1B5UA

Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme: calorimetry and x-ray analysis of six ser->ala mutant
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGIALANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme: calorimetry and X-ray analysis of six Ser --> Ala mutants.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 50
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1b5uA00
1BB4A 3AGIA 2ZIJA 4DD3A 1LKRA 3CB7A 2BLYA 2DQGY 2Z2EA 4LT0A 3A91A 3A8ZA 5I4XA 5APCA 5KXYA 1LSBA 1BWJA 3AW6A 1IOSA 1IC4Y 5APEA 3TMVA 1V7TA 3WVXA 4BAPA 4MCKA 5LINA 5LVIA 1DXJA 1HFZA 2BQGA 4CFOA 1QUSA 1KXYA 4DYGA 4WM6A 1CKCA 3ULRA 2FYCA 1F10A 4H9FA 4B1AA 5F14A 208LA 1IWZA 4C5FA 1HSXA 1LMQA 4WLXA 3TXEA 1XGRC 1XEKA 1B7SA 1FKQA 1GFTA 1DZBX 2XBSA 5FEKA 2G4PA 2LYOA 1LYYA 2XJWA 1LCNA 3LYOA 5C6IA 2XTHA 1XEJA 2LYZA 1B7NA 1B5YA 2HTXA 5DLAA 5HNCA 4DC4A 3RT5X 3B0OA 1XGPC 1JJ3A 1HFXA 5KXNA 4H9IA 1LZRA 1AKIA 4HJZA 5ILFA 1SQ2L 1BB7A 1KIRC 2EKSC 3J4GA 5I53A 2I26L 3CSRA 1LAAA 1IY4A 1QUTA 1VFBC 2CWIA 1DI3A 3P64A 4KL7A 3TMUA 1QIOA 2HU1A 4HTNA 2BQLA 1HNLA 4OW1A 2HEDA 3N9CA 4G4BA 4X3BA 2ZWBA 3G3AB 1GEZA 153LA 1JSEA 4PJ2C 4DDAA 1J1PY 2MEDA 4WG1A 3ATNA 1NHEA 1JEFA 2HEAA 2PC2A 4G4CA 3CSZA 4HJVA 4G9SA 1FLWA 1NF5A 1TBYA 1C43A 2BAAA 2I25L 3A94A 1GFEA 4FJRA 4GN5C 4LYZA 4OWAA 3WUAA 4TWSA 4OOOA 1REYA 2DQHY 3HBHA 1GDXA 1LSFA 4H90A 3W6AA 4J1AA 5KY1A 1RE2A 3A67Y 4LGKA 1OUEA 4YM8A 4E3UA 2YBIA 1GD6A 4KT3A 1LZYA 5DL9A 3HBEX 3RW8A 2ZQ3A 2N5ZA 1ALCA 4W96A 1G7HC 1QTEA 2EQLA 1IR8A 1UA6Y 1JJ1A 1GFUA 1LJNA 2HEEA 4LT1A 1GB0A 4NFVA 1F6RA 1YROA 4WLTA 5LVKA 2DBTA 4XJIA 4Z3MA 1GDWA 1IP4A 1LYOA 1OUBA 3W6BA 1GB6A 1J1XY 1YKYX 1JTOL 2Z19A 7LYZA 1C10A 4CHXA 2C8OA 4O34A 1JISA 4GLAA 1LJKA 2FBDA 1C45A 2ZIKA 4WM4A 5I54A 1LSPA 2X0AA 2YSSC 1YL1X 4H92A 4UWVA 2G4NA 3F6ZA 1FN5A 4IASA 1BQLY 1LOZA 4NGJA 4NHSA 1NMMA 1LHJA 4H94A 1G7IC 3AZ7A 2Z12A 1INUA 3W6FA 1F6SA 1GBSA 1LZEA 1C7PA 1FDLY 4FDYA 4C3WA 1IP6A 2XBRA 1GE2A 4WM2A 1GBXA 1UBZA 1HERA 1LHMA 3AGHA 1BVXA 1LSMA 1TCYA 3W6EA 1IP1A 1GE3A 3TXKA 132LA 5JENB 1QDTA 3CT5A 4PHIA 4TTDA 1LMPA 1IO5A 2DQAA 4W94A 1GAZA 1FLQA 5DN5A 4Z46A 1IORA 2HEFA 4CGEA 3TXIA 2VB1A 4ETCA 1GB7A 2FBBA 4NWEA 4ZIXA 4DD0A 2AUBA 1IOTA 3WL2A 1HC0A 2A7FA 2BQFA 5KKIA 1B7MA 5I4YA 5KXLA 1LSNA 3M18B 4B0DA 5LYMA 2H9JA 4PRUA 1IIZA 1LPIA 5KXSA 1DKJA 2C8PA 2FYDA 4N8ZA 1HEQA 2W1MA 3TXDA 5E4PA 4NGKA 1WQMA 4J1BA 4H91A 4LYCA 5APDA 1DI5A 5D5FA 4WM1A 5II3A 1D6QA 1HF4A 2W1XA 5B07A 3KAMA 4NGYA 1QSAA 3WH1A 4LYMA 5I4WA 4N9RA 1IP3A 3HBDA 1WQRA 3LYTA 1GE4A 4NGWA 5LVGA 1GB2A 2BQAA 4HP0A 1GF6A 1HSWA 2F2NA 1BVKC 4CJ2A 1GPQC 3AJNA 3WU9A 1LSCA 5M1YA 2A7DA 1DPWA 3LHMA 4UWUA 1XFPL 2GV0A 1IEEA 3P65A 4KPMA 3T6UA 3TXHA 3WW5A 4EMNA 2D4KA 1GB5A 2MEGA 3HFMY 2I6ZA 5IHGA 1BWIA 3WULA 3WUMA 1CNSA 6LYZA 2DQJY 1NBYC 1XGQC 4H93A 4B4JA 1CKFA 4WLYA 1JIYA 3A34A 5B06A 1YAQA 2BQKA 3WW6A 1GFKA 1AT6A 1ZVHL 1YL0X 1LMTA 4TSBA 1GAYA 1WTNA 1REXA 3P4ZA 1G7JC 4PRQA 4DD2A 5C6LA 2LHMA 2WARA 1WTMA 2NWDX 4ANRA 1I56A 1NDGC 4NIJA 4WM5A 1TAYA 3EBAB 5KXWA 3WU8A 3BKHA 1MELL 1EL1A 1GEVA 2HU3A 1PS5A 1B9OA 1GBYA 4DDCA 2D6BA 1IWWA 4DT3A 1IP2A 3AZ5A 3P68A 4ETDA 2BQNA 1XEIA 1LMOA 3WPLA 4H8ZA 4D9ZA 4DDBA 1VDTA 5AMYA 1WVUA 1GF9A 4YOPA 2ZYCA 1IWXA 1REZA 1YKXX 2BQEA 4NGLA 5APFA 5FHWA 5LA5A 1HEOA 4LYBA 4XJHA 1GFJA 1GF7A 3BKVA 4AXTA 1IWTA 4G49A 1IY3A 1IP5A 4XJBA 1B7PA 1GBZA 1VDQA 2YBJA 3A93A 1B5UA 4I0CA 4Z98A 4WMGA 1LJGA 2Y8PA 4NHQA 2EIZC 4BAFA 1H6MA 4LFPA 1CKDA 1LYZA 4NGZA 4OWEA 2D91A 4QY9A 1LSDA 5LXWA 1XGTC 3TMXA 1LYSA 4NHTA 2D4IA 4CFPA 2YDGA 1JJ0A 207LA 1UCOA 3D3DA 4I8SA 2HECA 1LSEA 4B4EA 3A3QA 4ML7A 4WM3A 5EBHA 4MSTA 1SLYA 1UIEA 4IATA 1O23A 2ZYPA 1UIHA 4WL6A 4H9EA 4NGOA 1LJFA 5I5QA 3W6CA 1A4VA 1B7QA 2BQIA 4ET9A 1D9UA 4ETBA 3AGGG 3CSQA 3EMSA 5B59A 5KXTA 4LYOA 4YEMA 2H9KA 1E8LA 2H5ZA 4LZTA 1YQVY 2HUBA 1UIAA 5DM9A 2MEEA 2YBHA 2IFFY 3M3UA 1QTKA 4ZFPA 1LMAA 1BWHA 4ZEEA 2BQJA 4H1PA 2B5ZA 3A3RX 3WMKA 1HELA 1IWYA 3WXUA 5FSTA 1IX0A 2F30A 1LZAA 4B4IA 1YKZX 2F4AA 1YANA 4XJFA 3ZVQA 1B0DA 1BB3A 1LJ4A 2Z38A 1OUFA 4ET8A 1BB5A 1RJCB 2YVBA 4DWXA 1LHLA 4NEBA 5B1GA 1GFHA 1VATA 1JTPL 4IJ4A 1LJJA 1KIPC 4ETEA 2Z2FA 1IOCA 4J0LA 3IJUA 1HHLA 4NSHA 4PPOA 1JSFA 1OUHA 1GB9A 3J6KA 1OUAA 5E9RA 5L3IA 1XSFA 1HEPA 5HNLA 4GN3A 3GXRA 1C46A 1HFYA 4BADA 4DD7A 2BQDA 3ZVQB 3P66A 3EO5A 2BPUA 1AM7A 3OJPA 3TXGA 1LJHA 2YBNA 5LVJA 1NQIA 1KXWA 1UICA 1FLYA 1W08A 4NSJA 1CJ9A 2LZTA 2W1YA 4HV1A 1AT5A 1ZMYL 2BQMA 3B0KA 4EOFA 1LHIA 1UUZC 1NKHA 2MEHA 3RNXA 1P2CC 3AYQA 3QY4A 1GBOA 4NHPA 1B5WA 1PZYA 2Z18A 3B6LA 4P2EA 5HMVA 1GE0A 1EQ5A 4WLDA 4M4OA 1LZTA 3A6BY 4GCDA 4AGAA 1CJ7A 3D9AC 4Z41A 1D0KA 134LA 1WQPA 4TSCA 8LYZA 1RFPA 2W1LA 3TXFA 1HENA 1LTMA 1A2YC 4LT2A 2CGIA 3AW7A 1IC7Y 5LYTA 4H8XA 1LZ4A 1JWRA 5KXZA 1NDMC 3GXKA 3A90A 5F9UA 3N9EA 3LYZA 3W3EA 6LYTA 5KXXA 4PGJB 1IWUA 9LYZA 1G7LC 1B5ZA 2BQOA 1LZ6A 2IHLA 2MEAA 4U3XB 4A7DA 4B49A 2BQBA 1VEDA 1GXV2 5KXRA 4H8YA 194LA 5FDJA 3FE0A 2ZILA 2MEBA 5HMJA 4GCFA 3ATOA 3TXJA 135LA 1BB6A 5F81A 133LA 3RZ4A 4H9HA 2ZNXY 2BQCA 4RLNA 2G4QA 1B7RA 1FKVA 4WG7A 1J1OY 5F9XA 4R6CA 1TEWA 4UWNA 4HPEA 1IR9A 3TXBA 1IC5Y 4QGZA 4RW1A 5KKJA 4H9CA 1HMKA 5IELA 1RI8B 1DI4A 4NGVA 1LZNA 4NHIA 1IWVA 1OP9B 1ZVYB 3AB6A 4NG8A 2DKVA 1GXXA 2DQCY 3WXTA 1RCMA 5KXOA 1CKHA 4NSIA 4HJYA 5C6JA 4DD9A 3WUNA 1FLUA 4HPIA 1HEWA 1I20A 4KXIA 2LZ2A 1JKDA 1WVVA 1JITA 3N9AA 1LZ8A 3W6DA 5HLLA 1LJEA 1YIKA 2ZNWY 4NWHA 1LMNA 4LT3A 1JPOA 1B5XA 1LSYA 1QQYA 1VAUA 1LHHA 4N0JA 1GBWA 2CJLA 1IP7A 3G3BB 3T36A 2MECA 1I1ZA 1LMCA 1QSWA 4OWBA 4GLVA 5B1FA 1EQEA 1GF4A 2ZQ4A 1DQJC 5KJ9A 5LAFA 2CDSA 1VDPA 1IR7A 1LSAA 1WQOA 3A6CY 5LIOA 3QNGA 1UC0A 5L9JA 3WU7A 1OUJA 3K3TA 5LVHA 4TX7A 1KXXA 4WL7A 1HMLA 4HTKA 1OUCA 4YF2A 1LZSA 1VDSA 4M6DA 3LZTA 5B05A 1OUIA 1QDRA 1WQQA 1NWGA 1YAMA 1BGIA 1G7MC 1T6VL 1T3PA 1N4FA 5ILCA 1JUGA 2MEIA 4OOTA 2EPEA 1UIGA 5LAGA 3B72A 4II8A 2F4GA 5LYZA 2YBLA 1YILA 1EQ4A 1MLCE 4LYTA 1KIQC 4QEQA 1GFRA 4NY5A 4TUNA 1TDYA 1OUDA 5A3ZA 4NSGA 1GF5A 4HV2A 4N5RA 4WO9A 4XADA 4N1EI 1B5VA 1JTTL 3WPJA 3IJVA 4WO6A 3LYMA 1B2KA 3AZ4A 1Z55A 1CKGA 4OWCA 1AZFA 1GB3A 4XN6A 5J7CA 4WOAA 1JHLA 1LHKA 1LKSA 4QDNA 4XYYA 1IOQA 1GFGA 5FELA 1DKKA 4YEOA 2HEBA 1F0WA 2Z37A 1LSZA 3LZ2A 1NBZC 1D6PA 4GN4A 3WYHA 1UIBA 3EXDA 4G4HA 3B0IA 4RLMA 4XENA 5L3HA 3RU5A 1HEMA 2DQFC 1LSGA 2Q0MX 1D0MA 3SP3A 1C08C 1LZBA 4RDSA 4MR1A 1UIDA 1JKCA 4RW2A 2DQDY 1LZCA 1REMA 4GCCA 193LA 4HTQA 5KXKA 4R0FA 5FCPA 1W6ZA 4BS7A 3A96A 4DD1A 154LA 1H87A 2DQIY 1GF0A 2RSCA 3CT1A 1GFVA 3A92A 5F16A 3VWOA 2MEFA 4J7VA 3E3DA 4H9BA 1UIFA 3QE8A 1BHZA 1GF8A 1UACY 1V7SA 4XJGA 3TMWA 1YAPA 5A3EA 1GFAA 4H9AA 1LZ9A 1WQNA 4YENA 4GCBA 1GHLA 4N1CC 3MGWA 1XGUC 1LZ1A 1OQMA 5K7OA 3WPKA 1B7OA 5LA8A 3A95A 2D4JA 4L41A 2LYMA 1ZV5L 3OK0A 1B7LA 2DQEY 2Z39A 3AZ6A 4XJDA 5IDDA 1GE1A 4ETAA 1CJ8A 1GWDA 1YAOA 3CQLA 3ZEKA 1FBIX 1DPXA 1LJIA 5KXMA 2YBMA 1IVMA 3LN2A 4GCEA 1JKAA 1LZDA 5DN4A 1JKBA 1GB8A 3IWRA 1LJ3A 4HSFA 5D5CA 3CT0A 4NG1A 5KXPA 1CJ6A 2BLXA 3FI7A 5T3FA 1OUGA 3WVYA 1LZ5A 1LZGA 4LFXA 1GF3A 4OWHA 4NGIA 1D0LA 2BQHA 5HQ1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L25A 1OVJA 1L71A 2BLYA 3A91A 3K2RA 3A8ZA 5I4XA 2OTZX 1IC4Y 5APEA 3WVXA 1CKCA 3ULRA 234LA 208LA 3HT6A 2B7XA 1XEKA 1B7SA 1QT3A 1GFTA 2XBSA 5FEKA 2G4PA 2LYOA 1LCNA 1DYBA 1L29A 1L45A 5DLAA 5HNCA 110LA 1LGWA 1XGPC 1JJ3A 5KXNA 4ARPA 5ILFA 219LA 1KIRC 2EKSC 1LGXA 1L0KA 1LAAA 1VFBC 4HTNA 3OE9A 188LA 3HT8A 4OW1A 5I14A 255LA 1L44A 153LA 1L02A 1C6FA 2MEDA 2RBNA 4WG1A 4I7MA 1NHEA 2HEAA 3CSZA 4G9SA 1NF5A 4GN5C 4TWSA 4OOOA 3W6AA 2DQHY 3HBHA 1XJUA 4J1AA 3A67Y 4YM8A 2HUKA 131LA 1GD6A 3HBEX 1ALCA 186LA 1QTEA 1IR8A 1L57A 1JJ1A 2HEEA 1LJNA 3G3WA 152LA 1F6RA 3HH6A 4WLTA 4Z3MA 1L39A 3W6BA 1JTOL 3CDVA 1L91A 2C8OA 1DYGA 1LJKA 2FBDA 2ZIKA 2O4WA 213LA 2G4NA 1BQLY 1L31A 4NGJA 4NHSA 239LA 1L84A 160LA 1LZEA 4C3WA 118LA 1IP6A 1GE2A 2XBRA 1QT6A 1IP1A 5JENB 4Z46A 1I6SA 2VB1A 2FBBA 262LA 4ZIXA 1LI3A 1IOTA 2RBQA 2A7FA 1B7MA 5I4YA 3DMXA 189LA 5KXSA 1DKJA 2C8PA 4N8ZA 185LA 4H91A 1P56A 4W52A 1T8AA 4NGYA 3WH1A 5I4WA 1LLHA 1IP3A 1L61A 3LYTA 5LVGA 4HP0A 1CX7A 2F2NA 3WU9A 1XFPL 3P65A 3TXHA 165LA 2RB0X 1L88A 1XEPA 2I6ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BB4 A;  3AGI A;  2ZIJ A;  4DD3 A;  1LKR A;  3CB7 A;  2BLY A;  2DQG Y;  2Z2E A;  4LT0 A;  3A91 A;  3A8Z A;  5I4X A;  5APC A;  5KXY A;  1LSB A;  1BWJ A;  3AW6 A;  1IOS A;  1IC4 Y;  5APE A;  3TMV A;  1V7T A;  3WVX A;  4BAP A;  4MCK A;  5LIN A;  5LVI A;  1DXJ A;  1HFZ A;  2BQG A;  4CFO A;  1QUS A;  1KXY A;  4DYG A;  4WM6 A;  1CKC A;  3ULR A;  2FYC A;  1F10 A;  4H9F A;  4B1A A;  5F14 A;  208L A;  1IWZ A;  4C5F A;  1HSX A;  1LMQ A;  4WLX A;  3TXE A;  1XGR C;  1XEK A;  1B7S A;  1FKQ A;  1GFT A;  1DZB X;  2XBS A;  5FEK A;  2G4P A;  2LYO A;  1LYY A;  2XJW A;  1LCN A;  3LYO A;  5C6I A;  2XTH A;  1XEJ A;  2LYZ A;  1B7N A;  1B5Y A;  2HTX A;  5DLA A;  5HNC A;  4DC4 A;  3RT5 X;  3B0O A;  1XGP C;  1JJ3 A;  1HFX A;  5KXN A;  4H9I A;  1LZR A;  1AKI A;  4HJZ A;  5ILF A;  1SQ2 L;  1BB7 A;  1KIR C;  2EKS C;  3J4G A;  5I53 A;  2I26 L;  3CSR A;  1LAA A;  1IY4 A;  1QUT A;  1VFB C;  2CWI A;  1DI3 A;  3P64 A;  4KL7 A;  3TMU A;  1QIO A;  2HU1 A;  4HTN A;  2BQL A;  1HNL A;  4OW1 A;  2HED A;  3N9C A;  4G4B A;  4X3B A; 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 4WOA A;  1JHL A;  1LHK A;  1LKS A;  4QDN A;  4XYY A;  1IOQ A;  1GFG A;  5FEL A;  1DKK A;  4YEO A;  2HEB A;  1F0W A;  2Z37 A;  1LSZ A;  3LZ2 A;  1NBZ C;  1D6P A;  4GN4 A;  3WYH A;  1UIB A;  3EXD A;  4G4H A;  3B0I A;  4RLM A;  4XEN A;  5L3H A;  3RU5 A;  1HEM A;  2DQF C;  1LSG A;  2Q0M X;  1D0M A;  3SP3 A;  1C08 C;  1LZB A;  4RDS A;  4MR1 A;  1UID A;  1JKC A;  4RW2 A;  2DQD Y;  1LZC A;  1REM A;  4GCC A;  193L A;  4HTQ A;  5KXK A;  4R0F A;  5FCP A;  1W6Z A;  4BS7 A;  3A96 A;  4DD1 A;  154L A;  1H87 A;  2DQI Y;  1GF0 A;  2RSC A;  3CT1 A;  1GFV A;  3A92 A;  5F16 A;  3VWO A;  2MEF A;  4J7V A;  3E3D A;  4H9B A;  1UIF A;  3QE8 A;  1BHZ A;  1GF8 A;  1UAC Y;  1V7S A;  4XJG A;  3TMW A;  1YAP A;  5A3E A;  1GFA A;  4H9A A;  1LZ9 A;  1WQN A;  4YEN A;  4GCB A;  1GHL A;  4N1C C;  3MGW A;  1XGU C;  1LZ1 A;  1OQM A;  5K7O A;  3WPK A;  1B7O A;  5LA8 A;  3A95 A;  2D4J A;  4L41 A;  2LYM A;  1ZV5 L;  3OK0 A;  1B7L A;  2DQE Y;  2Z39 A;  3AZ6 A;  4XJD A;  5IDD A;  1GE1 A;  4ETA A;  1CJ8 A;  1GWD A;  1YAO A;  3CQL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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