1C6MA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a/f153a in the presence of 8 atm krypton
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTARTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6mA00
1CV1A 1C6QA 1C64A 1L46A 1L79A 152LA 1P6YA 1C67A 118LA 1C69A 1L96A 4YX7C 250LA 1LYDA 3F9LA 1C68A 1QT3A 1L73A 185LA 1L57A 246LA 1CV5A 1L26A 4EJ4A 169LA 1QUHA 4DJHA 131LA 3SB9A 1JTNA 234LA 4ARMB 1L81A 4EKRA 1C6TA 1L76A 1DYDA 2OU0X 3CDOA 236LA 4W52A 229LA 1C6PA 195LA 1LYHA 2B6XA 1C6GA 2OE7X 4W58A 249LA 4IAPA 1QT5A 1CV4A 3GULA 243LA 141LA 138LA 173LA 1L88A 1QUGA 1G0JA 1QSBA 126LA 1OVHA 3NY9A 1D3MA 3C7ZA 3GUOA 2OTZX 4I7OA 3C8SA 1L65A 2F47A 2QB0B 4I7QA 1L14A 1L99A 1SX2A 4I7KA 6LZMA 127LA 228LA 214LA 1L44A 1OWYA 1G1WA 1L20A 1PQIA 227LA 3HU8A 3PDSA 1L39A 151LA 1LW9A 248LA 1C6DA 3FA0A 1L85A 1L62A 1DYFA 172LA 166LA 148LE 3C8QA 1LYFA 4GRVA 3C81A 3DMZA 1L17A 4W56A 3F8VA 240LA 3HTGA 1L74A 1C6KA 1L93A 3K2RA 4OO9A 3VW7A 3HTBA 1L25A 1KW5A 1LGWA 165LA 1QTHA 1L33A 4LDEA 1L09A 3OE9A 2O4WA 1CU0A 3C8RA 1L24A 115LA 107LA 1LWGA 242LA 1G0GA 2B72A 1PQMA 3PBLA 4DKLA 1L82A 1L98A 164LA 1L0KA 3FI5A 3HT7A 4ARQB 2B70A 1L50A 4LDLA 1ZWNA 3HUKA 196LA 180LA 241LA 226LA 1G1VA 1B6IA 1CU6A 1OYUA 4I7MA 108LA 206LA 1L08A 3RUNA 3G3WA 1PQKA 3SB8A 171LA 122LA 1L02A 160LA 1L97A 1CV0A 223LA 1L37A 3OE8A 3OE0A 2CUUA 199LA 3SBAA 1L48A 1QT8A 188LA 1ZYTA 4E97A 205LA 120LA 129LA 1I6SA 1QUOA 209LA 4YXAC 1L69A 212LA 155LA 1SWYA 219LA 221LA 1L80A 178LA 2O7AA 192LA 3ODUA 159LA 1DYBA 4LZMA 4K5YA 1NHBA 2O79A 1WTHA 239LA 177LA 1T6HA 3GUPA 1C6HA 1L23A 259LA 1L38A 3CDVA 157LA 3SN6R 1L45A 4I7LA 1JQUA 254LA 1L29A 3DKEX 2NTHA 3GUIA 140LA 1C6EA 119LA 1C61A 186LA 1KW7A 1DYAA 2B7XA 3G3VA 1L32A 1L12A 252LA 1L66A 1L21A 1D9WA 1L84A 110LA 1C6AA 1QT4A 3SBBC 1L56A 1L71A 3HDFA 1L60A 198LA 217LA 2B73A 2NTGA 1CX7A 1OVKA 1SX7A 230LA 1CTWA 1OV5A 1L36A 2B74A 235LA 2B6TA 3L2XA 175LA 1G07A 233LA 2OEAX 161LA 2Q9DA 1P2RA 1QUDA 216LA 1P5CA 167LA 1L19A 1CU3A 1P37A 2RBNA 3CDQA 2HUMA 244LA 232LA 1L01A 1L95A 1T97A 145LA 3HT9A 1L10A 1L77A 218LA 4AQNA 3NYAA 2RBQA 1L43A 174LA 1L90A 1L0JA 1D3NA 187LA 3GUKA 4PJZA 2RB2X 130LA 184LA 1D2WA 1LGXA 5I14A 1LYIA 2HULA 2B6ZA 200LA 1CUPA 201LA 3JR6A 2LCBA 1L27A 4GBRB 1PQDA 3HH5A 1L07A 1L42A 4I7JA 2A4TA 197LA 147LA 222LA 182LA 181LA 3L64A 143LA 1L05A 213LA 3DN1A 1SSYA 2OE4X 1OV7A 1LI3A 1L61A 1QTBA 139LA 1C6CA 3SB7A 1QTDA 2B75A 4EPFA 3C80A 1L64A 1L13A 1L34A 3DMXA 1L22A 3HU9A 2ANXA 3HTDA 2Q9EA 3HTFA 3HDEA 1OWZA 253LA 3EMLA 1T8GA 4PK0A 191LA 1L87A 137LA 1C6NA 1D2YA 1L51A 1LI2A 4S0WA 2IGCA 215LA 3G3XA 3CDTA 2RBPA 170LA 1T8AA 2RAZX 1L35A 210LA 1K28A 3DN8A 103LA 1L58A 162LA 1L15A 1JTMA 1LLHA 1T8FA 1SWZA 3DNAA 1QS9A 1L06A 1DYEA 3C83A 3CDRA 4W57A 2B6YA 1G06A 4EKPA 1LYJA 1P7SA 144LA 4W55A 1SSWA 3SB5A 3HH4A 2F32A 1L89A 1L68A 1L18A 1D3JA 1QTCA 3DN4A 237LA 4W51A 2RB1X 1CUQA 1L59A 1C6MA 1P64A 1L28A 2F2QA 114LA 3DN0A 1L41A 1TLAA 1C63A 1L91A 158LA 3HWLA 1CU2A 3GUMA 2LZMA 156LA 1KY0A 3GUJA 2QARC 1CU5A 260LA 2RBSA 189LA 109LA 1L03A 1DYCA 2HUKA 1XJUA 4ARJA 1G0QA 1QT7A 3HT6A 1L94A 3LZMA 251LA 183LA 4I7TA 1L40A 1L70A 1C6LA 4W53A 1LYEA 4I7SA 4I7RA 4ARMA 4W59A 1L31A 2LC9A 3HUQA 1EPYA 5LZMA 245LA 2RB0X 1XEPA 1L72A 1L04A 1P46A 4I7NA 1L63A 2RAYX 4LDOA 3FADA 3V2YA 1C6IA 4YXCA 3C82A 125LA 2L78A 4EXMA 3QAKA 1LGUA 146LA 1C60A 190LA 1L49A 2RBOA 258LA 2B6WA 3OE6A 3HH3A 1L16A 4W54A 104LA 3C7YA 225LA 3DN2A 1OVJA 1QS5A 1LI6A 256LA 262LA 3RZEA 1L30A 1L00A 1L67A 224LA 3DMVA 123LA 1XJTA 1G0PA 2OU9A 1L54A 163LA 4EPIA 176LA 1LWKA 168LA 3C7WA 2Z6BA 1L11A 1L47A 3GUNA 112LA 1C62A 238LA 1C6FA 1P3NA 4ARLA 220LA 1P36A 2RBRA 1P2LA 1CV6A 1G0MA 1C66A 149LA 1ZURA 1KY1A 1L75A 3V2WA 1C65A 1D3FA 1CX6A 2OE9X 1LPYA 1PQJA 211LA 1KNIA 111LA 3HH6A 2OTYX 1KS3A 1L92A 3SB6A 1CV3A 1L55A 4EKSA 4EKQA 113LA 1G0KA 4ZPUA 1G0LA 102LA 3DN3A 1DYGA 257LA 3HT8A 3NY8A 1L83A 4ARQA 1P56A 150LA 4DAJA 1QSQA 1QTZA 128LA 7LZMA 1QTVA 142LA 1PQOA 1LYGA 1L86A 1L52A 3D4SA 3UONA 2OU8A 4ARPA 2ANVA 4I7PA 1L53A 231LA 255LA 247LA 1C6BA 1CVKA 3DN6A 1QT6A 261LA 1C6JA 2RH1A 3HUAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DZBX 4UWUA 5LYTA 1IY3A 1IOQA 1C69A 5L9JA 3F9LA 185LA 4LYZA 133LA 2DQDY 169LA 1JJ1A 4DJHA 3SB9A 4EJ4A 2EIZC 1C6TA 4EKRA 2OU0X 3CDOA 1LYHA 4NGIA 3T36A 1LMPA 2OE7X 1ALCA 2Z18A 4OWAA 4IAPA 2C8OA 138LA 3WYHA 5HNCA 1HENA 1LZCA 4YENA 1BHZA 2F47A 3QE8A 1LJFA 1L14A 1ZMYL 4I7KA 1LYZA 1JSEA 1NQIA 3PDSA 3HU8A 4XJDA 2MEIA 2F4GA 1PZYA 4RW2A 1A4VA 4GN4A 1L62A 172LA 4MSTA 166LA 1CNSA 4FDYA 4GRVA 5F14A 4W56A 3A92A 1C6KA 1GAYA 3K2RA 1KW5A 1WVUA 1CU0A 1RFPA 5A3EA 4DQJA 1UCOA 3M3UA 4YEOA 1HMKA 2B72A 3PBLA 5C6IA 2LYOA 2HUBA 4N5RA 3TMXA 2B70A 4LDLA 3AYQA 1ZWNA 1B5ZA 196LA 180LA 1IWXA 241LA 2HTXA 4Z46A 1IR9A 1FN5A 4HPEA 2I26L 1GF3A 2H9KA 1L02A 1CJ9A 1CV0A 4NY5A 1JPOA 1OUFA 5HLLA 1ZYTA 205LA 4H9IA 1HELA 4WM3A 1LZ5A 1LHJA 2BQEA 4MR1A 1IWUA 1B7MA 4IASA 155LA 1HFXA 4KXIA 178LA 2O7AA 159LA 1J1OY 1LSYA 1B7OA 4X3BA 2O79A 2D4IA 4GCCA 3P64A 1HMLA 1L23A 1ZVYB 4LZTA 134LA 1FLYA 5I4WA 4H93A 1LKRA 1JQUA 4NHIA 1FKQA 2DBTA 1C6EA 3B72A 119LA 1C61A 186LA 3AGIA 1KW7A 1RI8B 2MEDA 4WM6A 1L66A 4H8XA 1L21A 1GB0A 4R0FA 1GHLA 4FJRA 3RW8A 1D0LA 1L56A 4WLYA 3CT5A 2B73A 1C46A 2NTGA 1GE4A 1L36A 1D0KA 2OEAX 216LA 5LYMA 1CU3A 1YANA 1GFTA 1XGUC 1WQMA 232LA 1LSBA 3IJVA 4W96A 1T97A 1C7PA 2LYMA 1L77A 2YSSC 5I4XA 1T3PA 2DKVA 3HBHA 1L43A 174LA 1D3NA 187LA 5B05A 4ETEA 4PJZA 2LHMA 3F6ZA 4PHIA 1LSDA 4NSGA 1LYIA 1JKCA 1EQ5A 3JR6A 2HEBA 5KJ9A 4I7JA 2A4TA 1REYA 2DQFC 2VB1A 4C5FA 3L64A 3DN1A 3TXDA 1UA6Y 3RU5A 4DT3A 1LMOA 1JSFA 5C6JA 139LA 1UICA 1GDWA 3AZ6A 2B75A 4EPFA 4DD1A 1L64A 1L13A 3HU9A 1GEVA 1GFUA 3HTDA 2BQBA 3TXGA 1JHLA 1LJIA 1BQLY 2BQNA 1HSXA 1B5UA 1L51A 3B0OA 2DQJY 3AGGG 5LXWA 1K28A 4GN5C 4HTKA 4R6CA 2DQAA 2W1MA 4QGZA 162LA 2HU1A 2XJWA 1PS5A 4G4BA 1JTMA 1LLHA 4W94A 3DNAA 1QS9A 1LZ1A 1SQ2L 1LZ8A 4LT2A 3KAMA 3C83A 3CDRA 4W57A 5E4PA 2B6YA 1XGTC 3SB5A 3HH4A 4D9ZA 2MECA 2F32A 5KXLA 1L68A 1D3JA 2CDSA 237LA 4W51A 1L59A 1C6MA 1IP5A 4PPOA 2RSCA 1L41A 4YF2A 1IVMA 207LA 158LA 3HWLA 4WM5A 3E3DA 4WMGA 1LJKA 1WVVA 3GUJA 260LA 4RW1A 1VDQA 1VAUA 4ARJA 1QT7A 1WQOA 1L94A 1QQYA 3LZMA 4TSBA 4WO9A 1C6LA 1GFGA 4W53A 4I7SA 4I7RA 5EBHA 1LMCA 1IWYA 1L31A 5LZMA 4WG7A 1L72A 1L04A 3HBDA 1L63A 1XGQC 1JIYA 3C82A 125LA 4EXMA 2Z2FA 1EQ4A 4LYMA 190LA 1QDRA 4H9HA 1WTMA 5AMYA 3OE6A 1SLYA 4EMNA 4WL7A 4NWEA 2Q0MX 3WPJA 4H9AA 1LSNA 1QS5A 3OJPA 1GPQC 1CKHA 1LI6A 256LA 2BQFA 2OU9A 163LA 4EPIA 1IOSA 5KXKA 176LA 3CT0A 1L11A 3GUNA 238LA 1BWHA 1HERA 6LYTA 4I0CA 4ARLA 220LA 4HJZA 1P2LA 1C66A 1GB2A 1KY1A 1L75A 2D4JA 5APCA 3V2WA 4ETDA 2ZIKA 1G7MC 1D3FA 1IORA 3A6CY 1LPYA 1KNIA 5LIOA 2G4NA 5M1YA 5C6LA 1KS3A 1CV3A 1L55A 3GXKA 5LAGA 1XEJA 3WPKA 4WG1A 4B1AA 1QTZA 5A3ZA 142LA 1DKJA 1PQOA 2AUBA 1L86A 2ANVA 1KIPC 1G7HC 1B5VA 4NG1A 3HUAA 1RCMA 1L46A 2MEEA 4N8ZA 1D6QA 152LA 1HF4A 4WM1A 1HEWA 1NF5A 2ZWBA 1LZAA 3W3EA 1LYYA 4M4OA 1QT3A 4UWVA 1L73A 131LA 1IP6A 4LYCA 4DDAA 1DYDA 4W52A 2MEGA 1C6GA 4HPIA 1LOZA 1LMAA 4G9SA 3B6LA 249LA 1CV4A 243LA 141LA 4WLDA 4HV1A 1QSBA 1G7IC 1GBSA 2MEAA 1D3MA 3C7ZA 3GUOA 1HEQA 3TMWA 1IIZA 5LVKA 3IJUA 3BKHA 2BQOA 1FLWA 227LA 3CQLA 4DQ7A 1O23A 3FA0A 3TXJA 1IEEA 148LE 1LJJA 3ATOA 1L17A 3F8VA 1LSPA 4GCFA 4NIJA 2A7FA 1GBOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1DZB X;  4UWU A;  5LYT A;  1IY3 A;  1IOQ A;  1C69 A;  5L9J A;  3F9L A;  185L A;  4LYZ A;  133L A;  2DQD Y;  169L A;  1JJ1 A;  4DJH A;  3SB9 A;  4EJ4 A;  2EIZ C;  1C6T A;  4EKR A;  2OU0 X;  3CDO A;  1LYH A;  4NGI A;  3T36 A;  1LMP A;  2OE7 X;  1ALC A;  2Z18 A;  4OWA A;  4IAP A;  2C8O A;  138L A;  3WYH A;  5HNC A;  1HEN A;  1LZC A;  4YEN A;  1BHZ A;  2F47 A;  3QE8 A;  1LJF A;  1L14 A;  1ZMY L;  4I7K A;  1LYZ A;  1JSE A;  1NQI A;  3PDS A;  3HU8 A;  4XJD A;  2MEI A;  2F4G A;  1PZY A;  4RW2 A;  1A4V A;  4GN4 A;  1L62 A;  172L A;  4MST A;  166L A;  1CNS A;  4FDY A;  4GRV A;  5F14 A;  4W56 A;  3A92 A;  1C6K A;  1GAY A;  3K2R A;  1KW5 A;  1WVU A;  1CU0 A;  1RFP A;  5A3E A;  4DQJ A;  1UCO A;  3M3U A;  4YEO A;  1HMK A;  2B72 A;  3PBL A;  5C6I A;  2LYO A;  2HUB A;  4N5R A;  3TMX A;  2B70 A;  4LDL A;  3AYQ A;  1ZWN A;  1B5Z A;  196L A;  180L A;  1IWX A;  241L A;  2HTX A;  4Z46 A;  1IR9 A;  1FN5 A;  4HPE A;  2I26 L;  1GF3 A;  2H9K A;  1L02 A;  1CJ9 A;  1CV0 A;  4NY5 A;  1JPO A;  1OUF A;  5HLL A;  1ZYT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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