1B7SA

Verification of spmp using mutant human lysozymes
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGASNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Experimental verification of the 'stability profile of mutant protein' (SPMP) data using mutant human lysozymes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Mutant stability
source organism Homo sapiens
total genus 47
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1b7sA00
3G3BB 4Z46A 1IWTA 3P65A 4GCFA 3OJPA 3RU5A 2YBLA 4GLAA 3RNXA 5KXTA 1I56A 1LMQA 1LZDA 2IFFY 4H9AA 5APCA 1C08C 5LA5A 1LOZA 1JJ3A 2D4JA 2H9JA 5KXRA 2Z12A 1JUGA 4GLVA 4BS7A 1LSGA 1T6VL 1V7TA 3A3RX 1D0MA 1LHHA 2BLXA 2ZWBA 1AT5A 4N9RA 1UC0A 3LYMA 4YENA 2BQFA 2Z2FA 4IJ4A 1LZSA 1IWUA 5FELA 3AW6A 2Y8PA 1LJGA 1LJJA 2HEAA 2ZQ3A 4GN5C 2FYCA 1F10A 1UIGA 3OK0A 4B0DA 1YL0X 4NHPA 1NF5A 4DD3A 2BQGA 1YKZX 1LPIA 5A3EA 2BQNA 5L3HA 4HV1A 5KXKA 3G3AB 2ZIKA 5KXMA 3TXKA 1LMOA 3AGHA 3VWOA 132LA 1CKGA 1LSCA 1JKBA 3A6CY 4LYTA 4N0JA 5F9XA 3W6DA 1EQ5A 4DDAA 3WULA 1GE3A 1SLYA 1LYOA 4U3XB 1LZBA 1WTNA 4XJBA 4G4HA 1REMA 1JEFA 1LYZA 1B5XA 1HEQA 1IOSA 4DDBA 1C7PA 1F6RA 1BB3A 5DN4A 5I4YA 1BB6A 1HERA 5F9UA 2YVBA 1DXJA 1LKSA 3GXKA 5APEA 3MGWA 2Z18A 3ZVQA 5ILFA 3HBHA 4HTQA 4QY9A 3RZ4A 1GB7A 1GFKA 3AZ7A 2Z2EA 3WYHA 4MR1A 3WXTA 1B7QA 4NG8A 1LJKA 1NWGA 3LYZA 4LZTA 1IWZA 4LYCA 1JKAA 4XJGA 1GFGA 2F2NA 2YBHA 2D4IA 3AGGG 3HFMY 1GE0A 1LHIA 5F81A 2BQMA 1XEKA 4LGKA 1IVMA 4YEMA 1QSWA 4ET9A 5B1GA 4DC4A 1AT6A 1RE2A 1XGTC 3WVXA 1JJ0A 1HEWA 2MEIA 1JPOA 2EQLA 2BAAA 1DQJC 4TSBA 2IHLA 4WO9A 2DKVA 1LHLA 5B05A 1GFRA 2I26L 4RLMA 3A91A 1NBYC 5II3A 1FLQA 1XGUC 3B6LA 3WL2A 1LYSA 1G7JC 207LA 3HBEX 4MCKA 4LT0A 4R0FA 4TWSA 5KY1A 2BQDA 1RCMA 1CJ8A 1LJIA 3M3UA 4RLNA 5C6IA 1AM7A 1AKIA 4OWEA 1VDPA 4W94A 4H9FA 1LZYA 4NSIA 1DI3A 2FBBA 3J4GA 3M18B 3N9AA 4G4CA 1LMNA 2MEHA 3WW5A 4H9EA 2DQIY 1HMKA 1YQVY 3QE8A 1INUA 5KXZA 1VATA 1T3PA 1F6SA 2F4AA 5KXPA 1OUDA 5FDJA 1IC7Y 3EBAB 2YBMA 4NGJA 4A7DA 5L9JA 1QDRA 4OOTA 4H9HA 1B7LA 3D9AC 1LJNA 3LHMA 5T3FA 1REZA 5IDDA 1LZCA 1LCNA 1BB4A 2BQOA 4LT1A 1LMTA 3LN2A 1UIDA 1WQRA 4GCEA 1I20A 4WG1A 5KXOA 1GB0A 2DQFC 1YL1X 4J1BA 4DWXA 4HPIA 1WQNA 3CSQA 2B5ZA 1C45A 1GF5A 2D91A 4C3WA 1C43A 1IP5A 2LYZA 2BQKA 4MSTA 4WLYA 1F0WA 1WVUA 1HC0A 1V7SA 1FLWA 3TMWA 1JSFA 4M4OA 1IWYA 1LZGA 1EQ4A 1XGQC 4PJ2C 3IWRA 4OWBA 4WM2A 4PRUA 4H92A 4H94A 1FBIX 2MEFA 2HECA 4DDCA 1XEIA 2N5ZA 1OUIA 4LYMA 2Z19A 1HEMA 3A90A 1LJEA 4ETBA 1GFTA 1C10A 2W1YA 4YEOA 1GB3A 1B5VA 5I53A 5IELA 1BGIA 1IP4A 1HSXA 1LSNA 2Z38A 4EOFA 3LZ2A 1LSMA 1UICA 1XGPC 1XSFA 5KXWA 4NHTA 1LSYA 4KL7A 3WU8A 1OUAA 1WQQA 4NGVA 1IR8A 3A94A 4QEQA 1LZ8A 4XN6A 2W1LA 1P2CC 3W6FA 2F4GA 1LHJA 4UWUA 5B06A 1IIZA 5FCPA 1IP6A 4WO6A 1ZVYB 1GD6A 4WLTA 5E4PA 4C5FA 1PS5A 3WPKA 1NDGC 2CGIA 4B49A 2WARA 5LINA 2ZILA 1UIBA 2HTXA 4WM4A 3AJNA 3W6BA 1Z55A 4HTNA 4LYZA 4DD1A 2FBDA 1GBZA 1KIRC 1GDWA 2MEDA 1AZFA 4LYBA 1OUCA 1QUTA 1GEVA 1JHLA 1GBYA 1GFHA 2G4PA 1WVVA 4IATA 5KKJA 5FSTA 1LSEA 1MELL 5IHGA 2LZ2A 2BQCA 1D0KA 2MEAA 4GN3A 4NFVA 1B7RA 1OUEA 1YIKA 2Z37A 1UACY 4H9IA 2XBSA 1FKQA 4I8SA 1C46A 2LHMA 4NWEA 3TXFA 3J6KA 4UWVA 4XJHA 4CFPA 4OWCA 4NGLA 3WUAA 1NBZC 1GFAA 2YBJA 4XJIA 3LZTA 1LZRA 5HMJA 3SP3A 1GDXA 1N4FA 4Z98A 1KXYA 1GAZA 5D5FA 5DM9A 194LA 134LA 1NHEA 1QIOA 4ANRA 7LYZA 5LYTA 3F6ZA 3A95A 1KXXA 2EKSC 2ZNWY 4PPOA 4HP0A 5LVIA 6LYZA 3IJVA 2HU3A 1JTTL 2ZQ4A 4KPMA 4KT3A 4ZFPA 1B9OA 1GB9A 3ATNA 4NEBA 1HEOA 1QTEA 5KKIA 1GFJA 3ZVQB 1CJ6A 4N8ZA 4N1CC 4NSJA 3W6CA 1DPXA 2A7FA 2W1XA 2HUBA 1J1OY 3AW7A 4NHQA 1IP3A 4AXTA 1UBZA 4WMGA 5J7CA 4DD7A 4W96A 3WXUA 4XENA 4NHSA 2BQBA 1IWWA 1GEZA 4DT3A 3WH1A 4P2EA 1JIYA 3AB6A 1LSAA 3WU7A 4Z3MA 1A4VA 4HJYA 3TXBA 3KAMA 1JKDA 4Z41A 3W6EA 5D5CA 4NGYA 3QY4A 2HEFA 3A92A 154LA 3EMSA 1NQIA 4H9CA 4DD2A 1GBOA 4WOAA 6LYTA 1CJ9A 1LKRA 1VFBC 1YAPA 1TBYA 3LYOA 4J7VA 5DLAA 4N1EI 4ETCA 1GHLA 2MEGA 1G7LC 4HSFA 2F30A 3WW6A 5KXXA 1GF8A 1HF4A 1VEDA 4L41A 4R6CA 3TXHA 1UUZC 1A2YC 1IR7A 4G4BA 3CSZA 1GE4A 2BPUA 2ZNXY 4ZEEA 4ET8A 1LZ6A 4TTDA 1XGRC 1IY4A 4CGEA 4H8YA 4NGWA 1KXWA 2CJLA 3ZEKA 1B5YA 1HFZA 1GAYA 1LSZA 2BLYA 1GFVA 1TDYA 1YROA 4NGIA 3TMUA 1HSWA 1RJCB 1BHZA 3A6BY 1FDLY 4FDYA 1GFEA 4HJVA 3WU9A 5LIOA 5HNCA 5AMYA 4NWHA 193LA 4WM6A 1DKKA 2LZTA 4DYGA 1LSDA 2ZYCA 4WLXA 4RDSA 1VDSA 4XJFA 1YAOA 2DQEY 2DQDY 4NSGA 3N9CA 1GB2A 1LZNA 2YBNA 1I1ZA 1JTOL 1QSAA 1LMCA 3AZ5A 1GPQC 1W6ZA 2HEEA 5LA8A 8LYZA 1J1PY 4X3BA 5EBHA 1VDTA 4WM5A 1H6MA 1B0DA 1LZ5A 4B4IA 1LJ3A 1QUSA 1LHMA 2I6ZA 4FJRA 1NKHA 4B1AA 1BWJA 1JSEA 4G49A 2A7DA 4DD0A 5HLLA 3A8ZA 4II8A 3TMVA 5I4XA 3TMXA 5M1YA 1IOTA 4GN4A 4PRQA 5DL9A 5LYMA 2VB1A 1BWHA 4O34A 1XEJA 1LZ4A 1OUJA 2BQAA 1LJFA 2EPEA 4I0CA 1UCOA 1JITA 1LSBA 5E9RA 2DQCY 5LAFA 1G7IC 2YSSC 4G9SA 1GXXA 3N9EA 1DPWA 4TSCA 2HEDA 4BAFA 1LTMA 1B7MA 1IC4Y 2HEBA 1LZAA 4YF2A 2H5ZA 5I5QA 4M6DA 1GF7A 1GB8A 1GE2A 4UWNA 5LAGA 1UIFA 1NDMC 5LVKA 3GXRA 3A67Y 4WL6A 5HMVA 3E3DA 1YANA 1B7OA 1FN5A 1IWVA 4GCCA 1D6QA 4ETEA 3W3EA 1FKVA 1MLCE 2YDGA 3CSRA 1CJ7A 1BWIA 1HEPA 1OUBA 2NWDX 1YILA 4BADA 1NMMA 1CKFA 1ZV5L 3CT5A 2DQGY 4QDNA 1D6PA 4H1PA 4NGOA 2PC2A 2XBRA 4HJZA 1IP2A 4H93A 4OW1A 1LZ9A 1LYYA 1XFPL 2W1MA 5F16A 1IWXA 1IR9A 2YBIA 2D4KA 4H8ZA 2Q0MX 2XJWA 2XTHA 1QDTA 4HTKA 4D9ZA 1GBWA 1B7NA 5B07A 2DQHY 2HU1A 4XADA 5APDA 3ATOA 5KXLA 1LSFA 4J0LA 1UIAA 4XJDA 1LJHA 4OWAA 2BQEA 1SQ2L 3WPLA 4CFOA 1OP9B 4LT3A 4RW1A 1IP1A 1LZEA 4YM8A 3WUMA 1WTMA 5JENB 1B2KA 5LYZA 5LVJA 2MECA 1JWRA 1DZBX 4NGZA 5APFA 3TXGA 4HV2A 2ZIJA 5B59A 3QNGA 1DKJA 1B7SA 1B7PA 3IJUA 4ML7A 4WM3A 1BVXA 4WM1A 1YKXX 2RSCA 1OUFA 2C8PA 3W6AA 1IY3A 2D6BA 3D3DA 5FHWA 208LA 2LYOA 3B0OA 5HNLA 4ETDA 2BQLA 1O23A 1GWDA 1LJ4A 3K3TA 3HBDA 2BQIA 2MEBA 3B0IA 4ETAA 5A3ZA 4PHIA 1H87A 1B5WA 1TEWA 1TAYA 5F14A 4TX7A 1HELA 1GB5A 1DI5A 3CT1A 3LYTA 5I4WA 1IP7A 3EXDA 2DQJY 133LA 5K7OA 1B5UA 3CQLA 4NGKA 1GF3A 2Z39A 1HMLA 5KJ9A 5HQ1A 1LZ1A 3WUNA 2LYMA 1OUHA 4H9BA 2ZYPA 4WL7A 2G4QA 1JJ1A 1G7MC 1EQEA 1GF0A 1EL1A 4IASA 4WLDA 4KXIA 1HNLA 1RFPA 2DBTA 2EIZC 1B5ZA 4EMNA 5C6LA 4GCBA 4LFXA 1WQPA 1GBSA 1YAMA 3A3QA 4PGJB 4LT2A 1LAAA 1QQYA 1WQOA 3A96A 3CB7A 1FLYA 3AGIA 3RW8A 4J1AA 3TXIA 1QTKA 1LMAA 1DI4A 4LFPA 3CT0A 3B72A 1D0LA 2BQHA 2C8OA 4H8XA 1JISA 3FE0A 4NG1A 3T6UA 4CHXA 4ZIXA 1IX0A 1YKYX 4YOPA 1REYA 1KIPC 2MEEA 4TUNA 5LXWA 1FLUA 5I54A 2I25L 3B0KA 1HFYA 4OOOA 3AZ6A 1D9UA 1GB6A 3FI7A 3TXJA 4AGAA 4NIJA 3BKVA 2AUBA 1HFXA 4NSHA 1OQMA 1CKHA 9LYZA 1REXA 5FEKA 3WPJA 1ALCA 1PZYA 4H90A 1TCYA 1KIQC 1IO5A 1IC5Y 1IEEA 2DQAA 5DN5A 3RT5X 4B4JA 1HENA 4XYYA 5KXSA 1LSPA 5LVGA 153LA 1CNSA 3TXEA 4GCDA 3EO5A 1ZVHL 4QGZA 1OUGA 5KXNA 1HHLA 1GE1A 1BQLY 1YAQA 4B4EA 3TXDA 4LYOA 3WMKA 2CWIA 1VAUA 4BAPA 1J1XY 5ILCA 3WVYA 2X0AA 1CKDA 4DD9A 2FYDA 1CKCA 1IOCA 2BQJA 1GF9A 1GF6A 3P66A 4H91A 5L3IA 1IOQA 4HPEA 1E8LA 1BB7A 1JTPL 1ZMYL 3AZ4A 4WG7A 4RW2A 1UIHA 3AYQA 1IORA 4CJ2A 1G7HC 135LA 1BB5A 1RI8B 3ULRA 5LVHA 1LMPA 4NY5A 2GV0A 4NHIA 3P64A 1BVKC 5B1FA 5C6JA 1UIEA 1GBXA 3BKHA 4E3UA 1W08A 1JKCA 3P68A 2H9KA 3T36A 1UA6Y 3A34A 3P4ZA 1GXV2 4OWHA 1GFUA 1WQMA 1LHKA 1GF4A 3A93A 4N5RA 2G4NA 1LZTA 5KXYA 2CDSA 1VDQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C81A 3GUMA 4GLAA 4PK0A 256LA 187LA 2IFFY 1SWZA 2RH1A 4H9AA 5APCA 1C08C 1LOZA 1JJ3A 5KXRA 2Z12A 4GLVA 1LSGA 3LYMA 2Z2FA 1L01A 3HT7A 1C6NA 2O4WA 2OTZX 148LE 3HTBA 5A3EA 5L3HA 249LA 4HV1A 2RAYX 1LSCA 3A6CY 1LYOA 1LZBA 4G4HA 1LYZA 1HEQA 3FI5A 1F6RA 1HERA 5F9UA 1C6TA 1CTWA 2Z2EA 234LA 1B7QA 3G3VA 2QB0B 189LA 4LZTA 1IWZA 4LYCA 4XJGA 3AGGG 1LI2A 1XEKA 4LGKA 4E97A 1AT6A 1XGTC 3WVXA 1JJ0A 4ARMA 1LWGA 3L64A 1LHLA 1L71A 4RLMA 107LA 110LA 1XGUC 1P3NA 4TWSA 4R0FA 1L97A 1LJIA 2Q9EA 5C6IA 1AM7A 2OTYX 4G4CA 2FBBA 1L85A 1L81A 5KXPA 1L22A 1OUDA 4NGJA 4A7DA 5L9JA 4OOTA 1G0KA 2BQOA 4GCEA 1UIDA 4ARQA 1L32A 2Z6BA 1NHBA 2D91A 1IP5A 2LC9A 151LA 1HC0A 1V7SA 1JSFA 1OWYA 4M4OA 247LA 1LZGA 4PJ2C 4WM2A 1FBIX 2MEFA 4LYMA 2Z19A 3A90A 1LJEA 4ETBA 1C10A 2W1YA 1B5VA 1D2YA 1IP4A 1BGIA 2Z38A 1UICA 3DN3A 1LSYA 1L49A 3WU8A 1WQQA 1QT4A 2F4GA 1IIZA 4WO6A 1ZVYB 258LA 4B49A 5LINA 4LYZA 4DD1A 3G3XA 1GBZA 3CDVA 3HDEA 1GBYA 4EPIA 1GFHA 2LZ2A 2MEAA 1D0KA 1L06A 4I8SA 3HUAA 1C46A 1L60A 2LHMA 4NWEA 140LA 3J6KA 4UWVA 2OU0X 3HTGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3G3B B;  4Z46 A;  1IWT A;  3P65 A;  4GCF A;  3OJP A;  3RU5 A;  2YBL A;  4GLA A;  3RNX A;  5KXT A;  1I56 A;  1LMQ A;  1LZD A;  2IFF Y;  4H9A A;  5APC A;  1C08 C;  5LA5 A;  1LOZ A;  1JJ3 A;  2D4J A;  2H9J A;  5KXR A;  2Z12 A;  1JUG A;  4GLV A;  4BS7 A;  1LSG A;  1T6V L;  1V7T A;  3A3R X;  1D0M A;  1LHH A;  2BLX A;  2ZWB A;  1AT5 A;  4N9R A;  1UC0 A;  3LYM A;  4YEN A;  2BQF A;  2Z2F A;  4IJ4 A;  1LZS A;  1IWU A;  5FEL A;  3AW6 A;  2Y8P A;  1LJG A;  1LJJ A;  2HEA A;  2ZQ3 A;  4GN5 C;  2FYC A;  1F10 A;  1UIG A;  3OK0 A;  4B0D A;  1YL0 X;  4NHP A;  1NF5 A;  4DD3 A;  2BQG A;  1YKZ X;  1LPI A;  5A3E A;  2BQN A;  5L3H A;  4HV1 A;  5KXK A;  3G3A B;  2ZIK A;  5KXM A;  3TXK A;  1LMO A;  3AGH A;  3VWO A;  132L A;  1CKG A;  1LSC A;  1JKB A;  3A6C Y;  4LYT A;  4N0J A;  5F9X A;  3W6D A;  1EQ5 A;  4DDA A;  3WUL A;  1GE3 A;  1SLY A;  1LYO A;  4U3X B;  1LZB A;  1WTN A;  4XJB A;  4G4H A;  1REM A;  1JEF A;  1LYZ A;  1B5X A;  1HEQ A;  1IOS A;  4DDB A;  1C7P A;  1F6R A;  1BB3 A;  5DN4 A;  5I4Y A;  1BB6 A;  1HER A; 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 4LFP A;  3CT0 A;  3B72 A;  1D0L A;  2BQH A;  2C8O A;  4H8X A;  1JIS A;  3FE0 A;  4NG1 A;  3T6U A;  4CHX A;  4ZIX A;  1IX0 A;  1YKY X;  4YOP A;  1REY A;  1KIP C;  2MEE A;  4TUN A;  5LXW A;  1FLU A;  5I54 A;  2I25 L;  3B0K A;  1HFY A;  4OOO A;  3AZ6 A;  1D9U A;  1GB6 A;  3FI7 A;  3TXJ A;  4AGA A;  4NIJ A;  3BKV A;  2AUB A;  1HFX A;  4NSH A;  1OQM A;  1CKH A;  9LYZ A;  1REX A;  5FEK A;  3WPJ A;  1ALC A;  1PZY A;  4H90 A;  1TCY A;  1KIQ C;  1IO5 A;  1IC5 Y;  1IEE A;  2DQA A;  5DN5 A;  3RT5 X;  4B4J A;  1HEN A;  4XYY A;  5KXS A;  1LSP A;  5LVG A;  153L A;  1CNS A;  3TXE A;  4GCD A;  3EO5 A;  1ZVH L;  4QGZ A;  1OUG A;  5KXN A;  1HHL A;  1GE1 A;  1BQL Y;  1YAQ A;  4B4E A;  3TXD A;  4LYO A;  3WMK A;  2CWI A;  1VAU A;  4BAP A;  1J1X Y;  5ILC A;  3WVY A;  2X0A A;  1CKD A;  4DD9 A;  2FYD A;  1CKC A;  1IOC A;  2BQJ A;  1GF9 A;  1GF6 A;  3P66 A;  4H91 A;  5L3I A;  1IOQ A;  4HPE A;  1E8L A;  1BB7 A;  1JTP L;  1ZMY L;  3AZ4 A;  4WG7 A;  4RW2 A;  1UIH A;  3AYQ A;  1IOR A;  4CJ2 A;  1G7H C;  135L A;  1BB5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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