1CU5A

T4 lysozyme mutant l91m
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSMDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cu5A00
4W56A 213LA 122LA 1C66A 3HH3A 239LA 250LA 247LA 1P2RA 173LA 1DYGA 1SWZA 1OV5A 1L22A 3ODUA 1L74A 1C63A 1PQIA 1L33A 2OU0X 184LA 2LZMA 1L94A 3DMVA 1QT4A 1L63A 1PQJA 1CU6A 252LA 3NY8A 2RAZX 1C65A 1L03A 240LA 2LC9A 3GULA 2CUUA 3SB6A 128LA 1L68A 222LA 1L02A 3DMZA 2HUKA 1L39A 1KW5A 218LA 221LA 1OVHA 1CV3A 180LA 1L95A 1K28A 3SB7A 160LA 190LA 1C6TA 1T8FA 1L31A 2RBRA 1L79A 3CDVA 2L78A 1L99A 4DKLA 1CV6A 4W51A 1C6NA 1LYFA 2B72A 4EKQA 1PQOA 1ZWNA 2RBOA 102LA 1L84A 254LA 182LA 1L19A 255LA 242LA 3C8RA 3C7YA 1SSYA 1L0KA 1LYDA 3HT6A 3FADA 2NTHA 4ARMA 104LA 1C6QA 196LA 1G0QA 2RBQA 118LA 1CU2A 3DN8A 137LA 258LA 1C68A 1L17A 1PQMA 170LA 2O4WA 3GUOA 4YX7C 2RBPA 3K2RA 3QAKA 3PBLA 1L70A 1L53A 4EKSA 1L24A 1L29A 1QS5A 3C81A 1DYFA 245LA 1L00A 186LA 4EXMA 1D2YA 1QT3A 3C8QA 2RBSA 4EKPA 3OE6A 4LDOA 1LPYA 4W58A 1CV5A 3CDOA 3G3VA 229LA 3L2XA 2Q9EA 3DN0A 1C6BA 1LGWA 1QT6A 230LA 3PDSA 4I7QA 1P3NA 244LA 4I7NA 1QSBA 151LA 2RH1A 189LA 1L12A 1C6AA 1P64A 1L07A 185LA 1L81A 260LA 1L46A 142LA 175LA 4I7LA 1CUQA 4W53A 3SBAA 149LA 3RUNA 1LYHA 212LA 191LA 1QTVA 220LA 1TLAA 1L75A 3SN6R 1OVKA 155LA 140LA 1EPYA 223LA 1LYIA 2OE9X 1L91A 4I7SA 2B74A 1CU5A 3HUAA 3DMXA 2OU9A 197LA 1CTWA 1KY0A 1C6JA 3SB8A 1L62A 4E97A 1L66A 1CV1A 1LYEA 1LW9A 1L35A 1D3FA 1L87A 1L27A 1C6IA 109LA 2NTGA 163LA 238LA 3NYAA 3HTFA 4ARJA 1L42A 3HT7A 1L38A 3CDRA 1C6PA 214LA 1L18A 1L76A 249LA 3OE9A 257LA 143LA 1L41A 3HH5A 1L89A 1SWYA 119LA 1WTHA 4EJ4A 2RB1X 1G0KA 1L97A 3F8VA 150LA 3GUIA 165LA 1L61A 4I7KA 1L44A 3GUNA 125LA 4S0WA 113LA 2B6XA 4ARQB 1L49A 1CUPA 1L83A 3DN6A 138LA 3V2YA 3HDEA 3FI5A 1QUGA 1D9WA 246LA 1T8GA 1XJTA 3HTGA 233LA 234LA 1L23A 1L93A 261LA 2B7XA 237LA 1OWYA 4DAJA 145LA 156LA 178LA 1L45A 3C8SA 3EMLA 2RAYX 1L36A 162LA 256LA 3GUKA 1C6KA 253LA 1L88A 3JR6A 1D3JA 3HUKA 4W54A 1L67A 3C7WA 4ARPA 1L85A 2QARC 2QB0B 1L72A 1L64A 215LA 2F32A 1L73A 2F2QA 1DYBA 1L51A 2ANXA 1P7SA 1JTNA 1L57A 3C83A 1L01A 4ZPUA 1L48A 1OVJA 2Z6BA 3HTDA 1P5CA 1QT5A 123LA 1C6MA 1QTDA 226LA 2OTYX 1P36A 147LA 3L64A 4PK0A 2F47A 1I6SA 3GUJA 2ANVA 2A4TA 1C64A 2RB2X 235LA 188LA 2OE4X 232LA 1L59A 129LA 1JQUA 1P6YA 4GRVA 4I7MA 127LA 3GUMA 1DYAA 206LA 1L47A 3DN3A 148LE 1QSQA 1CV4A 201LA 243LA 4LZMA 1XJUA 1ZYTA 262LA 4I7TA 1L77A 216LA 209LA 108LA 3GUPA 1L05A 4ARMB 211LA 1KY1A 1L10A 3HH4A 1OWZA 1G1VA 1KS3A 3SBBC 3FA0A 3DN1A 1L54A 1D3MA 7LZMA 1L40A 1L82A 1L86A 1LGUA 1C61A 139LA 3HT9A 2OTZX 2HUMA 5I14A 1L25A 141LA 1PQKA 1QUDA 176LA 1L98A 3HTBA 1L28A 1G07A 3HT8A 177LA 1C6FA 1QTCA 1LWGA 112LA 205LA 1L50A 1PQDA 169LA 1LI3A 3C80A 4ARLA 2OU8A 3HWLA 4EPFA 181LA 1L14A 4IAPA 228LA 171LA 103LA 1LYGA 4AQNA 3DN4A 1L09A 1L34A 3HU9A 1LYJA 4W57A 1DYCA 3DNAA 1L04A 1KW7A 1P37A 1SSWA 2B73A 1CV0A 3NY9A 1G0JA 3VW7A 1T97A 4W59A 1L11A 4EKRA 1L06A 1T8AA 130LA 144LA 4OO9A 114LA 1P46A 1LI2A 1C67A 1QUHA 152LA 3CDTA 192LA 111LA 1C6EA 1L26A 1L96A 158LA 217LA 2B6WA 1L58A 1L65A 1L08A 2O7AA 3F9LA 4YXAC 1L52A 1L37A 4GBRB 1G0PA 4I7OA 1L32A 1QT8A 1G0GA 1DYDA 1SX2A 1CU3A 1G0LA 3D4SA 4PJZA 131LA 1L55A 1L30A 1DYEA 3RZEA 1QTBA 4W52A 1C69A 4YXCA 3HDFA 200LA 146LA 3SB5A 1LWKA 3C82A 164LA 2IGCA 126LA 110LA 3V2WA 2LCBA 2B70A 259LA 183LA 1C6GA 1L60A 1C6LA 1QTHA 236LA 3HUQA 1L13A 2OEAX 2B75A 161LA 4LDEA 210LA 168LA 1L21A 1KNIA 225LA 2B6TA 1C60A 4I7JA 2HULA 1C6DA 187LA 166LA 4K5YA 1CX6A 1C6CA 1D3NA 227LA 1ZURA 3DKEX 174LA 1D2WA 1C6HA 251LA 2RB0X 167LA 3SB9A 1P56A 2RBNA 4DJHA 1QS9A 1L92A 3DN2A 1CU0A 4I7PA 115LA 3G3XA 1CX7A 4I7RA 3HH6A 1G06A 2B6ZA 2O79A 1L80A 1G1WA 107LA 1QTZA 3G3WA 3CDQA 219LA 3LZMA 1SX7A 199LA 120LA 1L20A 195LA 1L56A 1OV7A 224LA 198LA 1G0MA 1OYUA 172LA 1L16A 2OE7X 3OE8A 241LA 1CVKA 4EPIA 1L15A 1L0JA 1NHBA 1P2LA 1L90A 1L69A 159LA 3C7ZA 1LGXA 4LDLA 1L71A 1C62A 6LZMA 3HU8A 157LA 2B6YA 3OE0A 2Q9DA 1XEPA 4W55A 248LA 1LI6A 1LLHA 3UONA 231LA 4ARQA 1B6IA 1QT7A 1QUOA 1T6HA 1JTMA 1L43A 5LZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
122LA 4WO9A 1ALCA 250LA 247LA 173LA 1SWZA 2WARA 5KXOA 3ODUA 1L74A 153LA 1L33A 1HSXA 1QT4A 1L63A 2CWIA 4H9HA 1PQJA 2EIZC 240LA 2ZIJA 3GULA 1YIKA 1UACY 3A95A 2Z2EA 128LA 5FEKA 4DD9A 1L02A 3HBHA 2EPEA 134LA 1HEQA 1LSFA 1IOTA 4H93A 4RW2A 3HBDA 4YM8A 1TCYA 4HJVA 5KJ9A 1B5YA 1L79A 3TMUA 3CDVA 2L78A 4KXIA 1B9OA 4DKLA 4LYCA 3ZVQA 2YBIA 1GE4A 5FDJA 2BQCA 3P4ZA 182LA 1L19A 242LA 2DKVA 5IHGA 1SSYA 2MEBA 1LYDA 2NTHA 4MR1A 4ARMA 1WQOA 2PC2A 104LA 2F4AA 1GBWA 3A3RX 4NGIA 3A90A 1CU2A 3DN8A 1PQMA 170LA 1BGIA 3IWRA 3GUOA 3KAMA 2BQOA 2ZQ4A 1L70A 4GLVA 1L24A 1L29A 1QS5A 3WXTA 3C81A 1UIFA 5DM9A 4G4BA 3C8QA 1F10A 2RBSA 2D4IA 4N0JA 1CV5A 1C46A 3CDOA 3DN0A 1QT6A 1QSBA 4QDNA 3EBAB 1LSNA 3A67Y 175LA 4I7LA 5I54A 1GFRA 5KKIA 2CJLA 2DQAA 3TMWA 1CKGA 1TLAA 1L75A 2Z37A 140LA 1EPYA 1L91A 3P64A 1CTWA 1GDXA 1JKCA 3SB8A 3FI7A 1IP4A 1GEVA 1CV1A 5B1GA 1LYEA 1D3FA 2DQIY 1KIQC 3D9AC 4FDYA 4X3BA 2XJWA 257LA 3HH5A 1UA6Y 1WTHA 3SP3A 1PS5A 4LGKA 1L97A 1AM7A 2C8OA 165LA 1LYOA 3OJPA 1TEWA 1QTKA 4B4IA 3FI5A 2ZNWY 233LA 1HFXA 1L93A 4DYGA 2GV0A 5A3ZA 1IR8A 3EMLA 2RAYX 253LA 1LJHA 1L88A 1L67A 1JKDA 1CJ9A 1IIZA 1YKZX 1L51A 1QSWA 1UIGA 1JTNA 1L57A 5FCPA 1L01A 2ZILA 2I6ZA 3HTDA 1GF6A 1C6MA 1QTDA 3P68A 1HNLA 3B0IA 1JISA 147LA 3L64A 4PK0A 2F47A 4J0LA 1I6SA 3W6FA 1IWUA 235LA 2OE4X 1AT6A 1F6SA 232LA 129LA 1JQUA 1A2YC 1P6YA 4XJBA 4J1AA 206LA 133LA 4OWHA 3CT0A 4I0CA 2D4JA 1ZYTA 1AKIA 262LA 4I7TA 1B5XA 209LA 3ATOA 3CT5A 1XFPL 4NHQA 3SBBC 3FA0A 1NQIA 4DT3A 3WMKA 1INUA 1LGUA 3TXJA 4WM2A 1CKFA 2OTZX 1REYA 3A3QA 4O34A 1BWHA 1HERA 1GB3A 1WVVA 1JSFA 3HT8A 1GE0A 1QTCA 1EQ5A 3T36A 1PQDA 1LI3A 3C80A 4EPFA 1J1OY 3ZEKA 4N8ZA 5KXPA 1IOSA 2XTHA 1GAYA 3A93A 4II8A 1B5VA 4N1EI 2I25L 1OUBA 4AQNA 2BQFA 5IDDA 1L34A 1LYJA 4W57A 1JWRA 3J6KA 1KW7A 5LA8A 1A4VA 3NY9A 1T97A 2F30A 1BB5A 1VDPA 1YAOA 1JHLA 2FYCA 1NBYC 2N5ZA 2Y8PA 1C67A 1QUHA 4KPMA 1L26A 4ETBA 1JJ3A 1L08A 8LYZA 1LZDA 3F9LA 1G0PA 3AGIA 2VB1A 1G0GA 4QGZA 1LSBA 131LA 1L55A 1LZCA 4W52A 3N9EA 5LAFA 1IC5Y 4U3XB 2IGCA 110LA 4TTDA 3V2WA 4ETDA 1C6GA 1C6LA 4PHIA 1VATA 3WVXA 4WM4A 1WQMA 4B1AA 4ZFPA 161LA 1BB3A 5HNLA 210LA 1KNIA 1UIEA 1OUFA 166LA 5I4XA 4WM1A 4E3UA 1D2WA 2RB0X 167LA 4QY9A 1IR7A 4WG1A 4LT2A 2HEAA 2IHLA 1XGTC 3TXFA 1G06A 1YILA 1BWIA 1GHLA 3LZMA 3CDQA 1SX7A 3RZ4A 1NBZC 1L20A 224LA 2LYOA 1G0MA 1OYUA 2OE7X 1GFUA 2YBNA 1L15A 1NHBA 4RDSA 1L90A 1LPIA 1VDSA 2F2NA 1L71A 4YENA 1C62A 1WTMA 157LA 1IX0A 2B6YA 1KXYA 3OE0A 1XEIA 2Q9DA 1XEPA 1B5WA 1IY4A 3UONA 1KXXA 1QT7A 4ET9A 1HEWA 1RCMA 3IJVA 1DI5A 1L43A 4LT3A 3W6BA 4W56A 239LA 4M6DA 1FKVA 4WLXA 1XGRC 4BAFA 1L22A 4DD3A 2OU0X 2LZMA 1L94A 4GN5C 1GXV2 1C65A 2CUUA 3SB6A 2Z2FA 3ULRA 5J7CA 5I5QA 5IELA 1BQLY 4H9BA 2HUKA 1L39A 1CNSA 1BB7A 1L95A 1CKCA 160LA 3AZ6A 2H9JA 1L31A 1JTOL 5DN4A 1C6NA 2Q0MX 1PQOA 4B49A 1L84A 254LA 2B5ZA 1JKAA 3C8RA 1YL0X 1I20A 1LSYA 1YAPA 2BQJA 3HT6A 3A96A 1JJ1A 3EXDA 3OK0A 1HEMA 3A8ZA 1GB5A 196LA 1G0QA 2RBQA 1C10A 1UICA 258LA 1C68A 1L17A 3W6CA 4YX7C 3K2RA 193LA 3LZ2A 4LYTA 245LA 3W3EA 4EXMA 1LJFA 1QT3A 4EKPA 1E8LA 3LYOA 2BLYA 4DQJA 4LDOA 4W58A 5LXWA 1FN5A 3WULA 2Q9EA 1C6BA 5D5CA 3CSZA 244LA 2G4QA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 122L A;  4WO9 A;  1ALC A;  250L A;  247L A;  173L A;  1SWZ A;  2WAR A;  5KXO A;  3ODU A;  1L74 A;  153L A;  1L33 A;  1HSX A;  1QT4 A;  1L63 A;  2CWI A;  4H9H A;  1PQJ A;  2EIZ C;  240L A;  2ZIJ A;  3GUL A;  1YIK A;  1UAC Y;  3A95 A;  2Z2E A;  128L A;  5FEK A;  4DD9 A;  1L02 A;  3HBH A;  2EPE A;  134L A;  1HEQ A;  1LSF A;  1IOT A;  4H93 A;  4RW2 A;  3HBD A;  4YM8 A;  1TCY A;  4HJV A;  5KJ9 A;  1B5Y A;  1L79 A;  3TMU A;  3CDV A;  2L78 A;  4KXI A;  1B9O A;  4DKL A;  4LYC A;  3ZVQ A;  2YBI A;  1GE4 A;  5FDJ A;  2BQC A;  3P4Z A;  182L A;  1L19 A;  242L A;  2DKV A;  5IHG A;  1SSY A;  2MEB A;  1LYD A;  2NTH A;  4MR1 A;  4ARM A;  1WQO A;  2PC2 A;  104L A;  2F4A A;  1GBW A;  3A3R X;  4NGI A;  3A90 A;  1CU2 A;  3DN8 A;  1PQM A;  170L A;  1BGI A;  3IWR A;  3GUO A;  3KAM A;  2BQO A;  2ZQ4 A;  1L70 A;  4GLV A;  1L24 A;  1L29 A;  1QS5 A;  3WXT A;  3C81 A;  1UIF A;  5DM9 A;  4G4B A;  3C8Q A;  1F10 A;  2RBS A;  2D4I A;  4N0J A;  1CV5 A;  1C46 A;  3CDO A;  3DN0 A;  1QT6 A;  1QSB A;  4QDN A;  3EBA B;  1LSN A; 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