1C6JA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 8 atm krypton
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6jA00
174LA 1QS5A 3K2RA 1QT5A 1G0MA 1QTVA 227LA 1CX7A 215LA 4EPFA 4LDOA 3CDVA 1L43A 7LZMA 4ARJA 3GUKA 4I7SA 237LA 1P6YA 1L82A 255LA 3GUOA 4ARLA 241LA 2B73A 1C6KA 1C6PA 1C65A 1C62A 2O7AA 201LA 1DYDA 1L99A 3C7YA 2B74A 1QTCA 1T6HA 1L60A 2B72A 1L09A 2ANVA 3GUMA 1SSYA 112LA 1L59A 2B7XA 2RBNA 4YXCA 181LA 1L13A 1L94A 1CVKA 205LA 4W51A 3C80A 1L66A 214LA 1OVHA 4W57A 1L33A 2ANXA 3GULA 1L07A 3GUNA 1L70A 4W52A 210LA 1I6SA 243LA 1L91A 3VW7A 1WTHA 4W58A 1L73A 1TLAA 1L15A 3FI5A 1L24A 1LGUA 2B75A 211LA 2B6TA 3G3VA 1P36A 3FA0A 1L75A 1C61A 1L12A 1QTHA 108LA 1L39A 1DYEA 3NYAA 3SB7A 1OVJA 4LDEA 1D2YA 3RUNA 4I7JA 1L92A 1QSBA 5LZMA 3C8SA 218LA 4DJHA 1CUPA 158LA 103LA 1LYFA 1QT7A 1B6IA 184LA 1CU5A 173LA 119LA 1L28A 3DN8A 262LA 143LA 4W59A 256LA 1C68A 1L96A 4ARPA 1XJTA 3DNAA 1PQKA 220LA 3ODUA 1OV5A 1DYCA 145LA 1CV3A 114LA 1C69A 1L10A 1L64A 1LI2A 1L84A 1XJUA 1L88A 1C66A 2OU8A 3DMXA 4EXMA 4AQNA 1SSWA 1KY0A 1T8GA 3SN6R 1T97A 225LA 1LYEA 3HH6A 3EMLA 171LA 137LA 1L44A 4ZPUA 1T8AA 2RBRA 240LA 4PJZA 1L31A 3GUJA 1PQMA 160LA 212LA 3HTFA 1L18A 245LA 3L64A 234LA 1CV6A 127LA 125LA 1L0JA 1C6IA 3V2YA 4YXAC 1OWYA 1KW5A 252LA 3HTGA 109LA 1QTZA 3NY9A 4ARMB 2OU0X 4W55A 1L95A 2RBOA 1L67A 254LA 1QTDA 3SB8A 1L14A 1CV4A 2OE9X 6LZMA 150LA 2A4TA 2RB0X 231LA 3FADA 1L27A 2RBSA 2RB2X 228LA 2B6WA 1CV0A 1G1WA 3OE8A 169LA 2CUUA 1L68A 3C8QA 1CU6A 1CU2A 1L55A 1LW9A 2Z6BA 1G07A 3SBBC 1L54A 1L49A 1P5CA 1QT4A 216LA 2OU9A 2QB0B 157LA 161LA 1L25A 3LZMA 162LA 1LYIA 206LA 3HTBA 1L53A 3HH3A 1PQJA 1L87A 2O4WA 2QARC 177LA 2OEAX 261LA 1L50A 141LA 175LA 1G0GA 1T8FA 1JTMA 1LGXA 1L06A 2IGCA 148LE 166LA 2Q9EA 3OE6A 1L32A 1LI6A 140LA 1G0LA 4OO9A 2RBPA 1D2WA 3V2WA 1CV5A 4EKSA 248LA 138LA 128LA 1P64A 1P56A 2OE7X 3HT7A 1QTBA 1L74A 170LA 1P46A 1QSQA 1LWKA 1G0JA 1L37A 3C81A 122LA 249LA 2L78A 1QT6A 3D4SA 1L38A 1L35A 258LA 164LA 1QUGA 3HU9A 250LA 188LA 4I7RA 1LI3A 2F2QA 1L46A 3GUPA 1PQOA 1P2LA 1D3JA 1D3NA 1C6AA 242LA 4I7TA 191LA 1JTNA 1KS3A 107LA 1LYGA 120LA 165LA 1L93A 1L90A 1L80A 1OVKA 4ARMA 3CDTA 3DMVA 1LLHA 178LA 1LYHA 2F32A 3DMZA 1SWZA 3DN3A 3SB9A 1DYFA 1P37A 209LA 4DAJA 219LA 115LA 159LA 1L19A 199LA 3QAKA 1L69A 1L22A 1KY1A 1D3FA 226LA 131LA 1CU0A 1L16A 246LA 187LA 2B70A 3UONA 1CX6A 1L48A 3C82A 3GUIA 152LA 1QT8A 239LA 1C6JA 1QUHA 3HDFA 151LA 3RZEA 4DKLA 1C6EA 1L21A 2OTYX 1D9WA 1P3NA 4W56A 1L71A 1G0PA 3HTDA 176LA 168LA 1QUDA 3C8RA 1PQDA 1L0KA 4I7PA 147LA 4I7KA 4W54A 4I7QA 1L36A 2LC9A 126LA 3CDRA 3HUKA 1P2RA 167LA 180LA 3G3XA 1L86A 253LA 217LA 4I7NA 1L23A 1L47A 3OE0A 2B6XA 4I7MA 1L72A 1L05A 1L30A 196LA 3L2XA 155LA 149LA 183LA 4I7OA 2HULA 1OYUA 3PBLA 3DN0A 4W53A 1L41A 4LDLA 1QUOA 1L89A 3DKEX 1L20A 1P7SA 1C6TA 1C6MA 2RAYX 1C60A 4ARQA 2Q9DA 1L17A 1L45A 1L57A 2RBQA 5I14A 1C6LA 1C6GA 230LA 3NY8A 3SB5A 2B6YA 1L51A 3HH5A 4E97A 156LA 3HWLA 1G1VA 1OV7A 111LA 1C6DA 118LA 3CDQA 3C7WA 1L29A 1SX2A 130LA 3C7ZA 144LA 251LA 2RB1X 3DN2A 113LA 232LA 1C6NA 3CDOA 1DYAA 3F9LA 4YX7C 1L79A 2LZMA 1C6BA 1L08A 1PQIA 1L65A 1L52A 123LA 1L40A 235LA 3DN4A 1L97A 4ARQB 1JQUA 129LA 1QT3A 195LA 1C6FA 4PK0A 3SB6A 3C83A 1L81A 3OE9A 1L58A 163LA 1C63A 1CU3A 1SX7A 1ZYTA 1OWZA 4LZMA 185LA 1EPYA 213LA 1C6HA 102LA 4K5YA 1C6CA 1L61A 4S0WA 200LA 2HUKA 110LA 1L04A 1C67A 1L11A 197LA 2NTHA 3DN1A 1L83A 1CUQA 1LGWA 1LYJA 2OTZX 172LA 3SBAA 238LA 3HH4A 3HDEA 1D3MA 229LA 139LA 1L77A 1L85A 3PDSA 4EPIA 2F47A 3HT6A 1ZURA 182LA 4EKRA 2LCBA 1DYBA 1LYDA 1C6QA 4GBRB 1L42A 1G0QA 1G06A 1KW7A 4I7LA 1ZWNA 260LA 1KNIA 104LA 221LA 2RAZX 236LA 3HT8A 2B6ZA 223LA 3F8VA 3HUAA 1DYGA 1LWGA 2NTGA 186LA 142LA 4EKQA 3G3WA 2OE4X 1K28A 1L26A 2O79A 1XEPA 192LA 1G0KA 1L76A 1L98A 1L56A 189LA 1NHBA 244LA 1L63A 2RH1A 4IAPA 1L03A 198LA 1L62A 247LA 1L01A 1CV1A 146LA 1L02A 4EJ4A 1CTWA 2HUMA 190LA 3DN6A 224LA 1L00A 259LA 3HUQA 233LA 1L34A 1SWYA 1C64A 222LA 3HT9A 4EKPA 1LPYA 1QS9A 3JR6A 257LA 3HU8A 4GRVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K2RA 1G0MA 1QTVA 4LFPA 4NGWA 1G7JC 1HEMA 1LZ4A 5KXYA 3ZVQB 3WUNA 4ETDA 1EL1A 1GAYA 241LA 3RZ4A 1IY4A 1C62A 2O7AA 9LYZA 1DYDA 3C7YA 1L60A 5LYTA 1L09A 2ANVA 3WW6A 4LGKA 4DD9A 1L59A 3LZTA 205LA 1LJKA 1LJFA 1OVHA 2IHLA 2ANXA 1LZGA 3GULA 4D9ZA 5APFA 5L3IA 3LN2A 5DN5A 1VDTA 1L91A 1G7LC 1L73A 1TLAA 1LZDA 3AZ6A 1L24A 1LGUA 5FDJA 1LZYA 1GHLA 4LT3A 2HUBA 3FA0A 3LZ2A 1L75A 5KXKA 1C61A 2Z39A 108LA 1IWWA 2EQLA 1DPXA 1N4FA 4OW1A 2BQCA 4DJHA 158LA 1VATA 1B6IA 1LZ1A 173LA 3DN8A 262LA 256LA 1C68A 5B1FA 4PPOA 4QGZA 1LSDA 4HPIA 1LJHA 1XJTA 1BHZA 3AJNA 1GB9A 1PQKA 4HV1A 1CV3A 114LA 1JTPL 4ZIXA 2H9JA 1JSEA 1XJUA 3ATOA 2YBLA 2ZQ4A 207LA 1IEEA 3WPJA 1KY0A 1REZA 3SN6R 3EMLA 3ZVQA 2BQNA 2MEBA 212LA 4G49A 1C46A 5B05A 4B0DA 1CV6A 2C8PA 1L0JA 1C6IA 3AB6A 1GB6A 1UIHA 2ZNXY 1KW5A 1LZRA 1QQYA 4ARMB 3ZEKA 1GBSA 1YKYX 2BQMA 1LMPA 3WXTA 4H9FA 3SB8A 1L14A 1LSGA 4OWEA 2BPUA 5LIOA 150LA 2A4TA 231LA 1PS5A 4YF2A 4HPEA 1IOSA 2RB2X 1LHLA 2DQDY 3EMSA 1CU6A 4H9EA 4PRUA 1QIOA 1LW9A 4WO6A 1GE1A 1L54A 216LA 2QB0B 1KIPC 161LA 4RW2A 1LSNA 5ILCA 1L87A 1EQEA 1BB7A 5DL9A 3TXFA 1LTMA 3CSZA 3HBHA 2YBIA 141LA 4UWUA 4Z46A 1YAMA 1LGXA 166LA 4WM3A 1G0LA 2BLXA 4OO9A 3A95A 3SP3A 3V2WA 1C43A 138LA 128LA 1IP1A 1QTBA 1FLUA 170LA 1BQLY 1HC0A 4U3XB 249LA 4PRQA 1QUGA 3QNGA 5B06A 3RW8A 3TXDA 5FEKA 188LA 3A3QA 4N1EI 4YOPA 1LMCA 1L46A 2LYOA 3GUPA 4KT3A 1NBYC 1LYYA 1C6AA 2YBNA 1REYA 4WM4A 5F9UA 5JENB 3E3DA 2NWDX 1WQNA 3AZ4A 1UIGA 4ARMA 1CKFA 2F32A 5KKJA 1LCNA 4DYGA 1B5VA 1H6MA 3SB9A 4ANRA 1LSAA 4EMNA 1J1OY 4IATA 159LA 1ALCA 3QAKA 1L69A 1QTKA 4NSHA 4WLDA 1DI4A 226LA 1GDXA 246LA 2YSSC 1DI5A 3GUIA 4DKLA 3HDFA 2Z38A 2Z2FA 1NDGC 4ML7A 3B72A 3N9CA 1C6EA 4FJRA 3HTDA 176LA 1HSXA 1QUDA 5B07A 4LT2A 2W1XA 1L0KA 3WXUA 2LYMA 4I7QA 2LC9A 4TSBA 3CDRA 3HUKA 1INUA 167LA 2LZ2A 180LA 3WYHA 1L86A 1LZ8A 1DXJA 1L47A 1OUGA 2B6XA 4I7MA 1L72A 4MSTA 5KXNA 1L05A 4I7OA 149LA 3BKVA 1LJGA 1OUCA 3PBLA 1L41A 3KAMA 1QUOA 2D4JA 1L20A 1C60A 1JIYA 1HSWA 2D91A 4NGZA 2RBQA 230LA 4HJZA 111LA 1GFTA 2XQOA 3C7WA 1L29A 144LA 4RDSA 1LPIA 113LA 1PZYA 1C6NA 3CDOA 3F9LA 1NWGA 3QY4A 1L79A 4R0FA 1YROA 1C6BA 4WM5A 2BQJA 1GFUA 1L65A 1HEQA 4H9BA 3WPLA 3B6LA 1B7PA 4LT0A 3T36A 1C6FA 4HTQA 2D6BA 2YBHA 3C83A 4H94A 4OOTA 3SB6A 4NGKA 5HLLA 1L58A 163LA 1C63A 4NGYA 1FBIX 2GV0A 4WL7A 213LA 5I53A 1C6HA 1LSZA 4K5YA 4EOFA 5I4YA 5KXOA 1GBYA 1L11A 3DN1A 1L83A 1CUQA 1LYJA 1HFXA 2EKSC 3SBAA 1LZ5A 1B7MA 3HDEA 1C08C 1IVMA 139LA 2DQHY 3A96A 1G7IC 4H92A 3HFMY 4BS7A 2BQLA 5A3EA 2LCBA 1IWUA 5KJ9A 1LJ4A 4L41A 7LYZA 4DD0A 2RAZX 1LJIA 3A67Y 2Z19A 1B5ZA 223LA 3F8VA 2NTGA 4OOOA 1GWDA 3G3WA 4ETEA 1L26A 5C6JA 1OUEA 2ZIKA 4KL7A 1L98A 4DD3A 4GN3A 1NHBA 3TXEA 244LA 2RH1A 3WUAA 198LA 1Z55A 3CQLA 1L01A 4B49A 3TXGA 1OUDA 2HUMA 190LA 1MELL 1LZCA 1KXYA 2YBJA 224LA 4PHIA 3HUQA 1IWZA 1LSEA 4OWHA 3AGGG 4EKPA 1LZSA 1D0KA 1QDTA 174LA 5FHWA 1QT5A 1GBZA 1FLYA 1CX7A 215LA 4EPFA 3RNXA 7LZMA 5I4XA 4ARJA 1YKZX 4GCDA 4XJGA 4A7DA 4XJHA 1C6KA 4XJBA 2DQCY 1C65A 2W1MA 3TXIA 1IP4A 201LA 3AGIA 1L99A 2DQJY 1QTCA 1D0LA 1JSFA 3GUMA 5F81A 1GB0A 1QSWA 112LA 4YXCA 1L94A 1UC0A 2HEFA 1L66A 3A90A 4LYZA 2A7FA 1J1PY 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3K2R A;  1G0M A;  1QTV A;  4LFP A;  4NGW A;  1G7J C;  1HEM A;  1LZ4 A;  5KXY A;  3ZVQ B;  3WUN A;  4ETD A;  1EL1 A;  1GAY A;  241L A;  3RZ4 A;  1IY4 A;  1C62 A;  2O7A A;  9LYZ A;  1DYD A;  3C7Y A;  1L60 A;  5LYT A;  1L09 A;  2ANV A;  3WW6 A;  4LGK A;  4DD9 A;  1L59 A;  3LZT A;  205L A;  1LJK A;  1LJF A;  1OVH A;  2IHL A;  2ANX A;  1LZG A;  3GUL A;  4D9Z A;  5APF A;  5L3I A;  3LN2 A;  5DN5 A;  1VDT A;  1L91 A;  1G7L C;  1L73 A;  1TLA A;  1LZD A;  3AZ6 A;  1L24 A;  1LGU A;  5FDJ A;  1LZY A;  1GHL A;  4LT3 A;  2HUB A;  3FA0 A;  3LZ2 A;  1L75 A;  5KXK A;  1C61 A;  2Z39 A;  108L A;  1IWW A;  2EQL A;  1DPX A;  1N4F A;  4OW1 A;  2BQC A;  4DJH A;  158L A;  1VAT A;  1B6I A;  1LZ1 A;  173L A;  3DN8 A;  262L A;  256L A;  1C68 A;  5B1F A;  4PPO A;  4QGZ A;  1LSD A;  4HPI A;  1LJH A;  1XJT A;  1BHZ A;  3AJN A;  1GB9 A;  1PQK A;  4HV1 A;  1CV3 A;  114L A;  1JTP L;  4ZIX A;  2H9J A;  1JSE A;  1XJU A;  3ATO A;  2YBL A;  2ZQ4 A;  207L A;  1IEE A;  3WPJ A;  1KY0 A;  1REZ A;  3SN6 R;  3EML A;  3ZVQ A;  2BQN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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