1CJ6 | Genus

Total Genus 52

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	52
sequence length	130
structure length	130
Chain Sequence	KVFERCELARALKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__295478508916093__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__295478508916093__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1CJ6/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__295478508916093__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"295478508916093","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1CJ6/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__295478508916093__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfadd019597872e840919c2/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfadd019597872e840919c2/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfadd019597872e840919c2/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfadd019597872e840919c2/pdb.gz): 1900 ms

reading 130 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

130 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:129});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	Contribution of intra- and intermolecular hydrogen bonds to the conformational stability of human lysozyme(,). pubmed doi rcsb
molecule keywords	PROTEIN (LYSOZYME)
total genus	52
structure length	130
sequence length	130
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	1999-04-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	1cj6A00

3A8ZA 5HMJA 3T6UA 4DD2A 2GV0A 132LA 2Z2FA 1VDSA 1YAQA 2DBTA 4WO6A 3LYMA 1NHEA 3N9EA 4HV2A 3EXDA 1CKFA 1IP1A 4C3WA 1UACY 2F2NA 4NGVA 3W6EA 2MEIA 4ZIXA 5LXWA 4Z3MA 1HF4A 2Z19A 4ZEEA 1GFHA 1EQ4A 2W1XA 1JTTL 4WM2A 3EO5A 3SP3A 1DI3A 2BQCA 4CJ2A 1TEWA 5KXTA 4H9HA 1REZA 3A67Y 4N9RA 3TMUA 1JJ1A 4H91A 1QQYA 1IWYA 4PHIA 1NBYC 1F6SA 1HEPA 1GD6A 4CHXA 1LJNA 1UIGA 5DN5A 5LA8A 4WL7A 1LYSA 4QEQA 4KT3A 1C45A 2B5ZA 4NHSA 1QDTA 3AJNA 1DPXA 5FSTA 3RT5X 1LMQA 1G7JC 1ZVHL 2X0AA 4TUNA 1CKGA 2CJLA 4D9ZA 1JKBA 1YKYX 3HBDA 1LJFA 1GE3A 1HMKA 2MEDA 4NGJA 1IP3A 3LZ2A 5HLLA 2FYDA 4OWHA 1BB7A 2H9KA 1ZMYL 2BQOA 4FDYA 1LSYA 4XJFA 3WYHA 2D4KA 1QSAA 2BQNA 4HTQA 3ZEKA 3TMVA 1LYZA 1LZ5A 5APCA 1VDQA 4NGOA 4YF2A 1LJGA 4DD9A 153LA 4HJYA 1LZRA 8LYZA 1B2KA 4DC4A 3AW7A 1VEDA 3WVXA 1FKQA 4ETAA 4FJRA 1LHLA 1NDGC 3RZ4A 5I4YA 3AZ7A 4AGAA 1GF5A 2C8PA 1ZV5L 2HEEA 2HEAA 2RSCA 1B5XA 1O23A 4NEBA 1XEKA 3AGHA 5AMYA 1BWIA 4DDAA 1OUCA 4YM8A 5LYZA 4DT3A 4N8ZA 4G9SA 4WO9A 1NWGA 2D91A 4NSHA 3WPJA 3B0IA 2LYMA 3OK0A 4NWHA 1BB5A 1IOQA 1B7RA 1FLUA 3AGIA 4I0CA 4WM5A 1RJCB 1LJEA 2YSSC 4WG1A 4UWVA 3WU9A 1GEVA 1IR9A 2ZYCA 4Z41A 4NG8A 1GE1A 2EKSC 1B0DA 1D9UA 1XGTC 4EMNA 1GFEA 1OUHA 3AB6A 4H94A 3IJUA 3HBHA 2BQLA 4GLVA 5FDJA 2MEAA 3WXTA 1QTKA 2XJWA 4LFPA 5DL9A 3QNGA 5L9JA 2EQLA 4C5FA 1BB4A 1IIZA 2DQDY 4DDCA 1BB3A 1FLWA 3P68A 4H93A 3N9AA 5DLAA 4OWEA 1VATA 4ET8A 2BAAA 4MR1A 3WU8A 3LYOA 4PGJB 4ZFPA 2LYZA 4H9BA 4LT3A 2FBBA 3WW6A 1C10A 2NWDX 4LT0A 5APDA 5APEA 2IHLA 1BVKC 5I5QA 3E3DA 5K7OA 1INUA 1G7IC 1UC0A 4GCDA 4H9FA 4H90A 1NKHA 4NSGA 5F16A 5I4WA 1LZ9A 2YBNA 3CB7A 3K3TA 4GCEA 4HTKA 1REYA 1UIEA 2G4PA 4WLYA 1YKXX 1YKZX 1FBIX 2AUBA 1BWHA 2MEBA 1KIRC 1LHIA 4OOOA 4E3UA 1LMCA 3QY4A 1SLYA 3WH1A 1GBOA 2Z12A 5B1GA 1LSDA 5KJ9A 1JPOA 4NHTA 3TXIA 4GCCA 1GB9A 1FLQA 2DQIY 5EBHA 5KXYA 5J7CA 3WMKA 2YBIA 1IWVA 1YAMA 3WULA 1UIAA 4A7DA 2BQAA 1LJIA 5KKIA 4XN6A 1UIDA 3CSZA 1NF5A 5A3ZA 1HNLA 3M18B 1V7TA 1HFZA 2EIZC 2VB1A 3GXRA 4LYZA 3TXFA 4J0LA 1IVMA 1AM7A 4G49A 1WQRA 4LYBA 2D6BA 1LZYA 3P4ZA 3TXEA 1AKIA 1UUZC 4DDBA 3CT0A 1GDWA 2MEGA 2YBJA 4BAPA 2DQGY 3TMXA 5A3EA 1DXJA 2DQEY 1DZBX 1DPWA 1GBSA 1YANA 4RW1A 4UWNA 4G4CA 2HEDA 1GF9A 1IC4Y 1IP7A 4WLTA 5KY1A 1B7QA 3FI7A 3WVYA 1IOTA 4QY9A 1GB3A 2ZQ4A 1LSBA 3LYTA 2BQKA 1WVVA 1N4FA 5FEKA 1H87A 1LJ4A 3P65A 4AXTA 4XJBA 1GFVA 2ZIKA 2D4IA 2DQAA 1UICA 1YROA 1G7LC 4H8XA 2HUBA 1LJJA 1B7OA 1XEJA 1XGRC 3ZVQB 1GXXA 3FE0A 1LCNA 1GB2A 3HBEX 1JKCA 4NG1A 1LJHA 1GB5A 4QDNA 4GCBA 4H8YA 1LZTA 2PC2A 2LZTA 1OUIA 1EQ5A 3A95A 3LN2A 3ULRA 3LZTA 5KKJA 4N5RA 4PRQA 5F9XA 5LIOA 9LYZA 2BQEA 1IY4A 1GF0A 4GCFA 1JTPL 1LPIA 1B7SA 2I25L 1LMAA 1JWRA 3EMSA 1BVXA 1XGPC 5KXNA 4IJ4A 3VWOA 4LYTA 3RU5A 1LSFA 1IC5Y 4NFVA 4IATA 4ETDA 1WTNA 3N9CA 2HU1A 2WARA 1YIKA 1D6QA 3OJPA 4TSBA 4WM6A 2BQJA 1JIYA 1CKHA 4B4EA 1OUAA 1IR7A 135LA 1IWWA 1B7NA 2FYCA 4WM1A 1BGIA 5LVIA 2ZNXY 1IP6A 1F0WA 2FBDA 4XENA 133LA 1GBZA 2DQFC 3WL2A 1GBYA 5F81A 4J7VA 1JTOL 4WM3A 4H92A 1NMMA 1CJ8A 3ATNA 1JISA 1TAYA 3W6DA 1B9OA 4Z46A 2F4GA 4R0FA 1FKVA 1YQVY 1OQMA 3W6CA 4UWUA 1D6PA 1YILA 4WLXA 1B7LA 5HNCA 1HC0A 1IP2A 1XSFA 6LYZA 4LT2A 4OW1A 5T3FA 3W6BA 1B5VA 1LMOA 4ML7A 5LYTA 1MELL 2I26L 4XJIA 4HPEA 2LZ2A 1A4VA 4BADA 1H6MA 4B4JA 4HV1A 1JJ3A 1GE4A 4G4HA 4HTNA 3TXHA 4BAFA 4DD3A 1DKKA 2DQCY 1LYYA 2Z39A 1FDLY 1RFPA 2BQBA 2DQHY 1IX0A 3A92A 3IWRA 4W94A 4I8SA 1QUTA 4OWCA 1OUJA 1GDXA 2YBMA 1PZYA 5L3HA 3W6AA 1J1PY 3BKHA 4ETEA 3P66A 4YENA 4CGEA 4BS7A 1QUSA 5ILFA 1OUEA 1BQLY 3A34A 1UCOA 1LHJA 5M1YA 1LSEA 3AGGG 1LSZA 1JITA 3A93A 1PS5A 1GF6A 1DKJA 1OUBA 1LZNA 1LHHA 1IWZA 4DD0A 2F4AA 3F6ZA 4HJZA 4KPMA 1IWUA 1RCMA 3A96A 1C7PA 2Y8PA 3AZ6A 1FLYA 5I54A 1NDMC 1LZEA 5LVJA 1LZSA 1P2CC 4YOPA 1BWJA 2MECA 3D9AC 3IJVA 2HTXA 1YL1X 1XGUC 3M3UA 5FCPA 4N1EI 4ETCA 1EQEA 1WQNA 1JEFA 1JKDA 4MCKA 4NGWA 4NGZA 5LVKA 4B49A 2F30A 193LA 1GFKA 1NBZC 4NSIA 1TBYA 4RDSA 5DN4A 5APFA 1HEOA 1OUDA 1QIOA 4CFPA 5IDDA 1VAUA 2W1YA 4Z98A 5KXWA 4XJDA 1KXXA 2DKVA 1GAZA 1IOSA 1KXYA 1JJ0A 1EL1A 4H9IA 5HQ1A 3P64A 4M6DA 2CWIA 5LA5A 3CSRA 1BB6A 1IORA 4LYOA 3LHMA 1LJ3A 1GF7A 4J1AA 4J1BA 1UIFA 3TXDA 4XADA 1LKRA 3AW6A 5JENB 1W6ZA 1LAAA 3J6KA 1WQPA 3W3EA 2HEBA 5KXRA 1LZCA 1LMPA 2Z2EA 1HSWA 1LZ6A 3KAMA 4WLDA 5KXPA 4MSTA 1F6RA 1IWTA 4LFXA 1D0LA 1LZ8A 2IFFY 4NIJA 3A3QA 4NY5A 1D0KA 4XJGA 1B5YA 1HMLA 134LA 2XBSA 1KXWA 3LYZA 5F9UA 2H5ZA 4N0JA 4RW2A 4ETBA 5KXZA 1AT6A 1J1OY 4NHIA 2G4NA 4GN3A 1G7MC 2Z18A 208LA 1IP5A 4NHPA 4QGZA 1YAPA 1LJKA 4HSFA 1GEZA 1LHMA 4TWSA 5IHGA 1HEMA 3QE8A 4DD7A 4CFOA 4XYYA 1GBXA 1IOCA 1CNSA 1GE2A 1I20A 4PPOA 2G4QA 1AZFA 1B7PA 3B72A 4GN5C 4OWBA 4P2EA 3AYQA 1LHKA 2CDSA 1GF8A 1C08C 1J1XY 4GLAA 1DQJC 1LZGA 1LKSA 2BQGA 3BKVA 4TSCA 2YBLA 5LYMA 4WOAA 2BQIA 1VDTA 1REMA 1GPQC 3EBAB 4DD1A 1TCYA 2XTHA 3WPKA 1WTMA 3A6CY 1YAOA 1CJ6A 1YL0X 4YEOA 4KL7A 5I4XA 3WUNA 4B1AA 1GXV2 4NHQA 2BQFA 1GB0A 1B5ZA 3HFMY 1F10A 4L41A 5I53A 4IASA 5II3A 2D4JA 4HP0A 2A7DA 2MEHA 5C6LA 3J4GA 4GN4A 1ALCA 1W08A 2DQJY 2HU3A 5KXSA 5IELA 1GFUA 3TMWA 5B06A 3WUAA 5HMVA 4LYMA 1LSGA 3RNXA 3WU7A 5KXOA 1HHLA 4II8A 1GF4A 1T6VL 1JSFA 1LMNA 1C43A 1LZ4A 1UA6Y 2W1LA 5L3IA 3AZ4A 1KIQC 3CT5A 5LINA 1B7MA 1SQ2L 4NGKA 1GWDA 2YVBA 4KXIA 3A94A 1LMTA 4N1CC 4RLNA 1D0MA 4O34A 4WMGA 1A2YC 1UIBA 4G4BA 5FELA 1CKCA 2BQDA 5E9RA 2MEFA 1T3PA 1MLCE 4M4OA 1GFAA 5C6JA 1GHLA 1V7SA 5LVHA 4WM4A 154LA 5D5FA 2ZQ3A 1GB8A 1GB7A 5HNLA 3AZ5A 3WW5A 5LVGA 2BQHA 1GB6A 4XJHA 4H9CA 5LAFA 1LZAA 1CJ7A 2BPUA 3TXGA 4W96A 2MEEA 2YBHA 4HPIA 1B5UA 4U3XB 3ZVQA 1TDYA 2I6ZA 4OWAA 1HEQA 4H8ZA 2BQMA 2W1MA 1JKAA 1NQIA 2Z38A 1Z55A 4EOFA 2BLYA 1QDRA 3B0OA 3G3AB 4WG7A 1XGQC 2YDGA 3ATOA 1JUGA 2ZYPA 4LT1A 1WVUA 1GFJA 5D5CA 4DYGA 4ET9A 5KXKA 1QTEA 1GFGA 1LOZA 3A6BY 5B05A 3WPLA 4NSJA 2H9JA 2BLXA 1LSNA 1GAYA 1UBZA 2ZIJA 2ZWBA 1KIPC 2LHMA 3B0KA 4B0DA 4YEMA 4TTDA 1HSXA 3TXJA 1XEIA 1LZDA 4LZTA 1OUFA 3T36A 1VDPA 3MGWA 4H9EA 2C8OA 1VFBC 1C46A 1HENA 4ANRA 3CQLA 2N5ZA 1LSPA 1LSAA 2EPEA 5C6IA 3G3BB 4HJVA 1BHZA 4NGYA 1LSCA 5B59A 4NWEA 1CJ9A 2Q0MX 1ZVYB 5KXXA 1WQQA 1GE0A 2HECA 1GFRA 5LAGA 5ILCA 1IR8A 1JSEA 1OP9B 3A3RX 3CSQA 1GBWA 1LYOA 1I56A 1CKDA 1WQMA 1LTMA 3TXBA 1LZ1A 1DI4A 1IWXA 1XFPL 4H9AA 1IEEA 2LYOA 1LSMA 1GF3A 1I1ZA 2A7FA 5KXMA 4WL6A 5B1FA 3D3DA 1QSWA 1HERA 4NGLA 1AT5A 4NGIA 5E4PA 1DI5A 4LGKA 1OUGA 6LYTA 1IY3A 4DWXA 4LYCA 1LZBA 1B5WA 1GFTA 2XBRA 4H1PA 4TX7A 1HELA 3A90A 4R6CA 3WUMA 3W6FA 1G7HC 4OOTA 1REXA 1HFXA 4PJ2C 7LYZA 1IP4A 1JHLA 5DM9A 1WQOA 4RLMA 2ZILA 5FHWA 1HEWA 1UIHA 4X3BA 1RE2A 1E8LA 3WXUA 2CGIA 3CT1A 5B07A 1IC7Y 1HFYA 2HEFA 3B6LA 3GXKA 2ZNWY 3RW8A 4B4IA 1IO5A 1FN5A 5F14A 3TXKA 5KXLA 2Z37A 207LA 4PRUA 194LA 3A91A 1RI8B
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3A8Z A;  5HMJ A;  3T6U A;  4DD2 A;  2GV0 A;  132L A;  2Z2F A;  1VDS A;  1YAQ A;  2DBT A;  4WO6 A;  3LYM A;  1NHE A;  3N9E A;  4HV2 A;  3EXD A;  1CKF A;  1IP1 A;  4C3W A;  1UAC Y;  2F2N A;  4NGV A;  3W6E A;  2MEI A;  4ZIX A;  5LXW A;  4Z3M A;  1HF4 A;  2Z19 A;  4ZEE A;  1GFH A;  1EQ4 A;  2W1X A;  1JTT L;  4WM2 A;  3EO5 A;  3SP3 A;  1DI3 A;  2BQC A;  4CJ2 A;  1TEW A;  5KXT A;  4H9H A;  1REZ A;  3A67 Y;  4N9R A;  3TMU A;  1JJ1 A;  4H91 A;  1QQY A;  1IWY A;  4PHI A;  1NBY C;  1F6S A;  1HEP A;  1GD6 A;  4CHX A;  1LJN A;  1UIG A;  5DN5 A;  5LA8 A;  4WL7 A;  1LYS A;  4QEQ A;  4KT3 A;  1C45 A;  2B5Z A;  4NHS A;  1QDT A;  3AJN A;  1DPX A;  5FST A;  3RT5 X;  1LMQ A;  1G7J C;  1ZVH L;  2X0A A;  4TUN A;  1CKG A;  2CJL A;  4D9Z A;  1JKB A;  1YKY X;  3HBD A;  1LJF A;  1GE3 A;  1HMK A;  2MED A;  4NGJ A;  1IP3 A;  3LZ2 A;  5HLL A;  2FYD A;  4OWH A;  1BB7 A;  2H9K A;  1ZMY L;  2BQO A;  4FDY A;  1LSY A;  4XJF A;  3WYH A;  2D4K A;  1QSA A;  2BQN A;  4HTQ A;  3ZEK A;  3TMV A;  1LYZ A;  1LZ5 A;  5APC A;  1VDQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1CJ6A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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