198LA

Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core-repacking variants of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDELAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core repacking variants of bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 198lA00
1G0JA 3HT6A 1L26A 1OVJA 3QAKA 3GUPA 2OEAX 4DAJA 4YX7C 138LA 2Z6BA 148LE 2HULA 1KNIA 1EPYA 1QSQA 1L15A 2LC9A 1LGXA 155LA 126LA 2O7AA 1L56A 1LI6A 2RBQA 3JR6A 1L95A 2OU8A 3LZMA 4GRVA 4LDOA 3SB9A 4EKSA 3DMXA 4W53A 109LA 191LA 127LA 140LA 2RB2X 3C83A 1L64A 1DYCA 210LA 1C6JA 1CUQA 2NTHA 4I7MA 2RBOA 2B74A 3GUOA 205LA 3SB7A 213LA 3D4SA 3L2XA 1L59A 4I7OA 200LA 125LA 173LA 1KY0A 2OE7X 1C66A 112LA 1C6BA 123LA 1D9WA 1L47A 1XJTA 1L72A 119LA 1LGUA 3C80A 251LA 103LA 1L50A 3FADA 2OTYX 1DYEA 1XEPA 4W54A 1KS3A 3OE6A 1QUOA 1C6KA 108LA 1L73A 3DN8A 1L36A 1L45A 1T8GA 1ZYTA 3HUAA 3V2WA 4I7PA 139LA 3FA0A 3DN3A 3CDRA 3GUJA 158LA 114LA 183LA 249LA 165LA 192LA 3K2RA 4W56A 246LA 1CV3A 3C8RA 1LYDA 3SB6A 3F8VA 1L82A 1D3FA 113LA 174LA 1CTWA 237LA 1CV0A 232LA 1L53A 1KY1A 3SB5A 4ARQA 1QTVA 1T97A 4DKLA 176LA 1L11A 156LA 1P3NA 254LA 2NTGA 3SB8A 1L19A 1G07A 2B6XA 1P5CA 2QARC 1LYIA 3DMVA 1L81A 1L87A 1G0QA 4EKRA 3HTFA 149LA 2OU0X 1CV4A 1OVKA 225LA 3G3XA 224LA 167LA 4YXCA 1JQUA 1L40A 2F2QA 2RAYX 128LA 221LA 231LA 104LA 211LA 244LA 1L96A 4PJZA 180LA 3RUNA 1QUHA 1L80A 111LA 1L54A 1P6YA 2B6WA 137LA 206LA 4ZPUA 1L0JA 122LA 1L92A 171LA 168LA 1L14A 1PQOA 3DN1A 1CU3A 1L83A 215LA 2ANVA 3UONA 4EPFA 1D3MA 239LA 1L21A 233LA 3C7WA 2RBPA 243LA 164LA 1L74A 1L51A 1KW7A 3OE9A 1OV5A 3CDTA 3DKEX 118LA 1LYJA 1L86A 3GUNA 1G1WA 1L68A 4EKQA 1L00A 3C7ZA 1L89A 2LCBA 3CDVA 1G0PA 2B75A 218LA 1CVKA 235LA 4ARLA 1L85A 1DYDA 6LZMA 4AQNA 1OWZA 212LA 3F9LA 1CU5A 1P46A 2OTZX 144LA 209LA 1L98A 162LA 1L04A 1L33A 159LA 1C65A 1ZWNA 115LA 131LA 1C67A 1SSWA 1P7SA 3HTGA 3HWLA 197LA 248LA 1L23A 1XJUA 1G0GA 1C6GA 1L93A 3GUKA 4I7TA 1P64A 1C6LA 1QTHA 1L03A 1L94A 1L18A 1QTDA 1L38A 1L49A 1L08A 150LA 1L12A 2OU9A 1L46A 3HDEA 241LA 1L27A 2A4TA 247LA 4OO9A 217LA 1L77A 3DN2A 3NYAA 1DYFA 5LZMA 1LWKA 255LA 1T8AA 186LA 196LA 1PQIA 240LA 2B70A 1L70A 157LA 2O4WA 177LA 1CV6A 1OWYA 2ANXA 3EMLA 1LLHA 2B6YA 226LA 1L25A 178LA 3SBAA 3C8SA 216LA 1L24A 1T6HA 1G1VA 1PQJA 2B72A 1WTHA 1L02A 3V2YA 259LA 1L62A 4I7SA 3HU8A 170LA 1LWGA 1L13A 1LI2A 102LA 245LA 2B7XA 2Q9EA 229LA 187LA 172LA 1CX7A 1G0MA 3HU9A 146LA 252LA 1SWYA 169LA 1C6EA 1QT6A 129LA 3L64A 2OE4X 1SX2A 3HTDA 2B73A 190LA 1L05A 1QTCA 1QT8A 1D2WA 1L01A 4ARMB 4EXMA 2O79A 2RAZX 1L58A 152LA 175LA 4EPIA 120LA 1I6SA 1L97A 3DN0A 7LZMA 1L20A 1L69A 4I7KA 4LDEA 1L06A 4I7LA 3DN4A 1C6TA 250LA 3HUKA 1QSBA 238LA 1L10A 1LI3A 260LA 256LA 4I7QA 1C6AA 3PBLA 1QT5A 1C63A 1T8FA 1D3NA 1SSYA 1L66A 1C6PA 1CU6A 1CU0A 2IGCA 1KW5A 1QUDA 3C8QA 4W55A 1L44A 4EKPA 3OE0A 223LA 160LA 1C61A 1P37A 1P56A 3DN6A 1PQKA 3HH5A 3G3VA 2RBNA 227LA 3GUIA 1L31A 1L16A 1G0KA 1L57A 3HH6A 4GBRB 1L71A 1ZURA 1L76A 1C68A 1OYUA 199LA 1C69A 4I7NA 1L90A 1G0LA 1G06A 189LA 4DJHA 242LA 3C7YA 1CUPA 2OE9X 1C6IA 181LA 222LA 1QS9A 1C64A 220LA 1LGWA 1LYEA 1QTBA 1L09A 1D2YA 3NY8A 1L79A 1L88A 4I7JA 2RH1A 1L17A 1L34A 2CUUA 2QB0B 4K5YA 3VW7A 1JTNA 219LA 4W59A 3HDFA 1C62A 1L75A 3HTBA 107LA 1LYHA 1C6NA 3DNAA 5I14A 1CV1A 262LA 1LYFA 3CDOA 2B6TA 1QT3A 143LA 130LA 166LA 4ARQB 1C6FA 3HT8A 1JTMA 3G3WA 1L65A 1P36A 1PQDA 1L07A 3DMZA 1P2LA 1L43A 163LA 3C82A 1L0KA 4I7RA 4W52A 3GULA 142LA 1L48A 3SBBC 1SWZA 1L91A 1LW9A 3SN6R 2RB0X 1L42A 1L35A 1C6QA 1DYBA 261LA 2B6ZA 2RBSA 3NY9A 1L30A 1L63A 4LZMA 230LA 1SX7A 4W57A 161LA 234LA 110LA 141LA 1L52A 1L29A 4W51A 1QS5A 3HT9A 3HH3A 1D3JA 3C81A 4EJ4A 1NHBA 4ARPA 1CU2A 2HUKA 1OVHA 1L22A 1L55A 198LA 1QT4A 3OE8A 1DYGA 2HUMA 1L39A 1C60A 2RBRA 1OV7A 4S0WA 236LA 1TLAA 4PK0A 147LA 4ARJA 184LA 1L28A 214LA 257LA 2F47A 2Q9DA 1QTZA 3PDSA 185LA 195LA 1CV5A 2RB1X 4E97A 1C6CA 188LA 1QUGA 1C6HA 1L41A 1L99A 1C6DA 3RZEA 4LDLA 1L32A 1L61A 201LA 2LZMA 4IAPA 3HH4A 1L67A 1QT7A 258LA 182LA 253LA 2F32A 1P2RA 151LA 3HT7A 228LA 1LPYA 1L60A 4ARMA 3GUMA 1CX6A 2L78A 3CDQA 4W58A 1C6MA 1K28A 3FI5A 4YXAC 1DYAA 1PQMA 3ODUA 1B6IA 1L84A 1L37A 3HUQA 1LYGA 145LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ZIXA 3QAKA 6LYZA 1LSAA 2Z6BA 1NF5A 4ETEA 3TXIA 1QSQA 2LC9A 126LA 3N9CA 3JR6A 4GRVA 5ILFA 1CNSA 4W53A 1LZ5A 3CT5A 3LN2A 3WU9A 4YEMA 5LA8A 3GUOA 213LA 3TMVA 3L2XA 4FJRA 4NSIA 125LA 173LA 1KY0A 1QSWA 2OE7X 4NEBA 1LMOA 1GB2A 4HV2A 1C6BA 4BAPA 123LA 3FADA 3AZ7A 4NFVA 3WPLA 1QUOA 4G4HA 108LA 1T8GA 3HBDA 4LT1A 3CDRA 1B5ZA 1OUEA 4WM1A 4XYYA 192LA 2A7DA 2C8PA 5I5QA 3D9AC 1C46A 1CV3A 1LSNA 3WVXA 4C3WA 113LA 237LA 1CV0A 1GF4A 1GE0A 1GFUA 3SB5A 4N9RA 1GB9A 1HNLA 1QTVA 4DKLA 1L11A 2Z2EA 1G07A 2QARC 2LYZA 5KJ9A 1IP3A 149LA 1V7SA 2OU0X 1REZA 1B5WA 2AUBA 4YXCA 1JQUA 2F2QA 4NSGA 104LA 211LA 1IR9A 4PJZA 1IP5A 1P6YA 1JSEA 4XJHA 1LJKA 1CU3A 3UONA 2ANVA 1LHIA 1IIZA 5E4PA 1LSYA 1OV5A 4HPIA 1GFVA 1L86A 1GWDA 2Z38A 1UA6Y 2YBNA 4EKQA 1L00A 2Z37A 3CDVA 1CVKA 1GF3A 1XGTC 3A91A 1VDTA 1P46A 209LA 4OWCA 4WG1A 131LA 1P2CC 3HTGA 197LA 2DKVA 3EXDA 1IOTA 1XJUA 3GUKA 4I7TA 1C6LA 3OJPA 1L03A 4YEOA 1JKBA 1L18A 4KL7A 1BB3A 1VDSA 1L46A 4PPOA 1MLCE 1WQMA 2LZTA 1OUGA 4OOOA 4Z41A 217LA 1L77A 1LZGA 1DYFA 2F2NA 1IC5Y 1NBYC 255LA 1T8AA 1PQIA 2B70A 1LLHA 5J7CA 2D4JA 178LA 1I56A 1L24A 1LPIA 259LA 4GN4A 4I7SA 3HU8A 1LOZA 1LJHA 1HEWA 3IWRA 3QE8A 1RI8B 1CKCA 4G9SA 1LSDA 169LA 1QT6A 1REYA 3BKVA 5B59A 3LZ2A 5APDA 1D2WA 1L01A 2I25L 2F4AA 4QGZA 4EXMA 2RAZX 4EPIA 4BADA 120LA 3TMWA 5KXWA 1A2YC 3T36A 7LZMA 3A93A 1L20A 1L69A 5E9RA 2W1XA 5I54A 3HUKA 1QDRA 4ET9A 1IWXA 260LA 1GFKA 256LA 1GD6A 4Z3MA 1T8FA 4L41A 4WOAA 3GXRA 4DD2A 1JUGA 1KW5A 4WG7A 4W55A 1L44A 3OE0A 223LA 160LA 1P37A 1PQKA 1T3PA 2RBNA 1L31A 3BKHA 1L16A 1EQ5A 4GCEA 4IASA 199LA 1C69A 2MEIA 4I7NA 1G06A 1LTMA 1XEJA 1DPWA 242LA 3C7YA 1BHZA 2OE9X 5KXMA 5DLAA 1C64A 2MEGA 1IP2A 1LJFA 4RLNA 2DQFC 4DD0A 1NHEA 2ZQ4A 1L88A 4NGJA 1FLQA 1L17A 133LA 4XJDA 1IR8A 3VWOA 2HU3A 107LA 2DQHY 4DD7A 4YENA 1JJ0A 3J6KA 4H9BA 1OUIA 1QT3A 1W6ZA 3A6CY 1GF5A 1LHMA 2G4PA 3HBHA 4ARQB 3HT8A 4ML7A 3RNXA 1PQDA 1IOSA 1WQNA 3AGIA 4HTQA 4WL7A 4NSJA 2IFFY 4WMGA 4ETBA 1FKQA 1UIFA 4ET8A 1HEMA 2DQJY 1L48A 5IDDA 1SWZA 3SBBC 1L91A 3SN6R 2BQFA 1JJ1A 1L35A 4RW2A 2RBSA 3NY9A 1IWWA 3LYOA 1L63A 3AZ5A 4J7VA 5KXPA 2BQBA 110LA 1F6SA 1L52A 4B1AA 5LIOA 1JJ3A 3HH3A 1OVHA 3A3RX 3P65A 2HUMA 2RBRA 2H9KA 3HFMY 1HENA 4PK0A 4H94A 184LA 1E8LA 4DQJA 214LA 257LA 2F47A 1D0MA 1QTZA 5DL9A 1C6CA 188LA 1JTOL 1QUGA 4KT3A 4LDLA 1L61A 1GFAA 201LA 2DQCY 4NWHA 1YILA 1IR7A 1GFJA 5LAGA 1TBYA 1LPYA 2BQCA 4ETAA 4NHQA 5FEKA 4ETDA 1LSFA 4NG8A 1FLYA 4DYGA 1LYGA 248LA 1G0JA 145LA 3TMXA 1L26A 4XADA 1OVJA 1IY4A 1GBYA 1IX0A 2HEEA 2B5ZA 1LHLA 3GUPA 2OEAX 4LYOA 4YX7C 138LA 5KY1A 4LYBA 1LJIA 1EPYA 1L15A 2CDSA 155LA 1L56A 1LI6A 2RBQA 1L95A 2OU8A 4EKSA 109LA 3C83A 1L64A 4AGAA 4ETCA 1C6JA 2NTHA 4I7MA 2B74A 3SB7A 1UIGA 205LA 4PJ2C 2MECA 4H9HA 1JIYA 2BQAA 1DI4A 4I7OA 1TCYA 2BQGA 2VB1A 4DQ5A 1CJ6A 1XJTA 1L72A 1LSGA 119LA 1LGUA 3C80A 103LA 4W54A 3OE6A 1JHLA 1L73A 3A6BY 1IEEA 3DN8A 2MEAA 1EQ4A 2FYCA 1JTTL 4I7PA 4NGOA 3FA0A 1C7PA 5IHGA 1O23A 1JKCA 1B5UA 1VFBC 2BQDA 3IJVA 3K2RA 3WU7A 1B2KA 1LYDA 3SB6A 3F8VA 1L82A 1D3FA 2DBTA 4BS7A 2H5ZA 232LA 1QTEA 4ARQA 1C43A 4J0LA 2MEFA 4TSCA 1P3NA 254LA 1D0LA 1HEPA 1LZNA 1L81A 1LZDA 1G0QA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1LYD A;  3SB6 A;  3F8V A;  1L82 A;  1D3F A;  113L A;  174L A;  1CTW A;  237L A;  1CV0 A;  232L A;  1L53 A;  1KY1 A;  3SB5 A;  4ARQ A;  1QTV A;  1T97 A;  4DKL A;  176L A;  1L11 A;  156L A;  1P3N A;  254L A;  2NTG A;  3SB8 A;  1L19 A;  1G07 A;  2B6X A;  1P5C A;  2QAR C;  1LYI A;  3DMV A;  1L81 A;  1L87 A;  1G0Q A;  4EKR A;  3HTF A;  149L A;  2OU0 X;  1CV4 A;  1OVK A;  225L A;  3G3X A;  224L A;  167L A;  4YXC A;  1JQU A;  1L40 A;  2F2Q A;  2RAY X;  128L A;  221L A;  231L A;  104L A;  211L A;  244L A;  1L96 A;  4PJZ A;  180L A;  3RUN A;  1QUH A;  1L80 A;  111L A;  1L54 A;  1P6Y A;  2B6W A;  137L A;  206L A;  4ZPU A;  1L0J A;  122L A;  1L92 A;  171L A;  168L A;  1L14 A;  1PQO A;  3DN1 A;  1CU3 A;  1L83 A;  215L A;  2ANV A;  3UON A;  4EPF A;  1D3M A;  239L A;  1L21 A;  233L A;  3C7W A;  2RBP A;  243L A;  164L A;  1L74 A;  1L51 A;  1KW7 A;  3OE9 A;  1OV5 A;  3CDT A;  3DKE X;  118L A;  1LYJ A;  1L86 A;  3GUN A;  1G1W A;  1L68 A;  4EKQ A;  1L00 A;  3C7Z A;  1L89 A;  2LCB A;  3CDV A;  1G0P A;  2B75 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ZIX A;  3QAK A;  6LYZ A;  1LSA A;  2Z6B A;  1NF5 A;  4ETE A;  3TXI A;  1QSQ A;  2LC9 A;  126L A;  3N9C A;  3JR6 A;  4GRV A;  5ILF A;  1CNS A;  4W53 A;  1LZ5 A;  3CT5 A;  3LN2 A;  3WU9 A;  4YEM A;  5LA8 A;  3GUO A;  213L A;  3TMV A;  3L2X A;  4FJR A;  4NSI A;  125L A;  173L A;  1KY0 A;  1QSW A;  2OE7 X;  4NEB A;  1LMO A;  1GB2 A;  4HV2 A;  1C6B A;  4BAP A;  123L A;  3FAD A;  3AZ7 A;  4NFV A;  3WPL A;  1QUO A;  4G4H A;  108L A;  1T8G A;  3HBD A;  4LT1 A;  3CDR A;  1B5Z A;  1OUE A;  4WM1 A;  4XYY A;  192L A;  2A7D A;  2C8P A;  5I5Q A;  3D9A C;  1C46 A;  1CV3 A;  1LSN A;  3WVX A;  4C3W A;  113L A;  237L A;  1CV0 A;  1GF4 A;  1GE0 A;  1GFU A;  3SB5 A;  4N9R A;  1GB9 A;  1HNL A;  1QTV A;  4DKL A;  1L11 A;  2Z2E A;  1G07 A;  2QAR C;  2LYZ A;  5KJ9 A;  1IP3 A;  149L A;  1V7S A;  2OU0 X;  1REZ A;  1B5W A;  2AUB A;  4YXC A;  1JQU A;  2F2Q A;  4NSG A;  104L A;  211L A;  1IR9 A;  4PJZ A;  1IP5 A;  1P6Y A;  1JSE A;  4XJH A;  1LJK A;  1CU3 A;  3UON A;  2ANV A;  1LHI A;  1IIZ A;  5E4P A;  1LSY A;  1OV5 A;  4HPI A;  1GFV A;  1L86 A;  1GWD A;  2Z38 A;  1UA6 Y;  2YBN A;  4EKQ A;  1L00 A;  2Z37 A;  3CDV A;  1CVK A;  1GF3 A;  1XGT C;  3A91 A;  1VDT A;  1P46 A;  209L A;  4OWC A;  4WG1 A;  131L A;  1P2C C;  3HTG A;  197L A;  2DKV A;  3EXD A;  1IOT A;  1XJU A;  3GUK A;  4I7T A;  1C6L A;  3OJP A;  1L03 A;  4YEO A;  1JKB A;  1L18 A;  4KL7 A;  1BB3 A;  1VDS A;  1L46 A;  4PPO A;  1MLC E;  1WQM A;  2LZT A;  1OUG A;  4OOO A;  4Z41 A;  217L A;  1L77 A;  1LZG A;  1DYF A;  2F2N A;  1IC5 Y;  1NBY C;  255L A;  1T8A A;  1PQI A;  2B70 A;  1LLH A;  5J7C A;  2D4J A;  178L A;  1I56 A;  1L24 A;  1LPI A;  259L A;  4GN4 A;  4I7S A;  3HU8 A;  1LOZ A;  1LJH A;  1HEW A;  3IWR A;  3QE8 A;  1RI8 B;  1CKC A;  4G9S A;  1LSD A;  169L A;  1QT6 A;  1REY A;  3BKV A;  5B59 A;  3LZ2 A;  5APD A;  1D2W A;  1L01 A;  2I25 L;  2F4A A;  4QGZ A;  4EXM A;  2RAZ X;  4EPI A;  4BAD A;  120L A;  3TMW A;  5KXW A;  1A2Y C;  3T36 A;  7LZM A;  3A93 A;  1L20 A;  1L69 A;  5E9R A;  2W1X A;  5I54 A;  3HUK A;  1QDR A;  4ET9 A;  1IWX A;  260L A;  1GFK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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