1C6TA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a in the presence of 8 atm xenon
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6tA00
173LA 1L50A 2B73A 3EMLA 1L71A 158LA 210LA 3L64A 2HUMA 1L62A 3DN6A 120LA 178LA 257LA 113LA 1C6MA 1G06A 2OE4X 3HUKA 187LA 1QSQA 1OYUA 3HDEA 2B6ZA 232LA 1L52A 242LA 250LA 156LA 1L22A 2NTGA 4ARLA 184LA 1QT7A 1PQKA 4ARQB 2RBOA 1L60A 3DN2A 1ZURA 228LA 3CDRA 1CUQA 1JTNA 1DYEA 2RH1A 2B75A 1L68A 3DMVA 4W52A 253LA 1PQDA 1L59A 1CV5A 4LDEA 4EKRA 1C64A 1QTZA 2B6TA 244LA 1CV1A 1L08A 1L13A 146LA 1L23A 4S0WA 240LA 1L94A 1QUOA 2RBNA 1L92A 1L58A 1KW5A 3RUNA 3CDOA 122LA 1G1WA 1L10A 4DJHA 199LA 4W57A 1D9WA 262LA 235LA 1C6BA 3HT6A 1L43A 2OE7X 1L19A 1L31A 4W56A 167LA 169LA 1L0JA 190LA 1T97A 1C6IA 4DAJA 1OV5A 139LA 1C6NA 1NHBA 127LA 1C6FA 1LW9A 230LA 1D3NA 4I7NA 3DN8A 3HH6A 1C6PA 1DYDA 195LA 255LA 2O4WA 123LA 4EXMA 3C81A 1LLHA 118LA 1L42A 1L39A 180LA 1L37A 1XEPA 4PK0A 1SWZA 1G0JA 2RB2X 1CV3A 1L06A 1L61A 1P3NA 143LA 4GBRB 3PBLA 3SB6A 5LZMA 3HH5A 229LA 4I7RA 1L03A 1QUGA 2HUKA 211LA 1SWYA 248LA 219LA 1C6TA 1C6LA 1L27A 1CU6A 7LZMA 213LA 2HULA 1QS9A 1L64A 102LA 2ANVA 1P7SA 221LA 2B7XA 2B6YA 236LA 3DN4A 4I7PA 174LA 1L54A 3HH4A 4EKQA 1L95A 3C7WA 1QS5A 150LA 1G1VA 3PDSA 3CDQA 1L36A 1OWZA 3HU9A 151LA 4EKSA 1L65A 1L55A 1L41A 1C61A 1QTDA 159LA 1G0PA 4W58A 1L84A 2F32A 183LA 1L33A 1T8AA 175LA 186LA 1LYHA 3OE8A 3C7YA 2B6XA 149LA 241LA 3G3WA 3RZEA 3V2WA 1L88A 4EKPA 1CX6A 3CDTA 104LA 110LA 3SN6R 3GUPA 1LYJA 1L53A 1L14A 205LA 2B6WA 163LA 2RAYX 1LWGA 145LA 1P6YA 231LA 2A4TA 3OE9A 181LA 4YXAC 3DN3A 1L09A 1KY1A 1C60A 4YXCA 1L77A 4I7QA 3HU8A 168LA 114LA 1OVJA 3OE0A 216LA 1PQOA 1L35A 1P2LA 1CV0A 222LA 103LA 129LA 1L73A 1D2WA 1L49A 201LA 3GUNA 2RBRA 166LA 1L29A 1L44A 1L56A 2LC9A 3OE6A 1C65A 1C62A 5I14A 3F9LA 1C63A 3HUQA 1L40A 1C6HA 1L24A 3V2YA 1C6DA 1L0KA 171LA 1ZWNA 1CV4A 234LA 1L47A 1L66A 1T6HA 223LA 3HTFA 1G0GA 3GUKA 1CU0A 4I7JA 4LDLA 1P64A 1OVKA 4W55A 196LA 191LA 198LA 1CX7A 1L67A 4W54A 1L46A 1DYBA 1L38A 2F2QA 188LA 2RBPA 1CUPA 2LCBA 1QUHA 3SB9A 4ARMA 1L74A 3C8SA 4OO9A 1L26A 243LA 1L87A 1PQJA 1LWKA 1QTHA 237LA 3G3VA 247LA 137LA 1L28A 2O79A 1L00A 1KNIA 1L01A 4W51A 155LA 1D3MA 259LA 3DMXA 1TLAA 1L93A 252LA 176LA 1CU3A 251LA 3FADA 1QTVA 111LA 1L63A 245LA 3FI5A 1C66A 1QT3A 1T8FA 3HWLA 226LA 3K2RA 249LA 126LA 3SBBC 2OTYX 4AQNA 142LA 2OE9X 1C6GA 2ANXA 3SB8A 4LDOA 1CV6A 1L45A 1G07A 2OU8A 6LZMA 161LA 185LA 1L12A 218LA 3QAKA 4I7TA 1L16A 1L15A 1G0QA 1CVKA 1QUDA 3DN1A 3DMZA 147LA 3D4SA 4ARMB 1L89A 1L21A 2RB0X 1SSWA 140LA 2OU0X 1C6QA 4EJ4A 258LA 1KS3A 3GUOA 1L99A 1L86A 3JR6A 1L17A 217LA 3HT9A 148LE 1LGXA 3C80A 1L18A 4GRVA 3HTDA 1OWYA 1L51A 2NTHA 3C83A 1LYFA 2B74A 3HUAA 119LA 1LYDA 3GULA 152LA 2OU9A 233LA 3NY8A 1L85A 197LA 4LZMA 4DKLA 1L96A 1L20A 3NYAA 4ARJA 170LA 1L69A 3HT7A 200LA 4IAPA 2RB1X 4YX7C 2OTZX 162LA 1L32A 2L78A 1ZYTA 1G0MA 4I7OA 108LA 215LA 3LZMA 3C8RA 1L72A 1LI2A 1SX7A 3HDFA 1QSBA 1C68A 2IGCA 1KW7A 1L91A 1L30A 3HTGA 2Q9DA 1L81A 1SSYA 4W53A 3HH3A 1OV7A 212LA 224LA 2F47A 1JTMA 1JQUA 3SB5A 4I7KA 1LI6A 4W59A 4EPIA 3F8VA 260LA 220LA 1LPYA 1L90A 1L11A 1DYGA 1LI3A 209LA 1C6EA 206LA 2RBQA 1C67A 2B72A 112LA 192LA 3G3XA 4PJZA 2RBSA 1LYGA 1QTBA 1L76A 254LA 1EPYA 1L75A 2O7AA 3L2XA 1QT4A 1D3JA 1L04A 1P36A 1PQMA 189LA 1C6JA 4ZPUA 1L80A 1P5CA 3DNAA 141LA 109LA 1LYEA 1C6KA 1D2YA 1P56A 1L97A 3SBAA 1L02A 1DYCA 4I7MA 1L83A 2Z6BA 1CU2A 3C7ZA 1DYFA 144LA 172LA 1CU5A 1LGUA 1QT5A 1C69A 1G0KA 1K28A 2CUUA 1OVHA 1LYIA 3DN0A 1L82A 157LA 1T8GA 1G0LA 1QT6A 2QARC 2OEAX 3GUJA 1L07A 3CDVA 225LA 246LA 2RAZX 1LGWA 1B6IA 1PQIA 3GUMA 1L48A 1DYAA 4I7LA 238LA 160LA 4K5YA 3C82A 3C8QA 1XJUA 2B70A 177LA 4I7SA 3ODUA 1P37A 1C6CA 227LA 3HTBA 3HT8A 1XJTA 256LA 1CTWA 115LA 165LA 3DKEX 1QT8A 131LA 1L05A 2LZMA 1L98A 4ARPA 1L57A 214LA 130LA 1L70A 1I6SA 3GUIA 4E97A 239LA 1P46A 128LA 1L25A 1P2RA 138LA 125LA 1SX2A 1QTCA 164LA 1KY0A 3VW7A 4ARQA 1L79A 3SB7A 261LA 4EPFA 2Q9EA 1D3FA 107LA 3UONA 1L34A 1WTHA 3FA0A 2QB0B 182LA 3NY9A 1C6AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YANA 2D4IA 2B73A 4OWCA 4Z46A 3ATNA 1L71A 1LSFA 1IOTA 2BQCA 1GB2A 1D6QA 3DN6A 178LA 257LA 113LA 2XTHA 1C6MA 1LSGA 1H6MA 3WMKA 1QSQA 3RU5A 5KY1A 232LA 1L52A 4WLDA 2BQOA 3QY4A 2LHMA 4ARLA 4LT3A 2MEFA 1PQKA 1UACY 2Z37A 2YBHA 2B75A 5KXPA 1JITA 3OK0A 2I25L 1CV5A 2W1LA 1O23A 2MECA 1LHJA 1L13A 146LA 1L23A 4R0FA 4I0CA 4NHTA 5D5CA 5E4PA 122LA 4LYMA 4DJHA 199LA 4W57A 1GB7A 1D9WA 3AB6A 4J7VA 1CNSA 4KL7A 4DD7A 1LZ8A 2DQFC 3IJUA 167LA 3WUMA 1CJ7A 169LA 1T97A 1UA6Y 1LW9A 1B9OA 230LA 4I7NA 1QUTA 1BWJA 5II3A 3DN8A 1RJCB 3LHMA 3AZ5A 3C81A 1LLHA 118LA 1LJGA 208LA 1L06A 2ZQ4A 3PBLA 5LVJA 1QUGA 2ZILA 248LA 219LA 4NGZA 4RLNA 213LA 5KXLA 1ALCA 4B1AA 3W6FA 4LFXA 1XGUC 5IELA 1BHZA 1XEKA 4I7PA 1GE2A 4ETEA 3HH4A 4W96A 1IY4A 1G1VA 4G4BA 2B5ZA 3PDSA 4NSGA 1L65A 1L41A 1LYOA 159LA 4W58A 5LVKA 1IOCA 4L41A 1L33A 3EO5A 175LA 4W94A 3OE8A 4DQ7A 149LA 3B0IA 1FLYA 4NHSA 3RZEA 3V2WA 3WPJA 4EKPA 4H8XA 3CDTA 2W1MA 2F4GA 1LYJA 1L14A 5M1YA 3OE9A 2CDSA 1C7PA 1L09A 4WM3A 5LVIA 4ML7A 2HU3A 4I7QA 5HMVA 4PGJB 1OUJA 1YAOA 1PQOA 3FI7A 1LHMA 1P2LA 4YEMA 103LA 4II8A 1FKQA 201LA 166LA 1L29A 4WM1A 5I14A 3HUQA 4OW1A 1L24A 3V2YA 1LZSA 6LYZA 1IVMA 1WQQA 1P64A 4ETDA 1HSXA 1WVVA 191LA 1DKKA 1LZEA 1OUAA 2F2QA 188LA 3SB9A 1LZRA 1XFPL 4OO9A 243LA 1YKYX 1LWKA 237LA 3G3VA 247LA 1L28A 2O79A 5FDJA 2MEGA 1B5VA 4W51A 3DMXA 1C46A 4NY5A 1TLAA 1L93A 176LA 4HJVA 4CFPA 1CU3A 4DDCA 1LJIA 3WUNA 245LA 1T8FA 226LA 1LJ3A 3GXKA 4N1EI 3K2RA 249LA 5JENB 1GWDA 1GFVA 4NGVA 2OU8A 1BGIA 1L12A 218LA 3QAKA 2EIZC 1L15A 1G0QA 1WQOA 3DN1A 3N9AA 4NG8A 1CKGA 1AM7A 1IO5A 1L89A 2HEFA 2OU0X 1CKHA 2WARA 1XEIA 2BLXA 1PZYA 1G7LC 4LYCA 2BQFA 217LA 1LGXA 1VDPA 1OWYA 1L51A 2NTHA 3C83A 1LYFA 4QY9A 2D4JA 4XJGA 1UBZA 1MELL 2BQMA 3HBDA 4NGLA 1GE0A 4DKLA 1IR9A 1J1XY 3AZ6A 1LZTA 1L20A 2Q0MX 5L3HA 3ZVQA 3HT7A 5KXYA 3G3AB 4CGEA 4YX7C 3CQLA 2Z39A 5APFA 2OTZX 1F0WA 4RW2A 2L78A 3E3DA 1JKCA 1QDTA 1ZYTA 4R6CA 1GFGA 1G0MA 5A3EA 1LI2A 3HDFA 1F10A 2IGCA 4NEBA 1VATA 1LMPA 2BQGA 4WM4A 3SB5A 4BAPA 4I7KA 3CT5A 4CHXA 1NQIA 1LI3A 5F14A 1C6EA 2RBQA 1QIOA 1NKHA 2B72A 1W6ZA 2ZNWY 112LA 2G4NA 2AUBA 2RBSA 3A93A 1QSAA 4WO6A 3WL2A 4XYYA 1EPYA 1QDRA 1D3JA 1H87A 5K7OA 3ZVQB 1BB5A 189LA 4G4HA 3A8ZA 1C6JA 1CJ9A 1L80A 1JUGA 4DQ5A 141LA 3BKVA 4OOOA 2MEHA 1D2YA 1GBWA 3WU7A 1D0LA 1DYCA 4I7MA 3C7ZA 1CU2A 1LSNA 172LA 1LMCA 1C10A 1CU5A 1LGUA 1QT5A 1C69A 3HFMY 1VAUA 4ET9A 1OUEA 1T8GA 1G0LA 1B5ZA 2OEAX 3GUJA 1BB4A 225LA 3A67Y 3RZ4A 2C8PA 4WOAA 207LA 2ZIKA 2RAZX 1LGWA 4K5YA 3C82A 3ODUA 1GF0A 1P37A 1GFHA 227LA 1WQRA 1GDWA 1HMLA 1CTWA 3DKEX 3W6DA 5B05A 1CKDA 1L70A 1I6SA 1JIYA 1UICA 3GUIA 5F9XA 1IOSA 5HQ1A 1LPIA 1BQLY 4WLXA 1T3PA 1NDMC 4ARQA 1L79A 4EPFA 3TXFA 3HBHA 2YBIA 1WTHA 4OOTA 1IOQA 2EQLA 1JJ3A 1IR7A 1LHLA 2MEEA 4FDYA 158LA 6LYTA 2Z19A 120LA 4WL6A 4YF2A 3A95A 1G06A 2OE4X 3EBAB 4BAFA 2D91A 2YBJA 4DQJA 3LZTA 3HDEA 1IWVA 2NTGA 184LA 1QT7A 3WU8A 4ARQB 1NBZC 1L60A 1ZURA 2G4PA 3QNGA 1CUQA 1RE2A 4WM2A 4NGKA 3A3QA 5APDA 4W52A 253LA 2BQIA 1L59A 2FBDA 4LDEA 3CT1A 2B6TA 4P2EA 244LA 1L08A 3WULA 1BVKC 240LA 2Z2EA 1IP4A 4NGWA 3A90A 1IORA 1L92A 1KW5A 235LA 1HC0A 2OE7X 4QDNA 1L31A 1GFJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1YAN A;  2D4I A;  2B73 A;  4OWC A;  4Z46 A;  3ATN A;  1L71 A;  1LSF A;  1IOT A;  2BQC A;  1GB2 A;  1D6Q A;  3DN6 A;  178L A;  257L A;  113L A;  2XTH A;  1C6M A;  1LSG A;  1H6M A;  3WMK A;  1QSQ A;  3RU5 A;  5KY1 A;  232L A;  1L52 A;  4WLD A;  2BQO A;  3QY4 A;  2LHM A;  4ARL A;  4LT3 A;  2MEF A;  1PQK A;  1UAC Y;  2Z37 A;  2YBH A;  2B75 A;  5KXP A;  1JIT A;  3OK0 A;  2I25 L;  1CV5 A;  2W1L A;  1O23 A;  2MEC A;  1LHJ A;  1L13 A;  146L A;  1L23 A;  4R0F A;  4I0C A;  4NHT A;  5D5C A;  5E4P A;  122L A;  4LYM A;  4DJH A;  199L A;  4W57 A;  1GB7 A;  1D9W A;  3AB6 A;  4J7V A;  1CNS A;  4KL7 A;  4DD7 A;  1LZ8 A;  2DQF C;  3IJU A;  167L A;  3WUM A;  1CJ7 A;  169L A;  1T97 A;  1UA6 Y;  1LW9 A;  1B9O A;  230L A;  4I7N A;  1QUT A;  1BWJ A;  5II3 A;  3DN8 A;  1RJC B;  3LHM A;  3AZ5 A;  3C81 A;  1LLH A;  118L A;  1LJG A;  208L A;  1L06 A;  2ZQ4 A;  3PBL A;  5LVJ A;  1QUG A;  2ZIL A;  248L A;  219L A;  4NGZ A;  4RLN A;  213L A;  5KXL A;  1ALC A;  4B1A A;  3W6F A;  4LFX A;  1XGU C;  5IEL A;  1BHZ A;  1XEK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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