1C6TA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a in the presence of 8 atm xenon
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6tA00
3C7ZA 119LA 1T97A 1K28A 4ARMA 3C8QA 3DN3A 2B72A 4ZPUA 2B6YA 4EKQA 1L19A 2OEAX 1CU5A 3GUKA 114LA 122LA 238LA 1L41A 1P2RA 4I7SA 1CU0A 1KY1A 144LA 2B6TA 4I7LA 1QUDA 4EKSA 225LA 1C61A 2RBOA 1G1VA 1L93A 2RB2X 3HTBA 1LYHA 1C6EA 2RBRA 1L86A 257LA 2HUKA 1L10A 1L82A 138LA 1QT7A 1C6DA 1QSQA 3NY8A 1L98A 1L05A 1L52A 1L89A 2OTZX 1T6HA 1T8AA 1L04A 1L67A 175LA 4ARQA 1XJTA 104LA 1CV0A 248LA 1C6FA 1P6YA 4W54A 1L84A 242LA 1G0MA 1LWGA 206LA 4LDEA 3GUOA 1SWZA 219LA 1C6TA 1L94A 250LA 1L55A 1P64A 1C6PA 178LA 3K2RA 127LA 1L06A 2NTHA 145LA 212LA 162LA 4I7NA 3DMZA 146LA 1DYBA 217LA 1OWZA 1LGXA 149LA 2HUMA 2RBQA 130LA 3SB6A 1L20A 1L63A 1D3JA 1DYGA 2O4WA 141LA 1OV5A 4I7QA 1G0PA 3CDVA 1L21A 3HT6A 1B6IA 199LA 1D2WA 1KNIA 1G07A 1P37A 3C8RA 198LA 152LA 1LYDA 2RBSA 2Q9DA 1DYFA 249LA 1L24A 172LA 223LA 229LA 3PBLA 1G0JA 3PDSA 1P2LA 256LA 5I14A 181LA 1L48A 1G1WA 1QUHA 1L0JA 230LA 1CV1A 2Z6BA 1L92A 261LA 109LA 4IAPA 118LA 187LA 3DMXA 240LA 6LZMA 4S0WA 3F9LA 2B70A 221LA 1KY0A 3HU9A 4W52A 4E97A 1D3MA 1L87A 2RAYX 140LA 1L50A 1C6JA 1L54A 3DN6A 2A4TA 142LA 252LA 1KW7A 2OE7X 1L95A 1XEPA 1QSBA 2O7AA 1SWYA 4W57A 3JR6A 1L74A 3C81A 4I7KA 3CDTA 161LA 1L31A 4OO9A 4DKLA 2F2QA 2RAZX 3RUNA 2B7XA 1QT5A 236LA 3F8VA 3GUNA 3G3WA 2B6ZA 197LA 1OVKA 1D9WA 185LA 3DNAA 2OU0X 4W58A 3CDOA 2LC9A 1L33A 3SB5A 1PQMA 4I7PA 216LA 1L23A 1L88A 1LI3A 3GUJA 1L56A 5LZMA 227LA 260LA 1L18A 1L40A 1C60A 1L83A 1L47A 1LI6A 1L44A 1P56A 214LA 4I7OA 4LDOA 2OU9A 1C6AA 1D3NA 3HWLA 3C8SA 4YXCA 3HDEA 1P7SA 1QTDA 3FADA 3SB9A 1L26A 125LA 1L97A 3DN2A 1C6QA 1ZWNA 139LA 3DN8A 1L99A 213LA 259LA 4ARQB 1QTZA 1L64A 4YXAC 4GRVA 1G0GA 3HH3A 165LA 1LYIA 1QT6A 3HH5A 1C6HA 2B74A 169LA 3DN0A 1WTHA 1L39A 4DAJA 1CVKA 243LA 1JQUA 1CV4A 3DKEX 1L53A 3GUPA 1CV5A 1L02A 209LA 254LA 1G0QA 2Q9EA 1L27A 102LA 1QUGA 258LA 1L51A 253LA 3HUKA 231LA 3L2XA 237LA 4EXMA 4EKRA 159LA 7LZMA 1L75A 1L72A 120LA 1L49A 1CV6A 1L79A 1ZURA 4DJHA 244LA 3GULA 3GUIA 1PQDA 3HTDA 1LGUA 2ANVA 1L16A 1L22A 174LA 1L58A 2F47A 1L11A 224LA 1LW9A 1QTCA 1L17A 1NHBA 1L32A 2NTGA 2O79A 1L85A 4PK0A 177LA 3L64A 215LA 1C66A 1L38A 3CDQA 3HTGA 4K5YA 2CUUA 123LA 1L01A 3SB7A 110LA 1L90A 1C62A 2F32A 3V2WA 1LYGA 2OE4X 3HUQA 1EPYA 2RB0X 1SX2A 2B6WA 3HDFA 1OVJA 171LA 3HH6A 1L77A 1L00A 3OE9A 4I7RA 1CU2A 186LA 4LZMA 247LA 170LA 4W51A 1DYEA 262LA 3ODUA 3V2YA 1G0KA 3G3VA 205LA 1C69A 3G3XA 2B75A 3C7WA 1CTWA 1L28A 1L61A 1C68A 1L15A 1PQKA 211LA 3VW7A 180LA 1I6SA 3SBBC 4ARMB 1QTBA 188LA 1SSWA 1C6BA 1C6NA 4GBRB 1L43A 4PJZA 210LA 3HT9A 1L46A 147LA 4LDLA 1LPYA 2QB0B 108LA 251LA 3HUAA 1TLAA 183LA 1LYFA 3C82A 1L09A 1PQOA 220LA 196LA 190LA 3C80A 1P36A 1D2YA 1PQJA 1ZYTA 2IGCA 151LA 1C6MA 115LA 201LA 3DMVA 1DYAA 1C6GA 1L25A 1PQIA 239LA 1L42A 3D4SA 1CX6A 1L69A 137LA 103LA 1L30A 3OE6A 218LA 234LA 2OTYX 1L12A 1L34A 1C6IA 112LA 2RBPA 3GUMA 2RH1A 1L68A 1OVHA 1LI2A 4AQNA 1C6LA 3NY9A 1CUQA 3DN1A 1L80A 1QUOA 191LA 1T8FA 241LA 113LA 1LWKA 1L91A 126LA 1D3FA 1LGWA 4I7TA 1LYEA 189LA 1C65A 184LA 1L45A 1L37A 1L29A 1SSYA 1L08A 1L36A 1QS9A 157LA 1L66A 4ARJA 4W55A 107LA 1OV7A 1KS3A 155LA 192LA 1T8GA 2HULA 1CU6A 1L07A 1P46A 1JTMA 1JTNA 200LA 4ARLA 1L59A 3OE0A 4I7MA 1C64A 3LZMA 2QARC 1L65A 3HT8A 1L81A 164LA 1LYJA 1L13A 2ANXA 1L76A 1QTVA 1L03A 1G06A 1DYDA 1L62A 4YX7C 4W53A 226LA 143LA 150LA 246LA 1QT8A 160LA 3CDRA 111LA 1P3NA 1LLHA 3C7YA 2B73A 4W59A 167LA 1QT4A 176LA 3SB8A 4EPFA 2OE9X 3DN4A 1L14A 232LA 1L57A 1L73A 1CU3A 1C6KA 148LE 4EPIA 228LA 1CUPA 2LZMA 129LA 128LA 156LA 166LA 1QS5A 1L96A 2LCBA 3QAKA 1L35A 1L70A 131LA 4EKPA 195LA 1G0LA 3HT7A 4EJ4A 3EMLA 3NYAA 1XJUA 233LA 2RBNA 3OE8A 1C63A 1L71A 3HTFA 3RZEA 1OWYA 3HU8A 1DYCA 222LA 158LA 3FA0A 1QTHA 163LA 1QT3A 1SX7A 2B6XA 1L60A 255LA 1CV3A 4W56A 1C6CA 2L78A 182LA 2OU8A 4I7JA 1KW5A 3C83A 3SBAA 1C67A 173LA 1OYUA 3UONA 235LA 1L0KA 1CX7A 3SN6R 1P5CA 3FI5A 168LA 4ARPA 245LA 3HH4A 2RB1X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3F6ZA 1JKCA 4ARMA 1LJHA 2B6YA 4EKQA 1INUA 114LA 1T6VL 122LA 1L41A 1P2RA 1KY1A 2B6TA 1QUDA 225LA 1C61A 4AGAA 4I8SA 257LA 3RU5A 3LYMA 4B49A 1QT7A 2YBMA 4WM4A 2BQBA 3AYQA 4WG1A 1L52A 1L89A 1DPXA 3A96A 3CT0A 1CJ9A 1LSFA 4WM2A 1L04A 104LA 1CV0A 2F4GA 1P6YA 1JPOA 2MEIA 2HUBA 1GF9A 1L84A 1G0MA 1LWGA 5HLLA 4Z46A 4B4IA 3GUOA 1GFEA 1H6MA 1C6TA 4NGLA 1AZFA 3QNGA 212LA 4WLTA 2ZYCA 1FKVA 1CNSA 1LZYA 1GDXA 2MEAA 4J1AA 149LA 3RW8A 1HFZA 2RBQA 1JJ3A 5B05A 2D4IA 1YQVY 3C8RA 1G07A 1P37A 198LA 4NHPA 1JITA 4Z98A 3PBLA 1FLWA 1CJ7A 2N5ZA 2LYOA 1LZBA 4QEQA 2BAAA 1FLUA 2HU1A 1L92A 5DL9A 109LA 3DMXA 1LZGA 4S0WA 9LYZA 3F9LA 2B70A 2BQAA 3LZTA 1KY0A 3HU9A 4W52A 3A90A 2RAYX 1OUHA 4H8YA 140LA 1L54A 4YEOA 3DN6A 4WM5A 2HEDA 2OE7X 1KW7A 4BAFA 2O7AA 1LYZA 3JR6A 5B1FA 1LHIA 161LA 1OUJA 4H9EA 1REZA 1QT5A 1LZ4A 236LA 3F8VA 4GCFA 4P2EA 4DQ7A 3T6UA 1D9WA 5A3ZA 1GPQC 2OU0X 5KXYA 1L33A 1C43A 4I7PA 216LA 4IATA 2BQCA 1L88A 1LI3A 2MEDA 153LA 1LZNA 1L56A 1D6QA 4W96A 260LA 5LA8A 1L18A 1L40A 4YEMA 4I7OA 3TMUA 5LXWA 214LA 2OU9A 5LYZA 1D3NA 3C8SA 1W6ZA 1QTDA 1GF6A 1LSDA 1GF5A 5L9JA 5APFA 1H87A 1C6QA 3A8ZA 1ZVYB 2DQJY 1GB0A 1L99A 3W6EA 4QY9A 4H8ZA 1B7QA 4D9ZA 1G0GA 5KXPA 1LSMA 5DM9A 1MLCE 1N4FA 3HH5A 2B74A 3WU7A 3DN0A 1LMOA 5KJ9A 1B7MA 1B7RA 3CB7A 4TWSA 1CV5A 2Q9EA 1L27A 102LA 2YDGA 258LA 4J7VA 4WG7A 1L75A 5ILFA 1CV6A 4Z3MA 2G4QA 2YBNA 1FN5A 244LA 3GULA 1GFGA 2ANVA 4X3BA 5LAGA 3TXDA 1L17A 1NHBA 1L32A 2XBRA 4PGJB 1HERA 177LA 5HMVA 1LHHA 1C66A 3CDQA 4K5YA 4LYZA 1HENA 4XYYA 1B7NA 5DN5A 1LZAA 2CUUA 123LA 1L90A 4TSBA 2F32A 1LYGA 3W3EA 2RB0X 1D0LA 1EQEA 8LYZA 2B6WA 5B59A 1L77A 1NHEA 2BQMA 2Z39A 1IOQA 4LZMA 3D9AC 4LYMA 2B5ZA 2FYDA 4W51A 1DYEA 2YBHA 4HPEA 4B4JA 2G4NA 1JTOL 2BQFA 3V2YA 1UA6Y 5I4YA 3G3XA 4A7DA 1C68A 2I26L 1OUAA 2BQOA 1YAQA 3LYTA 5C6JA 3B0KA 5A3EA 180LA 3SBBC 4ARMB 1V7TA 2FBDA 5I5QA 3TMXA 5B06A 1YAOA 1IY4A 2C8PA 4PJZA 1IORA 3B72A 1LJIA 4NHIA 1C10A 1LPYA 1TLAA 183LA 4M6DA 1L09A 1PQOA 1BB5A 220LA 2BQDA 1HEMA 4DQ5A 2IGCA 4I0CA 4XN6A 1C6MA 1DI3A 1DYAA 1C6GA 3D4SA 1L69A 1GB8A 4KXIA 1KXYA 1L34A 4L41A 112LA 1BWJA 4AXTA 1A2YC 2RH1A 1OVHA 1L80A 2BQHA 191LA 241LA 1L91A 3SP3A 5FDJA 1IY3A 4G49A 1GFUA 1VDTA 4I7TA 1J1PY 4NSGA 1L36A 1L66A 4TTDA 194LA 4W55A 3AW6A 1KS3A 2D4JA 3MGWA 1T8GA 1UIEA 1JTMA 200LA 5F81A 2DQDY 4ARLA 1IVMA 3OE0A 4H9CA 3HT8A 2HTXA 164LA 1E8LA 1QTVA 1L03A 1G06A 4YX7C 143LA 150LA 2F4AA 246LA 1QT8A 3CDRA 5HNLA 1IEEA 4RW1A 1HNLA 4EPFA 3SB8A 4H8XA 2OE9X 4PJ2C 1LTMA 1JIYA 1C6KA 228LA 1QQYA 5LVHA 1JJ1A 1QS5A 1BQLY 4GCEA 2G4PA 1CKCA 4EKPA 1G0LA 3HT7A 3T36A 2A7FA 4HTNA 1OWYA 3N9EA 2I25L 1BB3A 1QTHA 163LA 4LFPA 1QT3A 1IWUA 1SX7A 4CFPA 255LA 1LSAA 1UIBA 3LYZA 1AM7A 1CV3A 1WQMA 4WM1A 2L78A 182LA 1DZBX 5KXSA 4DD0A 1GAYA 1TBYA 3SBAA 4TX7A 1OYUA 1GB6A 3UONA 1AT5A 3FI5A 4ARPA 1NQIA 1CJ6A 1B5ZA 3C7ZA 119LA 1K28A 3C8QA 2IFFY 4II8A 4DDAA 2Z12A 1L19A 2OEAX 1IP6A 4LGKA 4UWVA 144LA 1L93A 2RB2X 5I53A 3HTBA 3A3QA 1C6EA 4XADA 2HUKA 1L10A 138LA 1C45A 1B2KA 1QSQA 1HMLA 4OWEA 1JISA 4PRQA 1JSEA 1L67A 5FELA 1XJTA 4WLYA 3W6DA 1C6FA 3VWOA 5I54A 2EQLA 1LSNA 206LA 4FDYA 1UICA 4LDEA 2IHLA 1L94A 1LZRA 1L06A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3F6Z A;  1JKC A;  4ARM A;  1LJH A;  2B6Y A;  4EKQ A;  1INU A;  114L A;  1T6V L;  122L A;  1L41 A;  1P2R A;  1KY1 A;  2B6T A;  1QUD A;  225L A;  1C61 A;  4AGA A;  4I8S A;  257L A;  3RU5 A;  3LYM A;  4B49 A;  1QT7 A;  2YBM A;  4WM4 A;  2BQB A;  3AYQ A;  4WG1 A;  1L52 A;  1L89 A;  1DPX A;  3A96 A;  3CT0 A;  1CJ9 A;  1LSF A;  4WM2 A;  1L04 A;  104L A;  1CV0 A;  2F4G A;  1P6Y A;  1JPO A;  2MEI A;  2HUB A;  1GF9 A;  1L84 A;  1G0M A;  1LWG A;  5HLL A;  4Z46 A;  4B4I A;  3GUO A;  1GFE A;  1H6M A;  1C6T A;  4NGL A;  1AZF A;  3QNG A;  212L A;  4WLT A;  2ZYC A;  1FKV A;  1CNS A;  1LZY A;  1GDX A;  2MEA A;  4J1A A;  149L A;  3RW8 A;  1HFZ A;  2RBQ A;  1JJ3 A;  5B05 A;  2D4I A;  1YQV Y;  3C8R A;  1G07 A;  1P37 A;  198L A;  4NHP A;  1JIT A;  4Z98 A;  3PBL A;  1FLW A;  1CJ7 A;  2N5Z A;  2LYO A;  1LZB A;  4QEQ A;  2BAA A;  1FLU A;  2HU1 A;  1L92 A;  5DL9 A;  109L A;  3DMX A;  1LZG A;  4S0W A;  9LYZ A;  3F9L A;  2B70 A;  2BQA A;  3LZT A;  1KY0 A;  3HU9 A;  4W52 A;  3A90 A;  2RAY X;  1OUH A;  4H8Y A;  140L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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