1AT6A

Hen egg white lysozyme with a isoaspartate residue
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
128
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Succinimide and isoaspartate residues in the crystal structures of hen egg-white lysozyme complexed with tri-N-acetylchitotriose.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 128
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-08-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1at6A00
3EMSA 1GBWA 2FYCA 3EO5A 3M3UA 1IP7A 1WQRA 1JHLA 1FKQA 1NDGC 1NMMA 1TAYA 4NG1A 6LYTA 5LXWA 1LAAA 4XENA 3IWRA 3W6BA 4CJ2A 1HFYA 1D0KA 3LZTA 4HTKA 1LMQA 4H9FA 5KXKA 1HC0A 3AB6A 1OUBA 4M6DA 4OWBA 1PS5A 3WXUA 4HV1A 1DXJA 1SLYA 4LFXA 4N0JA 5F14A 5K7OA 1UC0A 1LSFA 3A3RX 1LZDA 2LZTA 3AJNA 4FDYA 1OUGA 1JITA 1IC4Y 1LJFA 2BQAA 3AZ4A 4H8ZA 5KXPA 1FBIX 5HNCA 1GFJA 4RLMA 1GF7A 4WO6A 4J7VA 4YF2A 1F6RA 1IWYA 1GFKA 1LSMA 1RJCB 2Q0MX 4XJDA 4DD0A 3T36A 1IC7Y 3A6BY 1SQ2L 4GCDA 1KIPC 3A95A 4DD1A 4YOPA 2BAAA 3J6KA 5HLLA 1B5ZA 1JWRA 1LSEA 4XN6A 5HMJA 3AZ6A 4WMGA 2MEDA 1C45A 5KXOA 1YL1X 3A92A 1LSBA 2DQAA 1VDSA 2HEBA 1FN5A 2BQIA 1YAOA 2D6BA 2DKVA 4Z3MA 4HSFA 4II8A 4B49A 1CJ6A 4WG7A 1GF9A 3QY4A 4H8YA 3W6AA 4ET8A 1NDMC 2XBRA 1XGPC 4WLTA 5I53A 1H87A 4B1AA 1CJ8A 2LHMA 1GPQC 1YAPA 4DDBA 1GBZA 1OUHA 3GXRA 4DYGA 1JKCA 1IC5Y 1BB6A 1OUEA 1LYYA 134LA 5KXLA 1O23A 3BKVA 4PHIA 1GAZA 1RFPA 2G4PA 3AGGG 4XJBA 1P2CC 3B0KA 2LZ2A 4G4HA 3CT1A 1J1XY 1BWJA 5LYTA 1YIKA 4XJIA 1LJ3A 4LZTA 5KXRA 4O34A 5DL9A 1KXWA 2D4KA 3BKHA 4H8XA 1JIYA 4Z41A 1OP9B 1QUTA 1LHKA 4WL7A 3WL2A 1N4FA 5KKJA 1GFAA 5FSTA 5KY1A 2EPEA 4X3BA 1OUAA 1IP3A 1A4VA 1IP1A 4R0FA 1HFXA 1NHEA 4HPEA 3RNXA 1LZEA 3A90A 3CQLA 4Z98A 2BQLA 1IP2A 1E8LA 4AGAA 4NHPA 1LZGA 1BB7A 2FBDA 1HELA 1JEFA 1LJ4A 2DQGY 5T3FA 1HSXA 1GB2A 1HSWA 2YSSC 1IX0A 1CKFA 5APCA 1ZMYL 3TMVA 1UBZA 1IR9A 1UUZC 3TXHA 1W6ZA 4B4JA 1KXYA 1C43A 5KXZA 4WLDA 1UIAA 4NWEA 3WXTA 2CJLA 3WYHA 4H90A 5I4YA 1Z55A 2ZYPA 1IP6A 4U3XB 1EQ4A 5KXWA 4DDCA 3WPJA 1LZYA 1LHLA 4YEOA 2DQDY 3P68A 1JTTL 1GBOA 1FLQA 1LHMA 5FELA 5D5FA 1T3PA 1GE1A 1HENA 1LMAA 1QTKA 4J0LA 4B4IA 3K3TA 1DPWA 3LYOA 4Z46A 1GFUA 4WM2A 2YBIA 3VWOA 5IELA 4WO9A 5LVIA 1G7JC 5LVJA 1LKSA 3N9CA 3B0IA 3T6UA 4PRQA 3TXDA 2Z38A 4TTDA 1VATA 3KAMA 1GF4A 4LYOA 2HEFA 1WQMA 1C08C 1LSZA 1LJEA 1IIZA 1IWZA 4G4CA 4L41A 1LZ6A 5F81A 2XBSA 9LYZA 5M1YA 1IWXA 5F9UA 3WUMA 1QSWA 1JTPL 1YROA 3G3AB 3J4GA 5J7CA 1IORA 1GBSA 4GCEA 3WW5A 4RDSA 1GBYA 1NBYC 4GLVA 1TDYA 1RE2A 1HFZA 3OJPA 4IASA 4NG8A 2BQCA 2MEGA 1LSYA 4H91A 1I20A 2HEEA 1WVVA 4DT3A 4UWUA 1IOSA 1KXXA 4KL7A 4WM5A 1G7HC 1EQEA 1RCMA 3A93A 5LVGA 1GAYA 1GFRA 4OWCA 1JUGA 2A7FA 4XJFA 1F6SA 1IVMA 1CKDA 2YBLA 3TMWA 1HMKA 1QIOA 1IO5A 5I54A 1UIBA 3AZ5A 4TSBA 5L3IA 4GCCA 3CSQA 2LYMA 1LZTA 2PC2A 1LZ9A 2HTXA 2W1YA 1PZYA 2IFFY 1UACY 2MECA 3AYQA 1C7PA 3RU5A 1EQ5A 1AT5A 3CSRA 8LYZA 5IDDA 4DDAA 4I8SA 4RW2A 2BQGA 4LGKA 5HQ1A 1OUJA 3A6CY 4KPMA 2GV0A 1LSPA 208LA 3CSZA 2F4GA 4C3WA 1AT6A 4DD9A 1EL1A 1GE4A 1VFBC 1B7RA 1BGIA 1GDXA 2BQDA 2C8PA 1YL0X 2VB1A 2EQLA 1LZ4A 4WM4A 2HU3A 1LZRA 1KIQC 4MR1A 3W6CA 2A7DA 3OK0A 1HHLA 1XGUC 1QUSA 1RI8B 6LYZA 4ZIXA 3WPKA 3W6DA 1ZVHL 1GB5A 1UIFA 1V7SA 4NHTA 4UWNA 2DBTA 1GXV2 3E3DA 4ETEA 2MEIA 1GF3A 3HFMY 2HEAA 5LINA 4R6CA 1B7SA 1CKGA 1D9UA 2ZIKA 3EXDA 1UIDA 1D0LA 1LMNA 3ATNA 1WQOA 1C10A 4H9EA 1BVKC 1HERA 4OW1A 4TX7A 1WTMA 2ZWBA 4M4OA 3LYZA 3LN2A 3M18B 1REXA 2RSCA 1HMLA 1IWTA 4GCBA 3W6FA 1OUIA 3WUAA 3CT5A 5KXTA 1B7NA 1GDWA 2FBBA 1LZ5A 1FLUA 2XJWA 1CKCA 4ETCA 2YBHA 4H9AA 1TCYA 1WTNA 133LA 3FE0A 4G49A 1LJJA 4PPOA 4DC4A 5LA5A 1H6MA 1XSFA 4LFPA 1LMPA 4AXTA 4WG1A 2ZNXY 2MEBA 5KXYA 5KXMA 5F9XA 1ALCA 1F10A 4HTQA 5LVHA 1CJ9A 4NHIA 5B59A 4EMNA 1A2YC 2F30A 1OUDA 1GFGA 2YBMA 4NGVA 2I26L 5ILCA 1LJKA 5JENB 1HNLA 1NKHA 5B1GA 1LOZA 1REZA 3P66A 2BQOA 3WW6A 1BB4A 1LSGA 4G4BA 1MLCE 1GXXA 2DQCY 1OQMA 4NWHA 5C6JA 2W1MA 1GBXA 1LZBA 3IJVA 1INUA 2YBJA 1TEWA 3P4ZA 5FDJA 1BVXA 1YQVY 1WVUA 4H9IA 4MSTA 2BQEA 1GEZA 2IHLA 7LYZA 3TXFA 5KJ9A 3TXEA 5ILFA 1TBYA 4ZEEA 4DD2A 2I25L 4NGJA 1LJGA 1YANA 3F6ZA 5L9JA 4J1AA 5II3A 1YILA 4H92A 4YENA 2Y8PA 4J1BA 2N5ZA 3TMUA 1XFPL 3TMXA 135LA 1NWGA 1JJ3A 1YKYX 1CKHA 4RW1A 3TXKA 3AW7A 2ZIJA 4ML7A 4PJ2C 1UICA 1GFEA 2ZYCA 1UIHA 1JJ1A 1LMOA 5APDA 4B4EA 1IEEA 4YEMA 2D4IA 1HEOA 4GN4A 1REMA 3A94A 2W1XA 3G3BB 4N8ZA 1GF6A 2C8OA 2D4JA 1IP5A 2BQNA 3CT0A 1JISA 1GHLA 2D91A 4HTNA 5DM9A 2BQJA 1XGQC 5DN5A 2XTHA 4NGIA 1V7TA 4DD7A 1GB9A 1BQLY 4NIJA 5B07A 3ULRA 1JTOL 1C46A 5KXXA 2F2NA 4ET9A 4ETDA 1IR7A 1JPOA 1YAMA 4XADA 4FJRA 1IR8A 4UWVA 4XJGA 1ZV5L 4GCFA 3RT5X 1DQJC 5HNLA 4CFPA 4N1EI 4OOTA 2ZILA 2B5ZA 1JKDA 2Z18A 1LHHA 2WARA 4WOAA 1LSDA 1XGTC 3TXGA 1LSAA 3QNGA 5B05A 4H1PA 1JSEA 4GN3A 1FLYA 1D6PA 2CWIA 2DQIY 1B2KA 4N1CC 5I5QA 1LSNA 5LIOA 3WPLA 4NEBA 4NGZA 4EOFA 5LAGA 4CGEA 1WQQA 5HMVA 5I4WA 1UA6Y 5LA8A 3WU9A 4NY5A 1B5XA 1T6VL 5C6LA 1REYA 1UCOA 2HUBA 4NGWA 2MEEA 2F4AA 3HBDA 5IHGA 3AW6A 4LYBA 1G7MC 4GLAA 1B5VA 1AKIA 4G9SA 4H9BA 4MCKA 1LMCA 4QGZA 3LYTA 1LJHA 1LYSA 1LZAA 1QSAA 1ZVYB 4LT1A 3WVXA 4HPIA 1LYZA 1VDPA 5AMYA 1UIGA 1YKXX 1NBZC 132LA 3WH1A 1VAUA 2LYZA 1W08A 2BPUA 4QDNA 1B7OA 1GB3A 4NFVA 3RW8A 4ETAA 1IOQA 4NSGA 3D3DA 4WL6A 3W3EA 2YBNA 3LHMA 1LCNA 2YVBA 1LZNA 1AM7A 2Z2EA 3A3QA 3B0OA 1B7QA 5I4XA 3N9AA 3A8ZA 3B72A 2MEHA 5LYZA 1JJ0A 4NSHA 4HJZA 4HV2A 1IOTA 1IP4A 1HF4A 1LJNA 1HEPA 153LA 5A3EA 1IWUA 3AZ7A 5DN4A 4A7DA 1WQPA 1GB8A 3QE8A 4KXIA 3WULA 2DQHY 3A34A 2AUBA 2YDGA 3WU7A 5KXNA 4BS7A 1BHZA 2X0AA 4LYZA 2NWDX 3ZEKA 1QDTA 2W1LA 1JKAA 2H9JA 4NGLA 2DQFC 3B6LA 1FDLY 1LHJA 4WM3A 5FHWA 5B1FA 1B7LA 4WLXA 3TXJA 4HJYA 4OOOA 1GB0A 4H9HA 4LYTA 2G4QA 4N9RA 4QY9A 1G7LC 1GF8A 4XYYA 5B06A 1DKJA 1DZBX 1B5WA 1FLWA 3TXIA 4I0CA 2H9KA 3SP3A 5E4PA 1NF5A 194LA 2CDSA 2CGIA 2I6ZA 3IJUA 1FKVA 3WUNA 4ZFPA 3CB7A 4H9CA 3P65A 2LYOA 4NGKA 4OWAA 5EBHA 5LAFA 5APEA 3A91A 2MEFA 3D9AC 5APFA 4C5FA 2HECA 1OUCA 4BAPA 1DI4A 1GB6A 4IJ4A 193LA 3N9EA 3ZVQB 1LZ1A 2ZQ3A 1I1ZA 1QQYA 1GFHA 4HJVA 1GE3A 1LSCA 3MGWA 4W96A 1B7PA 1LKRA 4BADA 1KIRC 1GB7A 1LZSA 2BQKA 3ATOA 1JSFA 2EKSC 2Z12A 4NHQA 4LYCA 4OWHA 5L3HA 2Z39A 1DPXA 4OWEA 154LA 4P2EA 2ZNWY 3WVYA 3GXKA 1GD6A 1IWVA 1DKKA 1LTMA 2BQBA 3AGIA 4W94A 3WMKA 1LPIA 2EIZC 4ETBA 4NGYA 1B9OA 2BQFA 4CHXA 4CFOA 1D6QA 1J1OY 4TWSA 3FI7A 3W6EA 3A96A 1NQIA 4ANRA 5LYMA 2Z19A 1QDRA 2DQJY 2HU1A 1BWIA 2ZQ4A 1F0WA 1B5YA 4PGJB 1HEWA 2BLXA 1LMTA 2HEDA 1XGRC 3EBAB 1AZFA 1BB3A 1J1PY 1XEKA 4IATA 1GFVA 1VDQA 1IY3A 1IWWA 1CJ7A 4H94A 3ZVQA 2H5ZA 1IY4A 1GF0A 4GN5C 1WQNA 3HBEX 5F16A 3RZ4A 1G7IC 5E9RA 4WM1A 3AGHA 1GWDA 4NGOA 1BWHA 1BB5A 4LT0A 4LYMA 5FEKA 3A67Y 1LHIA 4QEQA 2BQMA 4N5RA 4XJHA 5A3ZA 1B5UA 1GFTA 2BQHA 1MELL 207LA 2G4NA 2MEAA 4KT3A 3TXBA 4B0DA 1YKZX 5KXSA 5KKIA 1JKBA 2DQEY 5D5CA 2Z37A 4LT2A 1VEDA 5C6IA 1YAQA 4NSJA 1LJIA 1DI5A 1VDTA 1GE0A 1B7MA 4LT3A 5LVKA 4BAFA 2FYDA 1IOCA 4WM6A 4H93A 5FCPA 4DD3A 1UIEA 1HEMA 4HP0A 4PRUA 1LYOA 1LZCA 4RLNA 4TUNA 4E3UA 1GF5A 1XEIA 1D0MA 4YM8A 2Z2FA 1XEJA 3LZ2A 1GE2A 1DI3A 4NHSA 1QTEA 1HEQA 4DWXA 1OUFA 1LZ8A 3WU8A 1CNSA 1I56A 4NSIA 4D9ZA 4WLYA 1GEVA 3LYMA 4TSCA 1B0DA 3HBHA 2BLYA 5DLAA 3P64A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EMSA 2FYCA 3EO5A 5LXWA 1FKQA 1NMMA 1TAYA 3IWRA 4CJ2A 1HFYA 4H9FA 4EKPA 4OWBA 1QS9A 1SLYA 4N0JA 5K7OA 1L68A 3A3RX 1LZDA 1L36A 3AZ4A 5KXPA 4YF2A 1IWYA 1LSMA 4DD0A 2Q0MX 1IC7Y 3A6BY 2NTGA 2BAAA 1L38A 3SB7A 3AZ6A 1LSBA 4DQ5A 1CTWA 1VDSA 1FN5A 2BQIA 3NYAA 4B49A 1L57A 3W6AA 1L76A 3HU9A 1XGPC 5I53A 2HULA 4LDEA 1GPQC 1C61A 1IC5Y 1BB6A 134LA 151LA 1L19A 1L15A 1P2RA 1O23A 3BKVA 4PHIA 3AGGG 1L23A 1SWYA 1P2CC 1CV6A 4G4HA 1OVJA 5LYTA 1LJ3A 5DL9A 1KXWA 1N4FA 1DYAA 122LA 1IP3A 3DMVA 1L63A 1NHEA 4Z98A 3CQLA 1IP2A 1QS5A 3DN8A 1L82A 152LA 127LA 1HELA 5T3FA 6LZMA 1IX0A 1P3NA 3GUJA 142LA 3TXHA 2QB0B 3OE6A 2B73A 2CJLA 3WYHA 1Z55A 1IP6A 1L60A 4YEOA 1LI6A 4EKSA 107LA 1T3PA 2RAZX 256LA 3LYOA 4W58A 3C83A 5LVJA 3B0IA 1L29A 123LA 1DYGA 1CUQA 4TTDA 1GF4A 1QTDA 4LYOA 9LYZA 5J7CA 3G3AB 3J4GA 1D2WA 1GBSA 1G1VA 1GBYA 1LYJA 1LPYA 140LA 1RE2A 1I20A 4OO9A 4KL7A 1L01A 3DN6A 1L66A 3A93A 1GAYA 1GFRA 1JUGA 1D3FA 1CKDA 1L62A 1UIBA 1L33A 4TSBA 4GCCA 3CSQA 1LZTA 2PC2A 3RU5A 1EQ5A 3HWLA 3CSRA 2BQGA 169LA 2OE4X 1CV1A 1LSPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EMS A;  1GBW A;  2FYC A;  3EO5 A;  3M3U A;  1IP7 A;  1WQR A;  1JHL A;  1FKQ A;  1NDG C;  1NMM A;  1TAY A;  4NG1 A;  6LYT A;  5LXW A;  1LAA A;  4XEN A;  3IWR A;  3W6B A;  4CJ2 A;  1HFY A;  1D0K A;  3LZT A;  4HTK A;  1LMQ A;  4H9F A;  5KXK A;  1HC0 A;  3AB6 A;  1OUB A;  4M6D A;  4OWB A;  1PS5 A;  3WXU A;  4HV1 A;  1DXJ A;  1SLY A;  4LFX A;  4N0J A;  5F14 A;  5K7O A;  1UC0 A;  1LSF A;  3A3R X;  1LZD A;  2LZT A;  3AJN A;  4FDY A;  1OUG A;  1JIT A;  1IC4 Y;  1LJF A;  2BQA A;  3AZ4 A;  4H8Z A;  5KXP A;  1FBI X;  5HNC A;  1GFJ A;  4RLM A;  1GF7 A;  4WO6 A;  4J7V A;  4YF2 A;  1F6R A;  1IWY A;  1GFK A;  1LSM A;  1RJC B;  2Q0M X;  4XJD A;  4DD0 A;  3T36 A;  1IC7 Y;  3A6B Y;  1SQ2 L;  4GCD A;  1KIP C;  3A95 A;  4DD1 A;  4YOP A;  2BAA A;  3J6K A;  5HLL A;  1B5Z A;  1JWR A;  1LSE A;  4XN6 A;  5HMJ A;  3AZ6 A;  4WMG A;  2MED A;  1C45 A;  5KXO A;  1YL1 X;  3A92 A;  1LSB A;  2DQA A;  1VDS A;  2HEB A;  1FN5 A;  2BQI A;  1YAO A;  2D6B A;  2DKV A;  4Z3M A;  4HSF A;  4II8 A;  4B49 A;  1CJ6 A;  4WG7 A;  1GF9 A; 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 2BQB A;  3AGI A;  4W94 A;  3WMK A;  1LPI A;  2EIZ C;  4ETB A;  4NGY A;  1B9O A;  2BQF A;  4CHX A;  4CFO A;  1D6Q A;  1J1O Y;  4TWS A;  3FI7 A;  3W6E A;  3A96 A;  1NQI A;  4ANR A;  5LYM A;  2Z19 A;  1QDR A;  2DQJ Y;  2HU1 A;  1BWI A;  2ZQ4 A;  1F0W A;  1B5Y A;  4PGJ B;  1HEW A;  2BLX A;  1LMT A;  2HED A;  1XGR C;  3EBA B;  1AZF A;  1BB3 A;  1J1P Y;  1XEK A;  4IAT A;  1GFV A;  1VDQ A;  1IY3 A;  1IWW A;  1CJ7 A;  4H94 A;  3ZVQ A;  2H5Z A;  1IY4 A;  1GF0 A;  4GN5 C;  1WQN A;  3HBE X;  5F16 A;  3RZ4 A;  1G7I C;  5E9R A;  4WM1 A;  3AGH A;  1GWD A;  4NGO A;  1BWH A;  1BB5 A;  4LT0 A;  4LYM A;  5FEK A;  3A67 Y;  1LHI A;  4QEQ A;  2BQM A;  4N5R A;  4XJH A;  5A3Z A;  1B5U A;  1GFT A;  2BQH A;  1MEL L;  207L A;  2G4N A;  2MEA A;  4KT3 A;  3TXB A;  4B0D A;  1YKZ X;  5KXS A;  5KKI A;  1JKB A;  2DQE Y;  5D5C A;  2Z37 A;  4LT2 A;  1VED A;  5C6I A;  1YAQ A;  4NSJ A;  1LJI A;  1DI5 A;  1VDT A;  1GE0 A;  1B7M A;  4LT3 A;  5LVK A;  4BAF A;  2FYD A;  1IOC A;  4WM6 A;  4H93 A;  5FCP A;  4DD3 A;  1UIE A;  1HEM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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