1C6HA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 4 atm xenon
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6hA00
3DN8A 1OWYA 2HUMA 112LA 1LPYA 1OVJA 1CU3A 3HT9A 1L16A 1L53A 4W53A 2B6TA 139LA 3HH4A 4LDOA 4I7KA 2OU8A 1DYGA 222LA 1LYDA 3NYAA 4DAJA 4EPIA 252LA 1D2WA 3NY8A 1QUHA 1SSWA 1L09A 1L94A 1L74A 156LA 1CV3A 1DYCA 2B6XA 148LE 2RB2X 1LYGA 1C6GA 3HDEA 1L08A 1L51A 1T6HA 1XJTA 3HH5A 185LA 2B73A 3HTDA 4W57A 1QTBA 2HUKA 221LA 4ZPUA 1L97A 137LA 1L60A 1C6KA 1LYHA 1KY0A 233LA 1L63A 183LA 1L0KA 151LA 1L81A 2ANVA 1D3FA 1L47A 1QT5A 1QT3A 1D9WA 4ARPA 4EKRA 3NY9A 188LA 3DN2A 164LA 4IAPA 1L05A 1SX7A 1P7SA 1L23A 249LA 1K28A 1L20A 1B6IA 1C62A 3DKEX 260LA 2ANXA 1L89A 3OE0A 2RAYX 108LA 3HU9A 1L95A 258LA 169LA 4LDLA 248LA 1L98A 1L64A 190LA 1D3NA 1DYFA 1L22A 4ARLA 4YXAC 1L30A 1C66A 1L21A 4EKPA 4DKLA 123LA 189LA 3DN3A 216LA 4W52A 240LA 109LA 224LA 1CU6A 231LA 3VW7A 127LA 3SB7A 1QUGA 1L62A 152LA 1OV7A 1L18A 1L28A 1C6IA 3L2XA 1L96A 1QTCA 170LA 1CV4A 3HT6A 161LA 1L92A 1C61A 1LI3A 2Z6BA 3OE8A 1C6FA 205LA 3QAKA 1L02A 104LA 1CV0A 3DN6A 3OE9A 1C60A 1L83A 1L88A 2F2QA 131LA 3UONA 1NHBA 4PK0A 1L0JA 1PQMA 1L70A 212LA 2NTHA 191LA 1L65A 1C6LA 4I7LA 196LA 1G0QA 165LA 4EKQA 125LA 1G0MA 3HTGA 4I7JA 1CU5A 1T97A 1L37A 1JTNA 209LA 4I7MA 215LA 1L45A 3DMVA 1G06A 114LA 1C69A 102LA 1L40A 1L33A 1C6PA 226LA 3CDQA 201LA 3L64A 2RB1X 1L66A 242LA 3K2RA 3GUIA 1DYBA 1L34A 3SBBC 1LW9A 4W56A 130LA 243LA 4LDEA 1XEPA 4ARJA 198LA 1TLAA 145LA 239LA 1LI6A 2RBNA 4EPFA 3C80A 1G0LA 147LA 3CDTA 3SBAA 1C64A 2RB0X 4S0WA 1QSQA 228LA 1D3MA 1DYEA 3CDRA 4AQNA 1L91A 1C6EA 1L17A 1L25A 126LA 4DJHA 1CX6A 1SWYA 173LA 1C6NA 149LA 1G0KA 232LA 1P5CA 168LA 140LA 230LA 1L75A 199LA 176LA 1QTHA 2B7XA 225LA 3PDSA 1PQIA 238LA 3LZMA 2O79A 2RH1A 1L46A 195LA 111LA 1L69A 7LZMA 1LWKA 1L06A 2RBPA 2OTZX 1WTHA 1L76A 4EJ4A 178LA 1C6AA 4EKSA 1L36A 3F9LA 3GUKA 2NTGA 181LA 1XJUA 1L12A 3G3XA 1G0GA 2O7AA 3ODUA 1L03A 1L93A 1P3NA 1QSBA 4W51A 1P2LA 200LA 3HDFA 4I7OA 1LLHA 211LA 1P6YA 3DMXA 5I14A 1ZURA 1L15A 1G1WA 2B6ZA 1L32A 2OE7X 3GULA 103LA 1JQUA 1QTDA 2QB0B 259LA 182LA 3D4SA 1L00A 3RZEA 1L82A 1L79A 3HWLA 206LA 1LGXA 2B72A 1C65A 250LA 3C8SA 3FADA 3SB6A 1CV5A 1L90A 1ZYTA 1L59A 2IGCA 219LA 184LA 1KS3A 3FI5A 1L68A 1LI2A 197LA 4EXMA 1EPYA 256LA 1SX2A 2LC9A 1QT7A 3PBLA 4K5YA 3RUNA 1PQDA 4YX7C 1G0JA 1KW7A 254LA 3C7YA 2L78A 3HUQA 160LA 262LA 1DYDA 1QS5A 186LA 3HT7A 1C6BA 1C6CA 1LWGA 3SN6R 159LA 1CV1A 4ARQB 1L61A 1LGUA 162LA 1L04A 1QUOA 129LA 5LZMA 1L57A 1C6DA 246LA 247LA 3G3VA 1PQKA 3GUJA 1P46A 1L55A 192LA 1G1VA 1QS9A 3DMZA 3C7ZA 3GUNA 4GRVA 177LA 1DYAA 3DN0A 2OE9X 4I7SA 1KW5A 2RBRA 1D2YA 1L58A 1L71A 1L50A 1CU0A 110LA 2B74A 2F47A 119LA 1LYIA 2QARC 146LA 3HH6A 2B6YA 4I7NA 2OEAX 141LA 3HUKA 1OWZA 4I7TA 1L01A 1P56A 1L42A 1QT8A 174LA 1L44A 1SWZA 220LA 3CDOA 4OO9A 253LA 3V2YA 2B70A 3HTFA 4GBRB 1G07A 2HULA 1P2RA 213LA 1OVHA 1P36A 3HT8A 1C6JA 4I7PA 4I7RA 1KNIA 3HUAA 1C67A 1L77A 158LA 120LA 1L10A 1L31A 2OE4X 3G3WA 1L86A 1SSYA 218LA 255LA 261LA 4I7QA 113LA 1OVKA 3CDVA 1T8GA 1L14A 2LZMA 244LA 142LA 1LGWA 2OU9A 1L72A 2RBOA 1KY1A 1CTWA 1CUPA 3JR6A 1CVKA 1L87A 1ZWNA 2B6WA 1C6HA 1P37A 1L24A 1L35A 167LA 2RAZX 3SB8A 1L49A 237LA 3C8QA 2Q9DA 2RBQA 4W58A 2A4TA 223LA 4LZMA 1I6SA 1L67A 3C83A 3HTBA 1C6MA 115LA 6LZMA 2F32A 1L54A 144LA 187LA 143LA 1T8AA 1CU2A 4PJZA 1QT4A 3HH3A 157LA 1QTVA 1L26A 1QTZA 2RBSA 227LA 2OTYX 128LA 1CV6A 1L56A 1L19A 4ARMB 150LA 1L48A 1L84A 163LA 122LA 234LA 1L73A 3C7WA 171LA 1L52A 3DNAA 3FA0A 1G0PA 2O4WA 166LA 245LA 3HU8A 3DN4A 1LYJA 3C8RA 2B75A 107LA 175LA 236LA 2OU0X 3GUMA 1L11A 1PQJA 251LA 4W59A 1OV5A 3C82A 3DN1A 1OYUA 1C6TA 235LA 3SB9A 257LA 172LA 4E97A 1L80A 3F8VA 1L38A 3C81A 2Q9EA 210LA 2LCBA 4W54A 217LA 4W55A 4ARMA 1PQOA 229LA 4YXCA 1L07A 1CX7A 2CUUA 3EMLA 3SB5A 1L39A 1LYFA 1C63A 241LA 1QT6A 1QUDA 1T8FA 214LA 180LA 1P64A 1C68A 138LA 1D3JA 1CUQA 1L85A 3GUPA 4ARQA 155LA 1L13A 1L99A 1JTMA 1L41A 1LYEA 1L27A 1L29A 1L43A 3GUOA 118LA 3V2WA 3OE6A 1C6QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IR7A 3DN8A 3FE0A 5FSTA 1WQNA 3LYTA 4Z3MA 5ILFA 3A91A 4LT3A 1IP5A 3TXGA 1LCNA 3HT9A 3LYMA 1L16A 1IC7Y 2F4AA 4W53A 1HEMA 4I7KA 1LYDA 4DAJA 2MEAA 4EPIA 1QUHA 1HSXA 3SP3A 1L74A 2B6XA 3WPJA 1B5UA 1T6HA 4W96A 1GB8A 4H9EA 3HTDA 2XJWA 1QTBA 1C10A 137LA 4H9AA 3LHMA 1L81A 4DWXA 1QT5A 1QT3A 1JSEA 4HV1A 4EKRA 4IAPA 1C62A 3GXRA 4NG1A 2ANXA 3OJPA 1LSMA 4XJIA 2HECA 3HBDA 169LA 1D3NA 4YXAC 5KJ9A 5FDJA 2BQFA 1LMOA 189LA 4HTNA 3CB7A 1JITA 2ZQ4A 4H93A 1VDTA 127LA 1GE3A 4HJVA 4PJ2C 4LFPA 2HEDA 161LA 2D91A 1CJ6A 4N0JA 1C6FA 3QAKA 1EL1A 1OUCA 1C60A 4H92A 4GN3A 2AUBA 4PK0A 1L0JA 1PQMA 3RNXA 1GFUA 1OUJA 1C6LA 2X0AA 1B5WA 1UUZC 125LA 1G0MA 4TWSA 1CU5A 2B5ZA 5LINA 3W3EA 1L45A 1LHMA 114LA 1C69A 1C6PA 3CDQA 4R0FA 1J1OY 1L66A 1B5VA 4I0CA 2H9KA 4XENA 3ZEKA 1IWYA 3B72A 9LYZA 4NWEA 5II3A 4LDEA 1XEPA 4ARJA 198LA 3TMUA 239LA 1KXWA 4EPFA 147LA 3SBAA 3WU8A 1C64A 2N5ZA 5L9JA 4AQNA 4BAFA 1JKBA 1YROA 126LA 1CX6A 1SWYA 173LA 1L75A 1W08A 3PDSA 2RH1A 1QTEA 1HEPA 195LA 111LA 1L69A 1L76A 1C6AA 1L36A 1UA6Y 1UC0A 1BB4A 1GXV2 1XJUA 4AXTA 3ZVQA 4NWHA 3ODUA 1L93A 4W51A 2D4JA 1P2LA 200LA 4I7OA 2MEHA 1LKRA 4YM8A 1P6YA 4OWEA 2DQFC 4I8SA 4ETDA 3GULA 3A3RX 182LA 3D4SA 1L00A 4LFXA 4RDSA 3A8ZA 1WVUA 3SB6A 1BWHA 1A4VA 4GCCA 4NHSA 5LVHA 3WUMA 1BVXA 3QY4A 4GN5C 3TXDA 1LSGA 1G0JA 254LA 5DN4A 3A95A 5KXZA 1QS5A 3HT7A 1C6BA 4H1PA 1FDLY 1LWGA 3SN6R 4ARQB 1YL0X 1LGUA 4IJ4A 1LMNA 1D9UA 1F10A 5LZMA 1LYSA 1XSFA 1QS9A 3GUNA 4GRVA 1DYAA 1E8LA 1IORA 6LYZA 5HQ1A 1FKVA 3EO5A 1D2YA 1LYIA 4EMNA 1LTMA 1LZNA 1GBZA 2PC2A 4C5FA 3HUKA 1L01A 3TXHA 1XEJA 5I4YA 1GXXA 1L44A 1SLYA 1SWZA 4EOFA 1YQVY 1JTPL 4YOPA 3AZ5A 1IIZA 193LA 2D4KA 3WVXA 2F30A 8LYZA 3HUAA 1LJEA 1SSYA 2YBHA 1OVKA 2BQDA 1BGIA 142LA 1ZMYL 4XJDA 1TBYA 1HSWA 1CUPA 3JR6A 5KXRA 1IY3A 3SB8A 2RAZX 3B0KA 1AKIA 1L49A 237LA 1LZDA 5F9XA 4YEOA 4LZMA 3WH1A 4N5RA 4H9HA 5I4WA 3A93A 1QDRA 3WVYA 1JSFA 115LA 4L41A 1GEZA 2F32A 1L54A 5LVKA 1QQYA 3TXIA 3CQLA 3WPLA 144LA 2DQCY 143LA 2BQEA 1B5ZA 1QT4A 1UBZA 128LA 7LYZA 5KXYA 163LA 122LA 1UIFA 3C7WA 3DNAA 166LA 2H5ZA 1G7LC 3ATNA 1LYJA 1AT5A 3W6FA 2OU0X 1JJ1A 1XGPC 3GUMA 1L11A 1LZSA 3A92A 5LYTA 5KXTA 5KKIA 1B7RA 5A3ZA 1OQMA 4B4JA 1GB6A 4NSGA 3F8VA 5DM9A 5HNCA 1L38A 3A67Y 210LA 217LA 1NDMC 1ZVYB 1LZBA 5F16A 1YAQA 1LAAA 1L39A 1C63A 2DKVA 4ETBA 3TXBA 2Z37A 214LA 1P64A 1C68A 3MGWA 2BLXA 3AW6A 1VDSA 3V2WA 1F6SA 4ZIXA 3OE6A 1B6IA 1CKDA 1OWYA 1AZFA 1DQJC 112LA 1IVMA 4H9CA 1OVJA 4XADA 1LSCA 1DI3A 4IATA 139LA 3HH4A 1N4FA 3WUAA 1PZYA 5HMJA 3NY8A 2ZIJA 2BQJA 1SSWA 4NGLA 148LE 4UWNA 1L08A 1UIHA 5T3FA 4WLXA 5B59A 4G4BA 221LA 1DXJA 1AM7A 1L60A 233LA 4G49A 1OUFA 4GCFA 1HHLA 1QIOA 1IOCA 3NY9A 188LA 164LA 1GF6A 5I5QA 249LA 3D3DA 1LSAA 3TXFA 5APDA 2DQEY 3DKEX 3OE0A 108LA 2ZNWY 3HU9A 4DD9A 2XQOA 4ETCA 1L22A 4ARLA 1KXYA 4LYOA 1GE0A 1L21A 1I20A 134LA 2MEDA 3DN3A 1IO5A 109LA 2HU3A 1CU6A 231LA 1LKSA 3LN2A 4B1AA 1QUGA 1OV7A 1CJ9A 1C6IA 1L96A 1IR8A 4IASA 2Z6BA 5C6LA 4G4HA 1L02A 4A7DA 1L88A 2F2QA 1GPQC 4HV2A 2XBRA 2NTHA 1L65A 1B7QA 1FLQA 4I7JA 154LA 1TDYA 5C6JA 1LJHA 1CKGA 3N9EA 5LVGA 1G06A 1LJGA 3WULA 226LA 3M3UA 201LA 1YILA 4H8ZA 1RCMA 3LZ2A 4QDNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IR7 A;  3DN8 A;  3FE0 A;  5FST A;  1WQN A;  3LYT A;  4Z3M A;  5ILF A;  3A91 A;  4LT3 A;  1IP5 A;  3TXG A;  1LCN A;  3HT9 A;  3LYM A;  1L16 A;  1IC7 Y;  2F4A A;  4W53 A;  1HEM A;  4I7K A;  1LYD A;  4DAJ A;  2MEA A;  4EPI A;  1QUH A;  1HSX A;  3SP3 A;  1L74 A;  2B6X A;  3WPJ A;  1B5U A;  1T6H A;  4W96 A;  1GB8 A;  4H9E A;  3HTD A;  2XJW A;  1QTB A;  1C10 A;  137L A;  4H9A A;  3LHM A;  1L81 A;  4DWX A;  1QT5 A;  1QT3 A;  1JSE A;  4HV1 A;  4EKR A;  4IAP A;  1C62 A;  3GXR A;  4NG1 A;  2ANX A;  3OJP A;  1LSM A;  4XJI A;  2HEC A;  3HBD A;  169L A;  1D3N A;  4YXA C;  5KJ9 A;  5FDJ A;  2BQF A;  1LMO A;  189L A;  4HTN A;  3CB7 A;  1JIT A;  2ZQ4 A;  4H93 A;  1VDT A;  127L A;  1GE3 A;  4HJV A;  4PJ2 C;  4LFP A;  2HED A;  161L A;  2D91 A;  1CJ6 A;  4N0J A;  1C6F A;  3QAK A;  1EL1 A;  1OUC A;  1C60 A;  4H92 A;  4GN3 A;  2AUB A;  4PK0 A;  1L0J A;  1PQM A;  3RNX A;  1GFU A;  1OUJ A;  1C6L A;  2X0A A;  1B5W A;  1UUZ C;  125L A;  1G0M A;  4TWS A;  1CU5 A;  2B5Z A;  5LIN A;  3W3E A;  1L45 A;  1LHM A;  114L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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