1C6KA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 8 atm xenon
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6kA00
1L17A 130LA 110LA 2OE7X 1OWYA 3HT8A 1JQUA 1L0JA 2B6ZA 3C8SA 3DN1A 1T97A 1EPYA 219LA 1L46A 1L38A 137LA 235LA 1L83A 214LA 4GBRB 227LA 2LCBA 149LA 1L71A 169LA 1L00A 1L54A 3HT7A 4I7PA 1P5CA 3GUOA 1QT3A 1LYEA 1L86A 152LA 3SBBC 4EKRA 259LA 4ARQA 246LA 3OE0A 3GULA 1C68A 1G0MA 3SB6A 215LA 1QTHA 3G3XA 180LA 1QS9A 1L62A 3DMZA 1L36A 1QTVA 3QAKA 1DYCA 1QTZA 1LYJA 1L53A 3DN6A 1ZURA 1CV3A 1D3MA 1OVHA 3DKEX 1C64A 1L35A 3HUAA 1DYAA 2OE4X 2Q9DA 209LA 148LE 146LA 1L13A 1QUGA 3GUMA 3C83A 1PQOA 1DYDA 4LZMA 168LA 1L42A 107LA 1L33A 1C60A 178LA 242LA 3HT9A 141LA 254LA 4I7MA 4IAPA 1C6JA 1L49A 1QUDA 3L64A 189LA 4W55A 1G1WA 1QT4A 4ARPA 1C6LA 1L65A 1L16A 251LA 1QTBA 122LA 4ARQB 186LA 3HTGA 4W51A 3HTFA 1L80A 1P46A 3OE9A 1L50A 1L48A 1LPYA 4W56A 1CV1A 1ZYTA 1PQDA 177LA 1QS5A 239LA 1L96A 3RUNA 4ARJA 1T8GA 1L94A 1C6MA 1LYIA 192LA 1LWKA 1CVKA 1LW9A 3G3VA 1L0KA 1L95A 2O4WA 4PK0A 7LZMA 170LA 4LDLA 1L55A 1P37A 3V2YA 3F8VA 3C81A 1C6DA 1G07A 1L05A 1L27A 1C67A 3CDVA 2B7XA 158LA 4EPFA 205LA 2A4TA 3L2XA 1L68A 1OV7A 2O7AA 1L44A 1KY0A 1LGXA 1P3NA 123LA 1L31A 2CUUA 145LA 1C6FA 162LA 171LA 3HWLA 1C6EA 114LA 1CUQA 228LA 1CU2A 252LA 191LA 5LZMA 1L92A 3DN2A 3OE6A 1L84A 4EPIA 1L19A 2B70A 2ANVA 236LA 2B6WA 1L25A 1CV6A 1JTNA 1CV5A 1L37A 2Q9EA 4I7JA 2HUMA 1G0GA 1C66A 103LA 1OWZA 4W53A 1PQJA 4I7QA 3NY9A 4DJHA 1LLHA 127LA 1C6IA 2RBOA 1PQMA 3HT6A 1L57A 1P2LA 1C69A 1CV4A 3PBLA 1L02A 1C65A 164LA 237LA 6LZMA 223LA 199LA 3OE8A 1L87A 3EMLA 2QB0B 1T8AA 119LA 1C6NA 1L04A 1LI6A 221LA 2RBPA 256LA 244LA 3HH3A 1L59A 212LA 1L45A 4EKQA 3SB9A 1L72A 222LA 255LA 1L70A 166LA 1C6CA 1P2RA 1P6YA 1DYEA 3VW7A 3D4SA 4W57A 1KW5A 1CU3A 1KNIA 4YXAC 4PJZA 1G06A 1L24A 3C7WA 3NYAA 1QTCA 1G1VA 3LZMA 1DYFA 1CV0A 1KW7A 1L39A 1LYFA 3ODUA 4YX7C 1SSYA 1L01A 113LA 243LA 4LDEA 2ANXA 1L18A 1G0PA 5I14A 2B6YA 157LA 196LA 1PQIA 3C7ZA 1C63A 2B72A 1T8FA 2QARC 1L23A 1L29A 167LA 1D2YA 1KS3A 4LDOA 231LA 183LA 1L61A 3C82A 159LA 1OYUA 4EXMA 4I7TA 1QT6A 2OE9X 2NTHA 261LA 174LA 1QUOA 4YXCA 229LA 1L56A 112LA 181LA 1L91A 3DN3A 3CDOA 2RBQA 3C80A 1L06A 1L11A 184LA 1XJTA 3CDTA 1XJUA 2B6TA 2O79A 4W59A 1C6QA 213LA 109LA 3DN0A 2F47A 250LA 1L99A 2RBNA 1L93A 1G0QA 1DYBA 173LA 4K5YA 262LA 120LA 115LA 1L12A 3SBAA 1L97A 1LI3A 176LA 1L26A 126LA 4ARMA 1L41A 1L75A 2F32A 3HH6A 4I7NA 2NTGA 128LA 4I7RA 216LA 104LA 2B73A 108LA 1C6KA 220LA 3SB8A 249LA 197LA 129LA 144LA 3DN4A 3HUQA 3HDFA 1QUHA 4EKPA 217LA 1SWZA 3GUIA 1CU0A 1OVJA 150LA 4S0WA 140LA 1L03A 182LA 1P56A 2RB1X 3HH4A 1C6PA 1L79A 1B6IA 1L64A 2Z6BA 1SX7A 4EKSA 111LA 1C6AA 3HDEA 4E97A 147LA 1L85A 1LWGA 1L98A 1QTDA 3HUKA 1QSQA 3V2WA 1LYGA 1L47A 238LA 1TLAA 185LA 138LA 4W54A 4ARMB 2B75A 2RH1A 3CDQA 3GUKA 230LA 1SWYA 4I7SA 3C8RA 1KY1A 151LA 4DAJA 2RBSA 1P36A 2HULA 2RAYX 3HTDA 4OO9A 1L82A 1L60A 1NHBA 1L10A 1L22A 3FADA 2HUKA 1L32A 2LC9A 257LA 3DNAA 175LA 1D3JA 1D3FA 241LA 3SB5A 1L73A 190LA 2B6XA 4I7KA 3HU9A 1DYGA 3G3WA 165LA 1OV5A 1CX6A 1D3NA 1C6GA 3HU8A 1L14A 142LA 1L69A 232LA 4W58A 4W52A 1QSBA 200LA 1K28A 1LI2A 253LA 2IGCA 198LA 3NY8A 2OTZX 102LA 1LYDA 163LA 1P64A 2L78A 1QT5A 1L21A 1ZWNA 3F9LA 218LA 1L77A 3DN8A 260LA 3FI5A 1L15A 118LA 156LA 1L34A 2RB2X 2F2QA 2OU0X 225LA 258LA 4I7OA 1L58A 3HH5A 3RZEA 1CU6A 2RB0X 234LA 139LA 3JR6A 233LA 1JTMA 131LA 1QT8A 188LA 143LA 1L88A 1WTHA 1L76A 1C62A 1L66A 1G0LA 2B74A 2RAZX 1L30A 1L52A 1PQKA 2OTYX 4I7LA 1L20A 1QT7A 2OU9A 1D2WA 248LA 1L51A 1CUPA 1LGUA 3FA0A 3HTBA 1CTWA 160LA 172LA 206LA 1OVKA 3SB7A 1I6SA 1G0JA 3DMXA 240LA 1SX2A 1SSWA 4GRVA 3SN6R 1D9WA 1C6BA 1P7SA 224LA 1L90A 1L43A 2LZMA 1C6HA 1C61A 1XEPA 3UONA 2RBRA 211LA 187LA 201LA 3GUNA 1CX7A 125LA 3C8QA 4ZPUA 1L28A 1L63A 3PDSA 4DKLA 2OU8A 1T6HA 3C7YA 3GUJA 1L08A 1L89A 1L40A 1LGWA 3K2RA 4ARLA 3GUPA 245LA 1L67A 1CU5A 161LA 247LA 210LA 1G0KA 4EJ4A 4AQNA 195LA 1L07A 1L81A 155LA 1C6TA 1LYHA 1L74A 3DMVA 1L09A 226LA 2OEAX 3CDRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
110LA 3HT8A 3DN1A 4NWHA 1L46A 4ETBA 1L38A 2F4AA 5D5FA 1A2YC 4PRQA 4H9CA 4NSGA 1NMMA 3HT7A 1JSEA 1QT3A 1XGUC 4WG7A 5LAFA 1VATA 5E4PA 152LA 5F9UA 4EKRA 4ETDA 4IJ4A 1LHMA 2DQIY 1UCOA 2Z39A 3CT5A 1C68A 2BAAA 1QTHA 4H94A 1QS9A 1YAQA 3DMZA 3CT1A 1F10A 4G9SA 1DPXA 1ZURA 2H9JA 1OVHA 3EO5A 209LA 3RW8A 3LHMA 3LYTA 4LZMA 5FDJA 168LA 1IO5A 178LA 4NIJA 1RCMA 141LA 4I7MA 2RSCA 1JKDA 1LZRA 1QUDA 189LA 2XTHA 2BQCA 1REXA 4ARPA 1C6LA 2HEBA 4Z46A 1B5WA 1GAYA 4HV1A 2G4PA 4XN6A 3HTFA 3HFMY 2ZILA 1P46A 1LZSA 4B1AA 4W56A 1PQDA 1QS5A 1DI5A 4WMGA 2H9KA 1T8GA 5LA8A 4M4OA 1L0KA 4LDLA 1L55A 4QY9A 3F8VA 3C81A 1B7MA 1G07A 5HNLA 4B4EA 3CDVA 3EBAB 4LFXA 1WVUA 4J1AA 4UWNA 1E8LA 2A7FA 123LA 2CUUA 2DQFC 4BAFA 4U3XB 171LA 3TXBA 114LA 4HTQA 1LMNA 1D0MA 5I53A 3F6ZA 2BQGA 5LZMA 1LJ4A 1GBSA 3DN2A 3OE6A 2B70A 2ANVA 236LA 1L25A 3EXDA 5T3FA 1CV5A 1Z55A 1YL0X 2HUMA 1B5VA 4FJRA 1C66A 1OWZA 3D3DA 5KXSA 2I6ZA 4KPMA 1PQJA 1LLHA 1C6IA 1PQMA 1YILA 1DXJA 1XGPC 3W6CA 1H87A 3IWRA 6LZMA 223LA 2BPUA 3OE8A 4NHTA 3LN2A 3EMLA 1IWYA 2QB0B 3G3BB 1L04A 2RBPA 221LA 1IOSA 1I1ZA 1D9UA 212LA 1L45A 3OJPA 1L70A 4YF2A 2ZYPA 3W6AA 3RZ4A 2FYCA 3VW7A 4KT3A 4PJZA 1L24A 1HEWA 4J7VA 1I56A 4I8SA 1KW7A 1LYFA 3ODUA 1L18A 4LZTA 3IJUA 5I14A 196LA 3AGIA 1C63A 2B72A 3C7ZA 1HSWA 2GV0A 4YOPA 3WU9A 3ZEKA 3P68A 4BS7A 4H90A 4LDOA 1IEEA 5KXMA 183LA 1B7RA 1OYUA 1FLYA 5C6IA 2OE9X 1G7HC 2NTHA 261LA 229LA 112LA 181LA 1LHLA 1UACY 1LZGA 2YBMA 184LA 3B0OA 1B7LA 4N0JA 4LGKA 2BQDA 2Z12A 1LZ9A 2MEIA 1HELA 4WM4A 3TXIA 1JITA 2RBNA 3D9AC 1G0QA 1DYBA 5I4WA 1LMAA 120LA 1L12A 1FDLY 1L97A 4WM5A 3MGWA 4WLXA 1GB3A 4XENA 1IC5Y 3HH6A 2NTGA 128LA 104LA 3B6LA 1C6KA 3SB8A 2BQIA 1IR8A 2FBDA 144LA 1EQ5A 1UIEA 1DI3A 2MEBA 3HDFA 1HERA 4M6DA 217LA 4P2EA 2HUBA 5JENB 4S0WA 1GBYA 140LA 3RU5A 2RB1X 1P56A 3HH4A 1B6IA 4OWBA 5LIOA 1C6AA 147LA 1L85A 1YAMA 5KXWA 5FSTA 4R6CA 3AJNA 4WO9A 3WPKA 1L47A 1P2CC 185LA 3WPLA 5LXWA 3CDQA 3GUKA 4I7SA 1YROA 1WQNA 4DAJA 2RAYX 4NGWA 1UIGA 5ILCA 1L60A 3FADA 1L22A 2LC9A 257LA 3DNAA 1D3JA 4DD3A 3SB5A 5B1GA 1LJKA 2B6XA 1GXXA 1DYGA 4XJIA 4B49A 1D3NA 3A95A 2IGCA 1FLWA 2BQAA 3AZ4A 2HU3A 3BKVA 4RLNA 1HFZA 1L21A 4YEOA 3W6BA 1HEPA 1UA6Y 1GB7A 118LA 1LZAA 1L34A 1LJIA 2F2QA 1GPQC 258LA 3J6KA 207LA 234LA 4W94A 3B0IA 4GN3A 2YDGA 4PJ2C 1L88A 1L66A 2W1YA 1TDYA 1L52A 5DN5A 1PQKA 4PHIA 2OU9A 1CUPA 2XBSA 2NWDX 1BB6A 2ZIKA 172LA 3HBHA 208LA 1B7QA 1OVKA 2YBLA 1SSWA 4LYZA 3QNGA 224LA 1P7SA 1L90A 4NGKA 2LZMA 2ZYCA 1B7NA 4E3UA 1C61A 1GE3A 1XEPA 3UONA 4GCCA 1HENA 4WG1A 5DN4A 3TXJA 1LGWA 1REZA 1IP6A 245LA 1L67A 1LSEA 210LA 1G0KA 1LKSA 4EJ4A 1CKCA 1C6TA 1LYHA 4N8ZA 4MSTA 130LA 1OWYA 1LZ5A 4XJGA 1JQUA 3C8SA 3WUNA 1T97A 219LA 3ZVQA 2LYMA 1L83A 3EMSA 1AT6A 1L71A 169LA 3WW5A 5F9XA 1L00A 2LHMA 3GUOA 3SBBC 4ARQA 1OUEA 246LA 4NHIA 3GULA 4I0CA 133LA 1G0MA 4R0FA 4DQ5A 3G3XA 1L62A 2ZNWY 1L36A 4ET9A 1QTVA 5LVHA 1BWIA 3QAKA 1HEOA 1DYCA 1QTZA 1LYJA 4HSFA 153LA 1TCYA 4GLAA 1RJCB 1D3MA 1LJ3A 3DKEX 1L35A 3HUAA 5EBHA 148LE 3P4ZA 1C46A 4HV2A 1GAZA 1PQOA 1DYDA 2YBJA 1L33A 1LJHA 1G7MC 242LA 3G3AB 3TXEA 3W6EA 4DYGA 5FELA 4IAPA 3L64A 4HTNA 4W55A 5DM9A 1D0LA 1QT4A 3WL2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 110L A;  3HT8 A;  3DN1 A;  4NWH A;  1L46 A;  4ETB A;  1L38 A;  2F4A A;  5D5F A;  1A2Y C;  4PRQ A;  4H9C A;  4NSG A;  1NMM A;  3HT7 A;  1JSE A;  1QT3 A;  1XGU C;  4WG7 A;  5LAF A;  1VAT A;  5E4P A;  152L A;  5F9U A;  4EKR A;  4ETD A;  4IJ4 A;  1LHM A;  2DQI Y;  1UCO A;  2Z39 A;  3CT5 A;  1C68 A;  2BAA A;  1QTH A;  4H94 A;  1QS9 A;  1YAQ A;  3DMZ A;  3CT1 A;  1F10 A;  4G9S A;  1DPX A;  1ZUR A;  2H9J A;  1OVH A;  3EO5 A;  209L A;  3RW8 A;  3LHM A;  3LYT A;  4LZM A;  5FDJ A;  168L A;  1IO5 A;  178L A;  4NIJ A;  1RCM A;  141L A;  4I7M A;  2RSC A;  1JKD A;  1LZR A;  1QUD A;  189L A;  2XTH A;  2BQC A;  1REX A;  4ARP A;  1C6L A;  2HEB A;  4Z46 A;  1B5W A;  1GAY A;  4HV1 A;  2G4P A;  4XN6 A;  3HTF A;  3HFM Y;  2ZIL A;  1P46 A;  1LZS A;  4B1A A;  4W56 A;  1PQD A;  1QS5 A;  1DI5 A;  4WMG A;  2H9K A;  1T8G A;  5LA8 A;  4M4O A;  1L0K A;  4LDL A;  1L55 A;  4QY9 A;  3F8V A;  3C81 A;  1B7M A;  1G07 A;  5HNL A;  4B4E A;  3CDV A;  3EBA B;  4LFX A;  1WVU A;  4J1A A;  4UWN A;  1E8L A;  2A7F A;  123L A;  2CUU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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