1C6EA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 2 atm xenon
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6eA00
4I7QA 3GUIA 127LA 1CU0A 119LA 1L76A 122LA 1L61A 1L39A 1C65A 4DKLA 169LA 1CU6A 2B6WA 1PQJA 123LA 1C6IA 4EKSA 1ZURA 2RBNA 2OE9X 1L0JA 1L93A 1OYUA 1G0JA 3F8VA 3SB5A 4E97A 1L08A 120LA 1L16A 3HTFA 1L23A 1L15A 1P5CA 233LA 1C6FA 170LA 1L68A 1L35A 3DMXA 1L25A 1P2RA 1QUDA 222LA 241LA 130LA 230LA 4ARQB 1L50A 1L22A 4EJ4A 151LA 183LA 1L70A 3HU9A 2OTZX 190LA 104LA 213LA 1L72A 1C63A 131LA 4I7TA 1LI6A 2B6ZA 2LCBA 4S0WA 252LA 171LA 1L32A 1L34A 5LZMA 1C67A 3NY8A 144LA 2B6XA 3DKEX 4ZPUA 148LE 1QTDA 1L37A 4I7LA 2NTHA 4K5YA 4EKPA 234LA 1L99A 155LA 224LA 1L14A 118LA 2HULA 1C6LA 4PJZA 3GULA 1C6GA 4W59A 1L48A 1LGUA 1DYBA 2LZMA 3CDVA 3SBAA 1CV6A 1QT6A 3DNAA 1C6DA 114LA 1K28A 3PDSA 1DYEA 1L45A 4W51A 1PQIA 1DYFA 1C6NA 1LGXA 1C62A 2F47A 2O79A 185LA 1G0QA 1KW7A 138LA 1PQKA 177LA 1L24A 1T8AA 1LPYA 1QTCA 3GUOA 2F2QA 3HU8A 1G0GA 3SB7A 3V2WA 261LA 262LA 2Q9DA 4IAPA 1SWYA 3JR6A 223LA 1CU2A 3K2RA 1KNIA 258LA 2RBSA 1JQUA 1L44A 4DJHA 1L53A 3HUKA 1L17A 3DN2A 1C6KA 3V2YA 1L89A 2L78A 1LWKA 4I7SA 4I7KA 1L91A 115LA 1L77A 259LA 1WTHA 126LA 4W56A 191LA 3FI5A 3HTGA 2HUKA 228LA 1L96A 1C6CA 3C83A 1C69A 1C60A 253LA 226LA 260LA 1G06A 192LA 1CV1A 1P36A 1G0KA 196LA 2OU0X 2LC9A 3OE6A 1L55A 1L97A 1L83A 2B74A 247LA 3FA0A 3GUKA 139LA 3HT6A 3GUNA 2IGCA 1L27A 200LA 172LA 1OV5A 1L31A 182LA 1QT3A 1LI2A 1L30A 1KW5A 5I14A 150LA 4I7PA 3RUNA 1CV3A 1D3JA 1QT7A 4GRVA 1P37A 1EPYA 250LA 145LA 3C81A 235LA 2RBPA 4LZMA 166LA 1NHBA 1OVJA 216LA 2B7XA 4YXAC 4EKRA 1L11A 1G0LA 243LA 198LA 146LA 3HH3A 3HT9A 4LDEA 1D3NA 199LA 1L29A 1QTVA 1D9WA 7LZMA 1LYEA 1L18A 1CU3A 215LA 4ARMA 3OE9A 2OU8A 2RBOA 1KY0A 229LA 161LA 232LA 176LA 1L87A 1L90A 1L95A 212LA 2B72A 1LGWA 1OVKA 257LA 2RAYX 162LA 1LWGA 1C6JA 1CVKA 163LA 1L80A 231LA 3HTBA 1L09A 256LA 1L71A 1DYGA 1L43A 6LZMA 180LA 1L03A 225LA 3HDEA 1L49A 1L52A 1DYDA 3GUPA 3HUQA 4W58A 149LA 217LA 1L06A 4EKQA 3F9LA 4W54A 4OO9A 1L66A 1L02A 2O4WA 1L28A 1L40A 1P3NA 129LA 1L12A 1L56A 2Q9EA 1LYGA 3NYAA 1QT4A 1KS3A 251LA 3CDQA 2O7AA 1L42A 3EMLA 4I7MA 4LDLA 1T97A 4I7OA 107LA 1L47A 1D3MA 244LA 1C6PA 1G0MA 4GBRB 3CDRA 1C6EA 1L85A 238LA 1QUHA 2B6YA 1L79A 1ZWNA 3HUAA 2NTGA 1QT5A 4ARQA 239LA 1G1WA 1L04A 3C8RA 218LA 1P6YA 1XJTA 1SX7A 1C64A 4ARLA 1LLHA 3GUMA 4YX7C 3NY9A 1SSYA 1DYAA 1L33A 1P46A 1P64A 220LA 205LA 1L86A 3PBLA 3CDOA 1OWZA 1L19A 3HH5A 175LA 181LA 1OVHA 1SX2A 1QS5A 1L64A 2OEAX 167LA 1P2LA 168LA 1XEPA 206LA 2Z6BA 157LA 1D2YA 1L01A 4I7JA 188LA 111LA 4W53A 1L62A 2F32A 1G1VA 1QS9A 1QSBA 4W55A 1C68A 2RB2X 125LA 159LA 219LA 1L60A 1LYFA 113LA 1PQDA 3HH6A 1L74A 3C8SA 242LA 1C6AA 2QB0B 227LA 187LA 201LA 4DAJA 1D3FA 103LA 165LA 3C7WA 1G0PA 1LYHA 248LA 2RAZX 158LA 3HWLA 3C80A 1L38A 1L51A 3SN6R 3UONA 184LA 1C6TA 3LZMA 1CV4A 4YXCA 142LA 1I6SA 128LA 3GUJA 1TLAA 3G3VA 141LA 1L73A 1C6QA 1C66A 1QTHA 3ODUA 1L98A 102LA 4LDOA 1L69A 3OE8A 1LW9A 1L57A 1QUGA 1T8GA 108LA 210LA 236LA 3FADA 3QAKA 1C61A 4I7NA 137LA 1CV5A 1CUPA 3D4SA 4EPFA 2B6TA 1QTBA 1L84A 1C6BA 211LA 3SB9A 1L82A 189LA 1G07A 3L2XA 4PK0A 1L21A 1PQMA 4EXMA 4ARJA 1L81A 1L58A 1OV7A 1XJUA 2B73A 3DN4A 3DN6A 3SBBC 3DMVA 2RBRA 1CX6A 3C82A 3VW7A 1L67A 1L41A 4W52A 4W57A 1L13A 3OE0A 3C8QA 1C6MA 152LA 2RB0X 1CV0A 3SB8A 214LA 2A4TA 3DN1A 1L05A 1T8FA 1JTMA 1L26A 2B70A 1CU5A 3HT7A 147LA 156LA 1D2WA 1CUQA 1L59A 3HH4A 140LA 2B75A 1QSQA 1QUOA 1L20A 240LA 2QARC 2OTYX 245LA 209LA 164LA 4AQNA 1P7SA 237LA 254LA 221LA 2ANVA 2OE4X 3DN0A 1QT8A 3G3WA 2RBQA 3DN3A 4ARMB 1B6IA 3HT8A 2OE7X 1CTWA 4ARPA 1JTNA 1LYIA 2RB1X 4EPIA 1LI3A 3RZEA 1CX7A 3DN8A 2CUUA 246LA 3C7YA 1L94A 2OU9A 3L64A 1L00A 1L75A 3G3XA 3HDFA 1LYJA 1L0KA 1PQOA 255LA 3DMZA 1T6HA 109LA 1P56A 1DYCA 2HUMA 2RH1A 3HTDA 4I7RA 174LA 195LA 173LA 249LA 3SB6A 197LA 178LA 1L65A 1LYDA 2ANXA 3CDTA 1SSWA 1L36A 1L92A 1C6HA 3C7ZA 186LA 1SWZA 143LA 1L88A 1ZYTA 110LA 1L10A 112LA 1L07A 1KY1A 160LA 1L54A 1OWYA 1QTZA 1L46A 1L63A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HLLA 2CGIA 127LA 1CU0A 1YAQA 169LA 1CU6A 1PQJA 1QTKA 5I4WA 1OYUA 3AYQA 3CT0A 1VFBC 1L08A 2Y8PA 4OWHA 2D91A 1BWJA 2G4QA 4EMNA 3A90A 233LA 4YF2A 2F2NA 1GAZA 170LA 3B72A 5I4YA 2Z37A 3LYZA 4EJ4A 1L50A 1L70A 2OTZX 1LJHA 5FHWA 1LSYA 213LA 1C63A 4WG7A 5KXKA 1A2YC 5T3FA 5KJ9A 4S0WA 5KXYA 4Z46A 3J4GA 1C67A 3LZTA 2B6XA 3A92A 4WL6A 3DKEX 4ZPUA 5I5QA 4MR1A 1IP1A 4NGKA 4ETBA 1B7RA 5AMYA 155LA 1GBWA 4NHPA 1HERA 2ZILA 1QIOA 5KXMA 5FDJA 2LZTA 4P2EA 1C6DA 3ATNA 1REXA 114LA 1K28A 1C6NA 2BLYA 4HJZA 4G49A 4EOFA 1DXJA 1ZVHL 1PQKA 1LYSA 177LA 1T8AA 3W6AA 3A6CY 2F2QA 3HU8A 4H9EA 4H9AA 4GLAA 1CU2A 3K2RA 1KNIA 4NGYA 1AT6A 4DJHA 2BQOA 4ETAA 3V2YA 1GFKA 1L89A 5IHGA 1L91A 5FEKA 4A7DA 2I25L 5HNCA 3HTGA 4H90A 1L96A 1DPWA 2A7FA 1CJ8A 1GB2A 1C60A 2RSCA 4ETEA 1P36A 1B7PA 1L97A 247LA 3LYOA 4LYMA 2IGCA 7LYZA 200LA 172LA 1YIKA 1NF5A 4O34A 1QT3A 3B0OA 1L30A 1KW5A 3P65A 3RUNA 1CV3A 4GCCA 1HSXA 4CJ2A 1B7OA 6LYTA 1P37A 1JSFA 3EO5A 3GXKA 4WM3A 1ZVYB 193LA 4YXAC 1WVVA 1LOZA 6LYZA 3TXDA 1HEOA 3HBEX 5LXWA 146LA 4HV1A 7LZMA 1QTVA 1LYEA 1JPOA 1C08C 215LA 4ARMA 229LA 1LMCA 3TXJA 4Z41A 4BAFA 1HEWA 4Z3MA 4II8A 2B72A 4B4JA 4NGIA 1LGWA 1OVKA 1VDTA 2DQAA 2MEDA 1GXXA 1C6JA 1GBZA 1B7SA 1LMAA 1IP3A 4OWAA 1HF4A 4LT1A 6LZMA 3OK0A 180LA 3TMWA 4DDBA 4LYTA 2BPUA 2BQDA 4QDNA 3WUAA 3HUQA 5EBHA 149LA 1XGTC 3F9LA 4W54A 4OO9A 2FYDA 1LKRA 1CKCA 2X0AA 1YKZX 1L28A 1L40A 129LA 1LYGA 3NYAA 1CKFA 5F81A 2O7AA 1GFGA 1WTNA 4ET8A 4LDLA 4I7OA 1L47A 4GCFA 3AB6A 1C6PA 4LYZA 3TMXA 1NBZC 1UIAA 1W6ZA 5LVKA 2B6YA 1ZWNA 3HBHA 1VEDA 4LGKA 5LVHA 5KXTA 1P6YA 1NBYC 3ZVQA 1GB9A 1BWIA 4ARLA 3RU5A 4NG8A 1SSYA 1GE1A 3HFMY 4PRQA 1OWZA 1L19A 4NGZA 1P2LA 1KXXA 206LA 157LA 111LA 1L62A 2Q0MX 2BQJA 3CB7A 1QSBA 4W55A 2RB2X 3WU8A 159LA 3ULRA 4XJHA 5KXPA 4PHIA 3HH6A 2YBHA 4WLTA 3WPJA 227LA 1GHLA 201LA 4DAJA 1QTEA 1FKVA 103LA 3SN6R 2EIZC 1C6TA 5L3HA 1CV4A 4M4OA 3WMKA 2GV0A 1L73A 3P68A 2Z12A 1C66A 1QTHA 2WARA 1HC0A 2MEFA 2MECA 3LN2A 3B0KA 3P64A 2ZIJA 108LA 1FBIX 1CKDA 1C7PA 1CV5A 4DDCA 2ZIKA 1GB7A 5KXZA 1NKHA 1FLWA 189LA 1J1OY 4EXMA 1LSDA 1GE3A 1OV7A 3DN4A 3G3AB 4C3WA 1F6SA 1GE2A 1IWZA 3C82A 1INUA 1NHEA 4W57A 5I54A 2A4TA 1JTMA 1LZ6A 1DI4A 1L26A 1D6PA 4OOTA 3WVYA 2DQHY 1WQPA 1B9OA 1GF3A 3A93A 1LAAA 3WUNA 1OUDA 1UC0A 164LA 3WH1A 1IOQA 3BKVA 221LA 4OOOA 1AT5A 4NGLA 1B6IA 1D0KA 1CTWA 2AUBA 1CNSA 2Z19A 1JTNA 1LYIA 1P2CC 2CUUA 1LYOA 1L94A 1BB4A 1L00A 3G3XA 3HDFA 4IASA 3WU7A 1PQOA 1JTOL 4H92A 1P56A 1QSWA 2HUMA 2G4PA 3AW6A 1HEQA 3WXTA 173LA 5KXOA 1L65A 2ANXA 1SWZA 1L88A 1L07A 1KY1A 1G7MC 1OWYA 4DD1A 4IATA 1XGQC 1QTZA 4PJZA 1D0MA 1LSGA 4H91A 119LA 4G9SA 1L61A 4RW2A 5LVGA 1LZDA 2B6WA 4NGOA 4EKSA 2F4GA 3WVXA 4DD2A 2OE9X 1L93A 4TSBA 1V7TA 4B4IA 4WM6A 1IWVA 1B7LA 1IP4A 3HTFA 4LYBA 1L15A 3QY4A 1P5CA 1B5YA 1L68A 3DMXA 3GXRA 1AZFA 1LZ8A 241LA 1BWHA 1ALCA 3EMSA 4ARQB 151LA 1IX0A 2HEEA 104LA 1MLCE 1L72A 4I7TA 2HU1A 1LI6A 2B6ZA 1LZTA 4WM2A 5LZMA 1L34A 4WO6A 3NY8A 1I56A 4TX7A 2YVBA 1D0LA 4NSJA 1QTDA 1LSZA 2NTHA 234LA 1L99A 118LA 4ET9A 1HMLA 2HULA 4AGAA 3D3DA 2IHLA 1LSAA 1LZYA 1FN5A 1C6GA 3CDVA 4G4BA 2LZMA 1BB3A 1QT6A 3DNAA 4FJRA 1DYEA 1FLYA 1DPXA 4W51A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5HLL A;  2CGI A;  127L A;  1CU0 A;  1YAQ A;  169L A;  1CU6 A;  1PQJ A;  1QTK A;  5I4W A;  1OYU A;  3AYQ A;  3CT0 A;  1VFB C;  1L08 A;  2Y8P A;  4OWH A;  2D91 A;  1BWJ A;  2G4Q A;  4EMN A;  3A90 A;  233L A;  4YF2 A;  2F2N A;  1GAZ A;  170L A;  3B72 A;  5I4Y A;  2Z37 A;  3LYZ A;  4EJ4 A;  1L50 A;  1L70 A;  2OTZ X;  1LJH A;  5FHW A;  1LSY A;  213L A;  1C63 A;  4WG7 A;  5KXK A;  1A2Y C;  5T3F A;  5KJ9 A;  4S0W A;  5KXY A;  4Z46 A;  3J4G A;  1C67 A;  3LZT A;  2B6X A;  3A92 A;  4WL6 A;  3DKE X;  4ZPU A;  5I5Q A;  4MR1 A;  1IP1 A;  4NGK A;  4ETB A;  1B7R A;  5AMY A;  155L A;  1GBW A;  4NHP A;  1HER A;  2ZIL A;  1QIO A;  5KXM A;  5FDJ A;  2LZT A;  4P2E A;  1C6D A;  3ATN A;  1REX A;  114L A;  1K28 A;  1C6N A;  2BLY A;  4HJZ A;  4G49 A;  4EOF A;  1DXJ A;  1ZVH L;  1PQK A;  1LYS A;  177L A;  1T8A A;  3W6A A;  3A6C Y;  2F2Q A;  3HU8 A;  4H9E A;  4H9A A;  4GLA A;  1CU2 A;  3K2R A;  1KNI A;  4NGY A;  1AT6 A;  4DJH A;  2BQO A;  4ETA A;  3V2Y A;  1GFK A;  1L89 A;  5IHG A;  1L91 A;  5FEK A;  4A7D A;  2I25 L; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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