1C6LA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a/f153a in the presence of 8 atm argon
Total Genus 58
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTARTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TIV1 (27-30)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6lA00
2OE7X 1C64A 1G06A 1QTDA 115LA 1OV5A 4PK0A 178LA 3HDFA 4W55A 1TLAA 119LA 4DAJA 1L62A 1PQJA 157LA 1ZURA 184LA 3K2RA 4AQNA 225LA 189LA 1PQKA 167LA 4ZPUA 173LA 1L71A 1WTHA 4I7JA 158LA 186LA 1L82A 1L68A 1L0KA 3CDQA 3VW7A 2B6XA 1CX7A 1CV5A 1L90A 1PQDA 2OTZX 1L93A 4DKLA 1L66A 1L57A 221LA 232LA 107LA 129LA 1L86A 1OWZA 2B6ZA 123LA 120LA 1NHBA 3DKEX 1L40A 1PQOA 1T97A 3HUQA 1C6MA 1XEPA 1C6FA 1P5CA 1P64A 4W53A 1QSQA 229LA 1CU3A 1G0PA 2B6YA 3HTFA 223LA 1LGUA 1QTHA 1L28A 1G0MA 3GUNA 1L21A 4ARPA 1D2YA 1L11A 1XJUA 4LDLA 1QT8A 2RBOA 4LDOA 188LA 1L05A 1L77A 1P36A 4I7LA 1L09A 3NY9A 3DN3A 3DMXA 185LA 1D2WA 255LA 4I7NA 1G0GA 1L42A 1L27A 4GBRB 212LA 1L79A 1L06A 1LGXA 3HUKA 1C6CA 2OTYX 1L41A 4S0WA 112LA 180LA 1QS5A 258LA 152LA 109LA 1LYGA 1L94A 2O79A 1L80A 3SB8A 1QT4A 1L96A 3OE6A 2RBRA 108LA 1SSYA 3GUMA 3HDEA 262LA 1L51A 1L30A 228LA 3QAKA 190LA 4I7SA 237LA 2F2QA 1P37A 1L10A 261LA 2ANVA 260LA 218LA 1L19A 170LA 1L76A 3DNAA 1QUDA 2RB2X 1DYAA 2RBNA 3C83A 3C7ZA 235LA 259LA 3GUKA 4EPFA 1L13A 3OE0A 198LA 175LA 3SB7A 2Q9EA 2RB1X 1LYHA 4YXAC 1L56A 1L72A 177LA 4IAPA 1SWZA 1C62A 240LA 1G07A 1L45A 2B70A 3F9LA 3G3WA 2RAYX 3HH6A 169LA 2B72A 149LA 1L12A 2QARC 2LCBA 3HT9A 246LA 2OU8A 1CUPA 168LA 1OYUA 1CX6A 1CU6A 3GUPA 3HTBA 3PDSA 1L95A 227LA 1C6JA 1C6EA 110LA 3GULA 1D3FA 1LYFA 1SWYA 2F32A 3HT6A 2OE9X 151LA 118LA 1C66A 140LA 1C6DA 1DYGA 1L25A 213LA 3G3VA 1C67A 4ARLA 4EKQA 1G1WA 4EKSA 3ODUA 3FADA 1L17A 4YXCA 3FI5A 1SSWA 1C6QA 1C6IA 148LE 3SB5A 162LA 3C81A 1LI3A 2RBPA 2OEAX 3CDVA 3L64A 1LLHA 183LA 166LA 1JTMA 1LYIA 2B74A 1LGWA 1L83A 3HU8A 3SB6A 1L47A 224LA 4OO9A 142LA 245LA 226LA 3GUJA 1CV0A 150LA 1C63A 1KW7A 1B6IA 1QT6A 4DJHA 4I7PA 3DN6A 1D3JA 187LA 1OVJA 3HH4A 3HWLA 160LA 176LA 1T8GA 1L08A 3SBBC 1CVKA 1QTBA 1EPYA 4EKPA 1CU0A 1QUGA 241LA 1DYDA 199LA 1OV7A 1L43A 1CV4A 1QT3A 1DYBA 1L14A 1QTCA 2RH1A 3RZEA 1XJTA 128LA 1L73A 2B6WA 1C6BA 1L60A 250LA 4I7KA 1L50A 155LA 3C8RA 3GUOA 2QB0B 216LA 1L35A 1L07A 192LA 1C6HA 3DMZA 1OVKA 233LA 4W57A 1CTWA 1PQIA 1T8FA 1QSBA 2OU9A 4W54A 4LZMA 3DN2A 114LA 249LA 254LA 1L18A 2Q9DA 3V2YA 4W56A 2HUMA 3C82A 1L74A 219LA 239LA 215LA 1LI6A 3DN1A 4LDEA 2OE4X 253LA 1L23A 4EPIA 1CU5A 1G0JA 4EJ4A 3C8SA 1L59A 1L92A 1C6AA 1L39A 1LWKA 247LA 257LA 2L78A 147LA 1L99A 1P2RA 1L55A 3DN0A 1L63A 130LA 196LA 1QUHA 2Z6BA 3RUNA 1KY1A 4W51A 3NY8A 1L81A 1D3NA 211LA 1C6GA 3HU9A 2B73A 3DN4A 1K28A 3LZMA 3SBAA 3DN8A 230LA 172LA 1LPYA 1L65A 1L75A 1L22A 1C6NA 2B75A 1L04A 1L54A 161LA 1C6PA 156LA 1CV1A 1C6LA 1L67A 4I7OA 1G0LA 145LA 4ARJA 4ARMB 3CDTA 3OE8A 102LA 1L48A 1L64A 131LA 244LA 1LWGA 1L01A 1L36A 1P3NA 113LA 3NYAA 1P7SA 4I7QA 1L98A 1P6YA 137LA 3HTGA 1G1VA 1L46A 3SB9A 4W58A 3C7WA 191LA 1C65A 1DYCA 195LA 3D4SA 2A4TA 1L69A 1L29A 1QT5A 206LA 1LYJA 4ARQA 1T8AA 3G3XA 210LA 1QTVA 1CU2A 1L87A 103LA 1P2LA 1D3MA 1JTNA 1L0JA 1DYFA 234LA 1P56A 2B6TA 6LZMA 3L2XA 163LA 1LYEA 1LW9A 4I7RA 4K5YA 164LA 201LA 122LA 3FA0A 1QT7A 1T6HA 3C7YA 3V2WA 1OVHA 2OU0X 4W52A 4ARMA 1L38A 3HT7A 182LA 1L89A 1P46A 1L16A 1G0QA 1CV3A 1L85A 1L52A 1L70A 1L24A 2RB0X 3HH3A 143LA 3PBLA 1CV6A 1L53A 1QUOA 217LA 3SN6R 256LA 1L97A 2B7XA 220LA 126LA 4GRVA 1PQMA 2HUKA 1L03A 1ZYTA 222LA 1L33A 4W59A 1L58A 5LZMA 1QTZA 1C60A 4PJZA 4E97A 171LA 1L44A 3UONA 1L84A 2IGCA 1JQUA 1CUQA 1ZWNA 3HTDA 174LA 3HUAA 1L15A 243LA 200LA 2LC9A 165LA 3HT8A 1L37A 242LA 3DMVA 125LA 139LA 1KW5A 3C80A 3EMLA 1L26A 209LA 7LZMA 1SX2A 1L49A 1C6KA 2RBQA 3GUIA 2NTGA 1I6SA 4ARQB 1L02A 2O7AA 4I7TA 236LA 3F8VA 1OWYA 111LA 104LA 2LZMA 1C69A 1L88A 1SX7A 2O4WA 3HH5A 1L91A 127LA 1C68A 2RAZX 1G0KA 2ANXA 1C61A 1DYEA 1L32A 4EXMA 1L31A 3JR6A 3C8QA 205LA 2RBSA 2F47A 197LA 1KY0A 146LA 2CUUA 141LA 1LI2A 251LA 2HULA 4YX7C 159LA 214LA 1L00A 181LA 4EKRA 1LYDA 138LA 1D9WA 1KS3A 1L61A 3CDOA 3CDRA 4I7MA 2NTHA 1L34A 248LA 1KNIA 252LA 3OE9A 144LA 5I14A 238LA 1C6TA 231LA 1L20A 1QS9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SQ2L 4HSFA 1QTDA 3A6BY 178LA 1LJFA 3HDFA 5KKJA 2FYDA 1PQJA 1ZURA 5II3A 3AB6A 1UICA 5HNLA 1IIZA 4ZPUA 1NDGC 3CT0A 4GLVA 1OUIA 4N9RA 2B6XA 1G7HC 4DQ7A 1JKDA 1PQDA 1JUGA 1HEPA 4YOPA 1L57A 154LA 3M3UA 1L86A 2B6ZA 123LA 4ETCA 4L41A 5KXPA 1T97A 4ET9A 1P64A 1QSQA 229LA 1CU3A 1ZVYB 2I26L 1GWDA 1LGUA 5LVHA 1WTNA 4G4BA 1MELL 1XJUA 3GXKA 2RBOA 5LXWA 1IEEA 3CT1A 4RLMA 1UIBA 1D2WA 3WW5A 1B5UA 1L27A 1UC0A 1L06A 3HUKA 1B7RA 1BWIA 1RI8B 1GBXA 1L41A 1HENA 1IOTA 2F4GA 1LZRA 152LA 1IP5A 1L94A 1QT4A 3OE6A 194LA 1LYOA 1IOSA 262LA 1L30A 3QAKA 3TXIA 2F2QA 1L10A 218LA 1KIPC 5LAGA 1IX0A 3C83A 1GB8A 259LA 198LA 3SB7A 1IR9A 1BB6A 2Q9EA 5A3ZA 1LYHA 4Z41A 4IAPA 240LA 1ZVHL 2RAYX 2B72A 2C8OA 2LCBA 246LA 1VATA 1CUPA 2A7FA 1QTKA 3M18B 3CSZA 4OWCA 1D3FA 2F32A 1B5XA 3OJPA 2XJWA 1C66A 4XADA 5HMVA 1GF5A 1CKFA 3G3VA 1NDMC 4EKQA 4YEOA 3FADA 4YXCA 3AJNA 3SB5A 3C81A 2HECA 5FDJA 4HV2A 1GFAA 1LMQA 1JJ0A 1YL0X 2D6BA 1LYIA 1LJGA 1LZ9A 1NF5A 1OUGA 4HTNA 3AYQA 1LGWA 2W1LA 4OWHA 3LYOA 3WU7A 1LMCA 1UACY 1XGPC 226LA 4H94A 3GUJA 2W1MA 1DKKA 2ZQ3A 4I7PA 3DN6A 3HH4A 176LA 1JKBA 1RFPA 4N1CC 2DQCY 1GEZA 2YVBA 5KXKA 1LJ3A 1WQMA 4YF2A 4KT3A 1QTBA 1EPYA 3N9EA 1LZ6A 4EKPA 1QUGA 1LSDA 241LA 5B06A 199LA 1HSXA 4H93A 5FSTA 1CV4A 3BKHA 2RH1A 4B1AA 1LZ5A 1J1XY 1XJTA 4NGJA 1L73A 2B6WA 1C6BA 250LA 5T3FA 1BVXA 4NHTA 3GUOA 2H9JA 1QQYA 1L35A 3BKVA 1OVKA 4NIJA 3B0KA 4W57A 1FKVA 114LA 5DN5A 4N8ZA 5F9XA 3RU5A 3V2YA 2HUMA 1OUCA 1L74A 219LA 2W1XA 4UWVA 4WG1A 1CU5A 1G0JA 1LZ4A 3C8SA 4TWSA 5C6JA 1L59A 1L92A 4NSHA 1OUBA 3ATNA 4DDBA 3AGIA 1B7NA 4OWBA 2L78A 3RT5X 1OUHA 4NHIA 1YIKA 1QUHA 3N9CA 4TTDA 5DLAA 2D91A 2B73A 1KIQC 3DN4A 5APEA 4B4IA 2B75A 2DQJY 1C6LA 1G0LA 2BQKA 145LA 5LVIA 4ARMB 1DPXA 1L48A 1LJNA 1YAOA 1LWGA 1L36A 4HP0A 137LA 4PPOA 5LIOA 2XBSA 1DPWA 1DYCA 1VAUA 195LA 2DQDY 3LYMA 1GFVA 1L29A 2N5ZA 1XFPL 1QTVA 1L87A 1D3MA 1JTNA 1L0JA 1HFYA 1P56A 163LA 1LW9A 1GF9A 4NGVA 2MEFA 1ALCA 3C7YA 1YILA 1HMKA 1GFKA 2XBRA 1LYSA 1P46A 1OUDA 1LZEA 4WLYA 1CV3A 1UIEA 1YANA 4HJVA 2RB0X 4XJFA 1CV6A 1T3PA 3ZVQB 1QUOA 1DZBX 5L3HA 5LA5A 2B7XA 4NG1A 1PQMA 3EXDA 1ZYTA 2BQBA 5LYZA 1OP9B 4YM8A 1L33A 1LSZA 1LSMA 1C60A 1GFUA 2CGIA 3TMUA 5I54A 1GB2A 1GXV2 4KXIA 1JQUA 1ZWNA 4DWXA 3HUAA 200LA 2LC9A 1L37A 242LA 1QIOA 125LA 4PJ2C 3AGHA 3C80A 2YBMA 1UUZC 2BQNA 1UCOA 3AGGG 3CT5A 4RDSA 1LHLA 4ARQB 4HV1A 4H8XA 2HEAA 4I7TA 1JHLA 3F8VA 2LZMA 1C69A 1YKXX 1L88A 1SX7A 4H8ZA 2RAZX 1C46A 1CKGA 1LOZA 1EL1A 2RBSA 3N9AA 4DD9A 4XN6A 2CUUA 3TXFA 1LYDA 138LA 4HTKA 1WQRA 3A3RX 1JIYA 4TUNA 5KXMA 1L34A 1BWHA 144LA 1C6TA 5KY1A 4LYMA 1OV5A 2DQGY 4LYCA 8LYZA 1L62A 4DD2A 4DC4A 2WARA 1PQKA 1GB7A 2ZNXY 1WTHA 1L82A 2D4IA 1L0KA 1BQLY 1UIFA 2BLYA 1CX7A 2BQEA 4UWUA 4NGIA 4PHIA 4W96A 2H9KA 2OTZX 3FE0A 4DKLA 2HEEA 2LYOA 4DYGA 1IWXA 1OWZA 4W94A 1LHIA 2FYCA 1NBZC 120LA 1RE2A 4DQ5A 3W6BA 3W6FA 3TMWA 3FI7A 3HUQA 1XEPA 1P5CA 4W53A 5FEKA 1G0PA 5I5QA 5KXYA 5B1FA 1L28A 1G0MA 153LA 1GFGA 1F10A 4ARPA 3TXDA 1L11A 4LDOA 1GE0A 5KXWA 1LZCA 1L05A 1L77A 3DN3A 3DMXA 1MLCE 2G4PA 2Z39A 5DM9A 1G0GA 1L42A 1AT5A 4GBRB 3B0OA 1HEMA 1DI5A 1ZV5L 1C6CA 2OTYX 4OWAA 1XGRC 180LA 4G4HA 1VFBC 258LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1SQ2 L;  4HSF A;  1QTD A;  3A6B Y;  178L A;  1LJF A;  3HDF A;  5KKJ A;  2FYD A;  1PQJ A;  1ZUR A;  5II3 A;  3AB6 A;  1UIC A;  5HNL A;  1IIZ A;  4ZPU A;  1NDG C;  3CT0 A;  4GLV A;  1OUI A;  4N9R A;  2B6X A;  1G7H C;  4DQ7 A;  1JKD A;  1PQD A;  1JUG A;  1HEP A;  4YOP A;  1L57 A;  154L A;  3M3U A;  1L86 A;  2B6Z A;  123L A;  4ETC A;  4L41 A;  5KXP A;  1T97 A;  4ET9 A;  1P64 A;  1QSQ A;  229L A;  1CU3 A;  1ZVY B;  2I26 L;  1GWD A;  1LGU A;  5LVH A;  1WTN A;  4G4B A;  1MEL L;  1XJU A;  3GXK A;  2RBO A;  5LXW A;  1IEE A;  3CT1 A;  4RLM A;  1UIB A;  1D2W A;  3WW5 A;  1B5U A;  1L27 A;  1UC0 A;  1L06 A;  3HUK A;  1B7R A;  1BWI A;  1RI8 B;  1GBX A;  1L41 A;  1HEN A;  1IOT A;  2F4G A;  1LZR A;  152L A;  1IP5 A;  1L94 A;  1QT4 A;  3OE6 A;  194L A;  1LYO A;  1IOS A;  262L A;  1L30 A;  3QAK A;  3TXI A;  2F2Q A;  1L10 A;  218L A;  1KIP C;  5LAG A;  1IX0 A;  3C83 A;  1GB8 A;  259L A;  198L A;  3SB7 A;  1IR9 A;  1BB6 A;  2Q9E A;  5A3Z A;  1LYH A;  4Z41 A;  4IAP A;  240L A;  1ZVH L;  2RAY X;  2B72 A;  2C8O A; 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