199LA

Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core-repacking variants of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEMAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core repacking variants of bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 199lA00
1SWYA 2QB0B 1L49A 3GUPA 1L76A 3C7YA 1OVHA 4GBRB 3SB5A 1L44A 3LZMA 4LDEA 1L26A 3C81A 4EKQA 1C6FA 1P56A 5I14A 1L71A 3DKEX 1L84A 178LA 1XEPA 1L79A 2RAYX 3NY9A 3HH3A 1KY1A 1L82A 1LGWA 183LA 2CUUA 1JTMA 1KNIA 1L15A 1L74A 1L47A 3CDTA 3V2YA 4EKPA 3HT9A 1L43A 2Q9DA 4AQNA 2LCBA 3GUMA 103LA 2B6WA 1L96A 159LA 1C6AA 4I7TA 3NY8A 1L88A 3OE9A 145LA 1L24A 1KW7A 1QTVA 3GUNA 3DMXA 259LA 3GUKA 1L62A 1L83A 1D3MA 127LA 1C6JA 111LA 1OVKA 3PBLA 1L91A 250LA 188LA 249LA 1CV4A 150LA 3SBBC 1L65A 4W57A 221LA 1L35A 227LA 1L13A 1QT4A 104LA 1OWYA 181LA 1P36A 1SX7A 4W58A 197LA 3CDRA 3HTDA 110LA 4ARJA 3C8SA 2RBQA 1L37A 162LA 1L87A 3F8VA 3SB8A 1L31A 3G3WA 1L06A 4I7OA 1L00A 2QARC 256LA 4ARPA 3HH4A 1L04A 2RH1A 1L21A 2NTGA 1XJUA 2OE9X 144LA 1QSQA 189LA 1C6LA 4W52A 3RZEA 1L27A 1D3FA 1L98A 4W59A 4DJHA 3HTFA 155LA 1L81A 241LA 205LA 1LI6A 1L66A 3HWLA 1G0JA 2OTYX 166LA 3HUAA 1C6TA 3CDOA 211LA 3SB7A 3DMZA 4EXMA 1LYEA 2O79A 131LA 147LA 229LA 1L40A 2RBRA 120LA 235LA 4I7QA 4EPIA 2LZMA 1L90A 1LGXA 1QS5A 244LA 1G06A 1ZURA 1L69A 112LA 1LPYA 3HT8A 4EKRA 118LA 1QTZA 7LZMA 109LA 1LWKA 1L48A 1C61A 1L30A 1L77A 257LA 1L18A 1C66A 1L52A 3HDEA 1L75A 142LA 4I7MA 143LA 198LA 1C6NA 139LA 1DYDA 3DN0A 3GUOA 102LA 3GUIA 1EPYA 2B74A 2HUKA 125LA 261LA 1CUPA 1L14A 2Z6BA 1LI3A 1QTDA 1L01A 1P5CA 4GRVA 1P6YA 1L97A 1DYFA 1OVJA 2B6TA 1QUGA 2OU0X 4I7JA 3RUNA 1L39A 4I7PA 214LA 1P37A 3C7ZA 191LA 165LA 4PJZA 3HH5A 156LA 3V2WA 1C6EA 3SN6R 4YX7C 2ANXA 218LA 2O4WA 1CV6A 4YXAC 1L86A 1LGUA 146LA 1L08A 1L54A 1L59A 4LDOA 258LA 1NHBA 233LA 3DN6A 2F2QA 4ZPUA 2RB0X 1L03A 1QUDA 3F9LA 1XJTA 1L57A 239LA 2B7XA 1L32A 3QAKA 1CU3A 260LA 4OO9A 4K5YA 2A4TA 1CV1A 126LA 1L09A 242LA 255LA 220LA 3HUKA 4ARLA 1C6BA 3C82A 115LA 157LA 1DYBA 3C83A 4I7KA 177LA 129LA 210LA 201LA 185LA 1QT8A 3DN2A 228LA 3PDSA 2B75A 171LA 245LA 237LA 158LA 3C8QA 1C60A 1L45A 3OE0A 3DMVA 2RB2X 1K28A 1P2RA 1L67A 3L2XA 1DYAA 1QT7A 3D4SA 192LA 119LA 1G0QA 206LA 4PK0A 1C6IA 1I6SA 3SB9A 1C65A 1L72A 2HULA 3GUJA 1L0KA 3CDVA 1P46A 163LA 2NTHA 3FI5A 187LA 168LA 3DN3A 2L78A 3HU8A 186LA 108LA 1QTHA 1C63A 1ZWNA 1L56A 1L99A 262LA 4YXCA 1L07A 1L25A 3JR6A 148LE 1T8GA 1L94A 3DN8A 140LA 107LA 1C6QA 2OE4X 2RBNA 1P2LA 1L93A 1L20A 215LA 1L73A 2RAZX 176LA 212LA 1TLAA 1C69A 1G0MA 173LA 1LYHA 2ANVA 141LA 2B6ZA 4ARMB 1T97A 1G07A 1QS9A 1LW9A 1D9WA 1D3JA 1T8AA 4EKSA 1CX7A 1PQIA 1T6HA 1L80A 1PQMA 1C64A 2RB1X 5LZMA 4EPFA 225LA 2B6YA 1L12A 1LYFA 3K2RA 4I7RA 1WTHA 3OE8A 246LA 4ARQB 236LA 2HUMA 172LA 1G0GA 3HT7A 3HH6A 2OEAX 151LA 4LDLA 240LA 4IAPA 1G0KA 3HTBA 184LA 1CUQA 1LYJA 152LA 200LA 4I7SA 1CU6A 113LA 4ARMA 1CTWA 1CVKA 216LA 1KS3A 1L46A 3G3VA 1ZYTA 1LYGA 137LA 1L63A 1PQOA 2OTZX 1QUHA 190LA 222LA 2Q9EA 4LZMA 1CX6A 1L34A 3HU9A 1L85A 3G3XA 164LA 4I7LA 130LA 238LA 2B6XA 2F32A 2B70A 1DYGA 252LA 4ARQA 1L33A 195LA 1L17A 4W51A 3EMLA 1CV5A 1QT6A 4EJ4A 1PQJA 4I7NA 2B72A 1DYCA 1D3NA 1L41A 175LA 1QUOA 232LA 1KY0A 1D2WA 3GULA 3FA0A 2OU9A 3OE6A 1KW5A 1C6MA 3HTGA 196LA 1OV7A 1L61A 2RBSA 2F47A 1JQUA 1C6KA 161LA 182LA 1L60A 1SX2A 1P3NA 1G1VA 254LA 243LA 251LA 1L42A 1L23A 1C6HA 122LA 1QT5A 1G0PA 3FADA 4W54A 1SSWA 1L02A 1DYEA 226LA 3UONA 253LA 3VW7A 1LI2A 1L55A 1L11A 1G1WA 1L89A 248LA 1LYIA 230LA 234LA 1LLHA 1L29A 224LA 1C67A 231LA 213LA 247LA 1B6IA 1T8FA 2IGCA 3SB6A 1QTBA 2RBOA 4W53A 167LA 1C68A 1L22A 1QT3A 1C62A 1LWGA 1L05A 1SSYA 209LA 4W56A 2OU8A 1C6DA 1P64A 1PQKA 1L10A 1L0JA 1L50A 1L58A 1C6CA 1C6GA 2OE7X 1CV3A 1P7SA 4S0WA 1C6PA 169LA 2RBPA 4DKLA 1CU0A 3ODUA 1OYUA 3HDFA 3DNAA 174LA 170LA 1LYDA 180LA 1G0LA 138LA 199LA 3HT6A 3C7WA 1L16A 1SWZA 1CU2A 2B73A 3L64A 1L19A 2LC9A 1CV0A 3C8RA 1L68A 1L95A 1L38A 1L92A 1QSBA 3SBAA 149LA 2O7AA 219LA 1L70A 6LZMA 3DN4A 1JTNA 1PQDA 1L36A 217LA 3C80A 160LA 1CU5A 3HUQA 128LA 114LA 1L53A 223LA 1L64A 1D2YA 1L51A 3NYAA 4E97A 3CDQA 1L28A 4W55A 123LA 4DAJA 1OWZA 1OV5A 1QTCA 3DN1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QB0B 1L49A 4X3BA 3A91A 1AKIA 3C7YA 1OVHA 2AUBA 3SB5A 3LZMA 4LDEA 1L26A 3P68A 3DKEX 2B5ZA 5IDDA 1FLQA 3HH3A 1L82A 1LGWA 183LA 4XJIA 5FELA 2CUUA 1G7MC 9LYZA 3V2YA 3A93A 5LVIA 4ZFPA 1L43A 5D5CA 5FDJA 103LA 1UIBA 1L96A 5I54A 2D4KA 2BAAA 1YKYX 4ETCA 4I7TA 3QE8A 133LA 1C08C 3CT5A 1QSWA 1B7LA 1L24A 1UICA 3EO5A 3GUNA 2BQDA 3DMXA 259LA 4YEMA 3GUKA 1J1XY 1IEEA 1L83A 1FKVA 1IOCA 3AJNA 3WULA 1LZYA 5C6JA 2DQCY 249LA 3SBBC 3AGIA 1B5XA 104LA 1OWYA 1DPWA 1JHLA 1IO5A 4ARJA 1GF9A 1LZCA 1L37A 4GN5C 162LA 3SB8A 1HC0A 1JUGA 1WTNA 3A96A 3W6CA 2HEBA 2RH1A 2OE9X 144LA 4QY9A 1FLWA 189LA 1C6LA 1CNSA 1J1PY 1L98A 4W59A 155LA 205LA 4XADA 3HWLA 4J0LA 1C45A 3HUAA 1HF4A 3SB7A 3WU9A 1QQYA 4M6DA 5HLLA 5APCA 1L90A 1LGXA 4LYTA 1HMLA 1G06A 1UIGA 1ZVHL 3K3TA 3HT8A 1HSXA 1IWVA 4WL6A 1LWKA 1L48A 1LJFA 1LJ3A 1C66A 2I26L 2MECA 4MCKA 1GAZA 198LA 1HMKA 139LA 1DYDA 102LA 2B74A 1P2CC 1MELL 5F9UA 261LA 1L14A 2Z6BA 5F81A 1L01A 3WL2A 2CJLA 4GRVA 1DYFA 1QTEA 1BWIA 4KL7A 1GFTA 2YBMA 1L39A 3LZTA 4PJZA 1OUFA 1WQQA 2BQNA 156LA 2BQEA 4TTDA 2ANXA 218LA 1GFUA 1CV6A 4HJZA 4YXAC 3AZ7A 3EXDA 2EKSC 5II3A 4LZTA 4LDOA 258LA 1NHBA 233LA 4I8SA 4ZPUA 2B7XA 239LA 1GBXA 1L32A 2CGIA 260LA 1HFYA 4BAPA 2H9JA 4NHTA 4OO9A 4OOOA 1GB2A 1L09A 3TXEA 4ARLA 4I0CA 1LKRA 115LA 5DN5A 3B0IA 1T3PA 3C83A 5DLAA 5HMVA 3CB7A 1JTPL 2LZTA 228LA 237LA 1C60A 4B4JA 3OE0A 4HPEA 1K28A 1B5UA 1UIEA 3L2XA 192LA 119LA 4PK0A 4XJBA 2HEAA 4WM4A 1I6SA 1IIZA 3CT0A 2Q0MX 1V7SA 1P46A 4DD1A 4B4IA 2L78A 4BADA 4LGKA 5LYTA 4NWHA 1L56A 1LZ8A 1L99A 4LYOA 148LE 3DN8A 140LA 1IC4Y 1IP5A 1GFAA 3AZ6A 1IOQA 4NFVA 1JKBA 5IHGA 1LSNA 1C69A 4WO6A 2B6ZA 3OK0A 1CJ8A 1T97A 3A92A 1D9WA 1T8AA 1GFEA 1CX7A 1PQIA 3A6CY 1T6HA 1L80A 1LZ4A 4NY5A 1JKAA 2BLYA 1REZA 2B6YA 1L12A 132LA 1LZTA 2ZILA 3K2RA 3OE8A 5KXYA 1H6MA 4XJFA 172LA 1D9UA 2HU3A 3HH6A 4H9FA 2OEAX 4LDLA 240LA 1G0KA 1F0WA 4RLNA 1CUQA 1LYJA 5L3IA 1GFVA 113LA 5M1YA 1CVKA 1KS3A 1L46A 4XENA 2HUBA 1GFKA 2OTZX 1IWYA 1QUHA 5KXLA 1VEDA 1GHLA 4DDBA 2Q9EA 1L34A 3WPJA 1L85A 1B9OA 4H9BA 3G3XA 4ZIXA 1LZBA 130LA 1LSYA 4N5RA 3LHMA 5B1GA 1GFGA 1L33A 1GB5A 195LA 1XFPL 1BVXA 1GB8A 4LFPA 1QUOA 2MEBA 3GULA 1LMAA 1KW5A 2WARA 3WUNA 3BKHA 2RBSA 2F47A 1LMQA 2VB1A 5I53A 1AM7A 5LVGA 254LA 4NGLA 1G0PA 4GCBA 3FADA 1LMOA 3WU7A 208LA 1PZYA 4H8XA 4AGAA 4J1BA 4WM1A 253LA 4N1CC 3LZ2A 1L89A 248LA 1RCMA 3WXUA 1C67A 231LA 4W53A 167LA 1BVKC 1LWGA 1EL1A 1L05A 1XGQC 1LZNA 1D0LA 1LZGA 3LYZA 1PQKA 1LMNA 1UACY 3A95A 4H92A 2OE7X 1P7SA 5LVJA 2RBPA 3G3AB 3N9AA 4ETEA 3ODUA 1GE2A 4HSFA 4HJVA 3AZ5A 4H91A 1GB9A 180LA 3C7WA 4NIJA 4NGZA 1QUTA 1GFJA 1FN5A 4H1PA 2LYOA 2ZNXY 3C8RA 1L68A 4NGVA 5LYMA 3B0OA 1LHHA 1L70A 1UIAA 1ZMYL 1L36A 217LA 3C80A 2RSCA 3W3EA 1L64A 2W1YA 1L51A 2PC2A 5LXWA 1GDWA 1OWZA 2Z37A 4ET8A 4W96A 1L76A 3TMWA 3WW5A 2HEEA 4J7VA 4ETDA 5LA5A 1C6FA 3OJPA 5I4YA 1L84A 178LA 3RU5A 5F14A 1XEPA 1L79A 4WG1A 2G4NA 2RAYX 1GD6A 4TSBA 1UIFA 1JTMA 5LA8A 1NKHA 1KNIA 1V7TA 1L15A 4XN6A 2ZYPA 1GE1A 2Q9DA 134LA 1IR8A 159LA 1QIOA 4O34A 3NY8A 3OE9A 5J7CA 1OQMA 1UIDA 1HERA 4HP0A 4WLDA 4LT3A 1L62A 3FE0A 4LT2A 3PBLA 5APDA 1L91A 188LA 1CV4A 150LA 5T3FA 4WLTA 1L13A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2QB0 B;  1L49 A;  4X3B A;  3A91 A;  1AKI A;  3C7Y A;  1OVH A;  2AUB A;  3SB5 A;  3LZM A;  4LDE A;  1L26 A;  3P68 A;  3DKE X;  2B5Z A;  5IDD A;  1FLQ A;  3HH3 A;  1L82 A;  1LGW A;  183L A;  4XJI A;  5FEL A;  2CUU A;  1G7M C;  9LYZ A;  3V2Y A;  3A93 A;  5LVI A;  4ZFP A;  1L43 A;  5D5C A;  5FDJ A;  103L A;  1UIB A;  1L96 A;  5I54 A;  2D4K A;  2BAA A;  1YKY X;  4ETC A;  4I7T A;  3QE8 A;  133L A;  1C08 C;  3CT5 A;  1QSW A;  1B7L A;  1L24 A;  1UIC A;  3EO5 A;  3GUN A;  2BQD A;  3DMX A;  259L A;  4YEM A;  3GUK A;  1J1X Y;  1IEE A;  1L83 A;  1FKV A;  1IOC A;  3AJN A;  3WUL A;  1LZY A;  5C6J A;  2DQC Y;  249L A;  3SBB C;  3AGI A;  1B5X A;  104L A;  1OWY A;  1DPW A;  1JHL A;  1IO5 A;  4ARJ A;  1GF9 A;  1LZC A;  1L37 A;  4GN5 C;  162L A;  3SB8 A;  1HC0 A;  1JUG A;  1WTN A;  3A96 A;  3W6C A;  2HEB A;  2RH1 A;  2OE9 X;  144L A;  4QY9 A;  1FLW A;  189L A;  1C6L A;  1CNS A;  1J1P Y;  1L98 A;  4W59 A;  155L A;  205L A;  4XAD A;  3HWL A;  4J0L A;  1C45 A;  3HUA A;  1HF4 A;  3SB7 A;  3WU9 A;  1QQY A;  4M6D A; 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