1C6CA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 16 atm argon
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6cA00
1L38A 1CVKA 1ZWNA 2Q9EA 161LA 256LA 1C6IA 3DNAA 4W57A 1CU2A 2RBQA 1KW7A 1PQMA 1CU0A 3DN6A 129LA 142LA 1QUGA 2B6WA 1L45A 1L54A 1D3FA 1G0PA 4W56A 115LA 261LA 1L74A 127LA 1LI3A 1L13A 2F32A 214LA 2B75A 1C65A 3G3VA 1L73A 2RBPA 1C6GA 3C7ZA 211LA 2B7XA 163LA 103LA 156LA 3SB5A 2B6ZA 3DN3A 131LA 1OV5A 252LA 1G07A 1G0LA 1LYJA 2RH1A 1L50A 191LA 1DYDA 4W59A 4AQNA 112LA 1G0KA 3SB9A 221LA 2OU0X 3HTFA 1C6PA 1QTVA 1KW5A 3GUMA 3DN2A 1L90A 1QS5A 1L55A 159LA 7LZMA 1LWGA 3SBBC 119LA 4DAJA 4E97A 1L63A 215LA 3HH4A 205LA 247LA 165LA 171LA 1L88A 1L48A 1P6YA 1KS3A 1DYEA 3SB8A 152LA 123LA 1LPYA 1L56A 1L36A 3EMLA 1CV4A 1PQIA 3VW7A 1L10A 1G1VA 2ANVA 217LA 1CU3A 1TLAA 4W55A 223LA 1QT7A 150LA 3C80A 198LA 108LA 3D4SA 4ZPUA 196LA 1B6IA 244LA 1LGUA 1L91A 102LA 1C67A 1L85A 1OVKA 3C8SA 185LA 4EPFA 1SSYA 1L96A 2RBOA 3C83A 1L98A 1L47A 1SX7A 220LA 118LA 1L60A 4W58A 199LA 3DMXA 1L62A 4I7SA 1L01A 1L70A 213LA 3V2YA 141LA 1CV5A 1P7SA 260LA 2O7AA 3GULA 1OVJA 1D3MA 1L69A 164LA 3HDFA 3OE8A 138LA 145LA 167LA 2OU8A 4I7QA 3CDOA 4I7OA 1C6MA 255LA 1XJTA 229LA 1L22A 1QT4A 122LA 3C81A 2A4TA 1L58A 253LA 1LYGA 1G1WA 1QSQA 1L44A 1JQUA 1T97A 2O79A 1LYHA 3QAKA 240LA 1C60A 1JTNA 2LCBA 1L00A 1L20A 3NY9A 1D3JA 1L15A 1QUDA 4W52A 3HT7A 1P2LA 2RAYX 243LA 219LA 257LA 230LA 186LA 1CU6A 1CU5A 209LA 1L77A 1L82A 187LA 1C6EA 3HUQA 3ODUA 242LA 254LA 3LZMA 114LA 177LA 2LZMA 3GUOA 4LDLA 1LW9A 2B6XA 3SB7A 1L61A 4LDEA 1PQOA 1SSWA 200LA 2RB2X 1G0GA 1L89A 1QS9A 3F8VA 259LA 1L65A 3OE9A 148LE 184LA 1CV0A 1QT6A 2RBSA 3C7YA 1C6QA 155LA 2F47A 3FA0A 1CUQA 3HT8A 170LA 1QTBA 1L0JA 1L31A 1C6KA 1QTZA 2Q9DA 1D9WA 250LA 212LA 3UONA 1OVHA 4PJZA 1C68A 4LZMA 246LA 2RBNA 4W51A 4EPIA 238LA 3OE0A 3DN1A 4EKQA 1L95A 1LYFA 3K2RA 1P46A 1L51A 1L75A 1L06A 189LA 1OWZA 4K5YA 1L09A 3HUKA 4ARQB 1L26A 3NY8A 2HULA 3HT6A 1C62A 1L25A 1SX2A 1T8FA 130LA 241LA 1LYIA 1L03A 1C6DA 4ARQA 1C6FA 4GBRB 1LI2A 1L0KA 3G3WA 1JTMA 1QTDA 224LA 173LA 183LA 1C6HA 1LGXA 1CV3A 3GUKA 1ZYTA 236LA 3DMVA 2NTHA 158LA 4ARMA 4GRVA 1L93A 4PK0A 1P37A 4LDOA 1L76A 3GUJA 4W53A 4S0WA 1QTCA 3DN0A 1L97A 1D2WA 1DYBA 4I7PA 1CX7A 1L23A 3CDVA 1CV1A 201LA 1L27A 139LA 190LA 1ZURA 144LA 3L64A 4I7MA 3G3XA 197LA 4YXAC 1C64A 3HUAA 1QT3A 4I7RA 1KY1A 4I7LA 2B6YA 1L79A 4I7KA 2IGCA 146LA 1L39A 1PQKA 4I7JA 137LA 188LA 2OE9X 1L19A 2OTYX 126LA 125LA 1L28A 1L11A 1QUHA 2RAZX 4YX7C 3C7WA 1L94A 1LI6A 1C6LA 160LA 169LA 1K28A 140LA 1L35A 4EJ4A 1LGWA 4I7TA 3GUNA 4ARJA 3CDTA 1L16A 1SWYA 1L53A 1L80A 1L99A 3NYAA 1QT8A 2NTGA 1D3NA 3HTBA 4DJHA 3DMZA 235LA 168LA 2HUKA 1G0QA 2HUMA 1G0MA 1PQDA 1CUPA 1I6SA 1LYDA 2OTZX 1L71A 149LA 178LA 3JR6A 233LA 1L30A 1L37A 1LWKA 2QB0B 180LA 1L46A 1L21A 3PBLA 1L33A 2QARC 1QT5A 1L87A 182LA 1L12A 109LA 237LA 1L32A 1CV6A 2CUUA 3C8RA 4OO9A 120LA 262LA 4ARPA 3DN8A 3DN4A 3HTGA 2B73A 1QTHA 1L86A 1L02A 218LA 1L49A 2L78A 5I14A 4W54A 1C61A 1L34A 181LA 1DYGA 4DKLA 1C6CA 3HH6A 1L08A 1L64A 1C69A 1C6BA 1C63A 227LA 172LA 234LA 1DYAA 3HDEA 110LA 258LA 4EKPA 1WTHA 1P36A 1L18A 1KNIA 225LA 5LZMA 2RB1X 104LA 1L59A 1T6HA 2B72A 1OWYA 3C8QA 1L05A 174LA 1QSBA 3L2XA 3FADA 1QUOA 2B74A 1L67A 3CDQA 1L81A 232LA 2LC9A 4EXMA 2ANXA 226LA 147LA 3V2WA 128LA 1C6NA 143LA 2RBRA 4I7NA 1P56A 1L14A 1L92A 3HH5A 6LZMA 1L42A 162LA 1L68A 1XJUA 1CX6A 1DYCA 1C6AA 228LA 2B70A 3F9LA 3HT9A 4ARMB 1L17A 1DYFA 175LA 1L57A 176LA 111LA 1NHBA 2OE7X 1LYEA 1L72A 2B6TA 1C6TA 1L43A 2OE4X 3GUIA 3RZEA 1L84A 1D2YA 1P2RA 113LA 1L04A 1P5CA 3HWLA 1CTWA 1L66A 2O4WA 2OEAX 4ARLA 222LA 1L52A 4EKRA 1L07A 192LA 251LA 3SB6A 4YXCA 1XEPA 1G06A 245LA 157LA 3SBAA 3RUNA 2Z6BA 1LLHA 1SWZA 1L41A 3C82A 2OU9A 1L83A 151LA 1EPYA 249LA 1T8AA 1OYUA 206LA 1C6JA 1C66A 166LA 3FI5A 248LA 1OV7A 2F2QA 3DKEX 231LA 195LA 3HTDA 1P64A 3HU8A 1KY0A 1T8GA 1G0JA 216LA 3CDRA 3HH3A 4IAPA 239LA 1PQJA 1L40A 1P3NA 3SN6R 3PDSA 1L29A 2RB0X 3GUPA 1L24A 3HU9A 107LA 4EKSA 210LA 3OE6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L38A 1RJCB 2BQEA 4DD0A 4XJHA 4WLXA 1C6IA 4W57A 2RBQA 2G4NA 2MEDA 2B6WA 3AYQA 1D3FA 1AT6A 1G0PA 1LMOA 3AGHA 115LA 1FLYA 1IWXA 261LA 2B75A 5LAGA 4DD9A 3G3VA 2RBPA 1C6GA 2BQDA 2C8OA 1GF6A 211LA 2B7XA 4G9SA 4ET8A 2WARA 1GB9A 1DZBX 1DXJA 2B6ZA 131LA 1B5WA 3K3TA 2Z38A 252LA 1G07A 2BAAA 1DI5A 2LZ2A 4H9IA 1JKCA 1VDPA 4GN5C 1DYDA 3SB9A 5JENB 4DD1A 3HTFA 1VFBC 1L90A 1QS5A 1L55A 3B6LA 3W6DA 4B4JA 3B0IA 4E97A 1B2KA 205LA 4DD2A 1L48A 2LZTA 5M1YA 1NBZC 1LHHA 2C8PA 4M6DA 3EMLA 4OWBA 1IR7A 3RZ4A 1G1VA 1CU3A 4A7DA 1TLAA 4NGKA 1BVKC 150LA 2BQHA 3C80A 198LA 1L91A 3A6CY 1YL0X 1L85A 1JJ0A 1JJ3A 185LA 1LMTA 1PS5A 1L96A 1HENA 1L47A 2BQBA 4WO9A 220LA 5C6LA 118LA 1L60A 4W58A 199LA 1JEFA 1L70A 213LA 4RW1A 1LAAA 4CGEA 1IOQA 1L69A 3HDFA 3CQLA 3OE8A 1TEWA 3WUAA 2OU8A 3CDOA 4I7OA 2HU3A 4LT0A 229LA 1BWHA 3CT0A 2ZIKA 3C81A 2A4TA 1L58A 253LA 4R0FA 1LYGA 1T97A 1LYHA 4W52A 132LA 2BQFA 2F4AA 3HT7A 243LA 219LA 2B5ZA 4B4IA 1IR8A 1GFJA 230LA 5LINA 1CU6A 5F14A 1CU5A 1BB3A 6LYTA 1L82A 3HUQA 1VATA 3ZVQA 5LXWA 4DC4A 177LA 1QUTA 135LA 2B6XA 3D9AC 1GAYA 1LJGA 3SB7A 1G0GA 1L65A 3A95A 184LA 1FLWA 1CJ8A 1H6MA 4NY5A 2BQJA 1L0JA 2PC2A 5FSTA 2YBJA 1HC0A 5LIOA 1GAZA 4IATA 1AM7A 2I6ZA 1D6PA 4N1EI 3A90A 1LSNA 238LA 3N9CA 3WW5A 1G7LC 1L51A 1WQNA 3E3DA 4DDAA 5ILFA 3AB6A 1SX2A 194LA 2MEAA 1FDLY 3GXKA 1L0KA 3G3WA 1UIDA 3AZ7A 224LA 1REXA 4WO6A 4HJYA 1LGXA 3GUKA 4DQ7A 5KXWA 5C6JA 2NTHA 2YBNA 3HBHA 3LYOA 4GRVA 4PK0A 1JWRA 4LYZA 1GF4A 4OWHA 3WU7A 154LA 1LPIA 1L76A 3GUJA 4S0WA 1YKZX 1CX7A 5KXKA 1IP6A 5LVGA 201LA 2HEBA 1ZURA 144LA 4I7MA 197LA 4YXAC 1JTTL 5LYTA 1QT3A 4I7LA 4I7JA 137LA 1B5ZA 1L19A 126LA 1XFPL 1L11A 4XYYA 4GLVA 4EJ4A 4MSTA 1GB5A 4AGAA 1IWYA 2ZIJA 3TXBA 3NYAA 1QT8A 3ULRA 2NTGA 4ZFPA 1UIBA 4DJHA 1B7SA 3AZ6A 1DKJA 1G0QA 4XADA 1LYDA 4CJ2A 1L71A 2NWDX 2HEFA 4II8A 1L21A 4U3XB 1QSWA 2QARC 1QT5A 2YSSC 1WTNA 4HTNA 182LA 3C8RA 2L78A 2LHMA 1AT5A 4O34A 3A93A 1C69A 3D3DA 1C63A 227LA 1LJ4A 172LA 3F6ZA 258LA 4WM3A 4OW1A 1L18A 4ETBA 2RB1X 1KXWA 1GE4A 5KXNA 4MR1A 1OWYA 3A3RX 2Z39A 1CKCA 1HFZA 2ANXA 4C5FA 128LA 1C6NA 5DM9A 1L42A 162LA 1C6AA 2B70A 1JPOA 1DYFA 1L57A 5LA8A 1NHBA 1I20A 1G7JC 1LJJA 1L72A 2B6TA 1DPWA 3HBEX 2OE4X 1MELL 4H9CA 3A3QA 4G4CA 1L04A 1B5YA 1P2RA 1P5CA 3TXIA 5KKIA 4CHXA 5LAFA 4ARLA 4WG1A 1GE0A 2YBIA 192LA 1XEPA 245LA 2FBDA 1SWZA 3C82A 1GB0A 151LA 2YBHA 1OYUA 1LZRA 1SLYA 206LA 1C6JA 3TXFA 166LA 1OV7A 3TMXA 4UWVA 3J4GA 2MECA 1CKHA 2XBRA 2A7DA 3CDRA 5IELA 1LKSA 1QUSA 1L24A 1TDYA 2ZYPA 4DT3A 107LA 4EKSA 1NF5A 2EIZC 3FI7A 5I54A 1CU2A 3W6FA 1WQMA 5DN4A 142LA 1QUGA 1C43A 1L45A 4C3WA 1L54A 1GFVA 1DI3A 4QEQA 5B06A 1L74A 2Z12A 1OQMA 214LA 1GFTA 1EQ5A 4NGIA 2ZWBA 1L73A 5I4XA 1GEZA 5E4PA 1DQJC 1XEIA 1FLQA 2HEAA 5T3FA 1G0LA 1LYJA 2RH1A 1LYYA 4MCKA 1IP3A 1GF0A 1NKHA 3A67Y 1B7RA 1DPXA 1LZ1A 4EOFA 1LZYA 1EQ4A 1QTVA 1KW5A 4NGZA 4TUNA 3DN2A 1IP4A 2LYMA 5I5QA 1BWIA 1B7MA 1HEWA 4OWCA 1GFEA 4DAJA 4NHSA 5KXXA 1LZTA 2AUBA 165LA 4N1CC 1LYSA 2A7FA 3LZTA 1DYEA 3SB8A 1LMNA 1GDWA 1PQIA 4B49A 3VW7A 2YBMA 4WLTA 2ANVA 2ZNWY 1GFUA 1WQPA 4W55A 9LYZA 3VWOA 4LYOA 2D4IA 1F10A 4WM4A 3WUNA 1HMLA 108LA 1HFXA 2H9JA 1CJ9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L38 A;  1RJC B;  2BQE A;  4DD0 A;  4XJH A;  4WLX A;  1C6I A;  4W57 A;  2RBQ A;  2G4N A;  2MED A;  2B6W A;  3AYQ A;  1D3F A;  1AT6 A;  1G0P A;  1LMO A;  3AGH A;  115L A;  1FLY A;  1IWX A;  261L A;  2B75 A;  5LAG A;  4DD9 A;  3G3V A;  2RBP A;  1C6G A;  2BQD A;  2C8O A;  1GF6 A;  211L A;  2B7X A;  4G9S A;  4ET8 A;  2WAR A;  1GB9 A;  1DZB X;  1DXJ A;  2B6Z A;  131L A;  1B5W A;  3K3T A;  2Z38 A;  252L A;  1G07 A;  2BAA A;  1DI5 A;  2LZ2 A;  4H9I A;  1JKC A;  1VDP A;  4GN5 C;  1DYD A;  3SB9 A;  5JEN B;  4DD1 A;  3HTF A;  1VFB C;  1L90 A;  1QS5 A;  1L55 A;  3B6L A;  3W6D A;  4B4J A;  3B0I A;  4E97 A;  1B2K A;  205L A;  4DD2 A;  1L48 A;  2LZT A;  5M1Y A;  1NBZ C;  1LHH A;  2C8P A;  4M6D A;  3EML A;  4OWB A;  1IR7 A;  3RZ4 A;  1G1V A;  1CU3 A;  4A7D A;  1TLA A;  4NGK A;  1BVK C;  150L A;  2BQH A;  3C80 A;  198L A;  1L91 A;  3A6C Y;  1YL0 X;  1L85 A;  1JJ0 A;  1JJ3 A;  185L A;  1LMT A;  1PS5 A;  1L96 A;  1HEN A;  1L47 A;  2BQB A;  4WO9 A;  220L A;  5C6L A;  118L A;  1L60 A;  4W58 A;  199L A;  1JEF A; 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