1C65A

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l121a in the presence of 8 atm xenon
Total Genus 61
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH6 (108-113)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c65A00
3ODUA 1T8FA 219LA 164LA 2RBQA 3RZEA 1QT6A 260LA 2OTYX 1LPYA 261LA 3RUNA 1L95A 3C81A 188LA 1C6QA 1L0JA 2RAZX 1DYGA 102LA 257LA 2F47A 1L57A 1L49A 166LA 1T8GA 1P56A 1C6KA 1P2LA 118LA 226LA 2O4WA 2O79A 1OV5A 1L33A 1PQIA 1LYEA 235LA 3SB9A 6LZMA 147LA 165LA 1KW5A 229LA 2NTGA 4DJHA 1L71A 1QUGA 3SBAA 1L08A 3FADA 3OE0A 1L32A 162LA 1QSQA 1L36A 1L41A 3DN2A 243LA 238LA 2QARC 1LYJA 1L00A 1P46A 4EKPA 190LA 1L13A 3C7ZA 3DMVA 114LA 1L23A 1KY1A 4I7QA 1QT4A 3DN0A 3DN4A 109LA 1L12A 1L92A 2LCBA 1L39A 1C61A 2Q9EA 1QT3A 1C6JA 158LA 139LA 231LA 5I14A 1I6SA 3V2YA 1JTMA 4W51A 1L11A 3HUAA 3DMZA 1L89A 2OTZX 1L43A 1L65A 4LZMA 1CX6A 227LA 3GUKA 183LA 1P3NA 1PQDA 1L85A 1DYDA 167LA 7LZMA 201LA 1P5CA 3HDEA 1OYUA 1QTZA 168LA 128LA 230LA 1KNIA 247LA 3HH4A 3VW7A 3CDRA 1LLHA 175LA 4OO9A 2RB1X 4GRVA 4I7SA 1L48A 4I7PA 1L51A 1L62A 246LA 4W56A 150LA 2A4TA 3NY8A 170LA 3UONA 2IGCA 1CV3A 1L58A 4W57A 233LA 2LZMA 1LGUA 237LA 142LA 163LA 3SB7A 1D3MA 3DNAA 1L82A 3DMXA 3GUIA 1C62A 1L22A 262LA 1G0LA 1G0JA 258LA 3DN3A 3OE8A 1L45A 3DN1A 110LA 2RBSA 2CUUA 1QTVA 1SX7A 1C6FA 4ARQB 255LA 4DKLA 1L46A 1OV7A 1PQJA 3HT8A 1L09A 225LA 1EPYA 224LA 3PBLA 1C66A 1L16A 4I7OA 1L38A 1P37A 1OWYA 2RBOA 3DKEX 138LA 2O7AA 1G07A 1LWGA 228LA 2B72A 1LW9A 1SWYA 1L19A 107LA 1NHBA 171LA 1C6CA 3FI5A 151LA 4YXAC 2ANVA 1L91A 1QSBA 1D2YA 145LA 186LA 3GUJA 1G0QA 1P7SA 1DYEA 3F9LA 3SB8A 244LA 222LA 4ARQA 223LA 1L75A 1L83A 1C6MA 123LA 1XEPA 146LA 1QT8A 1CV4A 3CDQA 3V2WA 1L26A 182LA 180LA 1L55A 1T6HA 1LYFA 1SSYA 127LA 1L67A 4W54A 4YXCA 3C82A 1QTDA 4I7JA 1L07A 141LA 1C6NA 1C6TA 253LA 4IAPA 200LA 4W58A 1C68A 1D2WA 4PJZA 189LA 1D3NA 1T97A 215LA 112LA 174LA 1K28A 1TLAA 2B6TA 1P6YA 2RBNA 217LA 169LA 3HUQA 1L96A 1L88A 1G06A 2OE9X 3HTBA 1LYHA 4EPIA 1L28A 221LA 2B6XA 1C6IA 236LA 1C6GA 1L73A 3SN6R 3HUKA 119LA 252LA 2B75A 214LA 1CU0A 1QUHA 250LA 1C63A 1D3FA 1P64A 3C80A 3G3WA 205LA 2Z6BA 3SB6A 1LGWA 1LYDA 199LA 1L61A 242LA 4I7TA 3SBBC 3JR6A 3NY9A 211LA 2F2QA 1L0KA 209LA 259LA 1L40A 1XJUA 1LI3A 1L69A 1L99A 159LA 1L20A 1L59A 218LA 220LA 172LA 1L25A 1JTNA 131LA 176LA 1OVKA 1QS9A 1QTBA 1JQUA 1L52A 1L18A 241LA 1C69A 1L80A 157LA 1L14A 2OU8A 3C7WA 3HTFA 3C8SA 1PQOA 4EKSA 210LA 2RBRA 1L34A 245LA 1L27A 3CDVA 155LA 3EMLA 4EPFA 4ZPUA 2B73A 1L47A 2B7XA 1L17A 3C83A 4I7RA 3HH3A 108LA 1G0GA 4AQNA 216LA 3HH5A 3SB5A 3HT6A 4S0WA 4I7MA 1DYBA 1QUDA 1CV6A 104LA 2RBPA 1KS3A 1L97A 3FA0A 148LE 185LA 4PK0A 4I7LA 4LDOA 4K5YA 1CTWA 1L98A 192LA 3QAKA 2OE4X 1L54A 1C64A 3GUOA 1L35A 184LA 1OVJA 191LA 144LA 4ARJA 1L50A 2ANXA 4DAJA 1LYGA 1L90A 1L66A 1L60A 2L78A 4LDEA 4W52A 1CUQA 1CU6A 1WTHA 1SX2A 178LA 3HH6A 1L15A 2LC9A 251LA 120LA 3DN8A 197LA 1QT7A 143LA 103LA 1G0KA 206LA 2Q9DA 1T8AA 1C6BA 2HUMA 1C6AA 213LA 2RB0X 240LA 187LA 1CV0A 1L06A 111LA 2B6WA 3GUPA 4I7KA 1L02A 2RH1A 1L64A 1LWKA 1L87A 1QT5A 1LGXA 2B6YA 3HDFA 4ARLA 1L44A 3LZMA 4ARMB 2QB0B 1C65A 196LA 1CU2A 1C6PA 126LA 3OE6A 1L10A 4EXMA 249LA 4EKRA 1L81A 1B6IA 1OVHA 181LA 1L05A 3CDOA 1ZYTA 1L63A 1CX7A 2B74A 195LA 1KW7A 1D9WA 1ZURA 4LDLA 1L70A 1L86A 232LA 2HUKA 1L56A 3C7YA 3G3VA 1C6DA 3HU8A 1L03A 1L68A 1C60A 1LI2A 2F32A 3F8VA 4EJ4A 1CV1A 113LA 1L04A 3G3XA 1L21A 4GBRB 2RAYX 1L24A 3HTGA 3L2XA 1C6EA 248LA 212LA 1G0PA 3PDSA 5LZMA 4YX7C 239LA 4I7NA 140LA 1SWZA 4ARMA 129LA 1PQMA 1CU3A 1QTHA 4ARPA 4EKQA 2OEAX 3GULA 1G1VA 1ZWNA 3C8QA 1L79A 1DYAA 149LA 1LI6A 1L42A 1C6HA 130LA 1CUPA 2NTHA 125LA 1DYCA 1LYIA 2HULA 2OU0X 3NYAA 1L77A 1QUOA 1L29A 1P2RA 3C8RA 3GUMA 3HTDA 1L74A 3D4SA 1L53A 1P36A 3HU9A 1PQKA 156LA 1L84A 1L94A 1OWZA 3DN6A 4E97A 1CVKA 177LA 122LA 1C6LA 1L30A 1L37A 1QTCA 198LA 1L72A 3HWLA 152LA 3K2RA 1KY0A 4W55A 4W53A 1CU5A 160LA 1XJTA 3L64A 256LA 3OE9A 3CDTA 2RB2X 3HT7A 2B70A 115LA 254LA 3HT9A 1QS5A 1CV5A 1L31A 2OU9A 1DYFA 1L76A 4W59A 1G1WA 1L93A 161LA 234LA 137LA 1C67A 2OE7X 1SSWA 3GUNA 173LA 1L01A 2B6ZA 1G0MA 1D3JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
219LA 3RZEA 1LPYA 3RUNA 3WW5A 1OUAA 1GEZA 1HFYA 1QIOA 2BQIA 188LA 1L0JA 2RAZX 1AT5A 1HSWA 1P2LA 1IR8A 2O79A 4DT3A 3A91A 2DQEY 4XADA 2AUBA 1IIZA 3SB9A 1KW5A 165LA 3B0KA 2NTGA 4HTKA 2W1XA 4OWHA 1L71A 4RW2A 3M3UA 3B0IA 1ZVYB 2PC2A 1LAAA 1L13A 1JKDA 1IO5A 1KY1A 1QUTA 3CB7A 4W96A 1L92A 1IP1A 208LA 1FLWA 4WM1A 3WVYA 4GCEA 2HTXA 1I6SA 5I14A 4XENA 4G4HA 3DMZA 1ZVHL 1F0WA 2I26L 4LZMA 3GUKA 183LA 1P3NA 4LYCA 1DYDA 1GFRA 1GBWA 2Y8PA 1QTZA 2ZWBA 1VDQA 1DKJA 4OO9A 2RB1X 1KIPC 1L48A 4DC4A 1LZ9A 1D0KA 4GLAA 246LA 5JENB 2FBDA 4XJBA 1L58A 4W57A 2Z18A 237LA 142LA 4W94A 1TCYA 1D3MA 258LA 3DN3A 3OE8A 4AXTA 1L45A 3DN1A 110LA 2RBSA 4H9AA 1GFTA 1LMCA 4GN5C 1LMPA 2YBIA 1SX7A 4Z98A 3A95A 255LA 1L46A 2BQKA 1L09A 1EPYA 224LA 4YEMA 2MEAA 4I7OA 1YROA 2LYOA 3LYMA 1H6MA 4IASA 4WMGA 2B72A 3AGIA 4KPMA 4B4IA 171LA 3LZTA 3WPJA 4GCCA 1GF7A 1LZ6A 1L91A 4HTQA 4TWSA 4WO6A 4WLYA 1QSBA 5FEKA 3EO5A 5HQ1A 4ETEA 1TEWA 4DD1A 3F9LA 1C6MA 3TMWA 123LA 146LA 1SQ2L 3V2WA 180LA 1L55A 1LYFA 127LA 4NGKA 1JPOA 1LJKA 1QTDA 1L07A 4H8ZA 1GFUA 3ZEKA 1QQYA 1D2WA 4H9HA 189LA 1D3NA 1T97A 215LA 1UACY 112LA 5M1YA 4RDSA 4QY9A 2B6TA 4PJ2C 4RLMA 4R0FA 3AZ7A 4LYBA 4MR1A 3HTBA 3HBDA 2DQJY 221LA 4NSHA 1C6IA 1GE4A 1BB3A 236LA 119LA 2YDGA 214LA 1LHJA 5FCPA 1P64A 5KXSA 1KIRC 3G3WA 5APDA 4NGYA 4I7TA 4H92A 2F2QA 209LA 1B5UA 1L40A 4CFPA 5KXRA 159LA 1L20A 3CSZA 172LA 1LJFA 131LA 176LA 3K3TA 1QTBA 1JQUA 1L52A 1TDYA 4H9BA 2BQCA 3CDVA 5B1FA 154LA 1GFVA 1NHEA 4ZPUA 5LYTA 2BQGA 4I7RA 1G0GA 3HH5A 4S0WA 4NGIA 4I7MA 5KJ9A 1OUBA 2RBPA 1GB5A 2MEDA 4PK0A 4I7LA 2WARA 2D4KA 5EBHA 4QDNA 3EMSA 192LA 3QAKA 1JJ1A 4H9EA 1V7SA 1GF5A 1L54A 1B5VA 1L35A 191LA 2ANXA 1LHKA 4CFOA 4WLXA 4LDEA 3CT5A 1LZEA 4Z41A 3TMXA 1SX2A 1GFKA 1L15A 4TSCA 251LA 120LA 1QDTA 1BB7A 4N5RA 1LMTA 1QT7A 206LA 3WMKA 3WUAA 1C7PA 1C6AA 3G3BB 2RB0X 5HNLA 2XTHA 2Z12A 5T3FA 2HU3A 111LA 4H91A 2RH1A 1EQ4A 4CGEA 5I5QA 1D6PA 1L87A 4GN3A 1IWYA 2X0AA 3HDFA 1XGUC 2DQIY 3LZMA 5L3HA 4ARMB 2QB0B 4NHPA 5APEA 4G9SA 2EQLA 4WL7A 5B06A 1L10A 4LYTA 4EXMA 4EKRA 3B6LA 3WULA 2N5ZA 4CHXA 1L05A 1LZDA 195LA 4IATA 1D9WA 1ZURA 4LDLA 2Z37A 5LINA 1L03A 1C60A 2F32A 4A7DA 4ANRA 1KIQC 5I4XA 1L04A 3LZ2A 3ZVQB 4GBRB 1OUIA 4DD9A 1LJ4A 1G0PA 5LZMA 3WUNA 1ALCA 1XEIA 2BQNA 1YAOA 1QTHA 1IP7A 1G1VA 1ZWNA 2YBNA 1QDRA 1QSWA 1L42A 1C6HA 2XBRA 1DYCA 1HEPA 3CSRA 4H93A 1QUOA 1BVKC 1LSAA 4J7VA 1L29A 1P2RA 3HTDA 1P36A 1W08A 3CT0A 4HJYA 1OWZA 2FYDA 1VATA 4DQ5A 3A8ZA 198LA 1L72A 2ZNXY 2H9JA 4H9FA 4W55A 1CU5A 160LA 256LA 1LSMA 4GLVA 4H8YA 3HT7A 2B70A 1LMAA 1IC5Y 1QS5A 1NF5A 3AZ6A 5ILFA 1UC0A 1GHLA 4B4JA 1YKZX 161LA 3P65A 5KXNA 3OJPA 1L01A 1GE0A 3A90A 2I6ZA 1Z55A 1B5WA 4UWUA 1LZ8A 2BAAA 2RBQA 1XGRC 1DI4A 261LA 2BQDA 1OUEA 1HEWA 257LA 1L49A 7LYZA 2IHLA 1LJJA 1IWZA 1GB6A 4LFPA 235LA 5HNCA 4N1EI 1WVUA 1LHIA 1XEKA 3P64A 1QUGA 1GE2A 2YSSC 1L32A 162LA 1QSQA 1L41A 3HFMY 4G49A 4DQJA 238LA 2EKSC 4WM4A 2YBJA 3DMVA 2DBTA 1L39A 4HPIA 2D6BA 3A3RX 1LSZA 4UWNA 2Q9EA 3A6CY 1LZBA 4BS7A 2BQOA 5L3IA 4W51A 1GF3A 1L11A 4I0CA 1L65A 1LJEA 1CX6A 1QSAA 1BB4A 1CJ9A 1PQDA 167LA 5L9JA 3HDEA 2C8PA 168LA 1GFAA 1LZAA 230LA 2MEEA 247LA 2RSCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 219L A;  3RZE A;  1LPY A;  3RUN A;  3WW5 A;  1OUA A;  1GEZ A;  1HFY A;  1QIO A;  2BQI A;  188L A;  1L0J A;  2RAZ X;  1AT5 A;  1HSW A;  1P2L A;  1IR8 A;  2O79 A;  4DT3 A;  3A91 A;  2DQE Y;  4XAD A;  2AUB A;  1IIZ A;  3SB9 A;  1KW5 A;  165L A;  3B0K A;  2NTG A;  4HTK A;  2W1X A;  4OWH A;  1L71 A;  4RW2 A;  3M3U A;  3B0I A;  1ZVY B;  2PC2 A;  1LAA A;  1L13 A;  1JKD A;  1IO5 A;  1KY1 A;  1QUT A;  3CB7 A;  4W96 A;  1L92 A;  1IP1 A;  208L A;  1FLW A;  4WM1 A;  3WVY A;  4GCE A;  2HTX A;  1I6S A;  5I14 A;  4XEN A;  4G4H A;  3DMZ A;  1ZVH L;  1F0W A;  2I26 L;  4LZM A;  3GUK A;  183L A;  1P3N A;  4LYC A;  1DYD A;  1GFR A;  1GBW A;  2Y8P A;  1QTZ A;  2ZWB A;  1VDQ A;  1DKJ A;  4OO9 A;  2RB1 X;  1KIP C;  1L48 A;  4DC4 A;  1LZ9 A;  1D0K A;  4GLA A;  246L A;  5JEN B;  2FBD A;  4XJB A;  1L58 A;  4W57 A;  2Z18 A;  237L A;  142L A;  4W94 A;  1TCY A;  1D3M A;  258L A;  3DN3 A;  3OE8 A;  4AXT A;  1L45 A;  3DN1 A;  110L A;  2RBS A;  4H9A A;  1GFT A;  1LMC A;  4GN5 C;  1LMP A;  2YBI A;  1SX7 A;  4Z98 A;  3A95 A; 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