1C62A

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/f153a in the presence of 8 atm xenon
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTARTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c62A00
3HTBA 1L16A 2RB1X 1L67A 1LPYA 239LA 1KY1A 2B7XA 1P46A 112LA 1SX2A 3HT9A 1SWYA 126LA 157LA 3NYAA 188LA 4GBRB 3SB9A 246LA 1D3NA 1LYHA 1SSYA 1T97A 235LA 3C8SA 1L35A 1OYUA 4EKQA 1L0KA 1LWGA 110LA 1QUHA 4I7NA 1DYCA 242LA 3RUNA 104LA 1L28A 1L88A 1P3NA 1C6NA 223LA 4ARLA 185LA 1C68A 1L89A 3V2YA 1C63A 1JTMA 1C6JA 1CU3A 1L14A 236LA 2RBRA 3CDTA 1P6YA 3DN0A 3SB8A 259LA 4I7LA 4PJZA 1L92A 1L59A 3SN6R 4E97A 1L79A 1G0JA 4I7KA 3DN1A 137LA 1C6KA 1L46A 1L26A 3GUMA 184LA 3C8QA 261LA 3D4SA 4EKRA 1L09A 2F32A 107LA 1ZURA 1C60A 1L10A 1L23A 256LA 3CDOA 1XJUA 1DYFA 1L33A 3HH6A 2QARC 213LA 2B73A 1C6QA 1C6AA 1L86A 1L24A 216LA 4EKSA 1C6DA 1L68A 175LA 1L83A 1PQDA 1QTCA 125LA 1NHBA 1L12A 1PQMA 3DMXA 1ZYTA 2HUKA 240LA 4I7JA 1P2RA 217LA 221LA 245LA 247LA 3HU9A 1LGWA 4W55A 162LA 161LA 1JQUA 1L37A 3DMZA 1LGUA 4EJ4A 4W56A 198LA 1CTWA 2B6YA 1L53A 3HT7A 102LA 3G3VA 119LA 1SSWA 1XEPA 1QSQA 1QTHA 186LA 1L48A 1CV4A 1G1VA 3C7ZA 3FI5A 1G0MA 3DNAA 1L40A 148LE 3C83A 1QT6A 4ARPA 3V2WA 1L22A 1D2YA 1QUGA 7LZMA 2OU8A 1LYIA 254LA 3HTDA 1L27A 3GUKA 4I7PA 109LA 262LA 4AQNA 4ARJA 172LA 1L42A 1G06A 1L84A 164LA 3SB6A 1LYEA 167LA 1QUOA 255LA 3GUNA 1L62A 2B6XA 3HUQA 4DAJA 2LCBA 1L97A 1L66A 5LZMA 1P2LA 143LA 147LA 1C6PA 220LA 3C81A 3DMVA 219LA 2OE4X 4LDEA 4I7QA 4GRVA 1C64A 4W58A 2OTYX 1D3FA 1CUPA 3OE0A 1G0GA 1CUQA 4LDOA 1K28A 1B6IA 3HUAA 1L36A 1OVKA 1LYJA 1L17A 1P37A 1C6MA 1KW5A 3FA0A 1D9WA 258LA 4DKLA 197LA 4LDLA 111LA 3DN2A 1D2WA 1L57A 158LA 1L52A 2RBNA 182LA 1G0KA 1LW9A 3SB7A 5I14A 1OVJA 3K2RA 1C6TA 1CV6A 1L82A 4EKPA 120LA 244LA 1LWKA 2RAYX 1QT3A 103LA 257LA 2QB0B 149LA 1CV1A 1SWZA 1L49A 196LA 146LA 3EMLA 1L91A 1L96A 2LZMA 2B6ZA 123LA 152LA 1L65A 1L54A 1QT8A 3DN6A 1G0LA 159LA 155LA 231LA 3F9LA 4DJHA 3G3XA 1L81A 1JTNA 1L20A 1QT5A 4EXMA 3RZEA 253LA 2OE7X 228LA 151LA 1DYBA 4YX7C 2B75A 2B70A 2Z6BA 1L90A 232LA 2OE9X 3HT6A 1KW7A 3HH3A 1WTHA 3SB5A 3VW7A 115LA 1PQIA 209LA 4ARQA 3HDEA 1P36A 1L60A 222LA 3C7YA 1QS9A 3QAKA 1DYEA 2Q9EA 2NTHA 1LI3A 2B72A 1T8FA 1P5CA 1QTZA 3NY8A 140LA 1L93A 1PQKA 1L75A 249LA 2O7AA 1L64A 3SBBC 2RBOA 3DKEX 1L19A 1LI2A 1QTDA 2B6TA 1D3JA 212LA 176LA 252LA 1LYDA 1L44A 2OEAX 3DN3A 225LA 260LA 1C69A 1L77A 1C66A 1SX7A 3SBAA 3ODUA 122LA 1L70A 4I7TA 1DYAA 1L80A 233LA 3GUOA 3HTGA 1ZWNA 189LA 178LA 3OE8A 3NY9A 1L51A 1L05A 3DN4A 3CDVA 2RBSA 3PBLA 1P64A 2HUMA 2RBPA 1QSBA 138LA 3OE6A 3UONA 1KNIA 2ANVA 1L03A 3JR6A 4I7RA 4ARQB 3HWLA 250LA 1XJTA 1L87A 1CU2A 1OV7A 156LA 1L43A 1CV5A 1C6HA 1C6FA 1C6EA 166LA 4S0WA 1L76A 1LYFA 3C80A 3C8RA 1P7SA 1QTVA 1LGXA 1L21A 1C6BA 1QT4A 128LA 4YXAC 2RBQA 1L69A 1CU0A 3L64A 4K5YA 1L32A 2NTGA 1OWZA 4PK0A 224LA 191LA 2F2QA 4W54A 1L08A 1C62A 3L2XA 230LA 215LA 1C6CA 1L04A 2RAZX 1L0JA 1C67A 205LA 214LA 130LA 1L95A 2O4WA 211LA 3HH5A 2LC9A 1L41A 1L39A 1C65A 4EPIA 3GUIA 199LA 171LA 1C6LA 1LLHA 3LZMA 187LA 195LA 3HH4A 3GULA 1G0QA 1L72A 4I7OA 142LA 4EPFA 1L02A 234LA 1D3MA 237LA 3HTFA 4ARMA 1QS5A 1LYGA 1QTBA 139LA 1EPYA 163LA 1L25A 2B6WA 1OV5A 1L06A 1L58A 210LA 1L18A 200LA 206LA 1I6SA 1OVHA 1G07A 2ANXA 1L30A 1DYGA 1L85A 1L01A 173LA 3G3WA 1L55A 1L71A 1C6GA 2CUUA 177LA 2A4TA 165LA 1G1WA 4IAPA 4OO9A 3OE9A 1DYDA 2RH1A 108LA 174LA 1CV3A 3C82A 1QT7A 6LZMA 1L11A 248LA 226LA 1CX7A 1L34A 1L07A 1L98A 1L31A 3C7WA 1OWYA 131LA 118LA 2F47A 1L63A 2IGCA 241LA 4ZPUA 3FADA 129LA 1L47A 2OTZX 1L38A 1C6IA 2RB2X 190LA 238LA 227LA 3F8VA 1T8GA 180LA 2OU0X 2Q9DA 169LA 1CVKA 243LA 1L29A 1CV0A 3PDSA 2RB0X 145LA 1L74A 1TLAA 2O79A 1L73A 3DN8A 3HT8A 3HUKA 4ARMB 1CU5A 1L00A 1KY0A 150LA 4W57A 4W53A 127LA 251LA 141LA 4I7MA 3HU8A 114LA 1T8AA 3CDQA 1CU6A 4W51A 1KS3A 1LI6A 4W59A 1L99A 144LA 218LA 1C61A 1QUDA 1L13A 4YXCA 4I7SA 229LA 2OU9A 3GUPA 4W52A 1L61A 1G0PA 2HULA 2L78A 181LA 3CDRA 1L15A 1PQJA 1PQOA 192LA 2B74A 3GUJA 183LA 1L45A 160LA 4LZMA 1L50A 1L94A 168LA 1CX6A 113LA 170LA 1P56A 3HDFA 201LA 1T6HA 1L56A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HTBA 1HEPA 4YEMA 1LPYA 2B7XA 3HT9A 1LMNA 4BS7A 3NYAA 1VEDA 4ZIXA 1D3NA 8LYZA 4ETEA 3WUNA 235LA 1CJ7A 3C8SA 3A6CY 1LJEA 1GFAA 5E9RA 1UBZA 2ZNWY 1L88A 2D4JA 5L3HA 4PPOA 3WUAA 1QSWA 5FELA 1GF9A 1LZGA 4J7VA 236LA 2RBRA 3FE0A 3DN0A 3SB8A 1OUHA 259LA 2ZILA 4PJZA 1LSDA 1F6RA 1HC0A 1F0WA 184LA 3AW6A 3C8QA 5LYMA 1KIRC 1LJ3A 3AB6A 3WU7A 3WW6A 1C60A 3CDOA 1DYFA 2QARC 4W94A 2B73A 1C6QA 1C6AA 1GBSA 4N5RA 125LA 1NHBA 1L12A 4ET8A 4I7JA 1P2RA 3CT0A 5M1YA 1IOSA 1GBYA 1QQYA 4QY9A 161LA 3DMZA 2FBDA 4NSIA 4XJFA 1XEKA 4OOTA 4W56A 4Z46A 1LSBA 198LA 3CSZA 2I26L 2YBIA 102LA 1SSWA 1NDGC 1L48A 1GB9A 1G0MA 1RE2A 3DNAA 1B5YA 1L40A 148LE 1B5ZA 3C83A 1ZVYB 4HPIA 1QUGA 4NSHA 4YEOA 109LA 4AQNA 4OWCA 4ARJA 2BPUA 1LZCA 3B0OA 167LA 2BQMA 5F14A 1L62A 2B6XA 3HUQA 1IC4Y 1L66A 1BB6A 1VDQA 1C6PA 4WM6A 4LFXA 4LDEA 2Z19A 4GRVA 1IR8A 3W6FA 5IELA 2OTYX 1WQQA 3OE0A 5I4WA 1WQOA 3HUAA 1B6IA 4GN4A 5JENB 5LA5A 1RJCB 1D9WA 3QY4A 4DKLA 111LA 1IEEA 2RBNA 4I8SA 3K2RA 1GAZA 3WPKA 3AZ6A 1XFPL 1B7RA 103LA 257LA 1WQPA 1CV1A 1L49A 3EMLA 1CKDA 3QE8A 4WG7A 1IVMA 1IWVA 1SLYA 5HLLA 1QT8A 5I53A 1GFHA 231LA 208LA 1IWYA 1L81A 2YBMA 1HEQA 1LSGA 2ZQ4A 2Z6BA 1L90A 3WULA 232LA 3TXIA 5FEKA 1D6PA 2OE9X 2DQFC 1IP1A 3SB5A 3VW7A 2YBNA 3AJNA 2FYDA 1VDSA 1PQIA 5DL9A 4ARQA 3QAKA 4WL6A 2MECA 4XJDA 5KJ9A 3LZTA 2HEDA 2G4QA 1LJHA 5KXPA 1V7TA 3OJPA 1HEMA 1LMQA 1YL0X 2RBOA 3LHMA 1QTDA 4LYTA 2B6TA 5KXZA 1OP9B 176LA 1IR9A 3TXKA 1LOZA 1HHLA 1LHHA 1YROA 1LZ8A 1SX7A 1XGRC 1IC7Y 4R6CA 1RFPA 3A96A 1KXWA 1JITA 1HELA 9LYZA 1O23A 3GUOA 5FSTA 2G4PA 3CB7A 1IP3A 3DN4A 1QIOA 2RBSA 153LA 2YBLA 1FKQA 2FBBA 1GXXA 3SP3A 3A91A 138LA 1LHLA 1KNIA 1LZNA 3M3UA 3WH1A 3OK0A 1XEIA 4DT3A 1T3PA 4W96A 1L43A 1FLYA 1C6FA 1LSCA 5DM9A 1L76A 3T6UA 1P7SA 4LGKA 1ZVHL 1QT4A 4DC4A 2LZ2A 1LSPA 4LYCA 4B4JA 4DDCA 224LA 3TXBA 2F2QA 1C62A 2LYMA 1GF0A 4NSGA 4RLNA 1LJGA 1BB4A 4WG1A 2A7FA 4B0DA 1CJ8A 2MEEA 1UA6Y 1UIAA 3G3AB 1YAPA 4MR1A 3WYHA 3RW8A 3LN2A 4DD7A 187LA 195LA 3GULA 3BKHA 4I7OA 234LA 3E3DA 4ARMA 1D0MA 1OUJA 1QTBA 1H6MA 1L25A 2LYOA 1L58A 4N1EI 206LA 1I6SA 1OVHA 1DZBX 1WTMA 1L01A 173LA 2CUUA 2D91A 1B5UA 3OE9A 1LJJA 108LA 2PC2A 3K3TA 2XTHA 1L31A 131LA 2DBTA 2Z2EA 4WM5A 1FKVA 2XJWA 2YDGA 4C5FA 1HMLA 4ZPUA 1LZ4A 3FADA 3GXKA 1GE4A 1F6SA 3HBDA 4UWVA 1C6IA 190LA 5C6JA 1IWZA 1CVKA 243LA 2Z37A 1CV0A 2XQOA 1KXYA 2O79A 3DN8A 1CNSA 1GFGA 1L00A 3ATNA 150LA 4TWSA 4W53A 3ZVQB 141LA 4I7MA 194LA 4CJ2A 2BQHA 4GN5C 3CDQA 4W51A 3WXUA 5I5QA 1C61A 1GFVA 3W6DA 3GUPA 2HULA 1G0PA 3CDRA 1VAUA 1PQOA 192LA 3GUJA 183LA 4NEBA 2MEBA 1L45A 5HMVA 1L94A 168LA 2HU1A 1JTPL 113LA 1P56A 5APCA 1L16A 3WL2A 112LA 1B7SA 3TMVA 1SWYA 2DQDY 4ANRA 4DD3A 2I6ZA 1LSZA 1TBYA 2EKSC 1L35A 4NG1A 4EKQA 1LWGA 4I7NA 1FDLY 1DYCA 4LFPA 4NHQA 104LA 3HFMY 4WM1A 5DN4A 1N4FA 3WU9A 1CJ6A 1C63A 3V2YA 3WPLA 1C6JA 1UACY 4LYZA 193LA 3CDTA 1P6YA 3A34A 1I56A 4E97A 1L59A 5KY1A 1L79A 1G0JA 4I7KA 3DN1A 4H9EA 5LA8A 1AM7A 1L09A 2F32A 1QSAA 1L23A 3A93A 4YENA 1LMCA 1L33A 3AZ5A 1HSXA 207LA 4EKSA 1C6DA 1L68A 175LA 1L83A 1GHLA 1QTCA 1ZYTA 240LA 2FYCA 3HU9A 1SQ2L 245LA 221LA 247LA 1LGWA 4W55A 162LA 3B0KA 1RCMA 2DQEY 1BGIA 1BB7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HTB A;  1HEP A;  4YEM A;  1LPY A;  2B7X A;  3HT9 A;  1LMN A;  4BS7 A;  3NYA A;  1VED A;  4ZIX A;  1D3N A;  8LYZ A;  4ETE A;  3WUN A;  235L A;  1CJ7 A;  3C8S A;  3A6C Y;  1LJE A;  1GFA A;  5E9R A;  1UBZ A;  2ZNW Y;  1L88 A;  2D4J A;  5L3H A;  4PPO A;  3WUA A;  1QSW A;  5FEL A;  1GF9 A;  1LZG A;  4J7V A;  236L A;  2RBR A;  3FE0 A;  3DN0 A;  3SB8 A;  1OUH A;  259L A;  2ZIL A;  4PJZ A;  1LSD A;  1F6R A;  1HC0 A;  1F0W A;  184L A;  3AW6 A;  3C8Q A;  5LYM A;  1KIR C;  1LJ3 A;  3AB6 A;  3WU7 A;  3WW6 A;  1C60 A;  3CDO A;  1DYF A;  2QAR C;  4W94 A;  2B73 A;  1C6Q A;  1C6A A;  1GBS A;  4N5R A;  125L A;  1NHB A;  1L12 A;  4ET8 A;  4I7J A;  1P2R A;  3CT0 A;  5M1Y A;  1IOS A;  1GBY A;  1QQY A;  4QY9 A;  161L A;  3DMZ A;  2FBD A;  4NSI A;  4XJF A;  1XEK A;  4OOT A;  4W56 A;  4Z46 A;  1LSB A;  198L A;  3CSZ A;  2I26 L;  2YBI A;  102L A;  1SSW A;  1NDG C;  1L48 A;  1GB9 A;  1G0M A;  1RE2 A;  3DNA A;  1B5Y A;  1L40 A;  148L E;  1B5Z A;  3C83 A;  1ZVY B;  4HPI A;  1QUG A;  4NSH A;  4YEO A;  109L A;  4AQN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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