1B5WA

Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme: calorimetry and x-ray analysis of six ser->ala mutants
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINARYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme: calorimetry and X-ray analysis of six Ser --> Ala mutants.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 49
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1b5wA00
5LA5A 1DQJC 1LZ4A 4XYYA 3WPKA 2HU1A 1NWGA 1DXJA 2XBRA 3A92A 3QNGA 3CSZA 1IR7A 4I8SA 1IOSA 4LYZA 1GEZA 5C6IA 1JHLA 1GF9A 4WLXA 4ETCA 2X0AA 1GF0A 5HMJA 3CT5A 4XJGA 2HECA 1UUZC 4CJ2A 2HTXA 4OOOA 1LCNA 1LZBA 4NGZA 3ATOA 1W6ZA 5LVKA 5KXSA 1LMAA 1UIAA 1LOZA 2ZNWY 1CNSA 1HEMA 2B5ZA 1GFJA 1FDLY 4HJYA 4H9FA 1HEPA 4HV2A 4DT3A 1JTOL 4NGVA 1WQOA 1B7NA 1KIPC 5II3A 1NDGC 1LJ3A 4ZIXA 1HEOA 2BLXA 2DBTA 2DQEY 1IC5Y 1JITA 4GN3A 5KY1A 4H94A 1LHIA 2BQAA 1SQ2L 1TBYA 1GFEA 2DQHY 4G4BA 5APFA 4W96A 4OOTA 208LA 3WVXA 4W94A 1LHJA 4TTDA 3A67Y 4ETEA 4OWHA 1ALCA 5LVGA 1LHMA 1NMMA 4M4OA 5KXOA 4RLMA 1J1XY 1IY3A 1IC7Y 1JEFA 1LYZA 1QDTA 1OUJA 2G4PA 1WVUA 4J1AA 4OWAA 1IIZA 4XJDA 5F9XA 2ZYPA 4GCEA 1KXYA 4NGIA 3ULRA 4TX7A 1IWYA 2MEEA 4G49A 4LYOA 4WG1A 1LMPA 1JPOA 1GF7A 3EO5A 4M6DA 1OP9B 1IP2A 1DPWA 4NY5A 1G7LC 1OQMA 3LN2A 1GB9A 1IY4A 1LHHA 3HFMY 3WPLA 1BB5A 4H9EA 1GB8A 1YKYX 1C08C 3AJNA 3N9CA 4LFXA 4WM3A 1B7QA 3WH1A 1GHLA 3G3AB 4WMGA 4B4EA 4DD3A 1BB7A 1OUAA 4H93A 3FI7A 5FCPA 1IP3A 1I1ZA 1G7JC 1B5WA 1REZA 5I54A 1HSWA 5B59A 207LA 4NSHA 2BQMA 2LYZA 3W6DA 3B0IA 3TXIA 1GFRA 1ZV5L 2BQDA 4TSBA 1LSZA 3G3BB 1EQEA 2C8OA 4HJVA 1IWVA 4BADA 1AZFA 1BVKC 1INUA 1HFYA 2Z12A 4XENA 1HENA 2LZTA 4II8A 4NHPA 2YBJA 1JSFA 4E3UA 1LJEA 1UA6Y 1LKRA 1REXA 5LVHA 4EOFA 2BQJA 2A7FA 3ZVQB 4GLVA 1AM7A 3LHMA 1UCOA 3RW8A 1LZRA 3CQLA 2W1LA 4YENA 2D91A 1BVXA 4NGOA 1H87A 2BQFA 3F6ZA 2PC2A 4HJZA 3LZ2A 1OUHA 2H9JA 1IP7A 3A8ZA 4R6CA 5F14A 1HHLA 1UIHA 3P65A 4P2EA 1BB3A 1I56A 1KXWA 1LMQA 1XGTC 2BQOA 2YBNA 1LYSA 1NDMC 4NWEA 1QSWA 4PRUA 1XSFA 1G7HC 4PRQA 4Z98A 1GB5A 3TMVA 3WXTA 4ANRA 6LYZA 4GCFA 5I4YA 1VATA 4NIJA 5FHWA 1HFZA 3AW6A 1PZYA 4NGWA 5LYTA 1IO5A 1JTPL 3TXBA 1W08A 3W6AA 5AMYA 3WL2A 2A7DA 1GDXA 2G4NA 1D0KA 4LFPA 4AGAA 4RW2A 4CGEA 4HPEA 2W1YA 4YEMA 2EKSC 5HLLA 4LGKA 4DD9A 1LZCA 4LYTA 4LYCA 1DI5A 3T6UA 1REMA 2CJLA 5LIOA 5JENB 5HNLA 4J0LA 2BLYA 4G4HA 4ETAA 1HFXA 1DI3A 1Z55A 1DI4A 5A3EA 1D9UA 1GBYA 4TUNA 1D6QA 1QSAA 2BAAA 5EBHA 1GE1A 2YBLA 5LXWA 1G7IC 1OUBA 4H8ZA 5APCA 3TXFA 4DD2A 1LSMA 3A96A 5DN4A 1LJFA 1WTMA 4J1BA 3TMWA 1GFTA 3TXHA 4N0JA 1J1OY 1YAMA 2YVBA 1EL1A 1GXV2 3HBHA 1GBWA 1LAAA 1MELL 1LSCA 1LZEA 4XADA 4YOPA 2ZIKA 3WUAA 1YIKA 1HEWA 3LYTA 1RCMA 3ZVQA 2H5ZA 3RNXA 4KPMA 5KXKA 1ZVYB 1JISA 4DC4A 5A3ZA 4LT2A 2D4JA 5L9JA 1N4FA 2BPUA 4XJFA 1VDTA 4AXTA 2LYMA 2RSCA 5KXYA 3WULA 2Z18A 2Z38A 3KAMA 1XFPL 3CSRA 1IP4A 1FLYA 4GCDA 2BQIA 1HMKA 5KJ9A 4WL6A 2F4GA 5F9UA 5E9RA 4PJ2C 3B72A 1GF4A 2XBSA 5M1YA 1GFHA 1JWRA 2ZWBA 4TSCA 1B5YA 4MSTA 1LHLA 1P2CC 4WM4A 3M3UA 4XJIA 5L3HA 4DYGA 5HQ1A 2W1MA 3RT5X 1HF4A 2H9KA 4H92A 1ZMYL 1CKGA 1BB6A 5DM9A 4WO6A 1B0DA 1JUGA 3WW6A 194LA 2IHLA 1C46A 3A34A 4WM1A 1YROA 3K3TA 2BQBA 1DKJA 4L41A 1B7OA 1UIGA 3W6CA 1LTMA 2HEFA 4C3WA 4UWVA 1WQPA 1B7LA 4LT1A 1QTEA 4NEBA 2BQCA 3TXEA 3WUMA 1XGUC 2G4QA 3AGIA 1B7SA 2DQCY 1JJ3A 1JKAA 1UIDA 3P66A 1LJ4A 1GBOA 4NHSA 3HBDA 5KXWA 3OK0A 3RU5A 1LSDA 3P64A 3A3RX 4NGJA 4HTNA 3ATNA 2BQHA 1XEJA 3WMKA 4Z46A 1VEDA 1LMOA 4BS7A 1CJ7A 3P4ZA 1GF3A 2VB1A 1AT5A 5KXTA 3M18B 5B07A 4OWEA 5DL9A 5APDA 3WU7A 1B5UA 5I4WA 1CJ8A 1GF8A 2BQGA 4WOAA 1C7PA 1GB3A 1JKBA 2DQIY 1LJJA 3AZ4A 1OUGA 2Z39A 1GF5A 3A95A 3P68A 1E8LA 1D6PA 1GBSA 2MEGA 1YL0X 1YKXX 1VDPA 4IASA 1T3PA 4H9IA 4NHIA 2D6BA 7LYZA 1GPQC 1JTTL 1KXXA 3AZ5A 5LYZA 1LJKA 4H90A 4HTKA 2HU3A 2MEAA 5IHGA 1GB7A 1CJ9A 1OUIA 1UACY 1IWXA 2F4AA 1WQQA 3AZ7A 2ZQ4A 4HSFA 5DN5A 1LJNA 1UBZA 3A6BY 1XGPC 4GCCA 2ZILA 4NSGA 3RZ4A 1LHKA 3VWOA 1IEEA 4B4IA 1JIYA 1JJ1A 1JKCA 1J1PY 2HEBA 2FBDA 1YAOA 1CKDA 5IELA 1LZ9A 4Z41A 1MLCE 1CJ6A 1OUDA 3N9AA 5E4PA 4H9CA 3EMSA 4LT3A 3B0OA 1LZ6A 1LSYA 1IWTA 5B1GA 3TMUA 4BAFA 4EMNA 1UIFA 4YF2A 3N9EA 4NG8A 5D5CA 4NG1A 3D3DA 1LZTA 1PS5A 1GAZA 4LYMA 4H1PA 2CGIA 4DDBA 1UC0A 4MR1A 2BQNA 5KXLA 2I25L 133LA 2MEDA 2W1XA 2C8PA 1A4VA 2EQLA 4CFOA 8LYZA 1LSEA 4WLYA 3W6FA 3ZEKA 5C6LA 1GAYA 1NF5A 2XJWA 1GDWA 1C10A 1RFPA 1LZSA 1I20A 1RI8B 1YQVY 5FEKA 1B7PA 1YANA 2YBMA 4WM2A 1B2KA 2HEDA 3AGGG 2GV0A 2D4KA 5D5FA 3TXDA 4B1AA 1HERA 1GE0A 4H91A 1C43A 1LZYA 4KL7A 1IWZA 2MEBA 1BGIA 1GXXA 4B49A 1LSFA 1KIRC 4IJ4A 1LSGA 1QIOA 1AKIA 1ZVHL 4NGLA 1GFVA 1NHEA 2N5ZA 4N9RA 3SP3A 4CFPA 5K7OA 1FKVA 2MEFA 1B5XA 4PHIA 1IVMA 3IWRA 4GN4A 5APEA 4DD1A 1YL1X 1LMCA 1F6RA 5LYMA 1DPXA 1VDSA 3A90A 1LMTA 2I26L 1GWDA 1OUEA 134LA 2IFFY 1NBYC 2XTHA 3B6LA 5F81A 5LA8A 3IJUA 1B9OA 1FLWA 4PGJB 1TDYA 5IDDA 1YKZX 1GEVA 5FDJA 2EIZC 5KXZA 1GFUA 4QGZA 3A3QA 3TXKA 1GE3A 3OJPA 4N1EI 1GBZA 3EXDA 3WW5A 4GLAA 4LYBA 5FSTA 2ZQ3A 4ZEEA 1OUCA 1TAYA 1T6VL 1FN5A 3TXJA 4LZTA 1C45A 1HC0A 4B0DA 1B7RA 1IOQA 4Z3MA 3B0KA 4H8YA 1OUFA 1SLYA 3WU9A 2DQAA 1XGRC 2BQLA 1IOTA 1KIQC 1LJHA 1XGQC 1LMNA 1LZ8A 1WQMA 4H9BA 5LAGA 5LVIA 1FKQA 4DD7A 3AW7A 4WM5A 4N1CC 153LA 3GXKA 1B5VA 2DQGY 4UWUA 3WU8A 1LSAA 1IX0A 2CDSA 4G9SA 1B5ZA 1XEIA 4NGKA 1F6SA 2EPEA 1LZ5A 4QDNA 4XJBA 4HP0A 4J7VA 1LZ1A 2HEAA 1LSBA 2Z19A 3MGWA 9LYZA 1GFKA 3TXGA 4ZFPA 1GFAA 2LZ2A 1F10A 2ZYCA 1YILA 1B7MA 5I53A 3T36A 4WM6A 1CKCA 5KXPA 1IP1A 1BWJA 2HUBA 1BB4A 3LYOA 3QE8A 2DQFC 4KT3A 2I6ZA 5C6JA 4A7DA 132LA 2Z2EA 1IC4Y 4H8XA 1TCYA 3AYQA 1IWWA 1REYA 1DKKA 5KXRA 3W6BA 4RW1A 1WQNA 4NGYA 1H6MA 5KXXA 5B06A 1VDQA 2YSSC 1UIEA 2NWDX 2YBIA 4I0CA 1QTKA 4X3BA 3AB6A 1LSPA 1WQRA 4YEOA 1LPIA 3W3EA 5LINA 1D0LA 3CB7A 3CT0A 4NWHA 3W6EA 1LKSA 5KXMA 4CHXA 2ZNXY 1RE2A 2DQJY 4IATA 1AT6A 5I4XA 4GCBA 1G7MC 2MEHA 2AUBA 1WVVA 4O34A 4R0FA 4WO9A 3WXUA 1LZAA 1RJCB 4U3XB 1A2YC 4NSIA 4NSJA 4UWNA 135LA 2ZIJA 5HNCA 1BHZA 1FBIX 1GB0A 2Z37A 5KKJA 4XN6A 5LAFA 1JKDA 1GFGA 4C5FA 4DDAA 3CT1A 4LT0A 2F2NA 4G4CA 1NQIA 5LVJA 1CKFA 1BWIA 4OW1A 4OWCA 4XJHA 4H9HA 1FLQA 1V7SA 1DZBX 3LYZA 3BKVA 1IR9A 1GF6A 4NHTA 1F0WA 2DQDY 2FBBA 4ETBA 4HTQA 5L3IA 1HELA 3E3DA 3EBAB 5T3FA 1FLUA 3BKHA 193LA 4OWBA 3A91A 1IOCA 1LYOA 4PPOA 4WLTA 5F16A 5HMVA 5ILCA 1EQ5A 1LZNA 1D0MA 4NHQA 5I5QA 4DWXA 3WVYA 4DDCA 1GE2A 1HSXA 2LHMA 3HBEX 1QUSA 5B05A 5B1FA 4NFVA 1NKHA 1GB2A 3CSQA 4DD0A 1GBXA 1IR8A 4MCKA 5KXNA 4GN5C 1IP5A 4ETDA 154LA 2MECA 1IORA 5DLAA 2WARA 1IP6A 1BWHA 1LZGA 3A93A 1JSEA 1YAPA 2FYDA 1GD6A 1VAUA 1BQLY 3J4GA 3J6KA 1LJIA 5FELA 2YDGA 1QQYA 2Z2FA 3A6CY 4FJRA 4B4JA 1YAQA 2CWIA 3A94A 6LYTA 1JJ0A 5J7CA 3AGHA 1TEWA 1NBZC 1V7TA 3LZTA 1LZDA 1O23A 4HV1A 3GXRA 1LJGA 4N8ZA 2HEEA 4TWSA 4H9AA 2FYCA 4QEQA 4WLDA 3TMXA 5ILFA 2BQKA 2LYOA 2Q0MX 4WG7A 1UICA 1VFBC 4BAPA 5KKIA 4WL7A 2BQEA 4HPIA 1HEQA 1LYYA 4N5RA 2F30A 1GB6A 2MEIA 1QDRA 1EQ4A 1QUTA 1CKHA 1WTNA 3FE0A 4KXIA 3WYHA 1LSNA 3WPJA 2D4IA 1XEKA 3IJVA 1UIBA 2Y8PA 1HMLA 3LYMA 3QY4A 4FDYA 2YBHA 4D9ZA 4RDSA 3AZ6A 3D9AC 4ML7A 4ET8A 4QY9A 3WUNA 4RLNA 4YM8A 2DKVA 4ET9A 1IWUA 1HNLA 1GE4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LA5A 1DQJC 1OWYA 120LA 1L06A 1NWGA 2HU1A 2XBRA 3A92A 3QNGA 3CSZA 1ZYTA 5C6IA 5KXRA 1OV7A 1JHLA 1GF9A 4WLXA 4ETCA 4K5YA 1LCNA 1LZBA 3GULA 1W6ZA 2ZNWY 2LC9A 1HEPA 4HV2A 1P7SA 5II3A 176LA 1HEOA 2DBTA 195LA 1JITA 1QTZA 4H94A 1LHIA 2BQAA 2DQHY 4W96A 4OOTA 3WVXA 3A67Y 4ETEA 1OWZA 1LHMA 2CUUA 3FADA 1IY3A 4OWAA 1WVUA 5F9XA 1L29A 4GCEA 1LMPA 4M6DA 1IP2A 5LZMA 3DMXA 1OQMA 3LN2A 1LHHA 1GB8A 1C08C 4WM3A 4DJHA 1L13A 4ARJA 3HH4A 3OE8A 4DD3A 4H93A 5FCPA 1G7JC 2B70A 1HSWA 4NSHA 2LYZA 3B0IA 3WW5A 5KXWA 2BQDA 1L18A 4XENA 1HFYA 1HENA 223LA 1UA6Y 1KW7A 1KY0A 3LHMA 1UCOA 4NGOA 1H87A 1L24A 129LA 4HJZA 3LZ2A 1HHLA 1LWKA 1LYSA 1NDMC 4DD0A 1GB5A 1CV0A 4NGWA 1JTPL 1W08A 2A7DA 4LFPA 4AGAA 1L96A 1CU0A 1QT4A 109LA 1LYGA 4G4HA 2ANXA 1L17A 104LA 1DI3A 1Z55A 3GUNA 5A3EA 162LA 1QSAA 1WTHA 2BAAA 1JTMA 3JR6A 4H8ZA 3TXFA 150LA 177LA 1LJFA 4J1BA 3TXHA 4N0JA 2YVBA 1EL1A 1GXV2 3HBHA 1GBWA 4YOPA 2ZIKA 3WUAA 1HEWA 1L44A 3LYTA 2H5ZA 3RNXA 5KXKA 253LA 1JISA 4LT2A 1L98A 4XJFA 1C6JA 1VDTA 2LYMA 3WULA 3HUAA 3CSRA 2Q9EA 1PQDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5LA5 A;  1DQJ C;  1LZ4 A;  4XYY A;  3WPK A;  2HU1 A;  1NWG A;  1DXJ A;  2XBR A;  3A92 A;  3QNG A;  3CSZ A;  1IR7 A;  4I8S A;  1IOS A;  4LYZ A;  1GEZ A;  5C6I A;  1JHL A;  1GF9 A;  4WLX A;  4ETC A;  2X0A A;  1GF0 A;  5HMJ A;  3CT5 A;  4XJG A;  2HEC A;  1UUZ C;  4CJ2 A;  2HTX A;  4OOO A;  1LCN A;  1LZB A;  4NGZ A;  3ATO A;  1W6Z A;  5LVK A;  5KXS A;  1LMA A;  1UIA A;  1LOZ A;  2ZNW Y;  1CNS A;  1HEM A;  2B5Z A;  1GFJ A;  1FDL Y;  4HJY A;  4H9F A;  1HEP A;  4HV2 A;  4DT3 A;  1JTO L;  4NGV A;  1WQO A;  1B7N A;  1KIP C;  5II3 A;  1NDG C;  1LJ3 A;  4ZIX A;  1HEO A;  2BLX A;  2DBT A;  2DQE Y;  1IC5 Y;  1JIT A;  4GN3 A;  5KY1 A;  4H94 A;  1LHI A;  2BQA A;  1SQ2 L;  1TBY A;  1GFE A;  2DQH Y;  4G4B A;  5APF A;  4W96 A;  4OOT A;  208L A;  3WVX A;  4W94 A;  1LHJ A;  4TTD A;  3A67 Y;  4ETE A;  4OWH A;  1ALC A;  5LVG A;  1LHM A;  1NMM A;  4M4O A;  5KXO A;  4RLM A;  1J1X Y;  1IY3 A;  1IC7 Y;  1JEF A;  1LYZ A;  1QDT A;  1OUJ A;  2G4P A;  1WVU A;  4J1A A;  4OWA A;  1IIZ A;  4XJD A;  5F9X A;  2ZYP A;  4GCE A; 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 4ETB A;  4HTQ A;  5L3I A;  1HEL A;  3E3D A;  3EBA B;  5T3F A;  1FLU A;  3BKH A;  193L A;  4OWB A;  3A91 A;  1IOC A;  1LYO A;  4PPO A;  4WLT A;  5F16 A;  5HMV A;  5ILC A;  1EQ5 A;  1LZN A;  1D0M A;  4NHQ A;  5I5Q A;  4DWX A;  3WVY A;  4DDC A;  1GE2 A;  1HSX A;  2LHM A;  3HBE X;  1QUS A;  5B05 A;  5B1F A;  4NFV A;  1NKH A;  1GB2 A;  3CSQ A;  4DD0 A;  1GBX A;  1IR8 A;  4MCK A;  5KXN A;  4GN5 C;  1IP5 A;  4ETD A;  154L A;  2MEC A;  1IOR A;  5DLA A;  2WAR A;  1IP6 A;  1BWH A;  1LZG A;  3A93 A;  1JSE A;  1YAP A;  2FYD A;  1GD6 A;  1VAU A;  1BQL Y;  3J4G A;  3J6K A;  1LJI A;  5FEL A;  2YDG A;  1QQY A;  2Z2F A;  3A6C Y;  4FJR A;  4B4J A;  1YAQ A;  2CWI A;  3A94 A;  6LYT A;  1JJ0 A;  5J7C A;  3AGH A;  1TEW A;  1NBZ C;  1V7T A;  3LZT A;  1LZD A;  1O23 A;  4HV1 A;  3GXR A;  1LJG A;  4N8Z A;  2HEE A;  4TWS A;  4H9A A;  2FYC A;  4QEQ A;  4WLD A;  3TMX A;  5ILF A;  2BQK A;  2LYO A;  2Q0M X;  4WG7 A;  1UIC A;  1VFB C;  4BAP A;  5KKI A;  4WL7 A;  2BQE A;  4HPI A;  1HEQ A;  1LYY A;  4N5R A;  2F30 A;  1GB6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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