A 3HTFA 1L03A 4E97A 181LA 188LA 1C6EA 246LA 1C60A 125LA 144LA 174LA 1G0GA 1DYBA 1QS9A 1L15A 2B74A 1C68A 1L04A 4I7QA 1C6LA 1L27A 3JR6A 4ARMB 157LA 199LA 1C6NA 1P46A 4I7JA 4OO9A 159LA 231LA 262LA 1OWYA 1OVKA 4YX7C 3RZEA 4I7OA 1L60A 1P64A 1L89A 1C6CA 1L82A 1L06A 1L94A 1D3JA 155LA 113LA 1L66A 1KY1A 3C8QA 1QT6A 4ZPUA 1OVJA 1D3MA 1CV4A 1L51A 2Z6BA 1L25A 1P36A 2CUUA 4EXMA 138LA 1C69A 2RBSA 1SWYA 2OEAX 1L47A 1L0KA 3DN1A 1QS5A 3C7WA 3HU9A 3SBAA 3HT7A 1G0QA 1LYDA 1CX6A 1L28A 228LA 3V2YA 2HULA 1JTNA 168LA 1C6TA 4AQNA 178LA 1C6JA 210LA 1L12A 4I7LA 1SX7A 5I14A 2RBPA 196LA 104LA 1QTBA 190LA 180LA 1C6KA 4YXAC 1G0JA 1L59A 184LA 2RBQA 1CTWA 3CDOA 1G06A 3PBLA 3HH4A 3NY9A 1XEPA 2NTHA 1NHBA 1T8GA 2RH1A 1B6IA 2B6XA 3HT8A 1SSWA 1L45A 1LYJA 1L35A 4W57A 1DYDA 160LA 1C62A 218LA 1QUOA 3C82A 3HUQA 2B6WA 1L69A 4W52A 1PQKA 2OU8A 3HT6A 3HTBA 1C6AA 2RBNA 2Q9EA 2OE9X 1L72A 2ANXA 244LA 3L64A 3GULA 1L34A 4W56A 4ARQB 3GUPA 257LA 2B73A 4ARQA 1C63A 1QT3A 201LA 1L75A 1QT8A 1QT5A 3HH3A 4I7RA 1DYCA 2B6TA 4LDOA 1C6IA 1JQUA 2B7XA 2L78A 1L91A 4I7KA 1L19A 1XJUA 114LA 3HDFA 1L79A 1L62A 3C83A 4PJZA 1QT7A 1L01A 5LZMA 1PQIA 1C6MA 234LA 2NTGA 126LA 4W58A 170LA 1CV3A 1L11A 1LWGA 2HUKA 1L58A 4IAPA 242LA 1L50A 3G3VA 3SB6A 1QTVA 1T8AA 1EPYA 1QT4A 1WTHA 1QTZA 2RB0X 1L92A 2RAYX 2O4WA 3C80A 1L37A 1L53A 3DN3A 1C6GA 223LA 146LA 1L22A 4S0WA 1L39A 1LYEA 1L24A 1L18A 4ARPA 1PQJA 212LA 3CDQA 3PDSA 1LI6A 1OWZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A94A 2C8OA 4PGJB 3AYQA 2HTXA 6LYTA 4U3XB 163LA 3ATNA 4N0JA 1P2RA 1T6VL 5DN4A 107LA 4LYBA 3NYAA 118LA 2EIZC 5DN5A 1GD6A 1GFVA 3A34A 3AGIA 220LA 1YKZX 4NGWA 3CDVA 1OVHA 1GFTA 2Z37A 4GCBA 4NSJA 1D9UA 2IGCA 165LA 4HP0A 3A96A 1XGPC 1C64A 2LCBA 1GFJA 1HEOA 171LA 4WM6A 1VFBC 1QTCA 1ZYTA 2ZILA 209LA 2LYOA 2Q9DA 3DMVA 1OV7A 4ARJA 4DC4A 1GAYA 1L21A 185LA 1W08A 3HT9A 2OTZX 4NSIA 134LA 110LA 1LJNA 4LZMA 1CNSA 1LYHA 137LA 1LJIA 3D9AC 3HH6A 4DD2A 1L33A 236LA 4DQ5A 1L0JA 4W53A 143LA 1G7LC 1L10A 3LYOA 2C8PA 2BQNA 1L20A 3GXRA 4CFOA 1FKQA 2BQJA 251LA 1DZBX 3F9LA 4GN4A 1LPIA 3QAKA 4NHPA 1BWIA 3P4ZA 4XJDA 1KXYA 1LMAA 3HDEA 1C6BA 1V7TA 3FI7A 1EQEA 3DN6A 1LZSA 108LA 1XFPL 3QNGA 3K2RA 1C6DA 2BQIA 1QSQA 1UA6Y 3M18B 2YBNA 4UWUA 5IDDA 1LI3A 1GE0A 1IP3A 4LYOA 1ZURA 1IR8A 1KY0A 2ZWBA 1TCYA 4Z98A 1FN5A 1LMCA 1LMPA 4ZEEA 4UWNA 6LYZA 162LA 3AB6A 2I6ZA 1LHJA 3TMUA 4P2EA 255LA 3P66A 2BQOA 1QDRA 2XBRA 1LHIA 2AUBA 3OK0A 1L96A 4H8YA 1L67A 2Z39A 3HUKA 1C66A 5HNCA 1G0KA 4GCDA 1LI2A 4TTDA 3AZ7A 4M6DA 1JJ1A 2IFFY 1KW5A 4DAJA 5DLAA 1LYGA 1YANA 1IOCA 2DQIY 150LA 3WXTA 1IR9A 3E3DA 1HC0A 1QTHA 1L84A 238LA 2FYCA 177LA 1IP5A 4MR1A 2MEAA 1B5XA 4EOFA 1KIRC 1XGRC 4HJZA 1L05A 1IP6A 4TSCA 5I4WA 187LA 1C7PA 4C5FA 2EQLA 3SB9A 2H5ZA 4OWEA 239LA 4O34A 1DYGA 1C10A 1GF6A 2ZIJA 4XJBA 1QIOA 1SLYA 1QTDA 1G7JC 1VAUA 3FA0A 1H6MA 2OU9A 167LA 183LA 4G4HA 3EO5A 5B59A 1CU3A 232LA 1I56A 1NMMA 2HEBA 1PQMA 1CVKA 1T3PA 3T36A 1W6ZA 4YXCA 3CDTA 4DYGA 2F2QA 3ATOA 2I25L 103LA 4DD7A 1REMA 3GUMA 5B07A 2G4NA 1L76A 3SBBC 2Z2FA 3HTFA 1J1XY 3ZVQB 4E97A 4WO9A 2N5ZA 3IJUA 125LA 2Z2EA 2Y8PA 3CQLA 1L04A 1B7QA 5C6IA 3JR6A 1RFPA 153LA 4RW2A 1FLWA 159LA 1LYZA 262LA 1OVKA 4YX7C 3RZEA 1YL1X 1L89A 5IELA 1L06A 1L94A 1DI3A 5J7CA 113LA 1LYSA 1OVJA 1D3MA 1B5WA 2HU1A 1IWVA 1C69A 1IOQA 1B7MA 2RBSA 1XEIA 2GV0A 1LJJA 1SWYA 2OEAX 3TXEA 2XQOA 1WQOA 3V2YA 5F81A 2YSSC 1JTNA 1AM7A 1GHLA 210LA 1UCOA 2RBPA 1F10A 4DDBA 104LA 1G0JA 184LA 1G06A 3PBLA 4II8A 3NY9A 1NHBA 2B6XA 1ZVYB 1LMTA 4CHXA 1C45A 3EBAB 160LA 218LA 1IP2A 2B6WA 1L69A 1LZCA 2OU8A 4W52A 5L3HA 4BAFA 1GE4A 1CKCA 2YBJA 2BLYA 1TDYA 4WLTA 3L64A 4H9FA 4H94A 1VDQA 4DD0A 4CFPA 1C43A 1FKVA 1UIDA 1DYCA 4LDOA 1JQUA 2BQHA 4YENA 1Z55A 1GBXA 1L19A 4WM1A 1UIEA 4ANRA 1HF4A 1DI4A 4PJZA 1IP4A 1QT7A 1DXJA 1PQIA 1LJ4A 4DDCA 2DBTA 4DD3A 170LA 5LXWA 1LWGA 1L58A 5B05A 242LA 1LTMA 1LSPA 1IC4Y 1HSWA 2BQLA 1QTVA 1WVVA 4H91A 3CSZA 1L92A 1H87A 2WARA 1L53A 3QY4A 146LA 1LYEA 1L24A 1EQ5A 1BVXA 1LI6A 1OWZA 1GFAA 2H9KA 3TXDA 3RUNA 1LGUA 4NGIA 4I7MA 3TMXA 2Q0MX 3A91A 1GE1A 5KXMA 3G3XA 1NF5A 4W51A 3TMWA 2ANVA 1UUZC 4EKQA 3T6UA 1LKRA 2BQBA 1C6PA 1EQ4A 1GWDA 2DQDY 1GXXA 154LA 151LA 1IO5A 1KW7A 1L93A 2F4AA 1OUDA 1L00A 2LYZA 2QARC 3A95A 3VW7A 1D0LA 4LDLA 1P7SA 3OE8A 3HH5A 3TXJA 2OE7X 2YVBA 3TXKA 1L32A 1CJ8A 3LYTA 1P2LA 233LA 3VWOA 2H9JA 1BB4A 4HV1A 3OE9A 5FHWA 4J7VA 4GCEA 3HU8A 3WW6A 2RBOA 1L86A 1UIAA 1CUQA 1GFHA 1G1VA 3SP3A 5KXLA 4NGJA 1WQQA 4EJ4A 1L29A 4GLAA 3WYHA 1LZYA 3C8SA 1JSEA 161LA 3ULRA 1JHLA 3ZEKA 1L70A 1TBYA 5II3A 1CU5A 1B7RA 2RB1X 3GUNA 4NGZA 2MEDA 4PK0A 4W94A 1L61A 1XGQC 3B72A 1L71A 4XADA 164LA 1P5CA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3A94 A;  2C8O A;  4PGJ B;  3AYQ A;  2HTX A;  6LYT A;  4U3X B;  163L A;  3ATN A;  4N0J A;  1P2R A;  1T6V L;  5DN4 A;  107L A;  4LYB A;  3NYA A;  118L A;  2EIZ C;  5DN5 A;  1GD6 A;  1GFV A;  3A34 A;  3AGI A;  220L A;  1YKZ X;  4NGW A;  3CDV A;  1OVH A;  1GFT A;  2Z37 A;  4GCB A;  4NSJ A;  1D9U A;  2IGC A;  165L A;  4HP0 A;  3A96 A;  1XGP C;  1C64 A;  2LCB A;  1GFJ A;  1HEO A;  171L A;  4WM6 A;  1VFB C;  1QTC A;  1ZYT A;  2ZIL A;  209L A;  2LYO A;  2Q9D A;  3DMV A;  1OV7 A;  4ARJ A;  4DC4 A;  1GAY A;  1L21 A;  185L A;  1W08 A;  3HT9 A;  2OTZ X;  4NSI A;  134L A;  110L A;  1LJN A;  4LZM A;  1CNS A;  1LYH A;  137L A;  1LJI A;  3D9A C;  3HH6 A;  4DD2 A;  1L33 A;  236L A;  4DQ5 A;  1L0J A;  4W53 A;  143L A;  1G7L C;  1L10 A;  3LYO A;  2C8P A;  2BQN A;  1L20 A;  3GXR A;  4CFO A;  1FKQ A;  2BQJ A;  251L A;  1DZB X;  3F9L A;  4GN4 A;  1LPI A;  3QAK A;  4NHP A;  1BWI A;  3P4Z A;  4XJD A;  1KXY A;  1LMA A;  3HDE A;  1C6B A;  1V7T A;  3FI7 A;  1EQE A;  3DN6 A;  1LZS A;  108L A;  1XFP L;  3QNG A;  3K2R A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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