1C6LA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a/f153a in the presence of 8 atm argon
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTARTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6lA00
1OWYA 120LA 130LA 1CVKA 1L06A 1L81A 1L62A 4ARMB 1ZYTA 1ZWNA 1OV7A 4W58A 1C6KA 1L70A 1L0KA 4K5YA 3HU9A 3GULA 1CU6A 2LC9A 2O4WA 2RB0X 1D2WA 4E97A 1CU5A 1L75A 3D4SA 2LZMA 4OO9A 1P7SA 1L02A 2A4TA 176LA 196LA 195LA 1QTZA 1C61A 1C62A 1L66A 159LA 3GUJA 1OWZA 3PDSA 2CUUA 1DYDA 3GUKA 119LA 3FADA 1L03A 1L55A 1QUDA 1L29A 1CTWA 1L42A 1SX2A 1L40A 3C82A 3DNAA 152LA 5LZMA 1C67A 1L60A 232LA 3DMXA 1L51A 1OVJA 252LA 1T6HA 4I7PA 2F2QA 3C8SA 4DJHA 2B6ZA 4DKLA 157LA 1L13A 4ARJA 3HH4A 3OE8A 3HT9A 4ARMA 1L14A 4I7QA 2B70A 1L48A 3CDTA 4W53A 1DYFA 2B6XA 3HTGA 262LA 1G07A 3OE9A 2RBQA 1L88A 1LYFA 2RBOA 222LA 1G1VA 1L18A 4ARQB 1G0JA 229LA 223LA 1P3NA 1L72A 1KW7A 2OEAX 2OU0X 1KY0A 1C6FA 226LA 4W57A 1OVKA 1L47A 4W52A 1LI2A 1L24A 129LA 213LA 1OVHA 220LA 3C7YA 1LWKA 3CDOA 1CV0A 1L25A 1C6BA 4I7JA 1L19A 144LA 1D3MA 168LA 3HTBA 2LCBA 1T97A 1L96A 224LA 1CU0A 2NTGA 1L79A 1L32A 1QT4A 3DMVA 1PQKA 109LA 1L93A 3CDQA 1LYGA 3G3WA 2ANXA 1L17A 1G06A 104LA 3GUNA 1L12A 1L53A 1CU2A 1L68A 162LA 1C6DA 2B74A 3NYAA 2F47A 1WTHA 1L61A 1CX6A 1L08A 1P2LA 1JTMA 3JR6A 235LA 2OU9A 150LA 177LA 1PQIA 1SSWA 3C8QA 123LA 1L80A 3DN2A 1L84A 1LGXA 1L36A 4IAPA 2OE7X 1L11A 1L44A 4W56A 1SSYA 1L77A 1C63A 253LA 1L10A 1L30A 3GUIA 1L07A 1L98A 183LA 246LA 1C6JA 2NTHA 4GRVA 4EXMA 3RZEA 3SN6R 3HUAA 1L57A 2Q9EA 125LA 178LA 1PQDA 1CV4A 3HU8A 3DN8A 171LA 1CU3A 1QTCA 4I7OA 1C65A 4YXAC 1C6PA 1L26A 111LA 3UONA 1L92A 1LI6A 4LDOA 1T8AA 1LLHA 5I14A 139LA 1QS9A 169LA 1LYIA 1P37A 3SBAA 201LA 149LA 1EPYA 2OE9X 2OTYX 1C6AA 3DKEX 4AQNA 3NY8A 1LYHA 209LA 245LA 1L90A 3C7WA 1L64A 255LA 1D9WA 3HTDA 2RB1X 1C6EA 1L95A 260LA 1C6IA 1L69A 2RB2X 1QT8A 182LA 3EMLA 1L01A 1L09A 142LA 216LA 259LA 212LA 3NY9A 127LA 1QTBA 3PBLA 3HH3A 158LA 184LA 1L04A 238LA 3CDVA 1C6GA 3HWLA 4EJ4A 2QB0B 2B72A 155LA 4GBRB 3F9LA 4I7SA 250LA 1QSQA 3SB5A 221LA 1LPYA 210LA 1G0GA 1L41A 188LA 1JQUA 241LA 145LA 3DN3A 3G3VA 1D3JA 2HULA 1G0PA 140LA 3C8RA 2RBSA 174LA 128LA 1C6TA 3DMZA 3V2YA 1C66A 161LA 1L46A 1LYDA 1QT6A 1L0JA 3C83A 1QUGA 214LA 175LA 1P2RA 3HT6A 185LA 1L31A 2RBPA 1L52A 1LI3A 138LA 1QUOA 3VW7A 1PQOA 1DYBA 205LA 1KY1A 1L45A 1JTNA 1L22A 190LA 1QT7A 211LA 1CV5A 2RBRA 2RH1A 3DN0A 173LA 244LA 242LA 2L78A 3HUKA 1P36A 1C6MA 3F8VA 1C69A 1L21A 256LA 1P46A 1SWZA 102LA 1QT3A 1SWYA 1G1WA 1L35A 148LE 141LA 1DYEA 2ANVA 200LA 7LZMA 1D2YA 3HTFA 4ZPUA 3SB6A 1CV3A 1DYCA 4EKPA 228LA 2Z6BA 197LA 1LGUA 1TLAA 2F32A 163LA 1L20A 1L63A 1L43A 112LA 2B6TA 2RBNA 1L33A 118LA 1D3NA 191LA 1CX7A 1DYGA 1XEPA 1L00A 1C6QA 110LA 1L50A 2B75A 4EPFA 1D3FA 1L76A 1KW5A 2IGCA 1C6HA 186LA 218LA 156LA 1C68A 2HUMA 1PQMA 1LW9A 4EKRA 1QT5A 170LA 2HUKA 4EKQA 131LA 1L34A 3OE6A 115LA 1OYUA 1CUPA 1C6CA 1L99A 3L2XA 1G0QA 3SB9A 1LYEA 4ARPA 236LA 2OE4X 192LA 180LA 1L86A 1L28A 3HUQA 4W51A 4I7NA 1KS3A 1XJUA 257LA 3C81A 206LA 1NHBA 3SB8A 219LA 3FI5A 1C6NA 243LA 3SBBC 1L89A 240LA 1P6YA 1C64A 1L94A 1L83A 1OV5A 1QTDA 1ZURA 3GUMA 4I7KA 1I6SA 1QTVA 217LA 1CV1A 189LA 1C6LA 3C80A 4YXCA 1L97A 1T8FA 230LA 1L85A 3HT8A 1L49A 113LA 6LZMA 2B73A 1L71A 4YX7C 1G0KA 4LDLA 198LA 1L82A 254LA 231LA 2B6WA 258LA 239LA 4LZMA 1L91A 1P56A 4W54A 166LA 4I7LA 3SB7A 122LA 3DN6A 1L74A 1QSBA 1K28A 4ARLA 4DAJA 1L39A 247LA 1KNIA 225LA 249LA 1L73A 4PJZA 164LA 261LA 181LA 1XJTA 143LA 4LDEA 165LA 1C60A 199LA 1L15A 1P64A 227LA 1L38A 1QUHA 108LA 3K2RA 3HT7A 4W55A 1QTHA 3RUNA 2O79A 233LA 4I7MA 3DN1A 1L87A 4PK0A 251LA 2Q9DA 4I7TA 114LA 1L56A 147LA 1L59A 1G0MA 3C7ZA 1L65A 1L05A 237LA 107LA 3QAKA 2O7AA 3FA0A 1T8GA 2QARC 146LA 1L23A 3HH6A 4EKSA 2RAYX 1LGWA 248LA 3DN4A 3G3XA 3GUOA 4S0WA 234LA 4EPIA 2OU8A 2RAZX 3GUPA 1L67A 137LA 1DYAA 151LA 2B7XA 1L54A 4I7RA 126LA 1PQJA 1B6IA 2B6YA 1L58A 3L64A 172LA 103LA 1CUQA 2OTZX 3V2WA 187LA 1L37A 1P5CA 1LYJA 1CV6A 1SX7A 4W59A 1L16A 160LA 3HDEA 1L27A 215LA 3HH5A 3LZMA 3OE0A 1QS5A 1LWGA 3ODUA 4ARQA 3HDFA 167LA 1G0LA 3CDRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LA5A 1DQJC 1OWYA 120LA 1L06A 1NWGA 2HU1A 2XBRA 3A92A 3QNGA 3CSZA 1ZYTA 5C6IA 5KXRA 1OV7A 1JHLA 1GF9A 4WLXA 4ETCA 4K5YA 1LCNA 1LZBA 3GULA 1W6ZA 2ZNWY 2LC9A 1HEPA 4HV2A 1P7SA 5II3A 176LA 1HEOA 2DBTA 195LA 1JITA 1QTZA 4H94A 1LHIA 2BQAA 2DQHY 4W96A 4OOTA 3WVXA 3A67Y 4ETEA 1OWZA 1LHMA 2CUUA 3FADA 1IY3A 4OWAA 1WVUA 5F9XA 1L29A 4GCEA 1LMPA 4M6DA 1IP2A 5LZMA 3DMXA 1OQMA 3LN2A 1LHHA 1GB8A 1C08C 4WM3A 4DJHA 1L13A 4ARJA 3HH4A 3OE8A 4DD3A 4H93A 5FCPA 1G7JC 2B70A 1HSWA 4NSHA 2LYZA 3B0IA 3WW5A 5KXWA 2BQDA 1L18A 4XENA 1HFYA 1HENA 223LA 1UA6Y 1KW7A 1KY0A 3LHMA 1UCOA 4NGOA 1H87A 1L24A 129LA 4HJZA 3LZ2A 1HHLA 1LWKA 1LYSA 1NDMC 4DD0A 1GB5A 1CV0A 4NGWA 1JTPL 1W08A 2A7DA 4LFPA 4AGAA 1L96A 1CU0A 1QT4A 109LA 1LYGA 4G4HA 2ANXA 1L17A 104LA 1DI3A 1Z55A 3GUNA 5A3EA 162LA 1QSAA 1WTHA 2BAAA 1JTMA 3JR6A 4H8ZA 3TXFA 150LA 177LA 1LJFA 4J1BA 3TXHA 4N0JA 2YVBA 1EL1A 1GXV2 3HBHA 1GBWA 4YOPA 2ZIKA 3WUAA 1HEWA 1L44A 3LYTA 2H5ZA 3RNXA 5KXKA 253LA 1JISA 4LT2A 1L98A 4XJFA 1C6JA 1VDTA 2LYMA 3WULA 3HUAA 3CSRA 2Q9EA 1PQDA 5M1YA 1JWRA 1QTCA 1B5YA 1L26A 2H9KA 4H92A 1ZMYL 1L92A 1BB6A 5DM9A 5I14A 139LA 169LA 4L41A 4AQNA 1UIGA 1LTMA 1XGUC 1D9WA 1JKAA 3P66A 1GBOA 2RB1X 1C6EA 3WMKA 3A3RX 2BQHA 1VEDA 4BS7A 2VB1A 2BQGA 3HH3A 158LA 1JKBA 2DQIY 3HWLA 238LA 3CDVA 3P68A 2MEGA 1YKXX 1T3PA 4H9IA 3F9LA 4I7SA 1KXXA 3SB5A 5IHGA 1OUIA 1UACY 3DN3A 1L41A 188LA 1WQQA 3A6BY 4GCCA 3VWOA 2RBSA 4B4IA 1JKCA 1J1PY 1C66A 1LYDA 1LZ9A 3C83A 3N9AA 1OUDA 3EMSA 1P2RA 1LSYA 1IWTA 5B1GA 3TMUA 4YF2A 5D5CA 138LA 1QUOA 1LZTA 1PQOA 205LA 1L45A 5KXLA 2W1XA 211LA 2EQLA 8LYZA 3DN0A 5C6LA 3HUKA 1P36A 1RI8B 1B7PA 3AGGG 1HERA 1C43A 1IWZA 200LA 2MEBA 1BGIA 1GXXA 1KIRC 1CV3A 1LSGA 4NGLA 4CFPA 4N9RA 2MEFA 1B5XA 4GN4A 1LMCA 5LYMA 1L20A 1DPXA 3A90A 1LMTA 1GWDA 1OUEA 2B6TA 4PGJB 1B9OA 1FLWA 191LA 1CX7A 1YKZX 1DYGA 1GEVA 1GFUA 3OJPA 1OUCA 3TXJA 1IOQA 3B0KA 156LA 1SLYA 1LMNA 1B5VA 4UWUA 1B5ZA 4NGKA 1L99A 1F6SA 1G0QA 4XJBA 3SB9A 4ARPA 192LA 1L28A 1LZ1A 2Z19A 1LSBA 1GFKA 3HUQA 4ZFPA 1GFAA 2ZYCA 4W51A 1BB4A 2DQFC 206LA 5C6JA 4A7DA 3SB8A 1IC4Y 1TCYA 1L94A 1CV1A 3C80A 5KXXA 4YXCA 1L49A 113LA 4I0CA 1QTKA 2B73A 4YX7C 4LDLA 3AB6A 2B6WA 239LA 4LZMA 4CHXA 4IATA 2AUBA 4R0FA 3DN6A 1L74A 4NSJA 2ZIJA 5KKJA 1BHZA 2Z37A 1CKFA 1BWIA 4OW1A 165LA 108LA 2FBBA 3E3DA 193LA 1IOCA 5HMVA 2Q9DA 4DWXA 4DDCA 5B05A 4I7TA 1NKHA 1GB2A 1L59A 4MCKA 5KXNA 154LA 2MECA 1IORA 1L05A 107LA 1IP6A 1JSEA 3FA0A 3J4GA 3J6KA 1L23A 2RAYX 6LYTA 2CWIA 3A94A 3G3XA 5J7CA 3LZTA 1NBZC 1O23A 2HEEA 4TWSA 4H9AA 5ILFA 2BQKA 1UICA 151LA 5KKIA 126LA 4HPIA 1B6IA 2F30A 172LA 1EQ4A 1QUTA 3FE0A 3WYHA 1CUQA 3V2WA 2Y8PA 160LA 1HMLA 4FDYA 2YBHA 3D9AC 3LZMA 3OE0A 4ET9A 3HDFA 1L81A 1L62A 4I8SA 2X0AA 1C6KA 1L0KA 4XJGA 4CJ2A 3HU9A 4OOOA 5LVKA 1UIAA 2RB0X 2O4WA 1HEMA 1FDLY 4DT3A 4OO9A 1L02A 1KIPC 1NDGC 4ZIXA 5KY1A 1TBYA 1C62A 4OWHA 1NMMA 4M4OA 4RLMA 1QDTA 1JEFA 1LYZA 4J1AA 4XJDA 1IWYA 4G49A 3DNAA 4NY5A 1L51A 1IY4A 252LA 4I7PA 3N9CA 4LFXA 4DKLA 1GHLA 3G3AB 4WMGA 4B4EA 1OUAA 1IP3A 1I1ZA 4I7QA 1L48A 3CDTA 4W53A 3HTGA 207LA 2RBQA 3TXIA 4TSBA 2RBOA 3G3BB 1EQEA 1INUA 2Z12A 2LZTA 4NHPA 2YBJA 4E3UA 1LJEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5LA5 A;  1DQJ C;  1OWY A;  120L A;  1L06 A;  1NWG A;  2HU1 A;  2XBR A;  3A92 A;  3QNG A;  3CSZ A;  1ZYT A;  5C6I A;  5KXR A;  1OV7 A;  1JHL A;  1GF9 A;  4WLX A;  4ETC A;  4K5Y A;  1LCN A;  1LZB A;  3GUL A;  1W6Z A;  2ZNW Y;  2LC9 A;  1HEP A;  4HV2 A;  1P7S A;  5II3 A;  176L A;  1HEO A;  2DBT A;  195L A;  1JIT A;  1QTZ A;  4H94 A;  1LHI A;  2BQA A;  2DQH Y;  4W96 A;  4OOT A;  3WVX A;  3A67 Y;  4ETE A;  1OWZ A;  1LHM A;  2CUU A;  3FAD A;  1IY3 A;  4OWA A;  1WVU A;  5F9X A;  1L29 A;  4GCE A;  1LMP A;  4M6D A;  1IP2 A;  5LZM A;  3DMX A;  1OQM A;  3LN2 A;  1LHH A;  1GB8 A;  1C08 C;  4WM3 A;  4DJH A;  1L13 A;  4ARJ A;  3HH4 A;  3OE8 A;  4DD3 A;  4H93 A;  5FCP A;  1G7J C;  2B70 A;  1HSW A;  4NSH A;  2LYZ A;  3B0I A;  3WW5 A;  5KXW A;  2BQD A;  1L18 A;  4XEN A;  1HFY A;  1HEN A;  223L A;  1UA6 Y;  1KW7 A;  1KY0 A;  3LHM A;  1UCO A;  4NGO A;  1H87 A;  1L24 A;  129L A;  4HJZ A;  3LZ2 A;  1HHL A;  1LWK A;  1LYS A;  1NDM C;  4DD0 A;  1GB5 A;  1CV0 A;  4NGW A;  1JTP L;  1W08 A;  2A7D A;  4LFP A;  4AGA A; 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