1C6JA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 8 atm krypton
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6jA00
2B7XA 2B6ZA 4EKRA 1LYEA 1L92A 3CDOA 1L20A 1WTHA 2F32A 4I7QA 147LA 3C80A 248LA 1JQUA 3CDTA 1SSWA 3GUIA 1KY0A 3V2WA 5LZMA 3HTBA 1D3MA 104LA 187LA 2B6YA 2RAZX 3OE8A 170LA 161LA 1L39A 192LA 4EPIA 1QS5A 1L85A 3C7WA 1L56A 1L68A 221LA 3HU9A 3PBLA 1LYFA 1L83A 1L98A 1QUOA 125LA 1L38A 1ZWNA 4W52A 115LA 2RBRA 3HH3A 110LA 1L14A 1QT4A 1CU0A 3LZMA 1L06A 1LGXA 172LA 3DN8A 3GUMA 1L58A 3DMVA 1L42A 2RH1A 1LLHA 2NTGA 1G0QA 1L70A 3SB9A 205LA 1L55A 1L79A 250LA 2OE7X 4ARJA 1SSYA 2Q9EA 1P56A 1DYEA 1L52A 1L63A 1QUDA 3L64A 1G0GA 130LA 190LA 3OE6A 1L86A 1G0JA 1L76A 3DN0A 182LA 1CV0A 242LA 1OVJA 1L02A 1OYUA 3GUJA 214LA 1L65A 119LA 1L22A 1JTMA 1LYJA 1P7SA 1L07A 223LA 144LA 4YX7C 139LA 150LA 1JTNA 249LA 1L33A 3HTGA 3HDFA 2OEAX 1L74A 1L09A 1D3JA 1L05A 1L51A 222LA 177LA 3HT8A 4W53A 149LA 199LA 1C6IA 1C69A 4LDLA 4DAJA 1L75A 2RBQA 224LA 1PQDA 140LA 159LA 4S0WA 1QT6A 1NHBA 3HT9A 4W56A 1L23A 1XEPA 247LA 1OV7A 3FI5A 211LA 163LA 3CDRA 1LGUA 2B6TA 2HULA 1DYBA 4PK0A 3SN6R 4EXMA 201LA 122LA 1QSQA 228LA 1LWGA 1L18A 1LW9A 3DN1A 3HUQA 1LYHA 2LZMA 1P37A 4I7NA 1C6FA 3C82A 3JR6A 1L49A 3HT6A 3HU8A 127LA 1C61A 1CV4A 1C6GA 1CU5A 260LA 129LA 2B70A 1CUPA 195LA 213LA 1L37A 1OWYA 1P6YA 2B72A 3C8SA 1QTBA 3DN4A 4OO9A 3HH4A 4DJHA 1LPYA 1P46A 1L61A 1L30A 152LA 1L87A 3K2RA 2CUUA 2RBNA 164LA 239LA 1C6LA 3HUAA 143LA 1QTVA 2RB1X 218LA 3RZEA 3SB5A 2ANXA 2HUMA 2HUKA 1L50A 3OE0A 128LA 1L90A 253LA 4W51A 1D2WA 2RBPA 103LA 1P3NA 3HH6A 236LA 2NTHA 2O4WA 2B6WA 1L10A 180LA 4I7SA 183LA 1KS3A 168LA 259LA 210LA 1OWZA 3C7YA 2QARC 7LZMA 1L66A 1L88A 167LA 1C6JA 3RUNA 256LA 238LA 3C83A 114LA 1CX7A 1L69A 126LA 3HH5A 246LA 1PQOA 3UONA 1L94A 1C65A 185LA 3OE9A 1C62A 3HTDA 4I7JA 1PQJA 1PQIA 2Q9DA 1CTWA 1L80A 3NY8A 3HUKA 4YXAC 176LA 1L95A 1L59A 1QTCA 145LA 258LA 137LA 1L44A 2ANVA 3GULA 3C81A 1L13A 1G0LA 1C6BA 2RAYX 3FA0A 4AQNA 197LA 3SBBC 3CDVA 4LDOA 171LA 1L31A 4I7RA 1L21A 1L67A 229LA 4I7TA 148LE 4LZMA 1D2YA 1L08A 219LA 2A4TA 2F47A 1CV1A 2RB2X 209LA 1C66A 3DMZA 1OVHA 138LA 4W59A 1L26A 1LYIA 1L35A 1C6DA 1L27A 255LA 2B73A 1LWKA 4ARQB 198LA 1L0JA 102LA 1KW7A 3NYAA 4ARQA 1LI3A 1SX2A 4EKPA 1L43A 235LA 1T8AA 1CU6A 251LA 146LA 237LA 1L64A 111LA 215LA 1L73A 175LA 1L00A 1SWZA 1CX6A 3C7ZA 166LA 3GUKA 2OE4X 3GUPA 1L93A 3FADA 217LA 1L53A 4W57A 1CVKA 2O7AA 1XJUA 3G3VA 142LA 1L71A 1L04A 1K28A 1L81A 160LA 4YXCA 3C8RA 131LA 1P36A 1L89A 3DNAA 1G0KA 1L01A 1T97A 157LA 3ODUA 3HDEA 1L48A 178LA 1PQKA 1P2LA 4ARPA 1C6AA 245LA 2OE9X 2B75A 1L41A 3DN6A 1C6HA 3SB6A 1G0MA 1L15A 3L2XA 1CU3A 1L11A 216LA 3DKEX 1C6EA 1LI2A 1L60A 2QB0B 1L16A 4GBRB 2RBOA 1C6KA 4W54A 1L84A 6LZMA 206LA 2RBSA 1C63A 2OU8A 3NY9A 184LA 1OV5A 4I7OA 4ARMB 4ARMA 231LA 4I7MA 1DYAA 1SWYA 1L25A 230LA 1L03A 2OU0X 225LA 109LA 1L36A 1CU2A 186LA 1LYGA 1PQMA 1C64A 240LA 4DKLA 1DYFA 4E97A 4GRVA 1DYGA 2IGCA 1I6SA 2L78A 1C6NA 1QTDA 141LA 1L34A 1QT7A 2OTZX 226LA 1LYDA 3CDQA 3DN3A 200LA 3EMLA 3V2YA 234LA 2LCBA 1P2RA 1L0KA 1L72A 1L97A 1L99A 1CV6A 2O79A 1CV5A 1DYCA 1T8GA 2B74A 2OU9A 1ZURA 244LA 3DN2A 1G0PA 1G1VA 174LA 4I7KA 5I14A 155LA 232LA 1C6CA 1CV3A 1D3NA 108LA 1KW5A 1L45A 1QSBA 1L77A 181LA 4EJ4A 262LA 188LA 1L24A 4K5YA 113LA 3SB7A 4EPFA 3SBAA 212LA 165LA 2RB0X 1C6MA 1L57A 1L40A 189LA 1SX7A 3F9LA 1L19A 1TLAA 1B6IA 1QT8A 1G1WA 1C68A 1LI6A 162LA 261LA 1L82A 1C60A 1L32A 196LA 3QAKA 3VW7A 1L46A 4W58A 2LC9A 120LA 1C6PA 1D3FA 1P5CA 1LGWA 1L28A 4W55A 2Z6BA 169LA 1L17A 191LA 1P64A 233LA 1L54A 123LA 1L62A 118LA 1QUHA 254LA 4PJZA 112LA 1L29A 4ZPUA 1QT5A 3D4SA 1T6HA 1G06A 243LA 1C6QA 151LA 107LA 1G07A 1C67A 4I7LA 1ZYTA 3GUNA 3HTFA 3HWLA 257LA 241LA 1CUQA 1D9WA 1L96A 1OVKA 158LA 3C8QA 3DMXA 3PDSA 173LA 252LA 3GUOA 2B6XA 4LDEA 4IAPA 4ARLA 4I7PA 1QT3A 1KY1A 1QTHA 3G3XA 3SB8A 1QS9A 1L12A 220LA 3HT7A 227LA 1QUGA 2F2QA 1QTZA 1L91A 1EPYA 1XJTA 4EKQA 4EKSA 1KNIA 2OTYX 1T8FA 3G3WA 1C6TA 156LA 1DYDA 3F8VA 1L47A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5II3A 1AZFA 4EKRA 1LYEA 1L92A 2HEFA 3BKVA 4UWNA 2LZTA 1LZ6A 3W6FA 3C80A 3K3TA 1SSWA 1D3MA 104LA 1IY3A 2B6YA 3OE8A 4IASA 5B59A 1BB3A 4B4IA 1L85A 3C7WA 4PRUA 1L68A 3PBLA 125LA 4LFPA 1UIBA 2ZWBA 4XJBA 4W52A 2RBRA 1XGQC 1OUFA 1L42A 1GXXA 205LA 250LA 2Q9EA 1DYEA 1L52A 3DN0A 182LA 5K7OA 3WVYA 214LA 1L65A 1L22A 1L07A 223LA 1NF5A 4YX7C 1JTNA 249LA 4OWEA 4WL7A 5LVJA 3HDFA 1W6ZA 1L05A 1L51A 1FLWA 1DPWA 199LA 5C6IA 1C69A 1PZYA 5KKIA 3AZ5A 4PHIA 4DD2A 4W56A 1GDXA 1A4VA 1I56A 3CDRA 2MEIA 1DYBA 3D9AC 3SN6R 1CJ8A 2G4PA 1SQ2L 1JTPL 1DI4A 122LA 228LA 1HERA 1L18A 1H87A 2DQJY 3WW5A 1UIFA 1P37A 2LZMA 1TCYA 1C6FA 1LYOA 3HT6A 3HU8A 127LA 260LA 1LSAA 5J7CA 4P2EA 2B72A 3P4ZA 1QTBA 3DN4A 1LPYA 1JWRA 1L30A 2AUBA 1B0DA 1QQYA 1C6LA 1HFZA 143LA 2RB1X 218LA 1OUHA 4BADA 208LA 5IHGA 1IWUA 103LA 1P3NA 1GEVA 4OW1A 4ETEA 1LZAA 1UA6Y 2F2NA 1GF6A 2LHMA 1OWZA 2W1XA 1LHIA 3A3QA 1IR7A 167LA 1LJ4A 1C6JA 3RUNA 1VATA 1CX7A 3HH5A 246LA 3P66A 1LJJA 2H5ZA 1L94A 185LA 1C62A 3A96A 5LXWA 1NBZC 1INUA 1GXV2 1MELL 153LA 4H9BA 4EMNA 1F6SA 1L13A 1G0LA 8LYZA 4AQNA 1WVUA 1LJHA 4NGKA 171LA 1F6RA 4NWHA 1OUEA 2BAAA 2LZ2A 2XQOA 4LZMA 134LA 1GE3A 2RB2X 3DMZA 1B5WA 2HEEA 2YBHA 4NIJA 5KXYA 1L26A 1LYIA 4ETBA 1L27A 1H6MA 1JTOL 4H8XA 5I53A 4ARQA 235LA 4HV1A 4NGJA 3TXBA 175LA 1L00A 2DQIY 1LZNA 5HNCA 4XENA 1ZV5L 1L93A 1UICA 1CVKA 3D3DA 1HNLA 1L71A 2F30A 160LA 4E3UA 5FHWA 4YXCA 4N9RA 1L89A 3ODUA 1L48A 2G4NA 1XGTC 4BS7A 178LA 5LVHA 1KXXA 1PQKA 1RJCB 1LJNA 3IJUA 1B9OA 2Z12A 1G0MA 3L2XA 1CU3A 1C6EA 4DDBA 2LYMA 2QB0B 4GBRB 4W54A 1L84A 1C63A 2OU8A 1B7OA 1LJEA 1OV5A 1LZDA 3W6DA 1L25A 4U3XB 1TDYA 1L03A 1CU2A 1LMTA 1C64A 1REZA 240LA 4B4JA 1I6SA 1QTDA 1L34A 1QT7A 3AGIA 1LHLA 2Z2EA 3EMLA 4WLXA 4NGIA 3V2YA 2HU1A 4GCDA 1V7TA 3RW8A 1HC0A 1CKDA 2OU9A 1JSFA 1ZURA 2BLYA 1ZMYL 1YQVY 3WU8A 4GCFA 1D3NA 108LA 1L77A 181LA 4G4BA 2Z18A 1F0WA 1KXWA 5B1FA 113LA 2DQDY 1OUJA 2RB0X 4D9ZA 4QDNA 1C6MA 5LAGA 1B5UA 1SX7A 1LAAA 3TMWA 1REXA 3IWRA 1Z55A 1CKHA 1QT8A 4H9HA 1QDRA 1LI6A 162LA 5KXRA 1GE0A 1OUGA 4R6CA 1IP7A 1ALCA 3TXHA 120LA 4RW2A 1JTTL 1C6PA 1D3FA 4J0LA 4NGOA 3WUMA 1L28A 1IVMA 1L17A 1P64A 3TXEA 112LA 3LYOA 4QY9A 1QT5A 1T6HA 1G06A 1NKHA 243LA 1C6QA 151LA 1IP4A 1TBYA 1CKCA 1C67A 3GUNA 3HWLA 1CUQA 1D9WA 4DD3A 3PDSA 1LSMA 4WM2A 3EXDA 2HUBA 2Z19A 1IWZA 1IC7Y 4ARLA 1QT3A 1QTHA 1L12A 2FBBA 3GXKA 4XJGA 1UUZC 1IORA 4Z41A 5C6LA 2LYOA 1FDLY 1JKCA 3TXIA 4AGAA 1LJ3A 1KNIA 1FLYA 2BQIA 1V7SA 4LT0A 3VWOA 4NG1A 1L20A 1WTHA 4TSBA 4I7QA 1QUSA 4LYMA 2D6BA 4GN3A 4AXTA 1LZ4A 3CDTA 1YAPA 4LT1A 3FE0A 4ETDA 3GUIA 1KY0A 3V2WA 1BGIA 4H8YA 5LZMA 3HTBA 4MR1A 187LA 4CHXA 1L39A 1GFEA 5C6JA 192LA 4PPOA 221LA 1L83A 1L38A 4NWEA 3HH3A 110LA 1IC4Y 1CU0A 3LZMA 1D6PA 1B7PA 5B06A 2YBJA 3EBAB 2G4QA 2RH1A 1LLHA 4TUNA 1L70A 1BB4A 3SB9A 2OE7X 4XJDA 4ARJA 1VFBC 1L63A 1LJIA 1G0GA 1LZBA 1L86A 1L76A 1L02A 1OYUA 2ZNXY 3TXDA 1UCOA 1LYJA 1HMLA 144LA 150LA 1IR9A 3HTGA 2DKVA 1IIZA 1C45A 3WMKA 177LA 4W53A 4YENA 1C6IA 4H91A 5EBHA 1L75A 1JIYA 224LA 140LA 2W1LA 159LA 1F10A 1JKAA 3HT9A 1AKIA 1L23A 1XEPA 3FI5A 211LA 3KAMA 4Z46A 1LGUA 2B6TA 2HULA 3WH1A 3WL2A 2EIZC 4WG1A 1LWGA 132LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5II3 A;  1AZF A;  4EKR A;  1LYE A;  1L92 A;  2HEF A;  3BKV A;  4UWN A;  2LZT A;  1LZ6 A;  3W6F A;  3C80 A;  3K3T A;  1SSW A;  1D3M A;  104L A;  1IY3 A;  2B6Y A;  3OE8 A;  4IAS A;  5B59 A;  1BB3 A;  4B4I A;  1L85 A;  3C7W A;  4PRU A;  1L68 A;  3PBL A;  125L A;  4LFP A;  1UIB A;  2ZWB A;  4XJB A;  4W52 A;  2RBR A;  1XGQ C;  1OUF A;  1L42 A;  1GXX A;  205L A;  250L A;  2Q9E A;  1DYE A;  1L52 A;  3DN0 A;  182L A;  5K7O A;  3WVY A;  214L A;  1L65 A;  1L22 A;  1L07 A;  223L A;  1NF5 A;  4YX7 C;  1JTN A;  249L A;  4OWE A;  4WL7 A;  5LVJ A;  3HDF A;  1W6Z A;  1L05 A;  1L51 A;  1FLW A;  1DPW A;  199L A;  5C6I A;  1C69 A;  1PZY A;  5KKI A;  3AZ5 A;  4PHI A;  4DD2 A;  4W56 A;  1GDX A;  1A4V A;  1I56 A;  3CDR A;  2MEI A;  1DYB A;  3D9A C;  3SN6 R;  1CJ8 A;  2G4P A;  1SQ2 L;  1JTP L;  1DI4 A;  122L A;  228L A;  1HER A;  1L18 A;  1H87 A;  2DQJ Y;  3WW5 A;  1UIF A;  1P37 A;  2LZM A;  1TCY A;  1C6F A;  1LYO A;  3HT6 A;  3HU8 A;  127L A;  260L A;  1LSA A;  5J7C A;  4P2E A;  2B72 A;  3P4Z A;  1QTB A;  3DN4 A; 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