1B7NA

Verification of spmp using mutant human lysozymes
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWLSGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Experimental verification of the 'stability profile of mutant protein' (SPMP) data using mutant human lysozymes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1b7nA00
132LA 1D0LA 1JTOL 1WQRA 1JISA 1TDYA 4HSFA 2Z37A 1LZBA 3B0IA 5KXMA 2D91A 4RDSA 2IFFY 1BHZA 1LJEA 5T3FA 1UIEA 1YILA 3EBAB 4UWNA 4AGAA 3AGGG 4N8ZA 2GV0A 5LYZA 4W96A 1LMTA 4DD2A 1D6PA 2FYCA 4CFOA 1LZRA 208LA 1GB0A 5B06A 2XJWA 2F4AA 3HBEX 3WMKA 4QY9A 2Q0MX 2DQGY 1WTNA 4NSJA 5B59A 1LMOA 1LMPA 4FJRA 5LIOA 4W94A 2CGIA 5FELA 2H9JA 1AT5A 5HMJA 3ZEKA 1N4FA 3IJVA 2XTHA 1HENA 1GF7A 3M3UA 4IASA 4GCEA 1LZDA 4HJYA 1LHLA 1XGRC 3WPLA 1AKIA 2HUBA 1MLCE 1INUA 4LYZA 1V7TA 4C3WA 3RZ4A 4TSBA 1B5VA 4NWEA 4DYGA 1UUZC 5EBHA 1GHLA 4XJHA 3TXJA 4H9BA 4P2EA 4WLDA 1TAYA 5B07A 1H87A 2WARA 1J1PY 1IP7A 1LSPA 1WQPA 4H9FA 4ET8A 2G4QA 1DXJA 5KXXA 2Z2EA 3A8ZA 1IWTA 1TEWA 134LA 1IR9A 4YENA 1IWYA 1GAYA 3CSZA 4LGKA 2DQIY 1IP3A 5KY1A 4HV2A 2EKSC 4HJZA 4YF2A 3RNXA 4H1PA 2BQCA 1BWIA 4G9SA 1LSBA 3AYQA 4YM8A 1UIBA 154LA 4N9RA 2Y8PA 4CFPA 2ZNWY 4NHQA 1IP2A 4G4BA 1REZA 3CQLA 1FDLY 3WW5A 5LVGA 5ILCA 3WUAA 1LZYA 1B7QA 1YL1X 3W6FA 5D5FA 3P68A 4HPEA 1GF0A 1QDTA 1LSGA 1OUEA 1XGUC 4WG1A 4H8XA 1GBYA 5LVHA 4NGYA 2LZ2A 4LFPA 4PPOA 1LSAA 1XGTC 5F14A 3RT5X 1PS5A 2Z2FA 1WQMA 1UACY 1JKBA 2HEDA 1B7LA 3B0OA 4WL7A 2VB1A 1GBWA 2EQLA 1KIRC 2BAAA 1G7LC 1UBZA 193LA 1HEQA 2Z18A 1DKJA 4H92A 5E9RA 4ETDA 6LYZA 1QIOA 5I54A 1EL1A 1A2YC 1C10A 1QDRA 1IORA 1BQLY 2BQHA 1GBOA 2I25L 2ZNXY 2CJLA 1XFPL 4N1EI 2HEEA 4OWBA 1HSWA 1LZ1A 4MCKA 5LA5A 1VDTA 5DLAA 2I6ZA 2XBRA 1NDMC 1GBZA 1IC5Y 1T6VL 3AW7A 8LYZA 5KKIA 3FI7A 4NGLA 5KXPA 3WU9A 5ILFA 1HELA 1OUDA 4NGIA 1C45A 1GWDA 4NGZA 3WXUA 1NBYC 1BGIA 1B7OA 1GFUA 4R6CA 2G4NA 194LA 4U3XB 3AZ6A 4DD1A 4J1BA 4H8YA 3W3EA 2C8PA 5C6JA 4BADA 1GBXA 1NHEA 2ZIJA 2ZIKA 1IWWA 2EPEA 3AJNA 4KL7A 1LZ9A 3AGIA 1JJ3A 1GFJA 1HSXA 3EXDA 4NHTA 5KXZA 1CJ9A 1I20A 4HV1A 4B4IA 5M1YA 4LT3A 1YROA 2HECA 135LA 3F6ZA 4ZFPA 2FBBA 1B5YA 1CKHA 5KXLA 5F16A 1XEKA 4L41A 1LCNA 1RFPA 2DQHY 4G49A 4GCDA 3N9CA 1GD6A 1YAMA 4XADA 2BQEA 1HFYA 1UA6Y 4DD3A 1LJGA 1W08A 4FDYA 3WVYA 5II3A 1FKVA 1FLQA 2D4KA 4GLAA 4OWAA 1FKQA 3TXEA 1RE2A 1A4VA 2MEEA 2YDGA 1GE2A 4AXTA 1VAUA 1IC4Y 1F0WA 1VATA 3AW6A 4B4EA 1BVXA 1ZMYL 3WPKA 1GXV2 3RU5A 4NY5A 5I53A 1T3PA 3A3RX 1LOZA 4NSHA 4OWCA 7LYZA 1BB7A 2ZWBA 3WU7A 3TMWA 1NF5A 1LHMA 4BS7A 5KJ9A 2NWDX 1GE4A 3FE0A 4QGZA 5KXKA 2X0AA 3TXBA 3ZVQB 1IX0A 2ZILA 2A7DA 2ZQ3A 1OP9B 3TXHA 4HTKA 3WL2A 1IOTA 1HEOA 3W6AA 1QSWA 1AT6A 2D4JA 1GE1A 4NSGA 3W6DA 1GDWA 4NFVA 3LN2A 1WVUA 2LHMA 4WOAA 5KXWA 1LMNA 4XJBA 3AZ7A 1LJKA 3A94A 4WM3A 1GFAA 1LJ3A 1IWVA 1BB6A 1B5XA 3P66A 3G3BB 4D9ZA 2DQDY 5APCA 1DI5A 1D6QA 4C5FA 1MELL 4R0FA 4KPMA 3A6CY 1FLYA 2F2NA 1OQMA 2PC2A 2W1XA 5LYMA 2DQFC 1JHLA 1IP6A 1OUHA 1JKAA 3A3QA 2BQNA 4H90A 4MR1A 4WM5A 4XJFA 4DT3A 3W6EA 4WM2A 4GCCA 4WLYA 5I5QA 3WULA 153LA 4WLXA 4DDBA 5HNCA 1JJ0A 1GFKA 3EO5A 5D5CA 5DN4A 3TXDA 1YANA 4EOFA 2C8OA 2D6BA 1IEEA 5HQ1A 4J7VA 5KXOA 5IELA 3P65A 1HEPA 3QY4A 4NGJA 4NGWA 2MEIA 1LYOA 4DDCA 1LSFA 4LT1A 4HPIA 4NSIA 1LZEA 4DC4A 1D0MA 1GEVA 1REMA 2BQGA 3LHMA 3LYTA 3A34A 3B72A 2LZTA 4DD9A 1GF6A 1IOQA 4GLVA 1GB6A 4A7DA 1GFTA 1HF4A 1VFBC 3W6BA 4BAPA 4WL6A 5DL9A 1B0DA 3M18B 1NKHA 1D9UA 1HFXA 2CDSA 4LYOA 1YKZX 3IJUA 5B05A 3WVXA 2YBIA 2W1YA 4B1AA 4YEOA 2F30A 4H91A 1HEMA 2YVBA 3D9AC 1G7JC 1YL0X 3CSQA 2HEAA 3BKHA 3HFMY 3WW6A 1QTKA 1LJNA 1CKFA 3LZ2A 1HMKA 2YBHA 4TX7A 1C46A 1HC0A 1OUIA 3A90A 2XBSA 4LYMA 1CJ6A 1JSFA 1I56A 1UIHA 1WVVA 1E8LA 2BQFA 2YBJA 1WQNA 4OWHA 1GB2A 3E3DA 4B49A 1GBSA 1JSEA 3CT0A 2BQLA 1KXXA 2DQEY 1IY3A 3CSRA 3OK0A 4WM4A 3J6KA 1BB4A 4XYYA 2G4PA 1CNSA 1KXYA 2ZQ4A 3HBDA 4WO9A 4WMGA 3A67Y 5L3HA 4TWSA 1HFZA 1LPIA 4G4HA 1UCOA 4GN4A 1LKSA 4NWHA 3AGHA 1IP4A 2LYOA 3A95A 4OW1A 3WH1A 2MEFA 3J4GA 1IO5A 1GFEA 1J1OY 3VWOA 4ETCA 1GPQC 5E4PA 1LHJA 3T36A 3TXFA 1BWHA 1EQEA 4WG7A 4WLTA 1WTMA 5HMVA 1JEFA 1J1XY 3TXKA 9LYZA 2MEDA 4DDAA 1IIZA 1IOCA 5LINA 1REYA 1XEJA 4XENA 5DM9A 4ANRA 4HP0A 1BB5A 1DPXA 1LJJA 1LSNA 1UIDA 3LYMA 4DWXA 1H6MA 1RCMA 1FLWA 4PGJB 5FEKA 4LYTA 1QUTA 1EQ5A 1LZ8A 1SLYA 1F6RA 1DZBX 5F9XA 2DQAA 1TCYA 3A92A 3HBHA 1JITA 1RI8B 4LYCA 1AM7A 2Z19A 5DN5A 5J7CA 5K7OA 1P2CC 1GF8A 4NEBA 1GAZA 4GCFA 1NMMA 4RW2A 1JTPL 4E3UA 1QQYA 2Z39A 1ZVYB 1GFHA 1IWZA 4KT3A 1BVKC 1YQVY 2HTXA 2MECA 5LAGA 5B1GA 4ML7A 2A7FA 2H5ZA 4ETAA 1JJ1A 4X3BA 4CJ2A 1AZFA 1C7PA 1G7MC 4XN6A 5C6LA 1WQQA 1ZVHL 3BKVA 2DBTA 1LZGA 5APEA 1LZ6A 1JUGA 1LZSA 3CB7A 1UIFA 2W1LA 4HTNA 2F4GA 4TTDA 1CJ7A 4DD0A 1B7NA 1DI3A 1FLUA 2MEHA 3B6LA 4H93A 4M4OA 1LHIA 1XSFA 1YAPA 1HNLA 3A96A 2BQJA 4I0CA 4NGKA 1CKCA 3QNGA 1NWGA 3SP3A 4ZIXA 1GB7A 1GDXA 4N1CC 1JPOA 4RLMA 1W6ZA 4N5RA 1GE3A 2Z38A 1B5UA 1B7RA 2H9KA 1CJ8A 5IHGA 1O23A 3G3AB 4Z41A 4UWUA 3AZ5A 3W6CA 2DQJY 4H9AA 1YKYX 4QEQA 5KXYA 3ULRA 1HHLA 4Z3MA 2BQAA 1HMLA 4ETEA 5F9UA 3CT1A 2D4IA 3WU8A 4WM1A 3WYHA 5APDA 4LT0A 3D3DA 3TMUA 1B5WA 3T6UA 2YSSC 1YAOA 1KIPC 2Z12A 3AZ4A 3QE8A 1QUSA 1LSDA 3N9AA 4ET9A 5LVJA 5JENB 5A3ZA 1GF3A 1UIAA 1LZAA 3GXRA 4IJ4A 5HLLA 3A6BY 1DKKA 1KXWA 3WXTA 2HEFA 1B9OA 4XJDA 3B0KA 4H8ZA 4CGEA 1EQ4A 3TXIA 1LZTA 5IDDA 1I1ZA 1LJFA 1OUFA 1DI4A 1JKDA 4NGVA 1GF9A 1TBYA 5L3IA 5L9JA 4G4CA 1LMQA 3LZTA 3MGWA 1GFVA 1UIGA 1UC0A 5LA8A 3WUNA 2BLYA 1GF5A 3WPJA 4Z46A 1V7SA 1GB8A 1GXXA 2N5ZA 1LMAA 1IP5A 1LSYA 1LSCA 2AUBA 2DKVA 2BQDA 1LAAA 1GB3A 4MSTA 2FYDA 5FCPA 2CWIA 207LA 4NHPA 1LYSA 2BQKA 4O34A 1JTTL 1JKCA 4B0DA 4H9IA 4NHIA 4OWEA 1Z55A 4H9EA 4ZEEA 1LSZA 1LHKA 1D0KA 133LA 1OUBA 1B5ZA 1IR7A 2BQBA 2MEAA 1FBIX 1XGQC 4NHSA 4EMNA 3IWRA 4II8A 1HEWA 4RW1A 2YBLA 4HTQA 5HNLA 1OUGA 4TSCA 2FBDA 6LYTA 2I26L 5KXSA 1PZYA 4NIJA 1QSAA 1YAQA 1B7PA 1FN5A 1CKGA 1GB9A 3AB6A 4N0JA 4DD7A 4PRQA 5KXTA 1GF4A 1JWRA 5FHWA 1BB3A 1LZ4A 3ATOA 5I4YA 5B1FA 1IR8A 4GCBA 4WO6A 1B7SA 4NG1A 2BPUA 4GN5C 1IWXA 2IHLA 5KXRA 1G7HC 2LYZA 1LJIA 4J1AA 1LKRA 2W1MA 5LYTA 1WQOA 4RLNA 1ALCA 3WUMA 1BWJA 2EIZC 4ETBA 1LZCA 1LZ5A 1REXA 2BQIA 1NQIA 4PHIA 4M6DA 1LSMA 1IWUA 2HEBA 2RSCA 3ATNA 4HJVA 3EMSA 1GFRA 1QTEA 1OUAA 3LYZA 4QDNA 4NG8A 5AMYA 1GE0A 3OJPA 1LSEA 5FDJA 3GXKA 5LVIA 1DPWA 1LYZA 2ZYPA 3LYOA 4UWVA 1GFGA 2BLXA 1IY4A 5I4WA 1LMCA 4TUNA 1LJ4A 2HU3A 3N9EA 4YOPA 3CT5A 3TMXA 1LYYA 5FSTA 1VDQA 4LZTA 3P4ZA 2YBNA 3TXGA 5I4XA 5KKJA 3RW8A 1C08C 1XEIA 1HERA 1LTMA 1YIKA 2HU1A 5LVKA 2ZYCA 1KIQC 1CKDA 1GB5A 4I8SA 1IOSA 2YBMA 4J0LA 1OUJA 5KXNA 5C6IA 4PRUA 5F81A 1VDSA 4IATA 4Z98A 1UICA 1ZV5L 3TMVA 4H9CA 1RJCB 1F6SA 4LT2A 1JIYA 4NGOA 1IVMA 3ZVQA 2MEBA 1IP1A 1LJHA 1NBZC 3A91A 2BQMA 1IC7Y 3P64A 1DQJC 4LFXA 2BQOA 4OOOA 1SQ2L 1VDPA 1LHHA 4B4JA 1GEZA 2DQCY 5APFA 4H94A 3A93A 4GN3A 4XJIA 4H9HA 1C43A 4YEMA 4XJGA 3K3TA 1OUCA 3KAMA 2MEGA 4KXIA 4CHXA 4BAFA 1B2KA 5A3EA 2LYMA 1NDGC 1G7IC 4PJ2C 1B7MA 5LAFA 1XGPC 4OOTA 1VEDA 5LXWA 1LZNA 1F10A 4WM6A 1YKXX 2B5ZA 4LYBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JTOL 234LA 2F32A 3HU8A 215LA 1XJTA 120LA 2IFFY 1C6KA 1LJEA 5LYZA 4DD2A 1L93A 4EKSA 1L68A 1L09A 4QY9A 2Q0MX 3HWLA 2B6WA 4NSJA 5HMJA 3HDEA 3ZEKA 1N4FA 1PQJA 1LHLA 2HUBA 2NTGA 1INUA 4LYZA 4C3WA 3RZ4A 1B5VA 192LA 4NWEA 4DYGA 5EBHA 229LA 1L48A 4H9BA 4P2EA 5B07A 1J1PY 1LSPA 1WQPA 1QUGA 5KXXA 2G4QA 3A8ZA 1G06A 2A4TA 1IR9A 4YENA 4EKRA 2EKSC 144LA 4H1PA 4YXAC 3SBBC 1KW5A 1L28A 4YM8A 1IP2A 205LA 185LA 1LZYA 3W6FA 3P68A 246LA 1QDTA 4H8XA 1SSWA 1C6LA 1T8FA 1XGTC 5F14A 213LA 2Z2FA 4W53A 3OE9A 4WL7A 3B0OA 1GBWA 4ETDA 1G7LC 4H92A 3C8QA 1EL1A 1A2YC 1IORA 3GUPA 2BQHA 2I25L 2ZNXY 3NY8A 1XFPL 4N1EI 4OWBA 1DYDA 1SWYA 2B6XA 1C6AA 212LA 1GFUA 4R6CA 3DN1A 4U3XB 1KW7A 4DD1A 2C8PA 2XQOA 4BADA 1NHEA 3C8SA 1CX6A 183LA 3AJNA 3GUMA 1LZ9A 1GFJA 1HSXA 4NHTA 1CJ9A 1L26A 5M1YA 4ZFPA 135LA 5F16A 1LCNA 1RFPA 1PQKA 4XADA 1CV4A 2BQEA 1DYFA 4DD3A 1LJGA 1CVKA 5II3A 4DJHA 1L76A 1GE2A 4AXTA 3SB6A 1GXV2 3RU5A 1QTCA 4NSHA 1LOZA 4OWCA 1NF5A 1LHMA 5KJ9A 2Q9EA 2NWDX 1GE4A 4QGZA 5KXKA 1L85A 3ZVQB 2A7DA 2ZQ3A 3WL2A 1QSWA 210LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 132L A;  1D0L A;  1JTO L;  1WQR A;  1JIS A;  1TDY A;  4HSF A;  2Z37 A;  1LZB A;  3B0I A;  5KXM A;  2D91 A;  4RDS A;  2IFF Y;  1BHZ A;  1LJE A;  5T3F A;  1UIE A;  1YIL A;  3EBA B;  4UWN A;  4AGA A;  3AGG G;  4N8Z A;  2GV0 A;  5LYZ A;  4W96 A;  1LMT A;  4DD2 A;  1D6P A;  2FYC A;  4CFO A;  1LZR A;  208L A;  1GB0 A;  5B06 A;  2XJW A;  2F4A A;  3HBE X;  3WMK A;  4QY9 A;  2Q0M X;  2DQG Y;  1WTN A;  4NSJ A;  5B59 A;  1LMO A;  1LMP A;  4FJR A;  5LIO A;  4W94 A;  2CGI A;  5FEL A;  2H9J A;  1AT5 A;  5HMJ A;  3ZEK A;  1N4F A;  3IJV A;  2XTH A;  1HEN A;  1GF7 A;  3M3U A;  4IAS A;  4GCE A;  1LZD A;  4HJY A;  1LHL A;  1XGR C;  3WPL A;  1AKI A;  2HUB A;  1MLC E;  1INU A;  4LYZ A;  1V7T A;  4C3W A;  3RZ4 A;  4TSB A;  1B5V A;  4NWE A;  4DYG A;  1UUZ C;  5EBH A;  1GHL A;  4XJH A;  3TXJ A;  4H9B A;  4P2E A;  4WLD A;  1TAY A;  5B07 A;  1H87 A;  2WAR A;  1J1P Y;  1IP7 A;  1LSP A;  1WQP A;  4H9F A;  4ET8 A;  2G4Q A;  1DXJ A;  5KXX A;  2Z2E A;  3A8Z A;  1IWT A;  1TEW A;  134L A;  1IR9 A;  4YEN A;  1IWY A;  1GAY A; 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 5LYT A;  1WQO A;  4RLN A;  1ALC A;  3WUM A;  1BWJ A;  2EIZ C;  4ETB A;  1LZC A;  1LZ5 A;  1REX A;  2BQI A;  1NQI A;  4PHI A;  4M6D A;  1LSM A;  1IWU A;  2HEB A;  2RSC A;  3ATN A;  4HJV A;  3EMS A;  1GFR A;  1QTE A;  1OUA A;  3LYZ A;  4QDN A;  4NG8 A;  5AMY A;  1GE0 A;  3OJP A;  1LSE A;  5FDJ A;  3GXK A;  5LVI A;  1DPW A;  1LYZ A;  2ZYP A;  3LYO A;  4UWV A;  1GFG A;  2BLX A;  1IY4 A;  5I4W A;  1LMC A;  4TUN A;  1LJ4 A;  2HU3 A;  3N9E A;  4YOP A;  3CT5 A;  3TMX A;  1LYY A;  5FST A;  1VDQ A;  4LZT A;  3P4Z A;  2YBN A;  3TXG A;  5I4X A;  5KKJ A;  3RW8 A;  1C08 C;  1XEI A;  1HER A;  1LTM A;  1YIK A;  2HU1 A;  5LVK A;  2ZYC A;  1KIQ C;  1CKD A;  1GB5 A;  4I8S A;  1IOS A;  2YBM A;  4J0L A;  1OUJ A;  5KXN A;  5C6I A;  4PRU A;  5F81 A;  1VDS A;  4IAT A;  4Z98 A;  1UIC A;  1ZV5 L;  3TMV A;  4H9C A;  1RJC B;  1F6S A;  4LT2 A;  1JIY A;  4NGO A;  1IVM A;  3ZVQ A;  2MEB A;  1IP1 A;  1LJH A;  1NBZ C;  3A91 A;  2BQM A;  1IC7 Y;  3P64 A;  1DQJ C;  4LFX A;  2BQO A;  4OOO A;  1SQ2 L;  1VDP A;  1LHH A;  4B4J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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