1C6KA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 8 atm xenon
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6kA00
4GRVA 1CUPA 187LA 1L13A 4I7NA 218LA 141LA 2B7XA 1L21A 1L93A 1L22A 1KY0A 103LA 4EPIA 1C6LA 1L88A 1SX2A 1L03A 262LA 1LLHA 259LA 232LA 4PK0A 1L81A 245LA 242LA 2NTGA 1D3NA 2RB2X 4W52A 211LA 1L49A 1L06A 240LA 1T97A 119LA 1L01A 1P56A 4EXMA 241LA 3DN4A 3HH3A 3SBAA 1C6QA 2CUUA 1L44A 2OU0X 1LPYA 1L16A 3VW7A 1C6MA 1DYAA 1L69A 1G0MA 1L04A 1TLAA 1L79A 4W55A 1L0JA 1C69A 3C8RA 1L50A 126LA 1L59A 2LZMA 225LA 3GUOA 1L47A 2OTZX 3HH4A 1CX7A 1L94A 1DYCA 1L36A 210LA 4LDOA 223LA 1C64A 3HT9A 1EPYA 255LA 1L52A 1L96A 3L64A 2B70A 129LA 3V2YA 3SB9A 212LA 3C7YA 2OU8A 1L20A 140LA 1L26A 3F9LA 163LA 2OE7X 4I7TA 2ANVA 1L92A 102LA 1QT7A 1G1VA 1C6PA 3RZEA 201LA 3HH5A 1CTWA 3OE0A 2LC9A 1CU6A 1QT5A 1QT4A 1C6AA 1QUGA 1D3JA 1QSQA 3EMLA 251LA 1L05A 104LA 184LA 1SWZA 4DAJA 1KNIA 1L53A 221LA 198LA 1DYBA 230LA 1C63A 3HT7A 1L31A 170LA 1C6TA 3HT6A 1L27A 4ARMB 1L68A 1CV6A 3HTGA 1G07A 152LA 2Z6BA 3OE6A 4AQNA 4ARPA 2LCBA 1LGUA 1P3NA 1JQUA 189LA 246LA 182LA 127LA 3SB8A 1DYFA 3CDVA 125LA 4ARQB 168LA 107LA 1PQDA 1P6YA 2ANXA 111LA 205LA 4YXCA 1L90A 258LA 3DMXA 1NHBA 143LA 224LA 4W51A 1C6HA 113LA 1PQKA 1DYDA 4YXAC 1QUOA 160LA 1QT8A 4DKLA 176LA 1P2RA 3OE9A 183LA 1L70A 2B6WA 196LA 257LA 109LA 3PBLA 1LYIA 1L43A 1T8GA 1QTHA 4S0WA 4ARMA 1LWGA 1QT3A 2B6ZA 1P64A 2O79A 1L74A 1L95A 3C7WA 4IAPA 1XJTA 3CDRA 3GULA 229LA 2B6YA 3C7ZA 1L45A 186LA 122LA 1L56A 3NY9A 4LZMA 118LA 3DN0A 4ARQA 1OYUA 4EKRA 2Q9DA 167LA 1CUQA 217LA 1C6CA 2F47A 1KW5A 3HTBA 1G1WA 1G0LA 256LA 2OE9X 3HT8A 1L66A 147LA 3DN1A 171LA 1LI3A 2RB1X 128LA 1L29A 1LGWA 1L98A 3HDFA 1C6FA 1QTVA 3NYAA 2F32A 1OWZA 1L75A 250LA 252LA 1C68A 1L72A 247LA 1L58A 3ODUA 4ARLA 131LA 3D4SA 2NTHA 2HUMA 3V2WA 1OWYA 261LA 1PQMA 4I7KA 3F8VA 1OV7A 3FI5A 3JR6A 1L38A 3RUNA 3GUPA 3DN8A 1L23A 162LA 200LA 4EKSA 158LA 159LA 222LA 191LA 243LA 3SBBC 4W53A 1L46A 1L86A 254LA 3SB7A 4LDEA 1K28A 1G0QA 1L12A 173LA 1OVKA 3CDOA 1C60A 1CU2A 4W58A 238LA 1SSWA 156LA 1L08A 2RAYX 3GUKA 1LI2A 1G06A 110LA 185LA 4I7MA 2RBQA 5I14A 1C65A 2O7AA 3HUQA 108LA 1LGXA 4EKPA 1L60A 1T8AA 3SB6A 1D2YA 1C6KA 253LA 1WTHA 1L65A 1QUDA 231LA 180LA 2B6XA 1XJUA 3HDEA 2B72A 123LA 1L25A 234LA 220LA 6LZMA 1L40A 216LA 2RBOA 114LA 5LZMA 164LA 1G0GA 1LYFA 1LI6A 1L35A 1LYEA 1P46A 1P2LA 1P7SA 2RAZX 1L63A 4PJZA 1L67A 226LA 1QT6A 1L18A 1L32A 7LZMA 3C82A 3G3VA 3GUMA 4DJHA 4I7JA 1OVHA 2B6TA 1KW7A 2A4TA 1L82A 1L02A 239LA 3C83A 3GUJA 4YX7C 115LA 1L87A 4K5YA 3G3XA 1XEPA 3HUAA 3NY8A 4OO9A 1CVKA 3DNAA 195LA 1G0JA 1L10A 4EJ4A 1P5CA 1QUHA 120LA 1L62A 1OV5A 3HU9A 1L80A 2QB0B 1QTZA 181LA 4ARJA 1C6NA 1PQIA 3HH6A 2OTYX 4I7SA 151LA 215LA 1L84A 148LE 1C62A 1L19A 3PDSA 3LZMA 1CX6A 2O4WA 1L97A 1LW9A 1L51A 188LA 1CV1A 1C6DA 2RB0X 3CDQA 2HULA 1C6JA 3CDTA 4I7QA 1QTDA 1C6IA 3DKEX 137LA 2B73A 142LA 1CU5A 3HU8A 3OE8A 1DYEA 2B75A 2Q9EA 1L91A 219LA 145LA 139LA 1T6HA 3HTFA 1C6BA 1L83A 1L17A 4EPFA 155LA 1D2WA 1L39A 1QTCA 3C8SA 1L61A 3SN6R 175LA 3UONA 1ZYTA 1L0KA 1L42A 197LA 1C61A 1L11A 228LA 2F2QA 3L2XA 1SWYA 1G0PA 1B6IA 1CU0A 1LYDA 1LWKA 1KS3A 144LA 3HWLA 3SB5A 4I7RA 1C67A 1L30A 1L54A 249LA 1L14A 1I6SA 1L77A 3DN6A 174LA 236LA 3QAKA 166LA 227LA 177LA 2HUKA 1L37A 1CV0A 1LYGA 2RH1A 1ZURA 3GUNA 3DMZA 1L99A 2B74A 1L07A 1CU3A 1KY1A 1T8FA 149LA 178LA 1CV3A 1D9WA 1JTMA 235LA 244LA 1P36A 169LA 1L00A 4I7OA 4W56A 1P37A 206LA 2RBPA 1D3MA 1QS9A 130LA 1L89A 3G3WA 1L48A 1QSBA 1ZWNA 4W59A 3FA0A 3GUIA 190LA 237LA 260LA 3DN3A 2IGCA 3C8QA 209LA 4GBRB 4I7PA 1L15A 1SSYA 1DYGA 3DN2A 1L24A 1L09A 157LA 1L85A 112LA 1QS5A 138LA 1OVJA 2L78A 172LA 1LYHA 3K2RA 3DMVA 1L28A 1L55A 1L41A 3C80A 4LDLA 1G0KA 4W54A 2QARC 4EKQA 1CV5A 2OEAX 161LA 1L73A 248LA 1D3FA 4I7LA 4ZPUA 150LA 1L64A 1PQJA 1C66A 1SX7A 2OE4X 233LA 1PQOA 165LA 1CV4A 199LA 2RBNA 4E97A 3FADA 1L57A 3C81A 214LA 1QTBA 146LA 1L71A 1C6EA 1L33A 192LA 2OU9A 213LA 2RBSA 3HUKA 1C6GA 4W57A 1L76A 1JTNA 3HTDA 1L34A 2RBRA 1LYJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CUPA 1JTOL 1L21A 1L22A 3OK0A 4EPIA 1SX2A 259LA 5K7OA 3W6CA 242LA 211LA 4WLYA 4EXMA 1BB7A 241LA 3WU8A 1GB6A 2ZYPA 2OU0X 1C6MA 4TSBA 3MGWA 1L69A 1LZTA 1B2KA 2D4KA 1TLAA 2ZNWY 4WMGA 1XGUC 4ZIXA 1IOQA 1GE0A 1C69A 2I25L 1QSWA 5LAGA 1BB5A 2F4GA 1L50A 1L59A 5KXRA 225LA 3GUOA 3CT1A 1J1PY 1GBXA 1XGQC 4LZTA 4LDOA 3WW6A 223LA 1C64A 1B9OA 3CSQA 4J0LA 4IJ4A 3L64A 2B70A 3SB9A 212LA 1VEDA 4H8YA 2BQLA 2OE7X 102LA 1G1VA 1GAZA 1HSWA 5B07A 2X0AA 1QIOA 3A90A 3D3DA 1JUGA 4J1BA 1SWZA 4N1CC 1IVMA 2H9JA 1C45A 198LA 4DWXA 1C63A 170LA 1C6TA 4XJBA 4ARMB 4Z46A 1L68A 3OE6A 3CT0A 1LZ1A 4XJDA 182LA 4LYBA 127LA 1GHLA 3SB8A 5LYTA 125LA 193LA 3LN2A 168LA 4XN6A 4RLMA 3ATOA 5DN5A 205LA 2Z19A 5IDDA 4GCCA 2LYMA 1EL1A 2Z37A 143LA 1GFVA 4H9HA 4AXTA 224LA 3AGHA 4YF2A 1PQKA 2VB1A 1LZ9A 160LA 1QT8A 5JENB 1XEKA 1LAAA 1LCNA 4UWNA 3IJUA 1FN5A 3PBLA 5FHWA 1PZYA 1T8GA 4WM1A 1LSZA 3TXDA 1B5VA 3B72A 1GBSA 1QT3A 2O79A 1L74A 1L95A 3W6AA 229LA 2B6YA 3C7ZA 1L56A 3NY9A 1DZBX 4ARQA 3EBAB 4B4JA 4EKRA 1BB6A 1YAPA 4XYYA 4OW1A 1C6CA 2F47A 1KW5A 3CT5A 5LYZA 3E3DA 2ZIJA 3AGIA 1RFPA 4GN5C 4DD1A 2F32A 1B7OA 1ZMYL 252LA 2F4AA 1LMOA 3CQLA 4ARLA 131LA 2NTHA 2HUMA 1OWYA 1PQMA 1JKCA 3F8VA 3JR6A 3N9AA 1GE1A 3ZVQB 1CKGA 1YL1X 4LYOA 4RLNA 191LA 3SBBC 1L46A 5I54A 254LA 4LDEA 4PRUA 1HNLA 1G0QA 3WPKA 1OVKA 1LZDA 3EO5A 4HSFA 4HPEA 3FE0A 1H87A 1G06A 8LYZA 185LA 5I14A 1LPIA 2FBDA 3HUQA 4U3XB 1LGXA 3SB6A 1D2YA 253LA 4YENA 4X3BA 1VATA 5KXWA 4WOAA 5A3EA 180LA 1OUIA 1OUHA 1XJUA 2PC2A 2B72A 3A92A 1L25A 234LA 5E4PA 1G0GA 1LI6A 1IR9A 1HERA 1YAQA 1LYEA 1P46A 3HBHA 4QY9A 1DKJA 1L32A 9LYZA 1UA6Y 1OVHA 1KW7A 1L82A 1IP4A 1GD6A 3GUJA 1L87A 4K5YA 4YOPA 4OO9A 2DQIY 195LA 1P5CA 1QUHA 120LA 1CJ7A 2YBMA 1G7MC 1VDQA 2CJLA 1QTZA 153LA 2BQFA 1XSFA 1N4FA 4DYGA 5APEA 1C62A 5LVJA 3PDSA 2BQHA 4D9ZA 5KXOA 1CX6A 2O4WA 1L97A 1LW9A 1GXV2 4WLDA 1L51A 1IR7A 2RB0X 4I8SA 1C6JA 4OOTA 4HJYA 1LYSA 1QTDA 4WLXA 137LA 4WG7A 1CU5A 1LMAA 1IY4A 4HJVA 1T6HA 3HTFA 1XEJA 5F9UA 3C8SA 1L61A 5HNCA 3UONA 1DPWA 3WU7A 3QE8A 3AYQA 1SWYA 1G0PA 1B6IA 2MEHA 4NGJA 1LZ5A 1C67A 2BQCA 1IIZA 236LA 5KXYA 166LA 227LA 1KIQC 4GCFA 1L37A 1IORA 4NGOA 5L9JA 3GUNA 1V7TA 3DMZA 1A4VA 2A7FA 1L99A 2B74A 1T8FA 149LA 1L00A 3A6CY 1YL0X 1GBZA 1LHJA 4NWHA 130LA 1B5YA 1IWWA 2CDSA 1IOCA 1QSBA 4W59A 5ILFA 3GUIA 3GXKA 4H9FA 4XJFA 1UUZC 2LYOA 3C8QA 4I7PA 1L15A 3P65A 1FLQA 4ETEA 4MR1A 1LYOA 1QTKA 1QS5A 1UC0A 1OVJA 1LYHA 4ET8A 3C80A 4I0CA 2QARC 4XJHA 161LA 1B7SA 5HMVA 4FDYA 1TEWA 3CB7A 1PQJA 1C66A 1JSFA 1PQOA 2I26L 4DD0A 2RBNA 4E97A 4N1EI 3FADA 2ZYCA 5HQ1A 3C81A 4TWSA 1GFKA 1L33A 192LA 1WQRA 3HUKA 4W57A 1WTMA 4DT3A 2DKVA 1UACY 2GV0A 4GRVA 187LA 3KAMA 1HEWA 3W6BA 5IHGA 3RT5X 3RZ4A 4N8ZA 4Z98A 132LA 4NHTA 103LA 1BQLY 1IO5A 3WYHA 4GN4A 4LYCA 1L81A 245LA 1L49A 1L06A 1LHMA 240LA 1T97A 1P56A 1HEOA 1VDPA 3DN4A 2CUUA 1L44A 2LHMA 1I1ZA 4W94A 1L16A 3LYMA 5LVHA 1L04A 3WULA 4W55A 1L0JA 2DQFC 1LJNA 1QUTA 1B7RA 4G4HA 2OTZX 5EBHA 5LVKA 1LKRA 1CX7A 1L94A 1LSEA 1L36A 3HT9A 1IP6A 4OOOA 3AZ7A 1IOSA 1IP3A 2YBIA 1LJ3A 1UCOA 1L52A 5KXNA 1L96A 129LA 1BGIA 4MCKA 3V2YA 3C7YA 1L20A 1L26A 4I7TA 1QT7A 201LA 2HEFA 3OE0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CUP A;  1JTO L;  1L21 A;  1L22 A;  3OK0 A;  4EPI A;  1SX2 A;  259L A;  5K7O A;  3W6C A;  242L A;  211L A;  4WLY A;  4EXM A;  1BB7 A;  241L A;  3WU8 A;  1GB6 A;  2ZYP A;  2OU0 X;  1C6M A;  4TSB A;  3MGW A;  1L69 A;  1LZT A;  1B2K A;  2D4K A;  1TLA A;  2ZNW Y;  4WMG A;  1XGU C;  4ZIX A;  1IOQ A;  1GE0 A;  1C69 A;  2I25 L;  1QSW A;  5LAG A;  1BB5 A;  2F4G A;  1L50 A;  1L59 A;  5KXR A;  225L A;  3GUO A;  3CT1 A;  1J1P Y;  1GBX A;  1XGQ C;  4LZT A;  4LDO A;  3WW6 A;  223L A;  1C64 A;  1B9O A;  3CSQ A;  4J0L A;  4IJ4 A;  3L64 A;  2B70 A;  3SB9 A;  212L A;  1VED A;  4H8Y A;  2BQL A;  2OE7 X;  102L A;  1G1V A;  1GAZ A;  1HSW A;  5B07 A;  2X0A A;  1QIO A;  3A90 A;  3D3D A;  1JUG A;  4J1B A;  1SWZ A;  4N1C C;  1IVM A;  2H9J A;  1C45 A;  198L A;  4DWX A;  1C63 A;  170L A;  1C6T A;  4XJB A;  4ARM B;  4Z46 A;  1L68 A;  3OE6 A;  3CT0 A;  1LZ1 A;  4XJD A;  182L A;  4LYB A;  127L A;  1GHL A;  3SB8 A;  5LYT A;  125L A;  193L A;  3LN2 A;  168L A;  4XN6 A;  4RLM A;  3ATO A;  5DN5 A;  205L A;  2Z19 A;  5IDD A; 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