1C6TA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a in the presence of 8 atm xenon
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6tA00
1L41A 3SN6R 4W57A 1L66A 104LA 1CV5A 242LA 1G1VA 4I7RA 1P64A 4S0WA 1QUOA 1D3FA 1OVKA 4W54A 1L87A 2B6XA 1CU5A 3OE0A 240LA 4I7QA 214LA 233LA 191LA 173LA 1L24A 1P46A 200LA 1L82A 1JTNA 172LA 188LA 1LGXA 3L64A 1JQUA 120LA 209LA 184LA 2B6WA 1L27A 1L60A 3HTGA 4I7NA 1L46A 3HTBA 3HDEA 1L51A 248LA 3PBLA 232LA 4W55A 3HUKA 1QUDA 2Z6BA 1L23A 1L10A 1XJUA 1KY1A 1DYDA 2B6YA 1L76A 1C63A 1L81A 1LGWA 183LA 238LA 3OE9A 168LA 3HU9A 139LA 1L68A 3GUOA 1G1WA 147LA 1CUPA 1L84A 2QB0B 3HUQA 1NHBA 262LA 2OE9X 1L47A 159LA 2QARC 2OE4X 2RB0X 1L39A 170LA 4W52A 2OTYX 3HH4A 1DYCA 3GUMA 1L54A 1OV5A 1L50A 4ARPA 1CX6A 231LA 1G0LA 156LA 1QUHA 1C65A 1XJTA 222LA 1KNIA 2ANVA 1P56A 164LA 1D9WA 1T97A 2RB2X 109LA 1D3MA 1L05A 161LA 4I7LA 3HTFA 1PQJA 1EPYA 4I7PA 4I7KA 3HT8A 1G0JA 1P3NA 1LGUA 3DMZA 239LA 1L31A 261LA 1C66A 1G0QA 215LA 1L35A 1DYFA 1CV1A 1C6KA 1L13A 127LA 1P6YA 4K5YA 2HULA 4I7TA 3HWLA 1LI6A 4W56A 107LA 1C6LA 1CU0A 2B6TA 1L57A 1QS9A 1L56A 257LA 198LA 258LA 1L59A 1L52A 4GRVA 2HUKA 1SWZA 4I7SA 2HUMA 3DN2A 3PDSA 1G06A 1G0GA 1C6PA 3SBAA 1QT3A 2IGCA 1T8AA 220LA 1L53A 1QSBA 189LA 4ARJA 225LA 3F8VA 1KW7A 3ODUA 1CV0A 1L97A 1QT6A 3DN3A 1I6SA 1L55A 223LA 236LA 1LYGA 3CDRA 6LZMA 157LA 1PQMA 1CUQA 1L72A 1L92A 1C6FA 144LA 1L86A 3NY9A 149LA 1JTMA 3V2WA 1PQKA 1C60A 1L90A 235LA 4ARMB 1KY0A 1L18A 1T8FA 1C6NA 155LA 185LA 3C7ZA 4AQNA 1L42A 1PQDA 2LCBA 2OU9A 1L43A 2OE7X 113LA 3HH6A 3NYAA 1T6HA 3GUIA 1QS5A 2RBPA 177LA 2RBQA 1OWYA 4ARQB 187LA 1C64A 213LA 3SB5A 1L75A 4W53A 4DAJA 3C8QA 1G0KA 3HH5A 218LA 2F32A 2RBOA 1L89A 7LZMA 4EKRA 4IAPA 1L09A 1C6AA 2LZMA 4EKQA 3DN1A 3SB8A 1CU6A 243LA 2RH1A 131LA 143LA 1D3JA 1L98A 2B70A 3C8RA 3DMVA 1K28A 2O7AA 3CDTA 4ZPUA 1L62A 3FADA 4DJHA 4DKLA 1QT7A 1L30A 1L33A 158LA 2O79A 1KS3A 1L02A 1QTHA 4PJZA 1C62A 1L69A 2RB1X 4ARMA 1DYBA 1L01A 1QTZA 197LA 1LW9A 2B6ZA 1ZURA 1C67A 1P5CA 212LA 3CDQA 3C80A 1L0KA 1C6EA 1L83A 199LA 1QT4A 1LI2A 4LDOA 4ARQA 2Q9DA 1LPYA 3K2RA 140LA 1D2YA 252LA 226LA 3FA0A 4YX7C 1QTVA 1L93A 148LE 3HUAA 251LA 190LA 175LA 3FI5A 3OE8A 1C6JA 3DN0A 1C6HA 254LA 1L14A 1CV4A 3SB7A 1L28A 1C6MA 3HH3A 210LA 1G0MA 3NY8A 3RZEA 1L04A 4EKPA 3C82A 110LA 1C68A 1L03A 1OWZA 245LA 2OU0X 1C61A 219LA 2CUUA 4E97A 3C7WA 3GUJA 234LA 255LA 1L12A 3V2YA 260LA 182LA 3L2XA 1L21A 1L32A 3CDOA 4EKSA 108LA 1LYDA 1L94A 2F2QA 1G0PA 3C81A 1L96A 4OO9A 1L63A 3G3VA 2O4WA 3SB9A 125LA 1L15A 3DN4A 196LA 1L44A 2OTZX 1L22A 129LA 1L49A 3UONA 138LA 4EPFA 4LDEA 1L40A 137LA 1L74A 4EXMA 1SSYA 3SB6A 115LA 103LA 1CV6A 246LA 4YXCA 1C6BA 1L25A 1LYIA 3LZMA 1L79A 3HT7A 217LA 181LA 152LA 4PK0A 4LZMA 2RAZX 169LA 1L11A 1L36A 192LA 244LA 3HT6A 2ANXA 1C6TA 1SX7A 3DNAA 5LZMA 247LA 1B6IA 1C6DA 1L26A 3F9LA 1L29A 174LA 3G3XA 1P2RA 259LA 1CU3A 1L64A 3GUNA 176LA 1L85A 230LA 2OEAX 1L71A 1SSWA 2OU8A 3DMXA 195LA 2NTHA 3HU8A 1CX7A 112LA 1L67A 1C6IA 1CU2A 2B72A 2RBRA 1QUGA 1OVJA 1C69A 118LA 160LA 163LA 1QTDA 171LA 1QSQA 241LA 2F47A 3HTDA 256LA 1L0JA 1CVKA 4W51A 186LA 1L58A 3G3WA 1D2WA 3DN6A 1L34A 142LA 3GUPA 165LA 1LLHA 122LA 3SBBC 123LA 145LA 146LA 1L07A 1T8GA 4W58A 162LA 224LA 3C7YA 166LA 3DKEX 216LA 178LA 167LA 1L17A 1L00A 1TLAA 1LYFA 3D4SA 4I7JA 250LA 1L06A 3RUNA 1L95A 1D3NA 2B7XA 3EMLA 249LA 1L77A 3C83A 3DN8A 1XEPA 4W59A 1DYAA 4I7MA 130LA 1P37A 119LA 1SWYA 1PQOA 1QTBA 1L20A 3JR6A 1L88A 1QTCA 2L78A 228LA 1L70A 4GBRB 180LA 3HDFA 2RBSA 4EJ4A 1QT5A 1ZWNA 1CTWA 1LYEA 205LA 227LA 1LYJA 3GULA 1L38A 2RAYX 1P2LA 4EPIA 1L99A 1LI3A 1QT8A 1L19A 3C8SA 1C6GA 3GUKA 3CDVA 2B74A 1L91A 114LA 211LA 2B73A 2RBNA 1LYHA 1KW5A 1DYGA 1WTHA 1OYUA 151LA 1L08A 221LA 1L16A 2LC9A 1L45A 1C6QA 111LA 1L37A 237LA 4I7OA 1P7SA 1L65A 3OE6A 102LA 229LA 4ARLA 3VW7A 1C6CA 141LA 1L61A 1OV7A 1ZYTA 201LA 2NTGA 2A4TA 2Q9EA 2B75A 1CV3A 1G07A 1P36A 3HT9A 4YXAC 3QAKA 253LA 1LWKA 128LA 4LDLA 126LA 1OVHA 206LA 1SX2A 1LWGA 1L48A 1DYEA 1L73A 1L80A 1PQIA 150LA 5I14A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SN6R 2H5ZA 1G1VA 1P64A 3AZ5A 1UCOA 4OWCA 1L87A 3WUAA 1LHKA 4I7QA 214LA 191LA 1L24A 1P46A 200LA 4DWXA 1JTNA 172LA 1LGXA 3L64A 3QE8A 1O23A 184LA 1I1ZA 4ML7A 2WARA 5ILCA 3HTGA 1BWJA 3TXIA 1L51A 1LSMA 1B7NA 4W55A 1QUDA 1DYDA 1IC4Y 1UIGA 1C63A 2DQIY 1LZ6A 183LA 238LA 1L68A 3GUOA 1G1WA 4J1AA 3WYHA 194LA 4WLXA 1REYA 147LA 2QB0B 4YOPA 5F9UA 4EOFA 4WM5A 1NHBA 3ATNA 1L47A 159LA 2QARC 3AZ6A 4DDCA 2RB0X 1BHZA 4W52A 1DYCA 3GUMA 1TBYA 3P65A 1G0LA 1QUHA 5FCPA 222LA 1IO5A 2RB2X 4YM8A 4OOTA 2G4QA 4G4CA 4I7KA 1YKXX 3HT8A 5F81A 2Z2FA 153LA 1AT6A 1P3NA 1G0QA 2H9KA 1FN5A 4NFVA 4DDAA 1CV1A 3P4ZA 1L13A 1P6YA 3HBEX 3HWLA 1LI6A 1LMOA 4W56A 4ETEA 1C6LA 2HEEA 1QS9A 3E3DA 1WQQA 257LA 1LZEA 258LA 1L52A 2Z39A 1SLYA 4TWSA 1GPQC 4I8SA 3SBAA 1T8AA 220LA 1QSBA 5L3IA 4LT0A 1KW7A 4X3BA 1KXYA 4HV1A 4DC4A 1L55A 2LYZA 4FJRA 3LZTA 6LZMA 1GD6A 1GE1A 1LZ4A 157LA 1L72A 2LHMA 2MEIA 4NGYA 149LA 1I56A 2YBNA 3V2WA 1GBXA 1PQKA 235LA 134LA 4J1BA 5B59A 1KY0A 2GV0A 185LA 1L42A 1D6PA 4KL7A 2OE7X 3HH6A 1LZTA 3GUIA 4DD1A 3B72A 177LA 2YBIA 1GFTA 1OWYA 5B05A 187LA 4ET8A 213LA 1AT5A 1YL1X 2BQNA 4H9AA 3TXKA 4ZIXA 1XGUC 1RI8B 3LYZA 4TSCA 1L09A 5I5QA 4EKQA 4HP0A 3SB8A 1D6QA 4AGAA 243LA 1G7MC 4LYOA 2CGIA 1GEZA 3DMVA 2XTHA 2O7AA 4UWNA 3CDTA 4ZPUA 2YBHA 1PS5A 5KXLA 1L33A 1QUTA 4PRUA 1GE3A 4XJHA 208LA 3HFMY 1KS3A 2BQCA 1IEEA 1QTHA 1C62A 4ARMA 4HPEA 1QTZA 3A94A 1LW9A 1P5CA 1NKHA 3CDQA 1FLUA 2FYDA 1L83A 199LA 1QSWA 1LI2A 4NGZA 5D5CA 3K2RA 252LA 1J1PY 2ZQ4A 1L93A 1JTOL 190LA 175LA 4W94A 2Z19A 1C6JA 3A6BY 2HUBA 1HEOA 1GE4A 1JWRA 4CHXA 1IP2A 3SB7A 3HH3A 1OUJA 1G0MA 1IOCA 5ILFA 4NHSA 3C82A 4EKPA 1C68A 4LGKA 1OWZA 4XJIA 1GBZA 4E97A 3C7WA 3GUJA 255LA 5IHGA 1UIBA 3V2YA 1L32A 4EKSA 4EMNA 1B7SA 4WLYA 1LYDA 3A91A 1GBOA 1NBYC 1QDTA 3D3DA 1XGPC 3G3VA 3SB9A 1L15A 1XSFA 4YF2A 196LA 1L44A 1L22A 135LA 1UIAA 138LA 4HJZA 1L74A 3SB6A 115LA 1CV6A 1C6BA 1L25A 1LYIA 1L79A 1OUBA 2MEHA 4WL7A 1L36A 2A7FA 1C6TA 3DNAA 5LZMA 132LA 4H9BA 1B5YA 1UICA 3OJPA 4ANRA 4H91A 4H92A 1TDYA 3F9LA 1BQLY 2BQGA 3WXTA 1LOZA 1GF8A 259LA 3GUNA 3AGIA 176LA 3AB6A 4LYMA 3HU8A 2DQDY 4NGOA 4HTKA 2BQBA 2B72A 1UIFA 1IR9A 3T36A 3KAMA 1C69A 3AGGG 5DM9A 3CB7A 118LA 1I20A 1GBYA 1QTDA 241LA 1JKBA 256LA 2FBBA 1GFVA 1LZ1A 165LA 1GF0A 123LA 146LA 4MR1A 1T8GA 4W58A 2MEBA 1GF3A 1H87A 2ZIJA 3C7YA 3DKEX 2W1MA 2BQFA 1EQ5A 4E3UA 250LA 3ZVQA 1L06A 2B7XA 3EMLA 3CSQA 1YAPA 249LA 2MEAA 4ETBA 3TXGA 1XEPA 2FBDA 4NHTA 3TMWA 1P37A 1OUIA 2BQKA 1PQOA 3WVXA 4N5RA 1IR8A 2D4IA 1QTCA 2L78A 1YIKA 1IOQA 180LA 3HDFA 1QT5A 1LYEA 1L38A 2EIZC 2RAYX 1P2LA 1L99A 3G3AB 3C8SA 4J0LA 3B0IA 4PPOA 1VDQA 2RBNA 1KXWA 4OWEA 1FKQA 1WTHA 5AMYA 5KXYA 193LA 1LZ8A 4NSGA 111LA 1LYYA 4I7OA 1GF7A 2N5ZA 1B7QA 2ZIKA 1P7SA 2HTXA 102LA 229LA 2BQMA 3OE6A 4HTQA 3VW7A 1GFKA 1LWKA 1GB8A 128LA 1LZYA 5LYZA 1SX2A 3AZ4A 1L48A 4RW1A 150LA 4W57A 1GDWA 1GF6A 3CT1A 104LA 1F10A 1D0LA 1IP4A 3D9AC 1B0DA 1QUOA 154LA 2EQLA 3TXHA 4W54A 4KT3A 3LYMA 3A8ZA 1GXXA 4NHQA 1HEPA 233LA 3TMVA 4DDBA 4RW2A 1A4VA 5B07A 1L60A 4I7NA 3HDEA 4U3XB 3W6EA 248LA 3PBLA 3AW7A 4KXIA 3RNXA 1XJUA 1GAZA 1L76A 1L81A 4DQ7A 1ALCA 4O34A 1WVUA 2HEAA 1IWUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3SN6 R;  2H5Z A;  1G1V A;  1P64 A;  3AZ5 A;  1UCO A;  4OWC A;  1L87 A;  3WUA A;  1LHK A;  4I7Q A;  214L A;  191L A;  1L24 A;  1P46 A;  200L A;  4DWX A;  1JTN A;  172L A;  1LGX A;  3L64 A;  3QE8 A;  1O23 A;  184L A;  1I1Z A;  4ML7 A;  2WAR A;  5ILC A;  3HTG A;  1BWJ A;  3TXI A;  1L51 A;  1LSM A;  1B7N A;  4W55 A;  1QUD A;  1DYD A;  1IC4 Y;  1UIG A;  1C63 A;  2DQI Y;  1LZ6 A;  183L A;  238L A;  1L68 A;  3GUO A;  1G1W A;  4J1A A;  3WYH A;  194L A;  4WLX A;  1REY A;  147L A;  2QB0 B;  4YOP A;  5F9U A;  4EOF A;  4WM5 A;  1NHB A;  3ATN A;  1L47 A;  159L A;  2QAR C;  3AZ6 A;  4DDC A;  2RB0 X;  1BHZ A;  4W52 A;  1DYC A;  3GUM A;  1TBY A;  3P65 A;  1G0L A;  1QUH A;  5FCP A;  222L A;  1IO5 A;  2RB2 X;  4YM8 A;  4OOT A;  2G4Q A;  4G4C A;  4I7K A;  1YKX X;  3HT8 A;  5F81 A;  2Z2F A;  153L A;  1AT6 A;  1P3N A;  1G0Q A;  2H9K A;  1FN5 A;  4NFV A;  4DDA A;  1CV1 A;  3P4Z A;  1L13 A;  1P6Y A;  3HBE X;  3HWL A;  1LI6 A;  1LMO A;  4W56 A;  4ETE A;  1C6L A;  2HEE A;  1QS9 A;  3E3D A;  1WQQ A;  257L A;  1LZE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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