1C6GA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 4 atm krypton
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6gA00
123LA 1L17A 1CU3A 3CDTA 2NTGA 2LZMA 1L73A 1CX6A 4GBRB 214LA 3HH5A 142LA 1L99A 196LA 1SWYA 235LA 1OYUA 164LA 166LA 4ZPUA 119LA 3QAKA 4EXMA 4K5YA 149LA 169LA 1LYJA 3EMLA 4W57A 1L09A 1C6LA 1C6HA 1CV3A 1LGXA 1L69A 3C7WA 122LA 158LA 4GRVA 198LA 2B70A 182LA 1D2WA 236LA 1L33A 1L40A 1P36A 4EKRA 104LA 186LA 1C6CA 150LA 139LA 1C6PA 1L59A 3SB5A 1G1VA 2QB0B 157LA 231LA 1L34A 251LA 3GULA 4I7KA 125LA 1L15A 2OTYX 4DJHA 253LA 1C6QA 1L57A 1L90A 1CV5A 243LA 238LA 201LA 3C7YA 1L64A 1D3FA 1G0PA 1L53A 160LA 1CU6A 1LYIA 2OEAX 3HTFA 1T6HA 1L35A 3SB7A 4LDEA 249LA 161LA 242LA 3SBBC 1L63A 2ANXA 1LYDA 1L77A 1L27A 1WTHA 3DN4A 7LZMA 1L98A 1P7SA 177LA 1C6NA 1L21A 1L10A 1DYAA 1L86A 3HDEA 2RAZX 1QTBA 1QTVA 1D3JA 1D9WA 1C6DA 2RB2X 1CTWA 1C66A 1L76A 244LA 229LA 173LA 3DN1A 1C64A 211LA 1L20A 146LA 195LA 2RBNA 1QT7A 1CVKA 230LA 3G3XA 4I7PA 218LA 4LDLA 240LA 1L13A 2Z6BA 3F8VA 245LA 1C67A 252LA 3HTGA 1L72A 114LA 2RBOA 206LA 3GUPA 1QTHA 4ARMB 171LA 2HUKA 2Q9EA 4LZMA 1LW9A 3C7ZA 180LA 3C81A 1L55A 1QUDA 3DKEX 3HH6A 3DMZA 1L32A 1LI6A 1C6BA 4I7TA 175LA 1PQMA 3SB8A 192LA 1DYDA 3HTBA 1OVJA 1L84A 188LA 1C6TA 1L29A 1L45A 1L18A 4I7RA 2OE7X 3OE8A 1C6AA 1C60A 1P56A 4PK0A 4OO9A 1L61A 1QTDA 1SSWA 3PDSA 2O79A 4I7QA 2RBPA 190LA 228LA 3DN6A 3HT9A 237LA 219LA 1LPYA 1L43A 246LA 143LA 200LA 225LA 209LA 1L30A 3GUOA 115LA 1P3NA 1JTNA 1QT6A 1ZWNA 1KW5A 216LA 5I14A 1QTCA 1ZYTA 2B72A 1L52A 2OU9A 3DNAA 167LA 4DKLA 1L28A 2IGCA 261LA 1C68A 3CDVA 107LA 2F32A 250LA 1LGWA 1L85A 1L94A 3CDRA 4YX7C 103LA 3HU8A 1XEPA 1LWKA 1C6EA 1L54A 1L0JA 3GUNA 159LA 1K28A 3FA0A 1L48A 1DYGA 2OU0X 4W55A 112LA 185LA 4EJ4A 4YXCA 3GUMA 3HUAA 155LA 3FI5A 3PBLA 191LA 3HUQA 3NY8A 137LA 217LA 3HH4A 4E97A 2OTZX 1LYEA 1L71A 1L41A 1L39A 108LA 1OWYA 1KY0A 1QTZA 1T8GA 2RB0X 3C8SA 3RUNA 1L14A 1C61A 4EKQA 2HULA 183LA 1PQJA 3DN8A 1L88A 1L38A 1P64A 4ARQB 4AQNA 1PQOA 1L03A 3G3VA 1QT8A 1L24A 3C80A 152LA 1KNIA 4W54A 1CX7A 3HT7A 4W51A 151LA 241LA 4I7SA 1G0GA 1G0JA 3OE6A 4EKSA 2B6TA 178LA 2A4TA 2OE9X 3D4SA 1QT3A 2RBSA 1L05A 3V2WA 258LA 1SSYA 3GUIA 222LA 128LA 109LA 170LA 2RB1X 1L19A 1PQDA 233LA 1C6GA 1L79A 184LA 1JTMA 102LA 247LA 4ARQA 181LA 1T8FA 1CU5A 1L65A 223LA 4LDOA 1QS9A 256LA 1L97A 2RAYX 1L37A 1P5CA 1L80A 3SBAA 1L49A 1OWZA 1NHBA 6LZMA 1P46A 1DYCA 3NYAA 2F2QA 3C82A 1C6JA 168LA 1L25A 162LA 221LA 2L78A 172LA 165LA 4ARMA 1G0KA 1CUQA 3HH3A 110LA 1LYHA 4S0WA 126LA 213LA 1T8AA 127LA 1D3MA 1L42A 3GUKA 4ARPA 4I7LA 1JQUA 3L64A 2OU8A 2RH1A 1L95A 1QUHA 174LA 1LGUA 4PJZA 4W56A 4I7NA 1SWZA 1C6FA 1L75A 1DYFA 4I7JA 3SB6A 226LA 3DN2A 4EPIA 248LA 3HU9A 4EKPA 187LA 1D2YA 1L83A 262LA 227LA 3SB9A 3JR6A 1L56A 111LA 3HWLA 2LC9A 1OVKA 3CDOA 2F47A 1L89A 1C63A 2O7AA 2Q9DA 2RBRA 1L96A 1LLHA 140LA 1KY1A 1L01A 1QUOA 1L58A 1L66A 1C69A 147LA 1CU2A 1C6KA 3FADA 3DMXA 1G0QA 138LA 1G0MA 3OE9A 3G3WA 1G0LA 1L47A 1L31A 1L93A 1L91A 2O4WA 141LA 1CV1A 1L87A 1CV0A 1I6SA 1SX2A 1L02A 239LA 2B7XA 3DN0A 210LA 3C83A 1P6YA 4W59A 1OV5A 1L62A 1QSBA 2CUUA 130LA 2OE4X 144LA 148LE 3HUKA 1TLAA 4W53A 1P37A 4IAPA 4EPFA 1LI2A 1L22A 1QUGA 232LA 156LA 2LCBA 2B6XA 2QARC 1ZURA 3HT6A 1OV7A 1L70A 205LA 1L36A 1LYGA 3L2XA 3HT8A 1LI3A 2NTHA 4ARLA 259LA 1L46A 1P2LA 1DYBA 1KS3A 3C8RA 189LA 1C6MA 1L06A 1CV4A 3F9LA 3UONA 1P2RA 212LA 1L74A 260LA 1L0KA 215LA 1G06A 129LA 3HTDA 1PQIA 3DN3A 1D3NA 257LA 3K2RA 1C65A 3VW7A 1DYEA 1QT5A 1T97A 4W58A 2B6ZA 3ODUA 3CDQA 113LA 3OE0A 199LA 1L82A 4I7OA 2ANVA 120LA 2B73A 1L11A 163LA 3LZMA 1L07A 3RZEA 1L60A 2B6WA 1B6IA 118LA 1QS5A 224LA 4DAJA 3C8QA 1XJTA 1L50A 1QSQA 3GUJA 1L81A 1CU0A 1C6IA 220LA 131LA 3V2YA 1LWGA 1OVHA 1C62A 1SX7A 4ARJA 1CV6A 1L26A 145LA 1L67A 1L92A 3NY9A 4YXAC 1L00A 3HDFA 5LZMA 2B75A 3DMVA 1L16A 254LA 2RBQA 176LA 1G1WA 1KW7A 3SN6R 1PQKA 1XJUA 1CUPA 4W52A 2B6YA 1L12A 255LA 1L04A 2HUMA 1EPYA 197LA 1L51A 1L44A 1LYFA 1QT4A 4I7MA 1L23A 1L68A 234LA 1L08A 2B74A 1G07A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KXWA 3HBDA 1CX6A 4NGOA 4XADA 1BB5A 1GXXA 1GFGA 1FKVA 142LA 1L99A 5LVJA 1SWYA 119LA 1B2KA 1B5WA 4EXMA 4K5YA 1IP2A 1GXV2 4G4BA 2H5ZA 4LYCA 2Z38A 3EMLA 1DZBX 1JKDA 1GB9A 4W57A 4RDSA 2XJWA 1L09A 1CV3A 5B59A 158LA 198LA 2B70A 2FYCA 1D2WA 1CJ7A 1CJ6A 1L33A 1P36A 1GFAA 1UIHA 4DC4A 3G3AB 2BQMA 1GEVA 1LYOA 1LZCA 125LA 4DJHA 243LA 1CKDA 238LA 5KXPA 1L64A 1LSMA 1LYIA 4M6DA 1HF4A 1IOQA 3HTFA 4LDEA 3ATNA 2DBTA 1DKKA 2ANXA 1LYDA 1WTHA 4H90A 4TSCA 3N9AA 3WVYA 2ZYPA 1LJEA 4A7DA 3IWRA 2MEHA 3B72A 1QTBA 1CTWA 1GPQC 1TEWA 1LSGA 244LA 1G7IC 1GFEA 211LA 4WLYA 1IO5A 1IWXA 5LYZA 1LJJA 3A92A 230LA 4DDAA 1YANA 3G3XA 218LA 240LA 1GB8A 245LA 1C67A 4NFVA 1DQJC 171LA 2F4AA 2HUKA 2F30A 5C6IA 3C7ZA 1HSXA 3DKEX 3N9CA 1B5UA 1JHLA 4H8ZA 1INUA 5J7CA 1GFVA 1OVJA 3FI7A 1L84A 188LA 1C6TA 2BQHA 1D0LA 2BQAA 1C60A 3WUMA 1L61A 4HPIA 3OK0A 3GXRA 190LA 4OWBA 4Z3MA 246LA 4WM2A 2BQOA 1YAPA 1UBZA 1QT6A 1IVMA 5I14A 4Z41A 4DKLA 2Q0MX 1L28A 4DD0A 2IGCA 133LA 1TCYA 3E3DA 2HTXA 1HEPA 1HSWA 1JKBA 4H93A 250LA 1DXJA 4B4IA 1OUHA 1L94A 3CDRA 1LWKA 1L0JA 1NQIA 1CJ9A 2F2NA 1LZAA 4L41A 3AGHA 1YKXX 1BVKC 4NGYA 1F10A 3VWOA 1FLQA 4Z98A 1OUJA 4LYTA 1B7NA 3P66A 3HH4A 2ZILA 2XQOA 1BVXA 3HBHA 1NBZC 4EKQA 2HULA 2Z2FA 2HU1A 3K3TA 1LOZA 1P64A 1QDTA 4ARQB 1PQOA 4N9RA 153LA 1IP1A 4R6CA 1CJ8A 1IP6A 3OE6A 1GHLA 1QT3A 3TMXA 4RLMA 1LSEA 1L19A 4H8YA 1UIDA 233LA 4H9CA 2H9JA 1C6GA 4N0JA 1BB7A 1L79A 5LIOA 4RW2A 5IDDA 2EQLA 4WL7A 1C7PA 4IASA 256LA 1L97A 5HNCA 1LHMA 3WU7A 1L80A 5ILFA 1AZFA 1H6MA 1B7MA 1IP5A 1L49A 1QSWA 1NHBA 135LA 1REYA 1P46A 1GB6A 1NMMA 2F2QA 1N4FA 1C6JA 168LA 1OUIA 4W96A 2L78A 4ARMA 3HH3A 1B9OA 2DQJY 5II3A 1WQOA 1GF5A 1QTKA 4ARPA 1L42A 4OWAA 2OU8A 5FEKA 174LA 1LGUA 5F9XA 1BB6A 226LA 1IOSA 3HU9A 5M1YA 1J1OY 1LAAA 1GB5A 1LZ4A 2Z19A 2B5ZA 6LYZA 227LA 4J7VA 1ZVHL 1A4VA 1L56A 2VB1A 111LA 1LSNA 3EBAB 1GF9A 1DPXA 1QTEA 3WUAA 1L89A 4FDYA 2O7AA 2RBRA 1CNSA 3AJNA 1L01A 1ZMYL 4I8SA 1L66A 1GBWA 1C6KA 3FADA 4WG1A 138LA 1NF5A 3G3WA 154LA 2LZTA 4LYMA 3CT5A 1L31A 3TXJA 1L93A 4ETBA 141LA 1CV1A 1L02A 4LGKA 4ETEA 1UIGA 1OUDA 1NHEA 3OJPA 4EMNA 3HUKA 4DT3A 1IOCA 1TLAA 1GBOA 1HFZA 4EPFA 156LA 2B6XA 1VDSA 1OV7A 3IJVA 1L70A 1L36A 2NTHA 1GDWA 2BLYA 3T6UA 3AW6A 2HEFA 3ZVQA 4DD7A 4GCDA 1CV4A 5D5CA 1LHIA 1L74A 260LA 5LYMA 1AM7A 3HTDA 3VW7A 257LA 3K2RA 4OWCA 1T97A 2Z18A 4QY9A 3ODUA 3CDQA 3OE0A 1NWGA 1YKYX 2B73A 1L07A 4ETDA 2B6WA 3WL2A 1QS5A 224LA 3C8QA 1OUAA 9LYZA 1C6IA 220LA 3BKVA 4MCKA 131LA 1HC0A 1LWGA 208LA 1SX7A 1L26A 6LYTA 4HTNA 2A7FA 2G4QA 3HDFA 3CSRA 1G1WA 2D4JA 4XJBA 1PQKA 4W52A 4DDCA 1V7SA 1JIYA 1L04A 4TUNA 2CGIA 2DQEY 1IR9A 3AZ6A 1LYFA 1HEWA 1LKRA 234LA 1IORA 1B7LA 1DI4A 4BADA 1L17A 3TXDA 4CFPA 4NGLA 1CU3A 1GBZA 1V7TA 4N5RA 3P64A 4H91A 3HH5A 1T3PA 2FBDA 3WPJA 5LVHA 1LMNA 1BWJA 2YSSC 1WQQA 3WXUA 4B49A 1C6LA 2HUBA 1GE3A 3B0KA 3C7WA 122LA 2G4NA 2HEEA 3A95A 4C5FA 1MLCE 1B5YA 104LA 2BQBA 139LA 1C6PA 4ETCA 1B5VA 1G1VA 3W6BA 2G4PA 157LA 231LA 1L34A 3GULA 3LZ2A 2GV0A 2OTYX 253LA 4ANRA 1IWWA 1L90A 1YAQA 1D3FA 1G0PA 1L53A 1CU6A 4HJZA 3SB7A 1IP7A 2HU3A 4OOTA 3SBBC 194LA 1L63A 1VFBC 1LZDA 1JPOA 1L77A 1LZYA 3DN4A 3WVXA 4NY5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KXW A;  3HBD A;  1CX6 A;  4NGO A;  4XAD A;  1BB5 A;  1GXX A;  1GFG A;  1FKV A;  142L A;  1L99 A;  5LVJ A;  1SWY A;  119L A;  1B2K A;  1B5W A;  4EXM A;  4K5Y A;  1IP2 A;  1GXV 2;  4G4B A;  2H5Z A;  4LYC A;  2Z38 A;  3EML A;  1DZB X;  1JKD A;  1GB9 A;  4W57 A;  4RDS A;  2XJW A;  1L09 A;  1CV3 A;  5B59 A;  158L A;  198L A;  2B70 A;  2FYC A;  1D2W A;  1CJ7 A;  1CJ6 A;  1L33 A;  1P36 A;  1GFA A;  1UIH A;  4DC4 A;  3G3A B;  2BQM A;  1GEV A;  1LYO A;  1LZC A;  125L A;  4DJH A;  243L A;  1CKD A;  238L A;  5KXP A;  1L64 A;  1LSM A;  1LYI A;  4M6D A;  1HF4 A;  1IOQ A;  3HTF A;  4LDE A;  3ATN A;  2DBT A;  1DKK A;  2ANX A;  1LYD A;  1WTH A;  4H90 A;  4TSC A;  3N9A A;  3WVY A;  2ZYP A;  1LJE A;  4A7D A;  3IWR A;  2MEH A;  3B72 A;  1QTB A;  1CTW A;  1GPQ C;  1TEW A;  1LSG A;  244L A;  1G7I C;  1GFE A;  211L A;  4WLY A;  1IO5 A;  1IWX A;  5LYZ A;  1LJJ A;  3A92 A;  230L A;  4DDA A;  1YAN A;  3G3X A;  218L A;  240L A;  1GB8 A;  245L A;  1C67 A;  4NFV A;  1DQJ C;  171L A;  2F4A A;  2HUK A;  2F30 A;  5C6I A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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