1B5XA

Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme: calorimetry and x-ray analysis of six ser->ala mutants
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLACSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme: calorimetry and X-ray analysis of six Ser --> Ala mutants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1b5xA00
1JTTL 1ZVHL 5FHWA 4J7VA 2LZ2A 2W1YA 4XJBA 2DQGY 1PS5A 1UBZA 1V7TA 1WQPA 4GCDA 4H9EA 4NSIA 194LA 4X3BA 1IWYA 1IEEA 4KXIA 1OUEA 4PPOA 4CFPA 1CKCA 1LMOA 2YBNA 1F6RA 3A95A 1GXV2 1WQNA 2MEGA 5LA5A 1DZBX 3AZ6A 2LHMA 1IY3A 1NBYC 5I5QA 1BB3A 2BQEA 4WOAA 1ZMYL 4BAFA 3WPJA 1WTMA 1GFRA 1VDTA 2ZIKA 3WU8A 4ET9A 1O23A 2I26L 4R6CA 4E3UA 5KKIA 4NHSA 5I4YA 1AT6A 4NGVA 5HMVA 4N1CC 1LJIA 5C6JA 8LYZA 1CNSA 4HJVA 2YVBA 1LZTA 1IOCA 4Z46A 1B7QA 5EBHA 3WW6A 4H9AA 1LHHA 5LYMA 4CHXA 5KXXA 1IX0A 5KXWA 2HEEA 2YBJA 1NQIA 5II3A 1JSEA 4H93A 1VDQA 4B4IA 4HPIA 4WLTA 5E9RA 5KY1A 1OUDA 1OUCA 1D0MA 1C08C 2DKVA 2I6ZA 1RI8B 4NSHA 2XTHA 1BQLY 1B9OA 1IP6A 1QIOA 4II8A 1RCMA 1GB8A 3A3QA 3D3DA 1FKQA 1IP2A 2Z12A 4ETCA 3A67Y 5M1YA 3WL2A 1QTKA 2EPEA 4NGYA 3T36A 3VWOA 3WPKA 5LVGA 1XGRC 4W94A 4AXTA 1FN5A 1G7JC 1TAYA 4HTKA 4G4CA 2YBHA 4NWEA 1IOTA 1KXXA 4OW1A 1NDMC 1LZ9A 1BB5A 1GF9A 1GFGA 1LOZA 3N9EA 2B5ZA 5APFA 3B0OA 1NHEA 1B7OA 4N0JA 1GB0A 1GF7A 1E8LA 1LJHA 3HBHA 2MEAA 4LYBA 1C10A 1QTEA 5KXPA 5L3IA 1CKDA 1PZYA 3TXGA 5C6LA 3HFMY 1LYOA 5I54A 2F4AA 1CKGA 4M6DA 1B5XA 1LMNA 3B0KA 4GLAA 4H8YA 4ET8A 1JSFA 1GBWA 2Z19A 1IWVA 2EIZC 1IORA 1G7HC 5HMJA 1HENA 6LYZA 5FSTA 1YKYX 5KKJA 4GCCA 4GN4A 1LZEA 3TXBA 5LVKA 1OUIA 2GV0A 3WUNA 1T3PA 1Z55A 4DD3A 4PJ2C 1J1OY 1OUBA 1XEKA 1GFTA 1UC0A 4YOPA 4TWSA 4UWVA 1QDRA 1HEMA 2BQLA 5B1FA 1LZ6A 5IDDA 4GN3A 4ETEA 4PHIA 1EL1A 4HPEA 3TXEA 1NBZC 1IC7Y 1YKXX 1G7LC 2YBLA 2A7FA 1HEOA 4ZIXA 1B5YA 1V7SA 4WM4A 4BS7A 1FLYA 5KXZA 3CSRA 5B07A 4DWXA 5FEKA 3RZ4A 1IP7A 1GF3A 1BWHA 3LYMA 4HV2A 4NHPA 1LSYA 4A7DA 3FI7A 2YSSC 1GEZA 3AGIA 4H94A 1XGPC 1WVVA 3LZ2A 1B5ZA 1ZVYB 1B5VA 1LZAA 1WQOA 4H1PA 4H91A 1QQYA 1RJCB 2DBTA 4H9BA 1AT5A 1MLCE 4LT3A 5E4PA 1WTNA 1QSAA 4OOOA 1IWXA 1GXXA 2YDGA 4WG1A 4OWBA 4PRQA 1GFUA 1IR8A 4XJDA 2BQKA 2BQMA 5HNLA 1B7LA 4AGAA 1REMA 2AUBA 3A92A 3GXRA 5KXNA 1LHJA 3P65A 4NGWA 3LYTA 3TXDA 1I1ZA 1NMMA 1JHLA 1UIGA 1DI5A 4DC4A 4LYOA 1TEWA 2BLXA 4NY5A 1GBYA 1EQEA 2DQAA 1H6MA 3AZ7A 5DL9A 1CJ8A 4ML7A 4XN6A 1GE1A 1IC4Y 4B0DA 3W6CA 2BQHA 1UIAA 2G4NA 2ZILA 4WLDA 1AM7A 1CJ7A 1XEIA 3BKHA 1HFXA 1JKDA 4WLXA 1HF4A 1VAUA 4I0CA 2BLYA 2ZQ3A 5C6IA 1HELA 2HTXA 3HBEX 1GB6A 1KIQC 3W6AA 4LT2A 1BWIA 2BQDA 2C8OA 133LA 3K3TA 4NWHA 1UIDA 2BPUA 3WMKA 207LA 5I4WA 1B7MA 5KXOA 3AGGG 1J1PY 1YIKA 2LYZA 3CQLA 1JKCA 2ZQ4A 1A2YC 3BKVA 3A91A 1IWTA 4RDSA 3WUMA 5KXRA 2MEDA 2W1MA 4Z41A 2HEDA 2XJWA 4N5RA 1UACY 5AMYA 2Z39A 1JPOA 4NHQA 3WW5A 3TMWA 3TMUA 4DD7A 1LZGA 5APCA 1JTOL 1LJKA 4HSFA 1EQ5A 1HMLA 3RT5X 2DQFC 4ETAA 1YQVY 1GDXA 4YEOA 4WO9A 1IO5A 1JJ1A 4TSCA 4TTDA 5DN5A 3A6CY 3GXKA 3TMVA 1GBZA 4C5FA 2BQNA 1AKIA 1IWWA 1CJ6A 3M18B 4H8XA 4M4OA 1LSAA 1GFEA 4NHTA 1NWGA 1GFVA 4H90A 2Z2FA 4PGJB 1B7NA 1QUTA 1BB6A 1TDYA 3AJNA 1UUZC 4H92A 1LTMA 2Y8PA 4TUNA 4NSJA 1FBIX 1IWUA 3HBDA 2BAAA 3QNGA 1LYYA 2DQHY 4L41A 2A7DA 2HU1A 3EBAB 3ULRA 1B0DA 1NKHA 1B7SA 4OWEA 1HFYA 5IHGA 1VDSA 4H9IA 4GCEA 4H9HA 1JITA 2D4IA 4MCKA 4XJGA 5I53A 1XGTC 5HQ1A 4NGZA 1LHKA 1N4FA 1UA6Y 2HEBA 1IP1A 2D6BA 1GFAA 2HU3A 4XENA 4GCBA 4W96A 1UIFA 3ATNA 4IJ4A 1IOQA 1LPIA 5F9XA 1F10A 2FYDA 3TXHA 4ETDA 1WQRA 2CJLA 2D4JA 1LJFA 4BADA 3AZ5A 3P66A 1LZ1A 2EQLA 3CB7A 4DDBA 3WH1A 1I56A 1BWJA 1BVKC 2ZYPA 1UIHA 1LYZA 3MGWA 5LYZA 3T6UA 3LYZA 1IWZA 4NFVA 2CGIA 3B72A 3LHMA 4O34A 4XJFA 5HNCA 1JKAA 1IC5Y 1LZNA 3J6KA 4IASA 4HV1A 4J1AA 2XBRA 5L9JA 2CWIA 5LIOA 3TMXA 3AW6A 1H87A 4DDAA 5F16A 1ZV5L 1LMTA 1D9UA 1ALCA 1AZFA 1REZA 2H9JA 3RU5A 3WU9A 1KXYA 2DQCY 4YENA 4OWHA 1LMAA 1NF5A 1SQ2L 1KXWA 1WVUA 3CT0A 4WM5A 4XYYA 4EMNA 4YEMA 1QUSA 1GB3A 1DPWA 1GF5A 1GPQC 2HEAA 5DM9A 1GE2A 2MEBA 3D9AC 4KT3A 1JWRA 4H8ZA 4LYMA 5F81A 4B4JA 1DKKA 1LKRA 3CSQA 1LSGA 2D4KA 3ATOA 1OUGA 3TXIA 208LA 4NGJA 5KXKA 4NEBA 5K7OA 5J7CA 4CJ2A 3WVXA 1YL0X 4NGOA 3LZTA 3G3AB 2CDSA 4LFPA 3WYHA 4DDCA 4J0LA 1LSCA 1HEWA 4GCFA 1GF4A 4HTNA 5JENB 3A94A 4G4HA 4NHIA 4WL6A 5B1GA 4LYCA 4KPMA 3EO5A 1LJEA 1GAYA 3ZVQB 1JTPL 4DD2A 5ILFA 4HTQA 1IIZA 1YILA 5D5CA 4TSBA 2HUBA 2IHLA 1LJNA 154LA 3KAMA 5I4XA 2RSCA 4ETBA 1GE3A 1GAZA 3WULA 1CKFA 1REXA 2EKSC 4N9RA 1J1XY 3P68A 4NGIA 1D0LA 5KXYA 1A4VA 5F14A 5LVHA 1XGQC 1YROA 4YM8A 1IOSA 1NDGC 1HHLA 1INUA 1C46A 1YAOA 1LHLA 2ZNXY 4OWAA 2MEEA 4BAPA 1HC0A 1G7IC 1BB4A 153LA 1GEVA 4N8ZA 4XJHA 1WQMA 1XFPL 3N9CA 4XADA 1GF0A 1LZ5A 1FKVA 1OQMA 1XSFA 1F0WA 2I25L 3CT1A 4ZEEA 2HECA 4I8SA 1BHZA 4NG1A 1GE4A 1DXJA 1OUFA 1GBSA 1YAMA 3OK0A 4QDNA 2D91A 3AYQA 4LT1A 1XGUC 135LA 1LZCA 3B0IA 4RLNA 132LA 5LAFA 4NIJA 2Z18A 1DI3A 5FCPA 2BQFA 1TBYA 1LMCA 4H9FA 4WM1A 2F30A 2Z38A 1BGIA 4G4BA 1BVXA 4OOTA 3WXUA 5D5FA 4B4EA 1RE2A 3W3EA 4UWUA 3J4GA 9LYZA 2X0AA 3M3UA 4G9SA 4HJZA 1W08A 3AGHA 5FDJA 2HEFA 4U3XB 4CGEA 1DI4A 1LSDA 4D9ZA 4Z98A 1DPXA 2DQJY 2DQIY 2F4GA 2MEHA 1I20A 1LJ3A 2H5ZA 4LFXA 1IP4A 4N1EI 3TXFA 1YAQA 1HEPA 3ZVQA 4WM2A 2BQJA 3LYOA 1LSNA 4FDYA 2YBMA 1GF8A 5B05A 4NGLA 1LMPA 1HEQA 1LSFA 1GFJA 1KIRC 1B7RA 3TXJA 4RW1A 2ZNWY 1LZYA 2BQGA 3WPLA 3AW7A 1YAPA 5LAGA 1LYSA 3RNXA 4J1BA 1C43A 1GWDA 1GD6A 1GHLA 1B2KA 4NG8A 4DT3A 3A90A 1JIYA 1QSWA 3CT5A 4LZTA 2LYMA 5KJ9A 2FBBA 3IJUA 5B59A 2LZTA 1UICA 1WQQA 1CJ9A 2Z37A 1OUAA 4CFOA 1LJJA 5IELA 5LXWA 1JJ3A 1JUGA 4LT0A 1IY4A 1HFZA 1KIPC 1LCNA 1LHMA 1LSZA 1VDPA 5LVIA 1GBXA 2MECA 4Z3MA 1B5UA 1VEDA 1IVMA 1GB5A 1MELL 2WARA 3EXDA 2BQAA 2XBSA 2ZYCA 5A3EA 3RW8A 1GFHA 1RFPA 1FLQA 2G4QA 2FYCA 2YBIA 2ZIJA 1OP9B 4P2EA 4PRUA 3TXKA 1B5WA 3W6EA 3G3BB 1JISA 1LSPA 1D6QA 3P4ZA 4WM3A 1LZ8A 4B49A 2BQIA 4DYGA 3A34A 5LA8A 4RLMA 4HJYA 1LZRA 2F2NA 1G7MC 1LZ4A 4QGZA 1UIEA 5B06A 1FLWA 3W6BA 1F6SA 2VB1A 1UIBA 2MEIA 1LZDA 3SP3A 1GB2A 3N9AA 2N5ZA 1GFKA 3A96A 4H9CA 2C8PA 4C3WA 1IP5A 5KXSA 5T3FA 1OUJA 1BB7A 3QY4A 2MEFA 4LYTA 1LMQA 4KL7A 1HERA 3QE8A 193LA 1LHIA 5ILCA 1GB7A 1LZSA 3WXTA 2PC2A 4GLVA 5LYTA 1LAAA 1DKJA 4OWCA 1LZBA 1VATA 3CSZA 1GBOA 1C7PA 1SLYA 1GE0A 4NGKA 4G49A 1IR9A 1HSXA 2DQDY 4DD1A 4MR1A 1XEJA 3IJVA 4FJRA 3W6FA 4TX7A 5HLLA 1VFBC 1DQJC 2NWDX 4DD9A 1LSEA 3IWRA 5KXMA 1D0KA 3AZ4A 2BQBA 4R0FA 4UWNA 1HSWA 3W6DA 4LGKA 2W1LA 1HNLA 5L3HA 2BQOA 2W1XA 5LVJA 1C45A 1LSMA 4WO6A 5DN4A 5DLAA 1FDLY 1T6VL 3FE0A 4NSGA 5FELA 1FLUA 2Q0MX 3B6LA 4WLYA 1CKHA 3A6BY 4LYZA 134LA 3A8ZA 2ZWBA 3LN2A 4ANRA 1D6PA 1IP3A 1GF6A 2IFFY 3F6ZA 4QEQA 3P64A 4YF2A 4MSTA 1LSBA 1YL1X 4RW2A 4IATA 1W6ZA 1JKBA 4WM6A 6LYTA 2LYOA 3ZEKA 2FBDA 1JEFA 1TCYA 4EOFA 1P2CC 4DD0A 2BQCA 1GB9A 5KXLA 5F9UA 1B7PA 3OJPA 1REYA 4QY9A 3E3DA 5LINA 4XJIA 1LKSA 3EMSA 1IR7A 3A3RX 2DQEY 1HMKA 4HP0A 3AB6A 5APEA 5APDA 4WL7A 3WUAA 1YKZX 1QDTA 5A3ZA 1LJGA 7LYZA 1LJ4A 3WU7A 1OUHA 4WMGA 1GDWA 4B1AA 1JJ0A 2Z2EA 1YANA 3WVYA 5KXTA 4WG7A 1EQ4A 3A93A 4GN5C 2G4PA 4ZFPA 2H9KA 1UCOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JTTL 4J7VA 151LA 2LZ2A 2W1YA 2DQGY 1DYEA 1PS5A 4NSIA 194LA 1IWYA 186LA 3UONA 3A95A 3GUOA 2MEGA 1IY3A 1L0KA 2BQEA 3C80A 5I4YA 1AT6A 4N1CC 1LJIA 8LYZA 1CNSA 3OE0A 4HJVA 3K2RA 112LA 3HT6A 4Z46A 5EBHA 3DNAA 5LYMA 1IX0A 2YBJA 1LWGA 5II3A 1PQDA 1OUDA 1C6NA 2DKVA 4WL7A 1BQLY 1B9OA 4LDEA 4I7KA 2RAZX 2Z12A 3WPKA 2EPEA 3VWOA 1L36A 4W94A 1TAYA 4HTKA 1L05A 4G4CA 4EKQA 2YBHA 1BB5A 1GFGA 3SBBC 1GB0A 139LA 1GF7A 201LA 1CKDA 1PZYA 1QTCA 3HFMY 4M6DA 213LA 1LGXA 1CV0A 4ARMB 1GBWA 254LA 104LA 3GUPA 3NYAA 1L80A 2GV0A 1T3PA 4DD3A 1J1OY 1OUBA 1GFTA 4YOPA 2B73A 4TWSA 4UWVA 1L23A 1HEMA 5IDDA 4ARQB 4HPEA 1L75A 1G7LC 1B5YA 236LA 1FLYA 3CSRA 1IP7A 138LA 1GF3A 164LA 1BWHA 1QUGA 3LYMA 1L37A 4A7DA 2YSSC 1C6KA 3AGIA 1XGPC 1WVVA 1LZAA 1WQOA 4GRVA 4H91A 1RJCB 4LT3A 172LA 1MLCE 1C66A 1L11A 102LA 1C6EA 1L69A 205LA 3GXRA 1I1ZA 1NMMA 1CV4A 3DMVA 3AZ7A 3W6CA 2BQHA 4WLDA 1XEIA 4WLXA 1JKDA 245LA 1VAUA 1GB6A 4LT2A 4NWHA 1B7MA 5KXOA 1LLHA 2ZQ4A 2OE7X 5KXRA 4Z41A 5AMYA 2XJWA 2Z39A 2RBOA 2ANXA 3RT5X 4YEOA 1QTDA 4TSCA 1JJ1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JTT L;  1ZVH L;  5FHW A;  4J7V A;  2LZ2 A;  2W1Y A;  4XJB A;  2DQG Y;  1PS5 A;  1UBZ A;  1V7T A;  1WQP A;  4GCD A;  4H9E A;  4NSI A;  194L A;  4X3B A;  1IWY A;  1IEE A;  4KXI A;  1OUE A;  4PPO A;  4CFP A;  1CKC A;  1LMO A;  2YBN A;  1F6R A;  3A95 A;  1GXV 2;  1WQN A;  2MEG A;  5LA5 A;  1DZB X;  3AZ6 A;  2LHM A;  1IY3 A;  1NBY C;  5I5Q A;  1BB3 A;  2BQE A;  4WOA A;  1ZMY L;  4BAF A;  3WPJ A;  1WTM A;  1GFR A;  1VDT A;  2ZIK A;  3WU8 A;  4ET9 A;  1O23 A;  2I26 L;  4R6C A;  4E3U A;  5KKI A;  4NHS A;  5I4Y A;  1AT6 A;  4NGV A;  5HMV A;  4N1C C;  1LJI A;  5C6J A;  8LYZ A;  1CNS A;  4HJV A;  2YVB A;  1LZT A;  1IOC A;  4Z46 A;  1B7Q A;  5EBH A;  3WW6 A;  4H9A A;  1LHH A;  5LYM A;  4CHX A;  5KXX A;  1IX0 A;  5KXW A;  2HEE A;  2YBJ A;  1NQI A;  5II3 A;  1JSE A;  4H93 A;  1VDQ A;  4B4I A;  4HPI A;  4WLT A;  5E9R A;  5KY1 A;  1OUD A;  1OUC A;  1D0M A;  1C08 C;  2DKV A;  2I6Z A;  1RI8 B;  4NSH A;  2XTH A;  1BQL Y;  1B9O A;  1IP6 A;  1QIO A;  4II8 A;  1RCM A;  1GB8 A;  3A3Q A;  3D3D A;  1FKQ A;  1IP2 A; 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 1GD6 A;  1GHL A;  1B2K A;  4NG8 A;  4DT3 A;  3A90 A;  1JIY A;  1QSW A;  3CT5 A;  4LZT A;  2LYM A;  5KJ9 A;  2FBB A;  3IJU A;  5B59 A;  2LZT A;  1UIC A;  1WQQ A;  1CJ9 A;  2Z37 A;  1OUA A;  4CFO A;  1LJJ A;  5IEL A;  5LXW A;  1JJ3 A;  1JUG A;  4LT0 A;  1IY4 A;  1HFZ A;  1KIP C;  1LCN A;  1LHM A;  1LSZ A;  1VDP A;  5LVI A;  1GBX A;  2MEC A;  4Z3M A;  1B5U A;  1VED A;  1IVM A;  1GB5 A;  1MEL L;  2WAR A;  3EXD A;  2BQA A;  2XBS A;  2ZYC A;  5A3E A;  3RW8 A;  1GFH A;  1RFP A;  1FLQ A;  2G4Q A;  2FYC A;  2YBI A;  2ZIJ A;  1OP9 B;  4P2E A;  4PRU A;  3TXK A;  1B5W A;  3W6E A;  3G3B B;  1JIS A;  1LSP A;  1D6Q A;  3P4Z A;  4WM3 A;  1LZ8 A;  4B49 A;  2BQI A;  4DYG A;  3A34 A;  5LA8 A;  4RLM A;  4HJY A;  1LZR A;  2F2N A;  1G7M C;  1LZ4 A;  4QGZ A;  1UIE A;  5B06 A;  1FLW A;  3W6B A;  1F6S A;  2VB1 A;  1UIB A;  2MEI A;  1LZD A;  3SP3 A;  1GB2 A;  3N9A A;  2N5Z A;  1GFK A;  3A96 A;  4H9C A;  2C8P A;  4C3W A;  1IP5 A;  5KXS A;  5T3F A;  1OUJ A;  1BB7 A;  3QY4 A;  2MEF A;  4LYT A;  1LMQ A;  4KL7 A;  1HER A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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