197LA

Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core-repacking variants of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEMAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTARTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core repacking variants of bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 197lA00
1P2RA 1KNIA 2LCBA 2RBNA 2OTZX 1KW5A 1L54A 188LA 2B6XA 1L39A 2CUUA 5I14A 166LA 2NTGA 1G1VA 260LA 2B70A 1L05A 1L50A 196LA 1CV5A 1G0MA 122LA 164LA 1PQDA 150LA 1P6YA 3HT6A 3GUJA 180LA 1OWYA 1QS5A 1QT4A 1T97A 1C63A 3HU8A 4I7PA 161LA 1T8AA 3SB8A 1LW9A 1L31A 1L75A 2F32A 1L73A 219LA 1C6BA 2B72A 4GRVA 160LA 146LA 126LA 1L01A 1C66A 118LA 2NTHA 1L84A 1L60A 1P64A 1DYGA 245LA 1QTZA 1L72A 174LA 216LA 1P5CA 3DMXA 4GBRB 1CU3A 115LA 1C6LA 165LA 1L57A 2RB0X 3GUNA 3C83A 177LA 3C8SA 1K28A 3SBBC 195LA 2RBQA 145LA 236LA 1CVKA 1DYBA 4DJHA 3HH6A 128LA 3G3XA 1KY1A 108LA 1LYFA 3UONA 4EKQA 1L30A 157LA 1L02A 3F8VA 3GUMA 3C82A 120LA 1L65A 2ANVA 107LA 187LA 1L35A 2IGCA 4PJZA 3C80A 1L53A 4PK0A 1I6SA 242LA 1D3NA 4I7QA 2OU0X 1D3JA 1LGWA 1L0KA 3VW7A 3DN6A 250LA 1L71A 3DN1A 2O4WA 1QTVA 1ZWNA 1KY0A 1L56A 1L25A 1LYDA 215LA 4EJ4A 171LA 4W53A 109LA 1L13A 2B75A 2O79A 102LA 1L77A 184LA 2OU8A 257LA 3JR6A 1L82A 186LA 4I7TA 1T8FA 1QUHA 4AQNA 238LA 1KS3A 1L52A 131LA 1C67A 1P46A 3C8RA 3D4SA 1DYAA 192LA 1NHBA 1C6JA 190LA 258LA 1L33A 1P2LA 1XJTA 1QT6A 3RZEA 1P3NA 1L76A 175LA 1L74A 1SSWA 1CU6A 5LZMA 4ARQA 159LA 1OVKA 1SX2A 1L11A 1L15A 1L45A 1L68A 149LA 1L34A 1L42A 1SWYA 2B6ZA 1CV0A 1CX7A 3PDSA 3G3WA 1L21A 4EXMA 1L80A 4I7SA 1QUGA 1XJUA 1L03A 3G3VA 151LA 1LLHA 1L40A 206LA 2OE9X 1L07A 241LA 6LZMA 1D3MA 1LI3A 1CUPA 3FA0A 1QTHA 4W54A 1G0PA 1KW7A 1CV1A 4W57A 1L43A 213LA 3DMVA 3NYAA 3C7YA 1L88A 1LI6A 1CU2A 225LA 1L93A 230LA 1C6PA 1QT5A 3DN2A 1L37A 4K5YA 1L99A 3NY8A 1QS9A 1CV4A 1DYDA 1OVHA 2OU9A 1B6IA 2Q9EA 3HH3A 1CU5A 3SN6R 1LWGA 4EPFA 255LA 4ARLA 210LA 3OE9A 1L27A 3CDVA 1LGXA 4ARMA 2F2QA 1L70A 1C6KA 1T6HA 2OTYX 1L14A 1D9WA 3SB6A 3LZMA 1TLAA 3HDEA 3HH4A 103LA 178LA 4DKLA 173LA 1P7SA 1LYJA 147LA 1L09A 3HDFA 1LGUA 1QUDA 197LA 4LZMA 4EKRA 2B74A 4I7MA 3PBLA 4OO9A 252LA 1C60A 1D2WA 1C65A 1L92A 261LA 1CV6A 113LA 1L29A 1ZYTA 1L46A 1QTCA 2QARC 1C6GA 1DYFA 1P36A 4YXAC 3DN0A 2RB2X 1C6FA 138LA 1OWZA 125LA 2L78A 1OYUA 3HUQA 1G07A 221LA 247LA 244LA 1L48A 1QSQA 1SWZA 1QT8A 2HULA 2LC9A 1C68A 1L95A 114LA 3FI5A 1PQOA 110LA 3FADA 4W59A 1L0JA 1L81A 231LA 1QTBA 2Z6BA 1L64A 1L19A 1OV5A 3C7ZA 3CDOA 185LA 2O7AA 217LA 1G1WA 3GUPA 1JQUA 3DNAA 1L28A 1L97A 1L04A 256LA 1C64A 1L66A 254LA 3OE6A 4W51A 246LA 1L23A 1L49A 1LYHA 4LDOA 1L85A 234LA 2RBRA 4ARPA 1L89A 259LA 1CUQA 1G06A 1C6NA 1DYEA 1G0KA 123LA 2HUKA 2RB1X 137LA 1CU0A 1L86A 1L90A 240LA 1OVJA 141LA 1L16A 1QUOA 1L63A 4EKPA 170LA 4W52A 4YXCA 2RAZX 3ODUA 211LA 4S0WA 1L06A 163LA 1LPYA 4LDLA 1P37A 1CTWA 1C69A 1G0LA 156LA 143LA 1C61A 1PQKA 227LA 1C6HA 4W56A 1C6DA 1L00A 239LA 1XEPA 3DKEX 253LA 140LA 4I7KA 3DN8A 3SB9A 169LA 3HTFA 2RBPA 218LA 4LDEA 182LA 1L59A 199LA 176LA 228LA 158LA 1CX6A 1PQIA 4EPIA 1QT7A 130LA 1LWKA 104LA 1L91A 139LA 229LA 3V2WA 198LA 1P56A 3HTDA 1LYGA 3CDTA 1L12A 162LA 1D3FA 1LYIA 3QAKA 1L98A 1WTHA 2RBOA 3CDRA 152LA 1L55A 3C81A 3OE8A 4W58A 3C7WA 3OE0A 127LA 3HTGA 4W55A 4I7RA 129LA 3L2XA 1PQJA 119LA 112LA 2HUMA 1SSYA 3HUAA 1C6MA 3SBAA 2RAYX 233LA 3V2YA 142LA 2OEAX 1L18A 1QSBA 1C6IA 1L32A 243LA 167LA 1L67A 1ZURA 1L79A 1SX7A 1L47A 4I7LA 220LA 3C8QA 2LZMA 3HU9A 111LA 1L62A 1C6AA 189LA 1L83A 2OE4X 1PQMA 4YX7C 1L36A 232LA 1C6EA 2RH1A 3DMZA 4IAPA 2B6YA 1CV3A 1L96A 2B6TA 1L94A 1L08A 3RUNA 4E97A 155LA 1G0GA 1QTDA 1T8GA 2OE7X 1L87A 1L20A 205LA 3HH5A 3L64A 235LA 4ZPUA 249LA 3SB7A 201LA 7LZMA 237LA 168LA 1DYCA 3HT7A 3DN4A 148LE 3F9LA 2RBSA 4ARQB 3GUIA 3NY9A 1L41A 3HUKA 1L26A 1L51A 2QB0B 4I7JA 1C6TA 1JTMA 1L17A 1L69A 2Q9DA 223LA 1L10A 3HWLA 3GULA 3CDQA 2A4TA 3SB5A 2ANXA 1L38A 1LI2A 1L44A 248LA 2B6WA 4ARJA 1QT3A 2F47A 172LA 224LA 3DN3A 4EKSA 1L58A 251LA 1L24A 4I7OA 1JTNA 209LA 226LA 1C6QA 1L61A 1LYEA 1G0JA 214LA 181LA 1OV7A 3EMLA 144LA 1EPYA 191LA 3GUKA 1G0QA 183LA 3K2RA 3GUOA 3HT8A 1C6CA 1C62A 4DAJA 1L22A 212LA 2B73A 4I7NA 2B7XA 3HT9A 3HTBA 200LA 222LA 4ARMB 1D2YA 262LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z37A 1HF4A 4WM4A 4QEQA 1L39A 4I8SA 166LA 260LA 4LT1A 1LMPA 1IWWA 1L05A 1ZVHL 4RW1A 1QSWA 1VDQA 196LA 2ZYPA 164LA 1LYYA 150LA 4ETEA 2BQKA 1T8AA 5LXWA 1L31A 2F32A 4LYTA 1FDLY 1VDTA 1FN5A 146LA 2HEAA 1L84A 4G9SA 1L60A 3B0IA 1WTMA 1JKBA 1YL1X 1BVXA 174LA 4DD2A 4L41A 3DMXA 4GBRB 1C6LA 5K7OA 4Z41A 3C83A 3SBBC 3LYTA 4H9EA 8LYZA 4FDYA 236LA 5B05A 1CVKA 4HJYA 5FDJA 4DJHA 3G3XA 3UONA 1GEZA 5EBHA 2YBHA 1TAYA 1YKXX 5C6LA 2IGCA 3C80A 4PRUA 133LA 1D3NA 5KXTA 3WU8A 1L0KA 4UWUA 1A4VA 4II8A 1HFYA 250LA 1L71A 3DN1A 1ZWNA 1KY0A 1L25A 3TXDA 1JKAA 4EJ4A 4H8XA 4W53A 109LA 1INUA 2B75A 4NGKA 1L82A 1IC7Y 1T8FA 2A7DA 194LA 1UACY 1GF6A 4WLYA 2MEGA 4CGEA 1C6JA 190LA 4GN3A 4PGJB 258LA 1QT6A 2HEFA 2HEDA 1LSNA 1SSWA 4X3BA 3BKHA 5D5FA 3WUNA 4DDBA 9LYZA 3IJUA 1L45A 1L68A 1YANA 1L34A 1CX7A 5KXWA 3WVYA 1VAUA 1L21A 3TMVA 1XJUA 1HEPA 3AYQA 3G3VA 4AXTA 1LLHA 1L40A 1IWVA 4KXIA 1D3MA 1LI3A 1UIHA 5KXNA 3FA0A 5LYTA 1G0PA 1CV1A 1D9UA 1QQYA 5FEKA 4GN5C 1HC0A 1CU2A 5LYMA 1D6QA 225LA 1L93A 230LA 4DT3A 5B06A 1BB6A 2BAAA 4N8ZA 4DC4A 2Z12A 1OVHA 2OU9A 2Q9EA 4EPFA 5LVHA 1LZ8A 3CDVA 4M4OA 4ZFPA 1C6KA 1L14A 3LZMA 3HDEA 103LA 1LJHA 1LZYA 4HTKA 147LA 3HDFA 1JKCA 1LGUA 1QUDA 1IOCA 2B74A 252LA 1C60A 1C65A 2BQMA 2MEFA 2YBNA 2QARC 2Y8PA 2Z2FA 3HBDA 2B5ZA 4WM3A 2YVBA 1LJ3A 1G07A 1IWZA 221LA 2BQAA 244LA 4DD1A 1IOQA 1QT8A 1WQMA 3A3RX 4NHIA 4H8ZA 3FI5A 1L0JA 4LZTA 1LMQA 1L64A 1OV5A 2W1XA 1XGTC 2HEEA 1JSFA 4MSTA 256LA 1OUCA 1L23A 1JJ1A 4LDOA 3QY4A 234LA 5DM9A 1G06A 2XQOA 3P64A 1LZ5A 1CU0A 4NGYA 5HMVA 5IELA 1OVJA 1L16A 1QUOA 1YAOA 4HPEA 170LA 1JITA 1J1XY 2RAZX 3A93A 5F9UA 2BQCA 1TCYA 3ODUA 4S0WA 154LA 4LFPA 1L06A 163LA 4HSFA 1P37A 1GFKA 156LA 239LA 1L00A 3DN8A 3P65A 4ZIXA 1V7TA 199LA 1IR8A 2MEEA 1L91A 1DPWA 4M6DA 1F6SA 3HTDA 1CKDA 1GXV2 2CGIA 2DQJY 4IASA 2DQIY 1L12A 1LYIA 1NDMC 1IWXA 3ZEKA 1HFXA 3M18B 1QDTA 4HJVA 152LA 1D0KA 4LT2A 1LSDA 2ZILA 4B4JA 1DKJA 4PRQA 1REZA 2D91A 129LA 3L2XA 1PQJA 4N0JA 1LKRA 3SBAA 3V2YA 142LA 2BQHA 2IFFY 4DYGA 1LMOA 1KIQC 1HEMA 4NWEA 4DQJA 3AGHA 1L67A 1IP1A 1SX7A 4I7LA 1IORA 220LA 5M1YA 3C8QA 2LZMA 1QTEA 3HU9A 3LZ2A 4B0DA 1L62A 4XJBA 5HMJA 2OE4X 2VB1A 2RH1A 2B6TA 4WL7A 1I20A 3RUNA 155LA 1G0GA 1GEVA 1G7MC 1L20A 1C45A 5APFA 3L64A 249LA 5KXYA 3SB7A 1LZ6A 1EQEA 1QSAA 3HT7A 1TBYA 3A6CY 1L41A 1NMMA 1OUEA 1LZNA 1C6TA 3FE0A 1XFPL 1GD6A 1L10A 3HWLA 1LYZA 4Z46A 1QUTA 3ATNA 1LI2A 1L44A 2B6WA 5LIOA 4XENA 2BQJA 4NEBA 5ILFA 3WXUA 3TXIA 5F81A 3G3BB 2HU1A 1XEIA 3A67Y 4I7OA 5F9XA 226LA 1IOSA 1UUZC 1NBYC 181LA 1OV7A 4KL7A 3EMLA 4CFPA 3AW6A 1YROA 3CT5A 2N5ZA 1G0QA 3T36A 4H9HA 1C62A 1IX0A 212LA 4I7NA 2B7XA 200LA 2LYOA 1JTPL 222LA 3EXDA 3TXGA 2RBNA 2OTZX 3N9AA 1CKCA 1LSEA 188LA 1UA6Y 1L50A 4NSHA 1CV5A 1G0MA 2Z39A 1P6YA 2D4IA 1YL0X 3GUJA 1OWYA 1QS5A 1BHZA 2LYZA 4BADA 1BWIA 1LW9A 1L75A 1LHHA 1C6BA 1GPQC 4GRVA 1L01A 1OUDA 1C66A 118LA 2FYCA 2NTHA 1DI3A 5DN5A 1FKQA 3WYHA 4AGAA 1P64A 245LA 4HPIA 1TEWA 1MLCE 2F4AA 3CT1A 4H91A 1H6MA 4BAPA 4WOAA 3C8SA 1OUHA 1K28A 1LAAA 1GF7A 3B72A 2ZIJA 1YQVY 4ET8A 1KY1A 1RE2A 2HU3A 1L30A 1FLYA 3F8VA 3GUMA 4ET9A 1GB7A 120LA 1B7MA 1LOZA 1IP5A 1L35A 4TSCA 1I6SA 3WW5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2Z37 A;  1HF4 A;  4WM4 A;  4QEQ A;  1L39 A;  4I8S A;  166L A;  260L A;  4LT1 A;  1LMP A;  1IWW A;  1L05 A;  1ZVH L;  4RW1 A;  1QSW A;  1VDQ A;  196L A;  2ZYP A;  164L A;  1LYY A;  150L A;  4ETE A;  2BQK A;  1T8A A;  5LXW A;  1L31 A;  2F32 A;  4LYT A;  1FDL Y;  1VDT A;  1FN5 A;  146L A;  2HEA A;  1L84 A;  4G9S A;  1L60 A;  3B0I A;  1WTM A;  1JKB A;  1YL1 X;  1BVX A;  174L A;  4DD2 A;  4L41 A;  3DMX A;  4GBR B;  1C6L A;  5K7O A;  4Z41 A;  3C83 A;  3SBB C;  3LYT A;  4H9E A;  8LYZ A;  4FDY A;  236L A;  5B05 A;  1CVK A;  4HJY A;  5FDJ A;  4DJH A;  3G3X A;  3UON A;  1GEZ A;  5EBH A;  2YBH A;  1TAY A;  1YKX X;  5C6L A;  2IGC A;  3C80 A;  4PRU A;  133L A;  1D3N A;  5KXT A;  3WU8 A;  1L0K A;  4UWU A;  1A4V A;  4II8 A;  1HFY A;  250L A;  1L71 A;  3DN1 A;  1ZWN A;  1KY0 A;  1L25 A;  3TXD A;  1JKA A;  4EJ4 A;  4H8X A;  4W53 A;  109L A;  1INU A;  2B75 A;  4NGK A;  1L82 A;  1IC7 Y;  1T8F A;  2A7D A;  194L A;  1UAC Y;  1GF6 A;  4WLY A;  2MEG A;  4CGE A;  1C6J A;  190L A;  4GN3 A;  4PGJ B;  258L A;  1QT6 A; 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