1B5Z | Genus

Total Genus 47

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	47
sequence length	130
structure length	130
Chain Sequence	KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCAALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__076990556761452__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__076990556761452__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1B5Z/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__076990556761452__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"076990556761452","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1B5Z/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__076990556761452__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfac31623a75cd80531cf77/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfac31623a75cd80531cf77/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfac31623a75cd80531cf77/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfac31623a75cd80531cf77/pdb.gz): 72 ms

reading 130 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

130 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 19 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:129});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	Contribution of hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme: calorimetry and X-ray analysis of six Ser --> Ala mutants. pubmed doi rcsb
molecule keywords	LYSOZYME
total genus	47
structure length	130
sequence length	130
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	1999-01-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1b5zA00

4WL7A 1INUA 1DI5A 1RFPA 2W1MA 4HPIA 4ETEA 1G7HC 1NQIA 1WVVA 1OUHA 1HFZA 2MEDA 4IATA 5A3EA 2MECA 1D0LA 1B7MA 1G7MC 1OUDA 4HV2A 1GF7A 4WM6A 1JIYA 5I4XA 1XGQC 2G4QA 1C10A 1QDTA 1OUBA 4NGJA 4R0FA 1GB6A 5FELA 4CHXA 4DD9A 4CGEA 1LZDA 4N0JA 1LHKA 1OUIA 4N8ZA 3LYZA 1ZVHL 2Z12A 1LMPA 1REZA 1LZ4A 1CJ6A 5F14A 1GBXA 4GLVA 1HHLA 5KXSA 4B49A 1LHIA 1LZGA 3ULRA 4HTQA 2DQJY 2GV0A 2D4IA 1NDGC 1LZTA 1LJFA 1LHLA 1XFPL 1ZV5L 2FBBA 2Z2EA 2ZIJA 4G9SA 4I8SA 1GXV2 3A6BY 1GB5A 4KT3A 4XYYA 5FSTA 3J6KA 1HNLA 2XBSA 1NMMA 4MR1A 3GXKA 3N9CA 3AGHA 1B5XA 5E9RA 4N9RA 2BQIA 1HSWA 5F9UA 2F2NA 3G3AB 4LFXA 5IELA 5L3IA 4UWNA 1CKCA 3HBDA 3ATOA 4UWUA 2Z18A 4GCCA 4L41A 5HQ1A 1LJ3A 1YROA 1JITA 3A94A 3A92A 4YENA 4GCEA 4RDSA 3A3RX 4WO9A 2BQNA 1REXA 1XEJA 5KY1A 1B5ZA 1JEFA 1WVUA 4NGZA 1NBYC 2CGIA 2H9KA 1QQYA 2MEFA 4H9CA 4NGYA 4DT3A 5B07A 3WXUA 1AKIA 2ZNXY 2FYDA 1LSAA 5L3HA 2A7FA 1RJCB 4PRUA 4HJYA 4YF2A 4OWCA 1HFYA 4NSHA 4RLMA 4E3UA 2BQCA 1GDWA 4NGWA 3WW5A 3OK0A 1F6RA 1GF3A 1D0KA 4HPEA 1A4VA 1GXXA 2LYMA 1GWDA 4GLAA 1GFRA 4LT2A 3A6CY 1VDPA 5DL9A 1J1PY 4H1PA 1LPIA 4Z41A 4H9EA 5AMYA 4Z3MA 2LZTA 1IY4A 1F6SA 3AYQA 5F9XA 1B7SA 1HELA 2A7DA 1JJ3A 1BB6A 4H90A 1OUGA 4NWHA 1CKDA 1GF8A 4DD7A 1LTMA 153LA 1GE2A 3WU8A 2MEGA 1UIAA 1VEDA 2X0AA 1VATA 1GHLA 2HTXA 1C46A 1LZ1A 1RI8B 4W94A 1W08A 1KXXA 2ZILA 5APCA 1MLCE 2Z19A 1IC7Y 1GFHA 1QSWA 1REMA 1TBYA 4MCKA 4QGZA 4ETDA 1LZ8A 1UA6Y 2D4KA 5DN4A 1QUTA 2HU1A 5I5QA 1LZSA 4BAPA 1B2KA 5HMJA 3QE8A 4NHSA 194LA 4HP0A 4PRQA 4H94A 6LYZA 1RE2A 4UWVA 3W6BA 1QTKA 5KXWA 1G7JC 1XGPC 5FEKA 4CFOA 4H9AA 1B5WA 1LSEA 1IP2A 4NEBA 4NIJA 4WLDA 1YANA 5LA8A 1LJIA 2AUBA 1GB2A 4MSTA 1IP4A 4OWAA 1XGRC 1EL1A 1IP7A 1CKGA 1GF4A 3WULA 3KAMA 5LYZA 4XN6A 1XGUC 3CSQA 5LYMA 2ZQ4A 1GB3A 1KIRC 2DKVA 4WLTA 3AW6A 4OWHA 1YKZX 1NF5A 3AZ6A 1HSXA 4I0CA 4BADA 2B5ZA 4DC4A 2I6ZA 3P65A 5JENB 1A2YC 3ZVQB 4X3BA 1B0DA 5KKIA 3GXRA 1LYZA 1JSEA 4NFVA 2BQHA 1B7QA 1D9UA 1IP3A 1D6PA 4WLXA 1WQPA 1GBZA 3K3TA 3WUMA 3AW7A 4LGKA 4OWEA 1YIKA 1HEPA 5A3ZA 3AB6A 1JTOL 1IIZA 1DPXA 3RNXA 1LHJA 1HMLA 4TWSA 4B1AA 4DD3A 4ETAA 2EIZC 4NSJA 1UUZC 2DQHY 2EQLA 4IJ4A 4R6CA 4QY9A 1JJ0A 2Z2FA 4NSIA 3RZ4A 5KXXA 4OWBA 1MELL 1PZYA 1IC4Y 4XJHA 2ZNWY 5B05A 1B7RA 1LSNA 1IP1A 3EBAB 1IOCA 3WPLA 2ZIKA 1C43A 5LVIA 1FLUA 1YAPA 4W96A 2DQCY 3B0IA 5FDJA 3ATNA 5LXWA 1J1OY 1I20A 2D6BA 1GAZA 3T36A 3WU7A 1SLYA 1J1XY 4C5FA 4XJDA 5LIOA 1HEWA 5K7OA 1IWWA 2NWDX 1IC5Y 1YKXX 4G49A 3W6FA 5LYTA 5APFA 2FBDA 1YL1X 1H87A 4ET8A 1LKRA 1JISA 2HEFA 3WUAA 5KJ9A 1DI4A 5T3FA 5M1YA 4G4BA 1JTPL 3HFMY 4WM4A 1LZ5A 2DQDY 5FHWA 3EMSA 1LZ9A 4NG1A 1GEZA 3P64A 4NGKA 4WO6A 1WTNA 4J1BA 1JHLA 1HC0A 1LHHA 1GE4A 3EXDA 3TMWA 1IORA 1GFEA 2YSSC 3WYHA 5HLLA 2W1YA 5KXYA 1LMAA 3AZ4A 4AGAA 3M3UA 4LYCA 5F81A 1ZVYB 1EQEA 3IJVA 1LAAA 4HJZA 4HSFA 4TSBA 2WARA 3P66A 1FN5A 1OUFA 3EO5A 4B4JA 1GFVA 1LJHA 1GDXA 1BWJA 1B5YA 1GBOA 4HV1A 4M6DA 4PPOA 3FE0A 3J4GA 1DXJA 1GEVA 2BQAA 2HECA 1IP5A 1LYSA 1PS5A 2BLXA 3A90A 4G4CA 3G3BB 1LSMA 4WG1A 2MEIA 1LHMA 3TXJA 1IWUA 5IHGA 4B0DA 1DZBX 4GCFA 2N5ZA 1OUAA 3P68A 5B1GA 4LFPA 2BQKA 4DDAA 1G7IC 3A67Y 4GN3A 1B7LA 1UIDA 4DWXA 132LA 2Y8PA 2BQEA 1YL0X 5II3A 4LZTA 2MEAA 3VWOA 1BWIA 1IWTA 1GB9A 1QSAA 1GF5A 3AJNA 8LYZA 1LZNA 4TX7A 3RW8A 3RT5X 2HEEA 4A7DA 2LHMA 3CT5A 2RSCA 1NBZC 1GFTA 1FKVA 1JWRA 4FJRA 3WL2A 4HJVA 2HEDA 5I54A 3TXEA 1P2CC 3A96A 1CKHA 2W1XA 5LA5A 2HEBA 1ZMYL 3WVXA 1GFGA 1KXWA 2MEBA 5ILCA 1LMNA 4GCBA 3LHMA 1LZYA 4GN4A 4J7VA 1UIFA 2YBHA 4CJ2A 3D3DA 1QUSA 2BLYA 2YBMA 4ZIXA 4H8ZA 4ETCA 4YM8A 4TSCA 1T3PA 1CJ7A 1JKBA 1UIEA 5DLAA 3TMXA 4EOFA 3A93A 1GB8A 3A8ZA 4TTDA 5D5CA 1GFAA 3SP3A 4LYTA 1C08C 2C8OA 3LYOA 5LVKA 154LA 1BVXA 4WM3A 4EMNA 1LJ4A 1UIBA 2F30A 3BKHA 1LZBA 1LJKA 1OP9B 1LJNA 1LMOA 3A95A 2G4NA 1FDLY 2Z38A 1H6MA 4H9FA 1VDQA 1YKYX 3IWRA 4ETBA 1C7PA 1IWZA 1IWYA 1D6QA 1HF4A 4NSGA 4H91A 1JUGA 1XGTC 4IASA 3TXBA 2BQLA 4DDCA 1LSFA 3F6ZA 5LAFA 3WXTA 3ZVQA 3N9EA 1JKAA 4GCDA 4H9HA 1NDMC 3CT0A 2DQFC 2BAAA 1WQNA 1XEKA 1JKCA 4G4HA 1LZRA 4NGOA 2MEEA 1E8LA 1RCMA 5KXRA 1TCYA 1EQ4A 4NGVA 5HNLA 1WTMA 3CSRA 4WMGA 3WUNA 1B5UA 4Z98A 3T6UA 3W6EA 4NHPA 1VAUA 3B72A 4NHTA 2ZQ3A 1JKDA 2H5ZA 2F4GA 4PHIA 1IO5A 1LSCA 5D5FA 1CNSA 1JPOA 1AT5A 1V7SA 2D4JA 1YQVY 4XJIA 3TXHA 2XTHA 1DKKA 4NGIA 4RW1A 1XEIA 1XSFA 3TMVA 1V7TA 2FYCA 1N4FA 3A91A 1LSYA 1KIPC 6LYTA 1LSPA 1OQMA 1NHEA 1GAYA 1IWVA 1TAYA 2VB1A 4H92A 2DQAA 5C6IA 1IP6A 2Q0MX 1CJ9A 3WPKA 2BQOA 5I4WA 5C6JA 1WQOA 2DQIY 1IEEA 2C8PA 2Z37A 1ALCA 4WL6A 4D9ZA 4ZFPA 4XJBA 1LZ6A 1UBZA 3D9AC 4H93A 4QEQA 4H9IA 1BB5A 2HEAA 4WLYA 1GFKA 2YVBA 5KXPA 5ILFA 1OUCA 4J1AA 4NGLA 4TUNA 5LVHA 3BKVA 4M4OA 1LSDA 4DD2A 2LZ2A 4Z46A 1GPQC 4LT0A 9LYZA 1B7OA 1LYOA 5EBHA 4BAFA 4RW2A 1CJ8A 1TDYA 4LT1A 1GB0A 3P4ZA 4DD1A 4LYZA 4WOAA 1LMQA 3TXIA 2PC2A 3MGWA 4DD0A 1WQRA 2YBLA 3HBHA 2ZYPA 4LYMA 4H8YA 1D0MA 1DKJA 3CT1A 5I4YA 1BVKC 1HEOA 1QTEA 1SQ2L 3WVYA 2DBTA 3N9AA 3CB7A 3HBEX 4C3WA 1LOZA 3AZ7A 4RLNA 1GBSA 1GF9A 1T6VL 4PJ2C 4HTNA 2BQJA 2F4AA 5B06A 2BPUA 1GFUA 1HENA 4GN5C 4U3XB 1QDRA 3TMUA 1OUEA 3OJPA 3WMKA 2IHLA 1DI3A 1FBIX 1GE1A 4XJFA 4DYGA 5J7CA 1GBWA 1UACY 1FKQA 2YBIA 1NWGA 7LYZA 3LN2A 3TXKA 5F16A 4ET9A 4O34A 1IR8A 1HERA 4WG7A 193LA 4QDNA 4XJGA 3W6DA 2IFFY 5FCPA 5KXOA 1TEWA 4KL7A 5LVGA 1JTTL 4XADA 1IVMA 4ZEEA 208LA 3B0OA 1AM7A 1I1ZA 1UIHA 2BQDA 4XENA 2BQGA 3WU9A 2EPEA 3IJUA 5B1FA 1KXYA 4NG8A 2W1LA 3A3QA 4NY5A 1CKFA 3W6AA 3B6LA 5E4PA 3TXDA 1BQLY 5HNCA 1REYA 5KXLA 1HFXA 1QIOA 2YBJA 5KKJA 2Z39A 1F10A 1GF0A 1LMCA 5IDDA 2XJWA 2ZYCA 3E3DA 1IR9A 1LZCA 2YBNA 3AGIA 4N1EI 4YEOA 1LJEA 3AGGG 2EKSC 4DDBA 1IY3A 3W3EA 1BHZA 2CWIA 4J0LA 5LAGA 1B7NA 3ZEKA 1IOQA 1OUJA 2LYOA 1C45A 1F0WA 1NKHA 1LKSA 4KPMA 2BQMA 1VFBC 1FLYA 3M18B 1GB7A 5LINA 3QY4A 5I53A 1B7PA 1IOTA 1LMTA 2G4PA 4NHQA 4WM1A 1BWHA 135LA 1O23A 1VDTA 1KIQC 4B4IA 2MEHA 1Z55A 3TXFA 3A34A 1LSBA 1LJJA 4BS7A 3LZ2A 1UCOA 1UC0A 4NWEA 1YAMA 1LCNA 5KXZA 5KXKA 1VDSA 4H8XA 1IX0A 1G7LC 207LA 5DN5A 1FLQA 4WM2A 1YAQA 1WQQA 3WH1A 3TXGA 133LA 1LJGA 1B5VA 134LA 1JJ1A 2ZWBA 5KXTA 1UIGA 1JSFA 4LYBA 2HU3A 5KXMA 4AXTA 2BQBA 3W6CA 1GBYA 4ML7A 1GFJA 4N5RA 5DM9A 2XBRA 4FDYA 1BB7A 4N1CC 4OOTA 1AZFA 2D91A 2CDSA 1YAOA 1HMKA 2BQFA 4NHIA 1IR7A 2DQGY 2YDGA 1HEMA 1LZAA 1I56A 4CFPA 4KXIA 3WW6A 3FI7A 2I25L 3LZTA 1BB4A 1WQMA 2H9JA 4LYOA 4ANRA 3LYMA 3LYTA 1LSZA 2HUBA 4HTKA 4YOPA 5KXNA 3QNGA 2I26L 3AZ5A 1LSGA 4II8A 5L9JA 1AT6A 5B59A 1FLWA 4OOOA 5APEA 2DQEY 1BGIA 4OW1A 1W6ZA 1GF6A 3CSZA 4PGJB 1YILA 4B4EA 4YEMA 5LVJA 3CQLA 4P2EA 3B0KA 1UICA 1IOSA 1DQJC 5C6LA 5APDA 1LZEA 2CJLA 1IWXA 4WM5A 1EQ5A 1GE3A 3RU5A 1HEQA 3WPJA 4LT3A 1BB3A 2LYZA 1B9OA 1DPWA 1GD6A 1GE0A 5HMVA 4H9BA 1LYYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1B5ZA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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