1C64A

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l121a in the presence of 8 atm krypton
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c64A00
1CV5A 1P64A 3V2YA 1L43A 4EPIA 2OE9X 4ARQA 2L78A 1LI6A 1L42A 1C67A 151LA 245LA 3LZMA 1CX7A 1L87A 1C6QA 1L85A 1L96A 1T8FA 3HUAA 1LWGA 1L55A 3HUKA 1L94A 240LA 3HT9A 1QT5A 4W58A 1L22A 102LA 224LA 2LC9A 3GUNA 4S0WA 4LDLA 138LA 1I6SA 1L56A 2QB0B 1C6IA 1QT6A 4PJZA 1L39A 2F47A 175LA 1L86A 1P3NA 3HTGA 1JTNA 1P46A 1CU5A 163LA 158LA 1CTWA 1L59A 1SX7A 4I7OA 4GBRB 2RB1X 226LA 107LA 2HULA 1QS9A 1L23A 1G0MA 1L38A 1L02A 1QUDA 1PQMA 2OTZX 167LA 239LA 3FADA 4ARPA 111LA 4W52A 3UONA 181LA 1D2WA 1L50A 176LA 1L34A 3HH5A 4I7RA 1L08A 1QTHA 1DYBA 2B73A 3V2WA 4DKLA 2B7XA 244LA 1OV5A 189LA 235LA 217LA 1KW5A 1C6BA 4I7JA 1L61A 196LA 248LA 2CUUA 1CUQA 1L95A 1DYAA 144LA 199LA 211LA 3PDSA 4I7TA 4EXMA 178LA 1K28A 146LA 1L82A 1JQUA 3NY9A 1L60A 1SWZA 2A4TA 1L68A 160LA 3GULA 260LA 1LGXA 2RB0X 1L52A 1L72A 1G07A 2ANVA 1L92A 1L84A 201LA 254LA 242LA 1C69A 1LYIA 2OEAX 1L13A 128LA 149LA 198LA 1C6AA 4GRVA 1L49A 1LYDA 1DYFA 3NYAA 2Z6BA 234LA 1OWZA 3DN2A 1L15A 1L40A 4DJHA 1T8GA 1CU0A 3RZEA 4DAJA 192LA 238LA 4PK0A 2RB2X 1QS5A 1C6JA 3JR6A 262LA 3C80A 1L28A 2RBQA 1C6CA 109LA 1QSQA 1L46A 1WTHA 1TLAA 120LA 1L89A 1CV6A 5I14A 2HUKA 1L26A 1L76A 1PQJA 1L64A 1C6MA 1LW9A 214LA 210LA 191LA 257LA 1C6DA 131LA 1C63A 1L25A 237LA 1L80A 1LYGA 1C64A 249LA 3C8SA 1ZURA 1P7SA 1CU3A 2RBNA 3DN0A 1C6LA 225LA 3NY8A 174LA 3DN1A 1L99A 2F32A 1L09A 1P2LA 1SWYA 2ANXA 2RAYX 4LDEA 1XEPA 4E97A 1CV3A 220LA 256LA 3SB8A 3F9LA 1ZYTA 1D2YA 104LA 1L75A 186LA 140LA 3GUMA 1L93A 1L97A 1C6FA 1L14A 1PQDA 1D3FA 1L65A 2B74A 4YX7C 3HTDA 212LA 3CDTA 4I7QA 3HWLA 3HT8A 1L05A 1NHBA 252LA 4W54A 3HUQA 3L2XA 215LA 1PQIA 1CVKA 147LA 1G06A 4LZMA 4I7MA 2IGCA 1D3NA 1LYJA 3C7WA 3G3XA 3C7ZA 1OYUA 7LZMA 188LA 180LA 1L19A 1L03A 5LZMA 247LA 4AQNA 3SN6R 233LA 1CV4A 1L30A 159LA 1LYFA 1QUOA 1B6IA 1L00A 4EKPA 222LA 2B6YA 253LA 1C65A 1L71A 1QTCA 1G0LA 122LA 1QTVA 1T8AA 1L77A 2OU8A 142LA 1LGWA 1QT4A 1L04A 3HU9A 2RBRA 209LA 3G3VA 1JTMA 177LA 1L58A 246LA 1L36A 2B72A 145LA 1OV7A 4ARMB 1LLHA 1LPYA 168LA 2QARC 1P2RA 1L27A 2B6WA 2RBSA 148LE 3OE6A 1L32A 1G1WA 1KY1A 1LI3A 108LA 255LA 2LCBA 1C6PA 1KW7A 4W59A 1L51A 1LGUA 4K5YA 162LA 4EKSA 3C7YA 1G0JA 1KY0A 2O79A 1D3JA 3CDVA 3CDQA 2NTGA 2OE7X 1L06A 126LA 184LA 4EPFA 4ARJA 1C6GA 1G0KA 1CV1A 1L90A 2OU9A 187LA 3GUKA 143LA 172LA 4EKQA 1ZWNA 4ARQB 4ARMA 3DN4A 1QT8A 2HUMA 130LA 261LA 6LZMA 1L70A 4W51A 164LA 114LA 1C62A 3CDRA 2NTHA 169LA 3C82A 2B6XA 1OWYA 3EMLA 1QSBA 1G0PA 216LA 1OVKA 221LA 1C61A 3SB5A 152LA 3C83A 183LA 1L21A 1L0KA 3DN8A 3OE0A 3DMXA 1XJTA 200LA 3GUJA 2OTYX 3SBAA 1L0JA 110LA 228LA 3SB9A 1L45A 1PQKA 251LA 3PBLA 1L48A 1L74A 1QUHA 1CX6A 1L07A 1P36A 156LA 118LA 258LA 1L47A 1LI2A 1L41A 2Q9DA 1L88A 1L33A 1CU2A 1L67A 1KS3A 2B75A 115LA 4I7SA 3C8RA 1C6HA 1L17A 1L66A 206LA 250LA 2Q9EA 3K2RA 2B70A 2LZMA 231LA 1QT3A 1L37A 213LA 3HH3A 243LA 1D9WA 1C66A 195LA 1L53A 3GUPA 3VW7A 3HU8A 4OO9A 1KNIA 232LA 3QAKA 4LDOA 1C6EA 3FA0A 190LA 1LYEA 1C68A 3OE9A 1L11A 1SSWA 4YXAC 1G0QA 1L81A 4YXCA 2B6TA 1L10A 2F2QA 1QTBA 230LA 3RUNA 182LA 119LA 1C6KA 4I7NA 3F8VA 141LA 1P37A 3HTBA 2O7AA 197LA 1L18A 3SB7A 1L57A 1QTZA 1QUGA 3DNAA 1T97A 3C8QA 4ARLA 3ODUA 4IAPA 1L73A 4W56A 1OVHA 3FI5A 1L63A 1PQOA 2OU0X 185LA 3GUOA 219LA 157LA 1C60A 2RAZX 1L91A 1L31A 241LA 165LA 218LA 3HH6A 155LA 173LA 3L64A 2B6ZA 1G1VA 1L62A 3DMVA 113LA 1LYHA 1XJUA 229LA 1QT7A 2RBPA 123LA 205LA 1L83A 3HDFA 150LA 1L98A 3D4SA 1OVJA 3HT7A 3DMZA 3SBBC 1L16A 3HH4A 1P6YA 223LA 3OE8A 1G0GA 166LA 170LA 3HTFA 4ZPUA 4I7LA 2O4WA 1SSYA 3GUIA 3HT6A 1CV0A 4I7PA 125LA 1P56A 1EPYA 139LA 1L79A 1DYGA 1L01A 1DYCA 4W53A 2OE4X 112LA 4EJ4A 3DN6A 1CU6A 129LA 1SX2A 1T6HA 1L12A 3SB6A 1C6TA 1L24A 2RBOA 4I7KA 1CUPA 3DKEX 4EKRA 1C6NA 3HDEA 3G3WA 171LA 1L35A 1L54A 4W57A 1DYDA 3C81A 137LA 4W55A 1QTDA 236LA 3CDOA 103LA 1L29A 3DN3A 1L44A 127LA 1LWKA 1DYEA 259LA 1P5CA 227LA 161LA 1L20A 1L69A 1D3MA 2RH1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CV5A 1DI5A 4GN5C 3A96A 4ARQA 1JPOA 4RW2A 1JSEA 245LA 1CX7A 4BAPA 3B6LA 2BQLA 4OWBA 1L94A 2YBMA 5D5CA 1D0LA 1LZBA 4W58A 1L22A 2ZYPA 102LA 224LA 1IC5Y 3W6EA 1L56A 3WVYA 1DPXA 1L86A 3LN2A 1C7PA 1CU5A 158LA 1TBYA 5DN4A 1SX7A 2YBIA 2LYZA 1UA6Y 3CQLA 2A7FA 5D5FA 1L02A 1G7MC 1TAYA 239LA 5IELA 1JKBA 1IO5A 1KIQC 5KXSA 1LZEA 1GF5A 5KXLA 1L08A 4CJ2A 244LA 1OV5A 189LA 4H9IA 3CSZA 1JJ3A 2DQGY 5HMJA 2LYMA 2DQIY 144LA 1L60A 3TMUA 4N0JA 5I4WA 1ZVHL 4O34A 3LYZA 4J1AA 5KXNA 4ETEA 1GFEA 1SLYA 1D0KA 5KXPA 1L92A 2EIZC 1C69A 4XJBA 1B5WA 1EQ4A 1KXWA 4GRVA 1A2YC 1L49A 1DYFA 234LA 1GF4A 1L40A 4WOAA 1UBZA 3A67Y 1HMLA 3K3TA 4AGAA 1VATA 238LA 4IJ4A 1H87A 1OUAA 262LA 1IOTA 3WU7A 1L28A 1C6CA 109LA 1QSQA 1L46A 1TLAA 1VDQA 4WM6A 2HUKA 1PQJA 1LW9A 4H9BA 2ZNXY 257LA 1L25A 1L80A 3A34A 225LA 4ETCA 174LA 3DN1A 4RW1A 4LDEA 5KXZA 220LA 256LA 3F9LA 1AKIA 1D2YA 3J6KA 140LA 5ILCA 1IP6A 1C6FA 1L14A 1L97A 3AZ7A 4LT0A 1D3FA 1PS5A 1DKKA 1L65A 2B74A 4ETAA 1IP4A 4DD3A 5A3EA 1BQLY 3WPJA 1L05A 4XADA 1IP1A 2HTXA 4QY9A 4HTKA 1PQIA 5KXKA 1CVKA 4GLAA 4LZMA 1HF4A 1GXXA 3FE0A 4XJFA 4Z41A 1IR9A 2G4PA 5LZMA 4AQNA 3SN6R 159LA 3W6CA 4NGJA 2ZILA 1LPIA 1QDRA 222LA 2B6YA 4NGLA 122LA 1QTVA 2OU8A 1QT4A 2RBRA 4LYMA 2BQHA 1FLQA 1JTMA 177LA 1AZFA 1CJ7A 4NSIA 4WLTA 5EBHA 145LA 4TSBA 3N9EA 1IEEA 1CNSA 1QTEA 2YSSC 3T36A 2B6WA 2RBSA 1HERA 1KW7A 3B0OA 7LYZA 193LA 3TXDA 1IORA 2MEEA 1YKXX 4M4OA 1ZV5L 2O79A 1HMKA 4WM4A 2NTGA 2OE7X 1L06A 126LA 2EPEA 184LA 4OWHA 2BQGA 1G0KA 2HEDA 208LA 187LA 3D9AC 1HC0A 1JEFA 4NHPA 4ARQB 4I8SA 1D6PA 1B7NA 1LYOA 261LA 5APCA 4W51A 4WG7A 1GF9A 3A92A 1IP3A 4RLNA 3EMLA 216LA 1GFHA 4LYCA 4G4CA 1GF6A 2RSCA 183LA 2F4GA 1CJ8A 3DN8A 1LZSA 3OE0A 4WM2A 1LYSA 1L0JA 1AM7A 110LA 1YAMA 3EMSA 3LYMA 2A7DA 1TCYA 1L47A 1OUEA 3AGHA 1L41A 4N9RA 1D0MA 1L88A 1LAAA 2MEIA 1C6HA 250LA 4LT1A 1GE1A 2Z2EA 1C66A 4MSTA 3TXFA 4PPOA 4OO9A 1GF7A 1G7HC 1C6EA 3TXGA 1LYEA 4YXAC 1L81A 4YXCA 3RU5A 5LVHA 1LZDA 2FYCA 1LSMA 3HTBA 2O7AA 1WQOA 1T97A 4EOFA 5HMVA 1LJHA 4W56A 3W6BA 1B5VA 5B1FA 3EXDA 4H8ZA 1OVHA 3FI5A 1INUA 3A3RX 1PZYA 1L31A 241LA 165LA 4H9AA 1BVKC 3HH6A 3L64A 3OJPA 2C8PA 9LYZA 3AB6A 1GE0A 3WXUA 3DMVA 4PJ2C 4TWSA 1QT7A 2RBPA 1HELA 123LA 2IFFY 1XGUC 4WO6A 1WQRA 150LA 2BQIA 3HT7A 4H90A 3SBBC 4UWNA 5M1YA 1LYYA 4OWEA 4ZPUA 1KXXA 3GUIA 1IR8A 1HENA 1LHHA 4LT3A 5FCPA 2BLXA 1L01A 5FEKA 3A3QA 4FJRA 4W53A 2OE4X 112LA 4QGZA 4WLDA 1WVUA 3DN6A 1QDTA 4LYZA 1L12A 3SB6A 3WPLA 1I20A 1HSWA 153LA 1GF8A 5LAFA 3DKEX 4CFOA 2ZIKA 4DYGA 3C81A 5L3HA 4W55A 236LA 1RI8B 1L29A 5LINA 4NWHA 1L44A 4Z98A 3IJVA 5B06A 5FSTA 1IY3A 4EPIA 1LI6A 1L42A 1C67A 1L87A 1L85A 1UIBA 3BKVA 3HUKA 240LA 8LYZA 1LSGA 4W94A 1GFTA 1GFKA 1JUGA 5KXMA 1FLUA 2LHMA 1D9UA 1GB8A 4CFPA 1IP2A 1TDYA 1YILA 2QB0B 1QT6A 2F47A 1QSWA 1LZTA 2CDSA 2BQMA 4OWCA 1LMOA 2DQHY 3A91A 4WL6A 3QNGA 4Z46A 4I7OA 4XENA 1LMNA 226LA 1QS9A 5HQ1A 5LYZA 1L38A 1YL1X 4TTDA 176LA 1L34A 1GBYA 4I7RA 5KKJA 3HBEX 1QTHA 1DYBA 1T3PA 2B73A 3ATNA 1BB3A 3V2WA 4DKLA 4YF2A 3CSQA 235LA 2AUBA 2YBHA 2Z2FA 1C6BA 5FHWA 4WM3A 4GCDA 3LYOA 1HNLA 1TEWA 3AW7A 4I7TA 3A6CY 1K28A 4PHIA 4XJGA 1HEPA 4P2EA 1SWZA 4XYYA 1V7TA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CV5 A;  1DI5 A;  4GN5 C;  3A96 A;  4ARQ A;  1JPO A;  4RW2 A;  1JSE A;  245L A;  1CX7 A;  4BAP A;  3B6L A;  2BQL A;  4OWB A;  1L94 A;  2YBM A;  5D5C A;  1D0L A;  1LZB A;  4W58 A;  1L22 A;  2ZYP A;  102L A;  224L A;  1IC5 Y;  3W6E A;  1L56 A;  3WVY A;  1DPX A;  1L86 A;  3LN2 A;  1C7P A;  1CU5 A;  158L A;  1TBY A;  5DN4 A;  1SX7 A;  2YBI A;  2LYZ A;  1UA6 Y;  3CQL A;  2A7F A;  5D5F A;  1L02 A;  1G7M C;  1TAY A;  239L A;  5IEL A;  1JKB A;  1IO5 A;  1KIQ C;  5KXS A;  1LZE A;  1GF5 A;  5KXL A;  1L08 A;  4CJ2 A;  244L A;  1OV5 A;  189L A;  4H9I A;  3CSZ A;  1JJ3 A;  2DQG Y;  5HMJ A;  2LYM A;  2DQI Y;  144L A;  1L60 A;  3TMU A;  4N0J A;  5I4W A;  1ZVH L;  4O34 A;  3LYZ A;  4J1A A;  5KXN A;  4ETE A;  1GFE A;  1SLY A;  1D0K A;  5KXP A;  1L92 A;  2EIZ C;  1C69 A;  4XJB A;  1B5W A;  1EQ4 A;  1KXW A;  4GRV A;  1A2Y C;  1L49 A;  1DYF A;  234L A;  1GF4 A;  1L40 A;  4WOA A;  1UBZ A;  3A67 Y;  1HML A;  3K3T A;  4AGA A;  1VAT A;  238L A;  4IJ4 A;  1H87 A;  1OUA A;  262L A;  1IOT A;  3WU7 A;  1L28 A;  1C6C A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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