1C6HA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 4 atm xenon
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6hA00
1L48A 3LZMA 256LA 2ANVA 1SSWA 254LA 253LA 2RBRA 2OTZX 5LZMA 3V2YA 1C6KA 1LWGA 1L01A 1L65A 1CV4A 2RB1X 1L86A 168LA 1JQUA 3OE0A 1C6NA 4ARMB 1C6LA 3GUNA 1L14A 1D3MA 3VW7A 1B6IA 1CU5A 2RBSA 3C8QA 4I7LA 3DKEX 4AQNA 4GRVA 152LA 2OU8A 1C6HA 257LA 3HT8A 1PQMA 1PQKA 173LA 190LA 1L30A 3DN8A 130LA 4EKSA 111LA 157LA 1CV1A 1LI6A 262LA 4ARMA 1L59A 1T8AA 1CV0A 1C6BA 2O7AA 1L18A 3FADA 1JTMA 1JTNA 1QUHA 1KY0A 125LA 1K28A 1SWYA 3OE6A 1L16A 1DYFA 1LYFA 1G06A 2RAYX 3DMVA 4I7MA 4W59A 1L81A 1QT6A 3DMXA 3ODUA 1D2YA 142LA 1CUPA 1L85A 1QT5A 214LA 3HT7A 1LWKA 212LA 1L38A 2O4WA 161LA 4W54A 169LA 1G0PA 158LA 147LA 3HTFA 1C63A 4W56A 3CDVA 1T6HA 229LA 1L35A 167LA 1PQOA 3HH5A 1L10A 1WTHA 137LA 2F47A 1C6QA 1L88A 1QSBA 2RB0X 140LA 3RUNA 258LA 1L66A 4DKLA 2RBQA 1D3FA 218LA 3C83A 1CX7A 1L69A 143LA 1C65A 1LYHA 3F8VA 1L92A 1L71A 1OVKA 1P2LA 2OE4X 3OE9A 3DN2A 1QTHA 1QTCA 3HUKA 177LA 150LA 1L27A 1CV3A 239LA 1QT8A 1L56A 1QTVA 231LA 1DYAA 4I7QA 251LA 3SB7A 1OWYA 1DYDA 1LI3A 1EPYA 1PQIA 4EPFA 246LA 2B7XA 1L68A 210LA 1L06A 1LW9A 1L29A 3GUPA 236LA 259LA 244LA 4OO9A 3SB9A 1SX7A 1I6SA 2ANXA 1QS9A 1L97A 4K5YA 1CU2A 1L24A 1P64A 1L25A 1L93A 181LA 2Q9EA 1G1WA 1C6FA 1L50A 1L44A 3GUOA 3HU8A 2OE9X 4I7NA 238LA 107LA 4I7KA 1L76A 3PBLA 191LA 1QT4A 215LA 1L32A 1L40A 4I7PA 1L58A 7LZMA 1L08A 3CDOA 4W58A 1L82A 260LA 109LA 4W57A 2Z6BA 201LA 187LA 104LA 3OE8A 3HTDA 1DYGA 3C7ZA 198LA 3FI5A 223LA 4S0WA 1P37A 2B6ZA 4ARQB 1D2WA 4ZPUA 1LGWA 220LA 232LA 3DN6A 1L67A 245LA 1SSYA 166LA 3C82A 155LA 2F2QA 228LA 1P2RA 3L2XA 3NYAA 1XEPA 1L63A 1G0QA 4LZMA 248LA 1C66A 1LGUA 163LA 131LA 3HH4A 4LDLA 4EKRA 1TLAA 1L36A 1P36A 1L00A 3C8SA 4ARQA 3UONA 144LA 1SX2A 1CU0A 119LA 1L84A 4I7RA 1L19A 242LA 3HH6A 186LA 2B70A 1L03A 3HU9A 237LA 2B72A 4ARJA 1XJTA 2HUKA 4I7TA 4EKQA 1L64A 2L78A 3HDEA 3HT6A 2IGCA 1QT7A 1L20A 216LA 3G3XA 1L0JA 3HUQA 126LA 1QT3A 175LA 2F32A 3PDSA 1QSQA 1G0GA 3EMLA 192LA 165LA 2B6WA 1SWZA 1OV5A 1QUDA 1OVJA 1DYEA 3DMZA 1QTBA 2NTGA 224LA 1LYDA 1L05A 241LA 2LC9A 4GBRB 115LA 1L09A 1L12A 230LA 2O79A 1PQDA 2QB0B 1CU6A 261LA 1P6YA 3JR6A 1L26A 120LA 170LA 1L33A 2A4TA 1G0KA 3CDRA 1L47A 1L79A 5I14A 1L39A 3C81A 3QAKA 4YXAC 3FA0A 3HT9A 1KW5A 1QUOA 1G0JA 3SN6R 1LLHA 2B6XA 3GUKA 3GUJA 4PK0A 1ZWNA 233LA 6LZMA 2OU0X 3SB8A 1C6AA 1D3JA 1L17A 149LA 1L23A 148LE 2RH1A 4ARPA 3C80A 2Q9DA 1C6JA 3DN1A 1L53A 1P3NA 1L70A 1T97A 3HWLA 189LA 1L49A 1L60A 3C7YA 128LA 1LYEA 3DN0A 3HTGA 1G0LA 1L57A 2RBPA 164LA 1LGXA 180LA 1C6CA 1CTWA 4DJHA 1L02A 1L22A 1DYBA 3L64A 1CUQA 4I7OA 1L52A 102LA 2RBNA 2OE7X 146LA 4E97A 226LA 3C8RA 3GUIA 2NTHA 1L77A 4EKPA 206LA 182LA 1CVKA 225LA 205LA 1CU3A 1L51A 2RBOA 219LA 1XJUA 3SBBC 2RAZX 3SB6A 1L98A 184LA 1DYCA 1L31A 1L13A 1C6DA 139LA 3V2WA 4W53A 199LA 1C69A 2OTYX 3RZEA 250LA 1C6GA 162LA 1L11A 118LA 1L73A 1L72A 1KY1A 3HUAA 129LA 243LA 3HH3A 4DAJA 240LA 234LA 1L83A 1L43A 1L75A 1P56A 1L94A 2HULA 1OVHA 3NY9A 1LYIA 1QS5A 1C60A 1L80A 4YXCA 172LA 3DN4A 1L55A 1LPYA 1L15A 123LA 1L61A 176LA 1CV5A 174LA 1OYUA 1G1VA 1L42A 1G0MA 3DN3A 188LA 235LA 227LA 1LYGA 213LA 1QTZA 1P46A 4W51A 197LA 156LA 2LZMA 1L45A 217LA 122LA 1L74A 2OU9A 1C6IA 1L07A 1P7SA 1C6PA 1L21A 255LA 171LA 2RB2X 1C61A 160LA 1D9WA 103LA 209LA 1OV7A 196LA 1C68A 2B74A 1C6MA 4PJZA 3K2RA 2OEAX 4IAPA 1L04A 3HTBA 1ZURA 1NHBA 1C67A 112LA 159LA 1L28A 183LA 1L46A 1T8FA 4LDOA 2B75A 114LA 1L99A 1T8GA 110LA 1LI2A 2B6YA 2HUMA 3GUMA 3C7WA 3DNAA 3SB5A 141LA 1D3NA 2LCBA 1L95A 211LA 145LA 1L34A 221LA 2B6TA 1C62A 222LA 3CDQA 3HDFA 1G07A 138LA 1L90A 4EJ4A 1C6EA 1P5CA 1KW7A 200LA 113LA 4EXMA 4LDEA 1KNIA 3G3WA 108LA 4W52A 2B73A 1L96A 1C6TA 3CDTA 1L0KA 252LA 2CUUA 1L54A 4I7JA 3SBAA 1QUGA 4I7SA 4W55A 3GULA 195LA 1PQJA 4YX7C 1OWZA 1C64A 1LYJA 151LA 1KS3A 1ZYTA 4ARLA 1L37A 1CV6A 1L41A 1L87A 3F9LA 3D4SA 3G3VA 1L89A 249LA 1L91A 127LA 247LA 2QARC 4EPIA 1QTDA 3NY8A 178LA 185LA 1L62A 1CX6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L48A 3LZMA 2CGIA 5KXWA 1SSWA 5KJ9A 5LZMA 4WO9A 1L01A 4CHXA 2LHMA 3A95A 1LAAA 2ZYCA 1C6NA 5AMYA 2LYZA 1L14A 1B5YA 4M4OA 5C6JA 1SQ2L 2YBIA 2BQJA 4HTKA 1O23A 135LA 2MEAA 2XTHA 4YM8A 154LA 1L30A 2HTXA 111LA 4QY9A 5LXWA 1CV0A 1C6BA 2YBLA 1JTMA 1JTNA 3D9AC 1QUHA 1SWYA 4RW1A 2RAYX 4I7MA 1WQQA 1IOQA 1AKIA 2YDGA 1UUZC 2LZ2A 5A3EA 1L85A 1JUGA 4M6DA 212LA 4ETCA 3AYQA 169LA 1GFJA 4AXTA 1XEJA 1DKJA 1UCOA 3A6CY 1L35A 2MEBA 1HF4A 4R6CA 4XJDA 4RLNA 1I20A 1WTNA 2EQLA 2RB0X 5LYZA 3RUNA 2BAAA 4DKLA 3W6BA 1BGIA 4A7DA 4LYMA 1L69A 5FCPA 1LYHA 2OE4X 1L71A 1GF0A 5DL9A 1L27A 2DQCY 3IJVA 1L56A 2Z12A 3E3DA 5JENB 1LI3A 3F6ZA 3GUPA 1HMKA 1SX7A 5E9RA 4NGYA 1C6FA 3HBDA 107LA 3PBLA 5B05A 1L40A 1L58A 1LMNA 104LA 3OE8A 1REMA 1AM7A 4LT0A 3HTDA 198LA 5I5QA 4R0FA 4KXIA 1LJGA 4H9HA 5KXTA 4CFOA 1LGWA 1YL0X 1JJ1A 133LA 4H9BA 2F2QA 1D6QA 163LA 1WQNA 131LA 3HH4A 3RNXA 4DD2A 1TLAA 1IWXA 3EMSA 1P36A 4TSBA 3UONA 144LA 4H9AA 119LA 4DQ5A 4WMGA 2W1MA 1L84A 4I7RA 1HENA 1L03A 1F0WA 4EKQA 3G3AB 1L64A 1LZYA 4LYOA 1TBYA 1GB7A 2F32A 3EMLA 2B6WA 1BQLY 1SWZA 1BVKC 1OVJA 1LSAA 1DYEA 208LA 1QTBA 2ZNWY 4GBRB 3ULRA 3TXFA 2QB0B 2N5ZA 1CU6A 4NGIA 1IWUA 120LA 1GXXA 2F4GA 5I14A 1L39A 1OUHA 4WM2A 3FA0A 4EOFA 1KW5A 1KXWA 3CT5A 1LLHA 4DDCA 5KXNA 2IHLA 5KKJA 4Z98A 4PK0A 1D3JA 2CJLA 4WG1A 4YF2A 1HELA 1C6JA 2D91A 1LSFA 1L53A 4AGAA 4DD7A 4HJYA 1B5ZA 1IX0A 2BQKA 3C7YA 3WL2A 1LYEA 1G0LA 1LSBA 5DM9A 5B1FA 1C6CA 1CTWA 2W1YA 5LIOA 2RBNA 1YL1X 4WM6A 4NFVA 1FKVA 5I4YA 182LA 2A7FA 1XJUA 1LHLA 1VDPA 5FELA 4P2EA 199LA 1BWJA 1OUEA 1LYOA 250LA 162LA 118LA 4LGKA 1LZEA 4H1PA 1OUCA 3HUAA 4DAJA 4NGLA 5L9JA 1L83A 1L75A 4H93A 4MR1A 5EBHA 3OJPA 1L80A 1L55A 1LPYA 4I8SA 123LA 1L61A 1IIZA 176LA 1CV5A 1OYUA 1G1VA 3IWRA 3P64A 1GDXA 1J1OY 1B7RA 3P4ZA 8LYZA 1IEEA 4W51A 2HEBA 156LA 2LZMA 5C6IA 4ET9A 2OU9A 2B5ZA 1L21A 4TWSA 255LA 2BQHA 5FSTA 160LA 4H9CA 1C6MA 4H90A 3HTBA 3AZ7A 3ZVQB 1IOTA 1LHHA 1V7SA 3P65A 5I53A 3D3DA 1T8FA 1NDGC 1F10A 3LZTA 2BQIA 1LI2A 2BLYA 3GUMA 3C7WA 3TXGA 4IATA 1LMPA 1DI4A 2LCBA 3ZVQA 1L95A 4NGJA 3A96A 3RU5A 221LA 1QTKA 1C62A 222LA 3CDQA 1L90A 1C6EA 3TXDA 1YAQA 1KNIA 1HERA 2EKSC 3VWOA 1L96A 252LA 2CUUA 1L54A 3RW8A 4ZEEA 5LAFA 1OUJA 4W55A 4XJIA 1LZ5A 1OWZA 5K7OA 1GB5A 1LYJA 1ZYTA 1B5UA 1L37A 3BKHA 4J7VA 1L41A 1GBWA 2Z19A 2EIZC 3NY8A 1LMOA 1HSXA 1C43A 3CSRA 2ANVA 2RBRA 254LA 253LA 1LWGA 1L65A 4HPEA 3TXHA 4ARMB 2HEAA 4HP0A 1D3MA 1GE2A 4PHIA 1VDSA 3DKEX 4GRVA 152LA 4KT3A 5APDA 2OU8A 1C6HA 3HT8A 173LA 262LA 4ARMA 4OWAA 194LA 2O7AA 3FADA 1D0KA 1NDMC 1NKHA 4IJ4A 3GXKA 1CKCA 3LHMA 1DYFA 1LZRA 3DMVA 4W59A 3DMXA 1GPQC 1D0MA 4DD3A 142LA 3WU9A 1LWKA 1CJ9A 1LHJA 1NF5A 3HTFA 1DKKA 3LN2A 1AZFA 1PQOA 2F47A 2W1XA 3W3EA 1KXYA 1DZBX 1TEWA 1C6QA 1L88A 1OQMA 4WLDA 1VATA 1FLUA 3C83A 3A93A 3F8VA 1HEQA 1LSGA 1PS5A 1JKCA 1OVKA 3OE9A 1ALCA 3AB6A 1D0LA 1V7TA 3WMKA 150LA 4GN5C 1QT8A 1QTVA 2CWIA 1JWRA 3WU8A 4G4CA 1NBZC 231LA 1DYAA 1JTTL 4I7QA 251LA 4G4HA 1B7MA 1OWYA 246LA 4ZFPA 236LA 4GCBA 3SB9A 2ANXA 1QS9A 1L97A 4OOOA 1LZNA 1L24A 1ZMYL 1L93A 1QIOA 1L44A 2Z18A 2OE9X 1LPIA 5F81A 1B7PA 2XQOA 191LA 2H9JA 4I7PA 1L08A 1IC7Y 1L82A 1B5WA 109LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L48 A;  3LZM A;  2CGI A;  5KXW A;  1SSW A;  5KJ9 A;  5LZM A;  4WO9 A;  1L01 A;  4CHX A;  2LHM A;  3A95 A;  1LAA A;  2ZYC A;  1C6N A;  5AMY A;  2LYZ A;  1L14 A;  1B5Y A;  4M4O A;  5C6J A;  1SQ2 L;  2YBI A;  2BQJ A;  4HTK A;  1O23 A;  135L A;  2MEA A;  2XTH A;  4YM8 A;  154L A;  1L30 A;  2HTX A;  111L A;  4QY9 A;  5LXW A;  1CV0 A;  1C6B A;  2YBL A;  1JTM A;  1JTN A;  3D9A C;  1QUH A;  1SWY A;  4RW1 A;  2RAY X;  4I7M A;  1WQQ A;  1IOQ A;  1AKI A;  2YDG A;  1UUZ C;  2LZ2 A;  5A3E A;  1L85 A;  1JUG A;  4M6D A;  212L A;  4ETC A;  3AYQ A;  169L A;  1GFJ A;  4AXT A;  1XEJ A;  1DKJ A;  1UCO A;  3A6C Y;  1L35 A;  2MEB A;  1HF4 A;  4R6C A;  4XJD A;  4RLN A;  1I20 A;  1WTN A;  2EQL A;  2RB0 X;  5LYZ A;  3RUN A;  2BAA A;  4DKL A;  3W6B A;  1BGI A;  4A7D A;  4LYM A;  1L69 A;  5FCP A;  1LYH A;  2OE4 X;  1L71 A;  1GF0 A;  5DL9 A;  1L27 A;  2DQC Y;  3IJV A;  1L56 A;  2Z12 A;  3E3D A;  5JEN B;  1LI3 A;  3F6Z A;  3GUP A;  1HMK A;  1SX7 A;  5E9R A;  4NGY A;  1C6F A;  3HBD A;  107L A;  3PBL A;  5B05 A;  1L40 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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