1C63A

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l121a in the presence of 8 atm argon
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c63A00
1QT8A 1ZYTA 3OE6A 4IAPA 3V2YA 1OVKA 1L76A 1C6HA 137LA 1LW9A 248LA 1L83A 1QTBA 1L50A 1C6NA 2QB0B 1L94A 169LA 2RB2X 2B6ZA 1G06A 3F9LA 4W59A 2L78A 1OYUA 1XJUA 1DYBA 151LA 1LGUA 4I7PA 1L71A 2OU9A 3LZMA 2RH1A 234LA 3UONA 222LA 111LA 1P2LA 3RUNA 120LA 1KW5A 1L82A 2B72A 1LYFA 1C6IA 1L48A 1L12A 2B6TA 1L73A 1CV6A 3L2XA 2HUKA 4ARQA 1NHBA 1KS3A 1L77A 1OV7A 1C6LA 168LA 1KY1A 3HWLA 1G07A 1DYFA 1L52A 211LA 2B70A 3HH4A 1L51A 102LA 147LA 165LA 1L31A 3HT7A 213LA 1L62A 1LI2A 3HTFA 4I7JA 1L30A 1P3NA 109LA 3VW7A 218LA 1L0KA 1DYCA 1LLHA 3C8SA 242LA 3CDQA 1SWZA 2QARC 4PK0A 3G3WA 1L09A 4LDOA 1QTCA 3C7YA 4W54A 1L79A 3DNAA 4LDLA 1P2RA 103LA 2ANXA 3DMVA 172LA 1L0JA 220LA 1C60A 3JR6A 2ANVA 1C6AA 1XEPA 1QT4A 4YXCA 118LA 1JQUA 217LA 235LA 3V2WA 4EPIA 3HH3A 3C7WA 2NTHA 3DN8A 1LYHA 1DYDA 1QS5A 113LA 214LA 2F47A 1WTHA 2RBNA 1L33A 1C6MA 3C7ZA 1G1WA 3CDVA 2OU0X 3HTGA 1SX2A 4GBRB 4ARQB 1CV4A 195LA 3C8QA 107LA 1TLAA 1CVKA 1PQIA 3HTDA 4I7NA 197LA 1D3JA 1L14A 256LA 1L35A 1CU0A 1CU2A 3HUAA 1LYJA 4I7KA 3SB9A 1QSBA 1L36A 219LA 2O4WA 196LA 232LA 2OE4X 1QUOA 4W55A 138LA 1KNIA 1L11A 1L28A 3HUKA 142LA 261LA 156LA 122LA 1L85A 3G3VA 1L39A 3D4SA 1QT3A 152LA 3HT8A 1PQOA 162LA 223LA 2O79A 1I6SA 104LA 1G0JA 225LA 2O7AA 1L15A 1OV5A 3DN1A 3GUNA 4W53A 3NY8A 1L22A 1L60A 186LA 5I14A 1G1VA 184LA 1L81A 255LA 1L40A 145LA 1L06A 1LI6A 1L96A 3CDTA 1G0QA 1P6YA 2OU8A 1LYEA 1LGXA 1L72A 1T6HA 1LWKA 1G0LA 1L08A 212LA 1L20A 236LA 2Q9EA 1L89A 259LA 129LA 253LA 1P5CA 149LA 3SN6R 1QS9A 4YXAC 1SWYA 1L91A 1ZURA 1L43A 1C6TA 160LA 229LA 180LA 1CU3A 1L24A 224LA 4ARMB 1DYGA 1L70A 4DAJA 1L65A 4EKQA 3RZEA 4EKPA 1L00A 1P56A 1C68A 1L23A 191LA 1OVJA 3GUOA 3HU8A 2HUMA 3EMLA 3GUIA 1XJTA 1T8GA 254LA 1L97A 260LA 1LYIA 3DN2A 1EPYA 2RAYX 1CV0A 1B6IA 1L90A 3FADA 243LA 3HDFA 1L17A 1L45A 1C69A 2LCBA 4EKSA 227LA 1C61A 3C80A 1CUPA 3FI5A 1QT5A 1QT7A 4DKLA 3ODUA 3HUQA 1L46A 1QTHA 1C6DA 6LZMA 2CUUA 3SB5A 1L98A 146LA 1PQKA 1L80A 1LI3A 200LA 1L18A 3CDRA 5LZMA 2LC9A 205LA 2RBOA 2RAZX 4I7LA 1OWZA 1L67A 3HDEA 2B6WA 163LA 1KW7A 262LA 1C65A 1QTZA 144LA 1C6KA 4EKRA 150LA 3PBLA 1PQMA 1L41A 1QUHA 1SSYA 4ARPA 1C6PA 171LA 187LA 3GULA 1CV3A 3C81A 119LA 159LA 1L44A 4GRVA 1SX7A 1PQDA 1L29A 3G3XA 2Q9DA 2LZMA 1D3NA 1L58A 3DKEX 231LA 1C6BA 1P64A 143LA 1OVHA 177LA 3HH6A 4I7TA 239LA 1C6FA 3NY9A 252LA 3SBBC 4ARMA 1CTWA 249LA 1L74A 1L75A 123LA 1C6JA 1L93A 1LYDA 250LA 3GUMA 238LA 1L61A 1LPYA 2IGCA 2OTYX 2B6YA 1L63A 4I7MA 3OE0A 1L02A 1P7SA 4W52A 176LA 3OE9A 3C82A 125LA 126LA 201LA 3HU9A 4LDEA 4K5YA 188LA 1L49A 230LA 1G0GA 3DMXA 2B75A 2RBRA 3HT6A 228LA 4S0WA 1CU5A 4ZPUA 4EPFA 1L13A 216LA 1L25A 157LA 1D2WA 110LA 1QTDA 7LZMA 1D2YA 1L38A 1C6GA 1L32A 1L57A 237LA 4LZMA 115LA 1SSWA 2B73A 3GUPA 4I7QA 2B7XA 1L16A 190LA 1L21A 1L47A 3F8VA 1L69A 2RB0X 4W58A 206LA 4W56A 140LA 1LWGA 3K2RA 1L04A 1QT6A 3HTBA 1CX6A 1T97A 1CUQA 1L03A 1C6QA 148LE 1L07A 192LA 1C62A 4I7SA 221LA 4YX7C 1JTNA 3HT9A 112LA 251LA 2RB1X 1KY0A 1L26A 2B74A 1P46A 164LA 173LA 1L37A 3DN0A 3QAKA 1L88A 1C66A 161LA 185LA 1CV1A 1L10A 245LA 3GUJA 1L42A 2NTGA 4AQNA 233LA 210LA 4I7OA 1D3FA 1PQJA 246LA 1C6CA 2OTZX 4PJZA 1JTMA 2RBPA 4W51A 4E97A 1QUDA 244LA 4EXMA 3DN3A 3HH5A 141LA 1CV5A 3SBAA 158LA 226LA 1L64A 3DN4A 3OE8A 3SB6A 182LA 3CDOA 1L68A 4I7RA 166LA 2HULA 4ARJA 3NYAA 4DJHA 2A4TA 1T8AA 1QUGA 3SB8A 1DYEA 2B6XA 1QTVA 108LA 215LA 3PDSA 1L27A 1C6EA 1LYGA 2F32A 247LA 139LA 1L56A 155LA 1CX7A 131LA 1DYAA 257LA 175LA 1CU6A 1OWYA 1L55A 3DN6A 127LA 3FA0A 258LA 174LA 4ARLA 198LA 128LA 2F2QA 3SB7A 2RBQA 1D9WA 181LA 1C67A 114LA 2OEAX 1P37A 1G0MA 209LA 1L34A 3DMZA 3C8RA 1L99A 1K28A 1G0PA 1ZWNA 1L86A 3L64A 1L19A 1L01A 130LA 1D3MA 4EJ4A 170LA 2Z6BA 1L59A 4W57A 199LA 1C63A 1L92A 240LA 1G0KA 2OE7X 183LA 1L05A 241LA 1C64A 1T8FA 189LA 1QSQA 1L53A 1L54A 167LA 2RBSA 3C83A 1L87A 1LGWA 1P36A 2OE9X 178LA 4OO9A 1L84A 1L95A 1L66A 3GUKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZYTA 2DQHY 3OE6A 3WUMA 1OVKA 1L76A 1L83A 2QB0B 4H93A 4W59A 1OYUA 3W6DA 151LA 4LGKA 2OU9A 234LA 1HEOA 1P2LA 3LYTA 4DDBA 3A92A 2B6TA 1H87A 1UIFA 4Z3MA 2HUKA 4MR1A 2DQEY 4ETAA 1KXYA 4CJ2A 1L77A 1OV7A 3HH4A 2B70A 102LA 4XJGA 207LA 3HT7A 1LI2A 1L30A 1HF4A 4B4EA 1IR8A 1JJ0A 4EMNA 1REZA 5KXTA 4RW2A 3A93A 242LA 3CDQA 1AT6A 4PK0A 3G3WA 1L09A 4LDOA 1CKDA 4LDLA 1B7MA 1B9OA 3T36A 1IX0A 1NMMA 2ANXA 3DMVA 1LSGA 5LA8A 7LYZA 4H91A 1XEPA 4YXCA 1TDYA 4EPIA 2BQHA 3DN8A 1JSEA 1QS5A 1DYDA 4WLTA 2RBNA 1IIZA 1JSFA 4N5RA 1W6ZA 4HPIA 1CV4A 4NSIA 1UIAA 1LZBA 1IWZA 1JPOA 2I25L 2BQLA 1PQIA 1GB7A 1HEWA 1JUGA 4ETDA 197LA 1D0KA 1EQ5A 2B5ZA 3HUAA 1LSAA 4NSJA 4GLVA 1QSBA 196LA 1QUOA 4W55A 1L28A 1YL0X 1YROA 1LAAA 3G3VA 1L39A 1LJGA 2X0AA 3D4SA 3HT8A 1G7JC 1CJ7A 2HECA 1UUZC 3HBHA 3GUNA 1OV5A 2Q0MX 2WARA 1RFPA 1G1VA 1GHLA 1L81A 1GE2A 1B5WA 2OU8A 1LGXA 1LWKA 1QTKA 4CFOA 4Z41A 1WQRA 4H9BA 4G49A 4U3XB 1E8LA 4XJBA 149LA 1HC0A 3RNXA 4YXAC 1GF8A 1ZURA 1L43A 1C6TA 4H9AA 1IORA 1UIGA 1A4VA 1GFEA 1GAZA 3RZEA 1DQJC 1INUA 2FBBA 5DL9A 5FELA 3EMLA 4YEMA 5HMVA 1LSDA 5KXKA 1MELL 2RAYX 1B6IA 3FADA 243LA 1L17A 1UICA 4EKSA 4H9HA 1T6VL 4FDYA 1WTNA 4XN6A 1QT7A 3LN2A 2DQJY 4IJ4A 1NQIA 3W3EA 4B4JA 4W96A 3OJPA 1LTMA 1HFYA 1QTHA 3SB5A 3LYZA 2W1MA 1CKFA 4UWVA 4B0DA 2LYZA 2RBOA 1YKYX 2B6WA 5I54A 144LA 1C45A 8LYZA 4GCDA 1GFKA 3TMVA 5I5QA 5C6IA 1L44A 1SX7A 1OUEA 4DT3A 3B0IA 1L29A 3WVYA 2LZMA 4C3WA 3RW8A 1P64A 3B6LA 1IWYA 3HH6A 4I7TA 1C6FA 1OUFA 1IWUA 1L74A 123LA 1C6JA 3D9AC 4DD2A 1YANA 4PRUA 4I7MA 3WU8A 2ZIJA 4W52A 176LA 1IO5A 1KIRC 126LA 3AW7A 3IWRA 2BQKA 3W6AA 3DMXA 1B7NA 3HT6A 1LHIA 1NF5A 5HMJA 1L25A 1HHLA 3BKVA 2ZWBA 5LVIA 1B5VA 1QTDA 4J0LA 5D5CA 4H90A 4A7DA 1L57A 3RU5A 1GAYA 2EKSC 3GUPA 4HTKA 5DM9A 1L16A 1L21A 1L47A 2RB0X 4W58A 3A90A 5HNCA 1DKKA 3HTBA 5E9RA 1UBZA 3HBEX 1L03A 192LA 112LA 1LJNA 1L26A 2B74A 1P46A 2BLXA 1WQNA 1LHJA 3LZTA 4B49A 1C66A 245LA 3GUJA 4N8ZA 1IOCA 1CKHA 1BWJA 2NTGA 3N9CA 3N9AA 1PQJA 1IP1A 3WXTA 1I1ZA 1JTMA 2RBPA 4EXMA 3HH5A 1CV5A 3DN4A 3SB6A 4I7RA 3CDOA 1UC0A 2F2NA 2HULA 1GB0A 194LA 5LYTA 5B1GA 1DYEA 2F4GA 1HMKA 1V7TA 5C6LA 1BGIA 1F0WA 1L27A 3PDSA 1LYGA 3ATOA 5DN4A 1L56A 2G4QA 2FYDA 1DYAA 4ETCA 1L55A 4RDSA 3DN6A 127LA 2GV0A 4NIJA 174LA 3EBAB 5LYMA 3WL2A 2Z18A 3LYMA 2D91A 1G0MA 5F16A 1BQLY 1XGRC 1L19A 1L01A 2MEDA 1D3MA 4EJ4A 1NHEA 2ZYCA 3CSQA 189LA 1L53A 1WTMA 2BQEA 1LGWA 1P36A 5F81A 1LHKA 3A6BY 1XGPC 1XFPL 2MEIA 4DD0A 1L66A 2ZNXY 1QT8A 1GBXA 4IAPA 1C43A 1GXXA 248LA 1AT5A 1QTBA 1ZMYL 1L94A 1PZYA 3TMUA 4NHSA 3AW6A 1LZEA 1KIPC 1DYBA 5ILCA 1LJ4A 1LGUA 1L71A 2PC2A 3UONA 1GF5A 4G4BA 4LYBA 111LA 1LYFA 2C8OA 1LJJA 3P4ZA 1L12A 4HJYA 4DDAA 168LA 1KY1A 1W08A 1L51A 147LA 4I7JA 2I6ZA 4H9CA 4LT1A 109LA 1IC4Y 1LYZA 1OUDA 1IR7A 2BQNA 1LMQA 1LLHA 4PRQA 2DQAA 1UIHA 4W54A 5KXWA 1EL1A 4DC4A 1UACY 103LA 172LA 1L0JA 1C46A 4DD7A 1LKRA 2FBDA 4H8YA 3QE8A 118LA 217LA 4YEOA 1IY4A 3C7WA 5LVJA 6LYTA 1WTHA 1FLYA 1GF3A 4BAPA 1G1WA 1C08C 2OU0X 5LAGA 3HTGA 1BB4A 4ARQB 3P68A 4B4IA 195LA 1QSWA 1JJ1A 2ZIKA 3C8QA 1VATA 4PPOA 2MEGA 3HTDA 2HEFA 4II8A 1IVMA 1DZBX 4I7KA 3ZVQB 3T6UA 1YIKA 3M18B 2MEEA 1L36A 2XJWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1ZYT A;  2DQH Y;  3OE6 A;  3WUM A;  1OVK A;  1L76 A;  1L83 A;  2QB0 B;  4H93 A;  4W59 A;  1OYU A;  3W6D A;  151L A;  4LGK A;  2OU9 A;  234L A;  1HEO A;  1P2L A;  3LYT A;  4DDB A;  3A92 A;  2B6T A;  1H87 A;  1UIF A;  4Z3M A;  2HUK A;  4MR1 A;  2DQE Y;  4ETA A;  1KXY A;  4CJ2 A;  1L77 A;  1OV7 A;  3HH4 A;  2B70 A;  102L A;  4XJG A;  207L A;  3HT7 A;  1LI2 A;  1L30 A;  1HF4 A;  4B4E A;  1IR8 A;  1JJ0 A;  4EMN A;  1REZ A;  5KXT A;  4RW2 A;  3A93 A;  242L A;  3CDQ A;  1AT6 A;  4PK0 A;  3G3W A;  1L09 A;  4LDO A;  1CKD A;  4LDL A;  1B7M A;  1B9O A;  3T36 A;  1IX0 A;  1NMM A;  2ANX A;  3DMV A;  1LSG A;  5LA8 A;  7LYZ A;  4H91 A;  1XEP A;  4YXC A;  1TDY A;  4EPI A;  2BQH A;  3DN8 A;  1JSE A;  1QS5 A;  1DYD A;  4WLT A;  2RBN A;  1IIZ A;  1JSF A;  4N5R A;  1W6Z A;  4HPI A;  1CV4 A;  4NSI A;  1UIA A;  1LZB A;  1IWZ A;  1JPO A;  2I25 L;  2BQL A;  1PQI A;  1GB7 A;  1HEW A;  1JUG A;  4ETD A;  197L A;  1D0K A;  1EQ5 A;  2B5Z A;  3HUA A;  1LSA A;  4NSJ A;  4GLV A;  1QSB A;  196L A;  1QUO A;  4W55 A;  1L28 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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