1CU3A

T4 lysozyme mutant v87m
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPMYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cu3A00
1G06A 243LA 2QARC 4YX7C 2B72A 226LA 178LA 169LA 3SB7A 1NHBA 1QT7A 3GUKA 1T97A 1C6IA 248LA 2B74A 3OE9A 1DYFA 2OTZX 1QT5A 4W58A 1L93A 2F32A 1T6HA 3GUPA 1CV3A 185LA 1DYGA 1C6GA 142LA 1CX7A 188LA 4W57A 170LA 2B6ZA 122LA 1I6SA 1C68A 1LGWA 1DYAA 1P2RA 1L39A 249LA 3OE0A 217LA 1C67A 1L35A 1C6TA 3HUAA 2OE4X 3F9LA 1L65A 1QS5A 4OO9A 1G0LA 1P5CA 234LA 4GBRB 3G3WA 3HH3A 1L55A 1JTMA 1LYHA 1CUQA 4EKPA 130LA 3HT9A 1CV4A 162LA 1C6CA 4AQNA 1L88A 129LA 1L74A 2IGCA 4W59A 168LA 145LA 1L08A 1L05A 2RBQA 3C80A 1P6YA 192LA 1C65A 3UONA 1LYJA 1CTWA 1LYEA 3OE8A 1L29A 2QB0B 3HUQA 1G0PA 1L16A 1LI3A 3NY8A 1QS9A 3NY9A 4ZPUA 1D3JA 3HUKA 3RZEA 1L24A 1XJUA 3DN6A 3FA0A 1L83A 1L42A 1LI2A 120LA 3JR6A 141LA 1QSQA 3DMVA 1L48A 1P36A 174LA 1L50A 1L67A 250LA 219LA 2RBOA 3C82A 177LA 1SWYA 1L04A 221LA 109LA 1PQJA 1L57A 1C64A 4EPFA 3C8SA 2OU8A 1LWGA 1QUDA 1L14A 1L59A 1CV1A 1CU2A 3CDRA 1L92A 183LA 196LA 1P46A 252LA 4S0WA 1ZYTA 259LA 3HU8A 1C6KA 186LA 2ANXA 1L86A 1L10A 1KW7A 1QT3A 3DN8A 1QTBA 231LA 3FI5A 1L01A 1QTDA 3HH5A 4GRVA 1L84A 1DYBA 3DN2A 4YXCA 119LA 3F8VA 127LA 4YXAC 1L33A 4I7NA 1WTHA 172LA 2A4TA 1L12A 187LA 218LA 3GUIA 3K2RA 205LA 1D2YA 182LA 1C63A 1C6HA 1D3FA 1CU3A 1C6FA 112LA 1C62A 1LGXA 3GUOA 2OE9X 4ARQA 212LA 115LA 2HULA 1P37A 3OE6A 102LA 3PDSA 157LA 4I7OA 1L64A 2LC9A 1L81A 1OV5A 1P64A 1L63A 161LA 1L38A 2OEAX 146LA 1L70A 1G0MA 1D3NA 1C66A 1T8FA 4I7PA 1C6AA 1L51A 255LA 1L43A 1PQOA 4W54A 4ARQB 1C6JA 4W52A 222LA 258LA 1DYEA 1L44A 1CV6A 1L73A 138LA 4PK0A 1L31A 1L72A 2RB0X 1OV7A 3DNAA 3G3XA 4I7TA 1ZURA 3HT7A 144LA 1G0GA 1L25A 1L52A 1OVJA 1L11A 1KY1A 1L89A 2LZMA 3DN1A 3V2YA 3PBLA 1P2LA 1OVHA 1LLHA 1OWYA 1C6MA 3RUNA 215LA 1L40A 1C6DA 1CV5A 1L61A 175LA 4DAJA 2RB2X 4EJ4A 1L27A 223LA 1OWZA 1L97A 1K28A 1L30A 4DKLA 2CUUA 3SBAA 2RBRA 238LA 189LA 3GUJA 260LA 1XEPA 3C8RA 173LA 236LA 228LA 158LA 4EXMA 131LA 1L75A 190LA 233LA 165LA 2F2QA 5LZMA 1SWZA 4EKRA 1L53A 1LWKA 2HUMA 3HTFA 3C83A 242LA 159LA 1C6PA 1SSYA 1QT6A 1CUPA 4I7KA 1L28A 150LA 1C6QA 3SB6A 2B6XA 2NTHA 110LA 235LA 3DMXA 1D2WA 3CDOA 126LA 156LA 1CX6A 164LA 148LE 1SX7A 1LI6A 2HUKA 1L07A 261LA 2NTGA 1G1VA 2O4WA 3QAKA 200LA 3L2XA 227LA 4I7LA 245LA 118LA 1L80A 108LA 206LA 3GUMA 230LA 4I7RA 1LYFA 1C6LA 213LA 2RB1X 3FADA 163LA 1SX2A 1L85A 211LA 2RAZX 6LZMA 3HWLA 4ARPA 1PQDA 1L15A 113LA 2B70A 3HTGA 3C7ZA 1CU0A 3G3VA 247LA 3CDTA 1L45A 246LA 1QUHA 1LPYA 139LA 140LA 151LA 3SB9A 3C7YA 1EPYA 4W53A 4ARJA 1L06A 4EKQA 232LA 4EKSA 2OE7X 1QUOA 3VW7A 1D3MA 1CVKA 3GULA 1C61A 4LDOA 1QSBA 152LA 1JQUA 1L90A 1L76A 1L0KA 1L13A 1ZWNA 3DN0A 1QT4A 1L69A 1SSWA 244LA 3HTDA 1QT8A 1L20A 1QUGA 2ANVA 4ARLA 2L78A 3DKEX 1L77A 3CDQA 3ODUA 2RH1A 4I7QA 1CV0A 195LA 3V2WA 7LZMA 1L22A 1L58A 1G0QA 262LA 2B75A 3EMLA 149LA 2F47A 4I7JA 1L23A 224LA 2B7XA 2OTYX 176LA 1LYGA 1L34A 1OYUA 184LA 1PQIA 1PQKA 3HTBA 180LA 4I7SA 1C69A 1L49A 1L18A 2B73A 1L94A 1L36A 166LA 4W56A 128LA 1TLAA 4LDLA 1KY0A 3HH4A 4LZMA 2B6WA 1L46A 181LA 1G0KA 1L96A 5I14A 4EPIA 1L95A 3LZMA 4IAPA 1L62A 3HDFA 216LA 201LA 2RBPA 1P56A 3HDEA 123LA 1T8AA 137LA 1T8GA 4LDEA 1L0JA 103LA 1L47A 2RBNA 1L17A 1L37A 160LA 1L03A 1CU5A 1OVKA 1C6BA 1LYIA 1L87A 1L21A 107LA 4W51A 1P7SA 1QTHA 3DN4A 1L98A 209LA 1L09A 1G1WA 254LA 1LGUA 1L82A 125LA 171LA 1QTVA 2B6TA 1G0JA 1XJTA 220LA 3D4SA 257LA 1KNIA 237LA 1B6IA 1L54A 4ARMA 1L19A 3L64A 1P3NA 1DYDA 1L91A 3DMZA 1C6EA 1PQMA 256LA 2OU9A 214LA 167LA 191LA 1DYCA 199LA 3SB8A 1L41A 3SBBC 1LYDA 4K5YA 1L60A 241LA 3HT8A 1L56A 2Q9EA 2Q9DA 2RAYX 4DJHA 1D9WA 3HH6A 4ARMB 1QTZA 1L79A 251LA 1L71A 3HU9A 3C7WA 1KS3A 3C81A 4PJZA 1G07A 1L26A 2B6YA 3SB5A 2O79A 2O7AA 104LA 225LA 1L99A 1L32A 1KW5A 1QTCA 239LA 1L66A 2OU0X 1JTNA 198LA 253LA 3HT6A 3DN3A 4I7MA 3C8QA 2LCBA 4E97A 1L02A 155LA 143LA 1CU6A 1L68A 4W55A 111LA 3SN6R 2Z6BA 1L00A 3CDVA 240LA 114LA 229LA 197LA 3NYAA 147LA 1C6NA 210LA 1LW9A 3GUNA 2RBSA 1C60A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HFMY 4KPMA 2B72A 1LHKA 226LA 1OP9B 5I4XA 3SB7A 1QT7A 1IX0A 1LJJA 1T97A 1BVKC 4J0LA 2MEHA 2HUBA 1L93A 1CV3A 4DD0A 1IC4Y 1LZNA 1UIHA 1AKIA 5APDA 188LA 4WLDA 170LA 3W6CA 2B6ZA 1GB2A 4W94A 3WUNA 3F9LA 1HHLA 4DD1A 3WU8A 207LA 1AT5A 1UIBA 2BAAA 4EKPA 4H9AA 162LA 2FYCA 1GBXA 1YAMA 4DD9A 5FCPA 1DI5A 1C7PA 3P65A 1LJFA 194LA 1LPIA 4RW2A 2Z2EA 2RBQA 5FHWA 1HNLA 1B5UA 3UONA 1BB6A 3AW6A 1LYEA 3K3TA 1L29A 1GBSA 1GF9A 6LYTA 1QS9A 3NY9A 3TXGA 1LMOA 1L83A 1L48A 2N5ZA 1L04A 221LA 3LYTA 1QUTA 4B4IA 5ILCA 1LWGA 5LIOA 5B59A 1QDTA 1P46A 4DD2A 3TXBA 4S0WA 1XGUC 1ZYTA 3LHMA 2MEDA 186LA 1J1OY 1QTEA 1L10A 1FLUA 5I5QA 3CQLA 1GE1A 1GE3A 1L84A 3W6BA 3DN2A 4YXCA 5IELA 3A6BY 127LA 5KXKA 4IATA 5APFA 3GUIA 4YOPA 1C63A 1JKAA 4C3WA 3A3RX 1F10A 4WG7A 1YAQA 3GUOA 1LJHA 1HC0A 115LA 5B05A 3PDSA 2H9KA 157LA 4I7OA 2LC9A 2DQIY 1OV5A 3RT5X 3TXIA 1L38A 2OEAX 2EQLA 146LA 3B6LA 1G0MA 1QTKA 1IP2A 4NGZA 4J7VA 1C66A 5B1GA 4ML7A 1L43A 1PQOA 5F81A 1IOCA 4W52A 5FEKA 2G4QA 1L44A 1CV6A 1B7OA 1L31A 1LJ4A 1L72A 1LZEA 4WO9A 1OV7A 4I7TA 3HT7A 1G0GA 5B07A 1OVJA 1KY1A 3DN1A 3V2YA 3PBLA 1TCYA 1OVHA 4WOAA 1LLHA 1OWYA 1C6MA 1IY4A 5II3A 4HTKA 4OOOA 1NDGC 5DL9A 3ATOA 175LA 4DAJA 223LA 1OWZA 1GBWA 4HP0A 2H5ZA 4CHXA 2RBRA 4OWBA 1C10A 1XEPA 1CKDA 3LYMA 165LA 5LZMA 1CKGA 4UWNA 1LWKA 1AZFA 3C83A 242LA 1SSYA 3TXDA 1L28A 3EO5A 1HEWA 2NTHA 3WL2A 2LYZA 4NG1A 1TDYA 3DMXA 3CDOA 1NQIA 1IR7A 164LA 2G4PA 1G1VA 4XJHA 3QAKA 4HJZA 1LSCA 3L2XA 5KXRA 1H87A 245LA 1LMQA 1LZDA 206LA 3GUMA 2VB1A 4I7RA 4DD3A 4H92A 4WM3A 2A7FA 163LA 2BQHA 4R0FA 3HWLA 1HEPA 1L15A 2ZYCA 4XJDA 5HQ1A 4FDYA 5KXWA 4DDAA 1L45A 4DC4A 139LA 140LA 1NHEA 1YROA 3BKVA 5B06A 4NGKA 4ARJA 1L06A 1YL1X 1RE2A 232LA 1WQPA 1QDRA 1BWHA 1GD6A 1BWIA 3WH1A 1JQUA 2HU1A 2AUBA 1LZ6A 4AXTA 1FLWA 1L0KA 3W3EA 1ZWNA 1L69A 1OUBA 3HTDA 2D4IA 2RH1A 4MR1A 4I7QA 4H8YA 1CV0A 7LZMA 2BQGA 1L58A 1YKZX 4TX7A 2BQEA 1CJ9A 2B7XA 2OTYX 1FDLY 1D6QA 1LSYA 2DQDY 4H1PA 3J6KA 1OYUA 1PQKA 180LA 1XGPC 5EBHA 4YEMA 1KXWA 1L18A 4UWUA 1RJCB 4W56A 1VEDA 4NHPA 3EXDA 3HH4A 1KXXA 1L46A 1LJKA 1G0KA 3TMXA 4LT1A 4HV2A 3AZ4A 2BQMA 1JWRA 1OQMA 1GE4A 3HDFA 201LA 2RBPA 1T8AA 1GXV2 2W1YA 1LKRA 103LA 2RBNA 4DQ7A 1L17A 1C6BA 1LYIA 1L87A 1W6ZA 2BQIA 4H9BA 1P7SA 1GHLA 4D9ZA 1G1WA 2LYOA 254LA 1L82A 1IR8A 171LA 2B6TA 1KNIA 5DN5A 237LA 1B6IA 1QUSA 4ARMA 1F6SA 1L19A 3L64A 1DYDA 1L91A 1IVMA 1GF8A 1KXYA 167LA 191LA 199LA 1LJNA 3F6ZA 3SBBC 3A96A 1GFHA 2DQGY 4J1AA 1LMAA 4QGZA 2Q9DA 1TEWA 3B0KA 1GF0A 4ARMB 4ETEA 1GE0A 2DQEY 1GF6A 3OK0A 2MEEA 2BQNA 4I8SA 3QE8A 1LZBA 4LYTA 1L99A 1GDWA 3KAMA 1DZBX 3A92A 4XENA 1ZVYB 2F4AA 4I7MA 4H9IA 1JPOA 3P68A 3B0OA 1CU6A 3SN6R 1SQ2L 1ZVHL 4WL7A 1IWTA 3LYOA 4OWHA 197LA 4WM5A 2RSCA 3GUNA 1C60A 1GFAA 1CKFA 2QARC 2XBSA 4OWCA 4GLAA 2W1MA 2FBDA 1IP1A 2YBMA 4H8ZA 4O34A 1HEQA 4XADA 4BS7A 2MEBA 2LZ2A 1DYFA 3WPLA 1QT5A 3IJVA 2F32A 3GUPA 185LA 5LYTA 1GBYA 1C6GA 1CX7A 3HBHA 4W57A 1GFJA 5FDJA 1I6SA 1C68A 2C8OA 1QQYA 3EMSA 1L39A 1JJ0A 1B0DA 5KXTA 3AB6A 3OE0A 3A95A 1IP7A 217LA 1IORA 1C6TA 1B7NA 1QS5A 1DQJC 3G3WA 4H94A 1CV4A 1C6CA 1L88A 129LA 1L74A 3TXKA 145LA 1L08A 1LJGA 1VDQA 1GXXA 4MSTA 5HMJA 192LA 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2HUKA 4LZTA 261LA 3IJUA 4NGLA 1UACY 4GN5C 3FE0A 2D6BA 1IWZA 227LA 2ZILA 4I7LA 5LA5A 118LA 1L80A 1V7SA 5KKIA 2Q0MX 2RB1X 1SX2A 2RAZX 2YVBA 1YKXX 4ARPA 2I25L 3WYHA 113LA 3HTGA 5I53A 247LA 2XQOA 1JKDA 1BB4A 246LA 1LYSA 1LPYA 151LA 5KY1A 3SB9A 3C7YA 1EPYA 4W53A 1SLYA 1JEFA 2YBHA 4WL6A 4WM6A 1QUOA 1KIPC 1OUCA 1CVKA 3FI7A 3GULA 1C61A 2PC2A 1D6PA 1JSEA 1L76A 1QT4A 3TXEA 1SSWA 244LA 4OW1A 1QT8A 1B2KA 1L20A 4RW1A 1JJ1A 1GEVA 3TXFA 4ARLA 4MCKA 1L77A 3CDQA 5I54A 3ODUA 1IC5Y 4WLXA 5LVHA 4PHIA 195LA 5F9XA 3ZVQA 134LA 1LHLA 2F47A 4I7JA 1L23A 1XGTC 4ETDA 1L34A 4A7DA 1MELL 5K7OA 4I7SA 1LZTA 1HMKA 2B73A 1BHZA 166LA 1L36A 1WVVA 1KY0A 5FSTA 2LZTA 4HSFA 3A94A 5DN4A 133LA 2MEAA 4G4CA 1P56A 4TSCA 2F30A 1CJ7A 1GB7A 4LDEA 4NGYA 4WO6A 1GB6A 1L03A 1RFPA 4UWVA 1OVKA 9LYZA 1LTMA 4TSBA 107LA 5A3EA 3DN4A 1QTHA 2IHLA 1CNSA 1REYA 125LA 1CJ8A 1N4FA 1QTVA 1G0JA 220LA 5LYZA 3D4SA 2EPEA 4BADA 256LA 2LYMA 4GN4A 1E8LA 1LZ9A 1GE2A 1LYDA 1L60A 1L56A 2Q9EA 2RAYX 4DJHA 3CSRA 4M4OA 3WUAA 1IP5A 1L71A 4LT2A 4IJ4A 2B6YA 4P2EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HFM Y;  4KPM A;  2B72 A;  1LHK A;  226L A;  1OP9 B;  5I4X A;  3SB7 A;  1QT7 A;  1IX0 A;  1LJJ A;  1T97 A;  1BVK C;  4J0L A;  2MEH A;  2HUB A;  1L93 A;  1CV3 A;  4DD0 A;  1IC4 Y;  1LZN A;  1UIH A;  1AKI A;  5APD A;  188L A;  4WLD A;  170L A;  3W6C A;  2B6Z A;  1GB2 A;  4W94 A;  3WUN A;  3F9L A;  1HHL A;  4DD1 A;  3WU8 A;  207L A;  1AT5 A;  1UIB A;  2BAA A;  4EKP A;  4H9A A;  162L A;  2FYC A;  1GBX A;  1YAM A;  4DD9 A;  5FCP A;  1DI5 A;  1C7P A;  3P65 A;  1LJF A;  194L A;  1LPI A;  4RW2 A;  2Z2E A;  2RBQ A;  5FHW A;  1HNL A;  1B5U A;  3UON A;  1BB6 A;  3AW6 A;  1LYE A;  3K3T A;  1L29 A;  1GBS A;  1GF9 A;  6LYT A;  1QS9 A;  3NY9 A;  3TXG A;  1LMO A;  1L83 A;  1L48 A;  2N5Z A;  1L04 A;  221L A;  3LYT A;  1QUT A;  4B4I A;  5ILC A;  1LWG A;  5LIO A;  5B59 A;  1QDT A;  1P46 A;  4DD2 A;  3TXB A;  4S0W A;  1XGU C;  1ZYT A;  3LHM A;  2MED A;  186L A;  1J1O Y;  1QTE A;  1L10 A;  1FLU A;  5I5Q A;  3CQL A;  1GE1 A;  1GE3 A;  1L84 A;  3W6B A;  3DN2 A;  4YXC A;  5IEL A;  3A6B Y;  127L A;  5KXK A;  4IAT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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