1CTWA

T4 lysozyme mutant i78a
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGALRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords LYSOZYME
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ctwA00
4W55A 1LWKA 1L47A 1LI3A 1L49A 3HUKA 1LW9A 3C8QA 173LA 1L71A 3OE9A 4EKPA 1L18A 1DYDA 3HU8A 3PBLA 1L0JA 226LA 2A4TA 2B6YA 1D3MA 3SB5A 1L33A 3HUAA 2OU8A 4LZMA 1QUGA 1L85A 1D9WA 1T8AA 142LA 3V2YA 3DN8A 3L2XA 1ZYTA 1G0PA 1L54A 4EPFA 1C6AA 1L06A 235LA 1QT7A 145LA 1QS5A 1C6PA 4DKLA 1KW5A 1L19A 1L61A 3HH3A 1L69A 199LA 197LA 246LA 1QT4A 2L78A 1T8GA 4I7TA 3HU9A 4I7JA 122LA 3JR6A 3SB6A 1L97A 1QTDA 1SSYA 1EPYA 256LA 2HUMA 2RBQA 1L76A 2QB0B 200LA 1QSBA 2B6XA 1C63A 1QT5A 1OYUA 2OEAX 1L74A 1P56A 4EKQA 3F9LA 1L03A 1P7SA 2NTHA 1L28A 4S0WA 2HULA 163LA 209LA 1CV5A 1ZWNA 1D2YA 1C69A 242LA 2HUKA 4ARQB 1SX7A 2O4WA 2LC9A 1C6LA 1T6HA 1PQDA 3SB8A 1L07A 251LA 1L57A 1L67A 3C7WA 2RH1A 2F47A 2IGCA 238LA 1C6BA 232LA 4ZPUA 1QUDA 1P2LA 4W56A 4ARMB 1L93A 262LA 2Q9EA 1QTBA 1L91A 2RB1X 1KW7A 1L87A 191LA 1G06A 4GBRB 1TLAA 3GUNA 1LYFA 1L92A 1OVJA 2O79A 210LA 1L37A 1L0KA 1P37A 1L56A 3C81A 164LA 3GUMA 1LGXA 3HTDA 1KY0A 1CTWA 3RUNA 1CU3A 4DAJA 149LA 1G0KA 1L11A 1OVKA 253LA 1DYFA 112LA 2RBOA 4GRVA 192LA 1L64A 4W52A 148LE 4YXAC 1L95A 180LA 1CU6A 165LA 1G07A 140LA 1C6KA 1L59A 1L53A 1SWZA 1T8FA 1G0LA 1WTHA 114LA 1L66A 151LA 3C80A 1I6SA 1ZURA 1PQOA 1L05A 2RB0X 1L30A 1OWYA 234LA 196LA 3GULA 4YX7C 1L65A 1QS9A 2B6ZA 1C6IA 2RBPA 205LA 1L22A 1QTVA 1L52A 123LA 3D4SA 4AQNA 4I7QA 1L26A 129LA 1LLHA 1L15A 1P64A 1L83A 187LA 2OE4X 227LA 223LA 4PK0A 229LA 176LA 190LA 4DJHA 258LA 1QUOA 3C82A 4I7OA 3CDOA 2RBRA 1L09A 1L80A 2B6WA 183LA 3HH4A 1CV0A 1SX2A 2OTZX 5I14A 3NYAA 1XJUA 2RBSA 1LWGA 1D3JA 244LA 168LA 175LA 1C68A 1L20A 4ARPA 2QARC 1G1WA 1L77A 3ODUA 1CU5A 131LA 3HH6A 3NY9A 1LYDA 1QUHA 4YXCA 1L17A 3HT9A 5LZMA 178LA 213LA 220LA 3HDEA 1OWZA 1CUQA 3G3XA 1L27A 3SBAA 181LA 3FA0A 1L60A 6LZMA 107LA 3F8VA 1L34A 3HWLA 201LA 260LA 4E97A 1L81A 3UONA 1C6NA 1G0QA 1KNIA 103LA 3DKEX 2ANXA 1G1VA 4ARQA 1KS3A 161LA 1P5CA 1P36A 1LPYA 252LA 150LA 2B70A 1L32A 1C6QA 1XEPA 221LA 261LA 1LGWA 3PDSA 2ANVA 155LA 225LA 1CU0A 1C6GA 128LA 206LA 184LA 3HT8A 102LA 3C8SA 1LYJA 1LI6A 3CDQA 1NHBA 245LA 162LA 4PJZA 3HDFA 3HH5A 1QTHA 2B6TA 2OE7X 1L68A 1G0JA 108LA 219LA 1L39A 3K2RA 1L16A 1P6YA 4EKSA 2O7AA 174LA 2RAZX 115LA 211LA 1CX6A 141LA 144LA 1L01A 3DMVA 1DYGA 222LA 3G3WA 3DMZA 1L21A 2OU0X 1OV5A 1C61A 1QT8A 3DNAA 1PQIA 1L31A 250LA 1QT3A 1C62A 1C6JA 4I7NA 4ARJA 1L43A 2RB2X 3HTGA 3SBBC 216LA 3DN0A 1L48A 243LA 3L64A 3DN4A 3DN1A 1L51A 1L02A 111LA 1L55A 1L72A 1C6TA 1L70A 1L13A 4I7KA 3HUQA 1L98A 1LYHA 1CV1A 215LA 3C7ZA 169LA 159LA 188LA 218LA 1LYIA 147LA 1C67A 1L00A 1DYBA 3OE8A 3CDVA 3HTFA 3RZEA 3FADA 170LA 1L84A 1L46A 1C6CA 1P46A 137LA 1DYAA 1QTCA 1JQUA 217LA 4ARLA 1PQKA 4I7MA 3FI5A 2OTYX 1LGUA 3GUIA 248LA 2B74A 109LA 4I7LA 1L12A 1L29A 1C6DA 236LA 1C6MA 2Z6BA 1CU2A 172LA 1CV3A 166LA 1C66A 1L38A 177LA 3SN6R 1L42A 1L58A 1DYEA 1L79A 4I7PA 4LDLA 241LA 3NY8A 2NTGA 3CDTA 3VW7A 1XJTA 1L50A 1K28A 4EPIA 1T97A 3GUKA 167LA 2CUUA 1SSWA 4I7RA 1CX7A 254LA 1L25A 249LA 4W51A 1L62A 1L63A 3SB9A 156LA 143LA 3OE6A 1JTMA 1DYCA 2F2QA 1LI2A 127LA 1P2RA 3LZMA 4I7SA 3HT7A 231LA 189LA 4W58A 198LA 1CVKA 2Q9DA 1G0GA 2B73A 3G3VA 237LA 3DN6A 118LA 4ARMA 224LA 1C65A 182LA 138LA 1CV6A 1CV4A 1L82A 1B6IA 1L40A 130LA 1QT6A 1L73A 4OO9A 1C64A 3HT6A 3SB7A 1L45A 3CDRA 1KY1A 171LA 1C6FA 1L89A 1L23A 1C60A 1CUPA 1JTNA 1LYGA 126LA 212LA 158LA 4EKRA 257LA 1P3NA 240LA 3C83A 3EMLA 1L96A 3GUPA 4IAPA 1L99A 3QAKA 3V2WA 7LZMA 1D3NA 1L24A 3OE0A 152LA 1C6HA 1LYEA 1L75A 3C7YA 259LA 230LA 3GUOA 4K5YA 4EXMA 146LA 1L44A 185LA 3C8RA 1L36A 1L90A 2B7XA 1C6EA 247LA 3HTBA 1OV7A 2RBNA 1L14A 1L04A 1D2WA 1L94A 233LA 2F32A 4LDOA 1QTZA 1L41A 160LA 4W59A 2RAYX 3GUJA 1D3FA 1PQJA 4W53A 1L35A 2LCBA 104LA 1L86A 1G0MA 110LA 1L08A 255LA 3DN3A 186LA 4LDEA 157LA 195LA 1QSQA 4EJ4A 1PQMA 125LA 2OE9X 4W54A 2B72A 1L88A 2LZMA 2B75A 1L10A 120LA 4W57A 119LA 139LA 3DN2A 2OU9A 1SWYA 228LA 214LA 239LA 1OVHA 3DMXA 113LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WO6A 3OK0A 1VDSA 1HHLA 1LJHA 1LI3A 1C08C 173LA 4ML7A 4H9BA 2B6YA 3SB5A 1L33A 1D0KA 4LZMA 4GN5C 1B7NA 1D9WA 1T8AA 4PRUA 1ZYTA 1OUDA 4GCDA 4EPFA 1JWRA 1C6AA 1YL1X 4LFXA 5KY1A 5L3IA 1C6PA 2DQJY 1REZA 4QEQA 1NQIA 2BQLA 1B5VA 1QT4A 1GFRA 3A94A 122LA 3JR6A 3WH1A 1QTDA 1SSYA 2HTXA 1L76A 5AMYA 1QT5A 1OYUA 3QNGA 4DQ7A 2OEAX 1P56A 3IJVA 3F9LA 3ATNA 3P66A 1J1PY 2C8OA 1ZWNA 5KXKA 1C69A 2YBJA 4G49A 1C6LA 1L07A 251LA 1L57A 1BWIA 1V7SA 232LA 1YKZX 1P2LA 1DI4A 4ARMB 262LA 1W08A 1QUSA 1AT6A 4DYGA 1TLAA 1RFPA 5KKJA 3GUMA 1KY0A 1NDGC 4H8XA 1GFJA 4Z98A 1OVKA 1DYFA 2MEAA 1IX0A 4GRVA 1L64A 1E8LA 1BWJA 1T3PA 1SLYA 5F16A 1UIHA 1L53A 1T8FA 3CSQA 1W6ZA 1L05A 1IP4A 4NHTA 196LA 1NBZC 4YX7C 4TWSA 1REYA 1B5XA 2BQBA 1GXV2 2RBPA 4H9EA 1B9OA 1LJIA 4I7QA 2FBDA 1L15A 1L83A 1B2KA 2BQFA 2LHMA 4OWAA 4YM8A 4I7OA 1VATA 2F30A 1L09A 1GBYA 3N9CA 2Z19A 5LYZA 1GBXA 3HH4A 1GE2A 4YEOA 3GXRA 1XJUA 1JHLA 2RBSA 1D3JA 1L20A 2BQNA 4KL7A 1GFHA 134LA 5C6JA 1XEKA 1BGIA 5IDDA 4RW1A 4HJYA 5LZMA 178LA 3G3XA 1UIBA 2A7DA 5HMJA 3SBAA 1GE1A 3FA0A 6LZMA 3ZVQA 3WXUA 4KXIA 1REMA 1IWZA 4WM6A 3TMWA 1L81A 2BLXA 1G0QA 1KNIA 2AUBA 2ANXA 1G1VA 3WUMA 161LA 1P5CA 1P36A 4TSBA 252LA 3BKHA 1L32A 4NFVA 5F9XA 1BHZA 3PDSA 3WXTA 1LYJA 3LYZA 3CDQA 1NHBA 245LA 162LA 1QTHA 2B6TA 1L68A 1F0WA 219LA 1L39A 1P6YA 174LA 4WLDA 115LA 5KXOA 211LA 4H8YA 1IP2A 1L01A 3DMVA 3G3WA 4R0FA 1IWXA 1L21A 4RDSA 1GB8A 1C62A 4I7NA 1L43A 1CJ8A 4NGIA 4H92A 1HEPA 1C6TA 3W6EA 4I7KA 3HUQA 1JTTL 1L98A 1LYHA 4LFPA 4H9IA 1EQ5A 1YAOA 5I4WA 188LA 3WMKA 147LA 1JJ3A 1C67A 2EQLA 1B5WA 2DQDY 2CGIA 3FE0A 3HTFA 3RZEA 4QGZA 1L84A 2FYDA 1UIFA 5D5FA 3HBEX 1VAUA 4ETBA 4ARLA 1MELL 1LMOA 1IP3A 4GLVA 4I7MA 3B0IA 1XGQC 1LGUA 3GUIA 248LA 1GDXA 1TCYA 109LA 1Z55A 4ETDA 172LA 166LA 1L38A 1REXA 1ZVYB 1DYEA 4I7PA 241LA 1GB7A 1XJTA 2W1MA 1DPWA 5LVIA 5KXPA 167LA 4WL7A 2CUUA 1IOSA 4DD1A 1CX7A 249LA 3SB9A 143LA 1IWWA 1DYCA 2F2QA 4DDAA 1LI2A 3LZMA 4I7SA 5HQ1A 1B7MA 2LYMA 2XQOA 6LYZA 3QY4A 1BVKC 3A6CY 1GWDA 4HTKA 3WYHA 1GE4A 4IASA 1V7TA 1QQYA 1D9UA 1CV4A 4LYCA 4XJGA 1B6IA 1LZTA 4OWCA 3B6LA 1GEVA 3HT6A 3AJNA 3RT5X 1LSGA 4H9FA 1LZEA 4NGVA 1L23A 1C60A 1YILA 4NEBA 2XTHA 126LA 212LA 4QY9A 4A7DA 2ZQ3A 240LA 2D4IA 1OQMA 3V2WA 1J1XY 4N1EI 1CJ7A 1EL1A 2D6BA 152LA 3A96A 4LYBA 1LYEA 1L75A 1OUCA 1UIDA 3GUOA 4K5YA 4EXMA 1L44A 1C43A 2I25L 1L36A 2F2NA 2B7XA 2BLYA 4CGEA 1QIOA 3HTBA 1L94A 1FDLY 1WQPA 2RAYX 3GUJA 1D3FA 4LYZA 2N5ZA 1PQJA 1LKSA 2ZNXY 4NHQA 1JSFA 1L08A 186LA 195LA 1QSQA 1LZYA 4EJ4A 1PQMA 1TBYA 2BQJA 1LMCA 2BQIA 1L10A 4YEMA 1LJEA 214LA 1OVHA 4UWVA 4I8SA 4W55A 1UIEA 4DD3A 1L47A 2BQCA 3C8QA 1LPIA 3RNXA 1DYDA 3HU8A 1L0JA 226LA 2A4TA 1D3MA 4WL6A 3HUAA 3WULA 2OU8A 4BAPA 1L85A 5APCA 142LA 2EIZC 3DN8A 4O34A 4CFPA 4J1BA 1G0PA 3LYMA 5LAGA 235LA 145LA 3A3QA 4NWEA 1L19A 4DWXA 1JUGA 3WPJA 4WMGA 3HH3A 2YDGA 4Z3MA 1GHLA 2L78A 1T8GA 1YAMA 4I7TA 4I7JA 3SB6A 4NGYA 5M1YA 1EPYA 2HUMA 1JTOL 2QB0B 4H8ZA 4ETAA 1QSBA 1XGRC 1LKRA 2ZILA 4PRQA 153LA 3AW7A 4EKQA 1P7SA 5F14A 4S0WA 1D6QA 2HUBA 5B07A 163LA 1C7PA 4H94A 1CV5A 3FI7A 1NF5A 4NGZA 1O23A 1BB6A 3TXDA 4ARQB 2LC9A 1T6HA 1PQDA 4WG7A 2F47A 2IGCA 1HFZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4WO6 A;  3OK0 A;  1VDS A;  1HHL A;  1LJH A;  1LI3 A;  1C08 C;  173L A;  4ML7 A;  4H9B A;  2B6Y A;  3SB5 A;  1L33 A;  1D0K A;  4LZM A;  4GN5 C;  1B7N A;  1D9W A;  1T8A A;  4PRU A;  1ZYT A;  1OUD A;  4GCD A;  4EPF A;  1JWR A;  1C6A A;  1YL1 X;  4LFX A;  5KY1 A;  5L3I A;  1C6P A;  2DQJ Y;  1REZ A;  4QEQ A;  1NQI A;  2BQL A;  1B5V A;  1QT4 A;  1GFR A;  3A94 A;  122L A;  3JR6 A;  3WH1 A;  1QTD A;  1SSY A;  2HTX A;  1L76 A;  5AMY A;  1QT5 A;  1OYU A;  3QNG A;  4DQ7 A;  2OEA X;  1P56 A;  3IJV A;  3F9L A;  3ATN A;  3P66 A;  1J1P Y;  2C8O A;  1ZWN A;  5KXK A;  1C69 A;  2YBJ A;  4G49 A;  1C6L A;  1L07 A;  251L A;  1L57 A;  1BWI A;  1V7S A;  232L A;  1YKZ X;  1P2L A;  1DI4 A;  4ARM B;  262L A;  1W08 A;  1QUS A;  1AT6 A;  4DYG A;  1TLA A;  1RFP A;  5KKJ A;  3GUM A;  1KY0 A;  1NDG C;  4H8X A;  1GFJ A;  4Z98 A;  1OVK A;  1DYF A;  2MEA A;  1IX0 A;  4GRV A;  1L64 A;  1E8L A;  1BWJ A;  1T3P A;  1SLY A;  5F16 A;  1UIH A;  1L53 A;  1T8F A;  3CSQ A;  1W6Z A;  1L05 A;  1IP4 A;  4NHT A;  196L A;  1NBZ C;  4YX7 C; 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