1BB7A

Lysozyme complex with 4-methyl-umbelliferyl chitobiose
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVYDRCELARALKASGMDGYAGNSLPNWVCLSKWESSYNTQATNRNTDGSTDYGIFQINSRYWCDDGRTPGAKNVCGIRCSQLLTDDLTVAIRCAKRVVLDPNGIGAWVAWRLHCQNQDLRSYVAGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural studies on the binding of 4-methylumbelliferone glycosides of chitin to rainbow trout lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
total genus 51
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-04-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1bb7A00
2LYZA 1IX0A 3LHMA 2FYCA 3W6EA 1UA6Y 1F6RA 1E8LA 2DQFC 5KXSA 1HMLA 5HMVA 132LA 1REMA 2Z39A 1G7JC 1OUIA 4LYBA 3W6DA 3B0KA 1HEOA 1YILA 2Z12A 1RCMA 1YKXX 1REYA 4XJHA 5HNCA 4J7VA 1XEKA 4DDCA 1QUTA 1OQMA 1BWHA 4RLNA 2B5ZA 1GHLA 1JWRA 4DYGA 4H1PA 4WG1A 4WLXA 4H8YA 1B7QA 5KXKA 1XSFA 1JISA 193LA 5A3EA 1TCYA 4WM3A 4LZTA 5LVIA 3WUAA 1XFPL 1QDTA 1HENA 1WTMA 3BKVA 1LZ9A 3HFMY 3P68A 4LGKA 4NHSA 1DXJA 5LVHA 1AZFA 1A2YC 1YL1X 1NBYC 1GB8A 3F6ZA 4NG8A 1WQNA 5KY1A 1UC0A 1LZ8A 4PGJB 5KXPA 4H94A 4H92A 1KXXA 5I4WA 1G7LC 4XYYA 1LJHA 4YM8A 1LZRA 4AGAA 1LZAA 2BQCA 1XEIA 4PHIA 3WXTA 1LKSA 1NDMC 4B1AA 1GE0A 1ZV5L 2F30A 1GF8A 2MEDA 5KKJA 1AKIA 4RDSA 4WG7A 1UIGA 3SP3A 3AYQA 133LA 2DKVA 3EO5A 2DQEY 5KXNA 1JTPL 4B49A 1HSXA 5APDA 1BB6A 4Z41A 1GFJA 4C5FA 4DD7A 3N9CA 1VAUA 1IWZA 3TXHA 2CDSA 5FEKA 4HJYA 2G4PA 2H9JA 1FKQA 4W94A 1EQ5A 3WVXA 4BAPA 1LMQA 1ZVHL 3B72A 1F10A 1GBYA 1GB3A 4N8ZA 4PPOA 1CJ7A 2BQLA 2CGIA 1I1ZA 2MECA 2YVBA 5LA5A 2Z19A 1JKDA 1CJ9A 1IOSA 4LFPA 1GFHA 2HEFA 4A7DA 5D5CA 4CFOA 1D0MA 2BAAA 3LYZA 1WVVA 5LAFA 1GFUA 1IORA 4H8XA 4DWXA 2YBNA 4TX7A 3WPJA 1YIKA 4J1BA 4CJ2A 1D0LA 1I20A 2A7FA 2BQMA 1P2CC 1B0DA 4GCCA 4NHQA 5LYTA 1JITA 3TXKA 1EL1A 5F9UA 3TMXA 4HV1A 1DI4A 1GFKA 1IR7A 4IJ4A 1GXXA 5AMYA 1LSBA 4HV2A 2BQHA 1B7LA 1PZYA 3HBDA 1C08C 3BKHA 5F16A 5KXYA 1WQPA 3W6AA 4CFPA 134LA 1SLYA 4CHXA 2HUBA 2BQBA 1RFPA 5KXTA 4NHTA 1GWDA 4NG1A 1OP9B 5L3HA 1AT5A 3A6CY 3AJNA 1WQMA 4DDAA 5KJ9A 4NGJA 194LA 1LZ5A 1G7HC 1LSNA 2VB1A 3OJPA 3TXBA 5IELA 2DQDY 1IIZA 1BB3A 2G4QA 4NHIA 4ET9A 1GB6A 5APEA 5EBHA 2EKSC 1LZ6A 4R0FA 3FE0A 3E3DA 1EQ4A 2CJLA 3RNXA 1LJKA 1DPXA 1DQJC 4GLAA 4EMNA 1JTTL 2YDGA 5B59A 1B2KA 207LA 2LZ2A 1HEMA 153LA 1BGIA 1H87A 1B7RA 3CB7A 1LZ4A 5B1FA 2BLYA 4NGIA 1UICA 1YAMA 4OW1A 1DKJA 3D9AC 3P66A 1HHLA 3B0IA 3A95A 2LYMA 5C6LA 1GBOA 4H9BA 1REZA 7LYZA 3M18B 4TSCA 3WH1A 4UWUA 1LJJA 1LZYA 1GF3A 1ZVYB 4G49A 2IHLA 2FYDA 4WMGA 4XJBA 4YENA 5FDJA 1C43A 1LZGA 2Z38A 1AM7A 1JKAA 1JSEA 1I56A 1IC7Y 3WVYA 2BQDA 4GCDA 1GBXA 1BHZA 4KL7A 5DLAA 3CSQA 4NY5A 2BQJA 3LYTA 4J1AA 5KXLA 3P64A 1IP3A 3T36A 1LMAA 4LYOA 1A4VA 1C10A 1LHKA 4H9AA 1DI5A 1YKYX 1TEWA 5HLLA 1HEWA 1YROA 3AB6A 1GF6A 5B07A 1IY3A 1UIBA 4HTNA 3WPLA 2YBMA 1GEZA 2ZWBA 4OWBA 3A3QA 2I26L 5HNLA 1JKBA 4ETDA 4G4BA 2YSSC 1B7PA 1IOCA 1G7MC 1GF9A 2Q0MX 2ZNXY 1GB0A 1IP2A 4NSJA 3IJVA 2BPUA 3AZ4A 1LZBA 4HJZA 1GBZA 2YBIA 5J7CA 1TBYA 1LJFA 3A96A 5L9JA 4L41A 4GN5C 5KXXA 2FBBA 2N5ZA 1B7SA 4XADA 3WULA 1IEEA 1CKFA 4HJVA 3QY4A 1IWWA 4H91A 3B0OA 4RW1A 4BAFA 3RU5A 4E3UA 1UUZC 1YAPA 2WARA 4WLYA 2ZIJA 4QGZA 1LYSA 3M3UA 1D6PA 1CKDA 3ZVQB 1JKCA 1GF0A 1KIQC 2ZYCA 3LYMA 1GF5A 4FJRA 2BQOA 2XBSA 4WOAA 5C6JA 4N0JA 3AGIA 5II3A 4XJDA 208LA 5DM9A 3WU9A 3LZ2A 4DD2A 1OUBA 1VDSA 6LYZA 2HU3A 4M4OA 1NMMA 4DT3A 1IOQA 2PC2A 1GF7A 4NGZA 1OUGA 2DBTA 1KIPC 5KXZA 2Z37A 3ATNA 4OOTA 4G4HA 1LJIA 1JTOL 1LOZA 2AUBA 2C8OA 2NWDX 5DN4A 1NBZC 4U3XB 2DQHY 1DPWA 2MEBA 4NGKA 2RSCA 4QEQA 3RT5X 5LYZA 3A91A 4I8SA 1IP6A 1J1XY 1GE2A 1LSAA 1LSGA 1LZEA 3A34A 4FDYA 5K7OA 1YAQA 1HEQA 4J0LA 3G3BB 1D6QA 2Z2FA 1LYZA 4NGWA 2D4IA 1FN5A 3CQLA 2W1XA 3A8ZA 4H93A 1GDXA 4H9IA 4LT2A 2ZQ3A 4ETCA 4GN3A 5LA8A 5L3IA 5ILFA 1LSPA 1UCOA 1QSAA 1YKZX 2W1LA 3CSRA 1HELA 1VDQA 1GDWA 1WQOA 4NFVA 5F14A 4II8A 1WVUA 2BLXA 1XGQC 1GD6A 4UWNA 3J4GA 4YEMA 1BB5A 1MLCE 1RJCB 1B5WA 4DD3A 4R6CA 4C3WA 4YOPA 3W6BA 5LINA 4NGVA 4GN4A 2MEAA 2Z18A 4WO6A 1IP1A 1NQIA 4Z3MA 1JPOA 3QNGA 2DQCY 4N1EI 5KXOA 1IWVA 1GF4A 1F0WA 2DQAA 1T3PA 4MSTA 3N9AA 4XJFA 3KAMA 3TMVA 1LJEA 1B5UA 2XTHA 1VEDA 1VDTA 5JENB 1OUDA 2BQIA 3WUNA 1TAYA 4LFXA 1LMOA 1UBZA 4HPIA 4LT1A 4D9ZA 9LYZA 1LTMA 3HBHA 1IP4A 1IY4A 1LMPA 1XEJA 3CT5A 5B05A 1LYYA 1D9UA 4H9EA 4B0DA 1OUEA 4GCEA 4GLVA 4OWAA 2MEFA 1C45A 3A67Y 3A90A 2LYOA 3TXIA 4NWEA 2CWIA 1IC5Y 3G3AB 3ULRA 1LJ3A 1B9OA 2ZYPA 1TDYA 1JJ3A 1B7OA 2HEDA 4MR1A 2X0AA 4RW2A 1BQLY 2D4KA 3GXRA 1GFTA 2W1MA 4WLTA 5C6IA 3D3DA 4AXTA 4N9RA 1GXV2 2BQAA 1OUAA 1UACY 3K3TA 3WW6A 5IHGA 2W1YA 4TWSA 3AW7A 1VATA 4M6DA 1CKGA 4LT3A 4WM4A 1F6SA 3P65A 1FLWA 1QIOA 4UWVA 4NSIA 2FBDA 2H5ZA 3A93A 1YL0X 4HTKA 2DQJY 1GE4A 5A3ZA 1NWGA 1IWUA 4DDBA 1B5ZA 1HNLA 4XN6A 1CJ8A 1QSWA 3QE8A 3TXDA 5FSTA 2D4JA 4H8ZA 4NIJA 1AT6A 1IC4Y 1IR8A 4NGLA 5E9RA 3WYHA 4NHPA 3WU7A 3W6CA 3N9EA 4NSGA 3IWRA 3A94A 3WPKA 1YANA 2C8PA 2LHMA 4B4IA 2MEHA 1FLUA 2LZTA 1LZ1A 3AGGG 1KXWA 1V7SA 4NGYA 1LHJA 1OUHA 4LT0A 4QDNA 1BVXA 3A6BY 5FELA 4GCBA 4PRQA 2YBJA 3MGWA 4BADA 1LZTA 1OUFA 2BQFA 1FKVA 3FI7A 4OOOA 4TUNA 1MELL 2ZILA 4DD1A 1IVMA 4PJ2C 5LIOA 5I5QA 1OUCA 1WQQA 2BQEA 1GB9A 2H9KA 4EOFA 1JHLA 3EMSA 3AZ5A 4YF2A 1J1OY 1LSDA 1DI3A 1LJ4A 4ML7A 4TTDA 3HBEX 1LSFA 4WM6A 1FLQA 2DQIY 2BQGA 4N5RA 2BQKA 5ILCA 2DQGY 1ALCA 1XGUC 3TXEA 5M1YA 3W3EA 5KXMA 1BB7A 3ZVQA 2F4AA 1VDPA 1LSYA 1LCNA 3B6LA 2ZIKA 5F9XA 5E4PA 1T6VL 4WM1A 3AGHA 1LAAA 4H90A 3RZ4A 2F2NA 4OWCA 1CKCA 4G4CA 1LZCA 4QY9A 3EXDA 2A7DA 3ATOA 1BVKC 1H6MA 4KPMA 4OWHA 5I54A 1QDRA 1GAYA 1LJGA 1QQYA 1UIDA 4NWHA 5DN5A 1INUA 1NF5A 1VFBC 3LYOA 1RI8B 4LYMA 1GBSA 1LZDA 1IP5A 5IDDA 4LYTA 1D0KA 1DZBX 2ZQ4A 1SQ2L 1QTEA 4Z46A 3TXGA 2HEEA 3T6UA 1GFGA 1UIAA 2XJWA 1LZNA 2XBRA 4NSHA 1XGTC 2MEIA 1LPIA 4B4EA 4ZFPA 4G9SA 5KKIA 5FCPA 1JIYA 1XGRC 4WLDA 2D91A 5B06A 4Z98A 1IO5A 2ZNWY 5LYMA 5T3FA 4LYZA 4OWEA 1HF4A 135LA 2Y8PA 1XGPC 3OK0A 3LN2A 1LSCA 1GFRA 4I0CA 4W96A 4KT3A 5KXRA 3WUMA 154LA 3CT1A 1N4FA 4IASA 4KXIA 2GV0A 2D6BA 5HQ1A 4WO9A 4DD9A 5KXWA 1HMKA 1G7IC 4ET8A 1C46A 1B7MA 1LMTA 1BWJA 1DKKA 2HTXA 2BQNA 2MEGA 3LZTA 4GCFA 1CKHA 1IR9A 4P2EA 4ETBA 4N1CC 1CJ6A 1JJ1A 1GE3A 1LHIA 3W6FA 3IJUA 3EBAB 1LSEA 4B4JA 4H9CA 3WU8A 1BWIA 1BB4A 4DD0A 4LYCA 1YAOA 1EQEA 1FDLY 1GFAA 1JJ0A 3VWOA 5LVJA 2G4NA 1LHMA 1B5YA 4ANRA 4WM5A 1B5XA 1QUSA 1HFYA 1UIEA 4HP0A 4HTQA 1WTNA 1LSZA 1CNSA 2EPEA 4ZIXA 5HMJA 3WL2A 5LXWA 4BS7A 1IP7A 4ETEA 1J1PY 3AZ7A 2I6ZA 1NHEA 1GBWA 1WQRA 3J6KA 4RLMA 5B1GA 2Z2EA 1PS5A 4HSFA 4MCKA 1HSWA 4WM2A 6LYTA 1UIFA 4XJIA 1HERA 4HPEA 1LMNA 4H9FA 1NKHA 1KXYA 1W6ZA 1JEFA 3AZ6A 3TMUA 1IWTA 4ZEEA 3WXUA 5LVGA 1GFEA 1LSMA 5FHWA 1LHHA 2EQLA 1LKRA 1YQVY 4NGOA 4TSBA 2YBLA 4X3BA 5LVKA 5DL9A 1HC0A 3A3RX 1IWXA 1HEPA 5I53A 5APCA 1LMCA 1GPQC 4PRUA 1QTKA 1LYOA 1HFZA 1LZSA 1IOTA 1GB5A 2HECA 1GE1A 4YEOA 1V7TA 1ZMYL 2HEAA 4NEBA 1O23A 1HFXA 3TXFA 1REXA 1GB2A 3AW6A 4XENA 2IFFY 2HU1A 1W08A 3A92A 3CSZA 1LHLA 1OUJA 5I4XA 4WL6A 4CGEA 2EIZC 3RW8A 1Z55A 1FLYA 1UIHA 1B5VA 2MEEA 2I25L 3TXJA 5APFA 2F4GA 4IATA 1JSFA 4DC4A 1RE2A 1JUGA 1GB7A 5I4YA 2HEBA 5F81A 3P4ZA 1IWYA 1GFVA 1FBIX 1B7NA 5LAGA 1NDGC 4H9HA 4WL7A 1LJNA 3CT0A 4XJGA 1C7PA 5D5FA 3TMWA 4O34A 3WW5A 3GXKA 8LYZA 4ETAA 1GEVA 2YBHA 1KIRC 1GAZA 3ZEKA 3WMKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
163LA 2LYZA 3LHMA 1F6RA 1E8LA 2RB1X 132LA 1G7JC 3W6DA 3B0KA 260LA 1CV1A 4J7VA 1QUTA 4RLNA 192LA 3GUJA 4H1PA 4WG1A 4WLXA 215LA 193LA 1L23A 4GBRB 3G3XA 2OU9A 2RBNA 3HFMY 1LZ9A 1L79A 252LA 1L12A 1NBYC 1YL1X 3F6ZA 150LA 1DYAA 4PGJB 4H92A 5I4WA 3L2XA 1PQDA 1CUPA 4PHIA 3WXTA 1G0QA 103LA 3ODUA 2MEDA 1AKIA 4RDSA 3SP3A 3AYQA 4EKPA 133LA 3EO5A 4Z41A 1GFJA 4C5FA 109LA 127LA 2H9JA 4W94A 1F10A 1GBYA 2BQLA 1I1ZA 5LA5A 3RUNA 4A7DA 173LA 1L22A 1WVVA 1GFUA 1EPYA 1L27A 2YBNA 1L48A 4J1BA 1L70A 2O7AA 1P2CC 4I7KA 2ANVA 3TXKA 1OVHA 3TMXA 1G0GA 5KXYA 1GWDA 4DDAA 4NGJA 1L02A 1G7HC 1IIZA 1BB3A 4ET9A 244LA 5EBHA 1LGWA 3DMXA 1XJTA 3C7ZA 1LJKA 5B59A 245LA 1BGIA 5B1FA 2BLYA 3HH5A 1YAMA 3D9AC 4UWUA 3TXFA 1LZYA 1GF3A 2IHLA 2Z38A 1L14A 206LA 1JKAA 1GBXA 4DQ5A 1BHZA 218LA 2BQJA 1LLHA 1L67A 1LMAA 1YROA 1GF6A 5B07A 1UIBA 2ZWBA 1T97A 197LA 2YSSC 1IOCA 1QUOA 183LA 2Q0MX 4NSJA 158LA 1P36A 3AZ4A 1LZBA 4HJZA 2YBIA 1L88A 1LYJA 4GN5C 5KXXA 2N5ZA 1IEEA 1L87A 221LA 1UUZC 1LI6A 4WLYA 1D6PA 3ZVQB 1GF0A 1KIQC 3LYMA 2XBSA 1L94A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2LYZ A;  1IX0 A;  3LHM A;  2FYC A;  3W6E A;  1UA6 Y;  1F6R A;  1E8L A;  2DQF C;  5KXS A;  1HML A;  5HMV A;  132L A;  1REM A;  2Z39 A;  1G7J C;  1OUI A;  4LYB A;  3W6D A;  3B0K A;  1HEO A;  1YIL A;  2Z12 A;  1RCM A;  1YKX X;  1REY A;  4XJH A;  5HNC A;  4J7V A;  1XEK A;  4DDC A;  1QUT A;  1OQM A;  1BWH A;  4RLN A;  2B5Z A;  1GHL A;  1JWR A;  4DYG A;  4H1P A;  4WG1 A;  4WLX A;  4H8Y A;  1B7Q A;  5KXK A;  1XSF A;  1JIS A;  193L A;  5A3E A;  1TCY A;  4WM3 A;  4LZT A;  5LVI A;  3WUA A;  1XFP L;  1QDT A;  1HEN A;  1WTM A;  3BKV A;  1LZ9 A;  3HFM Y;  3P68 A;  4LGK A;  4NHS A;  1DXJ A;  5LVH A;  1AZF A;  1A2Y C;  1YL1 X;  1NBY C;  1GB8 A;  3F6Z A;  4NG8 A;  1WQN A;  5KY1 A;  1UC0 A;  1LZ8 A;  4PGJ B;  5KXP A;  4H94 A;  4H92 A;  1KXX A;  5I4W A;  1G7L C;  4XYY A;  1LJH A;  4YM8 A;  1LZR A;  4AGA A;  1LZA A;  2BQC A;  1XEI A;  4PHI A;  3WXT A;  1LKS A;  1NDM C;  4B1A A;  1GE0 A;  1ZV5 L;  2F30 A;  1GF8 A;  2MED A;  5KKJ A;  1AKI A;  4RDS A;  4WG7 A;  1UIG A;  3SP3 A;  3AYQ A;  133L A;  2DKV A;  3EO5 A; 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 4WM5 A;  1B5X A;  1QUS A;  1HFY A;  1UIE A;  4HP0 A;  4HTQ A;  1WTN A;  1LSZ A;  1CNS A;  2EPE A;  4ZIX A;  5HMJ A;  3WL2 A;  5LXW A;  4BS7 A;  1IP7 A;  4ETE A;  1J1P Y;  3AZ7 A;  2I6Z A;  1NHE A;  1GBW A;  1WQR A;  3J6K A;  4RLM A;  5B1G A;  2Z2E A;  1PS5 A;  4HSF A;  4MCK A;  1HSW A;  4WM2 A;  6LYT A;  1UIF A;  4XJI A;  1HER A;  4HPE A;  1LMN A;  4H9F A;  1NKH A;  1KXY A;  1W6Z A;  1JEF A;  3AZ6 A;  3TMU A;  1IWT A;  4ZEE A;  3WXU A;  5LVG A;  1GFE A;  1LSM A;  5FHW A;  1LHH A;  2EQL A;  1LKR A;  1YQV Y;  4NGO A;  4TSB A;  2YBL A;  4X3B A;  5LVK A;  5DL9 A;  1HC0 A;  3A3R X;  1IWX A;  1HEP A;  5I53 A;  5APC A;  1LMC A;  1GPQ C;  4PRU A;  1QTK A;  1LYO A;  1HFZ A;  1LZS A;  1IOT A;  1GB5 A;  2HEC A;  1GE1 A;  4YEO A;  1V7T A;  1ZMY L;  2HEA A;  4NEB A;  1O23 A;  1HFX A;  3TXF A;  1REX A;  1GB2 A;  3AW6 A;  4XEN A;  2IFF Y;  2HU1 A;  1W08 A;  3A92 A;  3CSZ A;  1LHL A;  1OUJ A;  5I4X A;  4WL6 A;  4CGE A;  2EIZ C;  3RW8 A;  1Z55 A;  1FLY A;  1UIH A;  1B5V A;  2MEE A;  2I25 L;  3TXJ A;  5APF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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