1AT5A

Hen egg white lysozyme with a succinimide residue
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
127
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Succinimide and isoaspartate residues in the crystal structures of hen egg-white lysozyme complexed with tri-N-acetylchitotriose.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
total genus 49
structure length 127
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1at5A00
3TMUA 1B7NA 1MELL 4NWHA 1HEPA 1LSNA 3LYOA 4YEMA 3WL2A 1C43A 1GB5A 1GF3A 1BVXA 1B7SA 3A95A 1LMNA 3TMVA 2DQDY 4BS7A 2BQDA 1GE1A 3ATOA 1DXJA 3RZ4A 4B4EA 1VEDA 4ZIXA 2W1MA 4WLTA 4ANRA 4DD3A 1JKCA 2I6ZA 1LZEA 1LSZA 2W1LA 2WARA 4MCKA 4OWEA 3WUNA 1TBYA 2BQJA 2EKSC 4ETEA 1CJ7A 2MEIA 3EXDA 4NG1A 2CWIA 1FN5A 3A6CY 4NHIA 1LJEA 5LVJA 3B0IA 3WUMA 1FDLY 6LYZA 1GFAA 1YAMA 3F6ZA 3IJUA 4LFPA 5E9RA 4NHQA 5ILCA 1UBZA 2ZNWY 4ETBA 3HFMY 1VFBC 1GF5A 4WM1A 5DN4A 1N4FA 3P68A 2D4JA 5I4XA 5L3HA 3WU9A 1IP6A 4PPOA 1CJ6A 3WPLA 1DQJC 3WUAA 1QSWA 1IP5A 5DN5A 2ZIKA 5FELA 4H9AA 4M4OA 1GF9A 1LZAA 1LZGA 1UACY 4J7VA 4LYZA 193LA 1WQRA 3FE0A 3A34A 1OUHA 1I56A 2ZILA 4OWAA 1LSDA 1I20A 1W08A 4H9IA 5KY1A 1F6RA 4L41A 4G4CA 1HC0A 1F0WA 3ULRA 4NHTA 3WU8A 4H9EA 1LMOA 3AW6A 3P66A 5LA8A 5LYMA 4CHXA 1AM7A 1KIRC 1LJ3A 1HEWA 3AB6A 3AZ7A 1LZ6A 3WU7A 3WW6A 4HJZA 5LXWA 2YVBA 5B1GA 1CJ9A 1QSAA 2IFFY 1GE2A 3A93A 4YENA 2BQBA 5C6IA 2XBRA 1JIYA 1LMCA 1LZ1A 3AZ5A 1HSXA 4PGJB 207LA 4W94A 1LYSA 1LJKA 1GBSA 3LZ2A 4N5RA 4GCEA 4BAFA 3A3RX 1GHLA 3B72A 4LT1A 4YOPA 5A3EA 1GAYA 5F16A 4ET8A 3CT0A 2FYCA 1LSMA 1SQ2L 1IOSA 1GBYA 5M1YA 1QQYA 3B0KA 4CFOA 1RCMA 4QY9A 2DQEY 1DI5A 1BGIA 1BB7A 2FBDA 4NSIA 1GBOA 3A92A 4XJFA 1XEKA 1JSEA 4XJHA 4NSJA 2Z2FA 3W3EA 4OOTA 1CKFA 3RT5X 2CGIA 4Z46A 1KIPC 1LSBA 1LYOA 4II8A 1JPOA 3AGIA 3CSZA 5B07A 1UIBA 3TXDA 4LT3A 4LYOA 3TMXA 1CKHA 3TXGA 2I26L 1GFKA 2YBIA 4NG8A 1LZRA 1GBZA 1QTKA 1WQNA 1YKXX 1JSFA 2B5ZA 3ZEKA 1NDGC 3AGHA 4NY5A 5LYZA 1NHEA 1TEWA 1GB9A 1FLWA 4CGEA 1RE2A 4XJIA 5AMYA 1YIKA 4DWXA 1B5YA 1JKDA 1B5ZA 4WLDA 5F9UA 2EIZC 1LKRA 2BQOA 1BVKC 4HTKA 1GB7A 2G4NA 1ZVYB 4H92A 1B0DA 4HPIA 5KXOA 1XSFA 1JTTL 3LYMA 4GLVA 4NSHA 2D4IA 4YEOA 4B49A 4FJRA 4KXIA 1LZDA 3WVXA 1IWWA 1XGPC 1J1OY 1UIGA 4HSFA 4OWCA 1GFRA 1YQVY 4N8ZA 4BADA 4ML7A 1W6ZA 4J0LA 5APEA 5C6LA 2BPUA 1CKCA 4WO9A 4TTDA 4DD0A 1LZCA 1LMTA 1WVUA 3B0OA 1NQIA 3AW7A 4EMNA 5KKIA 4N1CC 3RNXA 1HSWA 2BQMA 4TX7A 1OUCA 5F14A 4GCDA 1GWDA 1B5WA 1IWUA 1IC4Y 1HF4A 1LJFA 1GPQC 4RLMA 1FBIX 1BB6A 1LZSA 2XBSA 4NGVA 1VDQA 1GE0A 2BQKA 4R0FA 4WM6A 4HJVA 4LFXA 4KL7A 4J1AA 1LHIA 5F9XA 4H94A 4PHIA 4UWUA 5I4YA 2Z19A 4NWEA 1IR8A 5KXWA 1UIHA 3A94A 5LVHA 1GEZA 3W6FA 1UC0A 4XADA 5IELA 1GB6A 2H9JA 4C3WA 1WQQA 2Z38A 1GB2A 1GFJA 5I4WA 1WQOA 3P64A 4MSTA 4ETDA 5KXKA 1OUBA 2ZQ3A 4H8YA 4GN4A 1LZBA 4IJ4A 4QDNA 5JENB 5LA5A 1RJCB 1EQ5A 3IJVA 3QY4A 1BB5A 1GB0A 3HBEX 3W6AA 1IEEA 5KXXA 1HFXA 2ZYPA 4DDAA 4H90A 1JISA 4I8SA 1C08C 1IX0A 1GAZA 1LKSA 5B05A 3WPKA 4DD2A 1BB3A 1PZYA 3A3QA 3AZ6A 4RDSA 1XFPL 5APDA 1GFEA 1B5XA 1B7RA 2BLYA 2HEBA 4GCCA 1GEVA 1LSFA 3B6LA 1WQPA 2Z12A 1OQMA 2F4GA 1REMA 1UIEA 3EBAB 4I0CA 5HMJA 5IDDA 3TXFA 1LZTA 5KXMA 1CKDA 3QE8A 4WG7A 135LA 1IVMA 1IWVA 1V7SA 2MEDA 1SLYA 2EPEA 5HQ1A 4CFPA 5HLLA 4GN3A 5I53A 3N9AA 4WM2A 3QNGA 1GFHA 1A4VA 3WPJA 1Z55A 208LA 4NIJA 3TMWA 1UUZC 2VB1A 1IWYA 5E4PA 5F81A 3N9EA 1IR7A 2YBMA 1HEQA 132LA 1LSGA 1JHLA 2DQHY 2F30A 2ZQ4A 3A90A 5APFA 1DI3A 4LZTA 4DDBA 1JJ1A 3WULA 3TXIA 2LZTA 1EQEA 1G7HC 1LCNA 1D6PA 3D3DA 2DQFC 5FEKA 3WMKA 2AUBA 4YF2A 1JKAA 4UWNA 1D0KA 1GF4A 2RSCA 1GB8A 2X0AA 1IP1A 1LMPA 2N5ZA 1LMAA 1JTOL 5A3ZA 3MGWA 1EQ4A 1LSYA 3P65A 2HEFA 2YBNA 1INUA 1G7LC 4OWHA 5KXLA 2BQFA 3AJNA 2FYDA 1VDSA 1GFTA 2Y8PA 4NGIA 5DL9A 5L3IA 2DQCY 1GXV2 1LHMA 1NWGA 3TXJA 4WL6A 2MECA 2EQLA 4XJDA 5KJ9A 4EOFA 1ALCA 1UCOA 1LTMA 3AZ4A 4H93A 3LZTA 3N9CA 4TUNA 5FHWA 3W6CA 2DQIY 2HEDA 5KKJA 1BWJA 1IIZA 1JKBA 2HEEA 2DQAA 4XJBA 2G4QA 1LJHA 1AKIA 1V7TA 1OUEA 2W1YA 1HEMA 3OJPA 1LJIA 5KXPA 4Z3MA 1LMQA 1YL0X 1LPIA 2F2NA 1NMMA 5DLAA 3LHMA 4LT0A 4LYTA 2HUBA 1OUFA 4NGLA 5KXZA 1GF6A 1OP9B 2A7DA 1DI4A 2BQEA 2ZWBA 1YANA 4NGZA 1IR9A 1B9OA 2ZNXY 3TXKA 1LOZA 5J7CA 1HHLA 4U3XB 1LHHA 2H9KA 4ZFPA 1YROA 4HV2A 2BLXA 1LZ8A 1REZA 4G49A 1XGRC 1IC7Y 1LHKA 2DQGY 4H9CA 4R6CA 1IP2A 4H8ZA 1RFPA 2CDSA 1LJ4A 3A96A 4WLXA 1KXWA 1XGTC 4AGAA 1JITA 1HELA 9LYZA 1O23A 2D6BA 3TXHA 4H9FA 4D9ZA 1CKGA 5FSTA 1YILA 4N9RA 1NF5A 2G4PA 5LVIA 4B1AA 3CB7A 2HEAA 1IP3A 5KXYA 2DKVA 1GFUA 5LINA 1QIOA 4RW1A 4KPMA 5IHGA 153LA 1LYYA 2HTXA 2YBLA 3CQLA 1FKQA 3EO5A 2IHLA 1IP7A 1GXXA 2FBBA 3SP3A 3A91A 1LHLA 1YKZX 4G4HA 1QDRA 3GXRA 4PRQA 3P4ZA 4WM4A 3WVYA 1LZNA 1GDXA 1YAQA 2DQJY 1IOTA 3M3UA 3WH1A 2LYZA 1LZYA 4HJYA 3OK0A 4BAPA 4IASA 1XEIA 4KT3A 4NGWA 1DKJA 4DT3A 1IWTA 1UIFA 1T3PA 4W96A 2BQLA 1OUDA 1FLYA 1GF8A 1I1ZA 1XGUC 5EBHA 8LYZA 4YM8A 1LSCA 2MEGA 4TSCA 5DM9A 1LZ5A 1REXA 3AYQA 4HP0A 1NBZC 4XYYA 1IY3A 4M6DA 5I54A 2BQIA 3T6UA 4X3BA 4WM3A 4WLYA 1GDWA 3EMSA 1C10A 1IY4A 1HFYA 1ZVHL 4LGKA 1B7PA 1FLQA 1LSAA 4FDYA 4NGOA 3WXTA 2D4KA 1F10A 1T6VL 4DC4A 1JWRA 1C7PA 4DYGA 1FLUA 1TDYA 2LZ2A 5FDJA 1TAYA 1LSPA 1JJ3A 4H1PA 4LYCA 4B4JA 4QEQA 4DDCA 1IP4A 1DKKA 1LZ9A 3G3BB 3WW5A 2NWDX 3TXBA 4DD9A 3BKVA 1HEOA 2LYMA 4E3UA 1B7MA 3CT1A 3T36A 1JUGA 1P2CC 1GF0A 1HFZA 4NSGA 7LYZA 1DPXA 1LJGA 1OUGA 2ZIJA 2BAAA 1BB4A 3IWRA 4OW1A 4RLNA 4WG1A 2A7FA 4B0DA 4PJ2C 1CJ8A 1UICA 2MEEA 1VDPA 5B06A 4ETCA 3J4GA 3TXEA 4H8XA 1UA6Y 1KXXA 4J1BA 4TSBA 4HV1A 4NGJA 2F4AA 1QDTA 1MLCE 1UIAA 1QUSA 3G3AB 5L9JA 1YAPA 5LAGA 4MR1A 2C8PA 2I25L 2YBJA 2H5ZA 5HNLA 5T3FA 4LYMA 3RW8A 3WYHA 1KIQC 3LN2A 1HENA 5LVKA 3W6EA 1TCYA 4DD7A 1LJNA 4LYBA 1BWHA 2BQAA 1VATA 4NHPA 3BKHA 1PS5A 2BQGA 4B4IA 1AZFA 3A67Y 3HBHA 1LAAA 2CJLA 1GB3A 3E3DA 1D0MA 5K7OA 3CSQA 1GD6A 3D9AC 1OUJA 4GCFA 4WMGA 4XN6A 1H6MA 3FI7A 3ZVQA 1UIDA 4A7DA 4Z41A 2Q0MX 1QUTA 1IWXA 2LYOA 4O34A 4H91A 154LA 4N1EI 1WVVA 2Z18A 1DZBX 1VDTA 1G7IC 1AT5A 2W1XA 1J1XY 1LSEA 1WTMA 1LYZA 5LAFA 4XJGA 1B5VA 1G7JC 2BQNA 2D91A 5D5CA 5KXRA 1B5UA 5ILFA 1LJJA 133LA 134LA 1OUIA 1IO5A 4NGKA 6LYTA 1D0LA 1HMKA 1D6QA 2PC2A 4ET9A 3K3TA 2XTHA 4GCBA 4LT2A 4NFVA 3A6BY 4OOOA 4G9SA 2DBTA 4GLAA 1GE3A 2Z2EA 3M18B 1C46A 1FKVA 1ZV5L 2XJWA 2YDGA 3LYTA 4QGZA 1DPWA 4WM5A 5FCPA 4C5FA 1E8LA 1HMLA 3A8ZA 1LZ4A 4HPEA 1G7MC 3GXKA 1B2KA 1GE4A 1D9UA 4DD1A 1F6SA 4PRUA 3HBDA 4Z98A 4UWVA 4XENA 5LYTA 1IOQA 1WTNA 2GV0A 5C6JA 1A2YC 3W6BA 1YAOA 5HNCA 5II3A 2MEHA 4G4BA 1GBXA 1IWZA 4OWBA 1REYA 2Z37A 4ZEEA 1GBWA 1B7OA 4HTQA 5D5FA 4ETAA 2ZYCA 1KXYA 3CSRA 1C45A 1CNSA 1GFGA 4NHSA 1BHZA 1WQMA 4WO6A 3ATNA 1XEJA 5KXSA 1HERA 1NBYC 1IORA 4HTNA 4P2EA 4TWSA 3ZVQB 1IC5Y 1JEFA 1BWIA 4WOAA 2BQCA 194LA 4CJ2A 1ZMYL 1IOCA 3RU5A 1YKYX 4WL7A 2BQHA 4GN5C 2MEAA 2LHMA 1B7LA 3AGGG 4IATA 3WXUA 1NKHA 5I5QA 1QTEA 4RW2A 4N0JA 5LVGA 1J1PY 1GFVA 5B1FA 3W6DA 4H9BA 2YBHA 3KAMA 3VWOA 1B7QA 1EL1A 2YSSC 5B59A 1VAUA 3J6KA 5KXTA 4AXTA 2MEFA 1BQLY 4NGYA 2HU3A 1RI8B 1OUAA 4NEBA 2MEBA 5HMVA 1LHJA 2HU1A 2C8OA 3LYZA 5LIOA 2HECA 3CT5A 1JTPL 1JJ0A 4H9HA 1GF7A 1H87A 2Z39A 5KXNA 5APCA 1YL1X 1XGQC 1HNLA 1NDMC 1AT6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HTBA 1HEPA 4YEMA 1LPYA 2B7XA 3HT9A 1LMNA 4BS7A 3NYAA 1VEDA 4ZIXA 1D3NA 8LYZA 4ETEA 3WUNA 235LA 1CJ7A 3C8SA 3A6CY 1LJEA 1GFAA 5E9RA 1UBZA 2ZNWY 1L88A 2D4JA 5L3HA 4PPOA 3WUAA 1QSWA 5FELA 1GF9A 1LZGA 4J7VA 236LA 2RBRA 3FE0A 3DN0A 3SB8A 1OUHA 259LA 2ZILA 4PJZA 1LSDA 1F6RA 1HC0A 1F0WA 184LA 3AW6A 3C8QA 5LYMA 1KIRC 1LJ3A 3AB6A 3WU7A 3WW6A 1C60A 3CDOA 1DYFA 2QARC 4W94A 2B73A 1C6QA 1C6AA 1GBSA 4N5RA 125LA 1NHBA 1L12A 4ET8A 4I7JA 1P2RA 3CT0A 5M1YA 1IOSA 1GBYA 1QQYA 4QY9A 161LA 3DMZA 2FBDA 4NSIA 4XJFA 1XEKA 4OOTA 4W56A 4Z46A 1LSBA 198LA 3CSZA 2I26L 2YBIA 102LA 1SSWA 1NDGC 1L48A 1GB9A 1G0MA 1RE2A 3DNAA 1B5YA 1L40A 148LE 1B5ZA 3C83A 1ZVYB 4HPIA 1QUGA 4NSHA 4YEOA 109LA 4AQNA 4OWCA 4ARJA 2BPUA 1LZCA 3B0OA 167LA 2BQMA 5F14A 1L62A 2B6XA 3HUQA 1IC4Y 1L66A 1BB6A 1VDQA 1C6PA 4WM6A 4LFXA 4LDEA 2Z19A 4GRVA 1IR8A 3W6FA 5IELA 2OTYX 1WQQA 3OE0A 5I4WA 1WQOA 3HUAA 1B6IA 4GN4A 5JENB 5LA5A 1RJCB 1D9WA 3QY4A 4DKLA 111LA 1IEEA 2RBNA 4I8SA 3K2RA 1GAZA 3WPKA 3AZ6A 1XFPL 1B7RA 103LA 257LA 1WQPA 1CV1A 1L49A 3EMLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TMU A;  1B7N A;  1MEL L;  4NWH A;  1HEP A;  1LSN A;  3LYO A;  4YEM A;  3WL2 A;  1C43 A;  1GB5 A;  1GF3 A;  1BVX A;  1B7S A;  3A95 A;  1LMN A;  3TMV A;  2DQD Y;  4BS7 A;  2BQD A;  1GE1 A;  3ATO A;  1DXJ A;  3RZ4 A;  4B4E A;  1VED A;  4ZIX A;  2W1M A;  4WLT A;  4ANR A;  4DD3 A;  1JKC A;  2I6Z A;  1LZE A;  1LSZ A;  2W1L A;  2WAR A;  4MCK A;  4OWE A;  3WUN A;  1TBY A;  2BQJ A;  2EKS C;  4ETE A;  1CJ7 A;  2MEI A;  3EXD A;  4NG1 A;  2CWI A;  1FN5 A;  3A6C Y;  4NHI A;  1LJE A;  5LVJ A;  3B0I A;  3WUM A;  1FDL Y;  6LYZ A;  1GFA A;  1YAM A;  3F6Z A;  3IJU A;  4LFP A;  5E9R A;  4NHQ A;  5ILC A;  1UBZ A;  2ZNW Y;  4ETB A;  3HFM Y;  1VFB C;  1GF5 A;  4WM1 A;  5DN4 A;  1N4F A;  3P68 A;  2D4J A;  5I4X A;  5L3H A;  3WU9 A;  1IP6 A;  4PPO A;  1CJ6 A;  3WPL A;  1DQJ C;  3WUA A;  1QSW A;  1IP5 A;  5DN5 A;  2ZIK A;  5FEL A;  4H9A A;  4M4O A;  1GF9 A;  1LZA A;  1LZG A;  1UAC Y;  4J7V A;  4LYZ A;  193L A;  1WQR A;  3FE0 A;  3A34 A;  1OUH A;  1I56 A;  2ZIL A;  4OWA A;  1LSD A;  1I20 A;  1W08 A;  4H9I A;  5KY1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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