1C6PA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a in the presence of 8 atm argon
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6pA00
3DN0A 249LA 2OE9X 4W55A 1SSWA 1P7SA 1KS3A 188LA 127LA 1L62A 192LA 1JQUA 261LA 1QUHA 236LA 1OVHA 4I7QA 1LYFA 1L54A 2OTYX 1QT6A 4I7LA 1L67A 3G3VA 1LI2A 4DAJA 4YXCA 1CV6A 3RUNA 1PQDA 1C61A 2B6YA 189LA 1TLAA 1PQMA 3FI5A 1QUGA 1PQIA 2RBNA 243LA 1L20A 225LA 1CTWA 2RBSA 1L76A 1L68A 1L99A 1KW7A 7LZMA 1LYGA 1QT3A 1L91A 1C68A 2Q9EA 1DYBA 2O79A 1KNIA 1CV1A 1QS9A 1L77A 3C82A 184LA 250LA 209LA 210LA 1L35A 1L13A 1L84A 2F47A 4DKLA 113LA 1L04A 1SSYA 3GUPA 1L11A 246LA 2B6ZA 4LZMA 257LA 1C6JA 1CU2A 1L16A 3HT9A 251LA 245LA 1LYEA 1L72A 247LA 4OO9A 3K2RA 3QAKA 1L81A 163LA 3NY9A 2O4WA 1C6GA 168LA 1LLHA 107LA 1D9WA 1LYIA 3C80A 1L09A 4PJZA 1C6TA 3HUAA 1L57A 3VW7A 1OVKA 1L41A 1ZWNA 137LA 260LA 1K28A 206LA 237LA 1L61A 1G0LA 161LA 1C66A 1C6MA 1CUQA 235LA 3G3XA 1L56A 3SB5A 4LDLA 2RBQA 160LA 1P64A 1C62A 1XJTA 1C65A 1L53A 2RAZX 3HTGA 239LA 1L42A 1LYDA 149LA 115LA 4EPFA 2Q9DA 1L98A 2B73A 1CU5A 148LE 1L34A 4I7TA 4W59A 1L29A 1L43A 2LC9A 2B6XA 3HTFA 1L21A 3FADA 230LA 4LDOA 140LA 1D2WA 1OV5A 1C6BA 3C7ZA 1L31A 1OVJA 4YXAC 1C6KA 212LA 4W54A 102LA 1L83A 4E97A 1P5CA 1C6IA 1QTHA 2OU9A 3EMLA 3JR6A 4ARMA 1XEPA 3NYAA 4W58A 173LA 1L14A 3C8QA 2QB0B 199LA 3FA0A 4AQNA 4I7JA 258LA 4GBRB 1CU6A 156LA 1QTVA 1CV5A 1T6HA 3GUOA 146LA 4I7SA 3DMVA 1QT7A 1L06A 1L33A 4W52A 2B6WA 126LA 229LA 3DN2A 3C8SA 2OU8A 1PQOA 1PQKA 1L17A 138LA 1DYDA 1LW9A 4ARLA 1D2YA 1L0JA 3HDFA 143LA 129LA 165LA 1SX7A 111LA 1L0KA 1C6NA 234LA 1G07A 2NTHA 1P3NA 2RBRA 1ZYTA 1DYGA 1L32A 1CX7A 3DMZA 241LA 130LA 1G1VA 155LA 120LA 1D3FA 4EKSA 1L10A 2IGCA 1L74A 177LA 176LA 4I7OA 233LA 1OWYA 223LA 3GULA 1T8AA 4EJ4A 1QTCA 1L25A 1C63A 1QTDA 231LA 3HTBA 3OE9A 1L65A 1L75A 1KY1A 3SBBC 1L70A 1LWKA 1B6IA 2B7XA 1L97A 3GUIA 1L80A 1L08A 139LA 2B75A 1C6QA 166LA 4W57A 1C69A 255LA 5LZMA 1DYAA 167LA 4W56A 159LA 1G06A 1LGWA 2LCBA 2RB2X 3V2WA 3C7YA 242LA 240LA 1L47A 1T97A 3HT8A 195LA 1L15A 1OYUA 1L01A 4EPIA 1LWGA 216LA 2RAYX 1P36A 226LA 3PDSA 1L51A 4I7RA 2OTZX 1QTBA 1L22A 1T8FA 2RB0X 218LA 1G0JA 1L26A 157LA 1L60A 3C8RA 1C60A 3HWLA 2OE7X 1QSBA 1C6CA 1QUOA 2B70A 3HTDA 1CU3A 3L2XA 3SB7A 3OE0A 4I7KA 1QTZA 2F32A 1CV4A 164LA 4IAPA 3HH4A 1L49A 1D3JA 4K5YA 1LYJA 4LDEA 104LA 2HUMA 118LA 178LA 185LA 1L48A 4EXMA 4S0WA 1CV0A 141LA 2A4TA 2B72A 1C64A 252LA 119LA 4I7NA 3L64A 1L12A 151LA 1EPYA 1L71A 1JTMA 1L30A 1OWZA 187LA 1QT4A 4ARQB 4DJHA 174LA 248LA 3D4SA 3G3WA 1L94A 150LA 1I6SA 200LA 3CDOA 3GUNA 1L37A 2QARC 1G1WA 1KY0A 1L86A 1T8GA 1L85A 1L96A 2L78A 2NTGA 191LA 3CDRA 1P2LA 145LA 3SB8A 1L89A 1LPYA 1L58A 3OE8A 1JTNA 2OEAX 158LA 1L66A 1G0PA 1CV3A 3CDTA 3CDQA 1L45A 222LA 4GRVA 109LA 3HU8A 1L69A 1QT5A 2ANXA 4EKRA 3HH6A 3HT7A 147LA 3SB6A 103LA 1QS5A 3HDEA 3PBLA 2RBOA 183LA 1L44A 112LA 4ARJA 125LA 182LA 213LA 3V2YA 4ARPA 244LA 4ZPUA 1LYHA 1L23A 1QT8A 1OV7A 1L64A 1L93A 232LA 181LA 224LA 3C83A 1CX6A 142LA 1SWZA 4I7MA 3NY8A 6LZMA 198LA 1KW5A 1C6LA 228LA 122LA 205LA 3RZEA 3HH5A 2B6TA 2HULA 3OE6A 1LGUA 1L95A 221LA 3ODUA 1D3MA 2OE4X 238LA 227LA 3C7WA 3HUKA 1L55A 110LA 3HH3A 254LA 1CUPA 1C6DA 1L36A 4YX7C 1P6YA 1P2RA 1D3NA 1C6FA 172LA 1L27A 262LA 2HUKA 1C6AA 1WTHA 3GUJA 2OU0X 3LZMA 4W53A 3CDVA 1P37A 1SX2A 4I7PA 1NHBA 1DYFA 2RB1X 5I14A 171LA 220LA 3DN4A 4EKPA 1L40A 152LA 3GUKA 162LA 175LA 1L46A 131LA 1L92A 1G0QA 3HT6A 144LA 1G0GA 1L73A 211LA 3SB9A 3F9LA 1L24A 3F8VA 219LA 1L87A 1LI6A 3SBAA 1G0KA 1L63A 196LA 3DN8A 108LA 1QSQA 1LGXA 128LA 1L52A 1L79A 2ANVA 2B74A 1L50A 3GUMA 2CUUA 1L39A 201LA 3DKEX 1DYEA 3DNAA 1CVKA 3DN1A 256LA 1C67A 1CU0A 3DN6A 1L82A 2RH1A 3C81A 1L19A 3SN6R 4EKQA 2LZMA 1L38A 4ARMB 1L28A 1L88A 1L59A 217LA 1L07A 1L90A 1P56A 170LA 2Z6BA 253LA 114LA 3DN3A 1ZURA 1L18A 1SWYA 123LA 1C6EA 2F2QA 1L00A 1C6HA 180LA 3HUQA 1C6PA 4PK0A 186LA 169LA 1G0MA 1L05A 197LA 1DYCA 1L03A 1PQJA 214LA 259LA 3HU9A 4W51A 1QUDA 215LA 190LA 4ARQA 2O7AA 1XJUA 3UONA 1LI3A 1P46A 1L02A 3DMXA 2RBPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LSAA 3DN0A 5DLAA 4NSHA 4HTQA 4J1BA 4WM4A 236LA 1OVHA 3WXUA 1XEIA 1QT6A 3WPJA 4Z3MA 1PQDA 1TLAA 1PQMA 1AT6A 225LA 3IWRA 1CTWA 9LYZA 1L99A 1KW7A 4DC4A 7LZMA 1LYGA 3SP3A 2Q9EA 2O79A 4NGOA 1L77A 4EOFA 5L9JA 207LA 132LA 209LA 4U3XB 3GUPA 3TMUA 1L16A 3HT9A 1UIDA 5I4XA 2HEBA 245LA 1LYEA 1L72A 4ETDA 3K2RA 3QAKA 163LA 3NY9A 2BQAA 168LA 1GD6A 1C6TA 2B5ZA 4DD3A 260LA 1BB5A 3LYOA 237LA 2Z37A 1V7SA 4LYZA 3WUNA 1G0LA 5B59A 2BQOA 1GFHA 4QEQA 161LA 1XGTC 1FLQA 4OWCA 4ET8A 4C3WA 1GFTA 1C65A 2RAZX 2HEFA 4WO9A 1LJEA 1VDTA 1W08A 3AW6A 2ZILA 1INUA 2HU1A 2CDSA 4LYOA 1TEWA 1YQVY 4W59A 1L29A 3P64A 2LC9A 140LA 1IWYA 4NGWA 1L31A 4YXAC 1C6KA 5KXSA 3JR6A 1JKAA 3A3QA 1JPOA 3NYAA 1H6MA 1QDRA 4AQNA 1IY3A 4I7JA 4GBRB 1CU6A 1LZYA 1QTVA 1LMCA 1T6HA 146LA 4I7SA 3ATNA 3P65A 1G7MC 2B6WA 4ETEA 229LA 2OU8A 4B4EA 1PQOA 1XFPL 1OUDA 1D2YA 3GXRA 1BB4A 143LA 129LA 111LA 1L0KA 1ZYTA 2BQNA 2WARA 1KXXA 1BB6A 1N4FA 5II3A 1GFGA 1G1VA 1REZA 1OUHA 2IGCA 1GAYA 4I7OA 4DD1A 3HFMY 1LZEA 1QTCA 3ULRA 5B05A 1HMLA 3B0IA 2B7XA 1L97A 2H5ZA 4OWEA 3CSRA 3W3EA 1LMQA 1WVVA 1DYAA 167LA 4NWHA 4KT3A 4LYMA 4NGKA 240LA 1L47A 1IC4Y 1ZV5L 3HT8A 1OYUA 1LWGA 1IP4A 216LA 4WM1A 3PDSA 5LAGA 4G4CA 2OTZX 1L22A 4I8SA 4ETCA 2D6BA 1MLCE 2D4KA 3HWLA 1ZVYB 1QSBA 1WTMA 1FLYA 1VEDA 1LOZA 1IO5A 2F32A 1CV4A 1GBOA 4IAPA 1L49A 1D3JA 3P66A 4ZEEA 185LA 5FSTA 4H9AA 3WXTA 2A4TA 1FKQA 1IR8A 1JSFA 1LMNA 1L12A 1L71A 2FYDA 4DD7A 3A6BY 1OWZA 1CKCA 1QT4A 1VDSA 3TXIA 4WG7A 4II8A 5B07A 4P2EA 1L37A 4Z98A 1L86A 1L85A 2F30A 5APFA 1GB3A 2EQLA 1GBXA 5KXWA 1L58A 4XENA 3WL2A 3OE8A 1LZ1A 1L66A 1G0PA 4OOTA 1L45A 222LA 1YROA 1GB6A 1IWZA 1WQPA 4EKRA 194LA 1B5VA 2A7FA 3TXKA 3SB6A 1QS5A 3PBLA 183LA 4HJVA 4ARJA 2C8PA 5I4WA 5LXWA 1LYYA 232LA 3A3RX 1DKJA 181LA 2F4GA 1CX6A 1LJ4A 142LA 1GFEA 1PS5A 4DD0A 205LA 5E4PA 4HJYA 2B6TA 1BWJA 5I4YA 2OE4X 3C7WA 254LA 1GXV2 1P2RA 3WPLA 1XEJA 1GFRA 4XJGA 4NHPA 1C7PA 1G7LC 2OU0X 3LZMA 1P2CC 4L41A 2ZQ3A 3CDVA 4N8ZA 1P37A 1SX2A 3WVXA 5I14A 131LA 2IHLA 3TMXA 4IJ4A 1G0GA 1C43A 1GDXA 3T6UA 4MSTA 211LA 2Z2EA 2MEIA 4B4IA 1L24A 4Z41A 5F81A 219LA 1L87A 3SBAA 1G0KA 153LA 3CSQA 1QSQA 1LGXA 1JKDA 1CJ8A 2ANVA 2B74A 3A92A 3DKEX 1DYEA 5B1FA 1CVKA 3DN1A 5JENB 1B7QA 1YAPA 208LA 1XGRC 1CU0A 2LZ2A 3SN6R 4ARMB 3W6EA 1L88A 1L59A 1FDLY 217LA 1L07A 1BB7A 1LSDA 114LA 1L18A 1SWYA 5LVGA 2F2QA 1B7SA 2BQJA 1IP1A 1LMAA 1G0MA 3HBEX 259LA 5B1GA 215LA 4G4BA 4RW2A 2D4IA 1QUTA 1REXA 1CKDA 1A2YC 4XJHA 1XJUA 1LI3A 1L02A 4XN6A 5A3EA 2RBPA 3B6LA 1LMPA 1QTEA 1IP7A 1L62A 261LA 4WM2A 4I7LA 1B0DA 1LYSA 1L67A 3G3VA 1LI2A 1DI5A 1LMTA 1RJCB 3CQLA 4ETAA 1YAQA 1C61A 189LA 1D0KA 3IJUA 4RDSA 4N9RA 1HNLA 5LINA 3J4GA 2RBNA 243LA 3N9EA 2Y8PA 1L68A 4ZIXA 1OUAA 4CGEA 4WMGA 1KIQC 1NBZC 2HUBA 3C82A 250LA 8LYZA 3WVYA 1L13A 1L84A 113LA 1SSYA 1BB3A 1LHHA 1L11A 4H8YA 3AW7A 1C6JA 4UWVA 1GBWA 4NG8A 4NGIA 247LA 2CWIA 1DKKA 4YOPA 4OO9A 1GBZA 1L81A 2O4WA 1C6GA 1RFPA 3WPKA 1LLHA 1L09A 4PJZA 4R0FA 1IR7A 3HUAA 1L57A 1L41A 5F9UA 1ZWNA 137LA 1LKSA 1GHLA 1K28A 3WYHA 2F2NA 3A67Y 1UCOA 1W6ZA 1C66A 4D9ZA 2XBRA 1CUQA 1HMKA 1LSNA 1L56A 4RW1A 2RBQA 1TBYA 1LMOA 1P64A 1C62A 1XJTA 4N0JA 1CKFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LSA A;  3DN0 A;  5DLA A;  4NSH A;  4HTQ A;  4J1B A;  4WM4 A;  236L A;  1OVH A;  3WXU A;  1XEI A;  1QT6 A;  3WPJ A;  4Z3M A;  1PQD A;  1TLA A;  1PQM A;  1AT6 A;  225L A;  3IWR A;  1CTW A;  9LYZ A;  1L99 A;  1KW7 A;  4DC4 A;  7LZM A;  1LYG A;  3SP3 A;  2Q9E A;  2O79 A;  4NGO A;  1L77 A;  4EOF A;  5L9J A;  207L A;  132L A;  209L A;  4U3X B;  3GUP A;  3TMU A;  1L16 A;  3HT9 A;  1UID A;  5I4X A;  2HEB A;  245L A;  1LYE A;  1L72 A;  4ETD A;  3K2R A;  3QAK A;  163L A;  3NY9 A;  2BQA A;  168L A;  1GD6 A;  1C6T A;  2B5Z A;  4DD3 A;  260L A;  1BB5 A;  3LYO A;  237L A;  2Z37 A;  1V7S A;  4LYZ A;  3WUN A;  1G0L A;  5B59 A;  2BQO A;  1GFH A;  4QEQ A;  161L A;  1XGT C;  1FLQ A;  4OWC A;  4ET8 A;  4C3W A;  1GFT A;  1C65 A;  2RAZ X;  2HEF A;  4WO9 A;  1LJE A;  1VDT A;  1W08 A;  3AW6 A;  2ZIL A;  1INU A;  2HU1 A;  2CDS A;  4LYO A;  1TEW A;  1YQV Y;  4W59 A;  1L29 A;  3P64 A;  2LC9 A;  140L A;  1IWY A;  4NGW A;  1L31 A;  4YXA C;  1C6K A;  5KXS A;  3JR6 A;  1JKA A;  3A3Q A;  1JPO A;  3NYA A;  1H6M A;  1QDR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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