1AT5A

Hen egg white lysozyme with a succinimide residue
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
127
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
publication title Succinimide and isoaspartate residues in the crystal structures of hen egg-white lysozyme complexed with tri-N-acetylchitotriose.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 49
structure length 127
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1at5A00
1XGTC 3RT5X 1TAYA 1YIKA 3AGHA 5DN5A 1SLYA 4NSHA 4WL6A 1NWGA 2HECA 1YL1X 4Z41A 1FLUA 2YBLA 4OWHA 4PJ2C 4CFOA 4MR1A 1LZSA 1IP4A 5LA5A 2LHMA 4QY9A 2BQAA 1GFTA 4XYYA 3J4GA 4H92A 4J1AA 1LHJA 5J7CA 3BKHA 4HPEA 3D9AC 2DBTA 3EMSA 1JISA 6LYZA 1LSBA 5DM9A 2MEHA 193LA 4WM2A 4NHQA 1BWIA 1LZ5A 1VDQA 3WPJA 4UWVA 4LT0A 4HSFA 4LT3A 1IP1A 4GLVA 2ZQ4A 5KXMA 1F10A 1WTMA 2NWDX 2LYZA 4NWHA 3AZ5A 2F2NA 2YBHA 2DQIY 1G7IC 1NDMC 1CKHA 1J1PY 4XJBA 1HEWA 1LHHA 4W94A 2MEIA 4NHTA 5KXRA 3A95A 5FHWA 2XTHA 1G7HC 2DKVA 1UIHA 1TDYA 1GBXA 1RFPA 5APFA 5E9RA 5HLLA 4N5RA 5M1YA 2MEEA 3HBDA 4N1EI 4NGVA 4YF2A 5KXSA 3WXTA 2G4PA 3P66A 4QEQA 2EKSC 4YENA 3WW6A 5KXXA 5LVKA 4EOFA 1N4FA 4TTDA 5F14A 1B5VA 1WTNA 1Z55A 9LYZA 2B5ZA 1B7SA 1LMTA 1GFRA 2YVBA 4HPIA 5B1FA 2HEBA 1JJ1A 1HFXA 1HEMA 1AT5A 3WPKA 1LYSA 3AZ6A 1JHLA 4DC4A 1WVVA 1JIYA 4OWEA 2DQAA 1GDWA 1J1OY 1O23A 2I26L 1GFAA 3W6AA 3LN2A 3BKVA 1REMA 3WUMA 1OUFA 2HU3A 2A7DA 1GHLA 1TEWA 4RLMA 3W6EA 1VFBC 3A3RX 3CT5A 5B07A 1WQQA 1KIPC 1XGRC 2W1MA 2IHLA 4H8ZA 3TXKA 4QGZA 2Q0MX 1KXWA 4G49A 4KL7A 4LYOA 3IJVA 1JSEA 2FBDA 1UIEA 1REZA 4L41A 1BB5A 1IWUA 5DLAA 2HEEA 1LSEA 2FYDA 4OOTA 4B4JA 1GB3A 4GLAA 4ET9A 5F9XA 4LT2A 4DDAA 4DT3A 4G4CA 1LYZA 4HP0A 4GN5C 3RW8A 3RZ4A 1QIOA 4H9BA 1RE2A 4NGYA 4XJFA 4ETDA 1LSCA 1CNSA 1QDRA 2HU1A 4H9EA 4PGJB 5B1GA 2BLXA 4CJ2A 5L3HA 1B5YA 1REYA 3QE8A 3WW5A 3ZVQB 3A34A 2BAAA 1B7QA 4PHIA 1OUBA 3GXRA 3E3DA 154LA 1LZDA 4NY5A 5FCPA 4ZIXA 1LJ3A 5JENB 3CT1A 3OJPA 5B06A 3GXKA 3K3TA 3HFMY 1B7PA 1WQPA 3CQLA 4G9SA 1HFYA 3CB7A 4AGAA 1XEIA 4YEOA 1HENA 4G4BA 1UIAA 2ZIJA 1BB7A 4N9RA 1IP3A 4R6CA 1YAPA 3SP3A 4CFPA 1GWDA 3P65A 4PPOA 1F6RA 1QUTA 4XENA 1JSFA 4YOPA 1IWYA 3ULRA 2BLYA 1OQMA 1JEFA 4GN3A 1T6VL 135LA 4H9IA 1B7NA 4DDCA 1EL1A 3EO5A 3N9AA 3LYOA 1CJ8A 1G7LC 2Z39A 1IWZA 4ETCA 1XGPC 2Z19A 1B7RA 4NGIA 4PRQA 5I4WA 1LMCA 2DQDY 4P2EA 4HTQA 4GCDA 4NG1A 5T3FA 4YEMA 134LA 4ETAA 4TSCA 1BB4A 3EBAB 5LAGA 1CKCA 3G3AB 2BQNA 2H5ZA 5C6IA 1B2KA 5DN4A 1BVKC 1DQJC 1OUJA 1V7SA 1LJEA 1C46A 1UICA 4WL7A 4H90A 3WVYA 4DD0A 5LINA 2W1LA 4AXTA 1DKJA 4Z46A 1GD6A 2D4KA 1LJJA 3KAMA 4TUNA 4NGLA 2MECA 4LFXA 3FE0A 1GF9A 5I4XA 1H6MA 5LVIA 4EMNA 1A2YC 3W6BA 5L3IA 1KXYA 1IY4A 4NSGA 4ETBA 1LMQA 3ATOA 5KKJA 1FKQA 1D0MA 1H87A 1LSZA 3AZ7A 1JKDA 5IDDA 5LVHA 1DI4A 4II8A 1JPOA 2C8OA 1FLQA 1C08C 1TCYA 208LA 4WO6A 3AYQA 3WVXA 2ZIKA 3WXUA 5KY1A 1LSYA 1FDLY 2Z2FA 5FSTA 1OUCA 2ZNWY 5C6JA 1YKZX 5KXLA 4U3XB 1AKIA 1CKDA 1GEZA 2HEDA 4NSJA 8LYZA 153LA 4W96A 4WM5A 4UWNA 2BQOA 2MEAA 5F9UA 1GAYA 1FLYA 1LZNA 2HEAA 1YKXX 3A6CY 2LZTA 1LJIA 1GFUA 1QDTA 2G4NA 1LYYA 1RCMA 2YBNA 3A6BY 3B0IA 3P64A 4LT1A 4NGJA 5D5CA 7LYZA 1VATA 1HSXA 3WUAA 1F6SA 1LKRA 1B0DA 3AGGG 3B0OA 3IWRA 1B5WA 4KXIA 4UWUA 1LJNA 1P2CC 1LZ6A 5LYZA 3TXBA 1UIFA 4KPMA 1HC0A 1FKVA 1HSWA 3D3DA 5LA8A 1IWVA 5A3ZA 1NBYC 2EQLA 1LTMA 3IJUA 4D9ZA 3MGWA 2D6BA 1YROA 1D0LA 1JITA 2D4JA 1B7LA 1LZBA 2YBMA 4NGZA 2BQMA 4TSBA 5HQ1A 5LVJA 1OUGA 1DKKA 1GBWA 1GFKA 1IC5Y 4IASA 2CWIA 1FN5A 1VDTA 1JKBA 1HEPA 1XSFA 1YAQA 3AW6A 1GE1A 2Z37A 4H8YA 4J1BA 1LMAA 1HEOA 4NEBA 1YQVY 1QQYA 2VB1A 5ILCA 1GFVA 1KIRC 1LSNA 2FBBA 3W6FA 4FDYA 3G3BB 3EXDA 1YILA 3A8ZA 4X3BA 1GBOA 4Z98A 3T36A 4DYGA 2YBJA 4NHPA 1XFPL 3A94A 4MSTA 1GF5A 2ZILA 4B4IA 1HMLA 1YAOA 4ZEEA 3TMXA 1LJ4A 4ANRA 4LYBA 4RW1A 2XBSA 4NG8A 1OUHA 2MEFA 4DWXA 1JKCA 3AZ4A 4N8ZA 1IOCA 1I20A 4A7DA 5L9JA 1GE0A 4XJDA 1IP5A 4B4EA 1WQRA 4DD9A 1LZ1A 1XEJA 1QSAA 1MLCE 4WG1A 1I56A 4HV2A 3FI7A 1LHLA 1RJCB 3P4ZA 1AZFA 1DI3A 3A3QA 1YAMA 1C43A 1ZV5L 1LOZA 1QSWA 207LA 1CJ6A 1REXA 2HEFA 1LKSA 1GB6A 4WO9A 4DD2A 2W1XA 1YKYX 4RLNA 4WM4A 1PZYA 3ZVQA 4M6DA 5LXWA 1OUEA 5FDJA 1B7OA 1OP9B 4MCKA 1HHLA 4NGOA 4OWBA 1IX0A 1IP2A 5KXZA 3WU7A 2BQGA 1NDGC 4GCCA 1LJFA 1IR9A 3AW7A 3TMVA 4ZFPA 1IOTA 2Z12A 4LGKA 2X0AA 3M3UA 3LYZA 4NHSA 1IP7A 4HV1A 5AMYA 4XN6A 1IOSA 1GXV2 4WM6A 2IFFY 2BQHA 2I6ZA 5HNLA 2DQGY 4GN4A 1W6ZA 1PS5A 4RDSA 3WUNA 1IC7Y 2BQJA 5LYMA 1E8LA 1INUA 1HNLA 1DXJA 1UACY 3A67Y 5LIOA 1IOQA 1JKAA 3OK0A 1AT6A 1GBZA 2I25L 3QY4A 4TX7A 1C10A 1JWRA 1LMPA 1D9UA 2LZ2A 2CJLA 4CGEA 3CT0A 1UCOA 1GAZA 1NF5A 3RU5A 1D0KA 4LZTA 4C5FA 2RSCA 2A7FA 5FEKA 5ILFA 3AGIA 4OWCA 4DD1A 4ETEA 2DQJY 1XGQC 3B72A 1CJ9A 4QDNA 1HFZA 4WLDA 4LYCA 4XJHA 1LJKA 1WQMA 2LYOA 3CSRA 4NGKA 4XJGA 4B1AA 3WL2A 4O34A 1GE4A 1LPIA 1ZVYB 1LSFA 3TXJA 3W6DA 4NWEA 5APEA 3TMWA 4WMGA 3VWOA 2BQEA 1UA6Y 3WPLA 1IC4Y 5A3EA 2YDGA 1B5XA 1LZEA 1LHIA 2H9JA 1A4VA 1B5ZA 1LZRA 4WOAA 4B49A 3A92A 3LZ2A 4OOOA 3LZTA 4J7VA 3A91A 5I4YA 4XADA 4H9FA 2D4IA 1C45A 1JTOL 1EQ5A 1BWJA 1GEVA 1GF0A 1HMKA 1WVUA 2BQFA 3CSZA 3A96A 4LYTA 3A90A 2YBIA 5KXTA 2LYMA 1DI5A 1GB9A 1B9OA 3AB6A 2ZWBA 1V7TA 1EQEA 1LYOA 2BQIA 4BAPA 1GF6A 4NHIA 2HTXA 4DD3A 2BQLA 1ZMYL 1UIGA 5KXPA 1BQLY 4HJYA 1IEEA 3LHMA 4FJRA 1QTEA 3TMUA 4I0CA 1GFEA 194LA 1LSMA 4WLXA 1WQOA 1LZGA 3B0KA 1GB5A 3B6LA 1IWXA 1UC0A 2G4QA 3WU9A 1GDXA 2ZYCA 4H9HA 2XBRA 1VDPA 3P68A 4NFVA 2ZYPA 1D6PA 1KXXA 5E4PA 1LSGA 1MELL 4OW1A 2Z2EA 1NKHA 1IORA 1IR8A 2BQCA 5KJ9A 2Z18A 2D91A 4B0DA 1GE3A 4J0LA 2N5ZA 1IIZA 1I1ZA 1B7MA 1UIDA 1LHMA 3TXIA 1CJ7A 4NSIA 5F16A 5D5FA 4GCFA 5IELA 4DDBA 1BHZA 4LYMA 3TXGA 1IWWA 1SQ2L 1YANA 1OUIA 3J6KA 2XJWA 1UIBA 1ZVHL 1LZAA 4IATA 4OWAA 1FLWA 4E3UA 1T3PA 1LZ4A 3N9CA 5I5QA 3WMKA 2C8PA 5KKIA 1GF4A 1HELA 1HERA 1KIQC 5HMJA 3T6UA 1G7JC 1BB3A 2DQHY 2W1YA 4HTKA 1LZCA 4XJIA 5HNCA 4N1CC 4YM8A 5C6LA 2CGIA 5EBHA 5APDA 1CKGA 4H9CA 4N0JA 4WLYA 5K7OA 4NGWA 4G4HA 1LSPA 1IVMA 1GPQC 4GCEA 1XEKA 3AJNA 1NMMA 3TXDA 3CSQA 1YL0X 3A93A 2PC2A 2WARA 1LZ9A 2F30A 2ZNXY 1HF4A 1JTTL 1GE2A 4H9AA 4GCBA 4H1PA 1LZYA 1IR7A 4DD7A 1OUDA 4C3WA 5LAFA 5KXWA 1BGIA 1FBIX 4HJVA 4NIJA 2ZQ3A 1GFJA 3HBEX 1GFGA 5I53A 3HBHA 3TXHA 1LCNA 5LVGA 1NQIA 1ALCA 1IP6A 1WQNA 1HEQA 1GB0A 1TBYA 1UUZC 2BQBA 1VEDA 4HJZA 1GB8A 3LYTA 1VAUA 1LSAA 4CHXA 4ET8A 5KXOA 1NHEA 1UBZA 1C7PA 5DL9A 5FELA 1B5UA 1D6QA 1GB7A 2GV0A 4IJ4A 3WULA 3WYHA 5I54A 4H94A 5HMVA 4R0FA 2MEDA 4Z3MA 2H9KA 2F4AA 2HUBA 1LMOA 5II3A 1IWTA 1JUGA 1GF3A 3LYMA 2BQKA 1EQ4A 2Y8PA 3W3EA 3WH1A 3ATNA 4HTNA 1F0WA 4WG7A 4WM3A 2DQCY 4LFPA 1CKFA 4H8XA 3WU8A 2MEGA 1LAAA 2CDSA 4H93A 1LSDA 4WLTA 133LA 1DZBX 2EPEA 4KT3A 5B05A 3ZEKA 1GF7A 4I8SA 1LMNA 5KXNA 5B59A 6LYTA 2F4GA 1LZTA 3TXFA 4BS7A 2AUBA 1NBZC 2DQEY 1GBSA 4PRUA 1AM7A 1GB2A 5LYTA 1QUSA 2Z38A 4BAFA 3QNGA 1BWHA 3F6ZA 2FYCA 3N9EA 1IY3A 132LA 1IO5A 1BVXA 1GXXA 4TWSA 2YSSC 1GF8A 1J1XY 4LYZA 1LJGA 1GBYA 2MEBA 1JTPL 4BADA 5IHGA 5F81A 1G7MC 4M4OA 1JJ3A 1OUAA 5KXYA 3RNXA 1GFHA 4WM1A 3TXEA 5KXKA 2EIZC 4RW2A 1LJHA 2BQDA 1QTKA 3M18B 3W6CA 1W08A 1LZ8A 1DPXA 1VDSA 2BPUA 1XGUC 5APCA 1DPWA 1JJ0A 1RI8B 1BB6A 1LHKA 4H91A 2DQFC 4ML7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HU8A 1T6HA 1DYEA 262LA 2YBLA 1IP4A 2BQAA 1QSQA 176LA 4J1AA 225LA 2MEHA 1LZ5A 1VDQA 1XEPA 2Q9EA 4HSFA 1L63A 2ZQ4A 1WTMA 1NDMC 4ARMA 4W94A 2MEIA 5KXRA 3CDVA 1SSYA 5APFA 122LA 128LA 4N5RA 4N1EI 4YF2A 4NGVA 1L48A 5KXSA 1WTNA 1B7SA 1LMTA 1L21A 1G06A 1HFXA 3PDSA 1JHLA 1OWYA 1L09A 3G3WA 1XJTA 3BKVA 1REMA 1OUFA 3A3RX 1WQQA 1KIPC 167LA 1XGRC 1P3NA 3C8SA 1KXWA 188LA 228LA 3IJVA 3OE0A 4LYOA 1JSEA 1L11A 1UIEA 4L41A 1BB5A 2HEEA 184LA 1LSEA 2FYDA 1GB3A 2B72A 4G4CA 3RZ4A 2RB0X 4H9BA 1CNSA 4PGJB 5B1GA 1REYA 1OUBA 3GXRA 239LA 1LZDA 172LA 5FCPA 1LJ3A 1L25A 3CQLA 4AGAA 3CB7A 1LPYA 4W52A 4N9RA 1BB7A 1IP3A 1F6RA 4XENA 1IWYA 1QT6A 1T6VL 1LYDA 1C6HA 2Z19A 1B7RA 156LA 5T3FA 1L79A 4HTQA 4ETAA 1BB4A 3DN0A 3G3AB 2BQNA 1C46A 4ZPUA 3C7YA 4Z46A 2D4KA 3FE0A 4EPIA 1H6MA 5LVIA 3W6BA 5L3IA 195LA 1FKQA 3HH4A 4WO6A 2C8OA 1FLQA 2ZIKA 5FSTA 1FDLY 1QT3A 5KXLA 1AKIA 1GEZA 4W96A 1FLYA 1LZNA 1ZURA 3A6CY 1LJIA 3P64A 5D5CA 4LT1A 4S0WA 3WUAA 1C62A 1LKRA 1C6MA 3TXBA 1L67A 103LA 1JTMA 1L53A 1CU0A 3IJUA 4LDOA 2YBMA 4DQJA 1QUOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1XGT C;  3RT5 X;  1TAY A;  1YIK A;  3AGH A;  5DN5 A;  1SLY A;  4NSH A;  4WL6 A;  1NWG A;  2HEC A;  1YL1 X;  4Z41 A;  1FLU A;  2YBL A;  4OWH A;  4PJ2 C;  4CFO A;  4MR1 A;  1LZS A;  1IP4 A;  5LA5 A;  2LHM A;  4QY9 A;  2BQA A;  1GFT A;  4XYY A;  3J4G A;  4H92 A;  4J1A A;  1LHJ A;  5J7C A;  3BKH A;  4HPE A;  3D9A C;  2DBT A;  3EMS A;  1JIS A;  6LYZ A;  1LSB A;  5DM9 A;  2MEH A;  193L A;  4WM2 A;  4NHQ A;  1BWI A;  1LZ5 A;  1VDQ A;  3WPJ A;  4UWV A;  4LT0 A;  4HSF A;  4LT3 A;  1IP1 A;  4GLV A;  2ZQ4 A;  5KXM A;  1F10 A;  1WTM A;  2NWD X;  2LYZ A;  4NWH A;  3AZ5 A;  2F2N A;  2YBH A;  2DQI Y;  1G7I C;  1NDM C;  1CKH A;  1J1P Y;  4XJB A;  1HEW A;  1LHH A;  4W94 A;  2MEI A;  4NHT A;  5KXR A;  3A95 A;  5FHW A;  2XTH A;  1G7H C;  2DKV A;  1UIH A;  1TDY A;  1GBX A;  1RFP A;  5APF A;  5E9R A;  5HLL A;  4N5R A;  5M1Y A;  2MEE A;  3HBD A;  4N1E I;  4NGV A;  4YF2 A;  5KXS A;  3WXT A;  2G4P A;  3P66 A;  4QEQ A;  2EKS C;  4YEN A;  3WW6 A;  5KXX A;  5LVK A;  4EOF A;  1N4F A;  4TTD A;  5F14 A;  1B5V A;  1WTN A; 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 5LVG A;  1NQI A;  1ALC A;  1IP6 A;  1WQN A;  1HEQ A;  1GB0 A;  1TBY A;  1UUZ C;  2BQB A;  1VED A;  4HJZ A;  1GB8 A;  3LYT A;  1VAU A;  1LSA A;  4CHX A;  4ET8 A;  5KXO A;  1NHE A;  1UBZ A;  1C7P A;  5DL9 A;  5FEL A;  1B5U A;  1D6Q A;  1GB7 A;  2GV0 A;  4IJ4 A;  3WUL A;  3WYH A;  5I54 A;  4H94 A;  5HMV A;  4R0F A;  2MED A;  4Z3M A;  2H9K A;  2F4A A;  2HUB A;  1LMO A;  5II3 A;  1IWT A;  1JUG A;  1GF3 A;  3LYM A;  2BQK A;  1EQ4 A;  2Y8P A;  3W3E A;  3WH1 A;  3ATN A;  4HTN A;  1F0W A;  4WG7 A;  4WM3 A;  2DQC Y;  4LFP A;  1CKF A;  4H8X A;  3WU8 A;  2MEG A;  1LAA A;  2CDS A;  4H93 A;  1LSD A;  4WLT A;  133L A;  1DZB X;  2EPE A;  4KT3 A;  5B05 A;  3ZEK A;  1GF7 A;  4I8S A;  1LMN A;  5KXN A;  5B59 A;  6LYT A;  2F4G A;  1LZT A;  3TXF A;  4BS7 A;  2AUB A;  1NBZ C;  2DQE Y;  1GBS A;  4PRU A;  1AM7 A;  1GB2 A;  5LYT A;  1QUS A;  2Z38 A;  4BAF A;  3QNG A;  1BWH A;  3F6Z A;  2FYC A;  3N9E A;  1IY3 A;  132L A;  1IO5 A;  1BVX A;  1GXX A;  4TWS A;  2YSS C;  1GF8 A;  1J1X Y;  4LYZ A;  1LJG A;  1GBY A;  2MEB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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