1B7PA

Verification of spmp using mutant human lysozymes
Total Genus 51

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACGLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI1 (39-42)TIV3 (86-89)TI'1 (36-39)3H4 (122-124)AH1 (5-15)TII1 (17-20)O1 (6-128)AH3 (89-101)AH2 (25-36)3H1 (20-22)TI3 (55-58)S2 (51-54)TIV1 (46-49)TI4 (60-63)TIV2 (67-70)S3 (59-60)TI5 (61-64)TII2 (70-73)TI6 (75-78)S4 (65-66)S5 (79-80)3H2 (81-84)3H3 (105-107)AH4 (110-116)TII4 (125-128)S1 (43-46)TI7 (102-105)TVIII1 (107-110)TII3 (116-119)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Experimental verification of the 'stability profile of mutant protein' (SPMP) data using mutant human lysozymes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1b7pA00
4QY9A 1YAMA 1B5UA 4BADA 2DQFC 1ZVYB 5B05A 1YQVY 1IR9A 5KKJA 4WLDA 4AXTA 4HJZA 4GN4A 1OUFA 1C43A 5E4PA 4DDBA 1LZRA 5HLLA 1BB5A 3WVYA 154LA 4H9HA 2FYDA 1CJ6A 1IWZA 4N1EI 4ZFPA 4N5RA 5FEKA 3ZEKA 1ZMYL 1DZBX 2DQCY 4ZIXA 4GLAA 2ZYPA 1KIQC 2F4AA 3A67Y 2MEGA 1IWWA 4NY5A 5I54A 1NWGA 2F4GA 4LT3A 3AGHA 4OWEA 1GFEA 1LSFA 1WQPA 1T6VL 133LA 2G4PA 5KXNA 1LMTA 3W3EA 5LA8A 2BQFA 3AGIA 4DD3A 1CJ9A 1LTMA 3W6FA 4B49A 4HPIA 1BQLY 4ETBA 3WL2A 1INUA 1JKCA 4PHIA 1B5ZA 1BB4A 5KKIA 5L9JA 5F9UA 4E3UA 1CKDA 5APEA 1IVMA 3A93A 1VDQA 1B7MA 1V7TA 1Z55A 4G4BA 3TXDA 1HEOA 1IWXA 1BB6A 2B5ZA 4DD2A 3ZVQA 1I1ZA 5LAFA 3TMVA 5LVHA 3FE0A 4WM2A 1LYSA 5IELA 4LYMA 1BB7A 1IWUA 1LYZA 1MELL 3WU8A 3AW7A 4NGLA 2BQAA 2IFFY 1LHHA 1GBSA 1JUGA 4DYGA 3E3DA 5KXLA 5L3IA 3IJVA 3P64A 4B0DA 4B4EA 3P4ZA 4G9SA 1LKRA 4LGKA 1LJIA 1WQRA 1YL0X 5LYTA 2X0AA 1IOTA 1HELA 1QSAA 4LZTA 2W1YA 3WVXA 1DI3A 1HFZA 1UACY 5LVIA 1VDTA 5FCPA 3T6UA 1LMOA 1HF4A 5HNCA 3M3UA 3WW5A 1QTKA 1QUTA 5DLAA 132LA 5IDDA 1VDSA 2GV0A 3D3DA 4UWNA 3TMXA 5KXWA 1B7LA 4X3BA 1FN5A 1CKGA 2Z37A 3WPLA 1IOCA 4NGJA 1LJ4A 1C7PA 4WLTA 4Z41A 2BQBA 1XGPC 4UWUA 4DD1A 2BQDA 1B5WA 4MR1A 4YOPA 3N9EA 3TXEA 1CKCA 3F6ZA 2HEFA 1JJ1A 1B5YA 1J1OY 1LZEA 1IY3A 3A94A 2EPEA 1B7RA 4OWBA 5HMJA 3B0OA 1ZV5L 3LYOA 2F30A 1GB6A 4J1BA 4N1CC 2BQEA 4OWCA 4QEQA 4C3WA 4WL6A 1G7LC 1GE3A 4DT3A 3LYTA 1IY4A 3AZ4A 4NGOA 1WTMA 4ET9A 1FDLY 4HJYA 4WLXA 4D9ZA 1LSNA 1LZDA 2DQIY 3OJPA 4PGJB 2D4KA 3WXUA 1IR8A 1LJ3A 1JKAA 2YBNA 1VFBC 4B4JA 4NSJA 5B1GA 1QUSA 1GPQC 1WVUA 4WO9A 1LZSA 1RCMA 1YIKA 4NHQA 3SP3A 1GF5A 4NSIA 3VWOA 3AZ7A 1OUDA 1XGTC 1BWJA 2BQOA 2Z19A 3WUAA 5LINA 1BB3A 4P2EA 2I6ZA 1GFVA 1GB5A 1GFUA 1QIOA 2I26L 1LSBA 1IEEA 2ZYCA 1G7MC 1XEIA 5I5QA 1GF7A 5HMVA 5DN5A 4Z98A 1B5VA 5APFA 3W6EA 1LYYA 1IWTA 5LAGA 193LA 1LHKA 5APDA 1F6SA 4ETEA 2BPUA 1NDGC 1QDTA 3AW6A 1NBZC 1XEJA 1OUCA 3WPKA 3CT1A 3A8ZA 3WYHA 1LAAA 5LA5A 5B06A 1TEWA 2XTHA 2D91A 4PPOA 4B1AA 2CJLA 1FKVA 1GBZA 3AGGG 2YVBA 2H5ZA 1GF3A 134LA 1IORA 3FI7A 1OUIA 3WU7A 1A2YC 208LA 2HTXA 4C5FA 4KT3A 4IASA 1B9OA 4NGVA 1GE4A 1CKHA 4G49A 4QGZA 1JITA 3RW8A 1DPWA 4LYCA 4NFVA 4WG1A 2MEIA 4NWEA 4G4HA 1YKZX 2BQMA 3LHMA 4XJHA 2A7FA 3D9AC 1GAYA 2DQAA 1LJEA 3EBAB 4TTDA 1GF8A 1HNLA 1GBOA 1YKXX 2LZTA 1LPIA 1HMLA 1OP9B 1KXWA 3LZ2A 2MECA 4KL7A 1EQ5A 5L3HA 5KXKA 4O34A 2LYMA 4OOOA 1AT5A 1NBYC 1GB2A 1B0DA 4NGZA 3WPJA 1QQYA 4NSHA 4CFPA 4IJ4A 4YEMA 4HV1A 1WQMA 3WXTA 4A7DA 2D6BA 3EXDA 4NHIA 4GN3A 4H92A 2W1XA 1A4VA 1UIGA 1JTOL 1BWIA 1DI4A 1DPXA 1GFTA 3RNXA 5LVGA 2MEAA 3EO5A 1LZNA 4GCFA 4J1AA 1LJFA 1REMA 153LA 2BQJA 2Z18A 3A91A 1UIHA 1B7OA 1HERA 1JSEA 1GF0A 1D6QA 4QDNA 1PS5A 3TXIA 3RU5A 1LZCA 1LHMA 1T3PA 3B0KA 4WM6A 4XN6A 4ET8A 1LKSA 3M18B 2LYZA 1JKDA 4NGYA 5F81A 1UC0A 4DDCA 1GXV2 8LYZA 1D6PA 1TDYA 1F6RA 4II8A 4OWAA 4XJDA 3KAMA 3WUMA 1NDMC 5APCA 1LZYA 1WTNA 1J1PY 1LJKA 4R6CA 1JJ3A 1TBYA 7LYZA 1XFPL 1XGQC 2XBRA 1C10A 4IATA 4EOFA 3CB7A 1IR7A 2Z38A 1OQMA 5M1YA 4N0JA 1SLYA 5KXRA 3B72A 2FBDA 1BHZA 4RLMA 2N5ZA 2BLYA 1IX0A 5FSTA 1JJ0A 1AT6A 2ZQ3A 4WOAA 3EMSA 1GEZA 1IP4A 2DBTA 3MGWA 4H9IA 1C45A 2LHMA 2BLXA 4WO6A 1RE2A 1GB9A 1OUJA 2HUBA 5EBHA 3TXHA 3GXKA 1B7SA 1HFYA 1GEVA 1LSGA 1LZAA 3P68A 1GE2A 4GCDA 1GWDA 3A96A 4NGWA 1AKIA 1UA6Y 1WQOA 1F0WA 2CGIA 4BS7A 2YBLA 4H91A 5J7CA 3OK0A 1B7PA 1IWYA 1IC5Y 1BWHA 1GF4A 4H9BA 3AZ5A 5KXYA 4WM5A 3J6KA 4GCCA 1LZ8A 1MLCE 3N9AA 4CJ2A 1HEQA 5B59A 1QSWA 3A34A 4LYTA 5A3EA 2RSCA 1FLYA 4R0FA 5F14A 3IJUA 3B0IA 1LMAA 4NHPA 4XYYA 3AYQA 4YF2A 2BQGA 5KY1A 1JEFA 1UCOA 5F16A 1NMMA 1UIAA 5B1FA 2ZQ4A 5A3ZA 1UICA 1YAOA 1AZFA 1HEMA 1LSMA 2Z2FA 3AZ6A 4LT0A 1REYA 4U3XB 4NGKA 2DQDY 1IIZA 3W6AA 2A7DA 1C08C 1BVXA 2XJWA 4GLVA 1GFKA 3A92A 4YEOA 3GXRA 1JKBA 3BKVA 4Z3MA 2DKVA 4AGAA 1TAYA 3HBDA 4RW1A 4TSCA 1HC0A 1GE0A 2ZNWY 5LVJA 1HEWA 2DQEY 2PC2A 5HNLA 1GB0A 4XJGA 2G4NA 1DKJA 1EL1A 4BAPA 5LXWA 1JSFA 4H9FA 5IHGA 1HFXA 1LJNA 1V7SA 2W1LA 1IOQA 2YDGA 4OOTA 5C6LA 4H94A 4J7VA 1YKYX 4RW2A 3T36A 1I56A 4NHSA 3TMUA 3AJNA 1KXXA 1W6ZA 4H8XA 1GF9A 5T3FA 4LYOA 1OUGA 2EIZC 4WG7A 1LSCA 4WM3A 1WQNA 1KIPC 4PRUA 1BGIA 4YENA 1LHJA 1GXXA 1LMPA 1GB3A 5AMYA 1GBWA 2CWIA 3WUNA 4CFOA 5DL9A 1UUZC 5C6IA 5I4XA 1VAUA 5D5FA 4HJVA 4MCKA 1AM7A 1LHIA 3A3RX 1FBIX 1G7IC 4FJRA 4ANRA 4Z46A 5C6JA 1SQ2L 4DWXA 2HU3A 1F10A 3W6DA 1O23A 1IP7A 2YBHA 1NF5A 1KIRC 1JIYA 1GFHA 1OUHA 5KXPA 1LHLA 4CHXA 4RLNA 1GFGA 1GFJA 1LJGA 4H9EA 1RI8B 2IHLA 1LYOA 1GDWA 1ZVHL 2YBJA 2HEBA 3TMWA 1HSXA 3HBEX 1B5XA 1IC4Y 2H9KA 4HV2A 1GBYA 2ZILA 1CKFA 4J0LA 1RFPA 4LYBA 2CDSA 1OUAA 2YSSC 4NGIA 5KXXA 1FLQA 4EMNA 1OUEA 1LSAA 2ZWBA 1UIBA 3BKHA 3IWRA 1QDRA 2YBIA 5I53A 4CGEA 1DQJC 1IC7Y 2HEDA 3P66A 3QY4A 4HSFA 4M6DA 1D0LA 1DXJA 2G4QA 1IO5A 2BAAA 4XJFA 2VB1A 4ZEEA 1LZBA 4FDYA 4HPEA 1LSDA 1HMKA 1JWRA 1B2KA 3RZ4A 1GHLA 5II3A 9LYZA 1LJHA 1UIFA 5F9XA 1E8LA 2BQHA 4TWSA 1HHLA 3W6CA 3ATOA 2WARA 4H9AA 1XGRC 2MEFA 3CQLA 3TXFA 3ULRA 5FHWA 2BQIA 6LYTA 1FLWA 207LA 2HU1A 3HBHA 4ETCA 5LYMA 5LIOA 1DKKA 4GCBA 5B07A 4LFPA 5KXOA 2Z12A 1LMCA 2BQNA 2F2NA 5JENB 3LZTA 4H8YA 3QE8A 1LSEA 4H9CA 4NSGA 1D0KA 4DDAA 1GE1A 3A90A 1LMQA 1HEPA 5FELA 4HP0A 4I8SA 2DQGY 1YROA 1WVVA 2EQLA 4XENA 4YM8A 5E9RA 1QTEA 1LOZA 2YBMA 3A6BY 3RT5X 3WH1A 4ETDA 2DQJY 5D5CA 1C46A 4WL7A 1H87A 1G7JC 4G4CA 4ETAA 3WU9A 5K7OA 4ML7A 2EKSC 1FKQA 1JISA 1EQ4A 2W1MA 6LYZA 3A3QA 4M4OA 2C8PA 3TXJA 2XBSA 4DC4A 4GN5C 3QNGA 5ILCA 3TXBA 1IOSA 1H6MA 3WULA 4H93A 1YL1X 1YAQA 2BQKA 1GBXA 4OW1A 1IP6A 1NHEA 1YANA 4WLYA 1OUBA 2FBBA 194LA 5KXSA 3WW6A 1GFAA 4LT1A 4W94A 1VATA 5DN4A 2LYOA 1GF6A 1HENA 2Z39A 135LA 3AB6A 1XEKA 2FYCA 2LZ2A 3J4GA 1LSPA 4H8ZA 4WM1A 3LN2A 1P2CC 4RDSA 2DQHY 4HTKA 1LZ1A 1LMNA 2MEHA 1LZGA 3B6LA 1D9UA 4UWVA 1EQEA 3TXGA 1J1XY 1GDXA 1YAPA 1TCYA 3WMKA 3CSQA 2NWDX 2MEDA 3CSZA 1NQIA 3P65A 4TSBA 5I4WA 3W6BA 1LZ4A 3LYMA 4N9RA 1JHLA 2MEEA 1LZ6A 1RJCB 4H90A 3ZVQB 1GAZA 1I20A 1LZ9A 1XSFA 3G3AB 2C8OA 1N4FA 1WQQA 4L41A 4TX7A 1DI5A 2MEBA 1JTTL 5KXZA 1LJJA 5ILFA 1YILA 1IP5A 1KXYA 1JTPL 1NKHA 1CNSA 1ALCA 4NEBA 1LSZA 2HEEA 1XGUC 3K3TA 4PRQA 3LYZA 4HTNA 1VEDA 5LVKA 5KJ9A 4W96A 3A95A 2HEAA 4I0CA 1BVKC 4XADA 4DD9A 2BQLA 4BAFA 4NIJA 1IP2A 1B7NA 4KXIA 1GD6A 4LT2A 4WMGA 2ZNXY 4LFXA 4NWHA 3TXKA 4DD0A 3A6CY 1REZA 1LZTA 4OWHA 1LSYA 1UBZA 5LYZA 1IWVA 1UIDA 1D0MA 5HQ1A 5FDJA 1JPOA 2Y8PA 2HECA 3G3BB 1CJ8A 4MSTA 1GFRA 2AUBA 4NG8A 1G7HC 1CJ7A 4KPMA 2H9JA 1B7QA 2D4JA 2D4IA 2I25L 4GCEA 2ZIJA 5KXMA 5DM9A 4LYZA 1UIEA 1FLUA 1IP3A 5KXTA 4TUNA 2Q0MX 3N9CA 2ZIKA 4HTQA 4WM4A 3ATNA 1LZ5A 4XJBA 4B4IA 1GB7A 5I4YA 3CSRA 3HFMY 4N8ZA 4NHTA 1VDPA 4DD7A 3CT5A 4NG1A 1LCNA 1HSWA 1REXA 1PZYA 1W08A 3CT0A 1IP1A 4XJIA 1GB8A 2Z2EA 2BQCA 4PJ2C 4H1PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L35A 254LA 1P46A 1B5UA 1ZVYB 4W58A 4DDBA 118LA 2OU8A 1C6CA 4H9HA 5FEKA 2B6XA 227LA 3A67Y 4YXCA 158LA 216LA 3AGHA 4LT3A 1WQPA 2G4PA 2OTYX 1T6VL 133LA 4ZPUA 1LMTA 1KY0A 4EKQA 1CJ9A 3W6FA 4HPIA 3WL2A 1L10A 5KKIA 1CU5A 3OE9A 192LA 250LA 1B7MA 1Z55A 1LYFA 220LA 4DD2A 5LAFA 3TMVA 1LYSA 5IELA 1LYZA 1MELL 212LA 1L13A 4I7OA 4DYGA 228LA 1L83A 195LA 1LMOA 1HF4A 245LA 1G0PA 197LA 5IDDA 1L61A 196LA 113LA 4WLTA 4UWUA 4DD1A 199LA 2BQDA 4PK0A 3TXEA 2HEFA 189LA 1QS9A 1IY3A 3A94A 2EPEA 5HMJA 3LYOA 2BQEA 1L03A 4ET9A 4WLXA 1LSNA 1C6DA 1LJ3A 1L60A 2YBNA 3C80A 1GPQC 3SP3A 4WO9A 3ZVQB 3AZ7A 1XGTC 1BWJA 5LINA 2Z19A 1GFVA 2I26L 2ZYCA 1XEIA 186LA 1G06A 4Z98A 232LA 5LAGA 193LA 5APDA 1D3NA 141LA 1NBZC 1QTZA 183LA 1KW7A 2XTHA 1FKVA 5LZMA 1A2YC 1L68A 4KT3A 4IASA 1B9OA 4NGVA 1GE4A 1CKHA 2RBNA 162LA 1XJTA 2MEIA 2A7FA 1GAYA 1I6SA 2LZTA 1LWKA 2MECA 5KXKA 4OOOA 1NBYC 3WPJA 4NSHA 229LA 4IAPA 1G0QA 1JSEA 1GF0A 1D6QA 4QDNA 1PS5A 3RU5A 4WM6A 1LHMA 3VW7A 1L23A 8LYZA 4OWAA 1TDYA 4XJDA 1QTVA 3HTFA 1WTNA 1J1PY 1L45A 1LJKA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QY9 A;  1YAM A;  1B5U A;  4BAD A;  2DQF C;  1ZVY B;  5B05 A;  1YQV Y;  1IR9 A;  5KKJ A;  4WLD A;  4AXT A;  4HJZ A;  4GN4 A;  1OUF A;  1C43 A;  5E4P A;  4DDB A;  1LZR A;  5HLL A;  1BB5 A;  3WVY A;  154L A;  4H9H A;  2FYD A;  1CJ6 A;  1IWZ A;  4N1E I;  4ZFP A;  4N5R A;  5FEK A;  3ZEK A;  1ZMY L;  1DZB X;  2DQC Y;  4ZIX A;  4GLA A;  2ZYP A;  1KIQ C;  2F4A A;  3A67 Y;  2MEG A;  1IWW A;  4NY5 A;  5I54 A;  1NWG A;  2F4G A;  4LT3 A;  3AGH A;  4OWE A;  1GFE A;  1LSF A;  1WQP A;  1T6V L;  133L A;  2G4P A;  5KXN A;  1LMT A;  3W3E A;  5LA8 A;  2BQF A;  3AGI A;  4DD3 A;  1CJ9 A;  1LTM A;  3W6F A;  4B49 A;  4HPI A;  1BQL Y;  4ETB A;  3WL2 A;  1INU A;  1JKC A;  4PHI A;  1B5Z A;  1BB4 A;  5KKI A;  5L9J A;  5F9U A;  4E3U A;  1CKD A;  5APE A;  1IVM A;  3A93 A;  1VDQ A;  1B7M A;  1V7T A;  1Z55 A;  4G4B A;  3TXD A;  1HEO A;  1IWX A;  1BB6 A;  2B5Z A;  4DD2 A;  3ZVQ A;  1I1Z A;  5LAF A;  3TMV A;  5LVH A;  3FE0 A;  4WM2 A;  1LYS A;  5IEL A;  4LYM A;  1BB7 A;  1IWU A;  1LYZ A;  1MEL L;  3WU8 A;  3AW7 A;  4NGL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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