1C61A

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/f153a in the presence of 8 atm krypton
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTARTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c61A00
1PQJA 2L78A 1SSYA 3V2YA 128LA 3SB8A 223LA 1DYEA 1KY0A 1JTMA 1L43A 1CV1A 3HH6A 1L66A 1CVKA 1OVJA 145LA 2OU9A 3L64A 1LLHA 2OEAX 2LZMA 187LA 1QSQA 3G3WA 1L42A 1C65A 1L06A 1T97A 242LA 1CV4A 1XJTA 1L03A 262LA 1C6QA 4I7OA 254LA 3OE8A 1ZYTA 146LA 1L57A 107LA 1L22A 2Q9EA 1QT6A 1T6HA 1L50A 261LA 1SWZA 4YXCA 1G0GA 1L33A 1KW5A 4LDLA 4LZMA 2ANVA 1C6TA 2RBNA 1SSWA 1CU0A 1L37A 1L94A 1CX6A 1L0JA 1D3JA 3HTFA 4OO9A 152LA 1L17A 1B6IA 2B70A 3EMLA 4EXMA 5I14A 141LA 173LA 2NTGA 177LA 1QUHA 1G1VA 2B72A 200LA 3D4SA 1G0QA 2B73A 3HT8A 3HDFA 1C64A 1P6YA 4LDOA 164LA 1LYIA 1L00A 2B6WA 3C81A 4I7MA 1L40A 188LA 4ARLA 1CV0A 110LA 3GUJA 3NYAA 1L51A 4PK0A 1DYFA 206LA 1C6GA 1L13A 1L62A 183LA 1D2YA 1G0LA 1C6CA 3DKEX 1L98A 1L46A 3HUKA 4K5YA 1L64A 4GBRB 5LZMA 4W57A 3HH5A 175LA 172LA 4DJHA 1T8GA 1CV3A 3HT7A 1L49A 1P36A 4ARMB 1CU3A 1C6FA 171LA 252LA 235LA 125LA 3CDRA 228LA 2B75A 1PQMA 1C63A 1L45A 127LA 243LA 3FI5A 1L76A 1L53A 1P46A 3OE6A 1C6PA 2B6TA 156LA 1D2WA 4EPIA 3HT9A 3G3XA 2RB1X 189LA 1L14A 1KNIA 1L36A 3FADA 131LA 1L23A 2HULA 229LA 4DAJA 1QTVA 3C7ZA 1LGWA 104LA 234LA 160LA 1QS5A 1QUGA 4I7NA 3DNAA 1OV7A 126LA 4YX7C 4W55A 2CUUA 170LA 137LA 3OE0A 1L05A 249LA 1D9WA 3DN2A 163LA 1G0PA 2OE4X 1DYBA 162LA 2B74A 123LA 4I7QA 233LA 1C6NA 220LA 3GUIA 1L84A 219LA 3DMZA 1C67A 1NHBA 3RZEA 1L93A 1L08A 1CV5A 1L20A 3SBBC 1L34A 129LA 1L79A 103LA 217LA 1LYFA 2RBOA 1P64A 1L80A 2OE7X 1L15A 1CX7A 180LA 205LA 1LI6A 1L26A 240LA 3SBAA 112LA 2Q9DA 3NY9A 3SB6A 1L71A 3F8VA 3GULA 1EPYA 2OE9X 1LYJA 1L38A 190LA 225LA 1C6KA 118LA 1C62A 1LI3A 1P3NA 2RB2X 4I7SA 142LA 237LA 224LA 3GUKA 241LA 1L81A 109LA 1C69A 2RB0X 3HUQA 182LA 1D3MA 4W51A 1P2LA 4ZPUA 1L92A 3CDVA 1G0JA 186LA 1G0MA 1XJUA 1L86A 1L74A 3HWLA 1C66A 4S0WA 2LC9A 1L52A 1T8AA 6LZMA 1DYAA 1L68A 185LA 1L48A 1LWKA 2RBQA 3ODUA 1SX7A 1C61A 1LW9A 1CTWA 1L72A 2RBPA 1TLAA 1L69A 3GUOA 1CU6A 232LA 1L18A 1L82A 1L65A 166LA 2B6YA 218LA 1QT7A 3SB7A 4W56A 2RBRA 257LA 221LA 4W58A 151LA 3C8RA 2O7AA 3JR6A 4W52A 3QAKA 130LA 1ZURA 1L24A 3HUAA 1L55A 239LA 1L75A 256LA 1QS9A 1LYDA 1L59A 2O79A 3FA0A 4YXAC 199LA 3C7WA 1C6JA 3GUPA 1L21A 4I7RA 1L60A 1OVKA 1JQUA 1QTZA 245LA 1OV5A 2ANXA 2HUMA 3GUNA 4EKPA 1L10A 159LA 4ARJA 3DN8A 4W53A 3DN4A 260LA 114LA 1SX2A 1L77A 3CDOA 4ARQB 167LA 195LA 1D3FA 140LA 2QARC 1C6BA 1L56A 3VW7A 1L96A 3C80A 1L83A 119LA 1CUQA 1L89A 1QTBA 4ARPA 211LA 3HT6A 3DN3A 169LA 1L44A 1LI2A 3UONA 1JTNA 7LZMA 1L02A 1QTDA 3OE9A 4ARQA 3C7YA 2OTYX 2Z6BA 1C6LA 3DMVA 3RUNA 1PQOA 2NTHA 4EJ4A 108LA 1L0KA 3SB9A 1L27A 3LZMA 178LA 1G06A 259LA 1L25A 144LA 222LA 1WTHA 1L85A 1L73A 3CDQA 258LA 197LA 2OU8A 176LA 1OWZA 253LA 3G3VA 1PQIA 3HTBA 2B6XA 1LWGA 251LA 4EKQA 4PJZA 157LA 1L90A 184LA 1L30A 1L35A 3HH3A 115LA 1KW7A 2F2QA 102LA 1C6EA 1QUOA 2HUKA 1L87A 209LA 1LPYA 113LA 2RBSA 3C8SA 1L32A 3HDEA 158LA 1CU2A 198LA 1QTHA 1L54A 1QT4A 1G07A 161LA 1L99A 4IAPA 2OU0X 1KY1A 4DKLA 138LA 1C6HA 1LYEA 1SWYA 3SB5A 4LDEA 4E97A 1DYCA 1DYDA 238LA 1D3NA 1L16A 1QTCA 1DYGA 1L29A 1T8FA 250LA 111LA 216LA 1QT5A 1L58A 2B7XA 192LA 1L47A 213LA 2RH1A 1G1WA 3PDSA 1L61A 4W54A 1PQDA 191LA 236LA 2O4WA 1LGUA 3C83A 1L11A 1L01A 4EKRA 230LA 1P2RA 3C8QA 2RAZX 3CDTA 155LA 1L91A 4AQNA 3HU9A 1L63A 1L12A 120LA 150LA 1L67A 1CV6A 1C6AA 1OWYA 2F32A 2F47A 1P37A 1L09A 2IGCA 246LA 212LA 1I6SA 215LA 2LCBA 3DMXA 149LA 4I7KA 1P5CA 1L04A 2QB0B 2OTZX 4EPFA 1QT3A 1L70A 3DN6A 1L31A 1LYHA 1OVHA 3HU8A 3SN6R 1C68A 196LA 1L88A 3DN1A 1PQKA 231LA 4W59A 148LE 3K2RA 3F9LA 143LA 1XEPA 3L2XA 1G0KA 1L07A 3C82A 122LA 165LA 139LA 2RAYX 3NY8A 1KS3A 1CU5A 201LA 1L95A 1K28A 147LA 2B6ZA 4GRVA 1C6MA 168LA 1LGXA 1L28A 226LA 174LA 3HH4A 248LA 1P7SA 3HTDA 1QSBA 1L41A 4I7JA 4ARMA 1C6DA 3V2WA 2A4TA 3PBLA 244LA 4I7TA 1L19A 4EKSA 4I7PA 210LA 4I7LA 181LA 1L97A 1CUPA 214LA 3DN0A 1P56A 1C6IA 247LA 1QT8A 255LA 1ZWNA 1OYUA 1C60A 3HTGA 3GUMA 227LA 1L39A 1LYGA 1QUDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HELA 1GAZA 5LAFA 1INUA 3V2YA 2BQBA 3SB8A 1LJFA 1CV1A 1CVKA 145LA 3SP3A 3G3WA 5T3FA 4WOAA 1V7TA 5LYTA 1L03A 1C6QA 1NHEA 4NG8A 1IIZA 4UWVA 1LZ6A 1E8LA 146LA 5KXKA 1UIDA 1G7MC 2BQGA 1T6HA 1L50A 3WXTA 1L33A 1GXV2 2RBNA 1SSWA 1CU0A 1JITA 1TEWA 1L37A 1GFEA 1LHMA 1D3JA 1IWXA 152LA 4N5RA 1ZVYB 4NWEA 4MR1A 5B59A 2NTGA 1IWTA 3AGHA 3J6KA 1SLYA 200LA 3D4SA 1QDRA 5F81A 1C64A 4TSBA 5LAGA 164LA 2B6WA 4XJBA 5I4YA 4WLYA 2BQLA 1L40A 4BAPA 2BQDA 3P66A 4ARLA 3N9EA 1NMMA 1IP4A 1L13A 1D2YA 3WW5A 1C6CA 1L98A 1DI4A 1HFYA 1L46A 5B1GA 4GCFA 1L64A 1GFRA 4W57A 2WARA 3HT7A 2Q0MX 1P36A 4C3WA 5E9RA 3A67Y 4NSHA 1CU3A 1DI3A 4H90A 2FYCA 1IO5A 1LSPA 5FCPA 171LA 125LA 1PQMA 1TBYA 1OQMA 1FKQA 1C6PA 2B6TA 1HFZA 1LHHA 1WQNA 3HT9A 189LA 1YL0X 2HEDA 4NSGA 5B1FA 1KNIA 3FADA 2H9JA 1B7SA 1LZ9A 2ZQ4A 4DAJA 3F6ZA 1YILA 1QTVA 4H9HA 4ETBA 160LA 3TXDA 2CGIA 4ANRA 1W6ZA 3DNAA 4NGLA 2CUUA 137LA 4DDCA 4B4EA 4H9IA 1KIQC 3DN2A 2BLXA 2D6BA 1T6VL 4GLVA 1OP9B 1FDLY 220LA 1L84A 3ZVQA 3DMZA 1GF7A 1IX0A 3RZEA 1L93A 1CKDA 1JSEA 1V7SA 4LYTA 1HERA 4NFVA 1OUCA 1L15A 2MECA 4ETCA 1GXXA 1GDWA 4P2EA 205LA 240LA 3NY9A 1C46A 1LSZA 1LJGA 1B7LA 1LJEA 190LA 2RB2X 5F9UA 1GF3A 224LA 3A6BY 109LA 3WXUA 1D3MA 3AZ6A 4H8XA 1JPOA 2CDSA 1FBIX 1L86A 1L74A 1L52A 4FDYA 1L68A 1L48A 2Z18A 1C61A 1LW9A 1L72A 3ZEKA 5L9JA 132LA 1REYA 5KY1A 3SB7A 4W56A 2Z2FA 4LZTA 2BQJA 1L59A 1OUIA 1NKHA 1QSAA 3G3BB 1L21A 3IWRA 3A93A 245LA 1HSXA 1IC5Y 3DN8A 3DN4A 260LA 2MEAA 4ARQB 1NDMC 3VW7A 3C80A 1L83A 4N9RA 4LFPA 5B06A 4H8ZA 1HMLA 211LA 3LYTA 3UONA 1AM7A 1D6QA 1GF9A 1QTDA 1RJCB 2OTYX 1WQOA 1REZA 2Z6BA 1C6LA 3DMVA 3WVXA 1PQOA 4IJ4A 1WQMA 1B7QA 3SB9A 3J4GA 1CJ8A 4DQ5A 1HENA 4LT0A 3B0OA 4ZIXA 222LA 2MEHA 1L85A 1GE2A 1LKRA 3CDQA 2OU8A 2Z37A 1WQPA 3HTBA 1TCYA 4M6DA 1NBZC 3WW6A 1IORA 3RNXA 4CJ2A 157LA 1L90A 1LZ5A 3AYQA 1N4FA 1RE2A 1KW7A 2LZ2A 1GB5A 1C6EA 5LYZA 1L87A 1D0LA 4XJIA 1W08A 1LPYA 3C8SA 1XGQC 1FLUA 3LYZA 198LA 4I0CA 1G07A 1L99A 3T36A 2OU0X 4DKLA 2BQOA 3WUNA 3CSZA 4LDEA 1J1OY 1YAQA 1LSNA 2FBBA 1L29A 1T8FA 111LA 1QT5A 1L58A 3PDSA 1OUEA 3AGGG 1PQDA 4UWUA 4EKRA 4AQNA 3HU9A 2XQOA 120LA 2W1YA 1CV6A 1C6AA 5D5FA 4LYMA 2F32A 2F47A 1ZMYL 2Z2EA 5L3HA 2QB0B 4NHIA 2XBRA 1LJIA 1L70A 2ZNXY 3GXKA 3DN6A 1J1XY 1JUGA 2XTHA 5F16A 1QUSA 1PQKA 2GV0A 3L2XA 3C82A 4HTNA 4DD9A 2RAYX 5I4WA 1LZDA 4GRVA 1C6MA 1LGXA 3W6AA 2YVBA 1BGIA 1L41A 1WVVA 2BQNA 1KXWA 4I7PA 4I7LA 181LA 3QY4A 1L97A 4ML7A 1QT8A 1ZWNA 1LSEA 3HTGA 4WL7A 3B72A 1I56A 227LA 1LPIA 2IFFY 2W1XA 1QUDA 1GWDA 1SSYA 1GE4A 3B0IA 4DD2A 2Z39A 1GE3A 4NGIA 1L43A 1GF6A 4OWBA 1O23A 5F14A 1C65A 1T97A 2BQMA 4KPMA 262LA 1GB9A 1L57A 1L22A 4NIJA 1QT6A 5FDJA 1YKZX 261LA 1LZCA 1SWZA 4LDLA 1C6TA 1BHZA 1CKGA 1L94A 1KIPC 5KKIA 3TXBA 193LA 1LKSA 2DQCY 1L0JA 4B1AA 1B7PA 2B70A 5AMYA 141LA 2A7FA 177LA 1JWRA 1G1VA 1GFKA 1LZNA 4TWSA 4NHPA 1LSFA 1G0QA 1IOQA 1JTOL 3HDFA 1P6YA 1GEZA 1GPQC 1L00A 4LYZA 3C81A 110LA 2BPUA 3GUJA 5KXNA 3NYAA 1L51A 1GFJA 206LA 183LA 1G7JC 2Z12A 3HUKA 5LZMA 2BQAA 175LA 1L49A 4ARMB 4YF2A 2ZIKA 4HTQA 4WM2A 1L45A 1C45A 127LA 243LA 1I20A 1CJ6A 1FLWA 1P46A 2A7DA 2PC2A 156LA 4RDSA 3G3XA 1B5UA 4RW2A 2ZQ3A 1HF4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HEL A;  1GAZ A;  5LAF A;  1INU A;  3V2Y A;  2BQB A;  3SB8 A;  1LJF A;  1CV1 A;  1CVK A;  145L A;  3SP3 A;  3G3W A;  5T3F A;  4WOA A;  1V7T A;  5LYT A;  1L03 A;  1C6Q A;  1NHE A;  4NG8 A;  1IIZ A;  4UWV A;  1LZ6 A;  1E8L A;  146L A;  5KXK A;  1UID A;  1G7M C;  2BQG A;  1T6H A;  1L50 A;  3WXT A;  1L33 A;  1GXV 2;  2RBN A;  1SSW A;  1CU0 A;  1JIT A;  1TEW A;  1L37 A;  1GFE A;  1LHM A;  1D3J A;  1IWX A;  152L A;  4N5R A;  1ZVY B;  4NWE A;  4MR1 A;  5B59 A;  2NTG A;  1IWT A;  3AGH A;  3J6K A;  1SLY A;  200L A;  3D4S A;  1QDR A;  5F81 A;  1C64 A;  4TSB A;  5LAG A;  164L A;  2B6W A;  4XJB A;  5I4Y A;  4WLY A;  2BQL A;  1L40 A;  4BAP A;  2BQD A;  3P66 A;  4ARL A;  3N9E A;  1NMM A;  1IP4 A;  1L13 A;  1D2Y A;  3WW5 A;  1C6C A;  1L98 A;  1DI4 A;  1HFY A;  1L46 A;  5B1G A;  4GCF A;  1L64 A;  1GFR A;  4W57 A;  2WAR A;  3HT7 A;  2Q0M X;  1P36 A;  4C3W A;  5E9R A;  3A67 Y;  4NSH A;  1CU3 A;  1DI3 A;  4H90 A;  2FYC A;  1IO5 A;  1LSP A;  5FCP A;  171L A;  125L A;  1PQM A;  1TBY A;  1OQM A;  1FKQ A;  1C6P A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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