1C6DA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 16 atm krypton
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6dA00
149LA 4I7JA 1L85A 217LA 3GUOA 114LA 167LA 3ODUA 1XJTA 1KNIA 1PQIA 259LA 3HTGA 1L86A 3SB6A 1QT8A 1P6YA 246LA 1L03A 211LA 3FADA 2OTYX 4I7MA 1DYCA 1QTCA 226LA 1G0PA 4DJHA 1L01A 1G0KA 1G1WA 1LYDA 3OE0A 1C68A 1CU0A 1C69A 2OE9X 3EMLA 139LA 1C61A 1OWYA 4E97A 1L0JA 1QTZA 213LA 224LA 1SSYA 3FI5A 1C64A 3HDEA 112LA 257LA 1P37A 1OVJA 4PK0A 1QT6A 2L78A 119LA 1OV7A 1C6JA 229LA 181LA 186LA 1L90A 189LA 4I7RA 1D2YA 4ZPUA 1L55A 166LA 1L21A 241LA 1DYBA 128LA 2F32A 1D2WA 1DYDA 4GRVA 1P3NA 3C7WA 192LA 1PQKA 1PQDA 1L09A 210LA 103LA 235LA 144LA 1L84A 1LI3A 218LA 2HUKA 1P56A 125LA 1L34A 1LWKA 2RH1A 4YX7C 4I7PA 1L23A 1OVKA 3HUKA 1CX6A 169LA 1CV4A 1WTHA 1QSBA 141LA 2OU9A 1L38A 1CX7A 1G07A 1D3FA 1QTVA 261LA 185LA 1KY1A 3DMVA 4EKSA 3DNAA 3CDVA 1L40A 3DN2A 3C80A 4I7OA 4OO9A 1QSQA 1L32A 2OTZX 3DN4A 4I7SA 1QS5A 1CUPA 4W59A 3HT6A 1QUOA 143LA 2OU0X 4GBRB 3HT8A 182LA 1JTNA 1T6HA 1TLAA 195LA 1G06A 1L14A 3JR6A 1LWGA 1QUHA 2RAYX 1L39A 178LA 190LA 163LA 109LA 1C6AA 3G3VA 256LA 1D3JA 1C6GA 3GUPA 1L91A 1C6CA 3C83A 3HU8A 3DN0A 4I7NA 1L33A 157LA 2LZMA 1CUQA 1I6SA 209LA 5LZMA 187LA 1C6NA 1QT5A 2Z6BA 4IAPA 212LA 1XEPA 223LA 2LCBA 1L57A 3SB8A 2O4WA 2HULA 2RBPA 3GUMA 3RZEA 1L37A 4DKLA 111LA 3OE6A 127LA 3HUAA 1LYFA 115LA 1C6BA 130LA 150LA 174LA 1L13A 3DN6A 177LA 2B74A 2RAZX 3HWLA 1L16A 4ARMA 252LA 2OU8A 3C82A 5I14A 2Q9DA 1L82A 1L67A 1L44A 1L19A 1L43A 1CV3A 214LA 232LA 191LA 3HDFA 1SWZA 1CVKA 1KW7A 1L04A 1QS9A 1KW5A 2IGCA 1L56A 4YXAC 1C60A 1B6IA 1L31A 1C6MA 3V2WA 1C6KA 4PJZA 118LA 2RB2X 1QTDA 1L36A 1L47A 1C6LA 184LA 260LA 197LA 4K5YA 253LA 1LPYA 1LYJA 1DYFA 3NY9A 1T8FA 175LA 1PQMA 1KY0A 1LYIA 3L64A 4ARMB 4EJ4A 1OVHA 1L93A 1C65A 200LA 3DN3A 2OE4X 3GUNA 3LZMA 1OV5A 3CDOA 3C8SA 3G3XA 4W57A 4ARQB 1L08A 1L17A 2RBSA 3CDRA 4W51A 2B6XA 3GUIA 2RBOA 215LA 3DKEX 1ZYTA 1NHBA 3SB5A 4LZMA 1L46A 110LA 1L49A 1P5CA 234LA 1QT3A 147LA 1CU2A 251LA 206LA 4I7TA 1L89A 1PQJA 1L95A 3RUNA 1P64A 4ARJA 3DMZA 196LA 188LA 1L29A 2Q9EA 1L45A 1LGXA 145LA 4W52A 4W55A 1CV1A 230LA 3NY8A 1L88A 2RBRA 1SSWA 3CDTA 155LA 3HTFA 3SB7A 3HTBA 3HUQA 3C8QA 2NTGA 108LA 2OE7X 242LA 243LA 1C6PA 3NYAA 1D3NA 173LA 1LI6A 3OE9A 156LA 1XJUA 3V2YA 151LA 1L98A 1KS3A 1C6IA 129LA 4I7QA 1L52A 1G0LA 1QTBA 3F9LA 244LA 1ZWNA 4I7LA 4EKQA 1LGWA 1C6TA 1L83A 2B72A 3GUKA 2HUMA 1L06A 1L81A 1CV0A 1LYEA 1K28A 1L18A 3OE8A 3PBLA 1L73A 199LA 183LA 3HU9A 1G0MA 1L30A 1L61A 6LZMA 1L99A 1L63A 1L26A 4W58A 7LZMA 123LA 219LA 3QAKA 2RBNA 1JTMA 3SN6R 161LA 180LA 1L35A 1P7SA 1L22A 3HH3A 1C6EA 237LA 2B6WA 1PQOA 1P36A 170LA 1C62A 1L11A 4EXMA 3G3WA 3HT9A 1DYEA 1L69A 2OEAX 176LA 4W54A 1QTHA 4EKRA 2ANVA 1QUGA 1CV6A 4YXCA 113LA 198LA 1SX2A 221LA 236LA 2B6YA 4ARQA 1L02A 3C8RA 1L05A 1L24A 1P2LA 1ZURA 4DAJA 250LA 1LLHA 1L66A 1LYHA 1LYGA 1D3MA 164LA 1QUDA 1L96A 201LA 1P2RA 3SBAA 2NTHA 2QARC 4EPIA 3VW7A 2B6ZA 4S0WA 1CU3A 1CV5A 1L53A 159LA 1L10A 1L62A 1L71A 205LA 233LA 152LA 165LA 1LI2A 1L42A 2B70A 1C6FA 3SB9A 122LA 1L94A 245LA 1L92A 238LA 3HTDA 1DYGA 138LA 140LA 1L12A 1DYAA 1L79A 248LA 2B75A 3K2RA 1OYUA 1CTWA 1L68A 2LC9A 4I7KA 1QT4A 1L25A 1L59A 262LA 1P46A 222LA 1JQUA 1T97A 3GULA 1L58A 1L75A 1L50A 4AQNA 4EPFA 1L48A 1LGUA 1T8GA 1T8AA 1G0GA 3L2XA 158LA 1L87A 1L07A 1L41A 1L15A 142LA 146LA 1QT7A 3UONA 255LA 1OWZA 1CU6A 126LA 2RB1X 3DN8A 1C63A 1L27A 148LE 172LA 2RBQA 2RB0X 239LA 3CDQA 1CU5A 1SX7A 231LA 3HH6A 131LA 168LA 1L51A 1L74A 2CUUA 220LA 4ARPA 2QB0B 1L0KA 1G0QA 3F8VA 3DMXA 1LW9A 1L70A 3D4SA 120LA 4W53A 1L65A 240LA 1C6DA 3GUJA 4W56A 102LA 1L76A 227LA 104LA 1L28A 2O7AA 2B73A 2B7XA 1SWYA 3HH5A 3PDSA 1L97A 3FA0A 3C7YA 160LA 4EKPA 2F2QA 225LA 2O79A 1L80A 3C81A 1C6QA 2B6TA 3DN1A 4LDOA 1G0JA 228LA 1L20A 171LA 249LA 3HT7A 1C66A 1C67A 1L60A 1EPYA 1L00A 216LA 1C6HA 3SBBC 1D9WA 137LA 1L72A 2F47A 3C7ZA 3HH4A 162LA 258LA 247LA 1L77A 254LA 2ANXA 1L54A 1L64A 4ARLA 107LA 2A4TA 4LDEA 1G1VA 4LDLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B7MA 217LA 3ODUA 1XEIA 4H94A 2F2NA 153LA 5LA8A 1L86A 4NGWA 1B7LA 4I7MA 4RLNA 1DYCA 4WL6A 3LZ2A 1LZ4A 1LZTA 1C68A 1C69A 3EMLA 224LA 1C64A 2A7DA 4LYCA 4NIJA 2BLXA 6LYTA 3RW8A 1OVJA 4PK0A 3CT0A 1OV7A 4UWUA 1HEQA 186LA 2XTHA 1D2YA 4ZPUA 1L55A 4GCDA 1L21A 2W1LA 1WVVA 2HTXA 1P2CC 4DC4A 4NWEA 1LHIA 3A3QA 4GRVA 1QUSA 192LA 2D4JA 1ALCA 235LA 1L84A 1YQVY 2G4QA 2XBSA 3A34A 218LA 1L34A 2D4KA 4I7PA 1SLYA 2LYMA 1JTOL 1REZA 1B5WA 1VDQA 1QSBA 1FDLY 1QTVA 3OK0A 2HEDA 3CDVA 4TSBA 1LHMA 3ATOA 3HT6A 1VAUA 5F81A 1LSBA 4GBRB 5HMJA 1T6HA 1JTNA 1JJ1A 3A92A 1G06A 2W1XA 5DN4A 4H90A 1L14A 1QUHA 1L39A 178LA 1B7SA 109LA 1C6AA 1I56A 1D3JA 3A6CY 1QTEA 1L91A 3C83A 3HBDA 4I7NA 4XJHA 1C6NA 4NGZA 1QT5A 4XJIA 1B7NA 1IOQA 5KKJA 4H8XA 2BQKA 2HULA 2RBPA 127LA 1LYFA 130LA 150LA 4LFPA 1CJ6A 4LYMA 2B74A 1NDGC 1DKKA 3LYMA 5I14A 4RW2A 5KXLA 1L82A 1L44A 1N4FA 1CV3A 1QTKA 214LA 5KXXA 4B4JA 5KXZA 2XJWA 1L04A 1QS9A 4H9AA 1KW5A 1B6IA 1L31A 1YAPA 2YBJA 1C6MA 3EO5A 2C8OA 118LA 4DD1A 4XJBA 1YL1X 2H5ZA 1UC0A 4HTKA 1L47A 1DI3A 184LA 3TXBA 1GXXA 5KXKA 1LMQA 1LPYA 1FN5A 1DYFA 1J1OY 3G3AB 1LYIA 3L64A 1L93A 1FKQA 2CDSA 200LA 3DN3A 3LZMA 3C8SA 1B5YA 1IWWA 2WARA 1L17A 1LYZA 5APFA 2RBSA 3CDRA 4DQ5A 1LZ8A 1CJ9A 2RBOA 3DKEX 1FLWA 4HJVA 1NHBA 4LZMA 4LT2A 234LA 1GXV2 1LJEA 4WOAA 1LMNA 4LT3A 1IWTA 4TX7A 206LA 1LZ5A 1L89A 1UIGA 196LA 3WPKA 1LGXA 1QUTA 1IC5Y 1GE4A 1BWIA 155LA 3SB7A 3HUQA 4NSGA 3C8QA 1LZ1A 4X3BA 242LA 2MEGA 3ZEKA 1D3NA 1F6SA 173LA 3WXUA 1BVKC 2HEAA 2FYCA 1B0DA 1C6IA 1B7OA 129LA 4I7QA 4FDYA 2LHMA 5FDJA 1ZV5L 2Z2FA 1L52A 1IWXA 1QTBA 244LA 1LGWA 3GUKA 1L06A 1BVXA 1LHHA 1LYEA 3M3UA 1LJJA 4DD0A 3W3EA 3HU9A 1G0MA 1NWGA 4P2EA 1DPXA 1L26A 7LZMA 219LA 3QAKA 1CKCA 2RBNA 1OQMA 3F6ZA 2YBLA 3P65A 1L35A 2LZ2A 1DKJA 1GAZA 1L22A 3HH3A 4WM6A 5IELA 1C6EA 5KXPA 1XFPL 1PQOA 1LJFA 3G3WA 1DYEA 4GCBA 2OEAX 2ANVA 4HPEA 198LA 4UWVA 236LA 4ARQA 2F4AA 1WQPA 4G4CA 1JJ0A 1CJ8A 1GFAA 3G3BB 1JSEA 2MECA 4NEBA 3A6BY 1LZEA 1L71A 1BB6A 4NGOA 4QDNA 2CJLA 4NY5A 1IR8A 3SB9A 1GF7A 4N1CC 2H9JA 1JUGA 238LA 3OJPA 4HP0A 4B49A 1DYAA 1L79A 248LA 1OYUA 1CTWA 4I7KA 4ETEA 1YANA 1B5UA 2BQBA 1OUHA 1P46A 5LYMA 5F14A 4LZTA 1T97A 1BWJA 1L50A 5LAFA 1T8GA 4ET9A 1D0LA 2BQOA 4H1PA 1L07A 1F0WA 3B72A 146LA 4GN4A 1IR9A 1CU6A 172LA 1RFPA 1ZMYL 2MEBA 1XGQC 3HH6A 1GF9A 131LA 4ARPA 1L74A 220LA 3AGGG 1G0QA 4GCFA 4BAFA 1L70A 3D4SA 4W53A 240LA 4W56A 5K7OA 4II8A 208LA 3PDSA 3KAMA 3B0KA 4BADA 3W6FA 1LSYA 2F2QA 4G4BA 2XBRA 1C6QA 3DN1A 1YROA 2B5ZA 3WXTA 3CSRA 1JSFA 4W94A 171LA 4H93A 1UBZA 1GE0A 1L00A 1XSFA 216LA 4YOPA 3SBBC 3C7ZA 1L72A 1GPQC 1YKZX 1GFGA 1L54A 4IJ4A 3HBEX 3W6AA 1HSXA 1G1VA 1BB5A 4LDLA 149LA 1JITA 1OUEA 1XJTA 1VEDA 3WL2A 1PQIA 5KXYA 3TXFA 4A7DA 4H9EA 246LA 1L03A 2VB1A 1UIBA 1L01A 1F6RA 4NSIA 1HMKA 1DZBX 1G0KA 1G1WA 1A2YC 1QTZA 213LA 4WM2A 2DQIY 1YILA 3HDEA 112LA 4XYYA 1BQLY 1LKSA 1B2KA 1FLYA 4ML7A 2I26L 4L41A 181LA 3J4GA 2W1YA 4AXTA 166LA 1HFXA 1LZSA 1NDMC 1REXA 1IWZA 1DYBA 1HSWA 4DD2A 1IP5A 3AB6A 3D3DA 1P3NA 1HHLA 1C7PA 1L09A 210LA 103LA 4GCEA 144LA 2D91A 1LI3A 1IX0A 1EQ4A 1JHLA 1JKBA 1P56A 3WW5A 2MEDA 1HEPA 4PJ2C 5E4PA 1OVKA 3AZ6A 4Z98A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1B7M A;  217L A;  3ODU A;  1XEI A;  4H94 A;  2F2N A;  153L A;  5LA8 A;  1L86 A;  4NGW A;  1B7L A;  4I7M A;  4RLN A;  1DYC A;  4WL6 A;  3LZ2 A;  1LZ4 A;  1LZT A;  1C68 A;  1C69 A;  3EML A;  224L A;  1C64 A;  2A7D A;  4LYC A;  4NIJ A;  2BLX A;  6LYT A;  3RW8 A;  1OVJ A;  4PK0 A;  3CT0 A;  1OV7 A;  4UWU A;  1HEQ A;  186L A;  2XTH A;  1D2Y A;  4ZPU A;  1L55 A;  4GCD A;  1L21 A;  2W1L A;  1WVV A;  2HTX A;  1P2C C;  4DC4 A;  4NWE A;  1LHI A;  3A3Q A;  4GRV A;  1QUS A;  192L A;  2D4J A;  1ALC A;  235L A;  1L84 A;  1YQV Y;  2G4Q A;  2XBS A;  3A34 A;  218L A;  1L34 A;  2D4K A;  4I7P A;  1SLY A;  2LYM A;  1JTO L;  1REZ A;  1B5W A;  1VDQ A;  1QSB A;  1FDL Y;  1QTV A;  3OK0 A;  2HED A;  3CDV A;  4TSB A;  1LHM A;  3ATO A;  3HT6 A;  1VAU A;  5F81 A;  1LSB A;  4GBR B;  5HMJ A;  1T6H A;  1JTN A;  1JJ1 A;  3A92 A;  1G06 A;  2W1X A;  5DN4 A;  4H90 A;  1L14 A;  1QUH A;  1L39 A;  178L A;  1B7S A;  109L A;  1C6A A;  1I56 A;  1D3J A;  3A6C Y;  1QTE A;  1L91 A;  3C83 A;  3HBD A;  4I7N A;  4XJH A;  1C6N A;  4NGZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1B7M A;  217L A;  3ODU A;  1XEI A;  4H94 A;  2F2N A;  153L A;  5LA8 A;  1L86 A;  4NGW A;  1B7L A;  4I7M A;  4RLN A;  1DYC A;  4WL6 A;  3LZ2 A;  1LZ4 A;  1LZT A;  1C68 A;  1C69 A;  3EML A;  224L A;  1C64 A;  2A7D A;  4LYC A;  4NIJ A;  2BLX A;  6LYT A;  3RW8 A;  1OVJ A;  4PK0 A;  3CT0 A;  1OV7 A;  4UWU A;  1HEQ A;  186L A;  2XTH A;  1D2Y A;  4ZPU A;  1L55 A;  4GCD A;  1L21 A;  2W1L A;  1WVV A;  2HTX A;  1P2C C;  4DC4 A;  4NWE A;  1LHI A;  3A3Q A;  4GRV A;  1QUS A;  192L A;  2D4J A;  1ALC A;  235L A;  1L84 A;  1YQV Y;  2G4Q A;  2XBS A;  3A34 A;  218L A;  1L34 A;  2D4K A;  4I7P A;  1SLY A;  2LYM A;  1JTO L;  1REZ A;  1B5W A;  1VDQ A;  1QSB A;  1FDL Y;  1QTV A;  3OK0 A;  2HED A;  3CDV A;  4TSB A;  1LHM A;  3ATO A;  3HT6 A;  1VAU A;  5F81 A;  1LSB A;  4GBR B;  5HMJ A;  1T6H A;  1JTN A;  1JJ1 A;  3A92 A;  1G06 A;  2W1X A;  5DN4 A;  4H90 A;  1L14 A;  1QUH A;  1L39 A;  178L A;  1B7S A;  109L A;  1C6A A;  1I56 A;  1D3J A;  3A6C Y;  1QTE A;  1L91 A;  3C83 A;  3HBD A;  4I7N A;  4XJH A;  1C6N A;  4NGZ A; 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