1C6BA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l133a in the presence of 8 atm xenon
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNAAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6bA00
3PBLA 4EKQA 3HDFA 3DN2A 131LA 260LA 215LA 3OE8A 1L26A 1L19A 1L96A 1XJTA 1G06A 3SBBC 1QUGA 3DNAA 3HT6A 239LA 1C6JA 2B7XA 1OWZA 4PK0A 3C7YA 2OE7X 3SBAA 6LZMA 1L75A 112LA 1QTZA 1L00A 3FI5A 219LA 209LA 184LA 2B6WA 1LI2A 3HDEA 1G0MA 3HH4A 1CV6A 2CUUA 1WTHA 7LZMA 1G07A 2HULA 1L71A 1L34A 1L55A 1L48A 1PQOA 3HT9A 1QTVA 247LA 3SB8A 146LA 1LWKA 1QT4A 2ANVA 2HUMA 2RBOA 1C6CA 4OO9A 1OV7A 1CV4A 151LA 1L52A 1QT5A 2NTGA 1L99A 156LA 1P37A 1KNIA 1L88A 1QUHA 144LA 167LA 1LGXA 206LA 2B6YA 1C67A 3EMLA 176LA 3SB9A 4I7LA 4I7SA 1L67A 3UONA 1L31A 3HU9A 1L22A 1L69A 2RAZX 3SB6A 1C6MA 1P36A 1G0GA 2F47A 3SN6R 1PQKA 1JTMA 197LA 1L77A 3HH6A 2A4TA 149LA 155LA 1L41A 1L59A 2RBPA 1LYHA 245LA 4LDOA 1CU6A 1L98A 1G1WA 4LDLA 107LA 4I7KA 1L37A 1L15A 3OE0A 1C6FA 1L0JA 228LA 2B6ZA 257LA 1L0KA 3GUKA 1L57A 211LA 1L14A 1G0KA 1L56A 161LA 1L05A 1L65A 1T8AA 4K5YA 200LA 3PDSA 111LA 3GUJA 213LA 230LA 3CDQA 188LA 2OEAX 1K28A 2O7AA 174LA 255LA 4DAJA 1L68A 3HU8A 3HTFA 4EPFA 1C6AA 127LA 2OU8A 119LA 3NY9A 1D2WA 3V2YA 1L53A 1L91A 1L23A 1QUDA 1C60A 1L36A 2L78A 1L45A 1D9WA 1L58A 252LA 214LA 1G0LA 1KY0A 3DMZA 233LA 3RZEA 120LA 232LA 2OU9A 3HH5A 122LA 1QT3A 159LA 168LA 226LA 2ANXA 2LC9A 4LZMA 2IGCA 4DJHA 1LYJA 225LA 2F32A 196LA 250LA 3NYAA 1C66A 1L90A 118LA 189LA 241LA 140LA 1PQMA 1SX7A 244LA 4I7TA 1L29A 4EKRA 1NHBA 3CDRA 210LA 1L25A 1DYEA 3CDOA 1L94A 1OVJA 1C69A 3DN3A 1LYEA 2RBNA 2RH1A 261LA 164LA 1PQJA 253LA 3DMXA 3DN6A 1JQUA 3V2WA 1L10A 1DYBA 4EXMA 178LA 248LA 2B72A 1C63A 1DYGA 4I7OA 1QS9A 1C6PA 1L74A 1QSQA 222LA 190LA 4I7QA 4ARQA 5LZMA 165LA 1QUOA 1L79A 1SSYA 4ARPA 199LA 1CV3A 1L24A 1SX2A 103LA 1C6GA 4ARMA 2Z6BA 4LDEA 1L87A 1L13A 1L80A 173LA 1L12A 1QTDA 224LA 1DYAA 1QT6A 162LA 1L33A 1LLHA 1P64A 1L49A 231LA 1L42A 2NTHA 4W58A 1C6DA 4W51A 223LA 1L11A 3SB7A 1QT7A 1P7SA 1OVKA 1L92A 2O79A 185LA 3OE6A 4W52A 229LA 1EPYA 2RBQA 4S0WA 1QSBA 4W56A 4GBRB 1L97A 4DKLA 1L32A 4I7MA 2RAYX 1KY1A 4W53A 254LA 1OVHA 150LA 1CV5A 1L39A 236LA 2QB0B 1G0PA 3GUIA 3C8SA 1L35A 142LA 1P2RA 126LA 138LA 170LA 166LA 3G3WA 1LYGA 237LA 1LYIA 238LA 3QAKA 1L82A 3SB5A 1C62A 1P46A 258LA 1DYFA 3LZMA 1C6TA 1PQIA 1XEPA 4ARLA 1C6HA 137LA 242LA 1P56A 1C64A 4YXCA 157LA 1C6BA 109LA 1L02A 1C6QA 2RB2X 235LA 1L93A 4W57A 195LA 1L89A 1C6IA 1CV1A 1QT8A 1LYFA 2LZMA 1P6YA 249LA 1OV5A 2OU0X 2Q9DA 1QS5A 180LA 169LA 3DN1A 1L62A 3C8RA 3NY8A 1D2YA 1T6HA 3C83A 129LA 1LPYA 1CX7A 1L85A 1L54A 1KS3A 1LGWA 1L64A 1L01A 104LA 123LA 3GUOA 259LA 158LA 181LA 3C82A 205LA 1ZYTA 1L21A 3K2RA 1L07A 4W55A 2B6TA 3C7ZA 220LA 1LYDA 1L83A 1L30A 3C81A 4GRVA 1L40A 1CX6A 110LA 2F2QA 3HUKA 113LA 172LA 1L76A 246LA 1L20A 3HUAA 3C7WA 2OTYX 4AQNA 3HT8A 1KW7A 1CV0A 1L51A 3D4SA 2LCBA 1TLAA 125LA 3L64A 1L43A 4EPIA 3RUNA 1CTWA 1T97A 198LA 141LA 3HWLA 1L17A 4W59A 4YX7C 3CDVA 234LA 2QARC 108LA 163LA 1L38A 1OYUA 1XJUA 1LI3A 1L72A 2B74A 1QTBA 3C80A 4YXAC 218LA 1PQDA 148LE 175LA 3DN4A 227LA 145LA 4EKSA 1QTHA 1SWYA 1L03A 1C68A 243LA 3F8VA 1G0QA 4W54A 1CUPA 1L61A 212LA 1SSWA 1SWZA 3GUNA 1L60A 1L47A 1L63A 1L44A 102LA 2Q9EA 1T8FA 3G3XA 4EKPA 130LA 1D3NA 1L27A 1LWGA 4I7NA 1C6EA 1L81A 187LA 3JR6A 2OE9X 4ZPUA 1L18A 1C6KA 1C6LA 1L46A 3FA0A 3DMVA 4EJ4A 2OE4X 1D3MA 128LA 1LGUA 1CU0A 3DKEX 5I14A 240LA 192LA 182LA 1CVKA 1T8GA 1I6SA 2RB1X 3C8QA 3HT7A 3HTDA 2OTZX 2B6XA 1D3FA 3GUMA 1JTNA 171LA 1L84A 201LA 1LI6A 1DYDA 160LA 139LA 2RBRA 2RBSA 1C6NA 1L06A 4I7RA 3VW7A 1C65A 4I7JA 2B73A 2B70A 152LA 2B75A 1L28A 4E97A 216LA 3OE9A 1QTCA 3HTBA 1OWYA 1G0JA 1L66A 1L86A 1L95A 1CU2A 3CDTA 1L04A 1ZWNA 1C61A 3GUPA 1L50A 1KW5A 4IAPA 1P2LA 147LA 3HTGA 3HH3A 217LA 256LA 1B6IA 1CUQA 1CU3A 1L70A 3DN0A 4PJZA 3G3VA 4I7PA 114LA 1ZURA 4ARJA 1L09A 2RB0X 177LA 1P3NA 2HUKA 1P5CA 1G1VA 1CU5A 3F9LA 1LW9A 143LA 2O4WA 221LA 4ARQB 3DN8A 3GULA 1L73A 115LA 3FADA 1D3JA 1L16A 3ODUA 262LA 1L08A 4ARMB 1DYCA 183LA 3HUQA 191LA 186LA 3L2XA 251LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WULA 3PBLA 3DN2A 5II3A 3WPJA 1LSAA 260LA 4WG1A 1CKGA 5B1GA 1XJTA 1G06A 4LYBA 1QUGA 3HT6A 4MR1A 1C10A 1GEVA 3TXHA 2B7XA 1OWZA 5L3HA 1QTZA 3FI5A 219LA 4TX7A 1JTOL 1FLQA 1EQ5A 1LI2A 4PRQA 1G0MA 4H9IA 1NBYC 4LFPA 1WTHA 1GEZA 4ETCA 2Z38A 1IP7A 6LYTA 1IOQA 1KIQC 1QTVA 1GFTA 4CFOA 1GXV2 4N8ZA 1CV4A 1HFYA 1L52A 2NTGA 1P37A 2BQMA 5C6IA 4C5FA 1QUHA 144LA 1LGXA 1UBZA 2Z12A 176LA 3AGIA 3SB9A 4ET8A 2C8OA 1UIAA 1FLYA 3N9EA 1HF4A 4I0CA 3A93A 4HP0A 4UWUA 3HH6A 3CQLA 1UIDA 155LA 2RBPA 3RT5X 4LDOA 1LMQA 1L37A 1F6SA 4GLAA 1L0KA 3GUKA 3A96A 4HJZA 211LA 1JSFA 2XBRA 1G0KA 1L65A 1T8AA 3PDSA 1GF5A 255LA 2ZWBA 1YANA 1A4VA 1NF5A 1GB3A 1L53A 5E4PA 1QUDA 5FSTA 1GAYA 4BAFA 1L58A 2F4AA 5KJ9A 3RZEA 2RSCA 5KXZA 4OWBA 1DZBX 5KXMA 159LA 3N9CA 168LA 2IGCA 4L41A 3AZ7A 4WG7A 4ZEEA 1XGPC 2BLXA 189LA 241LA 140LA 2XQOA 1NKHA 1JJ0A 4H90A 5LINA 1L25A 3CDOA 1YAMA 3TXEA 4B1AA 2YBMA 1OVJA 4XJIA 1C69A 3DN3A 3LZTA 3HFMY 2X0AA 2FBBA 3DMXA 3WU9A 1L10A 1DYBA 4EXMA 2B72A 1DYGA 1QS9A 3AZ5A 4M6DA 1GE1A 4I7QA 4ARQA 1RCMA 1CV3A 1L24A 3ZVQB 1SX2A 5KXNA 1J1OY 4NHPA 1L87A 173LA 5ILFA 1YIKA 4XJDA 1QT6A 4WOAA 1L33A 3QNGA 1OUAA 1BVXA 3IWRA 2ZYPA 193LA 2DQIY 3QY4A 4DD9A 5KKJA 1EPYA 3B0OA 4W56A 2LYOA 4I7MA 2RAYX 4UWNA 1KY1A 2BQHA 1UIEA 1DPWA 1DXJA 254LA 1OVHA 1LZDA 4BS7A 3P68A 4D9ZA 5LXWA 236LA 5DLAA 5LVGA 1L35A 4DT3A 1GE2A 126LA 3WPLA 238LA 3SB5A 1PQIA 3D3DA 3EMSA 109LA 2YBIA 1C6QA 4PRUA 235LA 4LYZA 1CV1A 1DI3A 1QT8A 1IVMA 1LYSA 3A6BY 2LZMA 1IOSA 1FLWA 1OV5A 1UA6Y 1LSBA 1QUSA 1IWWA 1G7JC 180LA 1WTNA 129LA 104LA 1CKCA 2B5ZA 2LYMA 4H9CA 2CWIA 1LYDA 1L83A 4H91A 4FDYA 2MEGA 3IJVA 1HELA 1DI5A 4AQNA 1KW7A 3D4SA 2XBSA 1IC5Y 4W94A 1TLAA 125LA 1BVKC 2DBTA 2LZ2A 4WM3A 2A7DA 1XGUC 2QARC 4Z98A 1LSDA 163LA 3WXTA 5ILCA 5LYTA 3LYTA 1LMCA 4RLNA 1REMA 1BB3A 218LA 5HNCA 1GPQC 148LE 2ZNXY 1IP5A 5KXWA 227LA 145LA 3LZ2A 4GCBA 5C6LA 4II8A 1L61A 1HEQA 1JISA 4DQ5A 1UIBA 3AJNA 1L44A 3OJPA 1LJKA 5HLLA 1LWGA 1L81A 187LA 1D6PA 3A8ZA 3W6AA 4LZTA 2OE9X 1LTMA 3BKVA 2OE4X 1LGUA 4DQJA 4N1EI 4WM5A 2W1XA 4HTNA 1I6SA 2RB1X 3HT7A 1HEOA 2OTZX 1IC4Y 1D3FA 1QSWA 3GUMA 1L84A 4NG1A 8LYZA 2CGIA 160LA 3B0KA 1MLCE 3ZVQA 4Z46A 2RBSA 1LZYA 3VW7A 4XADA 1IWYA 1OUBA 1IWUA 5KXPA 1L28A 3OE9A 1QTCA 3W6FA 3WMKA 1GF9A 5L3IA 194LA 1JKCA 1LMAA 1OWYA 4NSJA 4CJ2A 1WTMA 3CDTA 1ZWNA 1B5XA 5I4XA 1DI4A 3GUPA 4O34A 5I4YA 1L50A 1P2LA 1YQVY 217LA 5APEA 4YOPA 1IORA 4PJZA 5FHWA 2HUKA 1P5CA 3T6UA 2FBDA 3AGGG 2FYCA 4NEBA 1FKQA 186LA 2LZTA 1HSWA 251LA 1GBZA 4YM8A 1XGRC 2HEFA 2DQFC 1O23A 2YBLA 3TXIA 1LZGA 3IJUA 1AT6A 3AGHA 4XN6A 4PK0A 2OE7X 3SBAA 4B4IA 5F81A 1D0MA 1YILA 2B6WA 184LA 2ZQ3A 1CV6A 3LYMA 3WUNA 1DKJA 1LKSA 1REYA 5I5QA 5LYZA 7LZMA 2HULA 4H9FA 2BPUA 146LA 3ATNA 4HSFA 1QT4A 5IELA 2F30A 2ANVA 4B49A 2I6ZA 4XJGA 1C6CA 3P66A 1JITA 1WVUA 1L99A 2W1YA 4B4JA 2MEIA 4J7VA 4NGWA 206LA 2B6YA 3P4ZA 5I4WA 1C67A 4KT3A 5F16A 4XJFA 2LYZA 3HBEX 1LJIA 1L22A 1L69A 2MECA 5EBHA 1B2KA 1BHZA 2HUBA 1P36A 2F47A 4R0FA 1G7MC 3TXGA 4ET9A 3A34A 3EBAB 4DDBA 1L41A 1L59A 1G7HC 107LA 3OE0A 257LA 1RFPA 2EKSC 1L57A 1C08C 1L56A 4NGLA 4K5YA 4RLMA 5LVHA 200LA 1IR7A 111LA 2OEAX 1K28A 2WARA 3LHMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WUL A;  3PBL A;  3DN2 A;  5II3 A;  3WPJ A;  1LSA A;  260L A;  4WG1 A;  1CKG A;  5B1G A;  1XJT A;  1G06 A;  4LYB A;  1QUG A;  3HT6 A;  4MR1 A;  1C10 A;  1GEV A;  3TXH A;  2B7X A;  1OWZ A;  5L3H A;  1QTZ A;  3FI5 A;  219L A;  4TX7 A;  1JTO L;  1FLQ A;  1EQ5 A;  1LI2 A;  4PRQ A;  1G0M A;  4H9I A;  1NBY C;  4LFP A;  1WTH A;  1GEZ A;  4ETC A;  2Z38 A;  1IP7 A;  6LYT A;  1IOQ A;  1KIQ C;  1QTV A;  1GFT A;  4CFO A;  1GXV 2;  4N8Z A;  1CV4 A;  1HFY A;  1L52 A;  2NTG A;  1P37 A;  2BQM A;  5C6I A;  4C5F A;  1QUH A;  144L A;  1LGX A;  1UBZ A;  2Z12 A;  176L A;  3AGI A;  3SB9 A;  4ET8 A;  2C8O A;  1UIA A;  1FLY A;  3N9E A;  1HF4 A;  4I0C A;  3A93 A;  4HP0 A;  4UWU A;  3HH6 A;  3CQL A;  1UID A;  155L A;  2RBP A;  3RT5 X;  4LDO A;  1LMQ A;  1L37 A;  1F6S A;  4GLA A;  1L0K A;  3GUK A;  3A96 A;  4HJZ A;  211L A;  1JSF A;  2XBR A;  1G0K A;  1L65 A;  1T8A A;  3PDS A;  1GF5 A;  255L A;  2ZWB A;  1YAN A;  1A4V A;  1NF5 A;  1GB3 A;  1L53 A;  5E4P A;  1QUD A;  5FST A;  1GAY A;  4BAF A;  1L58 A;  2F4A A;  5KJ9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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