1C6BA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l133a in the presence of 8 atm xenon
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNAAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6bA00
206LA 2RBNA 1L67A 1OV7A 3C7ZA 4I7NA 1XJUA 3HH5A 1L04A 1LGWA 3HT7A 1L57A 1L18A 3QAKA 1L45A 114LA 4W54A 1DYAA 247LA 1DYGA 4ARQB 262LA 2B73A 1JTMA 3HH6A 220LA 1L60A 1L43A 1P36A 1C6PA 257LA 1OWZA 1T8FA 1QS9A 185LA 3GUNA 213LA 1L24A 1CU3A 1L27A 1L54A 1LI6A 3CDQA 1CV0A 1G0LA 5I14A 1ZYTA 1P37A 1L23A 2Q9EA 1L76A 1L15A 3HDFA 4ARJA 1L22A 123LA 142LA 4EKQA 1L39A 1D2WA 241LA 4ARMA 139LA 1L72A 4I7MA 120LA 1G1VA 1OVKA 2Q9DA 222LA 4LZMA 1L35A 161LA 1LYEA 3CDVA 2LCBA 3DN2A 1L25A 3HT9A 3JR6A 2LZMA 4ARPA 165LA 3ODUA 1C65A 1XEPA 1G0QA 1L80A 1L33A 1LGXA 221LA 2B6YA 1G1WA 4I7RA 1CTWA 3C8QA 2B6ZA 1C6NA 1L01A 4ZPUA 4W56A 1L07A 111LA 3HTDA 3FADA 1T97A 1SWZA 1L85A 1CX6A 169LA 2RBQA 225LA 2ANXA 1L42A 145LA 251LA 150LA 102LA 1L99A 3NY9A 1P2LA 200LA 4ARMB 4EXMA 4LDLA 3V2WA 1QT7A 2QARC 1D3NA 240LA 2B6TA 2OE4X 2RH1A 1NHBA 108LA 1I6SA 3DN4A 156LA 1QT5A 176LA 1C6DA 3HU9A 2OE9X 160LA 1L66A 1ZWNA 3DN0A 4W51A 4LDOA 1SX2A 1L56A 167LA 1L84A 1L14A 1C6EA 1QTDA 1KY0A 229LA 1DYCA 210LA 1C6BA 1L40A 151LA 1L93A 2HULA 138LA 2HUMA 1G0MA 3OE6A 234LA 4I7OA 3FA0A 1P46A 1G0GA 3C82A 3OE0A 1G0PA 1D9WA 1L02A 1LYFA 170LA 149LA 3G3VA 4PK0A 3SB6A 3C81A 3HTGA 164LA 1LYDA 4IAPA 256LA 1C60A 1G0KA 1L32A 1L68A 1CV5A 1L98A 1LYHA 1L11A 1CU0A 3HWLA 1L26A 1L48A 3RUNA 230LA 3DN3A 1L16A 1QS5A 2RB0X 1K28A 1L59A 1L91A 127LA 178LA 1QUOA 4W55A 1CU5A 2B7XA 177LA 3SB5A 1L81A 1QUHA 1L08A 4EKSA 1C66A 4I7QA 1CV4A 1L63A 1L46A 1LYJA 1L97A 3HUKA 4I7JA 1L94A 2O79A 3UONA 1L41A 1QUDA 2RAZX 2OEAX 3C8RA 3OE8A 1D3JA 4OO9A 1PQKA 4I7SA 253LA 3DMZA 4W57A 2NTHA 3V2YA 1QTVA 1L0JA 1LI2A 244LA 245LA 188LA 260LA 2L78A 3G3XA 148LE 3NY8A 211LA 1LI3A 4EKRA 1SWYA 1L03A 3C80A 1DYDA 1L77A 141LA 1L53A 1QSQA 212LA 3GULA 110LA 1D3FA 259LA 3HUAA 1P5CA 1QTHA 1C67A 1L28A 1CUPA 1QT4A 157LA 4DJHA 209LA 1P7SA 1L05A 246LA 1L34A 1L10A 1QSBA 232LA 162LA 231LA 214LA 258LA 1KW7A 183LA 184LA 1L09A 1L52A 201LA 3GUOA 2Z6BA 174LA 2RAYX 1SSWA 1KS3A 2ANVA 3CDOA 3PDSA 3GUJA 1P56A 3NYAA 3SN6R 4EPIA 140LA 1C6AA 1TLAA 4I7KA 3DKEX 1L13A 3SB9A 3VW7A 1L71A 1G07A 1JQUA 1C6FA 115LA 1L36A 1L86A 1QTBA 3GUKA 180LA 1OYUA 1C6GA 224LA 2RB1X 3C7YA 1D2YA 236LA 155LA 3DN8A 191LA 1L87A 113LA 1L96A 2O7AA 1L51A 1XJTA 237LA 4YX7C 1LWKA 3RZEA 3GUPA 1L12A 1L17A 1OWYA 3C7WA 131LA 144LA 109LA 1CV1A 118LA 1L65A 1L79A 1QT6A 216LA 1L74A 1L55A 4E97A 4EPFA 1C6CA 248LA 2RBRA 1SSYA 1LGUA 3DN6A 1DYBA 3CDTA 1CX7A 4I7TA 3SB7A 250LA 1JTNA 1KY1A 3DMXA 1L58A 4I7LA 2B72A 7LZMA 1L88A 1LPYA 1KNIA 1L38A 126LA 1T8AA 1PQJA 158LA 2B70A 2RBPA 143LA 1B6IA 4K5YA 129LA 3F9LA 1C6KA 1P2RA 2OTYX 3OE9A 2F32A 1PQMA 3DNAA 1L90A 1C6LA 168LA 1L20A 1C68A 196LA 1C61A 1L21A 1T8GA 3HT8A 1DYEA 4I7PA 1L44A 4ARLA 2OTZX 187LA 1L75A 2LC9A 1QUGA 1L0KA 1LW9A 3HH3A 1C62A 152LA 1L82A 1D3MA 3GUMA 147LA 235LA 3C8SA 1L95A 199LA 3DN1A 1L92A 1L49A 239LA 1C69A 215LA 3HTFA 4DKLA 1L69A 217LA 2F2QA 198LA 3GUIA 3PBLA 1C6HA 1P64A 186LA 4EJ4A 181LA 3SBAA 238LA 219LA 1C6IA 1T6HA 1L19A 146LA 2OU0X 1L50A 2A4TA 128LA 1QT3A 1L73A 4S0WA 254LA 1L89A 3HTBA 197LA 255LA 1PQIA 159LA 1L62A 1QT8A 2HUKA 3D4SA 3DMVA 2OU8A 3G3WA 4AQNA 103LA 1L37A 1CV3A 2RBOA 3SBBC 1EPYA 1L83A 1PQOA 1OV5A 233LA 261LA 5LZMA 1CU6A 242LA 3SB8A 4GBRB 3L2XA 175LA 4YXCA 137LA 1C6JA 2CUUA 4DAJA 6LZMA 226LA 243LA 1G0JA 1L47A 1P3NA 3F8VA 1LWGA 190LA 4W58A 4GRVA 171LA 2O4WA 166LA 130LA 172LA 2QB0B 119LA 1L29A 192LA 2OU9A 122LA 4W53A 1CVKA 1P6YA 3HDEA 205LA 2RB2X 1L30A 228LA 1CUQA 1LYIA 1C64A 1QTZA 1L64A 1WTHA 189LA 223LA 4W52A 3HT6A 2OE7X 1C6QA 1KW5A 2NTGA 3LZMA 2RBSA 2F47A 1CU2A 1QTCA 218LA 1OVHA 1DYFA 4ARQA 2B75A 2B6WA 1G06A 104LA 3K2RA 3L64A 4YXAC 195LA 1SX7A 2B6XA 252LA 3FI5A 1LYGA 3HH4A 4LDEA 4EKPA 249LA 3CDRA 173LA 3C83A 3HUQA 4PJZA 1C6TA 182LA 1L00A 1C6MA 1L70A 1L06A 3EMLA 125LA 163LA 1C63A 1PQDA 1LLHA 2B74A 1OVJA 2IGCA 1CV6A 1ZURA 1L61A 3HU8A 1L31A 112LA 227LA 4W59A 107LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H92A 1OV7A 5A3EA 4I7NA 1XJUA 1L04A 1L57A 3QAKA 1JSFA 5FEKA 1IWVA 1DYAA 2Y8PA 247LA 1DYGA 1IC4Y 3AGGG 262LA 4ARQB 1G7MC 4IJ4A 4KL7A 4KT3A 220LA 1L60A 1P36A 2BQKA 185LA 2NWDX 3FE0A 4WL7A 1L27A 1ZYTA 4WO9A 4NIJA 1L76A 1REMA 4EMNA 4GCEA 194LA 1D2WA 4HTQA 1HMLA 1XGQC 1T6VL 4OWCA 1BVXA 1OUJA 3AJNA 1LZCA 4N9RA 2MEAA 5KXMA 3DN2A 1L25A 2YVBA 1ZVHL 2LZMA 1YAMA 1C65A 1G0QA 4UWVA 1L33A 1B7PA 4I7RA 4G4CA 4W56A 4DQJA 111LA 3HTDA 5APCA 3WXUA 4LYZA 169LA 1DXJA 4RDSA 3W6DA 251LA 1L99A 1P2LA 1IX0A 200LA 2FYCA 4LDLA 1QT7A 2QARC 1JWRA 2OE4X 1MLCE 108LA 1YAOA 1GBSA 1QT5A 4DT3A 1HSWA 1RJCB 1WQPA 160LA 7LYZA 1GBYA 3W6FA 1LSYA 1UIBA 1BB3A 3HFMY 5KXTA 1C6EA 1QTDA 1KY0A 4LFXA 1DYCA 1BWHA 210LA 2DBTA 151LA 4G49A 138LA 4H9IA 3TXJA 4C3WA 234LA 1B7OA 3A96A 1P46A 3OE0A 1G0PA 1TAYA 1LYFA 170LA 4LYOA 1B7SA 1LYYA 3G3VA 4PK0A 3SB6A 3C81A 164LA 1DI5A 2BQIA 3CSRA 1L32A 1CV5A 4UWUA 1LYHA 2X0AA 1L26A 230LA 9LYZA 1FLYA 3DN3A 1XEKA 1K28A 4W55A 1JKDA 1CU5A 4HJVA 1WVVA 2G4QA 1GF7A 4NEBA 3QY4A 1CV4A 1LYJA 4I7JA 5KJ9A 5FELA 4WM1A 2W1XA 2DQGY 1QUDA 4WOAA 5F14A 3OE8A 1D3JA 3KAMA 4I7SA 2ZIJA 5LAFA 3DMZA 2NTHA 1CKHA 1L0JA 244LA 245LA 1VDTA 1SWYA 1C43A 1L03A 6LYTA 4DD3A 1JHLA 1C7PA 4WM2A 1I20A 3GULA 110LA 259LA 4BS7A 1L28A 1CUPA 1NBZC 4DJHA 1HMKA 246LA 1L10A 162LA 214LA 1GDXA 4XJDA 184LA 1L09A 1L52A 201LA 1GWDA 3N9CA 2BQEA 1KS3A 1NQIA 1OUIA 5LVIA 3NYAA 1EQ5A 3SN6R 1TLAA 3SB9A 1L36A 1OYUA 3WVXA 1C6GA 2RB1X 3C7YA 155LA 1LSEA 2HEFA 1JITA 1YROA 1LYOA 1WQNA 4GN4A 4XYYA 1HEPA 4OWAA 1L79A 1CJ8A 4Z3MA 1VEDA 216LA 3WW5A 1L55A 1Z55A 2DQIY 1RI8B 3DN6A 1OUEA 4H8XA 3SB7A 1IVMA 5B07A 1L58A 1YILA 5L9JA 1L38A 1VFBC 2MEFA 3LN2A 1IP2A 4RLNA 3A8ZA 2B70A 3EMSA 1SQ2L 3F9LA 1P2RA 2OTYX 1YANA 2F32A 193LA 3CQLA 1C6LA 1LJ4A 1C68A 1T8GA 1L44A 1B7MA 2AUBA 5AMYA 5ILFA 2OTZX 1YL0X 2PC2A 4H8ZA 2LC9A 1WVUA 3CT1A 3AB6A 3J6KA 4NGWA 1D3MA 3GUMA 208LA 3C8SA 3DN1A 2XQOA 4TSCA 4NFVA 239LA 2W1LA 1GPQC 1CNSA 4DKLA 1JJ1A 2F2QA 4DQ5A 5B1FA 1C6HA 1UIHA 1YIKA 1C6IA 1T6HA 3TMUA 1L19A 1PS5A 146LA 4W94A 2HU3A 4H9FA 5KXOA 1FKQA 5KXKA 2BQNA 3WPLA 4LZTA 1QT8A 3WU7A 3D4SA 1IWTA 3DMVA 2OU8A 1LZ5A 4AQNA 4J0LA 4NWHA 5IHGA 1LMOA 2RBOA 1VDSA 3SBBC 4TUNA 5F81A 1OV5A 233LA 5LA8A 1IWUA 2CGIA 1GBWA 1LMNA 4DAJA 1FKVA 226LA 243LA 3F8VA 1P3NA 3QE8A 1JTPL 190LA 3E3DA 2O4WA 2BQJA 5HNLA 130LA 1L29A 4YF2A 2OU9A 1CVKA 4UWNA 2RB2X 223LA 4FJRA 189LA 2WARA 1CJ7A 5KXZA 1DPWA 1C6QA 2RBSA 2B75A 3HBHA 1G06A 4H9CA 4LDEA 2BQHA 5DL9A 5KKJA 4PJZA 3B0OA 1G7HC 5DLAA 4ML7A 1H87A 1L70A 125LA 163LA 1C63A 1LLHA 1HF4A 2B74A 2YBIA 2Z2FA 5A3ZA 4WO6A 2Z18A 3IWRA 4GCDA 1GE4A 227LA 4W59A 107LA 3T36A 5ILCA 5C6JA 2F4AA 5B06A 1L45A 1JIYA 2VB1A 4Z41A 2FYDA 2DKVA 5LINA 1LJGA 1UBZA 4HV2A 1T8FA 1QS9A 4NGIA 4NY5A 1L24A 5KXNA 1WQRA 1G0LA 1P37A 1IP5A 1L23A 4OOTA 1GB3A 2Z37A 4ARJA 1B5XA 1L22A 1B7LA 4D9ZA 1HHLA 1L39A 2Z38A 5F16A 4XENA 3ATOA 1OVKA 2Q9DA 4LZMA 3CDVA 4DD7A 3WPJA 3HT9A 3JR6A 1XEPA 1L80A 4NSGA 1OUAA 1LGXA 221LA 2B6YA 1G1WA 2EPEA 4H9AA 3C8QA 1L01A 3WW6A 1L07A 3FADA 4NHIA 4ET9A 2ANXA 1NDMC 150LA 3NY9A 1WTMA 3A94A 1YQVY 4EXMA 1UIGA 4WG1A 1G7JC 3J4GA 240LA 4XJIA 3A6CY 3AW7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4H92 A;  1OV7 A;  5A3E A;  4I7N A;  1XJU A;  1L04 A;  1L57 A;  3QAK A;  1JSF A;  5FEK A;  1IWV A;  1DYA A;  2Y8P A;  247L A;  1DYG A;  1IC4 Y;  3AGG G;  262L A;  4ARQ B;  1G7M C;  4IJ4 A;  4KL7 A;  4KT3 A;  220L A;  1L60 A;  1P36 A;  2BQK A;  185L A;  2NWD X;  3FE0 A;  4WL7 A;  1L27 A;  1ZYT A;  4WO9 A;  4NIJ A;  1L76 A;  1REM A;  4EMN A;  4GCE A;  194L A;  1D2W A;  4HTQ A;  1HML A;  1XGQ C;  1T6V L;  4OWC A;  1BVX A;  1OUJ A;  3AJN A;  1LZC A;  4N9R A;  2MEA A;  5KXM A;  3DN2 A;  1L25 A;  2YVB A;  1ZVH L;  2LZM A;  1YAM A;  1C65 A;  1G0Q A;  4UWV A;  1L33 A;  1B7P A;  4I7R A;  4G4C A;  4W56 A;  4DQJ A;  111L A;  3HTD A;  5APC A;  3WXU A;  4LYZ A;  169L A;  1DXJ A;  4RDS A;  3W6D A;  251L A;  1L99 A;  1P2L A;  1IX0 A;  200L A;  2FYC A;  4LDL A;  1QT7 A;  2QAR C;  1JWR A;  2OE4 X;  1MLC E;  108L A;  1YAO A;  1GBS A;  1QT5 A;  4DT3 A;  1HSW A;  1RJC B;  1WQP A;  160L A;  7LYZ A;  1GBY A;  3W6F A;  1LSY A;  1UIB A;  1BB3 A;  3HFM Y;  5KXT A;  1C6E A;  1QTD A;  1KY0 A;  4LFX A;  1DYC A;  1BWH A; 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