1C6FA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 32 atm argon
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6fA00
250LA 1L69A 4EPFA 1L06A 1CU6A 1L12A 1L72A 141LA 195LA 115LA 3DN1A 1C62A 1L81A 3DN0A 1L25A 1G0JA 2O4WA 4I7PA 1CU2A 1D3MA 218LA 2RB1X 1P2LA 1PQKA 3GUIA 146LA 3VW7A 1G07A 3SB6A 166LA 1C6HA 2B75A 128LA 3NY9A 3GUKA 254LA 3SN6R 256LA 1CX6A 2OE9X 1L09A 1L42A 3DMZA 2B6WA 2QARC 4E97A 1CV4A 4I7OA 1T8AA 4W52A 1P46A 138LA 1C6AA 1L0KA 2Z6BA 2OU9A 4ARMB 1SWZA 1T97A 158LA 7LZMA 120LA 2B6YA 3G3VA 214LA 1P64A 167LA 3JR6A 1CV5A 4LZMA 1OWZA 3ODUA 1L0JA 2NTHA 205LA 4EKSA 1C6EA 1L89A 1C6TA 168LA 4K5YA 1QS5A 1T8FA 1C6JA 2OE7X 3OE9A 1QT3A 1L64A 3C8RA 3L2XA 1L02A 163LA 4W56A 3FA0A 1I6SA 1C6FA 1L68A 4S0WA 211LA 1LI3A 1CTWA 3HT7A 1QTHA 231LA 1C6MA 1QT6A 4I7LA 3K2RA 1DYFA 1D3JA 1L20A 1L40A 236LA 3HTBA 2RBNA 3PDSA 1P56A 1OVJA 4GRVA 187LA 1L24A 1P7SA 4I7QA 1QSBA 140LA 1L30A 1L47A 3C8QA 1L29A 114LA 3NYAA 189LA 2RBQA 201LA 210LA 4AQNA 224LA 123LA 148LE 1L91A 4LDOA 1DYBA 1LI6A 3GUMA 1DYGA 242LA 3DN8A 139LA 1L55A 1L39A 2RB0X 4LDLA 172LA 1LYHA 2HUKA 4ARQA 1L32A 1C69A 159LA 1L16A 1T6HA 3PBLA 240LA 222LA 3SB9A 1PQJA 1XJTA 1LWKA 1C66A 2OE4X 5LZMA 2B74A 1C67A 3NY8A 1OV5A 3DN6A 164LA 4DKLA 102LA 2RBPA 3RUNA 1KNIA 232LA 3DNAA 1QUOA 4W59A 3HWLA 199LA 213LA 4GBRB 111LA 181LA 1C6KA 3CDOA 251LA 1KY1A 1QUGA 2OU0X 3V2YA 1KY0A 182LA 1QT7A 1WTHA 157LA 1PQMA 4ARJA 1CX7A 1L60A 1L92A 1LW9A 173LA 176LA 1CU5A 1L79A 4DJHA 3C80A 3GUPA 3HUQA 3SBAA 4I7JA 3DN4A 3SBBC 1CVKA 1L77A 1CU3A 3CDRA 103LA 2O79A 1L88A 1L50A 2LC9A 1L56A 1L03A 3FI5A 1KW5A 2Q9DA 225LA 1DYAA 257LA 4PK0A 1K28A 2RBRA 1L38A 1LYFA 1LGUA 243LA 137LA 1P2RA 150LA 161LA 2B7XA 4DAJA 247LA 1QT4A 4I7SA 1PQDA 3OE0A 3SB8A 2CUUA 1L98A 234LA 1L19A 3C83A 227LA 1QTZA 1QT8A 1L94A 1L62A 1G0PA 217LA 238LA 1T8GA 1P36A 185LA 1L58A 177LA 127LA 1C6PA 1SX7A 1KW7A 1L76A 1C6CA 209LA 4PJZA 130LA 1L73A 112LA 1QTVA 3HUKA 1G1VA 175LA 2LCBA 1D3FA 1L67A 4I7RA 1C68A 3CDVA 3HU8A 4YX7C 4ARLA 1L27A 1JTNA 1L84A 1L35A 4W53A 3C82A 2F47A 3OE6A 1G1WA 143LA 1L80A 1C6DA 1ZURA 1L11A 2IGCA 1JTMA 3DN2A 110LA 1L17A 1OVHA 1TLAA 1LLHA 3D4SA 1ZWNA 1CUPA 4EPIA 1L13A 1L01A 1KS3A 230LA 3FADA 4YXAC 4EXMA 1L33A 5I14A 1L44A 188LA 1L15A 190LA 3UONA 1G0MA 3SB7A 1CV1A 1L74A 1LYEA 1C60A 244LA 1C63A 1C61A 3C7YA 1L97A 3DKEX 1L87A 229LA 219LA 1L08A 4EJ4A 200LA 1G0KA 1C6LA 1P3NA 1CV6A 212LA 1L52A 1L51A 237LA 226LA 253LA 184LA 1DYCA 2ANVA 6LZMA 1OV7A 180LA 1L59A 3C7WA 1L65A 2Q9EA 1L21A 1L41A 1QT5A 4ARMA 4LDEA 186LA 1C65A 1QUDA 1G0LA 1DYDA 1L46A 196LA 246LA 260LA 1G06A 1P37A 1QSQA 2F32A 1L75A 1QTCA 1L82A 4W54A 108LA 3HH6A 1QUHA 261LA 1OYUA 2B72A 151LA 216LA 3HTFA 3RZEA 142LA 4I7NA 1JQUA 1XEPA 4EKQA 1CUQA 3HU9A 1LYIA 2QB0B 1NHBA 2OU8A 1DYEA 3HH4A 4W55A 131LA 1C6IA 149LA 1C6NA 1L54A 3QAKA 1C6GA 4W51A 183LA 3SB5A 3EMLA 1L31A 4EKRA 3V2WA 3HDFA 1L90A 178LA 4ARPA 3F8VA 1L36A 2B6XA 221LA 4ARQB 1LYGA 1L45A 1L28A 1G0QA 160LA 2RBOA 118LA 1D2YA 1D9WA 220LA 1CV0A 1L22A 3C8SA 2A4TA 1C6QA 1EPYA 252LA 1SWYA 1SX2A 1PQOA 2RAZX 3LZMA 1L00A 249LA 3C81A 1LGXA 126LA 2RB2X 1L05A 144LA 4I7TA 1LYJA 1LPYA 2OTYX 3HUAA 1C6BA 171LA 1XJUA 104LA 3GUNA 1OVKA 262LA 1L34A 3HTDA 2B6ZA 2HUMA 4YXCA 107LA 235LA 4I7KA 245LA 3GULA 258LA 2RAYX 156LA 1L71A 122LA 1ZYTA 1L83A 1LI2A 1L86A 1L14A 197LA 1L57A 4W58A 170LA 1L61A 1CU0A 4W57A 1L10A 4I7MA 2OTZX 145LA 155LA 3F9LA 1C64A 1L93A 1L18A 2HULA 223LA 3HT8A 1L95A 113LA 3L64A 2NTGA 1L37A 1G0GA 1SSWA 3HTGA 192LA 1L48A 2L78A 248LA 109LA 3OE8A 1L49A 4OO9A 125LA 3DMXA 233LA 215LA 1OWYA 152LA 1CV3A 255LA 2LZMA 2RBSA 119LA 1QTDA 1L85A 3G3WA 259LA 2B6TA 3HT9A 2B70A 206LA 2F2QA 1L04A 3G3XA 1L07A 1L96A 3CDTA 4ZPUA 1L63A 3DMVA 3HT6A 1SSYA 198LA 1PQIA 241LA 3GUOA 1LGWA 1L99A 1LWGA 165LA 1L66A 1D2WA 1P6YA 169LA 239LA 228LA 147LA 4IAPA 1QS9A 4EKPA 3GUJA 129LA 1L26A 1QTBA 2RH1A 3HH5A 3HH3A 1LYDA 2B73A 1L43A 1L70A 1L53A 1D3NA 3CDQA 2ANXA 3DN3A 2O7AA 174LA 191LA 3HDEA 3C7ZA 1P5CA 2OEAX 1B6IA 1L23A 162LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C45A 1D9UA 1L72A 4M4OA 141LA 195LA 115LA 1B2KA 1C62A 2BLXA 4NGKA 1L25A 1UIGA 3WH1A 1D3MA 218LA 1ZMYL 1XGRC 3SB6A 1DXJA 5KXNA 3A6BY 1LZDA 5HQ1A 2OE9X 1L09A 2QARC 1WQOA 1CV4A 4GLVA 3K3TA 1P46A 4NSGA 1C08C 5KXRA 4XENA 4GN5C 158LA 1LJIA 2HUBA 3N9CA 4G49A 3EBAB 1CV5A 4LZMA 2NTHA 1IWYA 1C6EA 5B06A 2LYOA 1T8FA 1C6JA 1PZYA 3LZTA 3L2XA 1L02A 163LA 5F9UA 2G4NA 5HMJA 1ZV5L 1REZA 4MCKA 1XGUC 5LXWA 1QTHA 4I7LA 1BWIA 1GFEA 3WPJA 3K2RA 1D3JA 3T6UA 1OVJA 4PJ2C 3ZVQB 1GBZA 1OUJA 1QSBA 5E9RA 3NYAA 2RBQA 3B0KA 210LA 4D9ZA 2ZNXY 1LHIA 242LA 3DN8A 7LYZA 1L55A 1L39A 4LDLA 4G4CA 3PBLA 4OWBA 1PQJA 1XJTA 2BQKA 3CT1A 4XJDA 1LWKA 1VEDA 3TXGA 1DPWA 1QSAA 2HEAA 1C66A 2FYDA 1FLUA 3NY8A 1HF4A 1MLCE 102LA 5B07A 232LA 4W59A 199LA 4NGYA 2LHMA 1EL1A 1AKIA 4WO9A 4ANRA 1GB8A 3WVYA 5B1GA 5LYMA 1LHHA 1HSWA 1L60A 1OUIA 2C8OA 5K7OA 4I8SA 1CU5A 1I1ZA 3SBAA 2XBSA 1CVKA 5I4WA 1L50A 2BQJA 2AUBA 5LA5A 3HFMY 1OUCA 1K28A 2RBRA 1G7MC 1P2RA 150LA 1G7HC 5KKIA 247LA 1RI8B 5F81A 1NHEA 3AW7A 2CUUA 1L98A 227LA 1IWZA 4AXTA 4DT3A 5J7CA 217LA 2EPEA 4R0FA 177LA 1BB7A 2Z12A 1SX7A 5KXYA 130LA 2MEIA 1C10A 1D3FA 1NF5A 4I7RA 1C68A 4ARLA 1NBZC 1GBOA 1IVMA 2IGCA 1JTMA 110LA 1HMLA 1ZWNA 1LSPA 1L13A 1L01A 4LGKA 4EXMA 190LA 1G0MA 3SB7A 1CV1A 1IEEA 5IDDA 1L74A 1LYEA 1C60A 4LYCA 2DQEY 3ZEKA 1L08A 4QY9A 1C6LA 1V7SA 4DYGA 212LA 1GE4A 3TXJA 2BQMA 1A2YC 180LA 3OK0A 1B0DA 1QTKA 3B0OA 1L65A 4C5FA 1LZ6A 2HEFA 5LVGA 3M18B 1IP2A 4DDBA 1LHMA 1QUDA 1LJNA 1DYDA 246LA 1L75A 1QTCA 2NWDX 2W1MA 4W54A 1VDPA 1IC5Y 1LHLA 151LA 1WVVA 2DQAA 216LA 1I20A 1GB0A 2EIZC 142LA 4I7NA 1JQUA 1FDLY 4WL6A 1LJFA 1IORA 1NHBA 4OOTA 1LMQA 3HH4A 3AZ4A 3BKHA 3QAKA 4KL7A 4W51A 5II3A 4J7VA 4HV1A 1ALCA 4L41A 3EMLA 1L31A 4EKRA 5L3HA 4PGJB 3ZVQA 2A7DA 1L36A 2B6XA 1IWVA 4HTQA 4X3BA 4ARQB 1L45A 4LFPA 2RBOA 118LA 1ZVYB 3LZ2A 3WW5A 1BB3A 3AB6A 4RDSA 5I54A 1SWYA 3W6FA 3WPLA 4MSTA 1WQRA 1LGXA 2RB2X 1LKRA 1JEFA 4PHIA 1LYJA 2OTYX 104LA 5DLAA 4Z98A 2RAYX 1L83A 1HENA 1L86A 4W58A 5HMVA 4I7MA 145LA 5LINA 4EOFA 8LYZA 3HBDA 4WOAA 223LA 1DPXA 1LMAA 1L37A 1VDTA 2L78A 3A93A 1LZ1A 1GE2A 2FBBA 5F9XA 4OO9A 1LMTA 125LA 1HERA 1KIQC 4H9IA 233LA 1NWGA 3W6AA 1L85A 3G3WA 2B70A 2YBJA 1TBYA 1L04A 3G3XA 1L07A 6LYZA 2D6BA 4BAFA 1LGWA 2ZYPA 1L66A 1IOCA 3WU7A 1SQ2L 3WXUA 1YAMA 6LYTA 228LA 4IAPA 3GUJA 1L26A 2B73A 1L43A 3CDQA 3WVXA 4LZTA 1UC0A 1L06A 1BB6A 1L12A 1GPQC 1VDQA 4AGAA 4NSJA 1G0JA 5DN5A 1OP9B 1OUEA 1PQKA 1A4VA 3A3QA 166LA 1C6HA 1H87A 1D0KA 1FLQA 1LJHA 1EQ5A 1B7QA 1L42A 2B6WA 1LZSA 3AYQA 4I7OA 1DKKA 4W52A 4H9EA 1YQVY 4YENA 1YILA 1WVUA 138LA 1C6AA 1HELA 1L0KA 3FE0A 2OU9A 2YDGA 5LVJA 1GFRA 1Z55A 4Z46A 4BS7A 3JR6A 3ODUA 2BQIA 205LA 5LA8A 4UWUA 4EKSA 4H1PA 4N5RA 168LA 4K5YA 1QS5A 1KXXA 1GF7A 1QT3A 1L64A 1LSMA 4IJ4A 1GWDA 1GFKA 3TXEA 4W56A 1I6SA 1QTEA 1F0WA 2MEAA 3HT7A 231LA 1C6MA 1GF3A 2CGIA 2RBNA 2LZTA 2BQDA 3WULA 1V7TA 1L47A 3B72A 1OUAA 189LA 4KXIA 194LA 1JISA 5DM9A 123LA 4H92A 1CKFA 2I26L 4HP0A 3W6CA 4YEOA 2IFFY 2BQAA 1LI6A 2BQHA 4WMGA 3WMKA 139LA 2BQFA 172LA 2HUKA 1CKCA 4ARQA 5I4XA 1L32A 3AZ7A 1C69A 159LA 1T6HA 240LA 222LA 4NHQA 3ATNA 4OWCA 4EMNA 1C67A 5B05A 1F6SA 3DN6A 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 1C45 A;  1D9U A;  1L72 A;  4M4O A;  141L A;  195L A;  115L A;  1B2K A;  1C62 A;  2BLX A;  4NGK A;  1L25 A;  1UIG A;  3WH1 A;  1D3M A;  218L A;  1ZMY L;  1XGR C;  3SB6 A;  1DXJ A;  5KXN A;  3A6B Y;  1LZD A;  5HQ1 A;  2OE9 X;  1L09 A;  2QAR C;  1WQO A;  1CV4 A;  4GLV A;  3K3T A;  1P46 A;  4NSG A;  1C08 C;  5KXR A;  4XEN A;  4GN5 C;  158L A;  1LJI A;  2HUB A;  3N9C A;  4G49 A;  3EBA B;  1CV5 A;  4LZM A;  2NTH A;  1IWY A;  1C6E A;  5B06 A;  2LYO A;  1T8F A;  1C6J A;  1PZY A;  3LZT A;  3L2X A;  1L02 A;  163L A;  5F9U A;  2G4N A;  5HMJ A;  1ZV5 L;  1REZ A;  4MCK A;  1XGU C;  5LXW A;  1QTH A;  4I7L A;  1BWI A;  1GFE A;  3WPJ A;  3K2R A;  1D3J A;  3T6U A;  1OVJ A;  4PJ2 C;  3ZVQ B;  1GBZ A;  1OUJ A;  1QSB A;  5E9R A;  3NYA A;  2RBQ A;  3B0K A;  210L A;  4D9Z A;  2ZNX Y;  1LHI A;  242L A;  3DN8 A;  7LYZ A;  1L55 A;  1L39 A;  4LDL A;  4G4C A;  3PBL A;  4OWB A;  1PQJ A;  1XJT A;  2BQK A;  3CT1 A;  4XJD A;  1LWK A;  1VED A;  3TXG A;  1DPW A;  1QSA A;  2HEA A;  1C66 A;  2FYD A;  1FLU A;  3NY8 A;  1HF4 A; 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