1B7OA

Verification of spmp using mutant human lysozymes
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESQYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Experimental verification of the 'stability profile of mutant protein' (SPMP) data using mutant human lysozymes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 53
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1b7oA00
1EQ5A 5D5CA 1V7SA 5LAGA 1Z55A 2G4QA 1IY4A 2G4PA 4IJ4A 2XBRA 2H9JA 3OK0A 4LYZA 4KXIA 3W6CA 3AGGG 1HEOA 4FJRA 4HJVA 1LZ1A 1GEZA 1OUEA 4Z98A 5LYMA 5I4XA 4H9AA 1IR7A 4N1CC 3AW6A 2XJWA 1LZ9A 1NBZC 2DKVA 4NWHA 194LA 4DD7A 3LYZA 2MEDA 4WMGA 1YKXX 3WPLA 1GBYA 3IJUA 4QY9A 5KXRA 1T3PA 2D4JA 1NBYC 2HEAA 3LN2A 3LZTA 1GE2A 2LYOA 1F0WA 3ULRA 3VWOA 2HUBA 4ZEEA 1QTEA 4C5FA 1VDQA 2DBTA 4LYTA 4XJGA 3WMKA 3B6LA 4H90A 4PPOA 1OUJA 2F4GA 4LT1A 1IO5A 5LXWA 4GCBA 2BQKA 3G3BB 4CFOA 3A67Y 7LYZA 2LYZA 4GCEA 4ETEA 1LKSA 1IY3A 1VEDA 1LMCA 2Q0MX 4N0JA 1G7JC 1QDTA 2HEBA 3A91A 1LZ5A 2DQFC 2PC2A 3CSZA 3AB6A 3WL2A 5HMJA 3F6ZA 1GF4A 1HEMA 1OUFA 2YDGA 5LVJA 5APFA 1CKDA 3TMWA 1HEQA 4WO6A 2BQJA 4R0FA 4LFXA 1JISA 132LA 5FSTA 3TXKA 4DD0A 1C45A 4LGKA 1HMLA 5LVHA 4NG8A 1LHMA 4TTDA 4TUNA 1LZ4A 5B1FA 1C43A 1XGUC 5IELA 4CHXA 4MR1A 2ZIKA 4H9FA 2EPEA 1GXXA 1TAYA 1IR9A 4G49A 1GB8A 4HPEA 1IOTA 1CKGA 3D3DA 5LINA 1IC4Y 1WQMA 1RI8B 3WW6A 3W6FA 4LT2A 2BQCA 1LJ4A 3A6BY 1IOQA 1GFUA 1NQIA 1B5VA 3GXKA 4DDBA 4HTKA 8LYZA 3WXTA 1HHLA 1D0KA 4B4IA 4FDYA 1F6RA 4N9RA 1REZA 4H93A 1YAOA 5DM9A 4ANRA 4OW1A 4DYGA 1LSPA 3N9CA 1J1XY 4HTNA 1IWWA 3EO5A 3IWRA 5KXNA 4HSFA 1IVMA 1EQEA 2DQIY 1HF4A 4HP0A 1IWTA 4NHTA 4PGJB 1WQQA 2ZILA 3TXFA 1BWJA 4WM2A 1G7IC 4GLVA 1LMNA 1AZFA 1YAMA 3CT0A 1JIYA 4B4JA 2X0AA 3P4ZA 1GBXA 4WM6A 1OUGA 1B7RA 1WQPA 4NGVA 1GE0A 4UWUA 1XGRC 4TX7A 1UA6Y 3LHMA 2HEDA 1IWZA 1CJ7A 1WQNA 5F9XA 2EQLA 1GWDA 2BQMA 5APDA 5DN5A 1HSWA 1IWYA 1JKBA 5F81A 1LSFA 3AGIA 4DC4A 5KKIA 2HEEA 1LZRA 5I54A 3WH1A 2Z39A 135LA 4HTQA 1HEPA 3HBDA 5E9RA 3KAMA 3CB7A 1O23A 4H8ZA 4ET9A 2HU3A 3ATNA 2WARA 3M18B 1LJHA 4NHIA 3BKVA 4WLYA 5LA5A 3N9EA 2Z12A 5APEA 4EOFA 1LHHA 3AJNA 1LJFA 3M3UA 5L3HA 5KXLA 3WUAA 4H91A 4NG1A 3WUMA 5KXMA 1LYZA 1QSWA 4ML7A 3TXJA 1WVUA 1GAZA 1JJ0A 1C10A 1LJNA 4GCDA 4N8ZA 5A3EA 1JITA 2BQNA 1IWUA 4MCKA 3CT1A 1GBWA 1CKFA 1B7OA 4CFPA 5KXOA 5LVKA 1B7NA 1DKJA 2ZWBA 1LZAA 3P68A 2Z38A 4WM4A 3WYHA 1DZBX 2ZNXY 153LA 1IP3A 1VDTA 1GF7A 2BQIA 1FLYA 2DQGY 5KXXA 5DLAA 1LJKA 1XEKA 3A8ZA 1MLCE 1FLQA 4HV1A 4NGZA 3SP3A 3WVYA 2MEGA 3QE8A 1B7LA 5ILCA 1GFHA 2YBNA 3CSRA 4TSBA 1DI4A 2AUBA 3OJPA 2ZYCA 1IWXA 208LA 1XGPC 4HV2A 4TSCA 4U3XB 5F16A 1LAAA 2YVBA 1XGTC 1BB5A 3CQLA 2YBIA 1NKHA 2ZQ3A 4LYBA 3MGWA 3FI7A 1B7SA 4XJIA 1GBOA 3IJVA 1N4FA 4KT3A 2CWIA 1GF6A 1REMA 1OQMA 1LJEA 1UC0A 3AZ6A 5L3IA 1CKHA 3W6AA 1LZTA 4H92A 5LVIA 4ET8A 3P65A 1DXJA 4C3WA 2ZYPA 1LSDA 3QY4A 1IX0A 5AMYA 3GXRA 3HBHA 3WULA 1HC0A 1W08A 4XJDA 207LA 2D4KA 4BADA 4DD9A 5II3A 2BLXA 1SLYA 4Z41A 1GFKA 3EXDA 1D9UA 1YL1X 2FBBA 3WPKA 4G4HA 4IATA 4H8YA 4P2EA 2ZNWY 5KXWA 1VDSA 2W1XA 1LSEA 1DPXA 1AM7A 1BHZA 4LT3A 3W3EA 1HELA 1LPIA 4H9BA 4E3UA 5KXKA 3LYOA 2ZIJA 1DQJC 1JTTL 1VAUA 193LA 1GB3A 3A3RX 3B0KA 1GBZA 1GB7A 2CJLA 6LYTA 1GF9A 1GFJA 2MEAA 1GBSA 4WG7A 2Y8PA 4NGLA 1FN5A 1GB5A 4WG1A 5T3FA 1LZEA 4NGJA 3TXIA 1KIRC 4QDNA 1TBYA 4J7VA 4UWNA 1GE4A 5JENB 3RNXA 3T6UA 3CSQA 1KXWA 2B5ZA 2FBDA 1GF3A 2EIZC 2HEFA 1GE1A 1JJ3A 1QSAA 1DI5A 2A7DA 2MEHA 2XBSA 4NWEA 1LZBA 1IP7A 3WPJA 1GDXA 2Z18A 4UWVA 2BPUA 4NSIA 1FKVA 1T6VL 4NGOA 1LCNA 2LYMA 2HU1A 4RLNA 1FLUA 3B0OA 2MEFA 1B5UA 4YEOA 5C6LA 2D91A 4LZTA 1CJ8A 1RCMA 1IP2A 4AXTA 1QTKA 1JSEA 1LJJA 2BQEA 1LMQA 2F4AA 1OUCA 3WW5A 4HJZA 2CGIA 2MEBA 5J7CA 1GDWA 1VDPA 1WTMA 1TEWA 4TWSA 4Z3MA 4G9SA 4NGIA 5DL9A 4WL6A 1NHEA 3FE0A 2W1LA 1IIZA 4GN4A 1PS5A 4MSTA 4LYMA 4CGEA 1RJCB 2BQLA 3BKHA 5LIOA 1LJIA 5FEKA 1H6MA 1UIGA 1P2CC 3WU7A 1F10A 3ZVQA 1LYOA 1DPWA 4QEQA 4WM3A 1YANA 4XADA 5FHWA 5LVGA 3RU5A 1OUBA 5HMVA 5HLLA 5HNCA 1UIBA 5I4YA 1HFXA 4KPMA 6LYZA 5KXZA 1HERA 1YL0X 1REXA 2BQBA 1HFZA 4LYCA 1FDLY 5DN4A 3RW8A 4DD1A 3A6CY 1UCOA 4NSHA 1UIAA 4DT3A 1GFAA 3EBAB 1LOZA 1YILA 5I53A 3W6BA 3LZ2A 1JTOL 1BVXA 1B9OA 3TXGA 1XFPL 1G7MC 1WQRA 4WM5A 5KXYA 4II8A 1IEEA 5IDDA 5KXSA 5B05A 1UIHA 4N1EI 1B7MA 1LZDA 3TXEA 3W6EA 2EKSC 4OWHA 3AZ5A 3TXDA 5KXTA 1KXXA 1CNSA 1YKYX 1J1PY 4BAFA 1IORA 3WUNA 2HTXA 4NGKA 3EMSA 3K3TA 5E4PA 4YM8A 4B4EA 1JPOA 3AYQA 3P66A 4RDSA 4WOAA 1LMOA 1IWVA 1YQVY 4OOTA 4ETCA 1OUHA 5KY1A 4WLXA 4WM1A 2F2NA 5F9UA 5HQ1A 1D0LA 1LSMA 1UICA 1WTNA 1YKZX 3RT5X 5L9JA 1NMMA 4ETBA 2W1YA 3A94A 1YAQA 5C6IA 5FELA 1AT6A 3TXBA 1AKIA 1LHKA 4J0LA 4NSGA 3AZ7A 4PRUA 3RZ4A 4H9IA 4W94A 5LAFA 1A4VA 4B0DA 1D0MA 1LSBA 1WQOA 1IR8A 1LMAA 1ZV5L 1ZVHL 4A7DA 1GF0A 1OUDA 1LSNA 2DQCY 1DKKA 5F14A 4H9HA 1GF5A 154LA 4WO9A 4ZIXA 4HPIA 2YBLA 5ILFA 4H9CA 1ZMYL 3A95A 1C46A 2BQFA 2I25L 4GLAA 2MEIA 1OUIA 1NDMC 3WU9A 1OP9B 4PJ2C 4YEMA 1JKCA 5EBHA 4YF2A 4WL7A 1BB7A 1JEFA 2YBMA 2DQJY 4YOPA 4NGYA 4XENA 1JSFA 1AT5A 4NGWA 4NHQA 1QUTA 1LSAA 4NHSA 2CDSA 4BS7A 3A34A 2FYDA 1GB9A 2F30A 4XN6A 2NWDX 3T36A 1TDYA 3AW7A 1PZYA 4WLDA 1JWRA 4GN3A 4RW1A 4CJ2A 4NEBA 2XTHA 5I5QA 1D6PA 2LHMA 5A3ZA 5I4WA 1INUA 4NIJA 4H1PA 1GAYA 3TMXA 4W96A 1I20A 1JUGA 1JKDA 1KIPC 4PHIA 1BQLY 1IP6A 2DQDY 2BLYA 4XJHA 1XSFA 3TMUA 4M4OA 1LSGA 2W1MA 2Z2EA 1FLWA 5B07A 1LZCA 2IFFY 4L41A 2GV0A 3QNGA 2BAAA 2BQGA 3A90A 1GFVA 2H5ZA 2RSCA 4B1AA 1LYSA 4H8XA 3B72A 1BB4A 1HMKA 2DQHY 1C08C 2HECA 1SQ2L 4O34A 4OWAA 3TMVA 3D9AC 4OWCA 3LYTA 1BB6A 4N5RA 2C8PA 4DD2A 1UIFA 4PRQA 1LZNA 5K7OA 2BQOA 1G7HC 5LYZA 1EL1A 4IASA 1GHLA 5B59A 1B5WA 1QUSA 1GXV2 4G4CA 4NFVA 4NSJA 3AGHA 1W6ZA 2DQEY 1GPQC 1RE2A 5C6JA 1NWGA 1IOCA 1XGQC 1A2YC 1IC5Y 2LZTA 1UBZA 5M1YA 1GB2A 1KIQC 1LZ6A 3A96A 5APCA 3J6KA 3WU8A 4YENA 1B5YA 2YBHA 1CJ9A 2LZ2A 1LYYA 4H9EA 1VATA 4LFPA 3ZEKA 1QIOA 2ZQ4A 4Z46A 3G3AB 1BGIA 1WVVA 4LT0A 3HBEX 1RFPA 1H87A 1LHJA 3P64A 1IP4A 2Z19A 4XJFA 1B2KA 4I0CA 2Z2FA 1LZSA 5B06A 1BB3A 1NF5A 1B5ZA 1B7QA 2A7FA 1GD6A 1UIDA 4RW2A 1GFGA 5FDJA 1OUAA 3A92A 1LZGA 1CJ6A 2Z37A 1GEVA 4J1AA 3A93A 4DDAA 1GE3A 1DI3A 1I56A 1YIKA 1B0DA 2BQAA 1YAPA 1IP1A 4ETDA 5KJ9A 4GN5C 5HNLA 4ZFPA 1XEJA 1MELL 1UIEA 4DD3A 1F6SA 4EMNA 1HFYA 4D9ZA 3WXUA 1G7LC 2I6ZA 1V7TA 3ATOA 4KL7A 4I8SA 1LTMA 2VB1A 1LZ8A 5LYTA 1GFTA 3B0IA 4QGZA 1GFEA 1YROA 1UACY 1HNLA 2MEEA 3CT5A 1IP5A 1C7PA 1HSXA 1NDGC 2H9KA 2MECA 1QDRA 2BQHA 3TXHA 4LYOA 3E3DA 1J1OY 4M6DA 1IC7Y 1BVKC 1FBIX 1UUZC 4J1BA 1LHIA 2IHLA 1B5XA 1B7PA 3LYMA 4ETAA 3HFMY 1LZYA 1EQ4A 1VFBC 5B1GA 1IOSA 4R6CA 1JJ1A 1LSZA 4AGAA 1JHLA 4XJBA 4DDCA 4X3BA 4GCCA 5IHGA 5KKJA 2BQDA 5KXPA 134LA 5D5FA 5LA8A 1ZVYB 1GB0A 4OWBA 1XEIA 4OWEA 1HEWA 2YSSC 1I1ZA 4B49A 1E8LA 1BWHA 1GB6A 2G4NA 1REYA 3W6DA 3WVXA 2D4IA 1GF8A 9LYZA 5FCPA 1KXYA 1JKAA 2C8OA 1D6QA 4BAPA 1GFRA 1LSCA 1LHLA 3N9AA 1FKQA 3AZ4A 1LMTA 133LA 1HENA 2FYCA 4DWXA 1LJGA 4H94A 1QQYA 3A3QA 4G4BA 4NY5A 1BWIA 2YBJA 1LMPA 4HJYA 4NHPA 4WLTA 1LJ3A 1ALCA 1CKCA 2I26L 4OOOA 2N5ZA 4RLMA 4GCFA 2DQAA 1LSYA 2D6BA 3ZVQB 3J4GA 4XYYA 1LKRA 1TCYA 1JTPL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1V7SA 2G4PA 4W51A 3W6CA 182LA 1L85A 3AGGG 3DN1A 1OUEA 4I7RA 4N1CC 2XJWA 1NBZC 4NWHA 4WMGA 5KXRA 2D4JA 1NBYC 149LA 262LA 3LZTA 2HUBA 2F47A 4LZMA 1P56A 2DBTA 3PDSA 3WMKA 3B6LA 3UONA 3A67Y 1LMCA 3AB6A 2YDGA 5APFA 4LDOA 4WO6A 2BQJA 5FSTA 4EPIA 4TUNA 1CV3A 1OYUA 4MR1A 235LA 3HTBA 1TAYA 1IR9A 1ZWNA 223LA 1CKGA 1IC4Y 1WQMA 3C8QA 2BQCA 3GXKA 4HTKA 1D0KA 1C6EA 1L87A 4H93A 1T8FA 4ANRA 1PQKA 3EO5A 4NHTA 1PQDA 2ZILA 3P4ZA 3V2YA 217LA 1GBXA 3SB5A 1WQPA 1KNIA 1XGRC 1L36A 1DYGA 2EQLA 3LZMA 1LSFA 1L00A 4DC4A 2HEEA 3HBDA 1SSWA 1L89A 3CB7A 3ATNA 1C67A 2QB0B 2WARA 221LA 3N9EA 5KXLA 1LJFA 1QSQA 2HUMA 3WUAA 1LYZA 1QSWA 4I7PA 1WVUA 1JJ0A 254LA 1C10A 1C6LA 5A3EA 1IWUA 3CT1A 4CFPA 1DKJA 3DMXA 3P68A 2Z38A 153LA 1IP3A 1GF7A 2BQIA 4HV1A 4NGZA 3SP3A 130LA 4TSBA 4TSCA 4EKPA 2LZMA 1P2LA 2YVBA 3CQLA 3HUQA 4XJIA 1D2YA 1L35A 1LJEA 1L66A 1LZTA 4H92A 5LVIA 1DXJA 2ZYPA 3SB9A 171LA 3WULA 5II3A 1D9UA 4IATA 4H8YA 1LYHA 1VDSA 5KXKA 4LT3A 1LPIA 4H9BA 3GULA 1JTTL 1VAUA 193LA 3B0KA 3NY9A 1GBZA 1GF9A 114LA 2B6XA 118LA 1EPYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EQ5 A;  5D5C A;  1V7S A;  5LAG A;  1Z55 A;  2G4Q A;  1IY4 A;  2G4P A;  4IJ4 A;  2XBR A;  2H9J A;  3OK0 A;  4LYZ A;  4KXI A;  3W6C A;  3AGG G;  1HEO A;  4FJR A;  4HJV A;  1LZ1 A;  1GEZ A;  1OUE A;  4Z98 A;  5LYM A;  5I4X A;  4H9A A;  1IR7 A;  4N1C C;  3AW6 A;  2XJW A;  1LZ9 A;  1NBZ C;  2DKV A;  4NWH A;  194L A;  4DD7 A;  3LYZ A;  2MED A;  4WMG A;  1YKX X;  3WPL A;  1GBY A;  3IJU A;  4QY9 A;  5KXR A;  1T3P A;  2D4J A;  1NBY C;  2HEA A;  3LN2 A;  3LZT A;  1GE2 A;  2LYO A;  1F0W A;  3ULR A;  3VWO A;  2HUB A;  4ZEE A;  1QTE A;  4C5F A;  1VDQ A;  2DBT A;  4LYT A;  4XJG A;  3WMK A;  3B6L A;  4H90 A;  4PPO A;  1OUJ A;  2F4G A;  4LT1 A;  1IO5 A;  5LXW A;  4GCB A;  2BQK A;  3G3B B;  4CFO A;  3A67 Y;  7LYZ A;  2LYZ A;  4GCE A;  4ETE A;  1LKS A;  1IY3 A;  1VED A;  1LMC A;  2Q0M X;  4N0J A;  1G7J C;  1QDT A;  2HEB A;  3A91 A;  1LZ5 A;  2DQF C;  2PC2 A;  3CSZ A;  3AB6 A;  3WL2 A;  5HMJ A;  3F6Z A;  1GF4 A;  1HEM A;  1OUF A;  2YDG A;  5LVJ A;  5APF A;  1CKD A;  3TMW A;  1HEQ A;  4WO6 A;  2BQJ A;  4R0F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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