198LA

Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core-repacking variants of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDELAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core repacking variants of bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 198lA00
148LE 150LA 1L0JA 2LCBA 2QARC 3OE8A 220LA 3OE6A 180LA 2RH1A 171LA 3OE0A 1L85A 245LA 1L58A 111LA 1L35A 3GUIA 181LA 189LA 168LA 4I7SA 1QSQA 256LA 243LA 3HUAA 156LA 1L51A 1C67A 188LA 1L40A 3NY8A 4EJ4A 1C6JA 1SWYA 2RB2X 4I7JA 1ZYTA 1D2YA 1CV6A 2NTGA 137LA 1QT8A 4EPIA 149LA 3UONA 2ANXA 1B6IA 225LA 231LA 1C62A 1CV1A 1CX6A 1L50A 1LYDA 221LA 3G3VA 163LA 141LA 199LA 4IAPA 170LA 2OE7X 4I7NA 1L03A 114LA 1D9WA 1DYDA 2B6XA 1L53A 241LA 183LA 3NY9A 3SB8A 1C6DA 4W54A 1L34A 1G0PA 1L74A 2O4WA 253LA 1OYUA 1LLHA 4ARQA 1CTWA 1L94A 1C6HA 1L22A 1L42A 1G0LA 104LA 182LA 1CV4A 1L98A 224LA 4I7LA 1C61A 3SB5A 1PQDA 219LA 1SSWA 1P2LA 1QTCA 2RBSA 4GBRB 1QS5A 1L02A 1L38A 213LA 1XJTA 1L63A 3DN2A 3C82A 1LYEA 3RUNA 1SX7A 1L14A 1QTHA 1LW9A 1C63A 1OVHA 3SB7A 113LA 3SBAA 175LA 1L27A 1L30A 102LA 2B74A 191LA 109LA 4EKRA 4K5YA 2RAYX 1LGWA 1L60A 2B75A 1QT7A 1L43A 1CUQA 2Z6BA 4ARQB 1L32A 1P46A 1CV5A 259LA 3C8RA 1L08A 1L87A 1L26A 216LA 1L18A 1QTDA 3D4SA 3OE9A 3HT8A 1G07A 1C6QA 1QUGA 1L70A 4PK0A 1OV7A 2OU8A 4EKPA 1G1WA 252LA 2OU0X 103LA 1KY0A 242LA 4S0WA 232LA 254LA 1L91A 3CDVA 4ARJA 4I7MA 3NYAA 1L25A 1ZURA 107LA 4I7PA 4W58A 1L10A 4ARMA 2B6TA 3DN8A 250LA 1L23A 249LA 4W59A 1P6YA 1DYAA 1T8GA 2NTHA 3HTFA 3C80A 139LA 146LA 1L00A 1L24A 228LA 4I7TA 1I6SA 1L41A 3C7YA 1C6IA 198LA 6LZMA 233LA 3SB9A 236LA 1T6HA 223LA 3DN1A 3L64A 234LA 2RBQA 1G0MA 129LA 4ZPUA 120LA 1L37A 244LA 1L46A 1L90A 1C6EA 1PQOA 7LZMA 3GUPA 1L55A 1P64A 166LA 123LA 192LA 201LA 1L84A 1L77A 260LA 1KW5A 1EPYA 3LZMA 206LA 5I14A 2CUUA 1L59A 1QUOA 1QT3A 211LA 4EKSA 4W53A 144LA 1G06A 2QB0B 4W57A 1CU2A 1L79A 1KNIA 2RBNA 3G3WA 1L86A 2F32A 3CDTA 4PJZA 2OE4X 1P56A 4LZMA 3DKEX 187LA 3ODUA 155LA 152LA 2O79A 1L89A 1OWZA 1LYGA 1L75A 1OVKA 2IGCA 5LZMA 112LA 1L13A 1LI2A 3HTDA 2HULA 1C6AA 169LA 4YXAC 115LA 255LA 1L69A 3DMZA 4DAJA 3GUMA 3C8QA 1LPYA 1QSBA 1L66A 1SWZA 147LA 215LA 3EMLA 1CX7A 160LA 1LYFA 226LA 126LA 2B6WA 3SN6R 184LA 3HU9A 3CDOA 3DN0A 1L65A 145LA 1C6MA 1G0KA 1L71A 1L19A 1NHBA 1C65A 174LA 1D2WA 1P37A 4W51A 197LA 1L64A 1L80A 1QTBA 210LA 209LA 3V2WA 2HUKA 3HDFA 1T8AA 2RB1X 108LA 1L0KA 4E97A 1QS9A 119LA 2RBPA 1OV5A 3HT9A 2L78A 261LA 1L52A 4ARLA 1D3NA 1LGXA 130LA 2B73A 4W56A 4EXMA 2B70A 3VW7A 1L93A 1P5CA 176LA 2RB0X 1C69A 212LA 4W52A 235LA 3PDSA 1L83A 1L39A 2RBRA 4OO9A 3FADA 1CVKA 1DYBA 1L29A 4EKQA 1L21A 4YXCA 127LA 1CV0A 3K2RA 125LA 1L76A 3C81A 3DMXA 3CDQA 1L17A 3DN3A 2ANVA 2B6ZA 190LA 2OTZX 3GUJA 151LA 1KS3A 1XEPA 157LA 1L49A 2F2QA 4LDLA 1L73A 1L61A 1JTNA 1PQIA 205LA 1P2RA 1CU5A 218LA 1C68A 2OU9A 1L82A 3HU8A 2B6YA 1D3MA 1C6TA 165LA 167LA 1G0QA 1PQMA 1L04A 1L47A 1SSYA 251LA 3C83A 158LA 2F47A 4ARPA 128LA 1DYGA 3QAKA 1DYFA 2OE9X 3F8VA 3HDEA 3HUQA 138LA 3SBBC 1L16A 164LA 4I7RA 3HH5A 4I7QA 240LA 1L96A 4ARMB 3CDRA 1L99A 3HT6A 258LA 1DYEA 1LYJA 1QT4A 3C7ZA 1C6LA 1C60A 4YX7C 262LA 1KY1A 1L45A 2O7AA 173LA 1QUDA 3FA0A 3DMVA 1L05A 1T8FA 2B72A 3DNAA 214LA 239LA 1L01A 1L54A 1OWYA 1G0GA 1L33A 1L88A 195LA 118LA 1L28A 1L67A 1C6GA 1D3FA 1L20A 3C8SA 4LDEA 142LA 3HH6A 1LWGA 1P36A 1D3JA 1LGUA 3HT7A 4LDOA 1TLAA 1CUPA 2A4TA 1CU0A 1QUHA 1L81A 3GULA 217LA 2HUMA 3C7WA 1XJUA 247LA 229LA 1L95A 1ZWNA 196LA 1CU6A 1JTMA 200LA 3PBLA 1P3NA 161LA 3HWLA 1C6KA 3HH3A 4GRVA 1L68A 222LA 2Q9DA 1LYIA 3G3XA 4DJHA 1C64A 122LA 177LA 4W55A 1L48A 2OTYX 1L62A 4AQNA 1L31A 2B7XA 1L44A 1G1VA 3L2XA 1L11A 230LA 1LWKA 1PQJA 227LA 2LC9A 3DN6A 1QTVA 1C6CA 1QT6A 1L07A 1G0JA 2RBOA 1WTHA 3GUOA 257LA 1L12A 1K28A 1L15A 2LZMA 3HH4A 3JR6A 1C6FA 1C6BA 3HUKA 3RZEA 1CU3A 1P7SA 110LA 162LA 1LI6A 1PQKA 3F9LA 237LA 1C6PA 185LA 1L57A 4I7OA 1QTZA 3GUNA 172LA 143LA 186LA 3DN4A 140LA 1L56A 1C6NA 1QT5A 248LA 2OEAX 1LYHA 178LA 1L06A 3HTBA 1L72A 238LA 1L97A 3GUKA 246LA 4I7KA 1L36A 1KW7A 1CV3A 1C66A 1OVJA 2RAZX 3HTGA 1SX2A 131LA 1JQUA 3SB6A 159LA 1L92A 1LI3A 3FI5A 4DKLA 1DYCA 2Q9EA 3V2YA 1T97A 4EPFA 1L09A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
148LE 1BWHA 150LA 2LCBA 1MLCE 2RH1A 1L85A 4OOOA 111LA 1L35A 3A90A 154LA 189LA 168LA 2F2NA 4XJDA 256LA 3N9CA 9LYZA 1NWGA 156LA 1L51A 1C67A 188LA 3NY8A 5DLAA 1YKZX 1SWYA 2RB2X 1HSXA 2YBNA 1LSPA 2XBSA 3GXRA 1YQVY 1AT5A 1L50A 221LA 1CX6A 1LYDA 3G3VA 1LZCA 2I26L 2F4GA 2RSCA 4I7NA 5HQ1A 1BHZA 3B0OA 4HTNA 1D9WA 1DYDA 1LZ4A 3AW7A 4LYZA 3WU9A 4DQJA 1IP5A 4IASA 1G0PA 1L74A 3IJUA 1IC5Y 2W1LA 3OK0A 2O4WA 2MEEA 4KT3A 1UUZC 4B1AA 253LA 5F9UA 4WLTA 5DL9A 4ETCA 1LLHA 3A93A 4ARQA 2YBLA 1A2YC 4DYGA 2D4IA 1L42A 104LA 182LA 1L98A 1B7PA 4E3UA 1C61A 1UIFA 1PQDA 5F81A 4H8XA 1FLUA 1QS5A 1GE1A 1J1XY 1FBIX 1L38A 1HNLA 1LMPA 1LW9A 113LA 2HEFA 3AZ4A 1OUJA 3A8ZA 4H9BA 102LA 1HELA 3A34A 2RAYX 5APFA 2B75A 1LJ4A 2Z6BA 1L32A 3C8RA 4QGZA 1L18A 4WO6A 1CKHA 1LTMA 2CJLA 1UBZA 4OWCA 3WPLA 1IEEA 3KAMA 4EKPA 252LA 1GF9A 242LA 4S0WA 1NF5A 5IHGA 4I7MA 4I7PA 4NWHA 3LHMA 3DN8A 1DYAA 1T8GA 3HTFA 1XGRC 146LA 1L00A 2BQKA 1L41A 3B0KA 1EQ5A 4LFPA 4H90A 6LZMA 1G7IC 5B59A 3SB9A 1QUTA 1IX0A 234LA 1W6ZA 4ZPUA 4A7DA 244LA 4MR1A 4WG7A 1SLYA 7LZMA 1JSFA 1ZVYB 4YOPA 1F6RA 2PC2A 1P64A 4J1BA 1LZNA 1V7TA 1L84A 260LA 1KW5A 1EPYA 3ZEKA 1D6QA 6LYTA 1GXXA 4MSTA 1QT3A 4EKSA 5HLLA 1CJ8A 2IHLA 1G06A 1TCYA 5L9JA 4GN5C 3CSRA 2DBTA 3CDTA 3WUNA 1QDRA 1JJ1A 4N8ZA 1LSMA 1AKIA 4LZMA 187LA 2DQDY 155LA 1YROA 1L89A 4DC4A 1LYGA 1OVKA 5LZMA 1LI2A 4LYMA 115LA 1CKFA 1KIQC 4G9SA 1WQNA 3LZ2A 1SWZA 147LA 4NHIA 3HBEX 4NGWA 2X0AA 4NGLA 2B6WA 1LYFA 4QY9A 126LA 4J0LA 1UCOA 3HU9A 1XEIA 3SN6R 1L65A 4I8SA 145LA 2YBMA 1G0KA 4WMGA 1C65A 4J7VA 4DD0A 1L64A 1WQPA 2DQGY 1T8AA 2YBIA 4O34A 5I4YA 2DQJY 2BQCA 119LA 1IOQA 2L78A 3WPJA 4TUNA 1AM7A 1D3NA 4W56A 4HSFA 4NIJA 3VW7A 1JJ3A 4ML7A 1IWWA 176LA 2RB0X 1C69A 1JTPL 1BQLY 1HEMA 1LZ1A 3WH1A 3ATOA 1CVKA 1DYBA 4PGJB 1L21A 4X3BA 125LA 2B6ZA 5HMVA 4CHXA 2OTZX 4NY5A 151LA 1KS3A 2D6BA 4NHTA 1LSYA 3AZ5A 1CKDA 2F30A 205LA 1I1ZA 1LHKA 5APDA 2Q0MX 167LA 1IWUA 4B4IA 4WOAA 1LSBA 6LYZA 1SSYA 1GFGA 1YKYX 5LIOA 1HFZA 1BWJA 4RDSA 8LYZA 1DYFA 2OE9X 4LYBA 3F8VA 1D9UA 1L16A 164LA 3A6CY 3HH5A 4I7QA 3WYHA 1EL1A 2BQEA 4ARMB 4N1EI 1L99A 1NHEA 1HENA 1C6LA 2HU1A 262LA 2C8PA 5A3EA 1IO5A 3EXDA 1IOCA 2H9JA 1GFUA 118LA 1C6GA 4H9EA 1D3FA 3C8SA 3HH6A 1GFJA 1LWGA 1P36A 4OWAA 1D3JA 1DZBX 3HBDA 3HT7A 1CUPA 2A4TA 1CU0A 217LA 3C7WA 1GF7A 247LA 3EBAB 4PJ2C 2GV0A 1CU6A 3PBLA 1LJEA 1QSWA 161LA 1XGQC 4GRVA 2XTHA 2Q9DA 3ZVQB 4N1CC 1DQJC 3A95A 122LA 4ZFPA 1W08A 1LZRA 133LA 1XEKA 1I20A 2B7XA 1G1VA 4UWUA 2DQEY 2LC9A 1VATA 3ULRA 2HECA 1G7HC 1B5YA 4B4JA 1DI5A 1K28A 4G4BA 1B7QA 4W96A 3A6BY 1IP6A 3MGWA 1C6BA 5KXOA 1LYZA 2BQOA 1CKGA 110LA 5E4PA 3B0IA 3DN4A 1IR8A 4NFVA 1D0MA 1HEPA 4WLXA 1L36A 1KW7A 131LA 2AUBA 1LI3A 4CGEA 3FI5A 4ZIXA 1REZA 1LHHA 1HSWA 4BAPA 134LA 3OE8A 4YM8A 1OQMA 3TXDA 1GF8A 243LA 3HUAA 4IATA 3T36A 5LINA 1V7SA 1GB2A 1PZYA 4WM4A 1GBZA 1LJGA 3AYQA 1ZYTA 3TMVA 3WXTA 3QE8A 1CV6A 137LA 1XGUC 4EPIA 1G7JC 1JKBA 4C3WA 149LA 1D0LA 2ANXA 1JTTL 1QDTA 4BADA 1B5ZA 1B7SA 4BAFA 4IAPA 1BVXA 2OE7X 1L03A 114LA 1GFKA 1L53A 241LA 3SB8A 1L34A 3EMSA 4ETAA 3A3RX 1O23A 4DDAA 3WU7A 2MEGA 1OYUA 4DT3A 1TBYA 4DQ5A 1L94A 3AW6A 1BWIA 2A7FA 224LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 148L E;  1BWH A;  150L A;  2LCB A;  1MLC E;  2RH1 A;  1L85 A;  4OOO A;  111L A;  1L35 A;  3A90 A;  154L A;  189L A;  168L A;  2F2N A;  4XJD A;  256L A;  3N9C A;  9LYZ A;  1NWG A;  156L A;  1L51 A;  1C67 A;  188L A;  3NY8 A;  5DLA A;  1YKZ X;  1SWY A;  2RB2 X;  1HSX A;  2YBN A;  1LSP A;  2XBS A;  3GXR A;  1YQV Y;  1AT5 A;  1L50 A;  221L A;  1CX6 A;  1LYD A;  3G3V A;  1LZC A;  2I26 L;  2F4G A;  2RSC A;  4I7N A;  5HQ1 A;  1BHZ A;  3B0O A;  4HTN A;  1D9W A;  1DYD A;  1LZ4 A;  3AW7 A;  4LYZ A;  3WU9 A;  4DQJ A;  1IP5 A;  4IAS A;  1G0P A;  1L74 A;  3IJU A;  1IC5 Y;  2W1L A;  3OK0 A;  2O4W A;  2MEE A;  4KT3 A;  1UUZ C;  4B1A A;  253L A;  5F9U A;  4WLT A;  5DL9 A;  4ETC A;  1LLH A;  3A93 A;  4ARQ A;  2YBL A;  1A2Y C;  4DYG A;  2D4I A;  1L42 A;  104L A;  182L A;  1L98 A;  1B7P A;  4E3U A;  1C61 A;  1UIF A;  1PQD A;  5F81 A;  4H8X A;  1FLU A;  1QS5 A;  1GE1 A;  1J1X Y;  1FBI X;  1L38 A;  1HNL A;  1LMP A;  1LW9 A;  113L A;  2HEF A;  3AZ4 A;  1OUJ A;  3A8Z A;  4H9B A;  102L A;  1HEL A;  3A34 A;  2RAY X; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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