1C6NA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a/f153a in the presence of 8 atm xenon
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTARTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6nA00
1L11A 2B73A 3HTBA 2RBPA 148LE 2B6YA 2RAYX 1L77A 1LYHA 1L27A 1L92A 1QS5A 1LI3A 1L67A 5I14A 173LA 1LLHA 2HUMA 139LA 1KNIA 1CUPA 226LA 215LA 1G0GA 1L86A 2LC9A 2RB2X 178LA 2B7XA 201LA 1KY1A 4K5YA 3HT9A 1L93A 1SX2A 3DKEX 2RAZX 1P46A 1L74A 1L89A 3HDEA 1L23A 1L55A 224LA 1CV0A 1L54A 1CU0A 1G0KA 1KY0A 1G0MA 188LA 167LA 1T8GA 3C8RA 212LA 2F32A 126LA 1TLAA 1PQOA 1LYEA 4DJHA 158LA 205LA 157LA 125LA 213LA 1L75A 3DNAA 1CV4A 1T8FA 3F8VA 1I6SA 3HU9A 2F2QA 1QUOA 107LA 160LA 232LA 4PJZA 1L73A 222LA 255LA 223LA 120LA 1K28A 2B70A 3PDSA 4LDOA 1DYDA 4I7SA 4ARQB 1L72A 1C6HA 221LA 4W56A 3SB8A 1G1VA 4ARLA 1LI2A 114LA 1CTWA 1QUHA 1CVKA 257LA 2Z6BA 1QT5A 1QTZA 2NTHA 2O79A 131LA 3CDRA 2NTGA 3CDVA 102LA 1L40A 1CU2A 3NY9A 1QS9A 1OVHA 1L84A 210LA 1D3MA 1L98A 1DYAA 245LA 1LWGA 1P3NA 4E97A 206LA 3JR6A 161LA 163LA 1D2WA 261LA 1KW5A 246LA 4YXAC 1PQKA 1L33A 196LA 241LA 2B6XA 3GULA 1L94A 1G1WA 3C80A 3SB6A 2O7AA 137LA 1L19A 2B75A 1G0LA 1C6PA 1L57A 1L81A 1C67A 4W55A 4ARJA 242LA 3DMZA 1P2RA 4PK0A 2RBNA 1CX7A 104LA 3C7YA 1L28A 1L61A 1DYBA 177LA 4LZMA 3HTFA 1NHBA 3CDQA 258LA 1OWZA 1XJUA 251LA 1OV5A 1QSQA 1LGXA 119LA 3G3VA 1LYIA 234LA 2OU0X 1D3JA 4DAJA 1DYEA 183LA 5LZMA 1P2LA 2RBQA 1CX6A 1L97A 164LA 216LA 1L29A 1LPYA 169LA 1QT3A 2HUKA 1L59A 3RUNA 142LA 1L82A 182LA 1SX7A 112LA 2OE7X 1PQIA 3G3XA 168LA 176LA 1L51A 1DYGA 1C6GA 1C6BA 4ZPUA 181LA 3FA0A 4EKPA 1L24A 1C6TA 1L0JA 1P37A 1L12A 189LA 1L39A 1L90A 1L18A 4I7NA 1LYFA 3SBBC 3CDTA 217LA 3HH4A 4I7JA 2B72A 197LA 190LA 1PQMA 1XEPA 166LA 1QTCA 2B6WA 1L76A 1CV3A 187LA 3C7WA 4W59A 4W53A 3HWLA 3NYAA 250LA 3VW7A 186LA 2B6ZA 170LA 1L15A 1LYGA 143LA 2HULA 1L01A 3D4SA 1C6IA 238LA 155LA 1OWYA 1P64A 3HT6A 1QT7A 1C6CA 141LA 103LA 1L14A 1CU3A 1SSYA 162LA 108LA 1T8AA 244LA 1L99A 231LA 1JTNA 233LA 1LW9A 3OE8A 1L07A 1OVJA 3GUPA 3V2WA 1PQDA 2LCBA 2OU8A 4ARMA 1L71A 1L68A 236LA 185LA 2Q9DA 1LYDA 1PQJA 1G06A 4GRVA 1L43A 3K2RA 1C60A 1L63A 1SWYA 6LZMA 3DN2A 1L02A 1C66A 1C6QA 1C6LA 225LA 4ARPA 4EKSA 1L46A 1LGWA 2O4WA 4OO9A 2OU9A 3CDOA 3DN8A 3HUQA 1L08A 259LA 129LA 2IGCA 4EPIA 1P56A 4GBRB 3DN6A 1QT6A 150LA 1D3FA 1L91A 4EJ4A 1L38A 3HUAA 1L85A 1LWKA 3ODUA 1L36A 2B74A 1G0JA 3HH3A 1L53A 3NY8A 1L64A 1QUGA 1C63A 1L69A 156LA 4W57A 1LI6A 4DKLA 3GUNA 2RB1X 1G0PA 3HTDA 240LA 1QTBA 4AQNA 1JTMA 256LA 237LA 1L34A 1C69A 2Q9EA 1WTHA 1L25A 3C83A 4W54A 4I7MA 3L64A 1C6FA 4IAPA 1ZURA 229LA 149LA 3HT8A 200LA 2LZMA 3HH5A 122LA 1ZYTA 3GUJA 1L66A 118LA 1L03A 1C6NA 1D3NA 1G07A 1L31A 152LA 151LA 3QAKA 3V2YA 3HU8A 209LA 3SB9A 198LA 172LA 254LA 4EKQA 1L04A 3SB5A 138LA 4EPFA 1QSBA 1CUQA 4W52A 1L06A 3L2XA 1C6AA 1L10A 1L65A 140LA 3OE9A 1P6YA 1C6MA 1L44A 220LA 145LA 3C8QA 1L52A 1L45A 180LA 1L60A 144LA 1L70A 199LA 1QTHA 252LA 3PBLA 109LA 111LA 1C6EA 1L50A 2QB0B 1L41A 4I7PA 3UONA 3G3WA 2OTYX 1OV7A 1L47A 1SSWA 1L62A 4ARMB 1L00A 3LZMA 2QARC 3DMVA 4I7KA 239LA 1CU5A 1G0QA 1OYUA 1LYJA 2OTZX 3DMXA 4EXMA 1JQUA 3GUOA 1L49A 2B6TA 247LA 3C8SA 2RBSA 1QT8A 4YX7C 1CV6A 1T6HA 2ANVA 235LA 1C6KA 227LA 262LA 3C81A 3OE0A 2OE4X 4EKRA 2A4TA 2CUUA 2ANXA 3SN6R 248LA 1LGUA 1P36A 1C68A 184LA 1CV5A 1QUDA 1C65A 3FI5A 115LA 1C64A 211LA 4YXCA 4I7RA 2RBRA 1SWZA 1ZWNA 3DN0A 230LA 1L0KA 4W51A 1P5CA 3C7ZA 1KS3A 174LA 253LA 3SB7A 4S0WA 1L16A 3OE6A 1L48A 146LA 2RBOA 1C6JA 3HH6A 4I7LA 243LA 214LA 113LA 147LA 1DYFA 1L32A 195LA 1L79A 1L83A 1L09A 1OVKA 4LDEA 249LA 1L96A 4I7QA 3F9LA 3RZEA 3HT7A 1L95A 1QTVA 4W58A 165LA 1DYCA 171LA 1L88A 228LA 3DN1A 1L26A 191LA 2L78A 1D9WA 3HUKA 3C82A 1P7SA 218LA 1QT4A 1C62A 110LA 3DN4A 3GUKA 1C61A 1T97A 1L37A 1L17A 1D2YA 1KW7A 3GUIA 175LA 4ARQA 3SBAA 1L13A 123LA 1L22A 260LA 192LA 7LZMA 4I7TA 1C6DA 1L30A 1L58A 127LA 128LA 1B6IA 1CV1A 1L20A 4I7OA 3FADA 219LA 4LDLA 1L80A 2OEAX 1L05A 1L87A 1L21A 2RH1A 3DN3A 159LA 1EPYA 3EMLA 1QTDA 1L56A 2F47A 130LA 1XJTA 1L35A 1L42A 3HDFA 1CU6A 3GUMA 3HTGA 2OE9X 2RB0X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HTBA 1VFBC 2BAAA 1LI3A 1QQYA 1L67A 173LA 2HUMA 139LA 5LYZA 4BADA 1TAYA 1LZCA 1G7LC 1QTEA 4WM4A 4XJIA 1GDWA 1JTPL 2LC9A 2RAZX 1JITA 1P46A 1L74A 3HDEA 1L55A 1AZFA 1OQMA 1CV0A 1CU0A 3MGWA 1YILA 4RW1A 1JPOA 1T8GA 212LA 126LA 1TLAA 2WARA 3M18B 4DJHA 1QDTA 1CV4A 2ZNXY 3LYZA 4XN6A 107LA 160LA 4NEBA 4PJZA 1L73A 222LA 1IP6A 255LA 1D9UA 4AGAA 4Z3MA 1T6VL 2BPUA 2BQEA 2XJWA 1REYA 5DN5A 4NGZA 3N9CA 1LJ3A 4GN4A 1JKAA 2YVBA 1BWHA 4TTDA 2ZIKA 1CTWA 1QUHA 1CVKA 2EKSC 4LT0A 2NTHA 1GE3A 4YM8A 1L40A 1V7SA 1NWGA 3FE0A 5HMJA 1L84A 1L98A 5LYTA 2BQAA 1HERA 1HFZA 4ANRA 206LA 3ULRA 1KXYA 4XENA 3JR6A 161LA 2H9JA 246LA 4YXAC 4M6DA 1BB4A 1UIGA 241LA 1XEIA 2W1YA 1AT5A 1LYZA 1AM7A 3C80A 1LZGA 1UA6Y 194LA 1JKDA 5LVHA 1JTOL 4ARJA 242LA 1P2RA 1XGUC 1LMCA 1YANA 104LA 3C7YA 1WQPA 5DN4A 1QIOA 1CJ9A 1FKQA 4ZIXA 5HNLA 4NHQA 1GF7A 4BAFA 4LZMA 4YOPA 1BB5A 1OWZA 1UC0A 258LA 4OWHA 5FCPA 2HEBA 4H9IA 183LA 3W6CA 3AW6A 5LZMA 1C10A 4J0LA 1CX6A 1L97A 164LA 216LA 1BB7A 1L29A 1WVVA 1JJ0A 1QT3A 1L59A 2LZ2A 182LA 1YKYX 5KJ9A 3G3XA 168LA 1C6GA 3AJNA 5ILCA 1MLCE 1LMTA 4EKPA 189LA 4NSJA 5A3ZA 1LYFA 1O23A 3HH4A 1LZBA 1LMOA 4DQ5A 4KXIA 3VWOA 2B6WA 3C7WA 1D0LA 4W53A 250LA 1IP7A 2ZIJA 135LA 2B6ZA 170LA 4H1PA 1J1PY 4CGEA 3HT6A 4X3BA 141LA 3W6FA 1CU3A 4O34A 244LA 231LA 1W08A 4WM2A 1LW9A 3OE8A 1L07A 5II3A 3V2WA 1NDMC 2OU8A 2LCBA 4NSGA 3CQLA 4DD3A 1L71A 2BQJA 4H93A 208LA 4D9ZA 1L43A 4RLMA 1C66A 1D0MA 4EKSA 1XGTC 5FHWA 1LGWA 1TEWA 1L08A 1UIHA 1EQEA 2IGCA 1P56A 4XJBA 3HUAA 3GXRA 1L85A 1GB0A 2YDGA 4GCEA 4B4JA 1RI8B 2EQLA 1NKHA 1UIAA 4DKLA 1UICA 2RB1X 3HTDA 4AQNA 256LA 1VDQA 1WTHA 3TMXA 4I7MA 1JKBA 1HSXA 5F16A 1C6FA 1GDXA 149LA 1IOSA 1XEKA 1L03A 1NBZC 152LA 3HU8A 1FLUA 1EQ5A 4PJ2C 4XJDA 4EKQA 1LJGA 1WTNA 2HUBA 1L04A 4M4OA 138LA 1VATA 3A8ZA 2XBSA 1PZYA 1QSBA 4LZTA 1IWZA 1L10A 4ZEEA 1C6MA 3IWRA 1L52A 2Q0MX 3WPJA 3OJPA 4NGJA 1C6EA 2FYDA 3OK0A 1ZVYB 1L47A 3CT0A 1SSWA 1L62A 3AYQA 3BKHA 1LZ5A 2QARC 4AXTA 1LZ8A 1G0QA 1BWIA 1OYUA 1LYJA 1LAAA 4NHPA 3GUOA 2B6TA 247LA 2F2NA 2HEFA 3J6KA 3RZ4A 2ANVA 235LA 1C6KA 227LA 1FLYA 4H9BA 3C81A 3OE0A 1B7NA 1IWTA 5KXOA 1C68A 1QUDA 5D5FA 4OW1A 5KKIA 5APEA 1OUCA 1ZWNA 2AUBA 1P5CA 1CJ6A 4II8A 2ZQ4A 253LA 4LT3A 4N9RA 3WULA 1LJHA 3HH6A 3P4ZA 2I26L 4CFOA 1JEFA 113LA 1WQNA 4I0CA 147LA 3A92A 3EXDA 2A7DA 4LDEA 4I7QA 133LA 3HT7A 1L95A 3T6UA 1GFHA 1L88A 1YAQA 1L26A 191LA 3WYHA 1QT4A 1YQVY 1C62A 2BQIA 110LA 3DN4A 3TXHA 1T97A 1L37A 1L17A 3A93A 5F81A 3B0IA 3QE8A 3B0KA 5AMYA 4YENA 3ATNA 7LZMA 1IP2A 1TCYA 1LCNA 1YL0X 1L20A 4PRUA 1GXV2 5KXXA 2OEAX 4I8SA 3B6LA 2RH1A 3AGHA 4HTKA 1AT6A 1KIRC 5LAGA 3WXTA 1YKZX 1DKJA 1YIKA 1QTDA 1GF9A 1L56A 2B5ZA 4NWHA 3A34A 4NY5A 3A3RX 3J4GA 2C8OA 1C43A 1G7HC 4KT3A 3GUMA 4H94A 1L11A 3AB6A 2CDSA 1GBOA 1L77A 1LYHA 1L27A 1QS5A 2LHMA 1LLHA 4DD2A 5KKJA 3QNGA 1LJFA 9LYZA 4LT2A 1G0GA 6LYZA 178LA 1RJCB 2B7XA 3W6EA 201LA 4NFVA 4WLDA 3HT9A 4LYMA 1L89A 1QSWA 4CFPA 1L54A 1DI5A 1G0KA 1UIBA 1I1ZA 1D0KA 167LA 1TBYA 1HHLA 158LA 157LA 3F8VA 3HU9A 2F2QA 1QUOA 4UWVA 3SP3A 4MR1A 1YROA 120LA 1KIPC 3PDSA 2MEDA 1G7MC 4DQJA 1J1XY 4ARLA 4WM3A 1H6MA 5FSTA 1GB7A 1QT5A 1UBZA 1JISA 5FDJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HTB A;  1VFB C;  2BAA A;  1LI3 A;  1QQY A;  1L67 A;  173L A;  2HUM A;  139L A;  5LYZ A;  4BAD A;  1TAY A;  1LZC A;  1G7L C;  1QTE A;  4WM4 A;  4XJI A;  1GDW A;  1JTP L;  2LC9 A;  2RAZ X;  1JIT A;  1P46 A;  1L74 A;  3HDE A;  1L55 A;  1AZF A;  1OQM A;  1CV0 A;  1CU0 A;  3MGW A;  1YIL A;  4RW1 A;  1JPO A;  1T8G A;  212L A;  126L A;  1TLA A;  2WAR A;  3M18 B;  4DJH A;  1QDT A;  1CV4 A;  2ZNX Y;  3LYZ A;  4XN6 A;  107L A;  160L A;  4NEB A;  4PJZ A;  1L73 A;  222L A;  1IP6 A;  255L A;  1D9U A;  4AGA A;  4Z3M A;  1T6V L;  2BPU A;  2BQE A;  2XJW A;  1REY A;  5DN5 A;  4NGZ A;  3N9C A;  1LJ3 A;  4GN4 A;  1JKA A;  2YVB A;  1BWH A;  4TTD A;  2ZIK A;  1CTW A;  1QUH A;  1CVK A;  2EKS C;  4LT0 A;  2NTH A;  1GE3 A;  4YM8 A;  1L40 A;  1V7S A;  1NWG A;  3FE0 A;  5HMJ A;  1L84 A;  1L98 A;  5LYT A;  2BQA A;  1HER A;  1HFZ A;  4ANR A;  206L A;  3ULR A;  1KXY A;  4XEN A;  3JR6 A;  161L A;  2H9J A;  246L A;  4YXA C;  4M6D A;  1BB4 A;  1UIG A;  241L A;  1XEI A;  2W1Y A;  1AT5 A;  1LYZ A;  1AM7 A;  3C80 A;  1LZG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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